5AD3A

Bivalent binding to bet bromodomains
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Potent and Selective Bivalent Inhibitors of Bet Bromodomains
pubmed doi rcsb
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ad3A01
4QSTA 4QSVA 5IBNA 3QZTA 4KV1A 5FE4A 4QY4A 5FBXA 2DKWA 4PTBA 4TT6A 5EI4A 5DKHA 5HQ5A 5CQAA 4TQNA 5DBMA 3UVWA 5D7XA 5FE0A 5CQ6A 4CUPA 5J0DA 2R0SA 4BW4A 4BW2A 4NQNA 4QSWA 2OSSA 5A5RA 5LKXA 4QUUA 4HXLA 4YH4A 5FB1A 3ZYUA 5JWMA 3D7CA 2YEKA 4N4HA 4NRCA 4QBMA 3DWYA 3Q2EA 4NUCA 5CUGA 5FG4A 4O7FA 5ETDA 2YW5A 3HMEA 5FE2A 5KTWA 5CU8A 5F62A 2DVQA 2I8NA 5A5NA 4HBXA 4HBWA 4YBMA 5H1UA 5CRZA 4Z1SA 5F1LA 5D3LA 4UYEA 5G4SA 4IORA 4YYJA 4WHUA 4AKNA 5EWDA 3P1EA 4TU4A 5CRMA 3O33A 4PCEA 5FE6A 4CUQA 4HXMA 4CUSA 4YYNA 5F5ZA 4UYFB 4Z6IA 5CS8A 3UVXA 5IIDA 5LVQA 5D26A 3UVYA 1EQFA 5D25A 4YABA 4NYWA 5C85A 3JVMA 4A9MA 5FE7A 5IGNA 3AADA 2RNYA 4O75A 4X2IA 2F6JA 5LUUA 3I3JA 5D3JA 4A9FA 5CQ3A 5HQ7A 4O74A 5F1HA 4YYMA 3MUKA 3MXFA 5HEMA 5DW2A 4CUTA 5FFVA 5A85A 5D3SA 4NRBA 2YQDA 4Z93A 2RS9B 5CQ4A 5F3AA 2WP1A 5D3NA 4RVRA 5IGMA 5AMEA 3LQJA 5D3RA 5DYAA 4KCXA 4A9KA 4YYKA 5I83A 5LKUA 4QSPA 2NXBA 4N4GA 3DAIA 4QUTA 4KV4A 5CP5A 2D9EA 5KO4A 5A5OA 4O78A 3LQIA 4TZ8A 5L99A 4BW3A 5A83A 5H1VA 5AMFA 4CFLA 4NUEA 4BW1A 5LVRA 4IR5A 5A5SA 4WIVA 2WP2A 5E7DA 2YEMA 2N9GA 4PCIA 5E3GA 5FH7A 5C89A 4N3WA 4QSSA 4TT2A 3UVDA 4ZW1A 4XYAA 5L8UA 5CQ8A 4Z6HA 4LZ2A 4QR4A 4XY9A 5C8GA 5ENCA 5F36A 5BT3A 2R10A 4QC3A 5F25A 5EVAA 4CFKA 5E73A 1F68A 4LYSA 5A82A 5C87A 4ZC9A 4YYHA 4YY4A 5FE9A 4TT4A 4TYLA 5FE3A 4XUBA 4NR6A 4YYGA 5ACYA 5CGPA 5I7YA 4Y03A 5I88A 3U5KA 2G4AA 4FLPA 4IOOA 4Q0NA 5H85A 4A9IA 3QZSA 2R0VA 3S91A 5KU3A 4LR6A 5I7XA 5D0CA 3GG3A 4MR3A 4NXJA 4MR6A 4NUDA 4MEQA 4OGIA 5EU1A 5HRWA 5CQTA 5CTLA 3LXJA 4LYWA 4PY6A 4NYVA 3MB4A 3K2JA 4A9OA 5EPRA 4YAXA 5D3HA 2H60A 3O35A 5ETBA 5L97A 3P1FA 3UW9A 5HM0A 4HXPA 4BHWA 3SVHA 4YK0A 2E3KA 4YH3A 2KTBB 5FG6A 5ENJA 4A9NA 