5A82A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 4-(3r,4r) -4-(3-methyl-2-oxo-1,2-dihydro-1,7-naphthyridin-8-yl)aminopiperidin-3- yloxymethyl)-1-thiane-1,1-dione
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a82A00
2FSAA 3QZVA 4QSQA 4QUTA 4UIUA 3S92A 5IBNA 5CFWA 4Z6IA 2LSPB 3G0LA 4A9NA 5F62A 5L8TA 5KTUA 4BW3A 4YBTA 5DYXA 5FG5A 5IG6A 5E9VA 4QSUA 5CQ6A 4YH3A 2N9GA 3U5OA 5KU3A 4QR5A 2RI7A 5A5SA 4ZQLA 5A85A 3Q2EA 3K2JA 3MULA 3O33A 2DVSA 5FE4A 5E9MA 3AQAA 4QSXA 4N4HA 3U5NA 3RCWA 4YC9A 5EPSA 4QSVA 5EK9A 4OGIA 3U5MA 5KHMA 5LKUA 3QZSA 4LRGA 3P1CA 4J1PA 5EV9A 5C89A 5A83A 4UYDA 4NR9A 4NYXA 4NXJA 4C67A 1X0JA 5IGLA 5E9LA 5FH7A 5FE5A 4TT2A 3O34A 2YDWA 4CFLA 5IIDA 5EWCA 5FE8A 5FDZA 4TZ2A 2YW5A 5L98A 4XY8A 5EGUA 2RO1A 5HCLA 3P1EA 4J0RA 4O77A 5CUEA 2D9EA 4NUDA 5ENGA 2L5EA 5CQAA 3LXJA 5L99A 4J0SA 5F36A 4O78A 5LKZA 3UVXA 5HJCA 4HXPA 5CP5A 5H1TA 5A5QA 5ENIA 4F3IA 2DKWA 4QSRA 4NYVA 2MJVB 5FG4A 5FE7A 5AD3A 4Y03A 5E9KA 4O70A 3U5JA 5C8GA 4KCXA 4HBVA 5D25A 5EICA 5E9IA 4BJXA 4QYLA 3HMEA 4NR4A 4CFKA 4YH4A 1N72A 3UV2A 5LJ1A 5L97A 2R0SA 5EPBA 5I86A 5F5ZA 4QEWA 5TB6A 5DY7A 5BT4A 4NYWA 5DFDA 5H1VA 5EWVA 3U5LA 5FFVA 3DWYA 5A5OA 3MXFA 3NXBA 3LQIA 2E3KA 5BT5A 4CL9A 2WP2A 4QSWA 4E96A 3O35A 5CRMA 4N4GA 4IR6A 3ONIA 4TQNA 4MR4A 5DX4A 1WUMA 3MB4A 4YYKA 4YAXA 5C85A 5G4SA 5A5PA 5CQ5A 5II1A 4YY4A 1ZS5A 4UIVA 4NRAA 5TCMA 4Z1QA 4TZ8A 5EWHA 5KTWA 5DLXA 3UV4A 4IOQA 4MEPA 5I7XA 3UV5A 4AKNA 4NQNA 5D7XA 4QY4A 5HQ6A 4UIYA 2RNWA 5LJ2A 4NUCA 5L96A 4GPJA 5F60A 4MEQA 2D82A 3TLPA 4MENA 4QSTA 2OO1A 4QZSA 4A9LA 5CUBA 3O37A 1F68A 5D3TA 5HQ5A 5CQ4A 5LJ0A 1E6IA 5I89A 3IU6A 4A9HA 4TT4A 4ALHA 4YK0A 3MQMA 4RVRA 4OUFA 3LJWA 3HMHA 2YQDA 4O72A 5F1HA 4NR5A 5H85A 4QNSA 5E73A 4A9EA 5C4QA 5ETBA 5DYUA 5D0CA 4TS8A 4O7FA 4UYEA 5EA1A 5HFRA 4UIZA 5CQ3A 5DKHA 4HXMA 5AMEA 3AADA 4O74A 2R0YA 3JVJA 3O36A 3JVMA 3LQJA 4CUQA 5HFQA 5D3HA 4YYGA 3P5OA 4PCEA 2DVQA 2RS9B 4HXLA 