5CY9A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
HLVPRGSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 43
structure length 131
sequence length 131
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5cy9A01
2R0VA 4XUBA 5E74A 5EWDA 4NRCA 4WHWA 4YAXA 5HFQA 2GRCA 4O7AA 4Y03A 5EWHA 5I80A 3UVXA 5A5RA 4MR3A 3Q2FA 4HBVA 4ZW1A 5CUCA 5EK9A 4WHUA 2R0YA 4YBSA 5CP5A 5FFWA 5EV9A 4YYHA 4BW1A 5EISA 4RVRA 4YYKA 5C85A 4HXKA 4MR5A 5TB6A 5L96A 5F36A 4CFLA 5HEMA 5A5SA 5C4QA 3JVKA 5CPEA 4LZSA 4QR3A 5D7XA 4YY4A 3U5JA 5F62A 5C8GA 4MENA 5CQAA 4IORA 5LKUA 5K29A 5ENBA 5FG4A 5CQ8A 4Q0OA 1X0JA 5CQ3A 4HXPA 2H60A 5EP7A 5F3AA 4F3IA 5IGLA 4HXMA 4QR5A 5ENHA 4QSSA 5F1LA 3G0JA 5CQ5A 5H85A 4A9HA 3K2JA 4LYSA 3LQHA 4PCEA 3I3JA 5KU3A 2RFJA 5D3HA 4J0RA 2YELA 5I1QA 5HELA 4O77A 4QSTA 3TLPA 5D3SA 5DKDA 5ENFA 4XYAA 3QZTA 5E9LA 4KV1A 4BW2A 2R0SA 2D82A 5HQ7A 3MUKA 5E9YA 4BHWA 5CRZA 3Q2EA 5A7CA 4QSRA 2OUOA 5LJ2A 4Z93A 4LYIA 2DWWA 4J3IA 4MEQA 5BT4A 4LDFA 5FE1A 5I88A 2YDWA 5D3TA 4BJXA 4O70A 5ETDA 5DY7A 3RCWA 5D3RA 4J0SA 4OGJA 5EPBA 5FG5A 4N3WA 4CUTA 4YY6A 4UYHA 5ENJA 4ALGA 2OO1A 4YBMA 5J0DA 4Z6HA 4A9IA 2E3KA 5LJ1A 2DATA 4TYLA 5C7NA 5D26A 4TZ2A 5F2PA 4C67A 5H1TA 5A5PA 4QY4A 4YK0A 3ONIA 5FE4A 5L8TA 2RNXA 4HXOA 3P1DA 5E9KA 4UYFA 5A5NA 3U5MA 5ENGA 5AMEA 3FKMX 5HJCA 5A83A 5FB1A 2RNWA 3MB4A 4UIXA 2DVRA 4QZSA 4HXSA 5JI8A 5CTLA 3U5OA 5ENEA 2KTBB 2I7KA 5HFRA 4N4GA 3O33A 5A5QA 3DWYA 2MJVB 2DVVA 5II2A 3LQJA 5F61A 4AKNA 5BT5A 4DONA 4YADA 1ZS5A 5DW2A 4NR7A 5CQ4A 3U5KA 2YW5A 4YATA 4KV4A 2WP2A 4LRGA 4O72A 4XY8A 4GPJA 5LJ0A 4NR5A 4O7FA 4LZ2A 5CUEA 5CU8A 5FFYA 4A9MA 4OUFA 4BW3A 4CURA 4NR9A 5DYUA 5C87A 2L85A 5LKTA 4NUEA 5FE9A 4O7CA 5EVAA 5HRXA 3SVFA 5FE3A 5LUUA 4TT2A 5G4SA 5FBXA 5HRWA 4YH3A 4QB3A 4O76A 5HCLA 5CUAA 3P1FA 5L8UA 4UYGA 5L97A 4XUAA 4QYDA 5E9VA 5EWCA 2F6NA 5FH7A 4UIWA 5I83A 4MR6A 4UYFB 2R10A 4YYGA 2L84A 5E0RA 4YYMA 5CY9A 1WUGA 4QC3A 4TQNA 4PKLA 