5A83A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 4-((3r, 4r)-4-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-8- yl-aminopiperidin-3-yloxymethyl)-1-thiane-1,1-dione
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a83A00
4LYSA 5CQ8A 4A9NA 1JM4B 4QSTA 5EVAA 5DKCA 5I7YA 5EWCA 5H1TA 4TQNA 4UYEA 5HQ5A 5E3GA 5E3DA 4YYNA 3G0JA 2D82A 5CUAA 4A9EA 4O7CA 5D3HA 5ENCA 3UVYA 4MENA 4NUCA 5FE1A 4QEWA 4QYDA 5COIA 5L8TA 4KV4A 5EV9A 2DKWA 4O77A 4UYDA 5L99A 4NR9A 3S92A 4O76A 4YY6A 5F62A 5CRZA 5CUGA 4O7FA 3JVJA 4IR6A 4WHUA 3P5OA 4LDFA 5DYUA 5F61A 2OO1A 5D26A 4BHWA 5ENFA 4NS5A 4TYLA 5ENHA 4XUBA 5G4SA 5CTLA 5D0CA 3P1EA 5CQAA 3UW9A 5FG6A 4IOQA 3U5LA 2KTBB 4NRAA 4QR5A 5E7DA 4F3IA 5CQ6A 4TT2A 5LJ2A 4YYJA 3K2JA 4O70A 3JVMA 5CGPA 5CQ3A 5A5OA 3MB4A 5AD2A 4AKNA 4NUDA 4XY9A 5FE0A 5DYCA 5EK9A 4HBVA 4HXNA 5CUBA 3UV5A 5EA1A 4A9FA 5IIDA 5HELA 4Q0OA 5A81A 1F68A 4HBXA 5KTUA 5CUCA 4WIVA 4BW4A 4C66A 5EM3A 2I8NA 2YEKA 5I1QA 4CUPA 4YAXA 3JVLA 5ETDA 5IG6A 4ALHA 4NQMA 3MUKA 4N4FA 5FG5A 5A85A 3U5OA 5CS8A 4LR6A 4NR6A 2WP1A 5EWVA 3UV2A 3IU5A 4UIYA 4NXJA 5CRMA 5KTXA 4BW3A 5LUUA 2RNYA 4YABA 5KO4A 3Q2EA 5CQ5A 5D24A 5HENA 5A82A 5FE4A 5ACYA 4A9IA 3HMEA 5H85A 4C67A 5HFRA 3I3JA 4MR5A 4Z6HA 4QUTA 5FE9A 5IGNA 4N3WA 4ZQLA 2H60A 3O36A 4YADA 4TU6A 5CY9A 5L97A 5EGUA 3LXJA 5E9IA 5E9VA 2RI7A 4FLPA 4HBWA 4J3IA 4O78A 4QSWA 5DFDA 4HXSA 3P1FA 5HFQA 4NR5A 5CFWA 2E7NA 4N4IA 5CQ4A 5DYAA 5ENJA 4E96A 2YQDA 5II1A 2DATA 5EU1A 2LSPB 5D3TA 5D3PA 5F36A 1WUMA 4O7AA 2R10A 5CQ7A 3AQAA 3SVHA 4UYFA 4HXLA 2DWWA 4Z1QA 4IR5A 4CUTA 5EI4A 3QZTA 5E9KA 5BT5A 4GPJA 5AMFA 4TTEA 4YYHA 5CQTA 4Q0NA 4N4GA 4LZRA 4CLBA 5ENBA 1EQFA 5DW1A 5FE3A 4Z1SA 4RVRA 2F6JA 5I7XA 1JSPB 4PTBA 2L5EA 4MR6A 5DKHA 5TCMA 4UIZA 5CP5A 4LZ2A 3MB3A 5DLXA 4CUUA 4QSQA 5I89A 5C87A 3IU6A 5FB1A 3ZYUA 4UIXA 5I80A 5LJ0A 4ZW1A 5A5PA 5C4QA 5A5SA 4CFLA 2FSAA 5A5RA 2RFJA 3U5JA 4YYKA 5E9MA 5D3LA 5LKZA 4KCXA 4QSPA 4HXRA 