5A81A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 8-(3r,4r) -3-(cyclohexylmethoxy)piperidin-4-yl-amino-3-methyl-1,2-dihydro-1,7- naphthyridin-2-one
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a81A00
4YYMA 4PKLA 5E3DA 5DKCA 3MQMA 4A9JA 2H60A 5CUGA 4C66A 4TZ2A 4Y03A 4MEOA 4NR4A 5D26A 5E7DA 5C8GA 4N4IA 4XY9A 5EU1A 4NXJA 5CUCA 4X2IA 5CUBA 3U5NA 5F63A 5H1VA 4YY4A 5ENEA 5CP5A 2DVVA 2WP1A 4HXLA 3HMEA 2E3KA 5D7XA 5D3PA 3GG3A 4QR4A 5E73A 4TYLA 5L8UA 2DATA 4NR9A 5HFRA 4TT4A 5ENFA 4XY8A 3MXFA 5EV9A 3NXBA 4MEQA 2G4AA 2I7KA 5I1QA 5IIDA 5DW2A 5CGPA 5C7NA 5DYAA 4YH4A 5CZGA 4O7EA 2OUOA 3ZYUA 5E9LA 5CPEA 4UIUA 4QR5A 4MR6A 4O78A 5CQ6A 4UYFA 5DYXA 5AD3A 5HELA 3IU5A 3UVXA 4YC9A 4Q0OA 5L98A 4TQNA 4NQMA 3HMHA 5FFYA 2RNWA 5I89A 5CTLA 4OGIA 2OO1A 4Z6HA 4NYWA 3MB4A 1WUMA 5A5SA 4ZQLA 4NR5A 5F25A 4O74A 5A5NA 5ENHA 4QB3A 3S92A 4TZ8A 5DX4A 2L84A 4HXRA 5DLZA 4TT6A 5D3HA 3HMFA 5ETBA 5EK9A 3U5PA 3IU6A 4QSTA 5L99A 5FE8A 5I83A 3P1EA 5EICA 3LJWA 5J0DA 3FKMX 4TS8A 5CQ5A 5HEMA 4PS5A 3O33A 5EWHA 4YABA 4QSWA 4YYJA 3P1CA 4C67A 5AMFA 3MULA 4QUUA 5LJ1A 4QYLA 3U5KA 3O36A 3G0JA 4J0SA 5I86A 4J0RA 3JVKA 5CY9A 5AD2A 5IG6A 5E3GA 3S91A 5A83A 2YEMA 5ETDA 4BW4A 4YYHA 2L85A 5L8TA 5FFVA 4QSPA 4UIXA 4HBYA 4NR6A 4QEUA 4A9IA 2YELA 4YATA 4LYWA 4RVRA 4O7CA 3Q2FA 5I88A 4MR4A 4ZW1A 4CFKA 4CFLA 5I40A 2DVSA 5LVRA 2NXBA 5LKUA 4NRAA 2N9GA 4QEVA 3SVGA 3UW9A 5KTWA 4MR5A 5ENJA 1JSPB 5H1TA 4QYDA 3P5OA 5LKXA 4QNSA 5I7XA 2GRCA 3TLPA 4QSQA 5H1UA 5E9VA 4LZRA 1F68A 2LSPB 5F1HA 3AADA 4NUDA 2D82A 4Z93A 4LC2A 5D3SA 3ONIA 5FB0A 5C85A 5FE5A 4HXSA 4YYDA 4QSVA 3UV2A 4HBVA 4J1PA 5IGKA 2DKWA 4GPJA 4YYNA 2DWWA 3DWYA 5EWVA 5I80A 5CQ8A 3U5MA 5ENGA 2KTBB 4CL9A 5E0RA 4LRGA 4HXMA 3D7CA 3LQHA 3UVWA 5DLXA 4ALHA 1JM4B 5FH7A 4QR3A 5I7YA 4A9FA 5CRZA 4IR4A 5EWCA 4TT2A 4Z1SA 4O7BA 4NR7A 5FDZA 3UVDA 4YH3A 4IR6A 5EGUA 4CUSA 2L5EA 4HXPA 5A5QA 3O35A 5E74A 5HRXA 5KU3A 2YYNA 4BJXA 5G4SA 