4LYSA 3P1DA 4LZSA 3UVYA 5CGPA 4TYLA 5CQTA 3GG3A 5E0RA 4TU4A 5HEMA 3ZYUA 4Z93A 5D3LA 5IGKA 4LDFA 5DBMA 4QR4A 2DATA 4LYWA 4O76A 2YYNA 3LQHA 4TU6A 3U5PA 4HXNA 5A7CA 4LZ2A 5ETDA 4Q0OA 5E3GA 3QZTA 5D3JA 5E7DA 5A5RA 3MB3A 4HXKA 5HENA 5FG6A 3FKMX 3SVGA 5A82A 4QR3A 5CUAA 4YYDA 5ENJA 5G4RA 5F3AA 4C66A 5A5NA 1JSPB 4CUTA 4PKLA 5CU8A 4HXRA 4YYMA 5E3DA 2KTBB 4PTBA 4BW1A 2R0VA 4OGJA 4UIWA 5D26A 5AMFA 5DFCA 5HRWA 5EM3A 3DAIA 2DWWA 4MEOA 3UVDA 4NRBA 3UVWA 4YBMA 4YADA 5HLSA 5ENBA 4A9IA 4N4FA 4IORA 1EQFA 1WUGA 2I7KA 4QC1A 5LVRA 4Z6HA 5CY9A 3MUKA 5EP7A 4BW2A 4CURA 5J0DA 4UYHA 4IR3A 5I83A 5EPRA 4QSPA 4A9JA 4BHWA 4IOOA 4KV1A 2RNXA 4NS5A 5FH6A 4DONA 4HBYA 5DYCA 5DW2A 5LKTA 3G0JA 4QEUA 4CUPA 5LKXA 4A9KA 3HMFA 5F2PA 5ENCA 5I29A 2R10A 5CZGA 3U5KA 4O7AA 4YYIA 5FE3A 5ACYA 3JVLA 5FBXA 2OSSA 5FH8A 5EI4A 3IU5A 4QB3A 5JWMA 5EWDA 5C7NA 5EVAA 5CS8A 3D7CA 2DVRA 4CUUA 5CUGA 4NUEA 5I88A 5AD2A 4CLBA 2YEMA 4N3WA 4N4IA 5F1LA 5LVQA 4ZW1A 2RNYA 4YYJA 5CUCA 2F6JA 4Q0NA 4BW4A 3SVFA 3P1FA 5HQ7A 5EQ1A 4J3IA 4CUSA 4NR7A 4KV4A 4O75A 4XUBA 4XYAA 2DVVA 4HXOA 4LYIA 2L85A 5FE0A 5DKDA 5F61A 4NRCA 2E7NA 5KTXA 5FE9A 4YATA 4UYFA 4O7EA 4HXSA 3JVKA 4QBMA 4PCIA 5ENHA 5EWWA 5HM0A 3SVHA 4TTEA 2OUOA 3I3JA 4NQMA 4HBWA 4XY9A 4A9OA 4FLPA 5D3SA 5II2A 2GRCA 5DW1A 4UITA 4PS5A 4MR3A 4A9MA 4QYDA 4WHWA 5D3NA 5C87A 4IR5A 4QEVA 1JM4B 4YABA 4QC3A 4PY6A 4YYHA 5D3PA 2G4AA 5JI8A 5IGNA 5FE1A 2F6NA 5I80A 4UYGA 4QSSA 5CRZA 4YBSA 2E7OA 5CPEA 5D3RA 4ALGA 5FB0A 5ENFA 5I7YA 5CTLA 4LC2A 4IR4A 5FFYA 4QUUA 5CQ8A 4NR8A 5EISA 3S91A 4MR6A 4XUAA 5FB1A 5FE6A 2YELA 5EU1A 2YEKA 5FFWA 5HRVA 4A9FA 5CQ7A 2WP1A 4UIXA 2RFJA 4Z1SA 4HBXA 4TT6A 4NR6A 2L84A 5CUDA 4WHUA 5D24A 5F63A 3Q2FA 4UYFB 2NXBA 5HRXA 4MR5A 5DFBA 4YY6A 4YYNA 5IGMA 4O7BA 5I1QA 4O71A 5E9YA 5I40A 5K29A 2H60A 5DKCA 3UW9A 4O7CA 5BT3A 4LR6A 5L8UA 2I8NA 4LZRA 4ZC9A 5HELA 4X2IA 5H1UA 5DLZA 5LUUA 5COIA 5F25A 5A81A 5FE2A 5ENEA 5DYAA 4WIVA 5KO4A 