5A7CA

Crystal structure of the second bromodomain of human brd3 in complex with compound
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MGKLSEHLRYCDSILREMLSKKHAAYAWPFYKPVDAEALELHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMDGREYPDAQGFAADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
publication title Cancer Differentiating Agent Hexamethylene Bisacetamide Inhibits Bet Bromodomain Proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a7cA00
3NXBA 2FSAA 3ZYUA 5E9LA 4XUAA 5DYXA 3U5KA 5ENCA 4QSSA 3UVDA 5AD2A 5JI8A 4KCXA 5K29A 3UVXA 2YEMA 4PCEA 2WP2A 3G0LA 4MEQA 5CQ6A 5C87A 3AQAA 5C85A 4CFKA 5D3PA 4YY6A 5FE3A 5I29A 3MQMA 4LYSA 5CFWA 4NR5A 5CQ5A 4O7AA 4HXLA 4WHWA 3U5OA 5A5PA 4QSUA 5HRWA 2R10A 2OSSA 4CUPA 1EQFA 4TZ2A 5L8TA 2R0SA 5KTXA 5C8GA 4NUDA 5LJ0A 4QEUA 4A9JA 4NUCA 4QEVA 5FE9A 5KO4A 4BW3A 3I3JA 4YYGA 5I7XA 2MJVB 5TB6A 4NR9A 2RNWA 5D3TA 5LKZA 4UYFB 4A9EA 5CQ3A 4F3IA 5H1UA 5F2PA 5C89A 1WUMA 5CUAA 4CURA 4UYFA 4LRGA 4TU4A 4YYIA 5FE1A 4YYHA 5DKHA 5CUDA 4LYWA 4ZQLA 4QEWA 5ENIA 5EWCA 4BHWA 4NUEA 5EV9A 5EQ1A 4NR8A 2WP1A 4LDFA 4NR7A 3U5PA 5HJCA 5EGUA 4A9KA 1E6IA 4LR6A 4NR6A 4A9HA 4OUFA 3P1EA 4TYLA 4HXPA 5A81A 4RVRA 5IIDA 5CQ8A 5IGKA 4N4IA 3HMEA 2DKWA 4Z6IA 2RO1A 4IORA 5CTLA 5HRVA 3P1DA 5FG6A 5HQ7A 4UIZA 5DFDA 4ZW1A 5BT4A 5I7YA 4YBTA 4Z1QA 4O78A 5FE6A 4FLPA 4ALGA 4NYVA 5AMFA 4O70A 5F62A 4O77A 5CZGA 5D3NA 4C66A 5DY7A 5CPEA 4MEPA 3UV5A 4UYEA 5F1LA 4CL9A 4LYIA 4YBSA 4QSRA 4A9LA 5CQTA 4YH4A 5KTWA 3MB4A 4HXOA 4QSVA 5D0CA 5E9KA 5LUUA 4QR4A 5EVAA 3UVYA 5G4RA 5A5NA 2G4AA 2NXBA 5AMEA 5HLSA 4NYXA 4QSXA 5E7DA 5D24A 5CP5A 4IOOA 4MEOA 4QUUA 4UYGA 2RS9B 1X0JA 4KV1A 5FG5A 5FDZA 5EWHA 5CRZA 5HEMA 3S92A 4MR6A 5F1HA 4O76A 5D25A 5FE8A 4NRBA 2LSPB 3DWYA 4Z6HA 3G0JA 4PKLA 3GG3A 4HBXA 3MXFA 2YW5A 5C4QA 