4NR8A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with an isoxazolyl-benzimidazole ligand
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
125
structure length
125
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an isoxazolyl-benzimidazole ligand
rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Transcription/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 46
structure length 125
sequence length 125
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nr8A01
5A5OA 4A9NA 3MB3A 2DKWA 3O36A 5DYCA 4BW3A 2YYNA 3AQAA 4X2IA 4HBWA 5D3HA 5C85A 3ZYUA 5ENJA 3U5KA 5BT5A 4PKLA 3LQIA 5D3SA 4YYDA 4LC2A 2RS9B 5CQ6A 4CURA 3Q2EA 5D26A 5DY7A 5I89A 5LKTA 5CUGA 5IIDA 2OSSA 5CQ8A 4LR6A 5E0RA 5FE9A 4YBSA 4O72A 5DFBA 5DKCA 5H1TA 4LZ2A 5ETBA 3LQHA 4LZRA 5ENGA 3JVJA 5EU1A 4N4GA 5D7XA 3HMEA 4HXPA 4XY8A 4A9HA 5LJ2A 4YYGA 4XUBA 4BHWA 2RNWA 5I80A 5ENEA 5FH7A 4QR3A 5FH6A 4UITA 5HRXA 4QSQA 4YYNA 5EWCA 4A9JA 4E96A 4YH3A 1JSPB 2D82A 5LUUA 3P1DA 3HMFA 4OGJA 5L99A 5IG6A 5KTWA 4HXMA 5FG4A 4MEPA 3O33A 3U5NA 4UYGA 5D0CA 5LJ1A 5EICA 5LKUA 5FB0A 4QSWA 4TT4A 4HXOA 5I88A 5A5QA 2E7NA 4LYWA 5LVRA 2D9EA 3UVXA 4NYWA 3O35A 4HBVA 4J0RA 5D24A 4HXNA 5CUDA 5IGKA 5KTUA 5CRZA 5ENBA 3JVLA 4IR4A 4LDFA 5HQ7A 2DVSA 5E9VA 5E9YA 4TTEA 5I1QA 4TU6A 5BT3A 5EV9A 3O37A 4O7AA 2L5EA 4NR7A 3JVKA 5I83A 5HQ6A 2FSAA 5EK9A 4YYKA 5EA1A 5E9KA 4PY6A 2L84A 5F36A 5ETDA 5CQ3A 4HBXA 5DYXA 4CUTA 3GG3A 4Y03A 5E9IA 5HRWA 4N3WA 5IBNA 5CQ5A 4MEOA 5CP5A 4QEWA 4LYSA 2E3KA 5CY9A 5CFWA 5ENFA 1ZS5A 1X0JA 2I7KA 4IOQA 5D3TA 5D3RA 5G4SA 4QYDA 4HXRA 4UIWA 4UIUA 2F6JA 2WP2A 4LZSA 5L97A 2I8NA 3MUKA 3SVGA 5EWHA 4NR5A 4QR4A 3SVFA 4NR8A 4TT2A 4ALHA 2YW5A 5DW2A 4IR6A 2R10A 4TQNA 2RFJA 4MEQA 5JWMA 4CUUA 5CUBA 5JI8A 5EWVA 5FB1A 4NRCA 4HBYA 5FE3A 3JVMA 4YYJA 5CQAA 5IGMA 5IGLA 5F1HA 5EI4A 5C8GA 4N4FA 3SVHA 3MXFA 4HXLA 5G4RA 4O74A 5EPSA 5H1VA 3MULA 5A82A 2L85A 5HJCA 4XY9A 3AADA 5CU8A 5HRVA 5FE8A 4PCIA 5CRMA 5DYUA 5FE7A 3G0JA 4HXKA 4YK0A 4TU4A 4QY4A 