The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
133
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sequence length |
389
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structure length |
384
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Chain Sequence |
SYDSSSIKVLKGLDAVRKRPGMYIGDTDDGTGLHHMVFEVVDNAIDEALAGHCKEIIVTIHADNSVSVQDDGRGIPTGIHPEEGVSAAEVIMTVLHAGGKFDDNSYKVSGGLHGVGVSVVNALSQKLELVIQREGKIHRQIYEHGVPQAPLAVTGETEKTGTMVRFWPSLETFTNVTEFEYEILAKRLRELSFLNSGVSIRLRDKRDGKEDHFHYEGGIKAFVEYLNKNKTPIHPNIFYFSTEKDGIGVEVALQWNDGFQENIYCFTNNIPQRDGGTHLAGFRAAMTRTLNAYMDKEGYSSATGDDAREGLIAVVSVKVPDPKFSSQTKDKLVSSEVKSAVEQQMNELLAEYLLENPTDAKIVVGKIIDAARAREAARRAREMT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The role of monovalent cations in the ATPase reaction of DNA gyrase
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Escherichia coli (strain k12)
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| molecule keywords |
DNA gyrase subunit B
|
| total genus |
133
|
| structure length |
384
|
| sequence length |
389
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| ec nomenclature |
ec
5.99.1.3: Transferred entry: 5.6.2.3. |
| pdb deposition date | 2015-01-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00204 | DNA_gyraseB | DNA gyrase B |
| A | PF02518 | HATPase_c | Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Heat Shock Protein 90 | Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QFO A; 1N34 I; 4XKK A; 4FWD A; 2YI6 A; 4DV0 I; 2XX4 A; 2WEP A; 3TUH A; 4JI7 I; 4DV3 E; 4DUZ I; 4KTN A; 1BKN A; 2HFU A; 2YKI A; 4I3H A; 4JI2 I; 4HY6 A; 3J7A M; 4MPN A; 4DR5 E; 4GT8 A; 4BIZ A; 4L90 A; 2UXB E; 3RKZ A; 4BQG A; 3A0T A; 3J7A G; 3K97 A; 1XMO I; 5FND A; 3ZZU A; 4JI0 I; 4DR7 E; 4LFB E; 1XMQ E; 2BU6 A; 2GFD A; 3T1Y I; 4U7O A; 4WUD A; 1YC3 A; 3G75 A; 4L8Z A; 2YEC A; 5GMD A; 1UYL A; 2X36 A; 2YE9 A; 2HCH A; 2YEJ A; 3B25 A; 3IED A; 2WI6 A; 3DGE A; 3OW6 A; 2CCU A; 4Z7Y A; 3Q5J A; 5GGZ A; 1Z59 A; 2BSM A; 2YKC A; 4PU9 A; 3TTZ A; 4EM7 A; 2UUC E; 5IT9 C; 4NXM I; 4ASG A; 2YED A; 4DZY A; 3K98 A; 3T10 A; 5BOD A; 1HR0 E; 1FWK A; 2UU9 I; 1N32 E; 1I58 A; 3OPD A; 3CGZ A; 