3JVMA 4J1PA 4CUQA 3D7CA 5FE6A 5I86A 5CUGA 5FH8A 5DYAA 5KTWA 5HQ5A 3UV4A 4TU6A 5CZGA 5EPRA 5HM0A 4O7BA 4TT6A 5EWVA 5KTXA 4CUSA 5F5ZA 5FFVA 3G0LA 4HBXA 4QYLA 4QSQA 3AQAA 5E7DA 5DX4A 5EA1A 5DLZA 4UIYA 1WUMA 3DAIA 3P5OA 5A85A 2RO1A 5I7XA 5FE2A 4QR4A 5IG6A 4LZRA 5D3LA 4PS5A 5KO4A 4KCXA 5IBNA 4QC1A 4C66A 5CQ7A 5DFCA 3U5NA 2NXBA 5D24A 5COIA 3LQIA 5I40A 4UIVA 5E9MA 3JVJA 4A9KA 4A9LA 5CUBA 4HBWA 4NQNA 4YBTA 2RI7A 4YYDA 5FE7A 5KHMA 3S91A 4YH4A 5FDZA 3U5LA 4N4FA 5F63A 4A9NA 4QSXA 5FB0A 4Z6IA 4MEPA 3UW9A 4TT4A 3UVWA 5DFBA 3MXFA 4E96A 5LKXA 4NR8A 3SVHA 4QSWA 3P1CA 4A9EA 5D3PA 4HXRA 2YEKA 4TS8A 5AD3A 4NR6A 4IR5A 5TCMA 4CUUA 4YYNA 5EPSA 4ZC9A 4PTBA 3LJWA 5A5OA 5E3DA 4O7EA 4CL9A 4UYDA 5E73A 4QBMA 5G4RA 5LKZA 3O35A 4IOQA 1F68A 2L5EA 4QEUA 5CQTA 5ENIA 4O74A 5EQ1A 5IGNA 4NRBA 2YQDA 5D0CA 3SVGA 5DFDA 3QZSA 3UV5A 5IIDA 5A82A 3LXJA 3NXBA 4PCIA 3O37A 5LVQA 4UYEA 5E9IA 5CRMA 4WIVA 5EGUA 4FLPA 1E6IA 4NRAA 5CUDA 3ZYUA 4UIZA 5L99A 4NUDA 4IR3A 5A81A 4CUPA 1EQFA 4LC2A 4YYIA 2RNYA 3AADA 1JM4B 2N9GA 4YC9A 4O71A 4CLBA 2DVQA 5FE5A 5C89A 5DKHA 2E7NA 4BW4A 4QSUA 2FSAA 3UVYA 5HENA 5LVRA 4NYVA 4O78A 5E3GA 4QUUA 5I29A 5D25A 3HMFA 2D9EA 1N72A 3HMEA 5FE8A 5ACYA 4IOOA 5F1HA 2OSSA 3O36A 5BT3A 4N4IA 4QSVA 5F60A 5FH6A 5DBMA 5ENCA 4QNSA 5IGKA 4NYWA 5CFWA 4Z1SA 3P1EA 5FG6A 5KTUA 5EM3A 4QEWA 5I89A 4ALHA 5D3JA 2LSPB 3MULA 3U5PA 4N4HA 4OGIA 4NQMA 5DYXA 5EICA 4NS5A 5ETBA 2DKWA 2E7OA 4HXNA 5HQ6A 4NR4A 4A9FA 5CQ6A 4UITA 5H1VA 3HMHA 5DKCA 4CFKA 5L98A 5EU1A 5FE0A 4A9JA 4YYJA 3IU5A 4NYXA 4Z1QA 5EWWA 4TU4A 3S92A 3UVDA 5I7YA 2G4AA 5EI4A 5DYCA 4QUTA 4PY6A 4QEVA 5H1UA 2F6JA 5D3NA 5HRVA 4TZ8A 4XY9A 5CS8A 4QSPA 5F25A 2WP1A 4IR4A 5JWMA 4HXLA 5AMFA 4MEOA 4LR6A 3O34A 4UIUA 2YYNA 4YABA 5DW1A 4Q0NA 5II1A 5IGMA 4TTEA 4MR4A 5DLXA 5AD2A 4NUCA 2I8NA 3GG3A 3MQMA 1JSPB 4A9OA 4IR6A 4ZQLA 3QZVA 5HLSA 4LYWA 5CGPA 4HBYA 4O75A 4X2IA 3IU6A 3MB3A 2YEMA 2DVSA 4NXJA 3UV2A 2RS9B 3JVLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R0VA 4XUBA 5E74A 5EWDA 4NRCA 4WHWA 4YAXA 5HFQA 2GRCA 4O7AA 4Y03A 5EWHA 5I80A 3UVXA 5A5RA 4MR3A 3Q2FA 4HBVA 4ZW1A 5CUCA 5EK9A 4WHUA 2R0YA 4YBSA 5CP5A 5FFWA 5EV9A 4YYHA 4BW1A 5EISA 4RVRA 4YYKA 5C85A 4HXKA 4MR5A 5TB6A 5L96A 5F36A 4CFLA 5HEMA 5A5SA 5C4QA 3JVKA 5CPEA 4LZSA 4QR3A 5D7XA 4YY4A 3U5JA 5F62A 5C8GA 4MENA 5CQAA 4IORA 5LKUA 5K29A 5ENBA 5FG4A 5CQ8A 4Q0OA 1X0JA 5CQ3A 4HXPA 2H60A 5EP7A 5F3AA 4F3IA 5IGLA 4HXMA 4QR5A 5ENHA 4QSSA 5F1LA 3G0JA 5CQ5A 5H85A 4A9HA 3K2JA 4LYSA 3LQHA 4PCEA 3I3JA 5KU3A 2RFJA 5D3HA 4J0RA 2YELA 5I1QA 5HELA 4O77A 4QSTA 3TLPA 5D3SA 5DKDA 5ENFA 4XYAA 3QZTA 5E9LA 4KV1A 4BW2A 2R0SA 2D82A 5HQ7A 3MUKA 5E9YA 4BHWA 5CRZA 3Q2EA 5A7CA 4QSRA 2OUOA 5LJ2A 4Z93A 4LYIA 2DWWA 4J3IA 4MEQA 5BT4A 4LDFA 5FE1A 5I88A 2YDWA 5D3TA 4BJXA 4O70A 5ETDA 5DY7A 3RCWA 5D3RA 4J0SA 4OGJA 5EPBA 5FG5A 4N3WA 4CUTA 4YY6A 4UYHA 5ENJA 4AKHA 4ALGA 2OO1A 3ERRA 4YBMA 4Z6HA 4A9IA 5J0DA 2E3KA 5LJ1A 2DATA 4TYLA 5C7NA 5D26A 4TZ2A 5F2PA 4C67A 5H1TA 5A5PA 4QY4A 4YK0A 3ONIA 5FE4A 5L8TA 2RNXA 4HXOA 3P1DA 5E9KA 4UYFA 5A5NA 3U5MA 5ENGA 5AMEA 3FKMX 5HJCA 5A83A 5FB1A 2RNWA 3D1BA 3MB4A 4UIXA 2DVRA 4QZSA 4HXSA 5JI8A 5CTLA 3U5OA 5ENEA 2KTBB 2I7KA 5HFRA 4N4GA 3O33A 5A5QA 3DWYA 2MJVB 2DVVA 5II2A 3LQJA 5F61A 4AKNA 5BT5A 4DONA 4YADA 1ZS5A 5DW2A 4NR7A 5CQ4A 3D1DA 3U5KA 2YW5A 4YATA 4KV4A 4AKIA 2WP2A 4LRGA 4O72A 4XY8A 4GPJA 5LJ0A 4NR5A 4O7FA 4LZ2A 5CUEA 5CU8A 5FFYA 4A9MA 4OUFA 4BW3A 4CURA 4NR9A 5DYUA 5C87A 2L85A 5LKTA 4NUEA 5FE9A 4O7CA 5EVAA 5HRXA 3SVFA 5FE3A 5LUUA 4TT2A 5G4SA 5FBXA 5HRWA 4YH3A 4QB3A 4O76A 4AI6A 5HCLA 5CUAA 3P1FA 5L8UA 4UYGA 5L97A 4XUAA 4QYDA 5E9VA 5EWCA 2F6NA 5FH7A 4UIWA 5I83A 4MR6A 4UYFB 2R10A 4YYGA 2L84A 5E0RA 4YYMA 5CY9A 1WUGA 4QC3A 4TQNA 4PKLA 3JVMA 4J1PA 4CUQA 3D7CA 5FE6A 5I86A 5CUGA 5FH8A 5DYAA 1ZKRA 5KTWA 5HQ5A 3UV4A 3VKGA 4TU6A 5CZGA 5EPRA 5HM0A 4O7BA 4TT6A 5EWVA 5KTXA 4CUSA 