5A83A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 4-((3r, 4r)-4-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-8- yl-aminopiperidin-3-yloxymethyl)-1-thiane-1,1-dione
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a83A00
5BT4A 5BT5A 5LJ1A 5EA1A 3IU6A 4LYSA 5AD2A 3FKMX 3QZTA 4NR6A 4PCIA 4TU6A 4BW1A 5LUUA 2I7KA 5CQ7A 5EPRA 4Y03A 4NXJA 4YY6A 5CPEA 4KV1A 5DKCA 5DYCA 5L8TA 5E9LA 5FH7A 5IGLA 5CFWA 2WP2A 5ENBA 5II2A 4TU4A 5KHMA 4UIUA 5F2PA 5FH8A 4HBYA 5A83A 2DVQA 4YYNA 3HMEA 5A81A 4O70A 5DBMA 4Z6HA 4BJXA 4MEPA 5A5PA 4MR4A 2WP1A 3D7CA 4N4IA 4ALHA 5CZGA 5F3AA 4QSWA 4QYDA 4TZ2A 5HEMA 4YATA 3P1FA 4YK0A 4A9KA 4CUTA 2RI7A 5F1LA 5J0DA 4A9OA 4YYIA 2DVSA 5F60A 5CS8A 5D3LA 4WHWA 2L85A 5ENFA 3O36A 4CUQA 3HMFA 4QNSA 4UYDA 5CQ4A 4LR6A 3QZSA 5DX4A 5CY9A 4IR6A 5EWVA 5A85A 4TT6A 5CQ6A 2I8NA 5G4SA 2RNWA 5ENJA 5CQTA 4N3WA 3LXJA 4QEWA 4J0SA 5FE4A 2R0YA 4HXMA 2F6JA 4LYWA 4CL9A 4O76A 4CURA 1E6IA 4QEVA 3NXBA 4UYFB 5A5QA 2E7NA 5L96A 3UV5A 2KTBB 5C8GA 1EQFA 2YEMA 2YYNA 2DATA 3P1CA 5DKDA 5EVAA 5ENCA 4CUUA 3ONIA 4MENA 3U5JA 4YC9A 4KV4A 4BHWA 3I3JA 5FFVA 5I29A 4N4HA 3U5NA 4UITA 5DW1A 4NYXA 4HBVA 4C66A 4HXLA 4PTBA 5E3DA 5FE9A 4O77A 5KU3A 4LRGA 4RVRA 4WIVA 5HFQA 2YQDA 3O35A 1N72A 5CGPA 5CQ8A 4E96A 4MR3A 4QUTA 5AMEA 3AADA 5DYXA 5EISA 4O71A 4UYEA 5E9MA 4XUBA 3LQIA 5ETBA 4YADA 5A5RA 5C7NA 3JVJA 4ZQLA 4TTEA 5C4QA 4F3IA 5FE7A 5D24A 2OSSA 4HXNA 4NYWA 5DFDA 5KTWA 2NXBA 5E9YA 5E9IA 4FLPA 5G4RA 4BW2A 4HXKA 4C67A 4TZ8A 4UIYA 5A5NA 4HXRA 5EK9A 4MEQA 5A82A 4Z1SA 4QSSA 5CQAA 2RFJA 2G4AA 5I80A 5CUAA 4HXSA 4A9IA 4YYHA 4QSTA 5H1TA 5D3HA 4MR5A 4QEUA 3MUKA 4OGJA 3SVHA 4HBXA 4O75A 3JVKA 5CP5A 5L99A 5E9VA 1X0JA 4J1PA 4OUFA 2R10A 5FG5A 4QSRA 4NR8A 4QR4A 5L98A 2L5EA 3O37A 2GRCA 5ENIA 5D25A 4XY9A 5I40A 4O7CA 4LZRA 5F36A 4YYKA 5FE1A 4DONA 4Q0NA 5CUBA 3U5KA 5CUDA 4TT2A 4QSXA 5EWCA 3UVWA 5CU8A 5D3SA 4LZSA 2DVVA 4NQMA 4TYLA 3RCWA 3U5OA 5FE0A 5I83A 5JI8A 