4YYJA

Crystal structure of brd9 bromodomain bound to a butyryllysine peptide
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
101
structure length
101
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
publication title A Subset of Human Bromodomains Recognizes Butyryllysine and Crotonyllysine Histone Peptide Modifications.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 37
structure length 101
sequence length 101
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yyjA00
5FB1A 5FFVA 4QY4A 3MB4A 4QYDA 4UYGA 4UYFB 5E74A 4PY6A 4J3IA 5LKTA 4YATA 5HCLA 2R10A 5EISA 4TT4A 5D3SA 5I40A 5EPRA 5EVAA 4UIZA 5FG5A 4OUFA 4XYAA 5CFWA 4QSVA 5BT4A 4IOOA 4IR6A 5E9LA 4N3WA 4Z6HA 5F1LA 4YYMA 4TZ2A 3GG3A 4HXPA 3HMEA 5E9YA 5EWVA 4PCIA 5KU3A 2DVQA 5ENJA 1JSPB 3O33A 5E7DA 2RI7A 5DYXA 4Z1SA 5LJ1A 4PKLA 5EA1A 5I86A 5DX4A 4UIUA 5ENGA 5KO4A 4YK0A 5FDZA 5CQ4A 4LR6A 2OO1A 4HBYA 5KTUA 5J0DA 1ZS5A 3G0LA 4A9NA 4PCEA 5IBNA 4QB3A 2L5EA 5H1UA 3JVLA 5EK9A 4Z93A 4NXJA 4HBVA 5COIA 3G0JA 5CUDA 5HEMA 3U5NA 5HRXA 4C67A 5FG6A 4MEQA 2RNWA 5LUUA 5LKXA 4LDFA 5EWHA 5D25A 5HENA 4QSQA 5DLXA 3MQMA 5CQAA 5ENFA 5DYUA 5KHMA 5IGNA 4O78A 4GPJA 4QR3A 4TS8A 4F3IA 4E96A 5A5RA 2L84A 3LXJA 4N4HA 4BHWA 4UIYA 2YYNA 2R0SA 2D82A 4A9LA 4QSXA 4NS5A 5FE8A 4NR7A 3HMFA 4NR4A 5D3PA 5EP7A 2FSAA 5KTXA 4O77A 5ETDA 3UVDA 3U5JA 4HXNA 5DYAA 3U5OA 5I83A 4NR8A 5DLZA 3QZVA 5D24A 2OUOA 5F61A 3IU6A 5F3AA 4HXLA 2GRCA 4LRGA 5F62A 5LJ0A 5EGUA 5I7YA 3D7CA 4NRBA 4HXSA 4N4IA 5KTWA 4UYFA 4QYLA 5D3LA 5DFBA 5F1HA 2WP1A 5EWDA 2YQDA 4HXMA 4BW1A 5LJ2A 5DBMA 4YYNA 4AKNA 5HLSA 4Q0NA 5ACYA 4UIXA 5FE3A 5A85A 2YW5A 4MEOA 5HJCA 4MEPA 3UW9A 2RNYA 5CUGA 4O7BA 4QSTA 5A5NA 4WHUA 4Q0OA 5CQ8A 3SVGA 5D3TA 4YAXA 4HXKA 5D3NA 2R0VA 4QSRA 4QSWA 4DONA 3LJWA 5CP5A 5JWMA 1N72A 4BW4A 2H60A 