4MR5A

Crystal structure of the second bromodomain of human brd2 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-oh)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
LSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr5A00
5LKXA 4IOQA 4CURA 4UYFA 2OSSA 2I7KA 4UYDA 4YYNA 5AD2A 3DWYA 4LYSA 5KU3A 3O35A 5AMEA 5I40A 5LJ2A 4IR5A 5IG6A 2DWWA 5F1LA 4A9KA 4A9MA 4A9JA 4A9FA 4HBVA 4BJXA 5F2PA 4IORA 4YY4A 5DLZA 4QC1A 1EQFA 4HXKA 5EM3A 5EWCA 3P1EA 4QYDA 5H1VA 5ENBA 2RNXA 5FH7A 4QSRA 3UVXA 5E74A 2DVRA 5CUDA 5HCLA 4YYHA 4O78A 5IGNA 5F1HA 2L84A 4LDFA 4UIZA 4YYJA 2LSPB 3JVLA 5D25A 4NS5A 4O7FA 5FB0A 4PS5A 3Q2EA 5HRVA 5CU8A 4N4FA 5ENCA 3ZYUA 1WUMA 3QZTA 4QR4A 5C87A 4QEVA 5HJCA 5CUEA 4YYIA 5A83A 3S91A 5C85A 5TB6A 4QEWA 5A5NA 5CQ7A 5EVAA 4O70A 5EPRA 4NR4A 4QBMA 4CLBA 4QUUA 2OO1A 4HXLA 5LKTA 5HELA 2F6JA 4YYKA 5I89A 5EISA 2YEMA 3IU5A 4NQMA 5EWDA 4XY9A 3G0LA 3UVWA 4IOOA 5E73A 3U5LA 4HXPA 5FE5A 2R0YA 5C8GA 4QR3A 3P1CA 5L8TA 2N9GA 2F6NA 5CQ8A 3MB3A 4Z6HA 3P1FA 5CS8A 5D3RA 5D3NA 3UV5A 2GRCA 4O76A 4QSSA 1WUGA 4NXJA 5EWWA 2DATA 4TT4A 3UV4A 2R0SA 4UIYA 3ONIA 2R0VA 4QSTA 4GPJA 1ZS5A 5II1A 5IGLA 3SVFA 4A9IA 4NRBA 5EQ1A 4TT2A 5DYCA 4QC3A 4HXMA 5DKHA 4LR6A 4N3WA 5CTLA 5A82A 4TT6A 4WHWA 4CFKA 2G4AA 4HXOA 5FE4A 5KHMA 5HFQA 4YAXA 5FFVA 5L8UA 4QSWA 4Z1SA 2NXBA 4NR7A 4ZC9A 5FB1A 5D26A 5KTUA 3JVKA 5EI4A 5FFYA 4YBTA 4Z6IA 5H85A 4A9EA 4QYLA 5E9YA 5KTWA 5E9LA 4NUDA 4UITA 4MEOA 3HMHA 3Q2FA 5F3AA 4NR8A 5LJ1A 4UIXA 5F61A 4UYFB 3LXJA 4YH4A 3AQAA 5DKCA 5CUAA 4QNSA 4N4GA 4O71A 4UIWA 4ALHA 4O75A 5CP5A 5DKDA 4FLPA 4KCXA 1X0JA 3GG3A 4KV1A 4J3IA 5DYUA 4TU6A 2RO1A 5IGMA 4MEPA 4E96A 3HMFA 4CUQA 4YYDA 2WP2A 5ENFA 4O7EA 2FSAA 4Y03A 5F25A 5LVRA 5IIDA 4J1PA 5FG4A 4QY4A 4YYMA 5II2A 2L5EA 5FH6A 4NYXA 4PKLA 5BT4A 3TLPA 5CUGA 4UIVA 5I29A 4F3IA 5COIA 5DW2A 3MXFA 4QB3A 3MB4A 5CGPA 5LKUA 4A9NA 5I80A 3LQIA 5ENJA 4KV4A 3AADA 4A9OA 4N4HA 4MR3A 3G0JA 3K2JA 5E9IA 