5E74A 4Z1SA 5F1LA 5D3LA 2DATA 4J3IA 5AMEA 3QZSA 4QBMA 5HEMA 5EWDA 4Z6HA 1JM4B 5C89A 4ZW1A 3U5LA 4NUDA 5ENHA 3UVYA 5LKZA 5KU3A 2NXBA 3UV2A 4BW4A 4YYHA 4QEVA 5F62A 4QSRA 5EQ1A 5FE5A 5FE4A 5HLSA 4LRGA 3HMHA 4AKNA 5A5RA 3IU5A 3QZVA 4NR9A 4QEUA 5F2PA 5L96A 5I7YA 3LQJA 5CGPA 5FH8A 3ONIA 4IORA 1EQFA 5EWWA 5ENCA 2YELA 3FKMX 5HM0A 5AD2A 5DKDA 4O7EA 4YBTA 5HFQA 4F3IA 4C67A 4QSTA 5K29A 5E9MA 5H85A 5I86A 4WIVA 5HFRA 2R0SA 4PS5A 2E7OA 4CL9A 5KO4A 5E3GA 4LYIA 5EVAA 5FG5A 5FBXA 4NR6A 4OUFA 2DVQA 3TLPA 3UVDA 3LXJA 5E7DA 3P1CA 4Q0OA 5F5ZA 5FFWA 4BW1A 2RNXA 3S92A 5L8UA 5F63A 5DW1A 3P1FA 4Z6IA 5C87A 4Z93A 5EP7A 4O7CA 5FE1A 4TZ2A 5II1A 5CUEA 5EISA 5EGUA 4FLPA 2RNYA 4NQMA 5CQ7A 4O76A 4CFLA 4WHUA 5CTLA 2G4AA 4OGIA 4QB3A 5F61A 5HELA 4CUSA 4QYLA 3IU6A 3NXBA 4TT6A 3UW9A 2GRCA 5HENA 3UV5A 5F60A 4A9IA 4QZSA 5DFCA 4YBMA 4QSVA 5D3NA 4MR4A 3LJWA 4O70A 5C4QA 5I29A 4UYFA 4YATA 4J1PA 2F6NA 4YYIA 3MQMA 4IR5A 1WUMA 5ACYA 4O75A 4CUQA 1F68A 3P5OA 5A85A 4N4IA 2OUOA 5L98A 4QSUA 5CPEA 5A81A 4QR5A 5D3PA 2RO1A 4J0SA 4UIZA 4YADA 5FE2A 5A5PA 5KTXA 4MR6A 2OO1A 4UYDA 2R0YA 4A9OA 2R0VA 4QUUA 5A5SA 4CUPA 4KCXA 4KV1A 4A9KA 4BW2A 1N72A 5EPRA 4Z1QA 3K2JA 5A5NA 2N9GA 5D25A 4Q0NA 4UYEA 4YAXA 1WUGA 4IOOA 4CFKA 5KHMA 4GPJA 4UYFB 5E73A 4ZC9A 3U5PA 4XUAA 4KV4A 4N4HA 4NYXA 5AMFA 3G0LA 4IR3A 4MR3A 5COIA 4RVRA 2YDWA 4NRAA 4YABA 4YYMA 4QSXA 4YY4A 3U5MA 4A9LA 4QNSA 5CUAA 5DYAA 4TS8A 5DKHA 4O78A 2LSPB 2KTBB 3QZTA 3S91A 5FE6A 3O34A 4A9EA 1E6IA 4UIVA 4QC3A 4UIXA 5H1UA 4TZ8A 4UIYA 4YH4A 2WP1A 5CZGA 4YY6A 4MENA 3U5JA 5EM3A 5II2A 5L8TA 4QSPA 5LKXA 5TCMA 2YEMA 5CQTA 5CUCA 4YC9A 5D3JA 4NQNA 5I7XA 4HXSA 5DBMA 2MJVB 4O71A 5A83A 5DLZA 3UV4A 5LJ0A 5A7CA 5EPBA 5FE0A 3MB4A 4XYAA 4O7FA 5ENIA 4O7BA 3UVWA 4NYVA 5E9LA 4NUEA 5AD3A 5E3DA 4ALGA 2DVVA 4NRBA 5TB6A 2DWWA 4MR5A 4UYHA 4A9FA 3RCWA 5C7NA 5HQ5A 4QSSA 4PCEA 5BT4A 4QC1A 2DVRA 5FG6A 4DONA 2RI7A 3I3JA 4O77A 2H60A 4A9MA 5DX4A 5F25A 5HCLA 4CLBA 4NS5A 4QUTA 3P1EA 5J0DA 5FFVA 5DFDA 4C66A 3DWYA 4WHWA 