4O7FA 5D0CA 3DAIA 2RNXA 5KO4A 2YQDA 2WP2A 5CQ3A 2D9EA 5FE7A 4YYIA 5ENBA 4QSRA 5FE0A 2R10A 2RO1A 5IGLA 4PCEA 3K2JA 4QC3A 4YYGA 2OSSA 4ZC9A 5EA1A 4IOOA 4KV1A 4NUEA 4IR3A 4UYFB 3UV4A 4BW3A 3U5LA 5EPBA 4O77A 4PCIA 4QBMA 5HRVA 3LXJA 3U5OA 5C87A 4Q0NA 5HQ6A 3O37A 5A5PA 4O76A 5BT3A 4BHWA 4NRCA 3Q2EA 3MUKA 4CLBA 5ENIA 5D24A 5A7CA 5CFWA 2YW5A 5TCMA 4NR8A 5DW1A 5K29A 5LVQA 4N3WA 5FG6A 2R0VA 5FBXA 5LKTA 1ZS5A 4XUAA 4UIWA 5HQ7A 3QZTA 3JVMA 4YBMA 5COIA 4NS5A 4NQNA 3RCWA 5EP7A 5F61A 1E6IA 5FE9A 4LZSA 3P1FA 5FH8A 3JVLA 4QUTA 4QSXA 5HRWA 4A9HA 4A9KA 4LZ2A 5EM3A 5HENA 5A85A 5EQ1A 4KCXA 4YYKA 5H85A 5FE6A 5CU8A 4UYDA 5F3AA 4O72A 4TTEA 4LYSA 5FG5A 3SVHA 4QY4A 5BT4A 5FH6A 5IGNA 5F62A 4NUCA 5D25A 2FSAA 5HQ5A 4A9NA 5G4RA 4NRBA 5D3LA 5FE3A 5DKDA 4WHUA 4FLPA 3P1DA 2MJVB 5DFCA 5HLSA 4MR3A 5A81A 3QZVA 5F5ZA 2RNYA 4XYAA 4E96A 4QEWA 4YBSA 4N4GA 5L97A 5F60A 4N4HA 4QSUA 4LDFA 4MEPA 5DYUA 4HBXA 4WIVA 5CUAA 4NYVA 5F1LA 4MENA 2RS9B 4UYGA 5DFBA 4IORA 4LR6A 5EI4A 5LUUA 5C4QA 4QSSA 2DVQA 4OGJA 5DY7A 2E7NA 4QC1A 5HCLA 4YADA 5EPSA 4O7AA 5CUDA 5A82A 4YK0A 2E7OA 4HXKA 5FE1A 3SVFA 4BW2A 4Z1QA 4HXOA 4UIVA 5EISA 5FG4A 5IBNA 5DKHA 5FE4A 5EVAA 4PY6A 5LJ2A 3G0LA 5D3JA 4N4FA 5E9KA 5II2A 3UVYA 1N72A 1X0JA 5EWDA 5CS8A 5LJ0A 5CRMA 5CUEA 4F3IA 4KV4A 5A5OA 4A9OA 5E9IA 4OUFA 3AQAA 5EPRA 4NYXA 4IOQA 4A9EA 4IR5A 5LKZA 3JVJA 5EWWA 3U5JA 4O71A 5KHMA 5I29A 4A9LA 3QZSA 4YBTA 4J3IA 3LQIA 2R0SA 4QZSA 4CUQA 4O70A 5D3RA 5KTUA 4TU4A 5E9MA 4YAXA 4CUUA 5DFDA 5CQAA 5ENCA 3UV5A 5A5RA 2DVRA 4AKNA 2YEKA 2YDWA 4TU6A 5F2PA 4CUTA 3MB3A 5L96A 5CQ7A 2I8NA 5JI8A 4UYEA 5TB6A 4YY6A 4DONA 3I3JA 4A9MA 3O34A 5FE2A 1WUGA 5KTXA 5F36A 5CQ4A 4UIYA 5AMEA 4CURA 5JWMA 5IGMA 4HBWA 4UYHA 4PTBA 2F6NA 5FB1A 4Z6IA 3LQJA 5D3TA 5HFQA 4O75A 4CUPA 2RI7A 5FFWA 4BW1A 5E9YA 5ACYA 2RFJA 5II1A 5DBMA 4HXNA 5DYCA 5C89A 2F6JA 5D3NA 4ALGA 5BT5A 2R0YA 4WHWA 5HM0A 5HJCA 4UIZA 4UITA 1EQFA 5CQTA 4LYIA 4XUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YYMA 4PKLA 5E3DA 5DKCA 3MQMA 4A9JA 2H60A 5CUGA 4C66A 4TZ2A 4Y03A 4MEOA 4NR4A 5D26A 5E7DA 5C8GA 4N4IA 4XY9A 5EU1A 4NXJA 5CUCA 4X2IA 5CUBA 3U5NA 5F63A 5H1VA 4YY4A 5ENEA 5CP5A 2DVVA 2WP1A 4HXLA 3HMEA 2E3KA 5D7XA 5D3PA 3GG3A 4QR4A 5E73A 4TYLA 5L8UA 2DATA 4NR9A 5HFRA 4TT4A 5ENFA 4XY8A 3MXFA 5EV9A 3NXBA 4MEQA 2G4AA 2I7KA 5I1QA 5IIDA 5DW2A 5CGPA 5C7NA 5DYAA 4YH4A 5CZGA 4O7EA 2OUOA 3ZYUA 5E9LA 5CPEA 4UIUA 4QR5A 4MR6A 4O78A 5CQ6A 4UYFA 5DYXA 5AD3A 5HELA 3IU5A 3UVXA 4YC9A 4Q0OA 2EJNA 5L98A 4TQNA 4NQMA 3HMHA 5FFYA 2RNWA 5I89A 5CTLA 4OGIA 2OO1A 4Z6HA 4NYWA 3MB4A 1WUMA 5A5SA 4ZQLA 4NR5A 5F25A 4O74A 5A5NA 5ENHA 4QB3A 3S92A 4TZ8A 5DX4A 2L84A 4HXRA 5DLZA 4TT6A 5D3HA 3HMFA 5ETBA 5EK9A 3U5PA 3IU6A 4QSTA 5L99A 5FE8A 5I83A 3P1EA 5EICA 3LJWA 5J0DA 3FKMX 4TS8A 5CQ5A 5HEMA 4PS5A 3O33A 5EWHA 4YABA 4QSWA 4YYJA 3P1CA 4C67A 5AMFA 3MULA 4QUUA 5LJ1A 4QYLA 3U5KA 3O36A 3G0JA 4J0SA 5I86A 4J0RA 3JVKA 5CY9A 5AD2A 5IG6A 5E3GA 3S91A 4AKIA 5A83A 2YEMA 5ETDA 4BW4A 1PUOA 4YYHA 2L85A 5L8TA 5FFVA 4QSPA 4UIXA 4HBYA 4NR6A 4QEUA 4A9IA 2YELA 4YATA 4LYWA 4RVRA 4O7CA 3Q2FA 5I88A 4MR4A 4ZW1A 4CFKA 4CFLA 5I40A 2DVSA 1ZKRA 5LVRA 2NXBA 5LKUA 4NRAA 2N9GA 4QEVA 3SVGA 3UW9A 5KTWA 4AI6A 4MR5A 5ENJA 1JSPB 5H1TA 4QYDA 3P5OA 5LKXA 4QNSA 5I7XA 2GRCA 3TLPA 4QSQA 5H1UA 5E9VA 4LZRA 1F68A 2LSPB 5F1HA 3AADA 4NUDA 2D82A 4Z93A 4LC2A 5D3SA 3ONIA 5FB0A 5C85A 5FE5A 4HXSA 4YYDA 4QSVA 3UV2A 4HBVA 4J1PA 5IGKA 2DKWA 4GPJA 4YYNA 2DWWA 3DWYA 5EWVA 5I80A 5CQ8A 3U5MA 5ENGA 2KTBB 4CL9A 5E0RA 4LRGA 4HXMA 3D7CA 3LQHA 3UVWA 5DLXA 4ALHA 1JM4B 5FH7A 4QR3A 5I7YA 4A9FA 5CRZA 4IR4A 5EWCA 4TT2A 4Z1SA 4O7BA 4NR7A 5FDZA 3UVDA 4YH3A 4IR6A 5EGUA 4CUSA 2L5EA 4HXPA 5A5QA 3O35A 5E74A 5HRXA 5KU3A 2YYNA 4BJXA 5G4SA 4O7FA 5D0CA 3DAIA 2RNXA 5KO4A 2YQDA 2WP2A 5CQ3A 2D9EA 5FE7A 4YYIA 5ENBA 4QSRA 5FE0A 2R10A 2RO1A 5IGLA 3D1DA 4PCEA 3K2JA 4QC3A 4YYGA 2OSSA 4ZC9A 