5A5SA

Nn-terminal bromodomain of human brd4 with 5-5-methoxypyridin-3-yl-3- methyl-8-piperidin-4-ylamino-1,2-dihydro-1,7-naphthyridin-2-one
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHKFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
publication title Fragment-Based Discovery of Low-Micromolar Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a5sA01
5DKHA 3JVJA 5L96A 3P1CA 4QEWA 4LZSA 4TQNA 4N3WA 5D3NA 4NR8A 4QYLA 2WP1A 5DKCA 5F60A 4O7BA 4RVRA 3U5PA 4LRGA 4XY8A 3HMHA 5EPBA 4UIYA 3JVMA 3K2JA 4NR4A 5FFYA 5HELA 3SVFA 4MR4A 4O76A 3UVXA 4UIXA 5F25A 5HEMA 5ETDA 2RS9B 4X2IA 3O34A 5FH6A 5LJ2A 4NS5A 5F1HA 2L5EA 1WUGA 5D3LA 2NXBA 5CS8A 3MB3A 4O72A 5DX4A 4OGIA 2YW5A 5CTLA 4PKLA 4YAXA 3QZSA 5LJ1A 4A9OA 3AADA 4PCEA 5A5SA 2I7KA 4YATA 4QB3A 4LYSA 4QR4A 5C7NA 4HXPA 5CP5A 3UW9A 3U5JA 4OUFA 5FBXA 5D3SA 4QNSA 5G4RA 3P1DA 5FG5A 1WUMA 2DKWA 5EICA 4N4GA 5KHMA 4UIVA 2YEMA 5FB1A 5FE5A 4YBSA 4TZ8A 5EQ1A 4ALHA 5LVQA 5L98A 3MUKA 3UV4A 3HMEA 4HBWA 4YYMA 2D9EA 4Z1QA 5DKDA 5F62A 3MB4A 5A5PA 5FFVA 4NXJA 5D26A 2D82A 3MXFA 5FE7A 5KTXA 2N9GA 4N4FA 4CLBA 3O33A 2DVQA 4TU6A 4QBMA 3UVDA 4YABA 4A9EA 4LYWA 4DONA 5E3DA 5FFWA 5KTWA 2OO1A 4CFLA 5LKZA 5LVRA 5CZGA 4O71A 4BJXA 5E9KA 4QC1A 4NQNA 3MQMA 2OUOA 4TT4A 3SVHA 4MR3A 4TT2A 4UIUA 5EK9A 3GG3A 5K29A 5H1UA 5TCMA 4IR3A 4HBVA 5F61A 5CRMA 3S92A 4IR6A 2G4AA 2RNWA 5CQTA 5LKUA 5I88A 4CL9A 5J0DA 5F1LA 5IGLA 3G0JA 5DFBA 4QSPA 2R0YA 5D3PA 4IOOA 4Z1SA 5CFWA 3DWYA 5HCLA 5JWMA 1JM4B 4J3IA 5CUGA 2YELA 4A9FA 4QSRA 4YBTA 2H60A 4YK0A 5CQ5A 4UIWA 5FE3A 2GRCA 3P5OA 5E73A 4QSVA 4E96A 5L8UA 3O37A 4QR3A 3U5NA 2YYNA 5ENJA 1X0JA 5A83A 5A82A 4KV1A 4LZ2A 5DFCA 5FE1A 5A5RA 4ZQLA 3IU6A 4NUEA 4WHWA 4HBYA 3LQHA 5HM0A 2MJVB 5D25A 5KTUA 5HRVA 2DATA 4N4IA 4PY6A 3O36A 3AQAA 5I83A 