5G4SA

Bromodomain of human brpf1 with n-1,3-dimethyl-6-2r-2- methylpiperazin-1-yl-2-oxo-2,3-dihydro-1h-1,3-benzodiazol-5-yl-n- ethyl-2-methoxybenzamide
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
EIAMEMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Gsk6853, a Chemical Probe for Inhibition of the Brpf1 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEREGRIN
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5g4sA00
5E74A 4CUPA 5E9YA 5A5SA 5IGKA 5FFVA 4YYHA 4KV1A 5CRZA 5ENBA 5I88A 4NRCA 4QYLA 5IIDA 5FDZA 5HLSA 3AADA 4UIXA 5CFWA 5K29A 3AQAA 5HRVA 4YH4A 5FE7A 4Z1QA 2F6JA 4MEPA 5EPRA 3SVGA 2DKWA 4UYEA 1X0JA 4CFLA 5I83A 5KTUA 4HXMA 4IR6A 5AD2A 4NQMA 5AMFA 5FE2A 5CU8A 5C7NA 5FE5A 4BW2A 5L96A 4UITA 5C87A 5H85A 5I86A 5DFDA 5FB0A 4NR8A 4A9LA 2R0YA 2MJVB 3HMFA 3P1EA 5CY9A 5D3PA 5ETBA 5H1UA 5EICA 4PCEA 5LJ2A 3GG3A 4YBMA 4KCXA 5I29A 5CPEA 4CFKA 4QSRA 4UIVA 5LKXA 5E9KA 5G4SA 2OSSA 5DLZA 4IR3A 5DLXA 5HQ7A 3MB4A 5EPBA 2DVSA 4TZ2A 4DONA 3ONIA 4QSQA 5EVAA 5EP7A 3IU6A 4BW4A 5ENCA 5CUDA 4CLBA 4OUFA 3RCWA 4NR7A 3HMEA 3DAIA 4QR3A 4YC9A 5F2PA 4PCIA 5F63A 5II2A 4QEUA 5CQ3A 2D82A 2YYNA 5EA1A 2YDWA 5HJCA 2DVQA 4QB3A 4QR4A 3U5MA 5L97A 4J3IA 4YATA 2YELA 1ZS5A 3Q2EA 4MR4A 4C66A 5EI4A 4IOOA 2DVVA 4N4IA 4MENA 3IU5A 4LDFA 4O78A 4HXNA 4Z1SA 5I1QA 4MR6A 3LJWA 4QZSA 4NUCA 5DBMA 4NYWA 5LKTA 3UVXA 5A5OA 3S91A 2L5EA 5E9LA 4MR3A 4UYFA 5EK9A 4NXJA 4NR6A 5CUGA 5LKUA 4QYDA 4BW1A 5FFWA 5ENGA 4YBTA 4LC2A 5FE1A 3QZVA 5E3GA 4CL9A 4GPJA 4Q0OA 4NR5A 5CP5A 4LZ2A 2OUOA 5CTLA 5DW1A 5I7XA 4YYJA 5A5QA 4A9MA 4YYKA 5FBXA 5BT3A 4A9HA 5CQ8A 5DYCA 3LXJA 4NRAA 5F61A 1JSPB 5I89A 4NYVA 5C89A 3P5OA 5F25A 2DVRA 5CQ4A 5DYUA 4UYFB 4Y03A 5F36A 4UYDA 4E96A 5J0DA 2G4AA 4NQNA 1EQFA 2LSPB 2RO1A 4UIZA 5I80A 2WP2A 2YW5A 5H1VA 4N3WA 4MEQA 2E7OA 1WUMA 4O74A 5CGPA 4QSPA 3UV4A 5A5RA 5JI8A 4TT2A 5C4QA 3G0JA 4CUQA 3S92A 4O7CA 4Z6IA 4HBWA 3TLPA 5A82A 4Q0NA 5F5ZA 4C67A 4QUTA 4QC1A 4QSVA 5DY7A 1N72A 4O76A 4QSSA 5A5NA 