5DY7A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed4
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peregrin
total genus 39
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dy7A00
4LZSA 4Z1QA 2R0YA 4IR5A 5II2A 5CQTA 3MXFA 4NR8A 5DW1A 5F3AA 5HRWA 3UV5A 5CUAA 5H1UA 4IOOA 4YBTA 5FB1A 5IBNA 4NUCA 4O7CA 5C85A 5HM0A 5FE6A 4A9FA 3MB3A 4O7BA 5A5SA 5A81A 5F1LA 4LYIA 4YATA 5DYXA 2RNYA 5D3HA 3U5KA 5F5ZA 5EM3A 4LDFA 4YADA 4NR5A 4Z6IA 5KTWA 5I7XA 5DFCA 5CFWA 4IOQA 3P1FA 3K2JA 4NXJA 5DLZA 4Q0OA 2DWWA 4YYIA 5EK9A 2YEMA 4YYHA 5FB0A 5H1TA 5CTLA 5FBXA 5EPSA 5F61A 5C8GA 4BW1A 4TT2A 2RFJA 4PS5A 4DONA 4O77A 5ENEA 5EU1A 5C87A 4NYVA 2I8NA 5I1QA 5I7YA 4C66A 4CFLA 5LVRA 3P1DA 5A85A 5BT5A 4A9LA 5CY9A 4KCXA 4N4IA 4A9OA 5E7DA 4ZW1A 5HQ6A 4QSRA 4HBVA 3LQJA 3UV2A 5HQ5A 5DKDA 5HQ7A 4FLPA 4TQNA 4QSUA 4UIVA 5KTXA 5FE1A 5LKXA 2DATA 5D3JA 5H85A 5CRZA 3O36A 5F60A 3FKMX 5DYAA 4QYDA 4YY6A 4UIYA 4PY6A 5C4QA 5CQ4A 4HXLA 3RCWA 4XYAA 5D24A 5A5OA 5FG6A 3NXBA 1X0JA 4A9HA 5HELA 2DVVA 4O7FA 4CURA 3SVHA 2OUOA 4Z93A 4HBWA 3LXJA 5CUGA 5E9MA 4Y03A 5DY7A 2N9GA 4QNSA 5KU3A 3HMHA 4UITA 4QEVA 4X2IA 4O76A 5D7XA 5FE7A 5DYUA 4ZQLA 4HXNA 5E3GA 5DKCA 4YABA 2F6NA 4A9IA 4CUUA 4UYFB 4A9EA 4QSWA 5A5QA 5HENA 3QZVA 4BW4A 4YBMA 3JVKA 4QSPA 3UVWA 2YDWA 2WP2A 5D3SA 4J1PA 1ZS5A 4CL9A 4MEQA 5F1HA 5LJ0A 4YH3A 5L8TA 5E9IA 1F68A 2OO1A 3P1CA 3P1EA 4A9MA 4O74A 4O7EA 5FE3A 4A9KA 5DLXA 1WUMA 4BJXA 2YQDA 3DWYA 3JVLA 5ETDA 5I29A 5F36A 4NQMA 2RNWA 5LKTA 2RNXA 5FH6A 5HCLA 5L98A 5D26A 5E9YA 3MQMA 3LQIA 2YELA 5HFQA 3HMFA 4HBYA 3U5MA 3O37A 5JWMA 5FFWA 5IGMA 2F6JA 4YBSA 5CUEA 4TS8A 5I86A 3TLPA 3O33A 4QSQA 5I40A 5E9LA 3MUKA 2RS9B 5ENHA 4LZRA 4N4HA 5HRVA 2E7NA 5COIA 5IG6A 5FH7A 5CUBA 3ZYUA 5CPEA 2D9EA 4CUPA 4NR6A 4MEPA 2RI7A 5FE9A 5FE0A 4NUEA 4YAXA 4N3WA 4QSXA 4BW3A 5DYCA 5EVAA 5DX4A 5EQ1A 4O71A 4NQNA 4N4FA 4AKNA 5CRMA 3LQHA 4UYEA 5EPRA 4TTEA 4HXPA 4IR3A 3D7CA 5I89A 