5DYXA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with fragment f59
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dyxA00
5FE6A 4O7EA 4IOOA 4MEOA 2LSPB 3JVMA 4HXPA 5A5OA 2WP1A 2D82A 1F68A 4HXLA 5DYUA 5D3PA 1WUMA 4NS5A 5HFRA 5IGMA 5JI8A 4TS8A 2R0SA 4O76A 2DATA 5LJ2A 3NXBA 5ENIA 5C85A 4BW3A 4LZ2A 2RS9B 3G0JA 4LRGA 5F25A 4CL9A 4ZC9A 4N3WA 4NRAA 5IGKA 5FH6A 5FE0A 4NRBA 4QC3A 3QZVA 4A9FA 5A5QA 5KTXA 5I89A 4BHWA 4LZSA 1E6IA 4O75A 2RFJA 3UVYA 4CUQA 4YBMA 5ETBA 4CUTA 2E3KA 4NR6A 4A9EA 5ENJA 2N9GA 4LYIA 3LXJA 4YBTA 5EGUA 4NQMA 4NYVA 5ENFA 2RNYA 3ZYUA 3MB4A 5E9VA 3UVXA 5AD2A 5FE2A 4YYNA 5HQ5A 4MR3A 5F1LA 5CQ7A 4LR6A 5A81A 5IGNA 4A9HA 2RNWA 2E7OA 5COIA 2R0YA 5L96A 4QB3A 4C66A 4CUPA 5F2PA 4C67A 4XUBA 4A9OA 4IORA 5CQ5A 4QSXA 4A9MA 3K2JA 2DVSA 5F3AA 5I88A 4YH3A 4TT6A 4NR8A 5L8UA 4QSTA 4YYIA 5H85A 3UV4A 5FBXA 4CLBA 4QSPA 5F60A 3MULA 4NYXA 4MR4A 5K29A 4O77A 3UVWA 5CQTA 5ACYA 5C87A 5CQ6A 2DWWA 5EI4A 5A83A 2GRCA 4MR6A 5HEMA 5F36A 5AMFA 5II1A 5FG4A 4LDFA 4N4HA 5EISA 3TLPA 5D3JA 5DFBA 4QYLA 5LJ1A 5FFWA 3ONIA 4Z1QA 5I1QA 2I8NA 5D3RA 5KTUA 4O7CA 5HJCA 4QSWA 4A9NA 5KTWA 2E7NA 4WHUA 4UIXA 5FE5A 4AKNA 5CZGA 4HXKA 4GPJA 2G4AA 4QSVA 5F63A 4WIVA 5FH8A 5FDZA 5TCMA 5CU8A 4OGJA 4UIZA 4IR6A 4Z93A 4ALGA 5CFWA 5EK9A 5EPSA 4UYFA 4OGIA 4QR3A 4N4GA 5CUBA 3QZTA 3U5OA 5II2A 4BJXA 5AD3A 5FFVA 4QUTA 3JVLA 3O33A 4UYHA 4KV1A 5F5ZA 4O72A 4QR5A 3UV2A 4CURA 4YBSA 4Q0NA 5DYCA 4QSSA 4NR7A 4UYGA 4N4IA 4TZ8A 5DX4A 5IBNA 4FLPA 4BW2A 5H1TA 1EQFA 3MQMA 3RCWA 5D3HA 2F6NA 4IR5A 4QZSA 4TTEA 4J3IA 5LUUA 3P5OA 5CP5A 4UIUA 5C7NA 3U5MA 4TQNA 4WHWA 4O78A 5IG6A 4YYDA 5L97A 2KTBB 2L5EA 5D3SA 3MXFA 4N4FA 2YELA 5EICA 2NXBA 5E7DA 5HQ6A 3HMHA 5CQ4A 5ENGA 4TU6A 3HMFA 3D7CA 4QEVA 4UIWA 4QSRA 2YEKA 4HBYA 5LKXA 5L99A 5IIDA 3UW9A 5IGLA 2DVQA 5I7XA 2RO1A 4IOQA 4ALHA 4YH4A 4QSUA 5DFDA 5E74A 3P1EA 3JVKA 5EWDA 5EVAA 5J0DA 3U5KA 5EP7A 5L98A 4YC9A 