5EA1A 4IOOA 4KV1A 4NUEA 4IR3A 4UYFB 3UV4A 4BW3A 3U5LA 5EPBA 4O77A 4PCIA 4AKHA 4QBMA 5HRVA 3LXJA 3U5OA 5C87A 4Q0NA 5HQ6A 3O37A 5A5PA 4O76A 5BT3A 4BHWA 4NRCA 3Q2EA 3MUKA 4CLBA 5ENIA 5D24A 5A7CA 5CFWA 2YW5A 5TCMA 4NR8A 5DW1A 5K29A 5LVQA 4N3WA 5FG6A 2R0VA 5FBXA 5LKTA 1ZS5A 4XUAA 4UIWA 5HQ7A 3QZTA 3JVMA 4YBMA 5COIA 4NS5A 4NQNA 3RCWA 5EP7A 5F61A 1E6IA 5FE9A 4LZSA 3P1FA 5FH8A 3JVLA 4QUTA 4QSXA 5HRWA 4A9HA 3D1BA 4A9KA 4LZ2A 5EM3A 5HENA 5A85A 5EQ1A 4KCXA 4YYKA 5H85A 5FE6A 5CU8A 4UYDA 5F3AA 4O72A 4TTEA 4LYSA 5FG5A 3SVHA 4QY4A 5BT4A 3VKGA 5FH6A 5IGNA 5F62A 4NUCA 5D25A 2FSAA 5HQ5A 4A9NA 5G4RA 4NRBA 5D3LA 5FE3A 5DKDA 4WHUA 4FLPA 3P1DA 2MJVB 5DFCA 5HLSA 4MR3A 5A81A 3QZVA 5F5ZA 2RNYA 4XYAA 4E96A 4QEWA 4YBSA 4N4GA 5L97A 5F60A 4N4HA 4QSUA 4LDFA 4MEPA 5DYUA 4HBXA 4WIVA 5CUAA 4NYVA 5F1LA 4MENA 2RS9B 4UYGA 5DFBA 4IORA 4LR6A 5EI4A 3ERRA 5LUUA 5C4QA 4QSSA 2DVQA 4OGJA 5DY7A 2E7NA 4QC1A 5HCLA 4YADA 5EPSA 4O7AA 5CUDA 5A82A 4YK0A 2E7OA 4HXKA 5FE1A 3SVFA 4BW2A 4Z1QA 4HXOA 4UIVA 5EISA 5FG4A 5IBNA 5DKHA 5FE4A 5EVAA 4PY6A 5LJ2A 3G0LA 5D3JA 4N4FA 5E9KA 5II2A 3UVYA 1N72A 1X0JA 5EWDA 5CS8A 5LJ0A 5CRMA 5CUEA 4F3IA 4KV4A 5A5OA 4A9OA 5E9IA 4OUFA 3AQAA 5EPRA 4NYXA 4IOQA 4A9EA 4IR5A 5LKZA 3JVJA 5EWWA 3U5JA 4O71A 5KHMA 5I29A 4A9LA 3QZSA 4YBTA 4J3IA 3LQIA 2R0SA 4QZSA 4CUQA 4O70A 4AKGA 5D3RA 5KTUA 4TU4A 5E9MA 4YAXA 4CUUA 5DFDA 5CQAA 5ENCA 3UV5A 5A5RA 2DVRA 4AKNA 2YEKA 2YDWA 4TU6A 5F2PA 4CUTA 3MB3A 5L96A 5CQ7A 2I8NA 5JI8A 4UYEA 5TB6A 4YY6A 4DONA 3I3JA 3VKHA 4A9MA 3O34A 5FE2A 1WUGA 5KTXA 5F36A 5CQ4A 4UIYA 5AMEA 4CURA 5JWMA 5IGMA 4HBWA 4UYHA 4PTBA 2F6NA 5FB1A 4Z6IA 3LQJA 5D3TA 5HFQA 4O75A 4CUPA 2RI7A 5FFWA 4BW1A 5E9YA 5ACYA 2RFJA 5II1A 5DBMA 4HXNA 5DYCA 5C89A 2F6JA 5D3NA 4ALGA 5BT5A 2R0YA 4WHWA 5HM0A 5HJCA 4UIZA 4UITA 1EQFA 5CQTA 4LYIA 4XUBA
chains in the Genus database with same CATH topology
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