2H60A 5CUCA 4MENA 5E9KA 5LKZA 5DFBA 5A83A 3Q2FA 1EQFA 5C7NA 4HXMA 3AADA 5FE2A 5D0CA 5IGNA 4Q0NA 4MR6A 5ETBA 5HJCA 5LKUA 5DW2A 4C67A 4UIZA 4IORA 5A5RA 4NR7A 5FG4A 4QR4A 4YC9A 5L99A 5HLSA 4XY9A 5CQ6A 3QZTA 3GG3A 5E9VA 2GRCA 5LVQA 4KV1A 4MR4A 5A7CA 5CS8A 4UIUA 3MB4A 4LYWA 3AQAA 5CQ5A 5EP7A 4PKLA 4TT4A 4QEWA 4NRBA 4NUDA 5EPBA 4YYKA 4CUSA 5F25A 4HXOA 4QB3A 4UYGA 5E3DA 4O70A 5IIDA 2R10A 4O72A 4UIXA 3QZSA 5FE5A 4TT6A 5EISA 4N4GA 4PCIA 2WP1A 4QSTA 4YYGA 5D3PA 3Q2EA 4HBXA 5A82A 3JVMA 5I83A 5D3TA 5BT3A 5DKHA 2YYNA 5L97A 5A5PA 2OSSA 4NYXA 3U5PA 4RVRA 4O78A 4NRAA 4QZSA 3IU6A 2I7KA 5DFDA 4MEOA 5H1VA 4LRGA 2FSAA 3HMEA 5D3LA 5ENBA 4GPJA 5FFVA 4KV4A 4OGIA 5JI8A 2R0SA 4OUFA 4YK0A 5A5NA 5HRXA 5IGKA 2G4AA 2DKWA 2L84A 2LSPB 4TU4A 5FE4A 4ALGA 5AMEA 5CUDA 3LJWA 4LR6A 2YEKA 2RO1A 4Z1SA 5EWVA 4PTBA 4WHUA 5ENIA 5E73A 5F63A 5AD3A 4F3IA 4QUUA 5L96A 4QC3A 5CP5A 5EWCA 4HXRA 2D82A 5CGPA 5LJ2A 4CUQA 5KO4A 5I80A 5FG5A 1WUGA 5AMFA 3UVXA 2DVQA 4ZC9A 5KHMA 5CU8A 4UYHA 4YH4A 3O35A 4UYFA 3I3JA 4WIVA 4IR6A 5AD2A 4QY4A 2DVSA 4O75A 5L8UA 5K29A 5BT4A 3G0LA 5HFRA 4YY4A 4MR3A 3ONIA 5EWHA 5D3NA 4HXKA 4WHWA 3SVGA 2MJVB 5E74A 4TYLA 3UV4A 4UYDA 5ACYA 3U5OA 4HXSA 4NRCA 2KTBB 5ENFA 4QEUA 5EI4A 4O7AA 5TCMA 4YYJA 5FDZA 3IU5A 4XUBA 2E7OA 5II1A 4J0SA 5CQ8A 5D25A 4QR5A 5F62A 4QR3A 5CQ3A 3JVJA 1JSPB 4TZ2A 4QBMA 5EWDA 5KTUA 4NR4A 4Z6HA 4QSSA 4A9NA 4CFKA 5TB6A 5G4SA 5EWWA 5E0RA 3SVFA 4CUTA 2NXBA 4QC1A 3U5NA 2L5EA 1N72A 5DBMA 5FH8A 5CZGA 4J0RA 4MR5A 4TZ8A 5CQ7A 4NS5A 5ENCA 2R0VA 5D3RA 5G4RA 4ALHA 1JM4B 4J3IA 4QUTA 5J0DA 5HEMA 4A9JA 3O34A 3P5OA 4QYLA 4UIWA 4YYMA 5CQAA 4E96A 4XY8A 2E3KA 4YYNA 3U5LA 4XUAA 5F2PA 3UVDA 5EA1A 4NR9A 4LC2A 2YW5A 5I88A 4PCEA 5FFYA 5C89A 4CLBA 5EV9A 4OGJA 3DAIA 4NYWA 3U5JA 4IR4A 2L85A 4TU6A 5ENGA 4QSVA 5ENJA 1E6IA 5FE8A 5IGLA 5EGUA 4BHWA 3G0JA 4BW2A 5EICA 3S92A 2DVRA 3UVYA 5LJ1A 3MULA 3S91A 4YYDA 4LYSA 5LUUA 3UW9A 4LZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LZSA 4Z1QA 2R0YA 4IR5A 5II2A 5CQTA 3MXFA 4NR8A 5DW1A 5F3AA 5HRWA 3UV5A 5CUAA 5H1UA 4IOOA 4YBTA 5FB1A 5IBNA 4NUCA 4O7CA 5C85A 5HM0A 5FE6A 4A9FA 3MB3A 4O7BA 5A5SA 5A81A 5F1LA 4LYIA 4YATA 5DYXA 2RNYA 5D3HA 3U5KA 5F5ZA 5EM3A 4LDFA 4YADA 4NR5A 4Z6IA 5KTWA 5I7XA 5DFCA 5CFWA 4IOQA 3P1FA 3K2JA 4NXJA 5DLZA 4Q0OA 2DWWA 4YYIA 5EK9A 2YEMA 4YYHA 5FB0A 5H1TA 5CTLA 5FBXA 5EPSA 5F61A 5C8GA 4BW1A 4TT2A 2RFJA 4PS5A 4DONA 4O77A 5ENEA 5EU1A 5C87A 4NYVA 2I8NA 5I1QA 5I7YA 4C66A 4CFLA 5LVRA 3P1DA 5A85A 5BT5A 4A9LA 5CY9A 4KCXA 4N4IA 4A9OA 5E7DA 4ZW1A 5HQ6A 4QSRA 4HBVA 3LQJA 3UV2A 5HQ5A 5DKDA 5HQ7A 4FLPA 4TQNA 4QSUA 4UIVA 5KTXA 5FE1A 5LKXA 2DATA 5D3JA 5H85A 5CRZA 3O36A 5F60A 3FKMX 5DYAA 4QYDA 4YY6A 4UIYA 4PY6A 5C4QA 5CQ4A 4HXLA 3RCWA 4XYAA 5D24A 5A5OA 5FG6A 3NXBA 1X0JA 4A9HA 5HELA 2DVVA 4O7FA 4CURA 3ERRA 2OUOA 4Z93A 3SVHA 4HBWA 3LXJA 5CUGA 5E9MA 4Y03A 5DY7A 2N9GA 4QNSA 5KU3A 3HMHA 4UITA 4QEVA 4X2IA 4O76A 5D7XA 5FE7A 5DYUA 4ZQLA 4HXNA 5E3GA 5DKCA 4YABA 2F6NA 4A9IA 4CUUA 4UYFB 4A9EA 4QSWA 5A5QA 5HENA 3QZVA 4BW4A 4YBMA 3JVKA 4QSPA 3UVWA 2YDWA 2WP2A 5D3SA 4J1PA 1ZS5A 4CL9A 4MEQA 5F1HA 5LJ0A 4YH3A 5L8TA 5E9IA 2EJNA 1PUOA 1F68A 2OO1A 3P1CA 3P1EA 4A9MA 4O74A 4O7EA 5FE3A 4A9KA 5DLXA 1WUMA 4BJXA 2YQDA 3DWYA 3JVLA 5ETDA 5I29A 5F36A 4NQMA 2RNWA 5LKTA 2RNXA 5FH6A 3D1BA 5HCLA 5L98A 5D26A 5E9YA 3MQMA 3LQIA 2YELA 5HFQA 3HMFA 4HBYA 3U5MA 3O37A 5JWMA 5FFWA 5IGMA 3VKGA 2F6JA 4YBSA 5CUEA 4TS8A 5I86A 3TLPA 3O33A 4QSQA 5I40A 5E9LA 3MUKA 2RS9B 5ENHA 4LZRA 4N4HA 5HRVA 4AKHA 2E7NA 5COIA 5IG6A 5FH7A 5CUBA 3ZYUA 5CPEA 2D9EA 4CUPA 4NR6A 4MEPA 2RI7A 5FE9A 4AI6A 5FE0A 4NUEA 4YAXA 4N3WA 4QSXA 4BW3A 5DYCA 5EVAA 5DX4A 5EQ1A 4O71A 4NQNA 4N4FA 4AKNA 5CRMA 3LQHA 4UYEA 5EPRA 4TTEA 4HXPA 4IR3A 3D7CA 5I89A 2H60A 5CUCA 4MENA 5E9KA 5LKZA 5DFBA 5A83A 3Q2FA 1EQFA 5C7NA 4HXMA 3AADA 5FE2A 5D0CA 5IGNA 4Q0NA 4MR6A 5ETBA 5HJCA 5LKUA 