5FDZA 4MEOA 5JI8A 5ENFA 3MQMA 4A9JA 4NRAA 3U5LA 5HLSA 5C7NA 4DONA 4TZ2A 5H1TA 4QSRA 5K29A 4YY6A 5IGLA 4F3IA 2LSPB 4BJXA 5FH6A 2FSAA 4IR3A 5DLXA 4XY8A 3IU5A 5CZGA 4UYDA 5FFWA 5DFDA 5FE5A 3IU6A 5I1QA 4IOQA 4MR4A 4OGJA 4UIUA 2DWWA 5DYXA 4E96A 4QZSA 4O7AA 3UV4A 2YELA 4CLBA 5EP7A 4O7EA 4QC1A 5TB6A 3JVLA 5FE1A 2E7OA 5FB0A 3UV5A 3QZVA 5I89A 2R0YA 5HFQA 4YYDA 5HCLA 5EPBA 4YBSA 3JVJA 4J3IA 2DVRA 3JVKA 3FKMX 3O36A 5F2PA 5IGKA 5E9IA 5EA1A 5E3DA 5EICA 2RI7A 5DKCA 4N4FA 3LJWA 4O71A 5DFCA 4NYXA 4O77A 4UYGA 4YBTA 3U5PA 4C66A 5BT4A 4QEUA 3Q2FA 5E74A 5ENIA 5G4RA 5E9MA 3LQHA 5II1A 4IR4A 4XUAA 5F60A 3O34A 5I40A 2YDWA 4UITA 4NS5A 5KHMA 5AD3A 5E9KA 4MENA 4UIYA 3RCWA 4ZQLA 5HRXA 2RFJA 4MEPA 5A81A 4N4IA 4YYIA 4QYDA 5D3TA 3HMHA 4J0SA 3U5JA 5FG5A 4LRGA 4O7CA 5DYUA 2F6NA 4NR7A 3SVFA 4GPJA 4QR5A 5DLZA 2L5EA 3G0LA 5ENEA 5IG6A 2D82A 4O70A 3UV2A 5C4QA 5L8TA 4HBYA 5ENHA 4UYHA 4Q0OA 5BT5A 5EV9A 4UIZA 4A9LA 4WHWA 4HXKA 3AQAA 3S92A 5KTXA 1JM4B 5CQ7A 5EPSA 5D3PA 5HELA 4YATA 2MJVB 5COIA 3U5MA 4UIVA 4QR3A 5F63A 2RNXA 4UIXA 2DVVA 4LZRA 5HQ6A 5E0RA 5I86A 4LYIA 2OUOA 4QEVA 5HFRA 5EK9A 4A9HA 4CL9A 3TLPA 4QNSA 4NQMA 5E9YA 5E9LA 5DW1A 4CUUA 5EWHA 5LJ2A 3NXBA 4QB3A 5LKTA 1WUMA 2RNWA 3G0JA 2DVSA 4QEWA 3HMFA 5CUAA 5HJCA 5CUEA 2GRCA 5D24A 5FH8A 5EM3A 5L98A 5EWVA 2OO1A 4O76A 5DFBA 4NR9A 5AD2A 2L85A 4CURA 4Z1QA 4MR5A 5L96A 5EWWA 4HXNA 4QSUA 4C67A 3O37A 5DYCA 3MULA 4UIWA 5II2A 5A7CA 1N72A 5EQ1A 4NR4A 4LDFA 5EWCA 5LJ1A 5CPEA 4ALGA 5EISA 2E7NA 4UYFA 5HENA 3MB3A 2YYNA 1WUGA 1E6IA 3P1CA 5CUDA 4TTEA 1JSPB 4PS5A 2I7KA 5ENGA 4TS8A 5I80A 2L84A 5CUBA 3P1DA 4A9EA 5DY7A 5ENBA 5CUCA 4QYLA 5A5PA 4LZSA 4IR6A 4J0RA 4O7BA 5LKZA 2RO1A 4J1PA 5F61A 5KTUA 3SVGA 5FE8A 4YADA 4HXRA 4QSQA 5I29A 4HXSA 3U5NA 5E9VA 5CY9A 5LJ0A 4PKLA 5TCMA 5EGUA 1ZS5A 5DKDA 4QSXA 3P5OA 4OUFA 5CFWA 4NR5A 4LC2A 4HXOA 5FFYA 3U5OA 5CQ5A 5HRVA 4YC9A 3ONIA 5DX4A 4TU6A 5A5QA 2DATA 4O72A 1X0JA 4HBVA 4ALHA 