5EQ1A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed12
Total Genus 39

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peregrin
total genus 39
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5eq1A00
3MB3A 4YATA 4YYMA 5E9MA 5FE5A 5EWVA 3MB4A 4QSTA 4NR8A 4N3WA 4WHUA 5CP5A 4YAXA 5EPSA 3UVYA 3O33A 5A5PA 4MEOA 3NXBA 4O7BA 4QYDA 5E9VA 5ACYA 2DVRA 4CUUA 5EICA 4BHWA 4Z1SA 5FE0A 5J0DA 3MULA 4YYIA 4QEWA 4UIUA 5H85A 5D3SA 2L85A 4YBSA 5CZGA 3G0JA 4UIWA 4O78A 4CUTA 4TQNA 5FG4A 4XUAA 2YEKA 4QEUA 4YBTA 4UITA 4NXJA 5LJ1A 5D3RA 5D7XA 5D0CA 4UYFB 3LQJA 4C67A 5F5ZA 5CQ7A 5FE6A 4CUPA 4F3IA 2RNWA 5A5OA 2DKWA 5ENIA 4A9IA 2DWWA 4MEQA 4QSPA 4QSVA 4Z6HA 4NR9A 5C87A 4O75A 5HELA 4CUQA 4A9LA 5IGKA 3LQHA 5DFDA 5E0RA 5FDZA 4YYHA 3UVWA 4YYKA 5LKXA 4Q0OA 2RNYA 3JVJA 5KTUA 4NR7A 4O74A 4UIVA 4UYDA 4XYAA 2E7OA 5LVRA 2MJVB 5FFYA 3P1FA 5DYAA 5IGLA 4LZ2A 4QYLA 5I1QA 5EI4A 3O36A 5BT4A 2KTBB 2WP1A 5I7YA 5BT3A 4NYVA 5KO4A 5CS8A 4FLPA 4IOOA 5C89A 4YY4A 4LR6A 5DKCA 4HXRA 4TTEA 1E6IA 3SVGA 4BW1A 5HRVA 4PKLA 5I80A 3P1DA 3U5MA 5E7DA 5HRWA 5D3JA 4YC9A 5JI8A 5LJ2A 2RI7A 4UYFA 5DYXA 3SVFA 4HXLA 3FKMX 5JWMA 2OUOA 5CQ6A 5LUUA 5DFBA 5I89A 2YQDA 4CFKA 4HBVA 5ENFA 5H1TA 5I83A 5L97A 5LKTA 4KCXA 4N4FA 2NXBA 5C85A 4O76A 5EM3A 5EPRA 4NRCA 4HXPA 4HBWA 3UVXA 4PCIA 4N4IA 5DLXA 4IORA 5FFWA 4GPJA 4NYWA 5CUDA 5EISA 3U5KA 4A9HA 2F6JA 2DVVA 4PY6A 3Q2EA 4Z6IA 5E9YA 5IGNA 4Q0NA 5CQAA 5FBXA 4QUUA 4MR3A 5ENHA 2DVQA 4O71A 5E3DA 4YY6A 4YH3A 5DX4A 5HQ6A 3IU6A 5KTXA 5I88A 4QR3A 4IR3A 4NQNA 5FE7A 1N72A 5EWDA 2RNXA 4O70A 5CRZA 5L8UA 4QR4A 4PTBA 5L98A 5F1HA 4N4HA 4OGIA 4Z93A 4NR6A 2E7NA 4LZRA 4QNSA 4J0RA 4PS5A 4NUCA 4YADA 5DLZA 4QC3A 2LSPB 5DW2A 5F63A 2YEMA 4NR5A 5I7XA 3U5LA 5C4QA 2YYNA 5A5NA 3U5NA 5E9KA 3HMFA 5AMEA 3JVLA 2YW5A 4IR4A 5FG6A 5I86A 2R10A 4CFLA 4QSRA 5FB1A 5K29A 3P1CA 5C8GA 5IIDA 5FB0A 4CUSA 2DVSA 4QSQA 5F36A 3MXFA 5CUGA 5AD3A 2WP2A 4TYLA 5ENCA 1F68A 