4QB3A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with olinone
Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (96-100)TI1 (52-55)AH1 (61-76)TI2 (77-80)TIV1 (88-91)TIV2 (89-92)TI3 (90-93)AH3 (107-116)TIV3 (101-104)3H1 (81-83)EMPTYAH4 (122-139)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Selective chemical modulation of gene transcription favors oligodendrocyte lineage progression.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4qb3A01
3JVMA 5E74A 2DVVA 4XUAA 5F2PA 5HJCA 5IGKA 4PY6A 4LRGA 4YH3A 5FB0A 5E3DA 4IR6A 5DW1A 2E7OA 3U5MA 2WP2A 3QZSA 5ETDA 5BT4A 3P1EA 3P1DA 4YBSA 4NQMA 5I80A 5HQ6A 4QUTA 4CURA 5HQ7A 4MENA 4WHUA 3IU6A 5A7CA 5C85A 5CUEA 4N4GA 4NR7A 4HXMA 5F5ZA 4BW4A 5KHMA 4J0RA 3D7CA 4ALHA 5EPRA 4TT4A 4LYWA 3O36A 5EU1A 4NUDA 4X2IA 4CLBA 4QSWA 4ZC9A 4NQNA 5D25A 1E6IA 5CQ8A 4F3IA 4ZW1A 4TZ2A 5HELA 3LQJA 4O77A 4Z1SA 5LJ0A 4CUTA 4NUEA 4HBWA 4YADA 2GRCA 3LQIA 4NYVA 4NYXA 5CQAA 4O78A 2MJVB 4FLPA 4HXRA 5FH6A 3UVWA 4TU4A 4XYAA 5AD2A 5L99A 4IOQA 5F1HA 5LKZA 5A5OA 5D3NA 5EVAA 4QEVA 3U5JA 5COIA 2RO1A 2OSSA 4QR3A 4NR5A 4HBVA 5C7NA 4CUSA 4IR4A 4HXOA 5EGUA 4C67A 4QYDA 4TTEA 5DYCA 5DX4A 4QUUA 2F6JA 5HEMA 4N4IA 4MEOA 5EPBA 5EV9A 5EICA 3MB3A 4OGIA 5ENCA 5IGLA 5EM3A 4YYHA 5CGPA 5CRMA 2R10A 2I8NA 4UYGA 4BW3A 5H1TA 5IIDA 4UIVA 5E9IA 2RS9B 4UITA 2RNYA 4BW2A 4QSPA 5BT3A 1EQFA 5IG6A 4OUFA 4J3IA 5I7XA 3TLPA 4TYLA 5FB1A 4YAXA 3DWYA 5LJ2A 3O33A 2LSPB 5I88A 4Q0OA 5FG6A 5E9KA 5TCMA 5FE2A 4YYJA 2YYNA 5CUAA 3Q2FA 5I29A 5A5PA 4QR4A 2R0YA 5FE9A 5DY7A 4QSQA 5LKUA 3SVGA 5DFCA 3I3JA 5D7XA 4HXLA 4NR9A 5FBXA 4BJXA 3U5KA 2DKWA 5II1A 5LUUA 5F36A 5KO4A 4Z6HA 5FDZA 4LZRA 4YYIA 3UW9A 3QZTA 5K29A 4CFKA 3O34A 4CL9A 1N72A 3K2JA 5EK9A 5ENHA 5CP5A 5HLSA 5DYAA 4NR4A 5CQ5A 5EWDA 4NUCA 4KV1A 4QR5A 4TU6A 5DW2A 4IR3A 3MULA 5I1QA 5JWMA 4PCIA 5EA1A 5HENA 5FE4A 3U5LA 4LZ2A 5LVRA 4YYNA 3MXFA 4Z93A 3UVYA 3JVJA 4MR6A 4HXKA 4QYLA 5A81A 2WP1A 3LQHA 5F62A 5AMFA 2H60A 2DVSA 5HRVA 5FH8A 5EWHA 5ENGA 