5E0RA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with ayc
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the first bromodomain of BRD4 in complex with AYC
rcsb
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e0rA01
2G4AA 3G0JA 4TTEA 5KU3A 5BT4A 4X2IA 4YY6A 3LQHA 3UVWA 5FG4A 3Q2EA 4IR4A 3U5OA 4UYEA 3U5PA 5HFRA 5C87A 4CUPA 5HRWA 5L98A 3U5MA 5IGLA 4XUAA 1X0JA 5DBMA 5EP7A 4TZ8A 5DYAA 4J1PA 4QSSA 5A5PA 4TZ2A 3QZVA 5E9KA 5BT5A 4TYLA 2D9EA 4PS5A 4LDFA 5E9YA 2DWWA 5E73A 4PCIA 5FB1A 3S92A 2H60A 2YEKA 4NUEA 1JM4B 4QY4A 2F6JA 5H85A 4HBXA 5LVQA 2DATA 5DW2A 4BJXA 4UYFA 4A9FA 4ZQLA 5D3HA 2RNYA 4QSPA 4YADA 4YC9A 3P1DA 4QSXA 5FE2A 5FH7A 5CFWA 2YDWA 4DONA 4OGJA 5FE1A 4YYMA 5CQ8A 4ZC9A 3LQIA 4QC1A 5CUDA 5EICA 4YYHA 4HXKA 4Z6HA 5DLZA 4O72A 4QUUA 5F1LA 3JVKA 4YATA 4C67A 2WP1A 4UIUA 5EA1A 3UVDA 4IR5A 5CUCA 5ETDA 5E9LA 4NYXA 4QC3A 5LVRA 3ONIA 4YH4A 1WUMA 5D3LA 5DLXA 4A9HA 4QR3A 5EV9A 5FE6A 5HRVA 3UVXA 4YYGA 4UYFB 2YELA 5D7XA 5LKZA 3D7CA 5DW1A 5F62A 4HXSA 4HBWA 3DAIA 5LKUA 4TT4A 5A5NA 4CUSA 5JI8A 4TQNA 5D3TA 4NRBA 4LRGA 4QR4A 5II2A 4IORA 4O78A 4YYDA 5ENBA 5F36A 3QZTA 4LZRA 1WUGA 5FE5A 5G4RA 4NR9A 5KO4A 5ENJA 4UIYA 5F60A 4TT2A 5HM0A 4YYKA 4LYSA 4C66A 5E0RA 4BW1A 2L85A 4O75A 4CUUA 5EPSA 5CP5A 5CQ7A 5DYXA 1N72A 4QEWA 5E3DA 4A9EA 4QEVA 5CRMA 3ZYUA 4MEOA 5HQ6A 4A9LA 4YYNA 4FLPA 4HXPA 4N4GA 4QSTA 2OUOA 5DKCA 5DYCA 2L5EA 4UYGA 3QZSA 4ALHA 5F1HA 4QSVA 4CFKA 5CUBA 5EWDA 5FG6A 2LSPB 5KTXA 4LR6A 1ZS5A 5CRZA 3UW9A 4WHWA 4QYLA 4HBVA 4N3WA 4LZ2A 4NYWA 3HMHA 4O77A 5DFBA 2RS9B 2YW5A 5DFCA 4BW2A 4NRCA 4O70A 3AQAA 4TU6A 5LJ1A 4YYIA 3O35A 3AADA 5EGUA 4O7FA 4TS8A 4E96A 3MB3A 5A83A 2I7KA 4Y03A 5ENIA 4YBSA 5C7NA 5HJCA 4BW3A 5FG5A 5F25A 5CQ5A 4BW4A 5A5SA 5I7YA 3JVLA 4UYDA 4IR3A 5EPRA 2D82A 5FFWA 4QSRA 4LYWA 4LYIA 4F3IA 3GG3A 5DFDA 5H1VA 5F63A 3HMEA 4QEUA 3IU5A 4YBTA 5HLSA 3MULA 5E9VA 1F68A 5D3RA 5L96A 5FE9A 1E6IA 5AMEA 3RCWA 3S91A 5AD3A 