5F63A 1WUGA 4TYLA 5HFRA 5C7NA 5FE2A 4IORA 2MJVB 5FB0A 5F5ZA 4MR5A 4KV1A 5DY7A 5C89A 5FH6A 4YBTA 5BT3A 4A9JA 4QBMA 3O36A 2N9GA 4A9IA 5DYCA 5A7CA 4QZSA 5CU8A 4QR4A 3U5KA 4NR5A 4NYXA 5E3GA 2E3KA 5ENCA 5L8UA 4CUTA 4YYIA 5I88A 3UVYA 4LC2A 5FE6A 4TZ8A 4KCXA 4LZ2A 4MR6A 4QSSA 2RNXA 5CUBA 4J0SA 5DFDA 4YH3A 4QSUA 5D26A 4YYDA 4HBWA 5I29A 4NYVA 5ENBA 4XUAA 3UVWA 4NR6A 5FFWA 4PTBA 4YABA 5DKHA 4A9OA 5FE1A 4XY8A 5ENIA 4YC9A 4KV4A 4YBSA 4Y03A 5JI8A 3P1EA 5EM3A 5EU1A 5AD3A 5A82A 5E9KA 5C4QA 3RCWA 4NUDA 4TT6A 1JM4B 5CY9A 4ALGA 2G4AA 5G4RA 5HELA 4WHWA 5CRZA 4QC1A 3JVKA 5L99A 4CLBA 2DATA 3O35A 4A9KA 4CFLA 5DW1A 3AQAA 3MULA 5DKDA 5IGLA 2E7NA 4YY6A 2D9EA 3Q2FA 3O37A 5HQ6A 5CQTA 4YADA 5LVQA 2RFJA 5E9VA 4YBMA 3K2JA 4IR4A 4UYHA 5FE5A 3U5PA 5C87A 3UV2A 3MUKA 4OGIA 4N4GA 4NUEA 3SVFA 5TB6A 5IGMA 4UITA 5AD2A 5HRWA 3HMHA 5FG4A 4BJXA 3P1CA 5HRVA 5CS8A 5DFCA 3QZSA 3JVMA 2YDWA 3LQHA 1X0JA 5FE0A 5EICA 4NUCA 4TT2A 5IIDA 5BT5A 3I3JA 4WIVA 4MR3A 3DWYA 2DWWA 4TQNA 2LSPB 4PS5A 4YY4A 4N4FA 3P5OA 2WP2A 5LKUA 5D7XA 4UIWA 4ZW1A 5DW2A 4YYGA 1EQFA 5CQ5A 4O7CA 4YYJA 2E7OA 4ZQLA 5FE7A 3UV4A 5D0CA 3QZTA 4OGJA 5II2A 3TLPA 4FLPA 5A5SA 4C66A 2NXBA 4O72A 4QEWA 5A5QA 3MB3A 4O70A 5E0RA 3FKMX 4QSPA 5H1VA 3O34A 3LQJA 4BW3A 5EWWA 5F60A 5E3DA 4QUTA 5FE4A 4ALHA 5CZGA 4CUPA 4Z6IA 4YYKA 5CGPA 5CUAA 5L98A 5HM0A 5II1A 4O7EA 5ENHA 5EPSA 5CRMA 3AADA 5HQ7A 1WUMA 5CUEA 5C8GA 2F6JA 4LYSA 5D3JA 5AMFA 4J1PA 4QC3A 4A9HA 2L85A 4A9EA 3U5MA 5A83A 5EI4A 2F6NA 4QR5A 4QEVA 5F25A 4BW2A 5CQ3A 4IOQA 5CUCA 4O7AA 4NYWA 2I8NA 2YELA 3LQIA 2YEMA 4J0RA 4CUUA 5I89A 5C85A 1F68A 4LYIA 4NR9A 4O71A 5EV9A 4A9FA 2RS9B 3S91A 4CUSA 4IR5A 4TU6A 2KTBB 5EWCA 4QUUA 4RVRA 4MR4A 5FFYA 5LVRA 5D3HA 4A9MA 2I7KA 4CURA 4YH4A 4LZRA 4X2IA 5FE9A 5HQ5A 5EPBA 3P1DA 5CTLA 5FBXA 5HFQA 4QEUA 5IGKA 4O7FA 5CQ7A 