4UIYA 4XYAA 1JM4B 2DVRA 3SVGA 5IGMA 3O36A 5I1QA 4BW2A 4QSQA 5EP7A 3SVFA 4YAXA 4YC9A 4UYHA 3D7CA 4A9MA 4CUQA 5DLXA 4J0SA 5DFBA 4IR3A 2YYNA 3UV4A 5EPSA 4YY4A 5E73A 3JVMA 3P5OA 5A5RA 4Z1SA 5E74A 4NRAA 2E7OA 2R0VA 5F36A 4TZ8A 3U5LA 5HFRA 4MR3A 5JWMA 4QC1A 5H85A 5E9YA 5CUGA 4YYDA 4QSWA 5E0RA 4HXSA 5EPBA 5CUEA 5A82A 5EI4A 4NQMA 4QYDA 5BT5A 5CS8A 5I40A 2YELA 4YATA 5KU3A 3U5NA 5CRMA 5CUCA 5I88A 4UIUA 4YK0A 5II1A 4N4FA 3S91A 5F60A 3FKMX 4N4HA 5ENEA 2DVQA 5DW1A 5BT3A 5I80A 4IR4A 5EPRA 5DKDA 4DONA 2DWWA 4NRCA 5DW2A 4Q0OA 5IBNA 5COIA 4LZRA 1WUGA 4A9IA 5IGLA 3UV2A 2OO1A 3LQJA 4BW4A 5EU1A 4O71A 3QZTA 5F3AA 2KTBB 5L8UA 3QZSA 5D3JA 4IR5A 5EWVA 4O72A 4Y03A 5F61A 5C7NA 3O33A 2GRCA 5ENHA 5LKUA 2E7NA 4UYDA 3Q2EA 4YADA 5FFYA 5LJ2A 2RFJA 4YYNA 2RNYA 5DKCA 2DVVA 4XY8A 4XUBA 5EWWA 4UIXA 2E3KA 4NYWA 5G4SA 5A5OA 3MUKA 4QSPA 4E96A 4CUTA 4HXRA 4QR3A 3MULA 2RI7A 2YDWA 4X2IA 4CUUA 2D82A 5FB1A 3QZVA 2L84A 2D9EA 4YYJA 5H1TA 4QC3A 5KHMA 3TLPA 2F6NA 4CLBA 4HXMA 4QZSA 5CQ7A 4AKNA 5FFVA 3Q2FA 5L96A 5HFQA 5A7CA 4YYMA 2OUOA 4A9NA 3U5JA 3O35A 4HXNA 2YEKA 5EK9A 5FE2A 4QUTA 4LC2A 5II2A 5EICA 5EWDA 4OGIA 4PTBA 5EA1A 4O7EA 5EM3A 5D3SA 2N9GA 5TCMA 5FE0A 4QNSA 5E9MA 4YBMA 1JSPB 4ALHA 4IOQA 4UIWA 5FG4A 5DYAA 2L85A 4TT2A 5HENA 3HMFA 4N3WA 5HCLA 5CUBA 4O74A 5LVQA 3ONIA 4BW1A 4O7CA 4A9FA 5AD3A 4PY6A 5D3LA 5E9VA 3P1FA 4HXKA 4Z93A 5FH7A 5D3RA 4N4GA 1ZS5A 2DVSA 2I8NA 3LXJA 4LZSA 4UIVA 4NR4A 5ENFA 4TQNA 4NS5A 2YQDA 5LVRA 3DAIA 5I86A 4PS5A 4QY4A 5HQ6A 3K2JA 4ZC9A 3LQHA 5LKXA 1N72A 5ENBA 5F63A 2I7KA 5CU8A 4IR6A 5L99A 4YABA 5D26A 4TS8A 2RNXA 5L98A 4TT6A 5D7XA 4MENA 5I83A 5HELA 4KV4A 5E3GA 4WHUA 1F68A 4J0RA 4J1PA 5E9IA 2F6JA 4HBVA 4TU6A 5CY9A 2R0YA 5LJ1A 5F5ZA 4MR4A 4QYLA 3UW9A 5DBMA 5H1VA 4LZ2A 5HM0A 5L97A 5ACYA 5J0DA 4J3IA 5CQAA 5HQ5A 3IU6A 