1XHK A; 4JI3 E; 1Y4S A; 1A6F A; 3PEH A; 3WU4 A; 3EHH A; 4LF6 E; 3K99 A; 4UTG A; 1N0U A; 1B63 A; 4JQL A; 2FWZ A; 5LMU E; 2YK9 A; 4HXZ A; 3R4O A; 4RPF A; 4YKT A; 4AQY E; 2YKE A; 4O07 A; 1MX0 A; 1OJ4 A; 2HFS A; 4MPC A; 3WU6 A; 3C0E A; 2QG2 A; 1IBL I; 1HNZ E; 2YE3 A; 2YJW A; 3T1K A; 2YI0 A; 1U0Z A; 2HK3 A; 4LF9 I; 2ZM6 I; 2CH4 A; 5IWA E; 2UUB I; 4MP7 A; 4JI6 I; 1UY8 A; 3RLP A; 3QDD A; 2YEG A; 4XIT A; 2F4V I; 2WER A; 2IOP A; 5CTW A; 2BU5 A; 4URM A; 4LF8 I; 4JV5 I; 2YGA A; 3OMU A; 1KIJ A; 4PRX A; 2UUA I; 2A2D A; 4MBC A; 2A2C A; 3WU3 A; 1A4H A; 3HYZ A; 4KHP I; 1ZW9 A; 5A2Q Q; 4KP4 A; 3MNR P; 2X7I A; 4ASF A; 3ZKB A; 2YKJ A; 2WI5 A; 5GME A; 4LFC I; 4X65 I; 1L0O A; 4B3T E; 2H55 A; 4P52 A; 4CE3 A; 1HNW I; 4WUB A; 4LF7 E; 1GKX A; 1XNQ I; 2HK2 A; 2CGF A; 3K17 A; 4LWI A; 3T0Z A; 2J7K A; 4BAE A; 3U2D A; 4DV2 E; 5M4E A; 1YER A; 2QF6 A; 3INX A; 2Q8F A; 5CTU A; 1IBM I; 1Z5B A; 3QT8 A; 2H8M A; 1H74 A; 4DV5 I; 2WI2 A; 1UYM A; 5M4N A; 2O1W A; 3B78 A; 4GCZ A; 2AKP A; 4LF5 E; 2XK2 A; 3SL2 A; 3JAM Q; 2JJC A; 3A0X A; 2BYI A; 2YI5 A; 4MP2 A; 4OX9 I; 2YEE A; 2YEF A; 4B7P A; 2YE5 A; 1FWL A; 4YHH E; 4R3M A; 3PYD A; 4DR3 I; 3R91 A; 2YEA A; 3BMY A; 1YT0 A; 4DUY I; 3EHJ A; 4X66 I; 1FJG I; 4U7N A; 2WI1 A; 3ZXQ A; 3GIE A; 3HZ5 A; 2BU7 A; 4DXL A; 1BGQ A; 4JYA I; 3OTO E; 3C11 A; 3A0Z A; 1TC0 A; 2Q2E B; 2FXS A; 2IOQ A; 3BM9 A; 4H7Q A; 4DR4 E; 2V2V A; 1VIS A; 4FPP A; 1IBK E; 4CWT A; 1KVK A; 3A0Y A; 3FV5 A; 4DPY A; 1XNR I; 3CGY A; 2VQF E; 5CF0 A; 4DUZ E; 4X64 E; 4XCL A; 4B3S I; 4JI2 E; 4M1K A; 4EMV A; 3EHF A; 1Z0T A; 2CG9 A; 5BR8 E; 4JI4 I; 2BT0 A; 1DAR A; 2YKB A; 4H81 A; 4NXN I; 4O04 A; 1YET A; 4XE2 A; 4XKA A; 4E01 A; 4KSG A; 4LPB A; 3LPS A; 4MB9 A; 1PKP A; 4FWG A; 4DR6 I; 4EFU A; 2BM0 A; 2HHH E; 1FNM A; 3R4M A; 3A0R A; 1B62 A; 1N33 I; 4USM A; 3J81 Q; 1I94 E; 1N36 I; 4LF4 I; 5A2Q C; 2XHX A; 4NXM E; 4MYU A; 4DV4 I; 2Q8G A; 1ID0 A; 4WUC A; 2FYP A; 2V34 A; 4AWO A; 2ZIT A; 5CPH A; 1TBW A; 4O05 A; 4CWQ A; 2C2A A; 2BYH A; 2YGF A; 3OWB A; 3G7B A; 2R42 A; 2WI7 A; 1Y8O A; 4HY1 A; 3R4P A; 2XEX A; 4HYP A; 3R92 A; 3U67 A; 3K1J A; 2XDS A; 2DEJ A; 4DR5 I; 4DV6 E; 2UXB I; 3F0N A; 1YC1 A; 4FMT A; 1IBL E; 3T1H E; 2XDK A; 2IWX