5EP7A 5HFRA 5FE3A 4A9FA 4TZ8A 4LYIA 3G0LA 3Q2EA 4UIZA 4J1PA 5FFVA 3U5PA 5D26A 4YABA 5D0CA 3HMHA 5CUGA 1WUGA 4Y03A 5EWVA 4IORA 4ALGA 5DKCA 5J0DA 4YBMA 1F68A 2YEKA 5EWWA 4UIUA 4YY6A 4LC2A 4BHWA 5HCLA 2F6NA 4UIYA 5A85A 5L96A 5C89A 5HQ5A 5A5RA 4YYDA 5CPEA 4UYFA 5CY9A 4DONA 4O7FA 1ZS5A 5DYXA 3DAIA 3MB4A 5C87A 4Q0NA 5E7DA 4A9KA 4O7CA 5HFQA 4A9LA 3U5NA 4WIVA 4PS5A 4YC9A 2I7KA 5EISA 2DVRA 5KTUA 5F25A 5CUBA 3UVXA 4O7BA 3UV2A 5EWCA 5FE8A 3JVKA 3S92A 4HXPA 2NXBA 4QSXA 4IR5A 3UV5A 5HRXA 5AD3A 5DLXA 5D3HA 4TS8A 4MR4A 4WHWA 4NRCA 5ENFA 5F3AA 5A5NA 1WUMA 4RVRA 3ZYUA 4UIWA 3SVHA 5FG4A 5EI4A 2R0VA 5L97A 4NS5A 2N9GA 5EQ1A 2D82A 5L8TA 5KTXA 5L98A 5C8GA 4YBTA 3FKMX 3UV4A 2L84A 4N3WA 4CFLA 5I40A 4J0SA 5DYUA 5FG5A 5DFBA 4NYWA 4YK0A 5CQ3A 5HRWA 4HXNA 4QC3A 5H85A 4YYMA 4YH4A 4TT2A 5I86A 2E7NA 3G0JA 4CUQA 5ENIA 2YDWA 5E9YA 4NXJA 4MEQA 5FE7A 1X0JA 3QZVA 4O70A 4QC1A 3O35A 4QSUA 4A9EA 4QSSA 3S91A 5DBMA 5FE5A 5G4RA 5CUDA 4C66A 5CUCA 3P1CA 5BT5A 5I83A 5CS8A 4YATA 5FH7A 4Z1QA 5TB6A 5DKDA 1JSPB 3JVLA 2G4AA 5FFWA 4HXSA 5H1VA 2YEMA 5IGNA 5CRZA 4N4HA 5HM0A 3U5OA 4E96A 5L8UA 3AADA 5LJ1A 5LKTA 3RCWA 2E3KA 4QSVA 5I89A 4O7AA 5H1UA 4TT6A 5I7YA 4ZQLA 5II2A 5A82A 3HMEA 4NR6A 4IOOA 5D3TA 5E9MA 4NRBA 4QEUA 5CFWA 5CZGA 5LVQA 2YQDA 4KV4A 4PTBA 4UYHA 5D3RA 4A9OA 5FFYA 4AKNA 4GPJA 4PCEA 5ACYA 4KCXA 4O72A 3P1FA 2RI7A 2RNXA 5CQ4A 4UIXA 4LYSA 4UYFB 4PKLA 4A9NA 4XY8A 5F1LA 2RFJA 2FSAA 4LZSA 5CQ7A 4UYDA 5D3JA 5DLZA 4NRAA 5CQTA 5D3LA 5E9VA 4QZSA 4QEWA 4YYGA 2L85A 5F60A 4Z6IA 5DFDA 5DKHA 2DVQA 2L5EA 2DATA 2RNWA 5EPSA 2YELA 5ETBA 3HMFA 4YYKA 5AMEA 3ONIA 4XY9A 4O71A 4A9IA 4YY4A 4LR6A 5F61A 5ENBA 5ENEA 5D3SA 5JI8A 4BW1A 5D24A 5IBNA 4HBXA 5FE1A 5CU8A 5CTLA 5CQ6A 4TQNA 4CUPA 5E73A 4NR8A 5A83A 5E9LA 4QB3A 5FE0A 3O37A 5KTWA 4MEPA 3AQAA 4OGJA 4HBYA 4MR3A 2OO1A 5LKXA 3UVDA 5A5QA 3NXBA 4QSRA 4QY4A 5FE6A 4O76A 5A5SA 3MQMA 5E3GA 4A9HA 2DWWA 2KTBB 3GG3A 2R0SA 5E0RA 4O74A 3LJWA 3SVFA 3LXJA 5D3PA 2OUOA 5G4SA 5ENJA 4LDFA 5C4QA 5IGMA 