5CQ4A 2DATA 4HBWA 4OGJA 4CFLA 3JVLA 3RCWA 4YYKA 4UITA 3LJWA 3LQIA 4QBMA 3HMHA 5A83A 4NQNA 4QSTA 3O37A 5A5QA 4MR5A 4O75A 3IU5A 4O7FA 5LKTA 3P1CA 5CGPA 5DLZA 3U5MA 5ENGA 4PCIA 5FE5A 5F25A 5ENJA 4GPJA 5FH8A 3SVHA 4A9OA 4BJXA 5A5SA 4Q0NA 5FBXA 4C67A 5KTUA 3AADA 5DX4A 5FH6A 5HRXA 3UVWA 5FFWA 3O34A 3MB3A 5IGNA 4O7BA 5DFCA 5ETDA 5FE4A 4XY9A 2H60A 3JVKA 5IG6A 3JVJA 4QR5A 5I89A 4TT4A 4TTEA 4YH3A 4CUSA 2L5EA 5FE7A 4WIVA 5FB0A 4NXJA 5DYCA 4QB3A 5ETBA 5DYUA 4HBYA 5E3DA 5EISA 5D3HA 5A85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NXBA 2FSAA 3ZYUA 5E9LA 4XUAA 5DYXA 3U5KA 5ENCA 4QSSA 3UVDA 5AD2A 5JI8A 4KCXA 5K29A 3UVXA 2YEMA 4PCEA 2WP2A 3G0LA 4MEQA 5CQ6A 5C87A 3AQAA 5C85A 4CFKA 5D3PA 4YY6A 5FE3A 5I29A 3MQMA 4LYSA 5CFWA 4NR5A 5CQ5A 4O7AA 4HXLA 4WHWA 3U5OA 5A5PA 4QSUA 5HRWA 2R10A 2OSSA 4CUPA 1EQFA 4TZ2A 5L8TA 2R0SA 5KTXA 5C8GA 4NUDA 5LJ0A 4QEUA 4A9JA 4NUCA 4QEVA 5FE9A 5KO4A 4BW3A 3I3JA 4YYGA 5I7XA 2MJVB 5TB6A 4NR9A 2RNWA 5D3TA 5LKZA 4UYFB 4A9EA 5CQ3A 4F3IA 5H1UA 5F2PA 5C89A 1WUMA 5CUAA 4CURA 4UYFA 4LRGA 4TU4A 4YYIA 5FE1A 4YYHA 4AI6A 5DKHA 5CUDA 4LYWA 4ZQLA 4QEWA 5ENIA 5EWCA 4BHWA 4NUEA 5EV9A 5EQ1A 4NR8A 2WP1A 4LDFA 4NR7A 3U5PA 5HJCA 5EGUA 1ZKRA 4A9KA 1E6IA 4LR6A 4NR6A 4A9HA 4OUFA 3P1EA 4TYLA 4HXPA 5A81A 4RVRA 5IIDA 5CQ8A 5IGKA 4N4IA 3HMEA 2DKWA 4Z6IA 2RO1A 4IORA 5CTLA 5HRVA 3P1DA 5FG6A 5HQ7A 4UIZA 5DFDA 4ZW1A 5BT4A 5I7YA 4YBTA 4Z1QA 4O78A 5FE6A 4FLPA 4ALGA 4NYVA 5AMFA 4O70A 5F62A 4O77A 5CZGA 5D3NA 4C66A 5DY7A 5CPEA 4MEPA 3UV5A 4UYEA 5F1LA 4CL9A 4LYIA 4YBSA 4QSRA 4A9LA 5CQTA 4YH4A 5KTWA 3MB4A 4HXOA 4QSVA 5D0CA 5E9KA 5LUUA 4QR4A 5EVAA 3UVYA 5G4RA 5A5NA 2G4AA 2NXBA 5AMEA 5HLSA 4NYXA 4QSXA 5E7DA 5D24A 5CP5A 4IOOA 4MEOA 4QUUA 4UYGA 2RS9B 1X0JA 4KV1A 5FG5A 5FDZA 5EWHA 5CRZA 5HEMA 3S92A 4MR6A 5F1HA 4O76A 5D25A 