2I7KA 4O74A 5HRWA 4QC1A 5KU3A 4MR4A 4UYFB 5CUEA 3MULA 5KHMA 4A9OA 2DVVA 5LVRA 3P1CA 4O71A 4OUFA 4HXPA 5FFYA 5F1LA 5A5QA 4YBSA 5DW2A 2E3KA 2D9EA 3LJWA 4TT6A 3O34A 4J1PA 5D3SA 4LYIA 4MEOA 5ETBA 4BW2A 4LC2A 4CUSA 4QEVA 4WHWA 4QSRA 4QSSA 4YY4A 5I40A 5DY7A 5HM0A 2YYNA 4NQNA 2RNXA 5F1HA 5FE7A 4UIWA 4O7BA 4YH3A 3U5PA 2N9GA 5LKXA 5FFVA 3DAIA 5E73A 4XYAA 3G0LA 5EICA 4O75A 5F2PA 5IGMA 5BT4A 5CU8A 5H1VA 4O72A 4PCIA 5C89A 4BW1A 5EPRA 5ENGA 2WP2A 4PY6A 2NXBA 5E74A 3O37A 5EPSA 4CL9A 1N72A 4UIUA 5D3JA 3P1DA 4IR3A 4HXOA 4YK0A 4A9LA 2R0SA 4NYVA 4PCEA 4YYGA 3LQIA 5FE6A 5FDZA 5I86A 5D3RA 2OSSA 5E9YA 3DWYA 4X2IA 3AADA 3JVKA 4LYWA 4YYMA 4QSVA 3QZVA 5C85A 5ENIA 5DFCA 4HXKA 3HMFA 4LZSA 5D25A 5E9LA 2DVQA 4TZ2A 4UYHA 5G4RA 5II2A 5IGKA 5AMEA 5LKUA 5KTWA 5LVQA 5FH7A 5FH8A 4TS8A 3Q2FA 3RCWA 4QR3A 4NRCA 3S91A 5JI8A 5C7NA 2YDWA 4A9MA 5FE5A 4TU4A 2GRCA 5D7XA 5K29A 4QUUA 5EQ1A 2YW5A 3LQJA 4NR8A 4HXMA 5F60A 5FBXA 5A7CA 5HQ7A 5F5ZA 4YBMA 2RO1A 5EPBA 3ONIA 3FKMX 5HJCA 5L98A 5L96A 1WUGA 4UITA 5I88A 4O7EA 4QZSA 5I29A 4QB3A 5E0RA 5AD3A 4OGIA 5IGLA 2G4AA 4QEUA 4QYLA 3SVGA 5DKDA 5A83A 5EP7A 4DONA 5DLZA 4Z6IA 4YATA 2R0VA 2L85A 2RS9B 2R0YA 5HLSA 3TLPA 1E6IA 3O33A 4Z93A 2DVRA 3UVDA 4A9JA 5HCLA 4J0RA 3MQMA 4QC3A 3MXFA 3U5KA 4TZ8A 4CFKA 5J0DA 4ALGA 5IBNA 2OUOA 5FFWA 4A9KA 4Y03A 3QZSA 2YEMA 3U5MA 3O35A 3UV4A 5F25A 4ZC9A 5L8UA 2YELA 5A5NA 5DBMA 3LQHA 4YBTA 5FH6A 5FE2A 5F3AA 5LKTA 4A9HA 4QSUA 3NXBA 4NUEA 4QY4A 4MR3A 5JWMA 5C8GA 5CZGA 4YYIA 2E7OA 2MJVB 5DX4A 4MEPA 5HEMA 4IORA 5EWHA 5EISA 4YC9A 5DFBA 2L84A 4CURA 4XUAA 5EWDA 5DYXA 1X0JA 5HRVA 5FE8A 4QSXA 5FG4A 4BJXA 4YH4A 3HMHA 4QR4A 4NYXA 4N4HA 5D3NA 4LRGA 5HQ6A 4HBYA 4IOOA 3UVXA 5F63A 5EWWA 4UIVA 4KV1A 4NR4A 2DVSA 4NRBA 5H1UA 4IR4A 5CUDA 2RNWA 5TB6A 4J0SA 4CUQA 4QBMA 3U5NA 3UVWA 5ENEA 5FB0A 5HRXA 4PS5A 4MEQA 4NYWA 3SVFA 5CPEA 4YYDA 3GG3A 3D7CA 5LJ1A 5I83A 4QNSA 4OGJA 2F6NA 4TT4A 4UYGA 5BT3A 4PKLA 4XY8A 1ZS5A 