4YAXA 5L99A 5D3NA 2KTBB 4MEOA 5CUBA 5HRWA 3O33A 5D0CA 5G4RA 5CQTA 3O37A 5CQ5A 5KHMA 5HFRA 5D3LA 3P1CA 4HBXA 4QBMA 5L8UA 5ENJA 4UIYA 4O77A 4N4FA 2I7KA 4HXRA 5IGLA 4UIWA 4QR5A 4F3IA 5FE9A 5II1A 5E0RA 4O72A 4XUAA 3O34A 4MR5A 4A9EA 5D24A 2RI7A 5KO4A 4J0RA 4QSXA 5D3JA 4NR9A 3QZSA 5HELA 4YYNA 5F60A 5ENHA 4X2IA 5FH6A 4N4HA 5FE4A 5HQ6A 4BJXA 4NUEA 5FE8A 5CQ7A 2E7NA 2R0SA 5ACYA 3MULA 3K2JA 4CUTA 4LR6A 4A9KA 5A5PA 4XUBA 5F62A 3U5NA 2DWWA 5FH7A 1JM4B 5EV9A 4QSWA 3MB3A 4BHWA 4LYSA 5EU1A 4PS5A 4QEVA 4TT4A 4HBVA 3DWYA 5F3AA 4IR5A 2RNXA 4LRGA 4PTBA 3QZTA 4QC3A 4YYMA 4TZ8A 5H1TA 5CZGA 1E6IA 5HM0A 4KV4A 4YADA 4A9NA 5C85A 3U5JA 5LJ0A 2RS9B 4LZSA 4YY6A 3U5LA 5CUCA 3SVHA 4A9OA 4YABA 5E9MA 4QUUA 4WIVA 2H60A 4O7FA 5DYAA 5E73A 4A9IA 5DFCA 4O75A 4YYIA 2YQDA 4YH3A 4OGIA 5E3DA 5IBNA 4NS5A 2L84A 2YEKA 5BT4A 3NXBA 4UIUA 3U5OA 4OGJA 4QEWA 4FLPA 5E9IA 4IR4A 3P1FA 4O7BA 4HXSA 4TTEA 5ENFA 5LVRA 5KTXA 4XY9A 3MQMA 5HFQA 3JVKA 4BW3A 2YEMA 5HENA 4RVRA 2R0VA 5CS8A 5FB1A 4LYIA 2WP1A 4NR4A 5IGMA 5KTWA 3MUKA 3ZYUA 4TQNA 5FE6A 5DYXA 5EWDA 2L85A 3JVJA 5FH8A 4NRBA 5HRXA 5ENEA 5A85A 4ZQLA 2FSAA 4O7EA 5F1HA 4ZW1A 2E3KA 5D7XA 4LZRA 5FFYA 4J0SA 4LYWA 5CUAA 3UV5A 5DX4A 3LQJA 5CUEA 5EWCA 4QSTA 4ZC9A 5TCMA 5HCLA 4CUSA 5I40A 5DKHA 5FG6A 4PY6A 5CQAA 5HQ5A 5D3HA 3O36A 5DKCA 3U5KA 4HXOA 3P1DA 2R10A 5LKZA 4Z6HA 4WHWA 5D3TA 4A9JA 3UW9A 4QSUA 5DW2A 3UVYA 4YY4A 5D26A 3JVMA 3MXFA 1WUGA 5DKDA 5FE3A 5KU3A 5ENIA 2N9GA 4TU6A 5EWVA 4YYDA 5L8TA 5LJ1A 5IGNA 4YYGA 2I8NA 3LQHA 5EM3A 5E7DA 2D9EA 3LQIA 3FKMX 5D25A 5LUUA 4O7AA 4TS8A 2RFJA 5D3SA 4ALGA 5A81A 3UVWA 4O71A 5COIA 1F68A 4ALHA 4QY4A 5LVQA 5CRMA 4AKNA 4O70A 4XYAA 3HMHA 4NYXA 3UVDA 5EGUA 2DATA 5EWHA 4TU4A 3D7CA 5AD3A 4WHUA 2NXBA 5EQ1A 3UV2A 4QNSA 5DFBA 5FG5A 5EISA 4HBYA 3U5PA 4CURA 3SVFA 4J1PA 5E9VA 4CUUA 5TB6A 4HXKA 4UYGA 5EWWA 3O35A 4YK0A 2RNYA 4HXLA 5L98A 5BT5A 5C8GA 4XY8A 4TT6A 5CQ6A 3G0LA 5AMEA 4UYHA 5EPSA 4HXPA 5ETDA 2RNWA 5FG4A 4A9FA 4YBSA 5F1LA 2GRCA 5IG6A 4NUDA 