4NR8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QSTA 4QSVA 5IBNA 3QZTA 4KV1A 5FE4A 4QY4A 5FBXA 2DKWA 4PTBA 4TT6A 5EI4A 5DKHA 5HQ5A 5CQAA 4TQNA 5DBMA 3UVWA 5D7XA 5FE0A 5CQ6A 4CUPA 5J0DA 2R0SA 4BW4A 4BW2A 4NQNA 4QSWA 2OSSA 5A5RA 5LKXA 4QUUA 4HXLA 4YH4A 5FB1A 3ZYUA 5JWMA 3D7CA 2YEKA 4N4HA 4NRCA 4QBMA 3DWYA 3Q2EA 4NUCA 5CUGA 5FG4A 4O7FA 5ETDA 2YW5A 3HMEA 5FE2A 5KTWA 5CU8A 5F62A 4AKIA 2DVQA 2I8NA 5A5NA 4HBXA 4HBWA 4YBMA 5H1UA 5CRZA 4Z1SA 5F1LA 5D3LA 4UYEA 5G4SA 4IORA 4YYJA 4WHUA 4AKNA 5EWDA 3P1EA 4TU4A 5CRMA 3O33A 4PCEA 5FE6A 4CUQA 4HXMA 4CUSA 4YYNA 5F5ZA 4UYFB 4Z6IA 5CS8A 3UVXA 5IIDA 5LVQA 3VKHA 5D26A 3UVYA 1EQFA 5D25A 4YABA 4NYWA 5C85A 3JVMA 4A9MA 5FE7A 5IGNA 3AADA 2RNYA 4O75A 4X2IA 2F6JA 5LUUA 3I3JA 5D3JA 4A9FA 5CQ3A 5HQ7A 4O74A 5F1HA 4YYMA 3MUKA 3MXFA 5HEMA 5DW2A 4CUTA 5FFVA 5A85A 5D3SA 4NRBA 3VKGA 2YQDA 4Z93A 2RS9B 5CQ4A 5F3AA 2WP1A 5D3NA 4RVRA 5IGMA 5AMEA 3LQJA 5D3RA 5DYAA 4KCXA 4A9KA 4YYKA 5I83A 5LKUA 4QSPA 2NXBA 4N4GA 3DAIA 4QUTA 4KV4A 5CP5A 2D9EA 5KO4A 5A5OA 4O78A 3LQIA 4TZ8A 5L99A 4BW3A 5A83A 5H1VA 5AMFA 4CFLA 4NUEA 4BW1A 5LVRA 4IR5A 1PUOA 5A5SA 4WIVA 2WP2A 5E7DA 2YEMA 2N9GA 4PCIA 5E3GA 5FH7A 5C89A 4N3WA 4QSSA 4TT2A 3UVDA 4ZW1A 4XYAA 4AI6A 5L8UA 5CQ8A 4Z6HA 4LZ2A 4QR4A 4XY9A 5C8GA 5ENCA 5F36A 5BT3A 2R10A 4QC3A 5F25A 5EVAA 4CFKA 5E73A 1F68A 4LYSA 5A82A 5C87A 4ZC9A 4YYHA 4YY4A 5FE9A 2EJNA 4TT4A 4TYLA 5FE3A 4XUBA 4NR6A 4YYGA 5ACYA 5CGPA 5I7YA 4Y03A 5I88A 3U5KA 2G4AA 4FLPA 4IOOA 4Q0NA 5H85A 4A9IA 3QZSA 2R0VA 3S91A 5KU3A 4LR6A 5I7XA 5D0CA 3GG3A 4MR3A 4NXJA 4MR6A 4AKHA 4NUDA 4MEQA 4OGIA 5EU1A 5HRWA 5CQTA 5CTLA 3LXJA 4LYWA 4PY6A 4NYVA 3MB4A 3K2JA 4A9OA 5EPRA 4YAXA 5D3HA 2H60A 3O35A 5ETBA 5L97A 3P1FA 3UW9A 5HM0A 4HXPA 4BHWA 3SVHA 4YK0A 2E3KA 4YH3A 2KTBB 5FG6A 5ENJA 4A9NA 5FDZA 4MEOA 5JI8A 5ENFA 3MQMA 4A9JA 4NRAA 3U5LA 5HLSA 5C7NA 4DONA 4TZ2A 5H1TA 4QSRA 5K29A 4YY6A 5IGLA 4F3IA 2LSPB 4BJXA 5FH6A 2FSAA 4IR3A 