A; 4LWG A; 1UYC A; 1AMW A; 2BRC A; 4EMD A; 4DR2 E; 4DR7 I; 4LFB I; 1BXD A; 3D2R A; 2UXC E; 4LF9 E; 1ZM4 A; 2CCS A; 4JI6 E; 2GQP A; 4YKR A; 2EXL A; 4LWE A; 2V2Q A; 4L94 A; 1U2O A; 3JAM C; 4H85 A; 5D7D A; 4GGL A; 2WI4 A; 3EHG A; 3WQ9 A; 2LJP A; 4JV5 E; 3ZXO A; 2NPF A; 1TIL A; 2YE4 A; 1QZR A; 4LP0 A; 4O09 A; 4KHP E; 3GON A; 1ZWH A; 4HXW A; 1MG7 A; 1Z0G A; 2YK2 A; 2XDL A; 4HYM A; 4LFC E; 4YY3 I; 4USK A; 1Z0C A; 4JI3 I; 4X62 I; 3QT7 A; 1I5A A; 2CZ9 A; 1Y8N A; 4LF6 I; 3Q1Q A; 4DV7 E; 4JI5 E; 1Y8P A; 4W7T A; 1AJ6 A; 3WU5 A; 5LMU I; 1YES A; 4JAU A; 5FWK A; 4YKQ A; 2VQE E; 4AQY I; 2XAB A; 3PEJ A; 3B8H A; 3KE6 A; 5D7R A; 4HAC A; 3ZM7 A; 2YE2 A; 4URL A; 1HNZ I; 4JI1 I; 4Q20 A; 2Q8I A; 1UYK A; 4KSH A; 4PL9 A; 4YKZ A; 4HAC B; 1ELO A; 3J80 C; 1B3Q A; 1UYF A; 1UY6 A; 1EI1 A; 1THN A; 2VWC A; 2WI3 A; 3B26 A; 4R1F A; 1HNX I; 4KFG A; 3O2F A; 4GKK E; 5FLX Q; 1NHH A; 1H7S A; 3QT5 A; 4MYT A; 1TH8 A; 2YEI A; 4NH8 A; 5L3J A; 4E02 A; 4I5S A; 4DV1 E; 2HG1 A; 4DR1 E; 4XIP A; 4DPW A; 4B3R E; 4B3M I; 1Z5C A; 2OI2 A; 3H4L A; 5M4M A; 4X66 E; 3U2K A; 4CWO A; 4GKJ I; 3ZKD A; 2UWD A; 4P7A A; 4B3T I; 2UXD I; 4FCQ A; 1MU5 A; 2BZ5 A; 4JYA E; 4NH7 A; 1YC4 A; 4CE2 A; 3J81 C; 4LF7 I; 3INW A; 4JI8 E; 2HKE A; 1J5E I; 4UT4 A; 1OSF A; 2YGE A; 1I59 A; 2XHR A; 3TZ5 A; 1N0V C; 3A0W A; 2IWU A; 2WEQ A; 4DV2 I; 2YJX A; 5FNC A; 4DPT A; 2ZKJ A; 4ASA A; 1R62 A; 3HHU A; 2R3V A; 3VHD A; 2E5L E; 1UYD A; 2YE7 A; 3GIF A; 2XX2 A; 1N34 E; 4DV0 E; 5IDJ A; 2XDU A; 5M4K A; 1RRE A; 4JI7 E; 1UYG A; 3VAD A; 4JI4 E; 3VHC A; 4BIU A; 4LF5 I; 1UYE A; 1UEK A; 2GS8 A; 3J80 Q; 4NXN E; 4ED4 A; 3O6O A; 1PIE A; 3FT5 A; 1XMO E; 4DR6 E; 4EGI A; 4JI0 E; 2XD6 A; 1S4E A; 3V2U C; 3T1Y E; 3GIG B; 2XX5 A; 3HYY A; 2VW5 A; 3NMQ A; 3B82 A; 1I5D A; 3QTF A; 2XJJ A; 2QG0 A; 5LMN I; 1N33 E; 4LFA I; 4K0K I; 4JG4 A; 4DV4 E; 4DR4 I; 4XKO A; 2YEH A; 2XHT A; 4P8O A; 1RR9 A; 2CCT A; 3WHA A; 2Q8H A; 2XDX A; 4FCR A; 5LL6 R; 3T0H A; 1QYE A; 1FKA E; 4XCJ A; 4AS9 A; 1ZM2 A; 2VQF I; 3HEK A; 4X64 I; 1YT1 A; 1YT2 A; 2UU9 E; 5FNF A; 1BYQ A; 2XJX A; 5M4P A; 1KTV A; 3FT8 A; 2YE6 A; 1UY7 A; 4QPJ A; 4NH9 A; 5M4H A; 4GQT A; 2VF3 A; 4DV3 I; 5BR8 I; 3PYE A; 2BU8 A; 4L93 A; 1YS3 A; 