5DYUA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with fragment f39
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dyuA00
1WUGA 4O75A 4NR5A 4TS8A 5H1TA 5CQ8A 5TB6A 4NYVA 4OUFA 4TT4A 5FE4A 2DWWA 5FE3A 5CZGA 5LKZA 4J0RA 4WHWA 4UIXA 5IBNA 2RS9B 4LYIA 3DWYA 5CTLA 3UV4A 4O7FA 4QUTA 3Q2EA 5KU3A 5EWCA 4CUTA 5DFDA 4IR3A 4HXMA 5DYCA 5CUBA 5E9VA 4CFLA 5L8TA 3JVLA 5I1QA 4OGIA 5DLXA 4IORA 4NRAA 5HJCA 1WUMA 5CUDA 4Q0NA 3TLPA 5FE8A 4LYWA 4A9EA 4N4IA 2WP2A 5EISA 2DVSA 4QSXA 4O71A 3UVDA 5EK9A 3DAIA 4A9FA 4XY9A 5EPSA 3U5MA 4HXOA 4QSSA 5AMEA 3P5OA 3SVHA 5CUGA 5I40A 4TTEA 5D0CA 5CFWA 3AADA 4PKLA 5A81A 5A5RA 2RI7A 5FH8A 3Q2FA 5EWWA 3QZSA 4A9OA 3IU5A 5EU1A 3P1DA 4O72A 4MR3A 5D3RA 4YYIA 2YEKA 4NUDA 4QR5A 5CP5A 3GG3A 4Z1SA 5DKHA 4YABA 4YYKA 5I80A 5EPBA 4Q0OA 4HXSA 5L99A 3MULA 5TCMA 5I7XA 3G0LA 5BT4A 5AD2A 5LUUA 4CUQA 5BT5A 2DVRA 4LR6A 2YEMA 5FE2A 2R10A 3MXFA 4N4GA 4NYXA 2OUOA 4AKNA 5K29A 4ALHA 5E7DA 5CQ5A 5KHMA 5I7YA 5IG6A 4CFKA 5CS8A 4UYFA 5DW1A 5C4QA 3QZTA 4UYFB 5EM3A 5AMFA 5I29A 4A9MA 4TT2A 4YAXA 4YY4A 5HQ5A 4NR9A 4YYGA 5DYXA 4QSUA 4A9NA 4QNSA 5ENJA 4MR6A 4UYEA 4TU6A 4YYMA 3U5PA 5AD3A 4N4HA 4HBXA 2YDWA 3UV2A 3U5JA 4QEWA 5D7XA 4O7CA 5LVRA 5EP7A 5FBXA 3S92A 3S91A 4HXKA 4UYDA 5KTUA 4KV1A 5ENGA 4Z93A 5E9KA 4YBMA 5D24A 5F25A 4HXNA 4CUPA 1E6IA 4IR6A 3MB3A 5LJ0A 3O37A 5FH7A 5HFQA 4HXRA 5DX4A 4HBWA 2RFJA 5A82A 5JWMA 4ALGA 5E9LA 3IU6A 4A9KA 5LJ1A 4HXLA 4YYDA 4RVRA 1JSPB 4A9IA 5CRZA 1N72A 4FLPA 4QSRA 4QSVA 5DFBA 4LRGA 4KCXA 5I86A 4YYNA 4N4FA 4LC2A 1EQFA 5LVQA 4N3WA 4BJXA 4KV4A 4A9LA 5D3SA 5CUCA 5HENA 5KTXA 3HMEA 4E96A 3JVJA 4LYSA 3UW9A 4MEOA 4A9JA 4O77A 3LXJA 3I3JA 4WHUA 5HELA 5KO4A 1ZS5A 5FE5A 5DKCA 3U5LA 2RNYA 3LJWA 4O78A 3AQAA 5A5QA 4BW2A 2YELA 2I7KA 5ENEA 5JI8A 4O76A 4NYWA 5BT3A 4BW1A 5G4RA 5FB1A 4BHWA 3RCWA 4QC1A 2RO1A 4A9HA 4TYLA 5FB0A 5CQTA 5D3NA 4ZW1A 5IGLA 5E74A 5CUEA 2KTBB 3SVFA 4IR5A 5CQ4A 