3U5OA 5FDZA 3D7CA 4NUCA 5I40A 4BJXA 5LVQA 5CQ4A 5F3AA 5FFYA 5IGNA 5DLXA 3DAIA 4NR4A 3Q2FA 2YQDA 4NXJA 4ZQLA 2YEKA 5CS8A 4TYLA 4PTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5OA 4A9NA 3MB3A 2DKWA 3O36A 5DYCA 4BW3A 2YYNA 3AQAA 4X2IA 4HBWA 5D3HA 5C85A 3ZYUA 5ENJA 3U5KA 5BT5A 4PKLA 3LQIA 5D3SA 4YYDA 4LC2A 2RS9B 5CQ6A 4CURA 3Q2EA 5D26A 5DY7A 5I89A 5LKTA 5CUGA 5IIDA 2OSSA 5CQ8A 4LR6A 5E0RA 5FE9A 4YBSA 4O72A 5DFBA 5DKCA 5H1TA 4LZ2A 5ETBA 3LQHA 4LZRA 5ENGA 3JVJA 5EU1A 4N4GA 5D7XA 3HMEA 4HXPA 4XY8A 4A9HA 5LJ2A 4YYGA 4XUBA 4BHWA 2RNWA 5I80A 5ENEA 5FH7A 4QR3A 5FH6A 4UITA 5HRXA 4QSQA 4YYNA 5EWCA 4A9JA 4E96A 4YH3A 1JSPB 2D82A 5LUUA 3P1DA 3HMFA 4OGJA 5L99A 5IG6A 5KTWA 4HXMA 5FG4A 4MEPA 3O33A 3U5NA 4UYGA 5D0CA 5LJ1A 5EICA 5LKUA 5FB0A 4QSWA 4TT4A 4HXOA 5I88A 4AKGA 5A5QA 2E7NA 4LYWA 5LVRA 2D9EA 3UVXA 4NYWA 3O35A 4HBVA 4J0RA 5D24A 4HXNA 5CUDA 5IGKA 5KTUA 5CRZA 5ENBA 3JVLA 4IR4A 4LDFA 5HQ7A 2DVSA 5E9VA 5E9YA 4TTEA 5I1QA 4TU6A 5BT3A 5EV9A 3O37A 4O7AA 2L5EA 4NR7A 3VKGA 3JVKA 5I83A 5HQ6A 2FSAA 5EK9A 4YYKA 5EA1A 5E9KA 4PY6A 2L84A 5F36A 5ETDA 5CQ3A 4HBXA 5DYXA 4CUTA 3GG3A 4Y03A 5E9IA 5HRWA 4N3WA 5IBNA 5CQ5A 4MEOA 5CP5A 4QEWA 4LYSA 2E3KA 5CY9A 5CFWA 5ENFA 1ZS5A 1X0JA 2I7KA 4IOQA 1ZKRA 5D3TA 5D3RA 5G4SA 4QYDA 4HXRA 4UIWA 4UIUA 2F6JA 2WP2A 4LZSA 5L97A 2I8NA 3MUKA 3SVGA 5EWHA 4NR5A 4QR4A 3SVFA 4NR8A 4TT2A 4ALHA 2YW5A 5DW2A 4IR6A 2R10A 4TQNA 2RFJA 4MEQA 5JWMA 4CUUA 5CUBA 5JI8A 5EWVA 5FB1A 4NRCA 4HBYA 5FE3A 3JVMA 4YYJA 5CQAA 5IGMA 5IGLA 5F1HA 5EI4A 5C8GA 4N4FA 3SVHA 3MXFA 4HXLA 5G4RA 4O74A 5EPSA 5H1VA 3MULA 5A82A 2L85A 5HJCA 4XY9A 3AADA 5CU8A 5HRVA 5FE8A 4PCIA 5CRMA 5DYUA 5FE7A 3G0JA 4HXKA 4YK0A 4TU4A 4QY4A 5E74A 4Z1SA 5F1LA 5D3LA 2DATA 4J3IA 5AMEA 3QZSA 4QBMA 4AI6A 5HEMA 5EWDA 4Z6HA 1JM4B 5C89A 4ZW1A 3U5LA 4NUDA 5ENHA 3UVYA 5LKZA 5KU3A 2NXBA 3UV2A 1PUOA 4BW4A 4YYHA 4QEVA 5F62A 4QSRA 5EQ1A 5FE5A 5FE4A 5HLSA 4LRGA 3HMHA 4AKNA 5A5RA 3IU5A 3QZVA 4NR9A 4QEUA 5F2PA 5L96A 5I7YA 3LQJA 5CGPA 5FH8A 