3MXFA 2R0YA 5CPEA 4IR3A 4O76A 4NRCA 4YYHA 4MENA 3S92A 5K29A 5ETBA 4HBXA 4QNSA 5A5PA 3ZYUA 5LKZA 4CL9A 4LYWA 1E6IA 4NRAA 5CQ6A 2DVRA 2DVSA 3SVHA 5EQ1A 2DVVA 4NQMA 2OSSA 5D3RA 5L97A 3P1FA 4O75A 5ENEA 4NQNA 5E9IA 5H85A 5TCMA 3UV5A 3NXBA 5DKCA 4O74A 2YEKA 3JVJA 3ONIA 3UVXA 4CUQA 4TTEA 5I7XA 5F36A 2RO1A 5A81A 4XY9A 4TU4A 2DKWA 5FH7A 4CFKA 5A5OA 4HXRA 5I80A 5L96A 3DAIA 5G4SA 5I1QA 4HXOA 4XUBA 5E9MA 5E73A 5IG6A 5L8TA 4UYDA 4ZC9A 4UIVA 4UYEA 3IU5A 5AMEA 5F2PA 4Z1QA 5FH8A 5H1TA 3U5LA 4LZSA 3Q2EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FB1A 5FFVA 4QY4A 3MB4A 4QYDA 4UYGA 4UYFB 5E74A 4PY6A 4J3IA 5LKTA 4YATA 5HCLA 2R10A 5EISA 4TT4A 5D3SA 5I40A 5EPRA 5EVAA 3D1DA 4UIZA 5FG5A 4OUFA 4XYAA 5CFWA 4QSVA 5BT4A 4IOOA 4IR6A 5E9LA 4N3WA 4Z6HA 5F1LA 4YYMA 4TZ2A 3GG3A 4HXPA 3HMEA 5E9YA 5EWVA 4PCIA 5KU3A 2DVQA 5ENJA 1JSPB 3O33A 5E7DA 2RI7A 5DYXA 4Z1SA 5LJ1A 4PKLA 5EA1A 5I86A 5DX4A 4UIUA 5ENGA 5KO4A 4YK0A 5FDZA 5CQ4A 4LR6A 2OO1A 4HBYA 5KTUA 5J0DA 1ZS5A 3G0LA 4A9NA 4PCEA 5IBNA 4QB3A 2L5EA 5H1UA 3JVLA 5EK9A 4Z93A 4NXJA 4HBVA 5COIA 3G0JA 5CUDA 5HEMA 3U5NA 5HRXA 4C67A 5FG6A 4MEQA 2RNWA 5LUUA 5LKXA 4LDFA 5EWHA 5D25A 5HENA 4QSQA 5DLXA 3MQMA 5CQAA 5ENFA 5DYUA 5KHMA 5IGNA 4O78A 4GPJA 4QR3A 4TS8A 4F3IA 4E96A 5A5RA 2L84A 3LXJA 4N4HA 4BHWA 4UIYA 2YYNA 2R0SA 2D82A 4A9LA 4QSXA 4NS5A 5FE8A 4NR7A 3HMFA 4NR4A 5D3PA 5EP7A 2FSAA 5KTXA 4O77A 5ETDA 3UVDA 3U5JA 4HXNA 5DYAA 3U5OA 5I83A 4NR8A 5DLZA 3QZVA 5D24A 2OUOA 5F61A 3IU6A 5F3AA 4HXLA 2GRCA 4LRGA 5F62A 5LJ0A 5EGUA 5I7YA 3D7CA 4NRBA 4HXSA 4N4IA 5KTWA 4UYFA 4QYLA 5D3LA 5DFBA 5F1HA 2WP1A 5EWDA 2YQDA 4HXMA 4BW1A 5LJ2A 3VKHA 1PUOA 5DBMA 4YYNA 4AKNA 5HLSA 4Q0NA 5ACYA 4UIXA 5FE3A 5A85A 2YW5A 4MEOA 4AKIA 5HJCA 4MEPA 3UW9A 4AKHA 2RNYA 5CUGA 4AKGA 4O7BA 4QSTA 5A5NA 4WHUA 4Q0OA 5CQ8A 3SVGA 