5E74A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FSAA 3QZVA 4QSQA 4QUTA 4UIUA 3S92A 5IBNA 5CFWA 4Z6IA 2LSPB 3G0LA 4A9NA 5F62A 5L8TA 5KTUA 4BW3A 4YBTA 5DYXA 5FG5A 5IG6A 5E9VA 4QSUA 5CQ6A 4YH3A 2N9GA 3U5OA 5KU3A 4QR5A 2RI7A 5A5SA 4ZQLA 5A85A 3Q2EA 3K2JA 3MULA 3O33A 2DVSA 2EJNA 5FE4A 5E9MA 3AQAA 4QSXA 4N4HA 3U5NA 3RCWA 4YC9A 5EPSA 4QSVA 5EK9A 4OGIA 3U5MA 5KHMA 5LKUA 3QZSA 4LRGA 3P1CA 4J1PA 5EV9A 5C89A 5A83A 4UYDA 4AKIA 4NR9A 4NYXA 4NXJA 4C67A 1X0JA 5IGLA 5E9LA 5FH7A 5FE5A 4TT2A 3O34A 2YDWA 4CFLA 5IIDA 5EWCA 5FE8A 5FDZA 4TZ2A 2YW5A 5L98A 4XY8A 3D1DA 5EGUA 2RO1A 5HCLA 3P1EA 4J0RA 4O77A 5CUEA 2D9EA 4NUDA 5ENGA 2L5EA 5CQAA 3LXJA 5L99A 4J0SA 5F36A 4O78A 5LKZA 3UVXA 5HJCA 4AI6A 4HXPA 5CP5A 5H1TA 5A5QA 5ENIA 4F3IA 2DKWA 4QSRA 4NYVA 2MJVB 5FG4A 5FE7A 5AD3A 4Y03A 5E9KA 4O70A 3U5JA 5C8GA 4KCXA 4HBVA 5D25A 5EICA 5E9IA 1ZKRA 4BJXA 4QYLA 3HMEA 4NR4A 4CFKA 4YH4A 1N72A 3UV2A 5LJ1A 5L97A 2R0SA 5EPBA 5I86A 5F5ZA 4QEWA 5TB6A 5DY7A 5BT4A 4NYWA 5DFDA 5H1VA 5EWVA 3U5LA 5FFVA 3DWYA 5A5OA 3MXFA 3NXBA 3LQIA 2E3KA 5BT5A 4CL9A 2WP2A 4QSWA 4E96A 3O35A 5CRMA 4N4GA 4IR6A 3ONIA 4TQNA 4MR4A 5DX4A 1WUMA 3MB4A 4YYKA 4YAXA 5C85A 5G4SA 5A5PA 5CQ5A 5II1A 4YY4A 1ZS5A 4UIVA 4NRAA 5TCMA 4Z1QA 4TZ8A 5EWHA 5KTWA 5DLXA 3UV4A 4IOQA 4AKHA 4MEPA 5I7XA 3UV5A 4AKNA 4NQNA 5D7XA 4QY4A 3D1BA 5HQ6A 4UIYA 2RNWA 5LJ2A 4NUCA 5L96A 4GPJA 5F60A 4MEQA 2D82A 3TLPA 4MENA 4QSTA 2OO1A 4QZSA 4A9LA 5CUBA 3VKHA 3O37A 1F68A 5D3TA 5HQ5A 5CQ4A 5LJ0A 1E6IA 5I89A 3IU6A 4A9HA 4TT4A 4ALHA 4YK0A 3MQMA 4RVRA 4OUFA 3LJWA 3HMHA 2YQDA 4O72A 5F1HA 4NR5A 5H85A 4QNSA 5E73A 4A9EA 5C4QA 5ETBA 5DYUA 5D0CA 4TS8A 4O7FA 4UYEA 5EA1A 5HFRA 4UIZA 5CQ3A 5DKHA 4HXMA 5AMEA 3AADA 4O74A 2R0YA 3JVJA 3O36A 3JVMA 3LQJA 4CUQA 5HFQA 5D3HA 4YYGA 3P5OA 4PCEA 2DVQA 2RS9B 4HXLA 4LYSA 3P1DA 4LZSA 3UVYA 5CGPA 4TYLA 5CQTA 3GG3A 5E0RA 4TU4A 5HEMA 3ZYUA 4Z93A 5D3LA 5IGKA 4LDFA 5DBMA 4QR4A 2DATA 4LYWA 4O76A 2YYNA 