4NR7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYSA 5CQ8A 4A9NA 1JM4B 4QSTA 5EVAA 5DKCA 5I7YA 5EWCA 5H1TA 4TQNA 4UYEA 5HQ5A 5E3GA 5E3DA 4YYNA 3G0JA 2D82A 5CUAA 4A9EA 4O7CA 5D3HA 5ENCA 3UVYA 4MENA 4NUCA 5FE1A 4QEWA 4QYDA 5COIA 5L8TA 4KV4A 5EV9A 2DKWA 4O77A 4UYDA 5L99A 4NR9A 3S92A 4O76A 4YY6A 5F62A 3D1DA 5CRZA 5CUGA 4O7FA 3JVJA 4IR6A 4WHUA 3P5OA 4LDFA 5DYUA 5F61A 2OO1A 5D26A 2EJNA 5ENFA 4BHWA 4NS5A 4TYLA 5ENHA 4XUBA 5G4SA 5CTLA 5D0CA 3P1EA 5CQAA 3UW9A 5FG6A 4IOQA 3U5LA 2KTBB 4NRAA 4QR5A 5E7DA 4F3IA 5CQ6A 4TT2A 5LJ2A 4YYJA 4AKHA 3K2JA 4O70A 3JVMA 5CGPA 5CQ3A 5A5OA 3MB4A 5AD2A 4AKNA 4NUDA 4XY9A 5FE0A 5DYCA 5EK9A 4HBVA 4HXNA 5CUBA 3UV5A 5EA1A 4A9FA 5IIDA 5HELA 4Q0OA 5A81A 1F68A 4HBXA 5KTUA 5CUCA 4WIVA 4BW4A 4C66A 5EM3A 2I8NA 2YEKA 5I1QA 4CUPA 4YAXA 3JVLA 5ETDA 5IG6A 4ALHA 4NQMA 3MUKA 4N4FA 5FG5A 5A85A 3U5OA 5CS8A 4LR6A 4NR6A 2WP1A 5EWVA 3UV2A 3IU5A 4UIYA 4NXJA 5CRMA 5KTXA 4BW3A 5LUUA 2RNYA 4YABA 5KO4A 3Q2EA 5CQ5A 5D24A 5HENA 5A82A 5FE4A 5ACYA 4A9IA 3HMEA 5H85A 4C67A 5HFRA 3I3JA 4MR5A 4Z6HA 4QUTA 5FE9A 5IGNA 4N3WA 4ZQLA 2H60A 3ERRA 3O36A 4YADA 4TU6A 5CY9A 5L97A 5EGUA 3LXJA 5E9IA 5E9VA 2RI7A 4FLPA 4HBWA 4J3IA 4O78A 4QSWA 5DFDA 4HXSA 3P1FA 5HFQA 4NR5A 5CFWA 2E7NA 4N4IA 5CQ4A 5DYAA 5ENJA 4E96A 2YQDA 5II1A 2DATA 5EU1A 2LSPB 5D3TA 5D3PA 5F36A 1WUMA 4O7AA 2R10A 5CQ7A 3AQAA 3SVHA 4UYFA 4HXLA 2DWWA 4Z1QA 4IR5A 4CUTA 5EI4A 3QZTA 5E9KA 5BT5A 4GPJA 5AMFA 4TTEA 4YYHA 5CQTA 4Q0NA 4N4GA 4LZRA 4CLBA 5ENBA 1EQFA 5DW1A 5FE3A 4Z1SA 4RVRA 2F6JA 5I7XA 1JSPB 4PTBA 2L5EA 4MR6A 5DKHA 5TCMA 4UIZA 5CP5A 4LZ2A 3MB3A 5DLXA 4CUUA 4QSQA 5I89A 5C87A 3IU6A 5FB1A 3ZYUA 4UIXA 5I80A 5LJ0A 4ZW1A 5A5PA 5C4QA 5A5SA 4CFLA 2FSAA 5A5RA 2RFJA 3U5JA 4YYKA 5E9MA 5D3LA 5LKZA 4KCXA 4QSPA 4HXRA 2I7KA 4O74A 5HRWA 4QC1A 4AKGA 5KU3A 4MR4A 4UYFB 5CUEA 3MULA 5KHMA 4A9OA 2DVVA 5LVRA 3P1CA 4O71A 4OUFA 4HXPA 5FFYA 1PUOA 5F1LA 5A5QA 4YBSA 5DW2A 2E3KA 2D9EA 3LJWA 