5D3TA 4YAXA 4HXKA 5D3NA 2R0VA 4QSRA 4QSWA 4DONA 3LJWA 5CP5A 5JWMA 1N72A 4BW4A 2H60A 5F63A 1WUGA 4TYLA 5HFRA 5C7NA 5FE2A 4IORA 2MJVB 5FB0A 5F5ZA 4MR5A 4KV1A 5DY7A 5C89A 5FH6A 4YBTA 5BT3A 4A9JA 4QBMA 3O36A 2N9GA 4A9IA 5DYCA 5A7CA 4QZSA 5CU8A 4QR4A 3U5KA 4NR5A 4NYXA 5E3GA 2E3KA 5ENCA 5L8UA 4CUTA 4YYIA 5I88A 3UVYA 4LC2A 5FE6A 4TZ8A 4KCXA 4LZ2A 4MR6A 4QSSA 2RNXA 5CUBA 4J0SA 5DFDA 4YH3A 4QSUA 5D26A 4YYDA 4HBWA 5I29A 4NYVA 5ENBA 4XUAA 3UVWA 4NR6A 5FFWA 4PTBA 4YABA 5DKHA 4A9OA 5FE1A 4XY8A 5ENIA 4YC9A 4KV4A 4YBSA 4Y03A 5JI8A 3P1EA 5EM3A 5EU1A 5AD3A 5A82A 5E9KA 5C4QA 3RCWA 4NUDA 4TT6A 1JM4B 5CY9A 4ALGA 2G4AA 5G4RA 5HELA 4WHWA 5CRZA 4QC1A 3JVKA 5L99A 4CLBA 2DATA 3O35A 4A9KA 4CFLA 5DW1A 3AQAA 3MULA 5DKDA 5IGLA 2E7NA 4YY6A 2D9EA 3D1BA 3Q2FA 3O37A 5HQ6A 5CQTA 4YADA 5LVQA 2RFJA 5E9VA 4YBMA 3K2JA 4IR4A 4UYHA 5FE5A 3U5PA 5C87A 3UV2A 3MUKA 4OGIA 4N4GA 4NUEA 3SVFA 5TB6A 5IGMA 4UITA 5AD2A 5HRWA 3HMHA 5FG4A 4BJXA 3P1CA 5HRVA 5CS8A 5DFCA 3QZSA 3JVMA 2YDWA 3LQHA 1X0JA 5FE0A 5EICA 4NUCA 4TT2A 5IIDA 5BT5A 3I3JA 4WIVA 4MR3A 3DWYA 2DWWA 4TQNA 2LSPB 4PS5A 4YY4A 4N4FA 3P5OA 2WP2A 5LKUA 5D7XA 4UIWA 4ZW1A 5DW2A 4YYGA 1EQFA 5CQ5A 4O7CA 4YYJA 2E7OA 4ZQLA 5FE7A 3UV4A 5D0CA 3QZTA 4OGJA 5II2A 3TLPA 4FLPA 5A5SA 4C66A 2NXBA 4O72A 4QEWA 5A5QA 3MB3A 4O70A 5E0RA 3FKMX 4QSPA 5H1VA 3O34A 3LQJA 4BW3A 5EWWA 5F60A 5E3DA 4QUTA 5FE4A 4ALHA 5CZGA 4CUPA 4Z6IA 4YYKA 5CGPA 5CUAA 5L98A 5HM0A 5II1A 4O7EA 5ENHA 5EPSA 5CRMA 3AADA 5HQ7A 1WUMA 5CUEA 5C8GA 2F6JA 1ZKRA 4LYSA 5D3JA 5AMFA 4J1PA 4QC3A 4A9HA 2L85A 4A9EA 3U5MA 5A83A 5EI4A 2F6NA 4QR5A 4QEVA 5F25A 4BW2A 5CQ3A 4IOQA 5CUCA 4O7AA 4NYWA 3ERRA 2I8NA 2YELA 3LQIA 2YEMA 4J0RA 4CUUA 5I89A 5C85A 1F68A 2EJNA 4LYIA 4NR9A 4O71A 5EV9A 4A9FA 2RS9B 3S91A 4CUSA 4IR5A 4TU6A 2KTBB 5EWCA 4QUUA 4RVRA 4MR4A 5FFYA 4AI6A 