5DFBA 3LQHA 4HBWA 3MQMA 4HBYA 4Q0NA 5DY7A 5CPEA 4YBSA 4WHUA 4OGIA 4NRCA 3SVGA 5ETBA 5DYXA 3P1DA 2DVVA 5TCMA 3NXBA 5HQ6A 3LQJA 4LZSA 3RCWA 4TZ8A 4TQNA 4LYIA 2YQDA 5FE6A 4QUTA 5D3SA 4QSPA 5E9MA 5BT5A 5HM0A 4XY8A 5E9KA 5KTXA 5AMFA 4BW2A 5CUBA 5D0CA 3UVDA 5I7YA 5DW1A 5E3DA 5E0RA 2H60A 3U5JA 4UYEA 5A5QA 2YW5A 4CUUA 4QSQA 5DFCA 4OGJA 5HLSA 4O7BA 5EP7A 4QR5A 4Z1QA 5EICA 4MR4A 4YC9A 5D7XA 4QEUA 5J0DA 4PCIA 1E6IA 3JVJA 5E9VA 4O72A 3FKMX 5DYAA 5C4QA 5CQ5A 3SVHA 5DX4A 5LVQA 5FG5A 5HENA 5H1UA 5FE2A 4MENA 5I7XA 3LJWA 5FE8A 4CUPA 5L99A 4PCEA 5CRZA 5D3LA 3MULA 1JSPB 3O33A 3IU6A 5HQ7A 5E3GA 5ETDA 4MR6A 4ZQLA 4Z93A 4QSUA 5EPSA 3MUKA 4TU4A 5EGUA 5ENIA 2DKWA 2YELA 5G4RA 5EV9A 4CFLA 3JVMA 4OUFA 5FE0A 5F63A 5L97A 4NR5A 5CY9A 4N4IA 5A5RA 4MR5A 4HXSA 4X2IA 5CQ6A 4IR3A 2E3KA 2RFJA 2MJVB 5D3HA 2I8NA 4LC2A 4TS8A 5A5PA 2KTBB 5CUCA 2YDWA 5F5ZA 4LRGA 4YATA 3U5MA 5CQTA 5IGKA 3U5PA 4XUAA 4YADA 4PY6A 4BW1A 5G4SA 4A9LA 4XUBA 5CFWA 5F60A 5L98A 4C67A 5ENHA 5E7DA 5A81A 2YEKA 3P5OA 3UVYA 4LZRA 4WIVA 4TZ2A 3O34A 5A5OA 4C66A 5CRMA 4AKNA 4YYGA 4UYGA 5HFRA 4CUTA 5BT3A 2R10A 2RNYA 4NYWA 3UW9A 5C7NA 4IR4A 5EU1A 5C89A 5EWHA 4QSVA 5EK9A 5EWVA 4YK0A 5FE1A 4ZW1A 4O77A 4IR6A 4QSXA 4NUEA 5FFWA 5LKZA 3D7CA 2E7OA 5CQ4A 5FG6A 5F36A 5I86A 4PTBA 5ACYA 4NYVA 4LYWA 5JI8A 5EPBA 5A85A 4HXNA 4NRAA 5D24A 2E7NA 4O7CA 5FE3A 4YABA 5FE9A 5I83A 4LZ2A 3S92A 5DFDA 4RVRA 5AD3A 4YY6A 5DBMA 5FE7A 5H1TA 3U5NA 3O37A 4UIUA 5JWMA 3I3JA 1N72A 4HXRA 5IBNA 2D9EA 5FDZA 5D3PA 5EA1A 2YYNA 2RS9B 4QZSA 5HRWA 2OUOA 5HRXA 1F68A 4O7AA 2DVQA 3QZVA 5ENGA 3U5KA 2RNWA 5ENEA 4CL9A 4O74A 5HQ5A 3QZSA 4TTEA 4CUSA 4NUCA 5HEMA 2L85A 4NR9A 3O36A 4BHWA 4YBMA 5LUUA 4ALGA 1JM4B 4J0RA 4YH3A 3UV2A 5KO4A 4A9HA 4DONA 4MEQA 5A5SA 2D82A 2RI7A 5DLXA 5FH8A 5A7CA 5CQAA 4Q0OA 4TYLA 5CQ3A 2WP1A 5FBXA 3DAIA 5F62A 4J0SA 5LJ0A 5D3JA 4UYHA 5I1QA 5I88A 2DVSA 4BW4A 4XYAA 5CZGA 4NQNA 3U5OA 5K29A 3HMEA 4BW3A 5D3TA 5L96A 4NR6A 4HBXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LKXA 4IOQA 4CURA 4UYFA 2OSSA 2I7KA 4UYDA 4YYNA 5AD2A 3DWYA 4LYSA 5KU3A 3O35A 5AMEA 5I40A 5LJ2A 4IR5A 5IG6A 2DWWA 5F1LA 4A9KA 4A9MA 4A9JA 4A9FA 4HBVA 4BJXA 5F2PA 4IORA 4YY4A 5DLZA 4QC1A 1EQFA 4HXKA 5EM3A 5EWCA 3P1EA 4QYDA 5H1VA 5ENBA 2RNXA 5FH7A 4QSRA 3UVXA 5E74A 2DVRA 5CUDA 5HCLA 4YYHA 4O78A 5IGNA 5F1HA 2L84A 4LDFA 4UIZA 4YYJA 2LSPB 3JVLA 5D25A 4NS5A 4O7FA 5FB0A 4PS5A 3Q2EA 5HRVA 5CU8A 4N4FA 5ENCA 3ZYUA 1WUMA 3QZTA 4QR4A 5C87A 4QEVA 5HJCA 5CUEA 4YYIA 5A83A 3S91A 5C85A 5TB6A 4QEWA 5A5NA 5CQ7A 5EVAA 4O70A 5EPRA 4NR4A 4QBMA 4CLBA 4QUUA 2OO1A 4HXLA 5LKTA 5HELA 2F6JA 4YYKA 5I89A 5EISA 2YEMA 3IU5A 4NQMA 5EWDA 4XY9A 3G0LA 3UVWA 4IOOA 5E73A 3U5LA 4HXPA 5FE5A 2R0YA 5C8GA 4QR3A 3P1CA 5L8TA 2N9GA 2F6NA 5CQ8A 3MB3A 4Z6HA 3P1FA 5CS8A 5D3RA 5D3NA 3UV5A 2GRCA 4O76A 4QSSA 1WUGA 4NXJA 5EWWA 2DATA 4TT4A 3UV4A 2R0SA 4UIYA 3ONIA 2R0VA 4QSTA 4GPJA 1ZS5A 5II1A 5IGLA 3SVFA 4A9IA 4NRBA 5EQ1A 4TT2A 5DYCA 4QC3A 4HXMA 5DKHA 4LR6A 4N3WA 5CTLA 5A82A 4TT6A 4WHWA 4CFKA 2G4AA 4HXOA 5FE4A 5KHMA 4AKHA 5HFQA 4YAXA 5FFVA 5L8UA 4QSWA 4Z1SA 2NXBA 4NR7A 4ZC9A 5FB1A 5D26A 5KTUA 3JVKA 5EI4A 5FFYA 4YBTA 4Z6IA 5H85A 4A9EA 4QYLA 5E9YA 5KTWA 5E9LA 4NUDA 4UITA 4MEOA 3HMHA 3Q2FA 5F3AA 4NR8A 5LJ1A 4UIXA 5F61A 4UYFB 3LXJA 4YH4A 3AQAA 5DKCA 5CUAA 4QNSA 4N4GA 4O71A 4UIWA 4ALHA 4O75A 5CP5A 5DKDA 4FLPA 4KCXA 1X0JA 3GG3A 4KV1A 4J3IA 5DYUA 4TU6A 2RO1A 5IGMA 4MEPA 4E96A 3HMFA 4CUQA 4YYDA 2WP2A 5ENFA 4O7EA 2FSAA 4Y03A 5F25A 5LVRA 5IIDA 4J1PA 5FG4A 4QY4A 4YYMA 5II2A 2L5EA 5FH6A 4NYXA 4PKLA 5BT4A 3TLPA 5CUGA 4UIVA 5I29A 4F3IA 5COIA 5DW2A 3MXFA 4QB3A 3MB4A 5CGPA 5LKUA 4A9NA 5I80A 3LQIA 5ENJA 4KV4A 3AADA 4A9OA 4N4HA 4MR3A 3G0JA 3K2JA 5E9IA 5DFBA 3LQHA 4HBWA 3MQMA 4HBYA 4Q0NA 5DY7A 5CPEA 4YBSA 4WHUA 4OGIA 4NRCA 3SVGA 5ETBA 5DYXA 3P1DA 2DVVA 1ZKRA 5TCMA 3NXBA 5HQ6A 3LQJA 4LZSA 3RCWA 4AKIA 4TZ8A 4TQNA 4LYIA 2YQDA 5FE6A 