5F5ZA 5FFVA 3G0LA 4HBXA 4QYLA 4QSQA 3AQAA 5E7DA 5DX4A 5EA1A 5DLZA 4UIYA 1WUMA 3DAIA 3P5OA 5A85A 2RO1A 5I7XA 5FE2A 4QR4A 5IG6A 4LZRA 5D3LA 4PS5A 5KO4A 4KCXA 5IBNA 4QC1A 4C66A 5CQ7A 5DFCA 3U5NA 2NXBA 5D24A 5COIA 3VKHA 3LQIA 5I40A 4UIVA 5E9MA 3JVJA 4A9KA 4A9LA 5CUBA 4HBWA 4NQNA 4YBTA 2RI7A 4YYDA 5FE7A 5KHMA 3S91A 4YH4A 5FDZA 3U5LA 4N4FA 5F63A 4A9NA 4QSXA 5FB0A 4Z6IA 4MEPA 3UW9A 4TT4A 3UVWA 5DFBA 3MXFA 4E96A 5LKXA 4NR8A 3SVHA 4QSWA 3P1CA 4A9EA 5D3PA 4HXRA 2YEKA 4TS8A 5AD3A 4NR6A 4IR5A 5TCMA 4CUUA 4YYNA 5EPSA 4ZC9A 4PTBA 3LJWA 5A5OA 5E3DA 4O7EA 4CL9A 4UYDA 5E73A 4QBMA 5G4RA 5LKZA 3O35A 4IOQA 1F68A 2L5EA 4QEUA 5CQTA 5ENIA 4O74A 5EQ1A 5IGNA 4NRBA 2YQDA 5D0CA 3SVGA 5DFDA 3QZSA 3UV5A 5IIDA 5A82A 3LXJA 3NXBA 4PCIA 3O37A 5LVQA 4UYEA 5E9IA 5CRMA 4WIVA 5EGUA 4FLPA 1E6IA 4NRAA 5CUDA 3ZYUA 4UIZA 5L99A 4NUDA 4IR3A 5A81A 4CUPA 1EQFA 4LC2A 2EJNA 4YYIA 2RNYA 3AADA 1JM4B 2N9GA 4YC9A 4O71A 4CLBA 2DVQA 5FE5A 5C89A 5DKHA 2E7NA 4BW4A 4QSUA 2FSAA 3UVYA 5HENA 5LVRA 4NYVA 4O78A 5E3GA 4QUUA 5I29A 5D25A 3HMFA 2D9EA 1N72A 3HMEA 5FE8A 5ACYA 4IOOA 5F1HA 2OSSA 3O36A 5BT3A 4N4IA 4QSVA 5F60A 5FH6A 5DBMA 5ENCA 4QNSA 5IGKA 4NYWA 5CFWA 4Z1SA 3P1EA 5FG6A 5KTUA 5EM3A 4QEWA 5I89A 4ALHA 5D3JA 2LSPB 3MULA 3U5PA 4N4HA 4OGIA 4NQMA 5DYXA 5EICA 4NS5A 5ETBA 2DKWA 2E7OA 4HXNA 5HQ6A 4NR4A 4A9FA 5CQ6A 4UITA 5H1VA 3HMHA 5DKCA 4CFKA 5L98A 5EU1A 5FE0A 4A9JA 4YYJA 3IU5A 4NYXA 4Z1QA 5EWWA 4TU4A 3S92A 3UVDA 5I7YA 2G4AA 5EI4A 5DYCA 4QUTA 4PY6A 4QEVA 5H1UA 2F6JA 5D3NA 5HRVA 4TZ8A 4XY9A 5CS8A 4QSPA 5F25A 2WP1A 4IR4A 5JWMA 4HXLA 5AMFA 4MEOA 4LR6A 3O34A 4UIUA 2YYNA 4YABA 5DW1A 4Q0NA 5II1A 5IGMA 4TTEA 4AKGA 4MR4A 5DLXA 5AD2A 4NUCA 2I8NA 3GG3A 3MQMA 1JSPB 4A9OA 4IR6A 4ZQLA 3QZVA 5HLSA 4LYWA 5CGPA 4HBYA 4O75A 4X2IA 3IU6A 3MB3A 1PUOA 2YEMA 2DVSA 4NXJA 3UV2A 2RS9B 3JVLA
chains in the Genus database with same CATH topology
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