4MR5A 4UYEA 5F63A 4CUUA 4A9JA 3MUKA 3IU5A 4O75A 4N4FA 4QNSA 1JM4B 4QBMA 4QSTA 4XUBA 2YW5A 4A9MA 5KU3A 2D9EA 3P5OA 4O7EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JVMA 5E74A 2DVVA 4XUAA 5F2PA 5HJCA 5IGKA 4PY6A 4LRGA 4YH3A 5FB0A 5E3DA 4IR6A 5DW1A 2E7OA 3U5MA 2WP2A 3QZSA 5ETDA 5BT4A 3P1EA 3P1DA 4YBSA 4NQMA 5I80A 5HQ6A 4QUTA 4CURA 5HQ7A 4MENA 4WHUA 3IU6A 5A7CA 5C85A 5CUEA 4N4GA 4NR7A 4HXMA 5F5ZA 4BW4A 5KHMA 4J0RA 3D7CA 4ALHA 5EPRA 4TT4A 4LYWA 3O36A 5EU1A 4NUDA 4X2IA 4CLBA 4QSWA 4ZC9A 4NQNA 5D25A 1E6IA 5CQ8A 4F3IA 4ZW1A 4TZ2A 5HELA 3LQJA 4O77A 4Z1SA 5LJ0A 4CUTA 4NUEA 4HBWA 4YADA 2GRCA 3LQIA 4NYVA 4NYXA 5CQAA 4O78A 2MJVB 4FLPA 4HXRA 1ZKRA 5FH6A 3UVWA 4TU4A 4XYAA 5AD2A 5L99A 4IOQA 5F1HA 5LKZA 5A5OA 5D3NA 5EVAA 4QEVA 3U5JA 5COIA 2RO1A 2OSSA 4QR3A 4NR5A 4HBVA 5C7NA 4CUSA 4IR4A 4HXOA 5EGUA 3VKHA 4C67A 4QYDA 4TTEA 5DYCA 5DX4A 4QUUA 2F6JA 5HEMA 4N4IA 4MEOA 5EPBA 5EV9A 5EICA 3MB3A 4OGIA 5ENCA 5IGLA 5EM3A 4YYHA 5CGPA 5CRMA 2R10A 2I8NA 4UYGA 4BW3A 5H1TA 5IIDA 4UIVA 5E9IA 2RS9B 4UITA 2RNYA 4BW2A 4QSPA 5BT3A 1EQFA 5IG6A 4OUFA 4J3IA 5I7XA 3TLPA 4TYLA 5FB1A 4YAXA 3DWYA 5LJ2A 3O33A 2LSPB 5I88A 4Q0OA 2EJNA 5FG6A 5E9KA 5TCMA 5FE2A 4YYJA 2YYNA 5CUAA 3Q2FA 5I29A 5A5PA 4QR4A 2R0YA 5FE9A 5DY7A 4QSQA 4AKGA 5LKUA 3SVGA 5DFCA 3I3JA 5D7XA 4HXLA 4NR9A 5FBXA 4BJXA 3U5KA 2DKWA 5II1A 5LUUA 5F36A 3D1BA 5KO4A 4Z6HA 5FDZA 4LZRA 4YYIA 3UW9A 3VKGA 3QZTA 5K29A 4AKIA 4CFKA 3O34A 3ERRA 4CL9A 1N72A 3K2JA 5EK9A 5ENHA 5CP5A 5HLSA 5DYAA 4NR4A 5CQ5A 5EWDA 4NUCA 4KV1A 4QR5A 4TU6A 5DW2A 4IR3A 3MULA 5I1QA 5JWMA 4PCIA 5EA1A 5HENA 5FE4A 3U5LA 4LZ2A 5LVRA 4YYNA 3MXFA 4Z93A 3UVYA 3JVJA 4MR6A 4HXKA 4QYLA 5A81A 3D1DA 2WP1A 3LQHA 5F62A 5AMFA 2H60A 2DVSA 5HRVA 5FH8A 5EWHA 5ENGA 5EP7A 5HFRA 5FE3A 4A9FA 4TZ8A 4LYIA 3G0LA 3Q2EA 4UIZA 4J1PA 5FFVA 3U5PA 5D26A 4YABA 5D0CA 3HMHA 5CUGA 1WUGA 4Y03A 5EWVA 1PUOA 4IORA 4ALGA 5DKCA 5J0DA 4YBMA 1F68A 2YEKA 5EWWA 4UIUA 4YY6A 4LC2A 4BHWA 5HCLA 2F6NA 4UIYA 5A85A 5L96A 5C89A 5HQ5A 