4QUTA 5D3SA 4QSPA 5E9MA 5BT5A 5HM0A 4XY8A 5E9KA 5KTXA 5AMFA 4BW2A 5CUBA 5D0CA 3UVDA 5I7YA 4AI6A 5DW1A 5E3DA 5E0RA 2H60A 3U5JA 4UYEA 5A5QA 2YW5A 4CUUA 4QSQA 5DFCA 4OGJA 5HLSA 4O7BA 5EP7A 4QR5A 4Z1QA 5EICA 3D1BA 4MR4A 4YC9A 5D7XA 4QEUA 5J0DA 4PCIA 1E6IA 3JVJA 5E9VA 4O72A 3FKMX 5DYAA 5C4QA 5CQ5A 3SVHA 5DX4A 5LVQA 5FG5A 5HENA 5H1UA 5FE2A 4MENA 5I7XA 3LJWA 5FE8A 4CUPA 5L99A 4PCEA 5CRZA 5D3LA 3MULA 1JSPB 3O33A 3IU6A 5HQ7A 5E3GA 1PUOA 5ETDA 4MR6A 4ZQLA 4Z93A 4QSUA 5EPSA 3MUKA 4TU4A 5EGUA 5ENIA 2DKWA 2YELA 5G4RA 5EV9A 4CFLA 3JVMA 4OUFA 5FE0A 5F63A 5L97A 4NR5A 3ERRA 5CY9A 4N4IA 5A5RA 4MR5A 4HXSA 4X2IA 5CQ6A 4IR3A 2E3KA 2RFJA 2MJVB 5D3HA 2I8NA 4LC2A 4TS8A 5A5PA 2KTBB 5CUCA 2YDWA 5F5ZA 4LRGA 4YATA 3U5MA 5CQTA 5IGKA 3U5PA 4XUAA 4YADA 4PY6A 4BW1A 5G4SA 4A9LA 4XUBA 5CFWA 5F60A 5L98A 4C67A 5ENHA 5E7DA 5A81A 2YEKA 3P5OA 3UVYA 4LZRA 4WIVA 4TZ2A 3O34A 5A5OA 4C66A 5CRMA 4AKNA 4YYGA 4UYGA 5HFRA 4CUTA 5BT3A 2R10A 2RNYA 4NYWA 3UW9A 5C7NA 4IR4A 5EU1A 5C89A 5EWHA 4QSVA 5EK9A 2EJNA 5EWVA 4YK0A 5FE1A 3VKHA 4ZW1A 4O77A 4IR6A 4QSXA 4NUEA 5FFWA 5LKZA 3D7CA 2E7OA 5CQ4A 5FG6A 5F36A 5I86A 4PTBA 5ACYA 4NYVA 4LYWA 5JI8A 5EPBA 5A85A 4HXNA 4NRAA 5D24A 2E7NA 4O7CA 5FE3A 4YABA 5FE9A 5I83A 4LZ2A 3S92A 5DFDA 4RVRA 5AD3A 4YY6A 5DBMA 5FE7A 5H1TA 3U5NA 3O37A 4UIUA 5JWMA 3I3JA 1N72A 4HXRA 5IBNA 2D9EA 5FDZA 5D3PA 5EA1A 2YYNA 2RS9B 4QZSA 5HRWA 2OUOA 5HRXA 1F68A 4O7AA 2DVQA 4AKGA 3QZVA 5ENGA 3U5KA 2RNWA 5ENEA 4CL9A 4O74A 5HQ5A 3QZSA 4TTEA 4CUSA 4NUCA 5HEMA 2L85A 4NR9A 3O36A 4BHWA 4YBMA 5LUUA 4ALGA 1JM4B 3D1DA 4YH3A 4J0RA 3UV2A 5KO4A 4A9HA 4DONA 4MEQA 5A5SA 2D82A 2RI7A 5DLXA 5FH8A 5A7CA 5CQAA 4Q0OA 4TYLA 5CQ3A 2WP1A 5FBXA 3DAIA 5F62A 4J0SA 5LJ0A 5D3JA 4UYHA 5I1QA 3VKGA 5I88A 2DVSA 4BW4A 4XYAA 5CZGA 4NQNA 3U5OA 5K29A 3HMEA 4BW3A 5D3TA 5L96A 4NR6A 4HBXA
chains in the Genus database with same CATH topology
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