5DW2A 4C67A 4UIZA 4IORA 5A5RA 4NR7A 5FG4A 4QR4A 4YC9A 5L99A 5HLSA 4XY9A 5CQ6A 3QZTA 3GG3A 5E9VA 2GRCA 5LVQA 4KV1A 4MR4A 5A7CA 5CS8A 4UIUA 3MB4A 4LYWA 3AQAA 5CQ5A 5EP7A 4PKLA 4TT4A 4QEWA 4NRBA 4NUDA 5EPBA 4YYKA 4CUSA 5F25A 4HXOA 4AKIA 4QB3A 4UYGA 5E3DA 4O70A 5IIDA 2R10A 1ZKRA 4O72A 4UIXA 3QZSA 5FE5A 4TT6A 5EISA 4N4GA 4PCIA 2WP1A 4QSTA 4YYGA 5D3PA 3Q2EA 4HBXA 5A82A 4AKGA 3JVMA 5I83A 5D3TA 5BT3A 5DKHA 2YYNA 5L97A 5A5PA 2OSSA 4NYXA 3U5PA 4RVRA 4O78A 4NRAA 4QZSA 3IU6A 2I7KA 5DFDA 4MEOA 5H1VA 4LRGA 2FSAA 3HMEA 5D3LA 5ENBA 4GPJA 5FFVA 4KV4A 4OGIA 5JI8A 2R0SA 4OUFA 4YK0A 5A5NA 5HRXA 5IGKA 2G4AA 2DKWA 2L84A 2LSPB 4TU4A 5FE4A 4ALGA 5AMEA 5CUDA 3LJWA 4LR6A 2YEKA 2RO1A 4Z1SA 5EWVA 4PTBA 4WHUA 5ENIA 3D1DA 5E73A 5F63A 5AD3A 4F3IA 4QUUA 5L96A 4QC3A 5CP5A 5EWCA 4HXRA 2D82A 5CGPA 5LJ2A 4CUQA 5KO4A 5I80A 5FG5A 1WUGA 5AMFA 3UVXA 2DVQA 4ZC9A 5KHMA 5CU8A 4UYHA 4YH4A 3O35A 4UYFA 3I3JA 4WIVA 4IR6A 5AD2A 4QY4A 2DVSA 4O75A 5L8UA 5K29A 5BT4A 3G0LA 5HFRA 4YY4A 4MR3A 3ONIA 5EWHA 5D3NA 4HXKA 4WHWA 3SVGA 2MJVB 5E74A 4TYLA 3UV4A 3VKHA 4UYDA 5ACYA 3U5OA 4HXSA 4NRCA 2KTBB 5ENFA 4QEUA 5EI4A 4O7AA 5TCMA 4YYJA 5FDZA 3IU5A 4XUBA 2E7OA 5II1A 4J0SA 5CQ8A 5D25A 4QR5A 5F62A 4QR3A 5CQ3A 3JVJA 1JSPB 4TZ2A 4QBMA 5EWDA 5KTUA 4NR4A 4Z6HA 4QSSA 4A9NA 4CFKA 5TB6A 5G4SA 5EWWA 5E0RA 3SVFA 4CUTA 2NXBA 4QC1A 3U5NA 2L5EA 1N72A 5DBMA 5FH8A 5CZGA 4J0RA 4MR5A 4TZ8A 5CQ7A 4NS5A 5ENCA 2R0VA 5D3RA 5G4RA 4ALHA 1JM4B 4J3IA 4QUTA 5J0DA 5HEMA 4A9JA 3O34A 3P5OA 4QYLA 4UIWA 4YYMA 5CQAA 4E96A 4XY8A 2E3KA 4YYNA 3U5LA 4XUAA 5F2PA 3UVDA 5EA1A 4NR9A 4LC2A 2YW5A 5I88A 4PCEA 5FFYA 5C89A 4CLBA 5EV9A 4OGJA 3DAIA 4NYWA 3U5JA 4IR4A 2L85A 4TU6A 5ENGA 4QSVA 5ENJA 1E6IA 5FE8A 5IGLA 5EGUA 4BHWA 3G0JA 4BW2A 5EICA 3S92A 2DVRA 3UVYA 5LJ1A 3MULA 3S91A 4YYDA 4LYSA 5LUUA 3UW9A 4LZ2A
chains in the Genus database with same CATH topology
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