5A5RA 4YYDA 5CPEA 4UYFA 5CY9A 4DONA 4O7FA 1ZS5A 5DYXA 3DAIA 3MB4A 5C87A 4Q0NA 5E7DA 4A9KA 4O7CA 5HFQA 4A9LA 3U5NA 4WIVA 4PS5A 4YC9A 2I7KA 5EISA 2DVRA 5KTUA 5F25A 5CUBA 3UVXA 4O7BA 3UV2A 5EWCA 5FE8A 3JVKA 3S92A 4HXPA 2NXBA 4QSXA 4IR5A 3UV5A 5HRXA 5AD3A 5DLXA 5D3HA 4TS8A 4MR4A 4WHWA 4NRCA 5ENFA 5F3AA 5A5NA 1WUMA 4RVRA 3ZYUA 4UIWA 3SVHA 5FG4A 5EI4A 2R0VA 5L97A 4NS5A 2N9GA 5EQ1A 2D82A 5L8TA 5KTXA 5L98A 5C8GA 4YBTA 3FKMX 4AKHA 3UV4A 2L84A 4N3WA 4CFLA 5I40A 4J0SA 5DYUA 5FG5A 5DFBA 4NYWA 4YK0A 5CQ3A 5HRWA 4HXNA 4QC3A 5H85A 4YYMA 4YH4A 4TT2A 5I86A 2E7NA 3G0JA 4CUQA 5ENIA 2YDWA 5E9YA 4NXJA 4MEQA 5FE7A 1X0JA 3QZVA 4O70A 4QC1A 3O35A 4QSUA 4A9EA 4QSSA 3S91A 5DBMA 5FE5A 5G4RA 5CUDA 4C66A 5CUCA 3P1CA 5BT5A 5I83A 5CS8A 4YATA 5FH7A 4Z1QA 5TB6A 5DKDA 1JSPB 3JVLA 2G4AA 5FFWA 4HXSA 5H1VA 2YEMA 5IGNA 5CRZA 4N4HA 5HM0A 3U5OA 4E96A 5L8UA 3AADA 5LJ1A 5LKTA 3RCWA 2E3KA 4QSVA 5I89A 4O7AA 5H1UA 4TT6A 5I7YA 4ZQLA 5II2A 5A82A 3HMEA 4NR6A 4IOOA 5D3TA 5E9MA 4NRBA 4QEUA 5CFWA 5CZGA 5LVQA 2YQDA 4KV4A 4PTBA 4UYHA 5D3RA 4A9OA 5FFYA 4AKNA 4GPJA 4PCEA 5ACYA 4KCXA 4O72A 3P1FA 2RI7A 2RNXA 5CQ4A 4UIXA 4LYSA 4UYFB 4PKLA 4A9NA 4XY8A 5F1LA 2RFJA 2FSAA 4LZSA 5CQ7A 4UYDA 5D3JA 5DLZA 4NRAA 5CQTA 5D3LA 5E9VA 4QZSA 4QEWA 4YYGA 2L85A 5F60A 4Z6IA 5DFDA 5DKHA 2DVQA 2L5EA 2DATA 2RNWA 5EPSA 2YELA 5ETBA 3HMFA 4YYKA 5AMEA 3ONIA 4XY9A 4O71A 4A9IA 4YY4A 4LR6A 5F61A 5ENBA 5ENEA 5D3SA 5JI8A 4BW1A 5D24A 5IBNA 4HBXA 5FE1A 5CU8A 5CTLA 5CQ6A 4TQNA 4CUPA 5E73A 4NR8A 5A83A 5E9LA 4QB3A 5FE0A 3O37A 5KTWA 4MEPA 3AQAA 4OGJA 4HBYA 4MR3A 2OO1A 5LKXA 3UVDA 5A5QA 3NXBA 4QSRA 4QY4A 5FE6A 4O76A 5A5SA 3MQMA 5E3GA 4A9HA 2DWWA 2KTBB 3GG3A 2R0SA 5E0RA 4O74A 3LJWA 3SVFA 3LXJA 5D3PA 2OUOA 5G4SA 5ENJA 4LDFA 5C4QA 5IGMA 4MR5A 4UYEA 5F63A 4CUUA 4A9JA 3MUKA 3IU5A 4O75A 4N4FA 4QNSA 1JM4B 4AI6A 4QBMA 4QSTA 4XUBA 2YW5A 4A9MA 5KU3A 2D9EA 3P5OA 4O7EA
chains in the Genus database with same CATH topology
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