5EV9A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed15
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peregrin
total genus 41
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ev9A00
5CQ3A 3I3JA 5FB0A 4TTEA 4MEPA 3U5NA 4O7EA 5F3AA 4YYMA 2L84A 5H85A 5HRWA 2I8NA 3QZTA 5D7XA 4YY6A 4J0RA 4UIXA 5H1VA 4YBTA 5EWVA 4LZ2A 3UW9A 5FFWA 4WHUA 4TU4A 4QSQA 5EISA 5CQ5A 4O78A 4TT6A 5F62A 4C67A 4UYHA 4YABA 2YW5A 4QNSA 5I29A 4MR4A 5HRVA 5IGNA 4PCEA 4QB3A 4O75A 4DONA 4X2IA 2RI7A 5HQ7A 3TLPA 2RNWA 4HXPA 5CUEA 5L97A 5C85A 5FE1A 4HXLA 2DVVA 5IG6A 3AQAA 5CGPA 5CUAA 5I7XA 5II1A 5CPEA 4NRBA 5DLXA 4Z93A 5E7DA 5ENEA 3Q2EA 4TT4A 4N4HA 5ENCA 5A81A 3ZYUA 5D3TA 5CY9A 5A83A 5TB6A 2DKWA 5HQ6A 3UVXA 5DKCA 3P1CA 5KU3A 4UIWA 5HM0A 4QR5A 1E6IA 5TCMA 4MR5A 5DY7A 5FFYA 5D3NA 5IGKA 4UYGA 3U5OA 4LZSA 5E9KA 3JVJA 3IU5A 4MEQA 4QYLA 5DYCA 4QBMA 4ZC9A 3JVLA 4QSRA 3RCWA 5A5QA 5KHMA 5I1QA 5AD2A 4BW1A 4TS8A 5A5SA 2R0VA 5ENFA 5D26A 5AD3A 5EVAA 5DX4A 4QSWA 5KO4A 5D3HA 4Z1QA 5D3SA 4CUTA 4NUDA 3LQJA 2YQDA 2DVQA 4HBXA 4QSUA 2RS9B 4O7CA 4NYXA 5CRZA 5G4RA 5EGUA 5ENIA 4IOOA 4TYLA 3O36A 5CTLA 5D25A 3P1FA 3P1EA 5I80A 5IGMA 5D3RA 4CLBA 4QZSA 5F63A 4Y03A 5HELA 3MXFA 2F6NA 5FG6A 4HXKA 5FE0A 4QC1A 5ETDA 2DVSA 5D3LA 5CS8A 4NR7A 5CQTA 5FFVA 4XY8A 3Q2FA 3FKMX 5E9MA 4QSSA 5EWHA 4AKNA 4NR9A 5CUCA 4YK0A 5DFBA 3UVYA 5AMFA 4A9MA 2RNXA 5HQ5A 5ETBA 3U5PA 4LRGA 2F6JA 4YAXA 5E3DA 4Q0OA 5CUBA 2R10A 5EWDA 4QEUA 2YEKA 4A9NA 2NXBA 5BT4A 5L98A 4QYDA 5CP5A 5KTXA 5HFQA 4LYWA 4N4IA 4UIZA 2YYNA 5FH6A 1WUMA 2G4AA 4QEWA 5FH7A 5A5OA 5EU1A 3MB4A 4PS5A 5DKDA 3AADA 4Z6HA 3K2JA 3U5JA 4NYVA 3D7CA 5CQ6A 4F3IA 4LDFA 4O77A 4NRCA 4NUEA 2FSAA 4LYIA 2YEMA 4J1PA 4Z1SA 5C7NA 4CUQA 5CQAA 5EWWA 5D3PA 5IBNA 4QUUA 5BT3A 2WP2A 4IORA 4QY4A 4OUFA 4WHWA 2R0SA 1N72A 5HRXA 4A9OA 4O74A 5K29A 3O37A 4LC2A 3U5KA 4IR4A 5LJ2A 5C4QA 4QR4A 3P1DA 5LJ0A 5DW2A 5CRMA 4O7BA 4QSPA 5A5NA 4CUUA 5A5PA 4NYWA 