5LVRA 5D3HA 4A9MA 2I7KA 4CURA 4YH4A 4LZRA 4X2IA 5FE9A 5HQ5A 5EPBA 3VKGA 3P1DA 5CTLA 5FBXA 5HFQA 4QEUA 5IGKA 4O7FA 5CQ7A 3MXFA 2R0YA 5CPEA 4IR3A 4O76A 4NRCA 4YYHA 4MENA 3S92A 5K29A 5ETBA 4HBXA 4QNSA 5A5PA 3ZYUA 5LKZA 4CL9A 4LYWA 1E6IA 4NRAA 5CQ6A 2DVRA 2DVSA 3SVHA 5EQ1A 2DVVA 4NQMA 2OSSA 5D3RA 5L97A 3P1FA 4O75A 5ENEA 4NQNA 5E9IA 5H85A 5TCMA 3UV5A 3NXBA 5DKCA 4O74A 2YEKA 3JVJA 3ONIA 3UVXA 4CUQA 4TTEA 5I7XA 5F36A 2RO1A 5A81A 4XY9A 4TU4A 2DKWA 5FH7A 4CFKA 5A5OA 4HXRA 5I80A 5L96A 3DAIA 5G4SA 5I1QA 4HXOA 4XUBA 5E9MA 5E73A 5IG6A 5L8TA 4UYDA 4ZC9A 4UIVA 4UYEA 3IU5A 5AMEA 5F2PA 4Z1QA 5FH8A 5H1TA 3U5LA 4LZSA 3Q2EA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FB1 A;  5FFV A;  4QY4 A;  3MB4 A;  4QYD A;  4UYG A;  4UYF B;  5E74 A;  4PY6 A;  4J3I A;  5LKT A;  4YAT A;  5HCL A;  2R10 A;  5EIS A;  4TT4 A;  5D3S A;  5I40 A;  5EPR A;  5EVA A;  4UIZ A;  5FG5 A;  4OUF A;  4XYA A;  5CFW A;  4QSV A;  5BT4 A;  4IOO A;  4IR6 A;  5E9L A;  4N3W A;  4Z6H A;  5F1L A;  4YYM A;  4TZ2 A;  3GG3 A;  4HXP A;  3HME A;  5E9Y A;  5EWV A;  4PCI A;  5KU3 A;  2DVQ A;  5ENJ A;  1JSP B;  3O33 A;  5E7D A;  2RI7 A;  5DYX A;  4Z1S A;  5LJ1 A;  4PKL A;  5EA1 A;  5I86 A;  5DX4 A;  4UIU A;  5ENG A;  5KO4 A;  4YK0 A;  5FDZ A;  5CQ4 A;  4LR6 A;  2OO1 A;  4HBY A;  5KTU A;  5J0D A;  1ZS5 A;  3G0L A;  4A9N A;  4PCE A;  5IBN A;  4QB3 A;  2L5E A;  5H1U A;  3JVL A;  5EK9 A;  4Z93 A;  4NXJ A;  4HBV A;  5COI A;  3G0J A;  5CUD A;  5HEM A;  3U5N A;  5HRX A;  4C67 A;  5FG6 A;  4MEQ A;  2RNW A;  5LUU A;  5LKX A;  4LDF A;  5EWH A;  5D25 A;  5HEN A;  4QSQ A;  5DLX A;  3MQM A;  5CQA A;  5ENF A;  5DYU A;  5KHM A;  5IGN A;  4O78 A;  4GPJ A;  4QR3 A;  4TS8 A;  4F3I A;  4E96 A;  5A5R A;  2L84 A;  3LXJ A; 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