5D3RA 4N4GA 4TYLA 2OO1A 4IORA 5HEMA 5FE0A 4Z93A 5JWMA 5A7CA 3I3JA 4IOQA 5A83A 5I7YA 2F6NA 3Q2FA 3JVLA 4PKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E74A 4CUPA 5E9YA 5A5SA 5IGKA 5FFVA 4YYHA 4KV1A 5CRZA 3VKGA 5ENBA 5I88A 4NRCA 4QYLA 5IIDA 5FDZA 5HLSA 3AADA 4UIXA 5CFWA 4AKGA 5K29A 3AQAA 5HRVA 4YH4A 5FE7A 4Z1QA 2F6JA 4MEPA 5EPRA 3SVGA 2DKWA 4UYEA 1X0JA 4CFLA 5I83A 5KTUA 4HXMA 4IR6A 5AD2A 4NQMA 5AMFA 5FE2A 5CU8A 5C7NA 5FE5A 4BW2A 5L96A 4UITA 5C87A 5H85A 5I86A 5DFDA 5FB0A 4NR8A 4A9LA 2R0YA 2MJVB 3HMFA 3P1EA 5CY9A 5D3PA 5ETBA 5H1UA 5EICA 4PCEA 5LJ2A 3GG3A 4YBMA 4KCXA 5I29A 5CPEA 4CFKA 4QSRA 4UIVA 5LKXA 5E9KA 5G4SA 2OSSA 5DLZA 4IR3A 5DLXA 5HQ7A 3MB4A 5EPBA 2DVSA 4TZ2A 4DONA 3ONIA 4QSQA 5EVAA 5EP7A 3IU6A 4BW4A 5ENCA 5CUDA 4CLBA 4OUFA 3RCWA 4NR7A 3HMEA 3DAIA 4QR3A 4YC9A 5F2PA 4PCIA 5F63A 5II2A 4QEUA 5CQ3A 2D82A 2YYNA 5EA1A 2YDWA 5HJCA 2DVQA 4QB3A 4QR4A 3U5MA 5L97A 4J3IA 4YATA 2YELA 1ZS5A 3Q2EA 4MR4A 4C66A 5EI4A 4IOOA 2DVVA 4N4IA 4MENA 3IU5A 4LDFA 4O78A 4HXNA 4Z1SA 5I1QA 4MR6A 3LJWA 4QZSA 4NUCA 5DBMA 4NYWA 5LKTA 3UVXA 5A5OA 3S91A 2L5EA 5E9LA 4MR3A 4UYFA 5EK9A 4NXJA 4NR6A 5CUGA 5LKUA 4QYDA 4BW1A 5FFWA 5ENGA 4YBTA 4LC2A 5FE1A 3QZVA 5E3GA 4CL9A 4GPJA 4Q0OA 4NR5A 5CP5A 4LZ2A 2OUOA 5CTLA 5DW1A 3D1DA 5I7XA 4YYJA 5A5QA 4A9MA 4YYKA 5FBXA 5BT3A 4A9HA 1ZKRA 5CQ8A 5DYCA 3LXJA 4NRAA 5F61A 1JSPB 5I89A 4NYVA 5C89A 3P5OA 5F25A 2DVRA 5CQ4A 5DYUA 4UYFB 4Y03A 5F36A 4UYDA 4E96A 5J0DA 2G4AA 4NQNA 1EQFA 2LSPB 2RO1A 4UIZA 5I80A 2WP2A 2YW5A 5H1VA 4N3WA 4MEQA 2E7OA 1WUMA 4O74A 5CGPA 4QSPA 3UV4A 5A5RA 5JI8A 4TT2A 5C4QA 3G0JA 4CUQA 3S92A 4O7CA 4Z6IA 4HBWA 3TLPA 5A82A 4Q0NA 5F5ZA 4C67A 4QUTA 4QC1A 4QSVA 5DY7A 1N72A 4O76A 4QSSA 5A5NA 4YAXA 5L99A 5D3NA 2KTBB 4MEOA 5CUBA 5HRWA 3O33A 5D0CA 5G4RA 5CQTA 3O37A 5CQ5A 5KHMA 5HFRA 5D3LA 3P1CA 4HBXA 4QBMA 5L8UA 4AKHA 5ENJA 4UIYA 4O77A 4N4FA 2I7KA 4HXRA 5IGLA 4UIWA 4QR5A 4F3IA 5FE9A 5II1A 5E0RA 4O72A 4XUAA 3O34A 4MR5A 4A9EA 5D24A 2RI7A 5KO4A 4J0RA 