5CUBA 5EWHA 5LKUA 4HXNA 1JSPB 3ZYUA 4A9EA 4XY9A 3S91A 4QSSA 4ALHA 4TU6A 5D26A 3IU5A 5FH8A 2DATA 3P5OA 4C66A 5HQ5A 1ZS5A 5ENEA 3QZSA 4HXSA 5CU8A 2OO1A 4O7AA 3ONIA 4A9OA 3K2JA 5I40A 4YABA 4NS5A 4YK0A 4CL9A 3DAIA 5LJ0A 5KTWA 4NRAA 5EQ1A 5L96A 5EK9A 5FE8A 5FH7A 5E9LA 5DY7A 5CUCA 5CTLA 5HLSA 5F1LA 4X2IA 5II2A 5EWCA 2N9GA 1JM4B 4NUDA 5ETDA 4A9NA 3Q2FA 5HFQA 4QSUA 4UYHA 2I7KA 2D9EA 4QSXA 4LZSA 4HBYA 4IR5A 5CQ4A 5G4RA 5D3HA 4LRGA 3UV5A 2FSAA 4MR5A 4DONA 4YYDA 5A83A 4O7EA 4KV1A 5CQ5A 5CUEA 5IG6A 4BW3A 5CY9A 5FE4A 4HXOA 5D3LA 5AD2A 4YH4A 4NR4A 4XY8A 2R0VA 5F25A 5CFWA 5ETBA 3AQAA 5A82A 5D3NA 2RFJA 5LKZA 5HFRA 5E73A 5COIA 5CUAA 5EA1A 5CRMA 5HQ7A 4TS8A 4MR4A 5H1UA 4CLBA 3MQMA 2I8NA 5F3AA 4TU4A 4XUBA 4UIYA 5DW1A 5D24A 4YYNA 5CQTA 3P1EA 5HCLA 5DKHA 4YYGA 5EV9A 3JVMA 4TT6A 4A9KA 4HXKA 5LVQA 4QY4A 4QR5A 5ENJA 5EWWA 5EGUA 5FE9A 3O35A 4IR6A 5FE3A 4LYWA 3AADA 3LQIA 5IBNA 3LXJA 2F6NA 4A9MA 4MEPA 4OGJA 4QBMA 3O37A 5EU1A 2G4AA 5HRXA 5E3GA 4UYEA 3JVKA 5EP7A 5A81A 3QZVA 4O7CA 4OUFA 4O77A 4NRBA 4O7FA 3S92A 3TLPA 4QZSA 4A9FA 3HMHA 4E96A 5CQ3A 5HJCA 5G4SA 5I29A 3SVHA 4LDFA 4QSWA 4MENA 5D25A 5II1A 4QUTA 4Y03A 5A5SA 5H1VA 3GG3A 5FG5A 5D3PA 4UIXA 5ENBA 4BW4A 5EVAA 4N4GA 4QC1A 1WUGA 5DKDA 5AMFA 5FH6A 1EQFA 4J1PA 5ENGA 5L99A 4LYIA 3RCWA 4PCEA 3O34A 4CURA 2OSSA 5FE2A 2R0SA 4ZC9A 3UV2A 3U5JA 2YDWA 4ZW1A 4ZQLA 3UV4A 3U5OA 2H60A 4TT2A 5F61A 5HM0A 5IGMA 4IOQA 3U5PA 4QB3A 3MUKA 4LC2A 3HMEA 4BJXA 4HXMA 2R0YA 4Z1QA 5D3TA 2D82A 4NQMA 4NYXA 5CPEA 4ALGA 4YYJA 5KHMA 4NUEA 5F62A 4BW2A 5F60A 4A9JA 5F2PA 2RO1A 5HEMA 4QEVA 3I3JA 3LJWA 5E74A 3UW9A 5A7CA 4J0SA 5C7NA 3UVDA 4WIVA 4MR6A 5DYUA 5HENA 4KV4A 5TCMA 5TB6A 4J3IA 2E3KA 1WUMA 5DBMA 4UYGA 5EPBA 4HBXA 5L8TA 4RVRA 4WHWA 1X0JA 4O72A 5FE1A 4TT4A 4YBMA 3G0LA 5CQ8A 3DWYA 5DFCA 5A85A 4AKNA 2YELA 4TZ8A 3D7CA 4UIZA 4TZ2A 5KU3A 5CGPA 3QZTA 5A5RA 2L5EA 2RS9B 5BT5A 5E9IA 5FFVA 2GRCA 4LYSA 5DYCA 2L84A 