2RS9B 2L84A 4QSVA 5FE8A 3QZVA 5D0CA 4YYJA 2R0VA 5E9KA 4LDFA 4QR3A 4PY6A 5DFBA 5BT3A 3P5OA 5A5SA 4O7AA 5FE6A 4N4FA 2DWWA 5F63A 4YH3A 4LYIA 5E0RA 4WHUA 4NYVA 5K29A 3AQAA 4O7BA 4QSQA 5ENEA 5EGUA 5EU1A 5CUCA 4NS5A 5ENGA 3LQHA 4TS8A 3LQJA 3O33A 5CRZA 4ZW1A 5I7XA 5AMFA 4QB3A 3UV2A 4QBMA 3MB4A 1JSPB 5FBXA 5DFCA 5AD3A 3ZYUA 4YAXA 5ETDA 4NRCA 5TB6A 4O72A 4YYDA 3O34A 1ZS5A 4YYMA 4NRBA 2YW5A 4IOOA 3UV4A 5IBNA 5FE5A 1WUGA 4IR5A 3U5LA 5KTUA 4QZSA 5D3NA 4YBTA 4PKLA 5CUGA 3HMHA 5IGKA 5F25A 5LKUA 5CQ3A 4CFKA 5H1VA 5HRXA 4MEOA 4NUEA 3JVMA 4TT4A 4NR9A 5FE2A 5L97A 5F1HA 5KO4A 4KCXA 4YYGA 4O78A 5HELA 5IGNA 5LVRA 5F62A 2DVRA 5A7CA 5IG6A 3SVFA 3U5PA 5HENA 4YBMA 4UIVA 3G0LA 3G0JA 3S92A 1WUMA 5DW2A 5DLZA 4NRAA 5FB0A 5LKXA 5IGMA 4HXPA 2E3KA 4A9JA 4YH4A 5D26A 3UVXA 5D7XA 4UYHA 5CRMA 4IR4A 5ACYA 5FG4A 5HLSA 5I86A 3DAIA 5H85A 2F6NA 4QY4A 3P1DA 3JVLA 4QUUA 5E73A 5CUEA 5EWDA 4YY4A 4BW3A 5HCLA 5I1QA 5D3JA 2DKWA 5A5OA 5FG6A 5FFWA 3P1EA 5LKTA 5C87A 4UYFA 4QR5A 5DYAA 1F68A 3MB3A 5ENHA 5EICA 3Q2EA 4CUPA 4PS5A 5C85A 5LVQA 4IOQA 4X2IA 4N4GA 5HJCA 2R0SA 3U5MA 5EI4A 2H60A 4XUAA 5F61A 5FDZA 4Z6IA 3UW9A 4HXOA 3SVGA 5JWMA 4CLBA 4QSPA 5EWWA 5CQ5A 3TLPA 4A9NA 4A9MA 3MXFA 1JM4B 3Q2FA 4TQNA 5HM0A 5COIA 2RNYA 5CTLA 4Z1QA 4UIXA 5EPSA 2OO1A 4NUDA 5D3PA 5E7DA 4NUCA 5I89A 4NR5A 2OUOA 3MQMA 5L8UA 5EP7A 3UVDA 3IU5A 4Z93A 4YABA 2MJVB 5HRWA 4A9HA 5D3TA 5EWHA 5HQ6A 5LJ0A 5FFYA 4A9EA 3LJWA 4LZ2A 5H1UA 5II1A 4QC3A 2E7OA 5HQ5A 4XYAA 2YELA 4ALGA 5I88A 4IORA 4UYGA 3K2JA 4OGIA 4YBSA 4Q0OA 4NR7A 5HFRA 4CFLA 3S91A 5EV9A 5TCMA 3GG3A 2N9GA 4A9LA 4PCEA 3UVYA 4XY8A 2FSAA 4O74A 5DY7A 5FH6A 5IIDA 5DYUA 2RO1A 4J0RA 3DWYA 5LJ2A 4MR6A 4NQNA 4IR3A 4HBWA 5LKZA 4BW4A 4QC1A 2D82A 5EM3A 4J3IA 4CUSA 5D3RA 5F5ZA 4LC2A 5DLXA 5EPBA 5DKHA 2D9EA 5C89A 2YDWA 4A9FA 5FB1A 4QSUA 5HRVA 4UIWA 5E3GA 4NR4A 5HQ7A 5EQ1A 4O7FA 4AKNA 5I7YA 5E74A 4UIZA 4QYLA 5FE3A 5KTXA 2YEKA 4GPJA 2RNXA 4O7EA 4ZC9A 3MULA 