5E9IA 3LJWA 2R0YA 4QSUA 5II1A 2R0VA 4O7EA 4UIWA 4UITA 4XYAA 3MUKA 3P1CA 4KCXA 4NR4A 5CZGA 5CU8A 4Z1SA 4NXJA 5HRXA 4Z93A 5L99A 5LKXA 4KV4A 5EWVA 2FSAA 5IBNA 3P1FA 5I29A 4J3IA 5IGNA 2DVQA 4NR8A 5D3JA 5EWCA 4NR7A 5D25A 2NXBA 2RO1A 5EQ1A 5FE8A 3MXFA 4J0SA 3I3JA 5EWHA 4XUBA 4QUTA 5TB6A 4NR5A 5FBXA 5KTWA 5HCLA 2L84A 4IOOA 5D3SA 4TU4A 5A5QA 3O33A 4MR4A 4NR6A 5DX4A 5D26A 4Z1QA 4MENA 2DVRA 4UYHA 5D0CA 5I7XA 5I86A 2R10A 4YY4A 3O36A 3JVMA 4NUCA 5CTLA 4CLBA 5D3PA 4NYVA 5A5RA 4PKLA 4NS5A 4WHUA 5FDZA 3JVJA 2E7NA 5C4QA 3K2JA 5HFQA 2YYNA 4AKNA 3HMFA 4O7AA 4QZSA 5D24A 2DKWA 5CPEA 5ENGA 5K29A 5DY7A 4YBMA 2RI7A 5DKDA 4QB3A 5I88A 5J0DA 3MB4A 3U5NA 3U5JA 5CQAA 2YQDA 3NXBA 4YH3A 4Z6IA 3O37A 5A82A 5COIA 2YEMA 5E9MA 2GRCA 4UIZA 5TCMA 5CUEA 4O7CA 5L97A 4A9IA 5I1QA 4A9NA 2KTBB 5EM3A 5A7CA 5ACYA 5KHMA 4QBMA 2F6NA 4HXRA 4UIVA 3IU6A 4HXLA 5IGKA 5C85A 4ZW1A 4QR5A 4HXOA 2N9GA 4MEQA 4YYJA 5CQTA 5LJ2A 4HXNA 4QNSA 4MEPA 4MR6A 4RVRA 4LC2A 2E7OA 4O71A 4CFLA 2RNWA 4MR5A 3UV2A 5C8GA 5I80A 5HEMA 5A85A 5BT3A 2RFJA 5AD2A 4YAXA 4A9KA 5LKTA 5ETBA 5HELA 5EWWA 3UVYA 4Q0NA 5CQ3A 5ENCA 4O74A 1EQFA 4PY6A 4CURA 4HXMA 5EVAA 1JSPB 4NQMA 5FH6A 4QYDA 2RNXA 5G4SA 4N4FA 4CUQA 3UV5A 2OO1A 4J0RA 5FH8A 4QSQA 5HQ5A 4YABA 4OUFA 4A9OA 4XY8A 4IR6A 2R0SA 5ENEA 3LQJA 4CL9A 5FFVA 4PCEA 4O7BA 3UV4A 4LZSA 5FFYA 5C89A 5I83A 5ENHA 5DYUA 3O34A 5FE7A 5E7DA 4UIXA 4NQNA 5DKHA 3TLPA 5A5OA 4ALGA 5FE3A 4BHWA 3SVHA 5HENA 5JWMA 5A81A 5H1UA 5KTUA 4YK0A 3G0LA 4MR3A 5FE4A 4HBYA 5EI4A 5E74A 3SVGA 3P1EA 5L8UA 5FB0A 3Q2FA 4TT6A 5CQ4A 3U5LA 2MJVB 4N4IA 3DWYA 4IOQA 5LJ0A 5IIDA 5LUUA 2I8NA 5EU1A 4O76A 3FKMX 4WIVA 3LXJA 5HQ7A 5FE0A 4A9MA 4CUTA 4NUDA 3U5KA 5I89A 5L8TA 5CQ6A 2WP2A 5ENFA 5AMFA 4Q0OA 5F2PA 5H1TA 5E3GA 4N4HA 5CY9A 2DVVA 2E3KA 2DVSA 4XY9A 3P5OA 4GPJA 5EK9A 4QSWA 4KV1A 5D3NA 4A9JA 4NRAA 5IGMA 2OSSA 5CUGA 5F61A 5F5ZA 5IG6A 3SVFA 3MQMA 4PTBA 5EISA 5CS8A 5F3AA 5CGPA 5I40A 4OGIA 5CUAA 5EPBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G4AA 3G0JA 4TTEA 5KU3A 5BT4A 4X2IA 4YY6A 3LQHA 3UVWA 5FG4A 3Q2EA 4IR4A 3U5OA 4UYEA 3U5PA 5HFRA 5C87A 4CUPA 5HRWA 5L98A 3U5MA 5IGLA 4XUAA 1X0JA 5DBMA 5EP7A 4TZ8A 5DYAA 4J1PA 4QSSA 5A5PA 4TZ2A 3QZVA 5E9KA 5BT5A 4TYLA 2D9EA 4PS5A 4LDFA 5E9YA 2DWWA 5E73A 4PCIA 5FB1A 3S92A 2H60A 2YEKA 4NUEA 1JM4B 4QY4A 2F6JA 5H85A 4HBXA 5LVQA 2DATA 5DW2A 4BJXA 4UYFA 4A9FA 4ZQLA 5D3HA 2RNYA 4QSPA 4YADA 4YC9A 3P1DA 4QSXA 5FE2A 5FH7A 5CFWA 2YDWA 4DONA 4OGJA 5FE1A 4YYMA 3VKGA 5CQ8A 4ZC9A 3LQIA 4QC1A 5CUDA 5EICA 4YYHA 4HXKA 4Z6HA 5DLZA 4O72A 4QUUA 5F1LA 3JVKA 4YATA 3D1DA 4C67A 2WP1A 4UIUA 5EA1A 3UVDA 4IR5A 5CUCA 5ETDA 5E9LA 4NYXA 4QC3A 5LVRA 3ONIA 5D3LA 1WUMA 4YH4A 5DLXA 4A9HA 4QR3A 5EV9A 5FE6A 5HRVA 3UVXA 4YYGA 4UYFB 2YELA 5D7XA 5LKZA 3D7CA 5DW1A 5F62A 4HXSA 4HBWA 3DAIA 5LKUA 4TT4A 5A5NA 4CUSA 5JI8A 4TQNA 5D3TA 4NRBA 4LRGA 4QR4A 5II2A 4IORA 4O78A 4YYDA 5ENBA 5F36A 3QZTA 4LZRA 1WUGA 5FE5A 5G4RA 4NR9A 5KO4A 5ENJA 4UIYA 5F60A 4TT2A 5HM0A 4YYKA 4LYSA 4C66A 5E0RA 4BW1A 2L85A 4O75A 4CUUA 5EPSA 5CP5A 5CQ7A 5DYXA 1N72A 4QEWA 5E3DA 4A9EA 4QEVA 5CRMA 3ZYUA 4MEOA 5HQ6A 4A9LA 4YYNA 4FLPA 4HXPA 4N4GA 4QSTA 2OUOA 5DKCA 5DYCA 2L5EA 4UYGA 3QZSA 4ALHA 5F1HA 4QSVA 4CFKA 5CUBA 5EWDA 5FG6A 2LSPB 5KTXA 4LR6A 1ZS5A 5CRZA 3UW9A 4WHWA 4QYLA 4HBVA 4N3WA 4LZ2A 4NYWA 3HMHA 4O77A 5DFBA 2RS9B 2YW5A 5DFCA 4BW2A 4NRCA 4O70A 3AQAA 4TU6A 5LJ1A 4YYIA 3O35A 3AADA 5EGUA 4O7FA 4TS8A 4E96A 3MB3A 5A83A 2I7KA 4Y03A 5ENIA 4AKGA 4YBSA 5C7NA 5HJCA 4BW3A 5FG5A 5F25A 5CQ5A 4AKIA 4BW4A 5A5SA 5I7YA 3JVLA 4UYDA 4IR3A 5EPRA 2D82A 5FFWA 4QSRA 4LYWA 4LYIA 4F3IA 3GG3A 5DFDA 5H1VA 5F63A 3HMEA 4QEUA 3IU5A 4YBTA 5HLSA 3MULA 5E9VA 1F68A 5D3RA 5L96A 5FE9A 1E6IA 5AMEA 3RCWA 3S91A 5AD3A 5E9IA 3LJWA 2R0YA 4QSUA 5II1A 2R0VA 4O7EA 4UIWA 4UITA 3D1BA 1ZKRA 4XYAA 3MUKA 3P1CA 4KCXA 4NR4A 5CZGA 5CU8A 4Z1SA 4NXJA 5HRXA 4Z93A 5L99A 5LKXA 4KV4A 5EWVA 