3ONIA 4IORA 1EQFA 5EWWA 5ENCA 2YELA 3FKMX 5HM0A 5AD2A 5DKDA 4O7EA 4YBTA 5HFQA 4F3IA 4C67A 4QSTA 5K29A 5E9MA 5H85A 5I86A 4WIVA 5HFRA 2R0SA 4PS5A 2E7OA 4CL9A 5KO4A 5E3GA 4LYIA 5EVAA 5FG5A 5FBXA 4NR6A 4OUFA 2DVQA 3TLPA 3UVDA 3LXJA 5E7DA 3P1CA 4Q0OA 5F5ZA 5FFWA 4BW1A 2RNXA 3S92A 5L8UA 5F63A 5DW1A 3P1FA 4Z6IA 5C87A 4Z93A 5EP7A 4O7CA 5FE1A 4TZ2A 5II1A 2EJNA 5CUEA 5EISA 5EGUA 4FLPA 2RNYA 4NQMA 5CQ7A 4O76A 4CFLA 4WHUA 5CTLA 2G4AA 4OGIA 4QB3A 5F61A 5HELA 4CUSA 4QYLA 3IU6A 3D1DA 3NXBA 4TT6A 3UW9A 2GRCA 5HENA 3UV5A 5F60A 4A9IA 4QZSA 5DFCA 4YBMA 4QSVA 5D3NA 4MR4A 3LJWA 4O70A 5C4QA 5I29A 4UYFA 4YATA 4J1PA 2F6NA 4YYIA 3MQMA 4IR5A 1WUMA 5ACYA 4O75A 4CUQA 1F68A 3ERRA 3P5OA 5A85A 4N4IA 2OUOA 5L98A 4QSUA 5CPEA 5A81A 4QR5A 5D3PA 2RO1A 3VKHA 4J0SA 4UIZA 4YADA 5FE2A 5A5PA 5KTXA 4MR6A 2OO1A 4AKIA 4UYDA 2R0YA 3D1BA 4A9OA 2R0VA 4QUUA 5A5SA 4CUPA 4KCXA 4KV1A 4A9KA 4BW2A 1N72A 5EPRA 4Z1QA 3K2JA 5A5NA 2N9GA 5D25A 4Q0NA 4UYEA 4YAXA 1WUGA 4IOOA 4CFKA 5KHMA 4GPJA 4UYFB 5E73A 4ZC9A 3U5PA 4XUAA 4KV4A 4N4HA 4AKHA 4NYXA 5AMFA 3G0LA 4IR3A 4MR3A 5COIA 4RVRA 2YDWA 4NRAA 4YABA 4YYMA 4QSXA 4YY4A 3U5MA 4A9LA 4QNSA 5CUAA 5DYAA 4TS8A 5DKHA 4O78A 2LSPB 2KTBB 3QZTA 3S91A 5FE6A 3O34A 4A9EA 1E6IA 4UIVA 4QC3A 4UIXA 5H1UA 4TZ8A 4UIYA 4YH4A 2WP1A 5CZGA 4YY6A 4MENA 3U5JA 5EM3A 5II2A 5L8TA 4QSPA 5LKXA 5TCMA 2YEMA 5CQTA 5CUCA 4YC9A 5D3JA 4NQNA 5I7XA 4HXSA 5DBMA 2MJVB 4O71A 5A83A 5DLZA 3UV4A 5LJ0A 5A7CA 5EPBA 5FE0A 3MB4A 4XYAA 4O7FA 5ENIA 4O7BA 3UVWA 4NYVA 5E9LA 4NUEA 5AD3A 5E3DA 4ALGA 2DVVA 4NRBA 5TB6A 2DWWA 4MR5A 4UYHA 4A9FA 3RCWA 5C7NA 5HQ5A 4QSSA 4PCEA 5BT4A 4QC1A 2DVRA 5FG6A 4DONA 2RI7A 3I3JA 4O77A 2H60A 4A9MA 5DX4A 5F25A 5HCLA 4CLBA 4NS5A 4QUTA 3P1EA 5J0DA 5FFVA 5DFDA 4C66A 3DWYA 4WHWA 3U5OA 5FDZA 3D7CA 4NUCA 5I40A 4BJXA 5LVQA 5CQ4A 5F3AA 5FFYA 5IGNA 5DLXA 3DAIA 4NR4A 3Q2FA 2YQDA 4NXJA 4ZQLA 2YEKA 5CS8A 4TYLA 4PTBA
chains in the Genus database with same CATH topology
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