5EWHA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed19
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peregrin
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ewhA00
4QSSA 4XY9A 2WP2A 5ETDA 5EP7A 4QSXA 5DFBA 5KO4A 5LUUA 4NUEA 5DW2A 4QUTA 5EISA 2GRCA 5LVQA 2R0VA 5D3PA 5EM3A 5D3HA 4QC3A 5LJ0A 2RNWA 5C8GA 4QUUA 5KHMA 5ENHA 5CUGA 5IGNA 4ZQLA 5L8TA 3P5OA 3U5LA 5FE1A 1EQFA 2YDWA 5F62A 4BHWA 4WIVA 2DKWA 4WHWA 3RCWA 3JVLA 5I40A 4UYEA 5ENBA 3Q2EA 5EPRA 5FE7A 4UYGA 4Q0NA 2D82A 5L8UA 5FB1A 5E9VA 4TU6A 3LJWA 5CQAA 4C67A 5CY9A 1ZS5A 4CFKA 5KTWA 3MXFA 4O7EA 5EQ1A 5BT4A 5BT5A 2DVVA 4Y03A 4O72A 2E7OA 3LQIA 4PKLA 4LZ2A 2N9GA 5DFDA 4OUFA 5IIDA 4HBVA 4YATA 5FH6A 5A5NA 4YABA 5HFQA 4NR7A 5KTUA 4O7CA 4QYLA 5C85A 5CPEA 5BT3A 2YELA 4Q0OA 5F2PA 4A9OA 5LVRA 5C7NA 5I7YA 5EWHA 5I86A 5FE5A 3U5OA 4QR4A 5D0CA 4HXOA 1F68A 4NRAA 5DLXA 4YBTA 4YYDA 3U5NA 5EPSA 4YH3A 3I3JA 4NYVA 4UIVA 3O33A 5E9IA 5LKZA 5ENFA 3G0JA 4QSUA 5F5ZA 4N4HA 4XY8A 5FG4A 4F3IA 5E3DA 4Z6HA 4YYMA 5CUDA 4HXSA 5G4RA 5CUBA 3P1FA 4A9HA 4XUBA 5ENIA 5CS8A 3U5JA 3S91A 5F61A 2L85A 5II2A 4CURA 2R0SA 3IU6A 5CZGA 3MUKA 5FE2A 4YK0A 4MEOA 4TZ2A 4N4IA 5DW1A 5IGMA 5CQ5A 2E7NA 4OGJA 5DKCA 5FDZA 5D7XA 5JWMA 4NS5A 4QSVA 3P1DA 3P1CA 4HXMA 5CQ4A 4QB3A 3O35A 5HENA 4FLPA 3P1EA 4GPJA 4O75A 2R0YA 5EWWA 5ETBA 4MR3A 4QZSA 4AKNA 4BW2A 4HXRA 4QR3A 5KU3A 2WP1A 3UV4A 2R10A 4A9KA 4ZC9A 5DKDA 2OUOA 1E6IA 2OSSA 2H60A 2D9EA 4KV1A 4QC1A 4A9LA 5DBMA 5F3AA 4NRBA 5E9LA 5C89A 4HXLA 5DFCA 4N4FA 5F1HA 4UIWA 4DONA 4YYIA 3ONIA 3QZTA 5E9KA 5F63A 5KTXA 4PCIA 5EU1A 2RS9B 4XUAA 3UVDA 4A9FA 5CP5A 4ZW1A 5EV9A 5LKTA 5C87A 5H1UA 5C4QA 4IR5A 4MR4A 4NQNA 5I83A 4J0SA 5FE6A 4QYDA 2DVSA 4PS5A 4QSRA 4Z1SA 3QZSA 3MB3A 4TT4A 4UIYA 2DWWA 3FKMX 4A9EA 4MR5A 4UYFB 2MJVB 3Q2FA 5HRWA 4NR6A 3AQAA 5IG6A 5FB0A 4WHUA 5E9YA 4YBSA 5ENGA 5I1QA 5ENEA 3LXJA 4NRCA 3U5MA 4QY4A 3UV2A 5E74A 5EICA 4CUUA 3LQJA 2I7KA 2L5EA 