5DLXA 4XY8A 3IU5A 5CZGA 4UYDA 5FFWA 5DFDA 5FE5A 3IU6A 5I1QA 4IOQA 4MR4A 4OGJA 4UIUA 2DWWA 5DYXA 4E96A 4QZSA 4O7AA 3UV4A 2YELA 4CLBA 5EP7A 4O7EA 4QC1A 5TB6A 3JVLA 5FE1A 2E7OA 5FB0A 3UV5A 3QZVA 5I89A 2R0YA 5HFQA 4YYDA 5HCLA 5EPBA 4YBSA 3JVJA 4J3IA 2DVRA 3JVKA 3FKMX 3O36A 5F2PA 5IGKA 5E9IA 5EA1A 5E3DA 5EICA 2RI7A 5DKCA 4N4FA 3LJWA 4O71A 5DFCA 4NYXA 4O77A 4UYGA 4YBTA 3U5PA 4C66A 5BT4A 4QEUA 3Q2FA 5E74A 5ENIA 1ZKRA 5E9MA 3LQHA 5G4RA 5II1A 4IR4A 4XUAA 5F60A 3O34A 5I40A 2YDWA 4UITA 4NS5A 5KHMA 5AD3A 5E9KA 4MENA 4UIYA 3RCWA 4ZQLA 5HRXA 2RFJA 4MEPA 5A81A 4N4IA 4YYIA 4QYDA 5D3TA 3HMHA 4J0SA 3U5JA 5FG5A 4LRGA 4O7CA 5DYUA 2F6NA 4NR7A 3SVFA 4GPJA 4QR5A 5DLZA 2L5EA 3G0LA 5ENEA 5IG6A 2D82A 4O70A 3UV2A 5C4QA 5L8TA 4HBYA 5ENHA 4UYHA 4Q0OA 5BT5A 5EV9A 4UIZA 4AKGA 4A9LA 4WHWA 4HXKA 3AQAA 3S92A 5KTXA 1JM4B 5CQ7A 5EPSA 5D3PA 5HELA 4YATA 2MJVB 5COIA 3U5MA 4UIVA 4QR3A 5F63A 2RNXA 4UIXA 2DVVA 4LZRA 5HQ6A 5E0RA 5I86A 4LYIA 2OUOA 4QEVA 5HFRA 5EK9A 4A9HA 4CL9A 3TLPA 4QNSA 4NQMA 5E9YA 5E9LA 5DW1A 4CUUA 5EWHA 5LJ2A 3NXBA 4QB3A 5LKTA 1WUMA 2RNWA 3G0JA 2DVSA 4QEWA 3HMFA 5CUAA 5HJCA 5CUEA 2GRCA 5D24A 5FH8A 5EM3A 5L98A 5EWVA 2OO1A 3D1BA 4O76A 3D1DA 5DFBA 4NR9A 5AD2A 2L85A 4CURA 4Z1QA 4MR5A 5L96A 5EWWA 4HXNA 4QSUA 4C67A 3O37A 5DYCA 3MULA 4UIWA 5II2A 5A7CA 1N72A 5EQ1A 4NR4A 4LDFA 5EWCA 5LJ1A 5CPEA 4ALGA 5EISA 2E7NA 4UYFA 5HENA 3MB3A 2YYNA 1WUGA 1E6IA 3P1CA 5CUDA 4TTEA 1JSPB 4PS5A 2I7KA 5ENGA 4TS8A 5I80A 2L84A 5CUBA 3P1DA 4A9EA 5DY7A 5ENBA 5CUCA 4QYLA 5A5PA 4LZSA 4IR6A 4J0RA 4O7BA 5LKZA 2RO1A 4J1PA 5F61A 5KTUA 3SVGA 5FE8A 4YADA 4HXRA 4QSQA 5I29A 4HXSA 3U5NA 5E9VA 5CY9A 5LJ0A 4PKLA 3ERRA 5TCMA 5EGUA 1ZS5A 5DKDA 4QSXA 3P5OA 4OUFA 5CFWA 4NR5A 4LC2A 4HXOA 5FFYA 3U5OA 5CQ5A 5HRVA 4YC9A 3ONIA 5DX4A 4TU6A 5A5QA 2DATA 4O72A 1X0JA 4HBVA 4ALHA 4NR8A
chains in the Genus database with same CATH topology
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