4TT6A 3O34A 4J1PA 5D3SA 4LYIA 4MEOA 5ETBA 4BW2A 4AKIA 4LC2A 4CUSA 4QEVA 4WHWA 4QSRA 4QSSA 4YY4A 5I40A 5DY7A 5HM0A 2YYNA 4NQNA 2RNXA 5F1HA 5FE7A 4UIWA 4O7BA 4YH3A 1ZKRA 3U5PA 2N9GA 5LKXA 5FFVA 3DAIA 5E73A 4XYAA 3G0LA 5EICA 4O75A 5F2PA 5IGMA 5BT4A 5CU8A 5H1VA 4O72A 4PCIA 5C89A 4BW1A 5EPRA 5ENGA 2WP2A 4PY6A 2NXBA 5E74A 3O37A 5EPSA 4CL9A 1N72A 4UIUA 5D3JA 3P1DA 4IR3A 4HXOA 4YK0A 3D1BA 4A9LA 2R0SA 4NYVA 4PCEA 4YYGA 3VKGA 3LQIA 5FE6A 5FDZA 5I86A 5D3RA 2OSSA 5E9YA 3DWYA 4X2IA 3AADA 3JVKA 4LYWA 4YYMA 4QSVA 3QZVA 5C85A 5ENIA 5DFCA 4HXKA 3HMFA 4LZSA 5D25A 5E9LA 2DVQA 4TZ2A 4UYHA 5G4RA 5II2A 5IGKA 5AMEA 5LKUA 5KTWA 5LVQA 5FH7A 5FH8A 4TS8A 3Q2FA 3RCWA 4QR3A 4NRCA 3S91A 5JI8A 5C7NA 2YDWA 4A9MA 5FE5A 4TU4A 2GRCA 5D7XA 5K29A 4QUUA 5EQ1A 2YW5A 3LQJA 4NR8A 4HXMA 5F60A 5FBXA 5A7CA 5HQ7A 5F5ZA 4YBMA 2RO1A 5EPBA 3ONIA 3FKMX 5HJCA 5L98A 5L96A 1WUGA 4UITA 5I88A 4O7EA 4QZSA 5I29A 4QB3A 5E0RA 5AD3A 4OGIA 5IGLA 2G4AA 4QEUA 4QYLA 3SVGA 5DKDA 5A83A 5EP7A 4DONA 5DLZA 4Z6IA 4YATA 2R0VA 2L85A 2RS9B 2R0YA 5HLSA 3TLPA 1E6IA 3O33A 4Z93A 2DVRA 3UVDA 4A9JA 5HCLA 4J0RA 3MQMA 4QC3A 3MXFA 3U5KA 4TZ8A 4CFKA 5J0DA 4ALGA 5IBNA 2OUOA 5FFWA 4A9KA 4Y03A 3QZSA 2YEMA 3U5MA 3O35A 3UV4A 5F25A 4ZC9A 5L8UA 2YELA 5A5NA 5DBMA 3LQHA 4YBTA 5FH6A 5FE2A 5F3AA 5LKTA 4AI6A 3VKHA 4A9HA 4QSUA 3NXBA 4NUEA 4QY4A 4MR3A 5JWMA 5C8GA 5CZGA 4YYIA 2E7OA 2MJVB 5DX4A 4MEPA 5HEMA 4IORA 5EWHA 5EISA 4YC9A 5DFBA 2L84A 4CURA 4XUAA 5EWDA 5DYXA 1X0JA 5HRVA 5FE8A 4QSXA 5FG4A 4BJXA 4YH4A 3HMHA 4QR4A 4NYXA 4N4HA 5D3NA 4LRGA 5HQ6A 4HBYA 4IOOA 3UVXA 5F63A 5EWWA 4UIVA 4KV1A 4NR4A 2DVSA 4NRBA 5H1UA 4IR4A 5CUDA 2RNWA 5TB6A 4J0SA 4CUQA 4QBMA 3U5NA 3UVWA 5ENEA 5FB0A 5HRXA 4PS5A 4MEQA 4NYWA 3SVFA 5CPEA 4YYDA 3GG3A 3D7CA 5LJ1A 5I83A 4QNSA 4OGJA 2F6NA 4TT4A 4UYGA 5BT3A 4PKLA 4XY8A 1ZS5A 4NR7A
chains in the Genus database with same CATH topology
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