4YYKA 4YH4A 1WUGA 5COIA 4KCXA 5I89A 5FE4A 4ALHA 3SVGA 2G4AA 4UIZA 5CFWA 5FG5A 4YYGA 4HXNA 4LC2A 4LR6A 3S92A 5K29A 5HRXA 2YEKA 5FH8A 4LZRA 3O34A 4BW3A 3NXBA 4UYDA 4CL9A 3QZVA 5IBNA 4O71A 5EA1A 5H1VA 2E3KA 4X2IA 5F1LA 4OGIA 5F60A 5AD3A 5H85A 4A9JA 4CUQA 4NQMA 4HBYA 4QEUA 5CQ7A 4Z93A 4Z1QA 5A7CA 4TT6A 5I29A 4NUCA 4NR9A 3TLPA 2RNXA 2RI7A 5D24A 3G0LA 3O37A 3DAIA 4IORA 3DWYA 5L99A 4PY6A 5D3TA 4NR5A 5E0RA 2YYNA 2NXBA 5CU8A 4QSQA 4O70A 5EGUA 4TTEA 4UYHA 5CQTA 2DVQA 4BW4A 2KTBB 4QEVA 3HMEA 5CUAA 2RFJA 4LYSA 5HELA 5HJCA 5A85A 5I88A 2L84A 5I80A 4PTBA 5FBXA 2FSAA 4E96A 4YC9A 4O76A 4UIUA 5IGLA 5G4SA 4IOQA 4XYAA 5D3SA 4J1PA 4J3IA 3U5KA 4HBWA 5AMFA 4O7AA 4MEQA 5EWCA 1JM4B 4CUTA 4CUSA 5CGPA 4CLBA 5J0DA 4QSWA 4A9MA 4A9NA 4ALGA 4QSTA 4TS8A 4A9IA 5D3RA 4MENA 4YADA 1WUMA 5EVAA 5FE0A 4LDFA 4NR8A 3AADA 4QEWA 5EWVA 2OO1A 4UITA 3ZYUA 4UIXA 5CQ6A 4IR4A 4TT2A 5D3LA 4RVRA 5DKHA 5EK9A 5CUEA 4YYJA 4C66A 5HQ6A 4YAXA 3SVHA 4LYIA 4BW1A 3UW9A 3K2JA 4TZ8A 5A5PA 5JI8A 4IOOA 5HFRA 4TYLA 3SVFA 4O7FA 4CFLA 5E3GA 5CQ8A 3D7CA 4O77A 1JSPB 5EI4A 5E9MA 3JVKA 4YY6A 4J0RA 5D25A 5DX4A 5IGKA 4QR5A 5LKXA 4O7BA 2YQDA 4N4GA 4LRGA 4TU4A 4IR6A 5LJ2A 5HQ5A 4N3WA 2RO1A 4QBMA 5DY7A 5FE9A 4MEPA 5L96A 2RNYA 4O74A 4O78A 4YYHA 5LKUA 4NYWA 4HBXA 5D26A 5I7XA 5DYUA 4KV4A 5A82A 4Z6IA 5FG6A 5DYXA 5F36A 4YY4A 3UVXA 5A81A 5HCLA 4NR4A 4PCEA 5E7DA 5CRZA 3MULA 5HEMA 5HM0A 2F6JA 5HLSA 2YEMA 5DYAA 5L98A 3LQHA 5ACYA 1N72A 3U5PA 2DVRA 5A5OA 5CQ3A 3MB4A 5L97A 2YW5A 5FH7A 4QNSA 5DLZA 4LZSA 5A5QA 3UVYA 3HMHA 5FE8A 3GG3A 3JVJA 5FE3A 4YYNA 5EPBA 4LYWA 4NUDA 5A83A 5D3JA 3HMFA 4NYXA 4UYFA 5ENJA 5TB6A 3MQMA 5TCMA 5A5RA 5FFVA 5II1A 4NXJA 4CUPA 5CUCA 5FFWA 5AD2A 5H1TA 3UVWA 5A5SA 3UV5A 5LJ1A 5DYCA 5F25A 5FFYA 4MR6A 2F6NA 5HQ7A 5ENCA 3JVMA 5EWDA 2DATA 4BJXA 4IR3A 3O36A 4HXPA 5CRMA 4QSPA 5AMEA 2I8NA 4HXKA 5HRVA 4TQNA 5D3NA 5E73A 2LSPB 4YBMA 5CTLA 3IU5A 