3LQHA 4TU6A 3U5PA 4HXNA 5A7CA 4LZ2A 5ETDA 4Q0OA 5E3GA 3QZTA 5D3JA 5E7DA 5A5RA 3MB3A 4HXKA 5HENA 5FG6A 3FKMX 3SVGA 5A82A 4QR3A 5CUAA 4YYDA 5ENJA 5G4RA 5F3AA 4C66A 5A5NA 1JSPB 4CUTA 4PKLA 5CU8A 4HXRA 4YYMA 5E3DA 2KTBB 4PTBA 4BW1A 2R0VA 4OGJA 4UIWA 5D26A 1PUOA 5AMFA 5DFCA 5HRWA 5EM3A 3DAIA 2DWWA 4MEOA 3UVDA 4NRBA 3UVWA 4YBMA 4YADA 5HLSA 5ENBA 4A9IA 4N4FA 4IORA 1EQFA 3ERRA 1WUGA 2I7KA 4QC1A 5LVRA 4Z6HA 5CY9A 3MUKA 5EP7A 4BW2A 4CURA 5J0DA 4UYHA 4IR3A 5I83A 5EPRA 4QSPA 4A9JA 4BHWA 4IOOA 4KV1A 2RNXA 4NS5A 5FH6A 4DONA 4HBYA 5DYCA 5DW2A 5LKTA 3G0JA 4QEUA 4CUPA 5LKXA 4A9KA 3HMFA 5F2PA 5ENCA 5I29A 2R10A 5CZGA 3U5KA 4O7AA 4YYIA 5FE3A 5ACYA 3JVLA 5FBXA 2OSSA 5FH8A 5EI4A 3IU5A 4QB3A 5JWMA 5EWDA 5C7NA 5EVAA 5CS8A 3D7CA 2DVRA 4CUUA 5CUGA 4NUEA 5I88A 5AD2A 4CLBA 2YEMA 4N3WA 4N4IA 5F1LA 5LVQA 4ZW1A 2RNYA 4YYJA 5CUCA 2F6JA 4Q0NA 4BW4A 3SVFA 3P1FA 5HQ7A 5EQ1A 4J3IA 4CUSA 4NR7A 4KV4A 4O75A 4XUBA 4XYAA 2DVVA 4HXOA 4LYIA 2L85A 5FE0A 5DKDA 5F61A 4NRCA 2E7NA 5KTXA 5FE9A 4YATA 4UYFA 4O7EA 4HXSA 3JVKA 4QBMA 4PCIA 5ENHA 5EWWA 5HM0A 3SVHA 4TTEA 2OUOA 3I3JA 4NQMA 4HBWA 4XY9A 4A9OA 4FLPA 5D3SA 5II2A 2GRCA 5DW1A 4UITA 4PS5A 4MR3A 4A9MA 4QYDA 4WHWA 5D3NA 5C87A 4IR5A 4QEVA 1JM4B 4YABA 4QC3A 4PY6A 4YYHA 5D3PA 2G4AA 5JI8A 5IGNA 5FE1A 2F6NA 5I80A 4UYGA 4QSSA 5CRZA 4YBSA 4AKGA 2E7OA 5CPEA 5D3RA 4ALGA 5FB0A 5ENFA 5I7YA 5CTLA 4LC2A 4IR4A 5FFYA 4QUUA 5CQ8A 4NR8A 5EISA 3S91A 4MR6A 4XUAA 5FB1A 5FE6A 2YELA 5EU1A 2YEKA 5FFWA 5HRVA 4A9FA 5CQ7A 2WP1A 4UIXA 2RFJA 4Z1SA 4HBXA 4TT6A 4NR6A 2L84A 5CUDA 4WHUA 5D24A 5F63A 3Q2FA 3VKGA 4UYFB 2NXBA 5HRXA 4MR5A 5DFBA 4YY6A 4YYNA 5IGMA 4O7BA 5I1QA 4O71A 5E9YA 5I40A 5K29A 2H60A 5DKCA 3UW9A 4O7CA 5BT3A 4LR6A 5L8UA 2I8NA 4LZRA 4ZC9A 5HELA 4X2IA 5H1UA 5DLZA 5LUUA 5COIA 5F25A 5A81A 5FE2A 5ENEA 5DYAA 4WIVA 5KO4A 5E74A
chains in the Genus database with same CATH topology
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