4QSXA 5D3JA 4NR9A 3QZSA 5HELA 4YYNA 5F60A 5ENHA 4X2IA 5FH6A 4N4HA 5FE4A 5HQ6A 4BJXA 4NUEA 5FE8A 5CQ7A 2E7NA 2R0SA 5ACYA 3MULA 3K2JA 4CUTA 4LR6A 4A9KA 5A5PA 4XUBA 5F62A 3U5NA 2DWWA 5FH7A 1JM4B 5EV9A 4QSWA 3MB3A 4BHWA 4LYSA 5EU1A 4PS5A 4QEVA 4TT4A 4HBVA 3DWYA 5F3AA 4IR5A 2RNXA 4LRGA 4PTBA 3QZTA 4QC3A 4YYMA 4TZ8A 5H1TA 5CZGA 1E6IA 5HM0A 4KV4A 4YADA 4A9NA 5C85A 3U5JA 5LJ0A 2RS9B 4LZSA 4YY6A 3U5LA 5CUCA 3SVHA 4A9OA 4YABA 5E9MA 4QUUA 4WIVA 2H60A 4O7FA 5DYAA 5E73A 4A9IA 5DFCA 4O75A 4YYIA 2YQDA 4YH3A 4OGIA 5E3DA 5IBNA 4NS5A 2L84A 2YEKA 5BT4A 3NXBA 4UIUA 3U5OA 4OGJA 4QEWA 4FLPA 5E9IA 4IR4A 3P1FA 4O7BA 4HXSA 4TTEA 5ENFA 5LVRA 4AI6A 5KTXA 4XY9A 3ERRA 3MQMA 5HFQA 3JVKA 4BW3A 2YEMA 5HENA 4RVRA 2R0VA 5CS8A 5FB1A 4LYIA 2WP1A 4NR4A 5IGMA 5KTWA 3MUKA 3ZYUA 4TQNA 5FE6A 3D1BA 5DYXA 5EWDA 2L85A 3JVJA 5FH8A 4NRBA 5HRXA 5ENEA 5A85A 4ZQLA 1PUOA 2FSAA 4O7EA 5F1HA 4ZW1A 2E3KA 5D7XA 4LZRA 5FFYA 4J0SA 4LYWA 5CUAA 3UV5A 5DX4A 3LQJA 5CUEA 5EWCA 4QSTA 4ZC9A 5TCMA 5HCLA 4CUSA 2EJNA 5I40A 5DKHA 5FG6A 4PY6A 5CQAA 5HQ5A 5D3HA 3O36A 5DKCA 3U5KA 4HXOA 3P1DA 2R10A 5LKZA 4Z6HA 4WHWA 5D3TA 3VKHA 4A9JA 3UW9A 4QSUA 5DW2A 3UVYA 4YY4A 5D26A 3JVMA 3MXFA 1WUGA 5DKDA 5FE3A 5KU3A 5ENIA 2N9GA 4TU6A 5EWVA 4YYDA 5L8TA 5LJ1A 5IGNA 4YYGA 2I8NA 3LQHA 5EM3A 5E7DA 2D9EA 3LQIA 3FKMX 5D25A 5LUUA 4O7AA 4TS8A 2RFJA 5D3SA 4ALGA 5A81A 3UVWA 4O71A 5COIA 1F68A 4ALHA 4QY4A 5LVQA 5CRMA 4AKNA 4O70A 4XYAA 3HMHA 4NYXA 3UVDA 5EGUA 2DATA 5EWHA 4TU4A 3D7CA 5AD3A 4WHUA 2NXBA 5EQ1A 4AKIA 3UV2A 4QNSA 5DFBA 5FG5A 5EISA 4HBYA 3U5PA 4CURA 3SVFA 4J1PA 5E9VA 4CUUA 5TB6A 4HXKA 4UYGA 5EWWA 3O35A 4YK0A 2RNYA 4HXLA 5L98A 5BT5A 5C8GA 4XY8A 4TT6A 5CQ6A 3G0LA 5AMEA 4UYHA 5EPSA 4HXPA 5ETDA 2RNWA 5FG4A 4A9FA 4YBSA 5F1LA 2GRCA 5IG6A 4NUDA 5D3RA 4N4GA 4TYLA 2OO1A 4IORA 5HEMA 5FE0A 4Z93A 5JWMA 5A7CA 3I3JA 4IOQA 5A83A 5I7YA 2F6NA 3Q2FA 3JVLA 4PKLA
chains in the Genus database with same CATH topology
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