5FE8A 4AKIA 4NRBA 2LSPB 3DWYA 4Z6HA 3G0JA 4PKLA 3GG3A 4HBXA 3MXFA 2YW5A 5C4QA 4UIYA 4XYAA 1JM4B 2DVRA 3SVGA 5IGMA 3O36A 5I1QA 4BW2A 3VKGA 4QSQA 5EP7A 3SVFA 4YAXA 4YC9A 4UYHA 3D7CA 4A9MA 4CUQA 5DLXA 4J0SA 5DFBA 4IR3A 2YYNA 3UV4A 5EPSA 4YY4A 5E73A 3JVMA 3P5OA 5A5RA 4Z1SA 5E74A 4NRAA 2E7OA 2R0VA 5F36A 4TZ8A 3U5LA 5HFRA 4MR3A 5JWMA 4QC1A 5H85A 5E9YA 5CUGA 4YYDA 4QSWA 5E0RA 4HXSA 5EPBA 5CUEA 5A82A 5EI4A 4NQMA 4QYDA 5BT5A 5CS8A 5I40A 2YELA 3D1DA 4YATA 5KU3A 3U5NA 5CRMA 5CUCA 5I88A 4UIUA 4YK0A 5II1A 4N4FA 3S91A 5F60A 3FKMX 4N4HA 5ENEA 2DVQA 5DW1A 5BT3A 5I80A 4IR4A 5EPRA 5DKDA 4DONA 2DWWA 4NRCA 5DW2A 4Q0OA 5IBNA 5COIA 4LZRA 1WUGA 4A9IA 5IGLA 3UV2A 2OO1A 3LQJA 4BW4A 5EU1A 4O71A 3QZTA 5F3AA 2KTBB 5L8UA 3QZSA 5D3JA 4IR5A 5EWVA 4O72A 4Y03A 5F61A 5C7NA 3O33A 2GRCA 3D1BA 5ENHA 5LKUA 2E7NA 4UYDA 3Q2EA 4YADA 5FFYA 5LJ2A 2RFJA 4YYNA 2RNYA 5DKCA 2DVVA 4XY8A 4XUBA 5EWWA 4UIXA 2E3KA 4NYWA 5G4SA 5A5OA 3MUKA 4QSPA 4E96A 4CUTA 4HXRA 4QR3A 3MULA 2RI7A 2YDWA 4X2IA 4CUUA 2D82A 5FB1A 3QZVA 2L84A 2D9EA 4YYJA 5H1TA 4QC3A 5KHMA 3TLPA 2F6NA 4CLBA 4HXMA 4QZSA 5CQ7A 4AKNA 5FFVA 3Q2FA 3VKHA 5L96A 5HFQA 5A7CA 4YYMA 2OUOA 4A9NA 3U5JA 3O35A 4HXNA 2YEKA 5EK9A 5FE2A 2EJNA 4QUTA 4LC2A 5II2A 5EICA 5EWDA 4OGIA 4PTBA 5EA1A 4O7EA 5EM3A 5D3SA 2N9GA 5TCMA 5FE0A 4QNSA 5E9MA 4YBMA 1JSPB 4ALHA 4IOQA 4UIWA 5FG4A 5DYAA 2L85A 4TT2A 5HENA 3HMFA 4N3WA 5HCLA 5CUBA 4O74A 5LVQA 3ONIA 4BW1A 4O7CA 4A9FA 5AD3A 4PY6A 5D3LA 5E9VA 3P1FA 4HXKA 4Z93A 5FH7A 1PUOA 5D3RA 4N4GA 1ZS5A 2DVSA 2I8NA 3LXJA 4LZSA 4UIVA 4NR4A 5ENFA 4TQNA 4NS5A 2YQDA 5LVRA 4AKHA 3DAIA 5I86A 4PS5A 4QY4A 5HQ6A 3K2JA 4ZC9A 3LQHA 5LKXA 1N72A 5ENBA 5F63A 2I7KA 5CU8A 4IR6A 5L99A 4YABA 5D26A 4TS8A 2RNXA 5L98A 4TT6A 5D7XA 4MENA 5I83A 5HELA 4KV4A 5E3GA 4WHUA 1F68A 4J0RA 4J1PA 5E9IA 2F6JA 