5G4SA 3ZYUA 5LKTA 2RNXA 4HXSA 2YQDA 3P1EA 4LZRA 2RNYA 5DLXA 5L99A 5D7XA 4HXNA 4MENA 3UVYA 5HQ6A 4Q0OA 4TZ2A 2DWWA 4TU4A 5ENBA 5ENGA 4ZW1A 4MEQA 4UIZA 1EQFA 1E6IA 4O78A 2R10A 5DW2A 5I7YA 4XY9A 4QR5A 4QSUA 5AD2A 4Y03A 5D24A 3TLPA 1JSPB 3U5KA 2RO1A 4LC2A 2LSPB 4UITA 5I89A 3MULA 4O7CA 2WP2A 5F3AA 5EPSA 5D3JA 4UYFA 3O35A 4FLPA 4Z6IA 5CGPA 4A9MA 5CUCA 4O7AA 5C89A 5H1TA 2KTBB 4UYGA 5HRXA 3QZVA 5AMEA 4YYHA 2RI7A 5EGUA 5HFQA 5DYUA 4CUUA 4IOQA 5C85A 4YBMA 5ENFA 5EM3A 4A9LA 5DBMA 5CQAA 5CQ3A 3FKMX 3G0LA 5COIA 4A9NA 5A5OA 4HBXA 5FE2A 4AKNA 4TT6A 4NYWA 5C4QA 4YYIA 3IU5A 4BW3A 5F2PA 4OGJA 4Z6HA 5ACYA 5CQ8A 4KCXA 5CRZA 2E7OA 4YH4A 5EWCA 5CUDA 5HFRA 5L8TA 3NXBA 5CQ6A 4MEOA 5EPRA 4F3IA 5FE0A 5DYXA 4NUCA 4O70A 5E9IA 4UYFB 5EA1A 4Z93A 5L97A 5EWHA 4C66A 2DVRA 5E9VA 5CPEA 4YADA 2F6NA 3HMFA 5DYAA 4BW4A 3LQJA 2YDWA 4IR4A 4O77A 4N4HA 5CUEA 5ENIA 3UV2A 4CUPA 4Q0NA 5II2A 5TB6A 4NYXA 5D0CA 3RCWA 3QZTA 5CUBA 2OSSA 4XYAA 5BT4A 4QEUA 4QZSA 4BW2A 4YC9A 5E0RA 3Q2EA 5FH7A 2DVSA 5HQ7A 5IIDA 2FSAA 4J1PA 4PCIA 4QYDA 4MR6A 4QSQA 5LKXA 2E7NA 2DVVA 4HXKA 4TTEA 5F36A 5H1VA 4NR6A 2R0VA 2RFJA 5A5QA 3U5MA 4HXMA 5DY7A 5AMFA 4WHUA 2YEKA 4UYDA 5E9YA 5EP7A 4CURA 3JVKA 4LDFA 2F6JA 4UYHA 4LR6A 3U5LA 4O7EA 4QSSA 5E9LA 5AD3A 5KO4A 5EI4A 4QSWA 4NR5A 5DFDA 5A85A 3I3JA 4A9HA 4QSXA 5A7CA 5HJCA 3LXJA 5EVAA 1ZS5A 5E9MA 5HENA 5IG6A 4CUSA 4KV4A 4HXOA 3D7CA 4J0RA 5I86A 4PS5A 5FE4A 4O75A 4YY6A 4QUTA 5EWDA 5F5ZA 4A9KA 2R0SA 4XUAA 4NQMA 5FG6A 1F68A 4UYEA 5IBNA 3LJWA 5EISA 4A9IA 5JI8A 5A5NA 3UV5A 5ENHA 5D3RA 5E74A 5ENEA 5EWWA 5FDZA 1N72A 4QSTA 4HXLA 5EV9A 4BW1A 5I1QA 4XUBA 2L85A 4QY4A 5C87A 5FE8A 5DW1A 4J0SA 3LQIA 4QC3A 4YYKA 4C67A 5H85A 5EWVA 5CU8A 5FH8A 4WIVA 4MEPA 5FG4A 5FE9A 5LJ0A 5ETBA 4HXRA 4GPJA 4NR7A 5EU1A 3JVLA 5IGNA 5A81A 