1X0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QSSA 4XY9A 2WP2A 5ETDA 5EP7A 4QSXA 5DFBA 5KO4A 5LUUA 4NUEA 5DW2A 4QUTA 4AKGA 5EISA 2GRCA 5LVQA 2R0VA 5D3PA 5EM3A 5D3HA 4QC3A 5LJ0A 2RNWA 5C8GA 4QUUA 2EJNA 3D1BA 5ENHA 5KHMA 5CUGA 5IGNA 4ZQLA 5L8TA 3P5OA 1PUOA 3U5LA 5FE1A 1EQFA 2YDWA 5F62A 4BHWA 4WIVA 2DKWA 4WHWA 3RCWA 3JVLA 5I40A 4UYEA 5ENBA 3Q2EA 5EPRA 5FE7A 4UYGA 4Q0NA 2D82A 5L8UA 5FB1A 5E9VA 4TU6A 3LJWA 5CQAA 4C67A 5CY9A 1ZS5A 4CFKA 5KTWA 3MXFA 4O7EA 5EQ1A 5BT4A 5BT5A 2DVVA 4Y03A 4O72A 2E7OA 3LQIA 4PKLA 4LZ2A 2N9GA 5DFDA 4OUFA 5IIDA 4HBVA 4YATA 5FH6A 5A5NA 4YABA 5HFQA 4NR7A 5KTUA 4O7CA 4QYLA 5C85A 5CPEA 5BT3A 2YELA 4Q0OA 5F2PA 4A9OA 5LVRA 5C7NA 5I7YA 5EWHA 5I86A 5FE5A 3U5OA 4QR4A 5D0CA 4HXOA 1F68A 4NRAA 5DLXA 4YBTA 4YYDA 3U5NA 5EPSA 4YH3A 3I3JA 4NYVA 4UIVA 3O33A 5E9IA 5LKZA 5ENFA 3G0JA 4QSUA 5F5ZA 4N4HA 4XY8A 5FG4A 4F3IA 5E3DA 4Z6HA 4YYMA 5CUDA 4HXSA 5G4RA 5CUBA 3P1FA 4A9HA 4XUBA 5ENIA 5CS8A 3U5JA 3S91A 5F61A 2L85A 5II2A 4CURA 2R0SA 3IU6A 5CZGA 3MUKA 5FE2A 4YK0A 4MEOA 4TZ2A 4N4IA 5DW1A 5IGMA 5CQ5A 2E7NA 4OGJA 5DKCA 5FDZA 5D7XA 5JWMA 4NS5A 4QSVA 3P1DA 3P1CA 4HXMA 5CQ4A 4QB3A 3O35A 5HENA 4FLPA 3P1EA 4GPJA 4O75A 2R0YA 5EWWA 5ETBA 4MR3A 4QZSA 4AKNA 4BW2A 4HXRA 4QR3A 5KU3A 2WP1A 3UV4A 2R10A 4A9KA 4ZC9A 5DKDA 2OUOA 1E6IA 2OSSA 2H60A 2D9EA 4KV1A 4QC1A 4A9LA 5DBMA 5F3AA 4NRBA 5E9LA 5C89A 4HXLA 5DFCA 4N4FA 5F1HA 4UIWA 4DONA 4YYIA 3ONIA 3QZTA 5E9KA 5F63A 5KTXA 4PCIA 5EU1A 2RS9B 4XUAA 3UVDA 4A9FA 5CP5A 4ZW1A 5EV9A 5LKTA 5C87A 5H1UA 5C4QA 4IR5A 4MR4A 4NQNA 5I83A 4J0SA 5FE6A 4QYDA 2DVSA 4PS5A 4QSRA 4Z1SA 3QZSA 3MB3A 4TT4A 4UIYA 2DWWA 3FKMX 4A9EA 4MR5A 4UYFB 2MJVB 3Q2FA 5HRWA 4NR6A 3AQAA 5IG6A 5FB0A 4WHUA 5E9YA 4YBSA 5ENGA 5I1QA 5ENEA 3LXJA 4NRCA 3U5MA 4QY4A 3UV2A 5E74A 5EICA 4CUUA 3LQJA 2I7KA 2L5EA 4YYKA 4YH4A 1WUGA 5COIA 4KCXA 5I89A 5FE4A 4ALHA 3SVGA 2G4AA 4UIZA 5CFWA 5FG5A 4YYGA 4HXNA 4LC2A 4LR6A 3S92A 5K29A 5HRXA 2YEKA 5FH8A 