4GPJA 4A9KA 5IGLA 4WIVA 2D82A 4O76A 3S92A 4ALGA 3P5OA 4E96A 4YYHA 4OGJA 5FG4A 4O72A 4XUAA 4QUTA 4YATA 3U5LA 4ZQLA 2OUOA 5DKHA 4LYSA 5EPBA 5H1TA 4HBWA 5FE2A 4NXJA 5E9VA 2OSSA 4CUSA 2E7NA 5EA1A 4HXSA 1X0JA 3O33A 4N3WA 4BW2A 3MULA 4YYGA 4C66A 4N4GA 5E3GA 4BJXA 4XYAA 4CL9A 4TZ8A 4XY9A 5KTWA 5L8TA 5AMEA 2E7OA 4OGIA 4MENA 3UV5A 4NS5A 4HBYA 4YY4A 3O34A 5HFRA 4TQNA 3SVFA 4J3IA 4CURA 3O35A 4UYEA 1WUGA 3JVMA 3UVDA 4MR3A 4IR6A 4HXNA 4YBMA 5C87A 5EM3A 5HCLA 5DYAA 5L8UA 5HLSA 5BT5A 2E3KA 5A7CA 4A9FA 3JVKA 5ENJA 5LJ1A 3LJWA 4ZW1A 5EWCA 5CQ4A 3LQIA 4YYKA 5I83A 2YELA 5DLZA 5IIDA 5LVRA 5H1UA 5HENA 5FE3A 4YC9A 3LQHA 4MR6A 3MUKA 4O70A 4PCIA 5DBMA 4TU6A 5I40A 5F61A 3GG3A 4HBVA 4NQNA 4QSTA 4BHWA 4HXMA 3QZSA 5CU8A 4HXOA 2L85A 5FE7A 4YH4A 5EP7A 3SVHA 4NRAA 4PKLA 2KTBB 4UIVA 1F68A 2RNYA 5F1LA 5ENHA 3DAIA 5FBXA 5CUDA 2I7KA 2N9GA 2MJVB 4O7AA 3NXBA 4UITA 3QZVA 4Q0NA 3U5MA 4IOQA 4A9EA 2L5EA 5LKTA 4HXRA 4QSVA 4TZ2A 4J0SA 5EPSA 5ENGA 5LKXA 5D24A 4NR4A 4QEVA 2RFJA 5COIA 5E9LA 4YYNA 5DW1A 4FLPA 5ACYA 5LKZA 1JSPB 2OO1A 5F5ZA 5DYXA 5DFCA 4UYDA 5I89A 4YH3A 2DVRA 5EPRA 4O71A 1JM4B 5A82A 4QSXA 4IR5A 5EK9A 5F1HA 4N4FA 4A9JA 4CFLA 4PY6A 2RO1A 3MB3A 5LUUA 4BW3A 4A9HA 5E74A 5EV9A 4UYFB 4YYDA 2DATA 3UV2A 1EQFA 5I86A 4YYJA 5G4SA 5EI4A 4TT2A 5FE8A 5E73A 5EICA 4QR3A 3DWYA 4O7FA 5II2A 5E9IA 3IU6A 5D0CA 5FB1A 4KV1A 5C89A 5FH8A 5FE4A 4NR8A 5FE5A 1ZS5A 3G0LA 4CUPA 4KV4A 5I7YA 2DWWA 5JWMA 5JI8A 4UYFA 3ONIA 4YBSA 5F25A 5CUGA 5F36A 5I88A 4UIYA 3MQMA 4ALHA 4NQMA 4QC3A 5FE9A 5LKUA 3HMEA 3HMHA 5E9YA 5A5RA 5E0RA 4Z6IA 3SVGA 4NR5A 4PTBA 5F2PA 5EQ1A 5DFDA 4NR6A 4LR6A 5KTUA 3LXJA 4UIUA 4CFKA 4LZRA 5CFWA 5FE6A 4A9IA 5HEMA 2YDWA 3S91A 2D9EA 5L99A 4YYIA 5CZGA 5L96A 5DYUA 5J0DA 4MEOA 4YADA 5C8GA 4RVRA 4A9LA 3HMFA 5A85A 4XUBA 5FG5A 5HJCA 3UVWA 3G0JA 5LVQA 2H60A 4NUCA 2LSPB 5ENBA 4IR3A 5CQ8A 4KCXA 2R0YA 5CQ7A 5F60A 2GRCA 3UV4A 4BW4A 2WP1A 5FDZA 