5A5QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MB3A 4YATA 4YYMA 5E9MA 5FE5A 5EWVA 3MB4A 4QSTA 4NR8A 4N3WA 4WHUA 5CP5A 4YAXA 5EPSA 3UVYA 3O33A 5A5PA 4MEOA 3NXBA 4O7BA 4QYDA 5E9VA 5ACYA 3D1BA 2DVRA 4CUUA 5EICA 4BHWA 4Z1SA 5FE0A 5J0DA 3MULA 4YYIA 4QEWA 4UIUA 5H85A 5D3SA 2L85A 4YBSA 5CZGA 3G0JA 4UIWA 4O78A 4CUTA 4TQNA 5FG4A 4XUAA 2YEKA 4QEUA 4YBTA 4UITA 4NXJA 4AKIA 5LJ1A 5D3RA 5D7XA 5D0CA 4UYFB 3LQJA 4C67A 5F5ZA 3D1DA 5CQ7A 5FE6A 4CUPA 4F3IA 2RNWA 5A5OA 2DKWA 5ENIA 4A9IA 2DWWA 4MEQA 4QSPA 4QSVA 4Z6HA 4NR9A 5C87A 4O75A 5HELA 4CUQA 4A9LA 5IGKA 3LQHA 5DFDA 5E0RA 5FDZA 4YYHA 3UVWA 4YYKA 5LKXA 4Q0OA 2RNYA 3JVJA 5KTUA 4NR7A 4O74A 4UIVA 4UYDA 4XYAA 2E7OA 5LVRA 2MJVB 5FFYA 3P1FA 5DYAA 5IGLA 4LZ2A 4QYLA 5I1QA 5EI4A 3O36A 5BT4A 2KTBB 2WP1A 5I7YA 5BT3A 4NYVA 5KO4A 5CS8A 4FLPA 4IOOA 5C89A 4YY4A 4LR6A 5DKCA 4HXRA 4TTEA 1E6IA 3SVGA 4BW1A 5HRVA 4PKLA 5I80A 3P1DA 3U5MA 5E7DA 5HRWA 5D3JA 4YC9A 5JI8A 5LJ2A 2RI7A 4UYFA 5DYXA 3SVFA 4HXLA 3FKMX 5JWMA 2OUOA 5CQ6A 5LUUA 5DFBA 5I89A 2YQDA 4CFKA 4HBVA 5ENFA 5H1TA 5I83A 5L97A 5LKTA 4KCXA 4N4FA 2NXBA 5C85A 4O76A 5EM3A 5EPRA 4NRCA 4HXPA 4HBWA 3UVXA 4PCIA 4N4IA 5DLXA 4IORA 5FFWA 4GPJA 4NYWA 5CUDA 5EISA 3U5KA 4A9HA 2F6JA 2DVVA 4PY6A 3Q2EA 4Z6IA 5E9YA 5IGNA 4Q0NA 5CQAA 5FBXA 4QUUA 4MR3A 5ENHA 2DVQA 4O71A 5E3DA 4YY6A 4YH3A 5DX4A 5HQ6A 3IU6A 5KTXA 5I88A 4QR3A 4IR3A 4NQNA 5FE7A 1N72A 5EWDA 2RNXA 4O70A 5CRZA 5L8UA 4QR4A 4PTBA 5L98A 5F1HA 4N4HA 4OGIA 4Z93A 4NR6A 2E7NA 4LZRA 4QNSA 4J0RA 4PS5A 4YADA 4NUCA 5DLZA 4QC3A 2LSPB 5DW2A 5F63A 2YEMA 4NR5A 5I7XA 3U5LA 5C4QA 2YYNA 5A5NA 3U5NA 5E9KA 3HMFA 5AMEA 3JVLA 2YW5A 4IR4A 5FG6A 5I86A 2R10A 4CFLA 4QSRA 5FB1A 5K29A 3P1CA 5C8GA 5IIDA 5FB0A 4CUSA 2DVSA 4QSQA 5F36A 3MXFA 5CUGA 5AD3A 2WP2A 4TYLA 5ENCA 1F68A 5CUBA 5EWHA 5LKUA 4HXNA 1JSPB 3ZYUA 4A9EA 4XY9A 3S91A 4QSSA 4ALHA 4TU6A 5D26A 3IU5A 5FH8A 2DATA 3P5OA 4C66A 5HQ5A 1ZS5A 5ENEA 3QZSA 4HXSA 5CU8A 2OO1A 4O7AA 