2LSPB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BT4A 5BT5A 5LJ1A 5EA1A 3IU6A 4LYSA 5AD2A 3FKMX 3QZTA 4NR6A 4PCIA 4TU6A 4BW1A 5LUUA 2I7KA 5CQ7A 5EPRA 4Y03A 4NXJA 4YY6A 5CPEA 4KV1A 5DKCA 5DYCA 5L8TA 5E9LA 5FH7A 5IGLA 5CFWA 2WP2A 5ENBA 5II2A 4TU4A 5KHMA 4UIUA 5F2PA 5FH8A 4HBYA 5A83A 2DVQA 4YYNA 3HMEA 5A81A 4O70A 3VKHA 5DBMA 4Z6HA 4BJXA 4MEPA 5A5PA 4MR4A 2WP1A 3D7CA 4N4IA 4ALHA 5CZGA 5F3AA 4QSWA 4QYDA 4TZ2A 5HEMA 4YATA 3P1FA 4YK0A 4A9KA 4CUTA 2RI7A 5F1LA 5J0DA 4A9OA 4YYIA 2DVSA 5F60A 5CS8A 5D3LA 4WHWA 2L85A 5ENFA 3O36A 4CUQA 3HMFA 4QNSA 4UYDA 5CQ4A 4LR6A 3QZSA 5DX4A 5CY9A 4IR6A 5EWVA 5A85A 4TT6A 5CQ6A 2I8NA 5G4SA 2RNWA 5ENJA 5CQTA 4N3WA 3LXJA 4QEWA 4J0SA 5FE4A 2R0YA 4HXMA 2F6JA 4LYWA 4CL9A 4O76A 4CURA 1E6IA 4QEVA 3NXBA 4UYFB 5A5QA 2E7NA 5L96A 3UV5A 2KTBB 5C8GA 1EQFA 4AI6A 2YEMA 2YYNA 2DATA 3P1CA 5DKDA 5EVAA 5ENCA 4CUUA 3ONIA 4MENA 3U5JA 4YC9A 4KV4A 4BHWA 3I3JA 5FFVA 5I29A 4N4HA 3U5NA 4UITA 5DW1A 4NYXA 4HBVA 4C66A 4HXLA 4PTBA 5E3DA 5FE9A 4O77A 5KU3A 4LRGA 4RVRA 4WIVA 5HFQA 2YQDA 3O35A 1N72A 5CGPA 5CQ8A 4E96A 4MR3A 4QUTA 5AMEA 3AADA 5DYXA 5EISA 4O71A 4UYEA 5E9MA 4XUBA 3LQIA 5ETBA 4YADA 5A5RA 5C7NA 3JVJA 1PUOA 4ZQLA 4TTEA 5C4QA 4F3IA 5FE7A 5D24A 2OSSA 4HXNA 4NYWA 5DFDA 5KTWA 2NXBA 5E9YA 5E9IA 4FLPA 5G4RA 4BW2A 4HXKA 4C67A 4TZ8A 4UIYA 3ERRA 5A5NA 4HXRA 5EK9A 4MEQA 5A82A 4Z1SA 4QSSA 5CQAA 2RFJA 2G4AA 5I80A 5CUAA 4HXSA 4A9IA 4YYHA 4QSTA 5H1TA 5D3HA 4MR5A 4QEUA 3MUKA 4OGJA 3SVHA 4HBXA 4O75A 3JVKA 5CP5A 5L99A 5E9VA 1X0JA 4J1PA 4OUFA 2R10A 5FG5A 4QSRA 4NR8A 4QR4A 5L98A 2L5EA 3O37A 2GRCA 5ENIA 5D25A 4XY9A 5I40A 4O7CA 4LZRA 5F36A 4YYKA 5FE1A 4DONA 4Q0NA 5CUBA 3U5KA 5CUDA 4TT2A 4QSXA 5EWCA 3UVWA 5CU8A 5D3SA 4AKHA 4LZSA 2DVVA 4NQMA 4TYLA 3RCWA 3U5OA 5FE0A 5I83A 5JI8A 2RS9B 2L84A 4QSVA 5FE8A 3QZVA 4AKIA 5D0CA 4YYJA 2R0VA 5E9KA 4LDFA 4QR3A 4PY6A 5DFBA 5BT3A 3P5OA 5A5SA 4O7AA 5FE6A 3D1BA 4N4FA 2DWWA 5F63A 4YH3A 4LYIA 5E0RA 