5D3JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CQ3A 3I3JA 5FB0A 1ZKRA 4TTEA 4MEPA 3U5NA 4O7EA 5F3AA 4YYMA 2L84A 5H85A 5HRWA 2I8NA 3QZTA 5D7XA 4YY6A 4J0RA 4UIXA 5H1VA 4YBTA 5EWVA 4LZ2A 3UW9A 5FFWA 4WHUA 4TU4A 4QSQA 5EISA 5CQ5A 4O78A 4TT6A 5F62A 4C67A 4UYHA 4YABA 2YW5A 4QNSA 5I29A 4MR4A 5HRVA 5IGNA 4PCEA 4QB3A 4O75A 4DONA 4X2IA 2RI7A 5HQ7A 3TLPA 2RNWA 4HXPA 5CUEA 5L97A 5C85A 3D1BA 5FE1A 4HXLA 2DVVA 5IG6A 3AQAA 5CGPA 5CUAA 5I7XA 5II1A 5CPEA 4NRBA 5DLXA 4Z93A 5E7DA 5ENEA 3Q2EA 4TT4A 4N4HA 5ENCA 5A81A 3ZYUA 5D3TA 5CY9A 5A83A 5TB6A 2DKWA 5HQ6A 3UVXA 5DKCA 3P1CA 5KU3A 4UIWA 5HM0A 4QR5A 1E6IA 5TCMA 4MR5A 5DY7A 5FFYA 5D3NA 5IGKA 4UYGA 3U5OA 4LZSA 5E9KA 3JVJA 3IU5A 4MEQA 4QYLA 5DYCA 4QBMA 4ZC9A 3JVLA 4QSRA 3RCWA 5A5QA 5KHMA 5I1QA 5AD2A 4BW1A 4TS8A 5A5SA 2R0VA 5ENFA 5D26A 5AD3A 5EVAA 5DX4A 4AKHA 4QSWA 5KO4A 5D3HA 4Z1QA 5D3SA 4CUTA 4NUDA 3LQJA 3ERRA 2YQDA 2DVQA 4HBXA 4QSUA 2RS9B 4O7CA 4NYXA 5CRZA 5G4RA 5EGUA 5ENIA 4IOOA 4TYLA 3O36A 5CTLA 5D25A 3P1FA 3P1EA 5I80A 5IGMA 5D3RA 4CLBA 4QZSA 5F63A 4Y03A 5HELA 3MXFA 2F6NA 5FG6A 4HXKA 5FE0A 4QC1A 5ETDA 2DVSA 5D3LA 5CS8A 4NR7A 5CQTA 5FFVA 4XY8A 3Q2FA 3FKMX 5E9MA 4QSSA 5EWHA 4AKNA 4NR9A 5CUCA 4YK0A 5DFBA 3UVYA 5AMFA 4A9MA 2RNXA 5HQ5A 5ETBA 3U5PA 4LRGA 2F6JA 4YAXA 5E3DA 4Q0OA 5CUBA 2R10A 5EWDA 4QEUA 2YEKA 4A9NA 2NXBA 5BT4A 4AI6A 5L98A 4QYDA 5CP5A 5KTXA 5HFQA 4LYWA 4N4IA 4UIZA 2YYNA 5FH6A 1WUMA 2G4AA 4QEWA 5FH7A 5A5OA 5EU1A 3MB4A 4PS5A 5DKDA 3AADA 4Z6HA 3K2JA 3U5JA 4NYVA 3D7CA 5CQ6A 4F3IA 4LDFA 4O77A 4NRCA 4NUEA 2FSAA 4LYIA 2YEMA 4J1PA 4Z1SA 5C7NA 4CUQA 5CQAA 5EWWA 5D3PA 5IBNA 4QUUA 5BT3A 2WP2A 4IORA 4QY4A 4OUFA 4WHWA 2R0SA 1N72A 5HRXA 4A9OA 4O74A 5K29A 3O37A 4LC2A 3U5KA 4IR4A 5LJ2A 5C4QA 4QR4A 3P1DA 5LJ0A 5DW2A 5CRMA 4O7BA 4QSPA 5A5NA 4CUUA 5A5PA 4NYWA 4GPJA 4A9KA 5IGLA 4WIVA 2D82A 4O76A 3S92A 4ALGA 3P5OA 4E96A 4YYHA 4AKGA 4OGJA 5FG4A 4O72A 4XUAA 4QUTA 4YATA 3U5LA 4ZQLA 2OUOA 5DKHA 