3ONIA 4A9OA 3K2JA 5I40A 4YABA 4NS5A 4YK0A 4CL9A 3DAIA 5LJ0A 5KTWA 4NRAA 5EQ1A 5L96A 5EK9A 5FE8A 5FH7A 5E9LA 5DY7A 5CUCA 5CTLA 5HLSA 5F1LA 4X2IA 5II2A 5EWCA 2N9GA 1JM4B 4NUDA 5ETDA 4A9NA 3Q2FA 5HFQA 4QSUA 4UYHA 2I7KA 2D9EA 4QSXA 4LZSA 4HBYA 4IR5A 5CQ4A 5G4RA 5D3HA 4LRGA 3UV5A 2FSAA 4MR5A 4DONA 4YYDA 5A83A 4O7EA 4KV1A 5CQ5A 5CUEA 5IG6A 4BW3A 5CY9A 5FE4A 4HXOA 5D3LA 5AD2A 4YH4A 4NR4A 4XY8A 2R0VA 5F25A 5CFWA 5ETBA 3AQAA 5A82A 5D3NA 2RFJA 5LKZA 5HFRA 5E73A 5COIA 5CUAA 5EA1A 5CRMA 5HQ7A 4TS8A 4MR4A 5H1UA 4CLBA 3MQMA 2I8NA 5F3AA 4TU4A 4XUBA 3VKGA 4UIYA 5DW1A 5D24A 4YYNA 5CQTA 3P1EA 5HCLA 5DKHA 4YYGA 5EV9A 3JVMA 4TT6A 4A9KA 4HXKA 5LVQA 1PUOA 4QY4A 4QR5A 5ENJA 5EWWA 5EGUA 5FE9A 3O35A 4IR6A 5FE3A 4LYWA 3AADA 3LQIA 5IBNA 3LXJA 2F6NA 4A9MA 4MEPA 4OGJA 4QBMA 3O37A 5EU1A 2G4AA 5HRXA 5E3GA 4UYEA 3JVKA 5EP7A 5A81A 3QZVA 4O7CA 4OUFA 4O77A 4NRBA 4O7FA 3S92A 3TLPA 4QZSA 4A9FA 3HMHA 4E96A 5CQ3A 5HJCA 5G4SA 5I29A 3SVHA 4LDFA 4QSWA 4MENA 5D25A 5II1A 4QUTA 4Y03A 5A5SA 5H1VA 3GG3A 5FG5A 5D3PA 4UIXA 5ENBA 4BW4A 5EVAA 4N4GA 4QC1A 1WUGA 5DKDA 5AMFA 5FH6A 1EQFA 4J1PA 5ENGA 5L99A 5A5QA 4AKGA 4LYIA 3RCWA 4PCEA 3O34A 4CURA 2OSSA 5FE2A 4AKHA 2R0SA 4ZC9A 3UV2A 3U5JA 2YDWA 4ZW1A 4ZQLA 3UV4A 3U5OA 2H60A 4TT2A 5F61A 5HM0A 5IGMA 4IOQA 3U5PA 4QB3A 3MUKA 4LC2A 3HMEA 4BJXA 4HXMA 2R0YA 4Z1QA 5D3TA 2D82A 4NQMA 4NYXA 5CPEA 4ALGA 4YYJA 5KHMA 4NUEA 5F62A 4BW2A 5F60A 4A9JA 5F2PA 2RO1A 5HEMA 4QEVA 3I3JA 3LJWA 5E74A 3UW9A 5A7CA 4J0SA 5C7NA 3UVDA 4WIVA 4MR6A 5DYUA 5HENA 4KV4A 5TCMA 4AI6A 5TB6A 4J3IA 1ZKRA 2E3KA 1WUMA 2EJNA 5DBMA 4UYGA 5EPBA 4HBXA 5L8TA 4RVRA 4WHWA 1X0JA 4O72A 5FE1A 4TT4A 4YBMA 3G0LA 5CQ8A 3DWYA 5DFCA 5A85A 4AKNA 2YELA 4TZ8A 3VKHA 3D7CA 4UIZA 4TZ2A 5KU3A 5CGPA 3QZTA 5A5RA 2L5EA 2RS9B 5BT5A 5E9IA 5FFVA 2GRCA 4LYSA 5DYCA 2L84A 3ERRA
chains in the Genus database with same CATH topology
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