4UIYA 4UYGA 4QEUA 3LQHA 4PCEA 4QR4A 4PY6A 4MR5A 4QY4A 4TQNA 5F1LA 4TZ8A 5DBMA 3U5NA 4CUSA 5CQ3A 5HEMA 5F60A 3LQIA 4QC3A 5E9YA 2L85A 4C66A 4YYHA 5II1A 4LZ2A 5ENBA 3P1CA 4MR4A 4NRBA 5ETDA 5C7NA 5E9MA 4O7BA 4QBMA 4NR6A 5F36A 5FE6A 5EQ1A 4YY6A 3D7CA 4WIVA 5FH6A 5COIA 5HRVA 2D82A 2E7NA 4QR3A 5DW2A 4NUEA 4O74A 5CPEA 5HFRA 3O33A 5FFYA 5F2PA 5FE9A 5II2A 4NRCA 4TU4A 5F61A 2E7OA 5CQ7A 4YBSA 4XUBA 4IOQA 4UIVA 5ENFA 5E0RA 2I8NA 2R0SA 5EPRA 4X2IA 4LDFA 2LSPB 4UIUA 5HCLA 5D25A 5H1VA 2YQDA 4O70A 4QSTA 2DVVA 4YATA 5HQ6A 5IIDA 5CU8A 5ENHA 5F3AA 4HXPA 2DVQA 3P1EA 3ZYUA 3NXBA 4Z6IA 5DYAA 2N9GA 4UITA 5D3TA 5KTWA 3MQMA 2F6JA 5LKXA 4YC9A 4PS5A 4J0SA 2OO1A 4UIZA 4MEQA 5ENIA 5E3GA 4NS5A 4YBTA 4ZQLA 3O34A 3FKMX 4NQNA 4XY8A 5EWDA 4PCIA 4QEVA 5E73A 5A83A 3JVMA 1X0JA 5L98A 4NR8A 5DKDA 5FG5A 3UV5A 3UVYA 2YW5A 2R0YA 5CQ6A 3MUKA 4QYLA 4J1PA 4J3IA 4LZRA 4YK0A 4XYAA 4UIWA 5FDZA 5HQ7A 4TT6A 1F68A 4GPJA 4O7EA 5F63A 4Z1QA 4XUAA 5EGUA 5C8GA 5EICA 4BW3A 5L97A 3UVWA 5CRMA 5ACYA 4QSQA 5EV9A 3G0JA 5I88A 2RNXA 5ENCA 3SVGA 4IR4A 3JVKA 3LQJA 5A7CA 3HMHA 3K2JA 5E9IA 4HBVA 2R0VA 5L96A 5FG6A 5HLSA 5A85A 4HBYA 5D26A 5H85A 4IOOA 4NQMA 5D3LA 3MB4A 5LKUA 5CUAA 5C85A 4F3IA 4Y03A 5CY9A 2WP1A 4QYDA 5D3PA 5ETBA 5DYUA 5C89A 2GRCA 4NR7A 4MEPA 3P1FA 4ZC9A 4Z6HA 5A5NA 2OSSA 5HM0A 5F5ZA 5FG4A 4CURA 5A5SA 2F6NA 3U5KA 5DY7A 4QUUA 4UYHA 4C67A 5C87A 4CLBA 4CL9A 3HMFA 4O7AA 2MJVB 2FSAA 5J0DA 2H60A 4PTBA 5HRWA 5IGNA 5EI4A 4NR4A 4MENA 5I89A 2RNWA 5D3JA 5EVAA 2DKWA 2NXBA 5CQAA 5FFVA 5G4SA 5H1UA 5HRXA 1JM4B 4CUUA 4YADA 4BW4A 4TZ2A 5FE1A 4YYJA 3O35A 5L8UA 5I83A 5LJ2A 5EWHA 5IGMA 4YH4A 2DATA 5IGKA 5D3HA 5CGPA 5A5PA 2E3KA 5F1HA 5F62A 2YYNA 4DONA 3O36A 5A5OA 4NXJA 4QB3A 3U5OA 5LKTA 5FE0A 4QSPA 4QSWA 4OGJA 4YH3A 5EA1A 2L5EA 5DFCA 3UVXA 2D9EA 2G4AA 4LZSA 2L84A 5FFWA 5E3DA 5FE7A 5EWVA 3ONIA 3QZVA 4QZSA 4NUCA 5DLZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WUGA 