4A9IA 4QNSA 4HXNA 2OO1A 3JVJA 4O7BA 5CUCA 3U5PA 4TU4A 5EWWA 5EWHA 5A5RA 2OSSA 4O74A 5DW1A 5BT5A 4O71A 5A5NA 1JM4B 5E9KA 4NRCA 5A82A 5C8GA 4UYEA 4KCXA 4PCIA 5FE8A 3GG3A 4LYSA 4YAXA 4QYDA 3Q2EA 4QEUA 4NUCA 4PKLA 4HXOA 5BT4A 4NR9A 4QY4A 5CQ8A 5BT3A 2OUOA 1X0JA 4IR3A 5FE3A 3U5NA 4A9LA 3O34A 4LZRA 2I7KA 5FB0A 2MJVB 4IR4A 5I80A 5HCLA 4O7AA 3I3JA 3LQIA 5DKCA 5EQ1A 4PTBA 4F3IA 4HXSA 5D24A 5DLXA 5CRMA 5KO4A 4O7FA 5FE7A 3QZSA 2DVRA 5E0RA 5FH7A 5D25A 5E3GA 5LKTA 5ENCA 4YYJA 4PS5A 3UVDA 5E3DA 5D26A 4NXJA 4YABA 5FFYA 3DAIA 3U5LA 5I29A 5C4QA 3G0LA 4NUEA 2H60A 3S92A 2L85A 4HBVA 5DW2A 5H1VA 5LVQA 5CQ3A 2DKWA 5FG5A 4CFLA 5E9MA 5A5SA 5HRWA 4UYFB 4X2IA 5FE9A 5I7YA 5F61A 5E73A 5FG6A 5LVRA 5G4RA 5HRXA 4MEPA 3MB3A 2YEMA 4RVRA 5C89A 4HXMA 5DFCA 5F1HA 5HLSA 3MUKA 3S91A 5L8TA 5DKHA 5DKDA 5D3TA 4MR5A 5EWCA 5H1UA 5ENHA 4HBXA 4CUSA 3DWYA 5EPRA 3LQHA 3FKMX 5G4SA 5EU1A 5FE1A 4YYGA 5I40A 4PCEA 5EV9A 2RNXA 3AQAA 4CFKA 3IU5A 5A7CA 5KU3A 5I83A 4Q0OA 4CUUA 3IU6A 5LKUA 5TB6A 5CS8A 5FE4A 5CGPA 4E96A 2DVVA 4QUUA 5EA1A 4Y03A 5D0CA 5D3LA 4QSQA 4MENA 4XUAA 5EPBA 5ENBA 4MEQA 3LQJA 4A9KA 1ZS5A 4QC1A 4Z1SA 2YQDA 5CUGA 4YY4A 5A85A 5HQ7A 4NYWA 5LJ0A 2R10A 4QBMA 4BW1A 5DBMA 4UIYA 3O36A 4YYMA 4LC2A 4QEWA 5E9IA 5CUDA 5CUEA 4DONA 5AMEA 1N72A 2RI7A 2L84A 1JSPB 5DLZA 5DY7A 4UIVA 5CTLA 2D9EA 2F6JA 4YK0A 4NR5A 5CUAA 4O70A 4XY8A 4NR4A 5E9LA 3O37A 4ZW1A 4YADA 4BW4A 4TYLA 4TT2A 4PY6A 5FB1A 5F62A 2YDWA 5KHMA 4LYWA 4Z6HA 5CY9A 5ENEA 2FSAA 2R0VA 4J0RA 5D3NA 3P1DA 4J0SA 5HFQA 3SVHA 3AADA 3Q2FA 3LJWA 4J1PA 5EM3A 4ZQLA 3P1FA 4NUDA 4XYAA 2YW5A 5JWMA 5E9YA 1WUGA 4XY9A 4HBWA 4A9JA 5D7XA 3UV5A 5EWVA 5HRVA 3SVGA 4OUFA 4TT4A 4YYHA 5LKZA 3SVFA 5CRZA 2YYNA 4NQNA 5CPEA 5A5PA 5DYAA 3P1CA 5HENA 2WP2A 4TZ2A 5CQAA 4Z6IA 4YATA 3O35A 5HM0A 4KV4A 3HMEA 4UITA 5ETDA 4HXRA 4QR4A 4UYDA 5DYXA 4YY6A 5I86A 5HELA 4YYKA 3U5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FE6A 