4YYNA 5E3GA 5HQ5A 5HLSA 4NRCA 4YYJA 3UVWA 2L84A 5ENCA 4O74A 5D3TA 5II1A 4O7FA 5LUUA 5CQ4A 4NRAA 4NUDA 5KU3A 4YYGA 4TYLA 5DLZA 2I8NA 3S91A 3Q2FA 5FE6A 5I80A 5HRWA 4IR5A 4PTBA 4CUQA 4BHWA 5C8GA 5IGMA 4QEVA 5I7XA 4IORA 3SVGA 5BT5A 5DYCA 4TS8A 3U5OA 5D3HA 4CUTA 4YY4A 4YH3A 4ZC9A 5CQ7A 4CFKA 3P1FA 5E7DA 4ALGA 5BT3A 4NRBA 4QUUA 4NYVA 4YYDA 5I29A 5F63A 5CY9A 4LYIA 5CUAA 5I40A 3DAIA 3ONIA 4NR9A 5IGKA 2E3KA 5FB0A 4MR5A 4A9JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DKHA 3JVJA 5L96A 3P1CA 4QEWA 4LZSA 4TQNA 4N3WA 5D3NA 4NR8A 4QYLA 2WP1A 5DKCA 5F60A 4O7BA 4RVRA 3U5PA 4LRGA 4XY8A 3HMHA 5EPBA 4UIYA 3JVMA 3K2JA 4NR4A 5FFYA 5HELA 3SVFA 4MR4A 4O76A 3UVXA 4UIXA 5F25A 5HEMA 5ETDA 2RS9B 4X2IA 3O34A 5FH6A 5LJ2A 4NS5A 5F1HA 2L5EA 1WUGA 5D3LA 2NXBA 5CS8A 3MB3A 4O72A 5DX4A 4OGIA 2YW5A 5CTLA 4PKLA 4YAXA 3QZSA 5LJ1A 4A9OA 3AADA 4PCEA 5A5SA 2I7KA 4YATA 4QB3A 4LYSA 4QR4A 5C7NA 4HXPA 5CP5A 3UW9A 3U5JA 4OUFA 5FBXA 5D3SA 4QNSA 5G4RA 3P1DA 5FG5A 1WUMA 2DKWA 5EICA 4N4GA 5KHMA 4UIVA 2YEMA 5FB1A 5FE5A 4YBSA 4TZ8A 5EQ1A 4ALHA 5LVQA 5L98A 3MUKA 3UV4A 3D1DA 3HMEA 4HBWA 4YYMA 2D9EA 4Z1QA 5DKDA 5F62A 3MB4A 5A5PA 5FFVA 4NXJA 5D26A 3VKGA 2D82A 3MXFA 5FE7A 5KTXA 2N9GA 4N4FA 4CLBA 3O33A 2DVQA 4TU6A 4QBMA 3UVDA 4YABA 4A9EA 4LYWA 4DONA 5E3DA 5FFWA 5KTWA 2OO1A 4CFLA 5LKZA 5LVRA 3ERRA 5CZGA 4O71A 4BJXA 5E9KA 4QC1A 4NQNA 3MQMA 2OUOA 4TT4A 3SVHA 4MR3A 4TT2A 4UIUA 5EK9A 3GG3A 5K29A 5H1UA 5TCMA 4IR3A 4HBVA 5F61A 5CRMA 3S92A 4IR6A 2G4AA 2RNWA 5CQTA 5LKUA 5I88A 4CL9A 5J0DA 5F1LA 5IGLA 3G0JA 5DFBA 4QSPA 2EJNA 2R0YA 5D3PA 4IOOA 4Z1SA 5CFWA 3DWYA 5HCLA 5JWMA 1JM4B 4J3IA 5CUGA 2YELA 4A9FA 4QSRA 4YBTA 2H60A 4YK0A 5CQ5A 4UIWA 5FE3A 2GRCA 3P5OA 5E73A 4QSVA 4E96A 5L8UA 3O37A 4QR3A 3U5NA 2YYNA 5ENJA 1X0JA 5A83A 5A82A 4KV1A 