4HBVA 4TU6A 5CY9A 2R0YA 5LJ1A 5F5ZA 4MR4A 4QYLA 3UW9A 5DBMA 5H1VA 4LZ2A 5HM0A 5L97A 5ACYA 5J0DA 4J3IA 5CQAA 5HQ5A 3IU6A 5CQ4A 2DATA 4HBWA 4OGJA 4CFLA 3JVLA 3RCWA 4YYKA 4UITA 3LJWA 3LQIA 4QBMA 3HMHA 5A83A 4NQNA 4QSTA 3O37A 5A5QA 4MR5A 4O75A 3IU5A 4O7FA 5LKTA 3P1CA 5CGPA 5DLZA 3U5MA 5ENGA 4PCIA 5FE5A 5F25A 3ERRA 5ENJA 4GPJA 5FH8A 3SVHA 4A9OA 4BJXA 5A5SA 4Q0NA 5FBXA 4C67A 5KTUA 3AADA 5DX4A 5FH6A 5HRXA 3UVWA 5FFWA 3O34A 3MB3A 5IGNA 4O7BA 5DFCA 5ETDA 5FE4A 4XY9A 2H60A 3JVKA 5IG6A 3JVJA 4QR5A 5I89A 4TT4A 4TTEA 4YH3A 4CUSA 2L5EA 5FE7A 4WIVA 5FB0A 4NXJA 5DYCA 4QB3A 5ETBA 5DYUA 4HBYA 5E3DA 5EISA 4AKGA 5D3HA 5A85A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NXB A;  2FSA A;  3ZYU A;  5E9L A;  4XUA A;  5DYX A;  3U5K A;  5ENC A;  4QSS A;  3UVD A;  5AD2 A;  5JI8 A;  4KCX A;  5K29 A;  3UVX A;  2YEM A;  4PCE A;  2WP2 A;  3G0L A;  4MEQ A;  5CQ6 A;  5C87 A;  3AQA A;  5C85 A;  4CFK A;  5D3P A;  4YY6 A;  5FE3 A;  5I29 A;  3MQM A;  4LYS A;  5CFW A;  4NR5 A;  5CQ5 A;  4O7A A;  4HXL A;  4WHW A;  3U5O A;  5A5P A;  4QSU A;  5HRW A;  2R10 A;  2OSS A;  4CUP A;  1EQF A;  4TZ2 A;  5L8T A;  2R0S A;  5KTX A;  5C8G A;  4NUD A;  5LJ0 A;  4QEU A;  4A9J A;  4NUC A;  4QEV A;  5FE9 A;  5KO4 A;  4BW3 A;  3I3J A;  4YYG A;  5I7X A;  2MJV B;  5TB6 A;  4NR9 A;  2RNW A;  5D3T A;  5LKZ A;  4UYF B;  4A9E A;  5CQ3 A;  4F3I A;  5H1U A;  5F2P A;  5C89 A;  1WUM A;  5CUA A;  4CUR A;  4UYF A;  4LRG A;  4TU4 A;  4YYI A;  5FE1 A;  4YYH A;  5DKH A;  5CUD A;  4LYW A;  4ZQL A;  4QEW A;  5ENI A;  5EWC A;  4BHW A;  4NUE A;  5EV9 A;  5EQ1 A;  4NR8 A;  2WP1 A;  4LDF A;  4NR7 A;  3U5P A;  5HJC A;  5EGU A;  4A9K A;  1E6I A;  4LR6 A;  4NR6 A;  4A9H A;  4OUF A;  3P1E A;  4TYL A;  4HXP A;  5A81 A; 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