2FSAA 5IBNA 3P1FA 5I29A 4J3IA 5IGNA 2DVQA 4NR8A 5D3JA 5EWCA 4NR7A 5D25A 2NXBA 2RO1A 5EQ1A 5FE8A 3MXFA 4J0SA 3I3JA 5EWHA 4XUBA 4QUTA 5TB6A 4NR5A 5FBXA 5KTWA 5HCLA 2L84A 4IOOA 5D3SA 4TU4A 5A5QA 3O33A 4MR4A 4NR6A 5DX4A 5D26A 4Z1QA 4MENA 2DVRA 4UYHA 5D0CA 5I7XA 5I86A 2R10A 4YY4A 3O36A 3JVMA 4NUCA 5CTLA 4CLBA 5D3PA 4NYVA 5A5RA 4PKLA 4NS5A 4WHUA 5FDZA 3JVJA 2E7NA 5C4QA 3K2JA 5HFQA 4AKHA 2YYNA 4AKNA 3HMFA 4O7AA 4QZSA 5D24A 2DKWA 5CPEA 5ENGA 5K29A 5DY7A 4YBMA 2RI7A 5DKDA 4QB3A 5I88A 5J0DA 3MB4A 3U5NA 3U5JA 5CQAA 2YQDA 3NXBA 4YH3A 4Z6IA 3O37A 5A82A 5COIA 2YEMA 5E9MA 2GRCA 4UIZA 5TCMA 5CUEA 4O7CA 5L97A 4A9IA 5I1QA 4A9NA 2KTBB 5EM3A 5A7CA 5ACYA 5KHMA 4QBMA 2F6NA 4HXRA 4UIVA 3IU6A 4HXLA 1PUOA 5IGKA 5C85A 4ZW1A 4QR5A 4HXOA 2N9GA 4MEQA 4YYJA 5CQTA 5LJ2A 4HXNA 4QNSA 4MEPA 4MR6A 4RVRA 4LC2A 2E7OA 4O71A 4CFLA 2RNWA 4MR5A 3UV2A 5C8GA 5I80A 2EJNA 5HEMA 5A85A 5BT3A 2RFJA 5AD2A 4YAXA 4A9KA 5LKTA 5ETBA 5HELA 5EWWA 3UVYA 4Q0NA 5CQ3A 5ENCA 4O74A 1EQFA 4PY6A 4CURA 4HXMA 5EVAA 1JSPB 4NQMA 5FH6A 4QYDA 2RNXA 5G4SA 4N4FA 4CUQA 3UV5A 2OO1A 4J0RA 5FH8A 4QSQA 5HQ5A 4YABA 4OUFA 4A9OA 4XY8A 4IR6A 2R0SA 5ENEA 3LQJA 4CL9A 5FFVA 4PCEA 4O7BA 3UV4A 4LZSA 5FFYA 5C89A 5I83A 5ENHA 5DYUA 3O34A 5FE7A 5E7DA 4UIXA 4NQNA 5DKHA 3TLPA 5A5OA 4ALGA 5FE3A 4BHWA 3SVHA 5HENA 5JWMA 5A81A 5H1UA 5KTUA 4YK0A 3G0LA 4MR3A 5FE4A 4HBYA 5EI4A 5E74A 3SVGA 3P1EA 5L8UA 5FB0A 3Q2FA 4TT6A 5CQ4A 3U5LA 2MJVB 4N4IA 3DWYA 4IOQA 5LJ0A 5IIDA 5LUUA 2I8NA 5EU1A 4AI6A 4O76A 3FKMX 4WIVA 3LXJA 5HQ7A 5FE0A 4A9MA 3VKHA 4CUTA 4NUDA 3U5KA 5I89A 5L8TA 5CQ6A 2WP2A 5ENFA 5AMFA 4Q0OA 5F2PA 5H1TA 5E3GA 4N4HA 5CY9A 2DVVA 2E3KA 2DVSA 4XY9A 3P5OA 4GPJA 5EK9A 4QSWA 4KV1A 5D3NA 4A9JA 4NRAA 5IGMA 2OSSA 5CUGA 5F61A 5F5ZA 5IG6A 3SVFA 3MQMA 3ERRA 4PTBA 5EISA 5CS8A 5F3AA 5CGPA 5I40A 4OGIA 5CUAA 5EPBA
chains in the Genus database with same CATH topology
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