4LZ2A 5DFCA 3VKHA 5FE1A 5A5RA 4ZQLA 3IU6A 4NUEA 4WHWA 4HBYA 3LQHA 5HM0A 2MJVB 5D25A 5KTUA 5HRVA 2DATA 4N4IA 4PY6A 3O36A 3AQAA 5I83A 5G4SA 3ZYUA 5LKTA 2RNXA 4HXSA 2YQDA 3P1EA 4LZRA 2RNYA 5DLXA 5L99A 5D7XA 4HXNA 4MENA 3UVYA 5HQ6A 4Q0OA 4TZ2A 2DWWA 4TU4A 5ENBA 5ENGA 4ZW1A 4MEQA 4UIZA 1EQFA 1E6IA 4O78A 2R10A 5DW2A 5I7YA 4XY9A 4QR5A 4QSUA 5AD2A 4Y03A 5D24A 3TLPA 1JSPB 3U5KA 2RO1A 4LC2A 2LSPB 4UITA 5I89A 3MULA 4O7CA 2WP2A 5F3AA 5EPSA 5D3JA 4UYFA 3O35A 4FLPA 4Z6IA 5CGPA 4A9MA 5CUCA 4O7AA 5C89A 4AKIA 5H1TA 2KTBB 4UYGA 5HRXA 3QZVA 5AMEA 4YYHA 2RI7A 5EGUA 5HFQA 5DYUA 4CUUA 4IOQA 5C85A 4YBMA 5ENFA 5EM3A 4A9LA 5DBMA 5CQAA 5CQ3A 3FKMX 3G0LA 5COIA 4A9NA 5A5OA 4HBXA 5FE2A 4AKNA 4TT6A 4NYWA 5C4QA 4YYIA 3IU5A 4BW3A 5F2PA 4OGJA 4Z6HA 5ACYA 5CQ8A 4KCXA 5CRZA 2E7OA 4YH4A 5EWCA 5CUDA 5HFRA 5L8TA 3NXBA 5CQ6A 4MEOA 5EPRA 4F3IA 5FE0A 5DYXA 4NUCA 4O70A 5E9IA 4UYFB 5EA1A 4Z93A 5L97A 5EWHA 4C66A 2DVRA 5E9VA 5CPEA 4YADA 2F6NA 3HMFA 5DYAA 4BW4A 3LQJA 2YDWA 4IR4A 3D1BA 4O77A 4N4HA 5CUEA 5ENIA 3UV2A 4CUPA 4Q0NA 5II2A 5TB6A 4NYXA 5D0CA 3RCWA 3QZTA 5CUBA 2OSSA 4XYAA 5BT4A 4QEUA 4QZSA 4BW2A 4YC9A 5E0RA 3Q2EA 5FH7A 2DVSA 5HQ7A 5IIDA 2FSAA 4J1PA 4PCIA 4QYDA 4MR6A 4QSQA 5LKXA 2E7NA 2DVVA 4HXKA 4TTEA 5F36A 5H1VA 4NR6A 2R0VA 2RFJA 5A5QA 3U5MA 4HXMA 5DY7A 5AMFA 4AI6A 4WHUA 2YEKA 4UYDA 5E9YA 5EP7A 4CURA 3JVKA 4LDFA 2F6JA 4UYHA 4AKHA 4LR6A 3U5LA 4O7EA 4QSSA 5E9LA 5AD3A 5KO4A 5EI4A 4QSWA 4NR5A 5DFDA 5A85A 3I3JA 4A9HA 4QSXA 5A7CA 5HJCA 3LXJA 5EVAA 1ZS5A 5E9MA 5HENA 5IG6A 4CUSA 4KV4A 4HXOA 3D7CA 4J0RA 5I86A 4PS5A 5FE4A 4O75A 4YY6A 4QUTA 5EWDA 5F5ZA 4A9KA 2R0SA 4XUAA 4NQMA 5FG6A 1F68A 4UYEA 5IBNA 3LJWA 5EISA 4A9IA 5JI8A 5A5NA 3UV5A 1ZKRA 5ENHA 5D3RA 5E74A 5ENEA 5EWWA 5FDZA 1N72A 4QSTA 4HXLA 5EV9A 4BW1A 5I1QA 4XUBA 2L85A 