4O7EA 4IOOA 4MEOA 2LSPB 3JVMA 4HXPA 5A5OA 2WP1A 2D82A 1F68A 4HXLA 5DYUA 5D3PA 1WUMA 4NS5A 5HFRA 5IGMA 5JI8A 4TS8A 2R0SA 4O76A 2DATA 5LJ2A 3NXBA 5ENIA 5C85A 4BW3A 4LZ2A 3VKGA 2RS9B 3G0JA 4LRGA 5F25A 4CL9A 4ZC9A 4N3WA 4NRAA 5IGKA 5FH6A 5FE0A 4NRBA 4QC3A 3QZVA 4A9FA 5A5QA 5KTXA 2EJNA 5I89A 4BHWA 4LZSA 1E6IA 4O75A 2RFJA 3UVYA 4CUQA 4YBMA 5ETBA 4CUTA 2E3KA 4NR6A 4A9EA 5ENJA 2N9GA 4LYIA 3LXJA 4YBTA 5EGUA 4NQMA 4NYVA 5ENFA 2RNYA 3ZYUA 3MB4A 5E9VA 3UVXA 5AD2A 5FE2A 4YYNA 5HQ5A 4MR3A 5F1LA 5CQ7A 4LR6A 5A81A 5IGNA 4A9HA 2RNWA 2E7OA 5COIA 2R0YA 5L96A 4QB3A 4C66A 4CUPA 5F2PA 4C67A 4XUBA 4A9OA 4IORA 5CQ5A 4QSXA 4A9MA 3K2JA 2DVSA 3D1DA 5F3AA 5I88A 4YH3A 4TT6A 4NR8A 5L8UA 4QSTA 4YYIA 5H85A 3UV4A 5FBXA 4CLBA 4QSPA 5F60A 3MULA 4NYXA 4MR4A 5K29A 4O77A 3UVWA 5CQTA 5ACYA 5C87A 5CQ6A 2DWWA 5EI4A 5A83A 2GRCA 4MR6A 5HEMA 5F36A 5AMFA 5II1A 5FG4A 4LDFA 4N4HA 5EISA 3TLPA 5D3JA 5DFBA 4QYLA 5LJ1A 5FFWA 4AI6A 3ONIA 4Z1QA 5I1QA 2I8NA 5D3RA 5KTUA 4O7CA 5HJCA 4QSWA 4A9NA 5KTWA 2E7NA 4WHUA 4UIXA 5FE5A 4AKNA 5CZGA 4HXKA 4GPJA 2G4AA 4QSVA 5F63A 4WIVA 5FH8A 1PUOA 5FDZA 5TCMA 5CU8A 4OGJA 4UIZA 4AKHA 4IR6A 4Z93A 4ALGA 5CFWA 5EK9A 5EPSA 4UYFA 4OGIA 4QR3A 4N4GA 5CUBA 3QZTA 3U5OA 5II2A 4BJXA 5AD3A 5FFVA 4QUTA 3JVLA 3O33A 4UYHA 4KV1A 5F5ZA 4O72A 4QR5A 3UV2A 4CURA 4YBSA 4Q0NA 5DYCA 4QSSA 4NR7A 4UYGA 4N4IA 4TZ8A 5DX4A 5IBNA 4FLPA 4BW2A 5H1TA 1EQFA 3MQMA 3RCWA 5D3HA 2F6NA 4IR5A 4QZSA 4TTEA 4J3IA 5LUUA 4AKGA 3P5OA 5CP5A 4UIUA 5C7NA 3U5MA 4TQNA 4WHWA 4O78A 5IG6A 4YYDA 5L97A 2KTBB 2L5EA 5D3SA 3MXFA 4N4FA 4AKIA 2YELA 5EICA 2NXBA 5E7DA 5HQ6A 3HMHA 5CQ4A 5ENGA 4TU6A 3HMFA 3D7CA 4QEVA 4UIWA 4QSRA 2YEKA 4HBYA 5LKXA 5L99A 5IIDA 3UW9A 5IGLA 2DVQA 1ZKRA 5I7XA 2RO1A 4IOQA 4ALHA 4YH4A 4QSUA 5DFDA 5E74A 3P1EA 3JVKA 5EWDA 5EVAA 5J0DA 3U5KA 5EP7A 5L98A 4YC9A 4A9IA 4QNSA 4HXNA 2OO1A 3JVJA 4O7BA 5CUCA 3U5PA 4TU4A 5EWWA 5EWHA 5A5RA 2OSSA 