4O75A 4NR5A 4TS8A 5H1TA 5CQ8A 5TB6A 4NYVA 4OUFA 4TT4A 5FE4A 2DWWA 5FE3A 5CZGA 5LKZA 4J0RA 4WHWA 4UIXA 5IBNA 2RS9B 4LYIA 3DWYA 5CTLA 3UV4A 4O7FA 4QUTA 3Q2EA 5KU3A 5EWCA 4CUTA 5DFDA 4IR3A 4HXMA 5DYCA 5CUBA 5E9VA 4CFLA 5L8TA 3JVLA 5I1QA 4OGIA 5DLXA 3ERRA 4IORA 4NRAA 5HJCA 1WUMA 5CUDA 4Q0NA 3TLPA 5FE8A 4LYWA 4A9EA 4N4IA 2WP2A 5EISA 2DVSA 4QSXA 4O71A 3UVDA 5EK9A 3DAIA 4A9FA 4XY9A 5EPSA 3U5MA 4HXOA 4QSSA 5AMEA 3P5OA 3SVHA 4AKIA 5CUGA 5I40A 4TTEA 5D0CA 5CFWA 3AADA 4PKLA 5A81A 5A5RA 2RI7A 5FH8A 3Q2FA 5EWWA 3QZSA 4A9OA 3IU5A 5EU1A 3P1DA 4O72A 4MR3A 5D3RA 4YYIA 2YEKA 4NUDA 4QR5A 5CP5A 3GG3A 4Z1SA 5DKHA 4YABA 4YYKA 5I80A 5EPBA 4Q0OA 4HXSA 5L99A 3MULA 5TCMA 5I7XA 3G0LA 5BT4A 5AD2A 5LUUA 4CUQA 5BT5A 2DVRA 4LR6A 2YEMA 5FE2A 2R10A 3MXFA 4N4GA 4NYXA 2OUOA 4AKNA 5K29A 4ALHA 5E7DA 5CQ5A 5KHMA 5I7YA 5IG6A 4CFKA 5CS8A 4UYFA 5DW1A 5C4QA 3QZTA 4UYFB 5EM3A 5AMFA 5I29A 4A9MA 4TT2A 4YAXA 4YY4A 5HQ5A 4NR9A 4YYGA 5DYXA 4QSUA 4A9NA 4QNSA 5ENJA 4MR6A 4UYEA 4TU6A 4YYMA 3U5PA 5AD3A 4N4HA 4HBXA 2YDWA 3UV2A 3U5JA 3VKHA 4QEWA 5D7XA 4O7CA 5LVRA 5EP7A 5FBXA 3S92A 3S91A 4HXKA 4UYDA 5KTUA 4KV1A 5ENGA 4Z93A 5E9KA 4YBMA 5D24A 5F25A 4HXNA 4CUPA 1E6IA 4IR6A 3MB3A 5LJ0A 3O37A 5FH7A 5HFQA 4HXRA 5DX4A 4HBWA 2RFJA 5A82A 5JWMA 4ALGA 2EJNA 5E9LA 3IU6A 4A9KA 5LJ1A 4HXLA 4YYDA 4RVRA 1JSPB 4A9IA 5CRZA 1N72A 4FLPA 4QSRA 4AKHA 4QSVA 5DFBA 4LRGA 4KCXA 5I86A 4YYNA 4N4FA 4LC2A 1EQFA 5LVQA 4N3WA 4BJXA 4KV4A 4A9LA 5D3SA 5CUCA 5HENA 5KTXA 3HMEA 4E96A 3JVJA 4LYSA 3UW9A 4MEOA 4A9JA 4O77A 3LXJA 3I3JA 4WHUA 5HELA 5KO4A 1ZS5A 5FE5A 4AKGA 5DKCA 3U5LA 2RNYA 3LJWA 4O78A 3AQAA 5A5QA 4BW2A 2YELA 2I7KA 5ENEA 5JI8A 4O76A 4NYWA 5BT3A 4BW1A 5G4RA 5FB1A 4BHWA 3RCWA 4QC1A 2RO1A 4A9HA 4TYLA 5FB0A 5CQTA 5D3NA 4ZW1A 5IGLA 5E74A 5CUEA 2KTBB 3SVFA 4IR5A 5CQ4A 4UIYA 4UYGA 4QEUA 3LQHA 4PCEA 4QR4A 4PY6A 4MR5A 4QY4A 4TQNA 5F1LA 4TZ8A 5DBMA 3U5NA 4CUSA 5CQ3A 