4QY4A 5C87A 5FE8A 5DW1A 4J0SA 3LQIA 4QC3A 4YYKA 4C67A 5H85A 5EWVA 5CU8A 5FH8A 4WIVA 4MEPA 5FG4A 5FE9A 5LJ0A 5ETBA 4HXRA 4GPJA 4NR7A 5EU1A 3JVLA 5IGNA 5A81A 4YYNA 5E3GA 5HQ5A 5HLSA 4NRCA 4YYJA 3UVWA 2L84A 5ENCA 4O74A 5D3TA 5II1A 4O7FA 5LUUA 5CQ4A 4NRAA 4NUDA 5KU3A 4YYGA 4TYLA 5DLZA 2I8NA 3S91A 3Q2FA 5FE6A 5I80A 5HRWA 4IR5A 4PTBA 4CUQA 4BHWA 5C8GA 5IGMA 4QEVA 5I7XA 4AKGA 4IORA 3SVGA 5BT5A 5DYCA 4TS8A 3U5OA 5D3HA 4CUTA 4YY4A 1PUOA 4YH3A 4ZC9A 5CQ7A 4CFKA 3P1FA 5E7DA 4ALGA 5BT3A 4NRBA 4QUUA 4NYVA 4YYDA 5I29A 5F63A 5CY9A 4LYIA 5CUAA 5I40A 3DAIA 3ONIA 4NR9A 5IGKA 2E3KA 5FB0A 4MR5A 4A9JA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DKH A;  3JVJ A;  5L96 A;  3P1C A;  4QEW A;  4LZS A;  4TQN A;  4N3W A;  5D3N A;  4NR8 A;  4QYL A;  2WP1 A;  5DKC A;  5F60 A;  4O7B A;  4RVR A;  3U5P A;  4LRG A;  4XY8 A;  3HMH A;  5EPB A;  4UIY A;  3JVM A;  3K2J A;  4NR4 A;  5FFY A;  5HEL A;  3SVF A;  4MR4 A;  4O76 A;  3UVX A;  4UIX A;  5F25 A;  5HEM A;  5ETD A;  2RS9 B;  4X2I A;  3O34 A;  5FH6 A;  5LJ2 A;  4NS5 A;  5F1H A;  2L5E A;  1WUG A;  5D3L A;  2NXB A;  5CS8 A;  3MB3 A;  4O72 A;  5DX4 A;  4OGI A;  2YW5 A;  5CTL A;  4PKL A;  4YAX A;  3QZS A;  5LJ1 A;  4A9O A;  3AAD A;  4PCE A;  5A5S A;  2I7K A;  4YAT A;  4QB3 A;  4LYS A;  4QR4 A;  5C7N A;  4HXP A;  5CP5 A;  3UW9 A;  3U5J A;  4OUF A;  5FBX A;  5D3S A;  4QNS A;  5G4R A;  3P1D A;  5FG5 A;  1WUM A;  2DKW A;  5EIC A;  4N4G A;  5KHM A;  4UIV A;  2YEM A;  5FB1 A;  5FE5 A;  4YBS A;  4TZ8 A;  5EQ1 A;  4ALH A;  5LVQ A;  5L98 A;  3MUK A;  3UV4 A;  3HME A;  4HBW A;  4YYM A;  2D9E A;  4Z1Q A;  5DKD A;  5F62 A;  3MB4 A;  5A5P A;  5FFV A;  4NXJ A;  5D26 A;  2D82 A;  3MXF A;  5FE7 A;  5KTX A;  2N9G A; 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