4O74A 5DW1A 5BT5A 4O71A 5A5NA 1JM4B 5E9KA 4NRCA 5A82A 5C8GA 4UYEA 4KCXA 4PCIA 5FE8A 3GG3A 4LYSA 4YAXA 4QYDA 3Q2EA 4QEUA 4NUCA 4PKLA 4HXOA 5BT4A 4NR9A 4QY4A 5CQ8A 5BT3A 2OUOA 1X0JA 4IR3A 5FE3A 3U5NA 4A9LA 3O34A 4LZRA 2I7KA 5FB0A 2MJVB 4IR4A 5I80A 5HCLA 4O7AA 3I3JA 3LQIA 5DKCA 5EQ1A 4PTBA 4F3IA 4HXSA 5D24A 5DLXA 5CRMA 5KO4A 4O7FA 5FE7A 3QZSA 2DVRA 5E0RA 5FH7A 5D25A 5E3GA 5LKTA 5ENCA 4YYJA 4PS5A 3UVDA 5E3DA 5D26A 4NXJA 4YABA 5FFYA 3DAIA 3U5LA 5I29A 5C4QA 3G0LA 4NUEA 2H60A 3S92A 2L85A 4HBVA 5DW2A 5H1VA 5LVQA 5CQ3A 2DKWA 5FG5A 4CFLA 5E9MA 5A5SA 5HRWA 4UYFB 4X2IA 5FE9A 5I7YA 5F61A 5E73A 5FG6A 5LVRA 5G4RA 5HRXA 4MEPA 3MB3A 2YEMA 4RVRA 5C89A 4HXMA 5DFCA 5F1HA 5HLSA 3MUKA 3S91A 5L8TA 5DKHA 5DKDA 5D3TA 4MR5A 5EWCA 5H1UA 5ENHA 4HBXA 4CUSA 3DWYA 5EPRA 3LQHA 3FKMX 5G4SA 5EU1A 5FE1A 4YYGA 5I40A 4PCEA 5EV9A 2RNXA 3AQAA 4CFKA 3IU5A 5A7CA 5KU3A 5I83A 4Q0OA 4CUUA 3IU6A 5LKUA 5TB6A 5CS8A 5FE4A 5CGPA 4E96A 2DVVA 4QUUA 5EA1A 4Y03A 5D0CA 5D3LA 4QSQA 4MENA 4XUAA 5EPBA 5ENBA 4MEQA 3LQJA 4A9KA 1ZS5A 4QC1A 4Z1SA 2YQDA 5CUGA 4YY4A 5A85A 5HQ7A 4NYWA 5LJ0A 2R10A 4QBMA 4BW1A 5DBMA 4UIYA 3O36A 4YYMA 4LC2A 4QEWA 5E9IA 5CUDA 5CUEA 4DONA 5AMEA 1N72A 2RI7A 2L84A 1JSPB 5DLZA 5DY7A 4UIVA 5CTLA 2D9EA 2F6JA 4YK0A 4NR5A 5CUAA 4O70A 4XY8A 4NR4A 5E9LA 3O37A 4ZW1A 4YADA 4BW4A 4TYLA 4TT2A 4PY6A 5FB1A 5F62A 2YDWA 5KHMA 4LYWA 4Z6HA 5CY9A 5ENEA 2FSAA 2R0VA 4J0RA 5D3NA 3P1DA 4J0SA 5HFQA 3SVHA 3AADA 3Q2FA 3LJWA 4J1PA 5EM3A 3D1BA 3ERRA 4ZQLA 3P1FA 4NUDA 4XYAA 2YW5A 5JWMA 5E9YA 1WUGA 4XY9A 4HBWA 4A9JA 5D7XA 3UV5A 3VKHA 5EWVA 5HRVA 3SVGA 4OUFA 4TT4A 4YYHA 5LKZA 3SVFA 5CRZA 2YYNA 4NQNA 5CPEA 5A5PA 5DYAA 3P1CA 5HENA 2WP2A 4TZ2A 5CQAA 4Z6IA 4YATA 3O35A 5HM0A 4KV4A 3HMEA 4UITA 5ETDA 4HXRA 4QR4A 4UYDA 5DYXA 4YY6A 5I86A 5HELA 4YYKA 3U5JA
chains in the Genus database with same CATH topology
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