5A82A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 4-(3r,4r) -4-(3-methyl-2-oxo-1,2-dihydro-1,7-naphthyridin-8-yl)aminopiperidin-3- yloxymethyl)-1-thiane-1,1-dione
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Inhibitor
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a82A00
2KTBB 4TYLA 4CLBA 4HBWA 5DLXA 5D25A 4TZ8A 4HXPA 4ZW1A 3S92A 4O7AA 5HRXA 5ENIA 2R0SA 4YADA 4IR6A 4HXRA 4HXNA 4OGJA 4QEUA 3ONIA 4HBYA 3JVMA 4QSWA 5DYCA 5IGLA 4O7BA 5D3NA 4O71A 4XY8A 2OO1A 5HLSA 4QSVA 4Z6IA 3O33A 4TU4A 3MXFA 4MR3A 5I29A 5EWCA 4YY4A 5HQ5A 4LYWA 5F62A 5A5PA 4J0RA 5D26A 5LKUA 2YQDA 4BJXA 4O75A 3JVLA 5DKHA 5DKCA 3UV5A 2NXBA 2DVQA 2L84A 5EA1A 5ETBA 4BW2A 5DYUA 5AD2A 4GPJA 2DVVA 5EICA 4YYDA 5JI8A 4QSTA 5DW2A 5FG4A 5FH7A 5H1UA 5ENCA 5BT5A 4AKNA 4IOQA 5FE2A 4QC1A 3S91A 4QEWA 2YEMA 5CGPA 4BHWA 3UVXA 4LRGA 4FLPA 4A9EA 5E74A 2RFJA 2E3KA 2DVRA 5HRWA 4Z1QA 3MULA 5IGMA 5I83A 5DY7A 5FE3A 5E9YA 5DW1A 4NQNA 5E3DA 4UYGA 5DFBA 4YABA 4NUEA 3U5LA 5CS8A 5HQ6A 4A9OA 5II1A 4A9IA 5C4QA 5FG6A 5I88A 2D82A 4CURA 4QSSA 5A82A 4KV4A 4TZ2A 4IR4A 4NR7A 5G4RA 5FE1A 5TB6A 2GRCA 5E9LA 3SVGA 3MUKA 3P1DA 3AQAA 3GG3A 5A5OA 3I3JA 5A5QA 5CUBA 4NR9A 4NR4A 5F63A 5F60A 5FH8A 3UV2A 4UITA 5EU1A 4QYLA 3U5MA 4QSUA 5AD3A 3G0JA 5EWWA 4A9FA 4QR4A 5I1QA 5CQ5A 2OSSA 2OUOA 5FBXA 5C87A 4X2IA 2E7NA 5EK9A 4PTBA 4N4HA 2RO1A 5HRVA 5A85A 5I7XA 2FSAA 5CY9A 5L8TA 5FH6A 5L97A 4YBTA 5F25A 5D3RA 5EP7A 5FFVA 3ZYUA 2R0YA 4N4GA 3U5PA 4XY9A 4QUUA 4Y03A 2YELA 4NRBA 5E9IA 2LSPB 5D24A 5HFQA 4MENA 5F36A 5HEMA 4O77A 3UVYA 4LC2A 4LDFA 4PY6A 4YC9A 5CQ6A 3JVKA 3O35A 4MEPA 5C85A 3UV4A 4TT4A 5L96A 5D3HA 3UVWA 5TCMA 5DFCA 4QNSA 4O78A 5KO4A 5IIDA 1X0JA 5BT3A 5G4SA 4NUCA 5ACYA 5DYXA 5D3SA 3G0LA 5CRZA 4OUFA 5EGUA 4A9NA 5KTWA 5LJ1A 4XUAA 4ZQLA 3O34A 3HMFA 4Z93A 5DKDA 5E0RA 4TS8A 3SVFA 4UYFB 3P5OA 5ENGA 3U5OA 5CZGA 3FKMX 5CRMA 4WHUA 3O36A 5HQ7A 4ALHA 4Z1SA 4TQNA 5EPBA 4CUTA 2MJVB 2YW5A 3RCWA 3JVJA 4NRCA 5DBMA 5H1VA 2F6JA 4QBMA 2E7OA 5KTUA 4LYIA 5HM0A 4UIZA 2I8NA 4CUSA 2N9GA 