4LZRA 3O34A 4BW3A 3NXBA 4UYDA 4CL9A 3QZVA 5IBNA 4O71A 5EA1A 5H1VA 2E3KA 4X2IA 5F1LA 4OGIA 5F60A 5AD3A 5H85A 4A9JA 4AKHA 4CUQA 4NQMA 4HBYA 4QEUA 5CQ7A 4Z93A 4Z1QA 5A7CA 3D1DA 4TT6A 4NUCA 4NR9A 3TLPA 5I29A 2RNXA 2RI7A 5D24A 3G0LA 3O37A 3DAIA 4IORA 3DWYA 5L99A 4PY6A 5D3TA 4NR5A 5E0RA 2YYNA 2NXBA 5CU8A 4QSQA 4O70A 5EGUA 4TTEA 4UYHA 5CQTA 2DVQA 4BW4A 2KTBB 4QEVA 3HMEA 5CUAA 2RFJA 3ERRA 4LYSA 1ZKRA 5HELA 5HJCA 5A85A 5I88A 2L84A 5I80A 4PTBA 5FBXA 2FSAA 4E96A 4YC9A 4O76A 4UIUA 5IGLA 5G4SA 4IOQA 4XYAA 5D3SA 4J1PA 4J3IA 3U5KA 4HBWA 5AMFA 4O7AA 4MEQA 5EWCA 1JM4B 4CUTA 4CUSA 5CGPA 4CLBA 5J0DA 4QSWA 4A9MA 4A9NA 4ALGA 4QSTA 4TS8A 4A9IA 5D3RA 4MENA 4YADA 1WUMA 5EVAA 5FE0A 4LDFA 4NR8A 3AADA 4QEWA 5EWVA 2OO1A 4UITA 3ZYUA 4UIXA 5CQ6A 4IR4A 4TT2A 5D3LA 4RVRA 5DKHA 5EK9A 5CUEA 4YYJA 4C66A 5HQ6A 4YAXA 3SVHA 4LYIA 4BW1A 3UW9A 3K2JA 4TZ8A 5A5PA 5JI8A 4IOOA 5HFRA 4TYLA 3SVFA 4O7FA 4CFLA 5E3GA 5CQ8A 4AKIA 3D7CA 4O77A 1JSPB 5EI4A 5E9MA 3JVKA 4YY6A 4J0RA 5D25A 5DX4A 5IGKA 4QR5A 5LKXA 4O7BA 2YQDA 4N4GA 4LRGA 4TU4A 4IR6A 5LJ2A 5HQ5A 4N3WA 2RO1A 4QBMA 5DY7A 5FE9A 4MEPA 5L96A 2RNYA 4O74A 4O78A 4YYHA 5LKUA 4NYWA 4HBXA 5D26A 5I7XA 5DYUA 4KV4A 5A82A 4Z6IA 5FG6A 5DYXA 5F36A 4YY4A 3UVXA 5A81A 5HCLA 4NR4A 4PCEA 5E7DA 5CRZA 3MULA 5HEMA 5HM0A 2F6JA 5HLSA 2YEMA 5DYAA 5L98A 3LQHA 5ACYA 1N72A 3U5PA 2DVRA 4AI6A 5A5OA 5CQ3A 3MB4A 5L97A 2YW5A 5FH7A 4QNSA 3VKHA 5DLZA 4LZSA 5A5QA 3UVYA 3HMHA 5FE8A 3GG3A 3JVJA 5FE3A 4YYNA 5EPBA 4LYWA 4NUDA 5A83A 5D3JA 3HMFA 4NYXA 4UYFA 5ENJA 5TB6A 3MQMA 5TCMA 5A5RA 5FFVA 5II1A 4NXJA 4CUPA 5CUCA 5FFWA 5AD2A 5H1TA 3UVWA 5A5SA 3UV5A 5LJ1A 5DYCA 5F25A 5FFYA 4MR6A 2F6NA 5HQ7A 5ENCA 3JVMA 5EWDA 2DATA 4BJXA 4IR3A 3O36A 4HXPA 5CRMA 4QSPA 5AMEA 2I8NA 4HXKA 5HRVA 4TQNA 5D3NA 5E73A 2LSPB 4YBMA 3VKGA 5CTLA 3IU5A 1X0JA
chains in the Genus database with same CATH topology
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