3G7E A; 4CWS A; 3T2S A; 2E1R A; 4FCP A; 3CRK A; 1KZN A; 2ESA A; 3JZ3 A; 4CE1 A; 5FLX C; 4FW9 A; 4Z7C A; 5F5R A; 1K47 A; 3CRL A; 1XMQ I; 1WUU A; 2BRE A; 4LWH A; 2HHH I; 2ZM6 E; 3PYF A; 4E00 A; 2UUB E; 3K60 A; 2V2Z A; 1ZXN A; 2O1V A; 1I94 I; 2F4V E; 3O0I A; 3B24 A; 3D36 A; 2ZBK B; 1GKZ A; 3TZ4 A; 3OWD A; 4EFT A; 4LF8 E; 5C93 A; 2IOR A; 4PRV A; 2UUA E; 4YKW A; 4YY3 E; 1AM1 A; 3EKR A; 4X62 E; 4YKU A; 2UUC I; 5J71 A; 1D6T A; 3RLQ A; 3QT6 A; 4HZ0 A; 1HR0 I; 1N32 I; 1UYI A; 4X65 E; 4JAS A; 4URO A; 2BM1 A; 4DUH A; 4CWP A; 1KKH A; 4ZVI A; 4DU8 A; 4DV6 I; 1HNW E; 2EFG A; 4XC0 A; 2K5B A; 3CWV A; 1Z0V A; 3T1H I; 1XNQ E; 1EA6 A; 4JI1 E; 1UYH A; 1S16 A; 4DR2 I; 4B6C A; 4URN A; 2O1U A; 1FI4 A; 3LNU A; 1PVG A; 2UXC I; 3V5R A; 4ASB A; 3Q5L A; 2HKJ A; 1H73 A; 1AH6 A; 3VHA A; 1HNX E; 2YI7 A; 4LWF A; 2JKI A; 5D6P A; 4EGH A; 1IBM E; 5IDM A; 4BXI A; 2V8P A; 1Z0W A; 3B27 A; 5IWA I; 4DV5 E; 2VCJ A; 4BQJ A; 4B3M E; 1ZXM A; 1Y4U A; 1TC6 A; 1US7 A; 5CTY A; 1NHJ A; 4GKJ E; 4OX9 E; 1UY9 A; 1Z0E A; 2UXD E; 1YSR A; 3B28 A; 1ZM3 A; 4DPX A; 4XDM A; 2WW4 A; 1ZM9 A; 4FN5 A; 4DR3 E; 5IT9 Q; 5BOC A; 4DV7 I; 4JI5 I; 4DUY E; 1AH8 A; 1JM6 A; 1J5E E; 4XTJ A; 1FJG E; 3RLR A; 3M6A A; 2YEB A; 2VQE I; 3D0B A; 2BTZ A; 2BU2 A; 3HUL A; 1H7U A; 4CWF A; 1H72 C; 2DEI A; 3TZ0 A; 3R4N A; 2ZDY A; 1Z0B A; 4L91 A; 1S14 A; 5D7C A; 4DU7 A; 4FWH A; 4AWP A; 3D4J A; 4V26 A; 3ZZ0 A; 2PNR A; 2VCI A; 1YSZ A; 2ZDX A; 3PYG A; 4JAV A; 4ZKI A; 2FWY A; 1NZ0 A; 1XNR E; 1Z5A A; 2YE8 A; 4XIR A; 4GKK I; 3H80 A; 4X9L A; 4B3S E; 1I5B A; 4QPK A; 1U2R A; 2AJ4 A; 2BV3 A; 2XCM A; 4YKY A; 4DV1 I; 1NHI A; 4DR1 I; 4B3R I; 4U93 A; 5D6Q A; 3LTO A; 4MPE A; 4HZ5 A; 2E0A A; 4YHH I; 4V25 A; 4MOT A; 5LMN E; 4LFA E; 5F3K A; 4K0K E; 1QY8 A; 3HZ1 A; 4XD8 A; 4JI8 I; 4AWQ A; 5IN9 A; 3Q5K A; 4GEE A; 3EKO A; 4GFN A; 5CTX A; 3TZ2 A; 4O0B A; 4R3A A; 3OTO I; 5J6A A; 1N36 E; 3GIG A; 4LF4 E; 1GJV A; 1TID A; 4KQV A; 4EEH A; 4DPU A; 4YKX A; 3ZZT A; 1IBK I; 2IWS A; 4XIQ A; 4CWN A; 2E5L I; 4K4O A; 4CWR A; 2XJG A; 1I5C A; 4EGK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QFO A; 1N34 I; 4XKK A; 4FWD A; 2BA1 D; 4DV0 I; 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