4LYSA 5EPBA 5H1TA 4HBWA 5FE2A 4NXJA 5E9VA 1PUOA 2OSSA 4CUSA 2E7NA 5EA1A 4HXSA 1X0JA 3O33A 4N3WA 4BW2A 3MULA 4YYGA 4C66A 4N4GA 5E3GA 4BJXA 4XYAA 4CL9A 4TZ8A 4XY9A 5KTWA 5L8TA 5AMEA 2E7OA 4OGIA 4MENA 3UV5A 4NS5A 4HBYA 4YY4A 3O34A 5HFRA 4TQNA 3SVFA 4J3IA 4CURA 3O35A 4UYEA 1WUGA 3JVMA 3UVDA 4MR3A 4IR6A 4HXNA 4YBMA 5C87A 5EM3A 5HCLA 5DYAA 5L8UA 5HLSA 5BT5A 2E3KA 5A7CA 4A9FA 3JVKA 5ENJA 5LJ1A 3LJWA 4ZW1A 5EWCA 5CQ4A 3LQIA 4YYKA 5I83A 2YELA 5DLZA 5IIDA 5LVRA 5H1UA 5HENA 5FE3A 4YC9A 3LQHA 4MR6A 3MUKA 4O70A 4PCIA 5DBMA 4TU6A 5I40A 5F61A 3GG3A 4HBVA 4NQNA 4QSTA 4BHWA 4HXMA 3QZSA 5CU8A 4HXOA 2L85A 5FE7A 4YH4A 5EP7A 3SVHA 4NRAA 4PKLA 2KTBB 4UIVA 1F68A 2RNYA 5F1LA 5ENHA 3DAIA 3VKHA 5FBXA 5CUDA 2I7KA 2N9GA 2MJVB 4O7AA 3NXBA 4UITA 2EJNA 3QZVA 4Q0NA 3U5MA 4IOQA 4A9EA 2L5EA 5LKTA 4HXRA 4QSVA 4TZ2A 4J0SA 5EPSA 5ENGA 5LKXA 5D24A 4NR4A 4QEVA 2RFJA 5COIA 5E9LA 4YYNA 5DW1A 4FLPA 5ACYA 5LKZA 1JSPB 2OO1A 5F5ZA 5DYXA 5DFCA 3D1DA 4UYDA 5I89A 4YH3A 2DVRA 5EPRA 4O71A 1JM4B 5A82A 4QSXA 4IR5A 5EK9A 5F1HA 4N4FA 4A9JA 4CFLA 4PY6A 2RO1A 3MB3A 5LUUA 4BW3A 4A9HA 5E74A 5EV9A 4UYFB 4YYDA 2DATA 3UV2A 1EQFA 5I86A 4YYJA 5G4SA 5EI4A 4TT2A 5FE8A 5E73A 5EICA 4QR3A 3DWYA 4O7FA 5II2A 5E9IA 3IU6A 5D0CA 5FB1A 4KV1A 5C89A 3VKGA 5FH8A 5FE4A 4NR8A 5FE5A 4AKIA 1ZS5A 3G0LA 4CUPA 4KV4A 5I7YA 2DWWA 5JWMA 5JI8A 4UYFA 3ONIA 4YBSA 5F25A 5CUGA 5F36A 5I88A 4UIYA 3MQMA 4ALHA 4NQMA 4QC3A 5FE9A 5LKUA 3HMEA 3HMHA 5E9YA 5A5RA 5E0RA 4Z6IA 3SVGA 4NR5A 4PTBA 5F2PA 5EQ1A 5DFDA 4NR6A 4LR6A 5KTUA 3LXJA 4UIUA 4CFKA 4LZRA 5CFWA 5FE6A 4A9IA 5HEMA 2YDWA 3S91A 2D9EA 5L99A 4YYIA 5CZGA 5L96A 5DYUA 5J0DA 4MEOA 4YADA 5C8GA 4RVRA 4A9LA 3HMFA 5A85A 4XUBA 5FG5A 5HJCA 3UVWA 3G0JA 5LVQA 2H60A 4NUCA 2LSPB 5ENBA 4IR3A 5CQ8A 4KCXA 2R0YA 5CQ7A 5F60A 2GRCA 3UV4A 4BW4A 2WP1A 5FDZA 5D3JA
chains in the Genus database with same CATH topology
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