4WHUA 4NYVA 5K29A 3AQAA 4O7BA 4QSQA 5ENEA 5EGUA 5EU1A 5CUCA 4NS5A 5ENGA 3LQHA 4TS8A 3LQJA 3O33A 5CRZA 4ZW1A 5I7XA 5AMFA 4QB3A 3UV2A 4QBMA 3MB4A 1JSPB 5FBXA 5DFCA 5AD3A 3ZYUA 4YAXA 5ETDA 4NRCA 5TB6A 4O72A 4YYDA 3O34A 1ZS5A 4YYMA 4NRBA 2YW5A 4IOOA 3UV4A 5IBNA 5FE5A 1WUGA 4IR5A 3U5LA 5KTUA 4QZSA 5D3NA 4YBTA 4PKLA 5CUGA 3HMHA 5IGKA 5F25A 5LKUA 5CQ3A 4CFKA 5H1VA 5HRXA 4MEOA 4NUEA 3VKGA 3JVMA 4TT4A 4NR9A 5FE2A 5L97A 5F1HA 5KO4A 4KCXA 4YYGA 4O78A 5HELA 5IGNA 5LVRA 5F62A 2DVRA 5A7CA 5IG6A 3SVFA 3U5PA 5HENA 4YBMA 4UIVA 3G0LA 3G0JA 3S92A 1WUMA 5DW2A 5DLZA 4NRAA 5FB0A 5LKXA 5IGMA 4HXPA 2E3KA 4A9JA 4YH4A 5D26A 4AKGA 3UVXA 5D7XA 4UYHA 5CRMA 4IR4A 5ACYA 5FG4A 5HLSA 5I86A 3DAIA 5H85A 2F6NA 4QY4A 3P1DA 3JVLA 4QUUA 5E73A 5CUEA 5EWDA 4YY4A 4BW3A 1ZKRA 5HCLA 2EJNA 5I1QA 5D3JA 2DKWA 5A5OA 5FG6A 5FFWA 3P1EA 5LKTA 5C87A 4UYFA 4QR5A 5DYAA 1F68A 3MB3A 5ENHA 5EICA 3Q2EA 4CUPA 4PS5A 5C85A 5LVQA 4IOQA 4X2IA 4N4GA 5HJCA 2R0SA 3U5MA 5EI4A 2H60A 4XUAA 5F61A 5FDZA 4Z6IA 3UW9A 4HXOA 3SVGA 5JWMA 4CLBA 4QSPA 5EWWA 5CQ5A 3TLPA 4A9NA 4A9MA 3MXFA 1JM4B 3Q2FA 4TQNA 5HM0A 5COIA 2RNYA 5CTLA 4Z1QA 4UIXA 5EPSA 2OO1A 4NUDA 5D3PA 5E7DA 4NUCA 5I89A 4NR5A 2OUOA 3MQMA 5L8UA 5EP7A 3UVDA 3IU5A 4Z93A 4YABA 2MJVB 5HRWA 4A9HA 5D3TA 5EWHA 5HQ6A 5LJ0A 5FFYA 4A9EA 3LJWA 4LZ2A 5H1UA 5II1A 4QC3A 2E7OA 5HQ5A 4XYAA 2YELA 4ALGA 5I88A 4IORA 4UYGA 3K2JA 4OGIA 4YBSA 4Q0OA 4NR7A 5HFRA 4CFLA 3S91A 5EV9A 5TCMA 3GG3A 2N9GA 4A9LA 4PCEA 3UVYA 4XY8A 2FSAA 4O74A 5DY7A 5FH6A 5IIDA 5DYUA 2RO1A 4J0RA 3DWYA 5LJ2A 4MR6A 4NQNA 4IR3A 4HBWA 5LKZA 4BW4A 4QC1A 2D82A 3D1DA 5EM3A 4J3IA 4CUSA 5D3RA 5F5ZA 4LC2A 5DLXA 5EPBA 5DKHA 2D9EA 5C89A 2YDWA 4A9FA 5FB1A 4QSUA 5HRVA 4UIWA 5E3GA 4NR4A 5HQ7A 5EQ1A 4O7FA 4AKNA 5I7YA 5E74A 4UIZA 4QYLA 5FE3A 5KTXA 2YEKA 4GPJA 2RNXA 4O7EA 4ZC9A 3MULA 2LSPB
chains in the Genus database with same CATH topology
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