3Q2FA 3DAIA 4Q0OA 2RI7A 2RNWA 2G4AA 4QUTA 4RVRA 5CU8A 1WUGA 2F6NA 5HENA 5L98A 4CL9A 2YYNA 4N4IA 5AMFA 3UVDA 5I89A 5IG6A 4LZSA 5E3GA 4NXJA 3D7CA 2YEKA 5FE7A 5KU3A 4J0SA 4YH3A 4NRAA 5HJCA 4NYXA 5EQ1A 4HXLA 5CUGA 4LR6A 4BW4A 2R0VA 5EWDA 5A7CA 2I7KA 5ENEA 4PKLA 4C67A 4UIWA 5FE9A 4OGIA 5CTLA 2RS9B 4MR5A 4YY6A 5D7XA 5LJ2A 1WUMA 4O74A 5CQTA 3U5KA 4CFLA 4UYFA 5DFDA 5F1LA 4HBXA 5HELA 4O76A 4N3WA 5I80A 5C89A 5CUEA 4BW1A 5L8UA 2WP1A 4ALGA 4CUUA 4QSRA 5CP5A 5EWHA 5D3PA 4DONA 5A5SA 5FFWA 1EQFA 4MEOA 3AADA 3DWYA 5D3TA 5I86A 5H1TA 3QZVA 4UIXA 2DWWA 4HXSA 1F68A 3MB4A 4NUDA 3LQJA 4HBVA 4UYHA 3LJWA 5IGNA 5I40A 5CQ4A 5A5RA 5D0CA 5EISA 3MQMA 4NQMA 4YYJA 4QSPA 4A9JA 5FE0A 4Q0NA 1JSPB 5LKXA 3LQIA 4HXMA 4XYAA 4J3IA 5HFRA 5CQ3A 5CUAA 4MR4A 3HMEA 4J1PA 4MR6A 2L85A 5DYAA 4BW3A 5FDZA 2DATA 2WP2A 4KCXA 4NYWA 4YBSA 5CQ8A 5EVAA 3SVHA 1E6IA 4QC3A 4O70A 5ENJA 3LXJA 4NS5A 4YYHA 5EWVA 4QYDA 4QSXA 5I7YA 5EM3A 5F1HA 4CFKA 4TTEA 4NYVA 3MB3A 5CQ7A 5KHMA 5J0DA 2RNYA 5A81A 5KTXA 2DKWA 4NR6A 5ENFA 3IU5A 5AMEA 4N4FA 4TU6A 4IORA 4LZRA 5E9VA 4IOOA 3U5NA 4O7FA 5F3AA 4TT2A 3O37A 4QR5A 5FB0A 2DVSA 5D3LA 3UW9A 5D3JA 4TT6A 4YYNA 5JWMA 5C7NA 4UIUA 3P1EA 5LVQA 3Q2EA 4PS5A 4PCIA 4LZ2A 5FFYA 4IR3A 3U5JA 5FE6A 5DLZA 4YYGA 4QR3A 2R10A 4E96A 4C66A 5DX4A 5ENHA 1ZS5A 4UIVA 5K29A 5EV9A 5EPSA 3K2JA 5CFWA 4CUQA 4YYKA 5FG5A 3LQHA 5H85A 5ETDA 4F3IA 4HXKA 4QB3A 4IR5A 5LJ0A 4A9LA 5CUCA 4WIVA 1JM4B 3IU6A 2L5EA 5LUUA 4A9KA 4WHWA 5C8GA 4NR8A 4YAXA 5A83A 4YH4A 5HCLA 4PCEA 4KV1A 4LYSA 4UYEA 5FB1A 5CUDA 5COIA 5LKZA 3NXBA 4Z6HA 5E7DA 5FE5A 5EI4A 4YBMA 4QZSA 3HMHA 4HXOA 5CQAA 3P1CA 5LVRA 5F61A 4NR5A 5BT4A 4QEVA 5CPEA 4UYDA 3TLPA 4O7CA 5E9MA 5II2A 3QZSA 5IBNA 4UIYA 5A5NA 4O72A 5E73A 3P1FA 2RNXA 2D9EA 4MEQA 2H60A 3QZTA 4XUBA 5L99A 5F2PA 5IGKA 4YYMA 5EPRA 5FE8A 5E9KA 5F5ZA 4YK0A 5ENBA 5LKTA 4YATA 4CUPA 5FE4A 4A9MA 1N72A 4ZC9A 4YYIA 4QSQA 4A9HA 4QY4A 2YDWA 4O7EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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