5HEMA 5F60A 3LQIA 4QC3A 5E9YA 2L85A 4C66A 4YYHA 5II1A 4LZ2A 5ENBA 3P1CA 4MR4A 4NRBA 5ETDA 5C7NA 5E9MA 4O7BA 4QBMA 4NR6A 5F36A 5FE6A 5EQ1A 4YY6A 3D7CA 4WIVA 5FH6A 5COIA 5HRVA 2D82A 2E7NA 4QR3A 5DW2A 4NUEA 4O74A 5CPEA 5HFRA 3O33A 5FFYA 5F2PA 5FE9A 5II2A 4NRCA 4TU4A 5F61A 2E7OA 5CQ7A 4YBSA 4XUBA 4IOQA 4UIVA 5ENFA 5E0RA 2I8NA 2R0SA 5EPRA 4X2IA 4LDFA 2LSPB 4UIUA 5HCLA 5D25A 5H1VA 2YQDA 4O70A 4QSTA 2DVVA 4YATA 5HQ6A 5IIDA 5CU8A 5ENHA 5F3AA 4HXPA 2DVQA 3P1EA 3ZYUA 3NXBA 4Z6IA 5DYAA 2N9GA 4UITA 5D3TA 5KTWA 3MQMA 2F6JA 5LKXA 4YC9A 4PS5A 4J0SA 2OO1A 4UIZA 4MEQA 5ENIA 5E3GA 4NS5A 4YBTA 4ZQLA 3O34A 3FKMX 4NQNA 4XY8A 5EWDA 4PCIA 4QEVA 5E73A 5A83A 3JVMA 1X0JA 5L98A 4NR8A 5DKDA 5FG5A 3UV5A 1ZKRA 3UVYA 2YW5A 2R0YA 5CQ6A 3MUKA 4QYLA 4J1PA 4J3IA 4LZRA 4YK0A 4XYAA 4UIWA 5FDZA 5HQ7A 4TT6A 1F68A 4GPJA 4O7EA 5F63A 4Z1QA 4XUAA 5EGUA 5C8GA 5EICA 4BW3A 5L97A 3UVWA 5CRMA 5ACYA 4QSQA 5EV9A 3G0JA 5I88A 2RNXA 5ENCA 3SVGA 4IR4A 3JVKA 3LQJA 5A7CA 3HMHA 3K2JA 5E9IA 4HBVA 2R0VA 5L96A 5FG6A 5HLSA 5A85A 4HBYA 5D26A 5H85A 4IOOA 4NQMA 4AI6A 5D3LA 3MB4A 5LKUA 5CUAA 5C85A 3D1DA 4F3IA 4Y03A 5CY9A 2WP1A 4QYDA 5D3PA 5ETBA 5DYUA 5C89A 2GRCA 4NR7A 4MEPA 3P1FA 4ZC9A 4Z6HA 5A5NA 2OSSA 5HM0A 5F5ZA 5FG4A 4CURA 5A5SA 2F6NA 3U5KA 5DY7A 4QUUA 4UYHA 4C67A 5C87A 4CLBA 4CL9A 3HMFA 4O7AA 2MJVB 2FSAA 5J0DA 2H60A 4PTBA 5HRWA 5IGNA 5EI4A 4NR4A 4MENA 5I89A 2RNWA 5D3JA 5EVAA 2DKWA 2NXBA 5CQAA 5FFVA 5G4SA 5H1UA 5HRXA 1JM4B 4CUUA 4YADA 4BW4A 4TZ2A 5FE1A 4YYJA 3O35A 5L8UA 5I83A 5LJ2A 1PUOA 5EWHA 5IGMA 4YH4A 2DATA 5IGKA 5D3HA 5CGPA 5A5PA 2E3KA 5F1HA 5F62A 2YYNA 4DONA 3O36A 5A5OA 4NXJA 4QB3A 3U5OA 5LKTA 5FE0A 4QSPA 3D1BA 4QSWA 4OGJA 4YH3A 5EA1A 2L5EA 5DFCA 3UVXA 2D9EA 3VKGA 2G4AA 4LZSA 2L84A 5FFWA 5E3DA 5FE7A 5EWVA 3ONIA 3QZVA 4QZSA 4NUCA 5DLZA
chains in the Genus database with same CATH topology
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