5EWW | Genus

Total Genus 41

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	41
sequence length	113
structure length	113
Chain Sequence	EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__794633158816014__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__794633158816014__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5eww/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__794633158816014__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"794633158816014","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5eww/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__794633158816014__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Dna binding protein
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with SEED21 rcsb
molecule keywords	Peregrin
total genus	41
structure length	113
sequence length	113
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-11-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00439	Bromodomain	Bromodomain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.920.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Histone Acetyltransferase; Chain A	Bromodomain-like	5ewwA00

5A5QA 4QSWA 1JSPB 5E9IA 5HM0A 4PCIA 5LVQA 5FE2A 5CPEA 4WHWA 4CUSA 4C67A 3Q2EA 5CFWA 4A9JA 1E6IA 5ENJA 4UIZA 2F6JA 5DYAA 4HXOA 4YBTA 5L8UA 5EICA 5CQ7A 5I40A 4O7BA 4QEWA 4ZC9A 5LKXA 4MR5A 4MENA 5FDZA 4F3IA 2YELA 4QSPA 5D3SA 4Z1QA 3P1DA 3K2JA 4LDFA 5I89A 5DFBA 4O77A 3RCWA 3SVGA 3LQJA 4HBYA 4FLPA 4HBVA 4WHUA 4LYSA 5DKCA 5LKZA 3LQIA 2I8NA 2YDWA 3P5OA 2FSAA 2DVQA 4YYHA 5EA1A 4KCXA 4LYIA 5LUUA 5F1LA 4YY4A 4TS8A 3TLPA 5F36A 1WUMA 4YYKA 5EU1A 2E3KA 5FE6A 4UYEA 4UYHA 4NYWA 5DYUA 4YY6A 5F1HA 5DLXA 5H1UA 5L97A 4O70A 5CZGA 5HRVA 3MXFA 4YADA 5E3DA 2DKWA 2RNWA 4NXJA 2LSPB 4QR3A 3NXBA 4XYAA 4CUUA 5CQ8A 4NQNA 5F61A 5K29A 5L96A 4KV1A 3JVKA 4J3IA 5EPRA 4TU4A 2RNXA 4NS5A 4A9EA 4TZ2A 5FE4A 2L84A 2I7KA 4AKNA 2OO1A 5E9YA 4E96A 4A9IA 3U5JA 2R0VA 5E9VA 2NXBA 4QYLA 4HXMA 5DBMA 4CFKA 3JVLA 4IORA 4QR5A 4QYDA 3AADA 5HELA 5DLZA 5L8TA 5CUCA 4J1PA 4CUTA 5A5SA 4YATA 4QSQA 5ENBA 2RI7A 4CLBA 4UYFB 5C85A 2R0SA 4PCEA 3S91A 5FE5A 4QB3A 5DYCA 5EQ1A 3JVJA 5DW2A 4GPJA 5CQ5A 2E7OA 5FFYA 5IBNA 4UIUA 5FE3A 4TT2A 5CQ3A 5CQ6A 4QSTA 4J0SA 5AD3A 4C66A 5EV9A 4QNSA 5L98A 4TQNA 5ETDA 5I80A 4QC1A 2YW5A 5ENEA 5EWWA 2E7NA 3UVWA 4YH4A 4A9NA 2YYNA 4CFLA 4Q0OA 3MUKA 5I1QA 4RVRA 5C89A 4YAXA 5L99A 5HJCA 4YYIA 4OGIA 4UIWA 5F25A 5FB0A 5HCLA 5FG4A 2RO1A 4TT6A 5EPSA 5CUEA 3ONIA 5CUAA 4NUEA 5CS8A 3G0JA 4HXNA 5FH8A 3S92A 4HXRA 4HXSA 5EGUA 4IR3A 2WP1A 5I86A 4J0RA 4QSVA 5CGPA 3Q2FA 4CUPA 5CY9A 5EM3A 4TTEA 4HBXA 3U5KA 4BJXA 4O7EA 5LKUA 4PTBA 5DKDA 5AMFA 5D0CA 5F2PA 5FFVA 5EVAA 5A5PA 1JM4B 5CRZA 4OUFA 4MR6A 3LJWA 4TYLA 5TCMA 5FBXA 3U5NA 5TB6A 5FE1A 4CL9A 5LJ2A 4N4GA 4HXKA 3MULA 5LKTA 5DX4A 5ENHA 5F62A 4NQMA 5DW1A 5II1A 1X0JA 5H1TA 5I7YA 4Y03A 3O36A 5ACYA 5FH7A 4NR6A 5CP5A 4Z6IA 1N72A 4IR4A 4UIYA 3ZYUA 4HBWA 5HFQA 4LR6A 5CUGA 3UVXA 4O75A 5A82A 4WIVA 2D9EA 3MB4A 4IR6A 4DONA 5CRMA 5EISA 4QSUA 3UV5A 5BT5A 4NYXA 4YK0A 5FB1A 5CU8A 4NRBA 4Z93A 3P1FA 5D3NA 4PKLA 5D3RA 4NUCA 5HQ5A 3UVYA 4QR4A 2H60A 3FKMX 3IU5A 5HRWA 4UYFA 4UIXA 4HXLA 2DATA 3O34A 3P1EA 5HLSA 4MEOA 5DY7A 4XUAA 5FE0A 2MJVB 2GRCA 1F68A 5KU3A 4A9KA 2DVRA 4QBMA 5CUBA 3HMEA 4PS5A 4KV4A 4UYDA 4MEPA 5IGNA 5I88A 5ENGA 5AMEA 5ENFA 4YABA 3O37A 5D24A 4LC2A 5CQAA 4YYMA 5D3PA 5EK9A 4O7CA 4PY6A 4A9HA 4HXPA 1EQFA 3U5LA 4XUBA 5BT4A 2RFJA 5C8GA 4LRGA 2YEKA 4NYVA 2RNYA 5FG5A 4A9MA 5C7NA 4ZW1A 4O7FA 3QZTA 4YYGA 5CTLA 4YYJA 5E9LA 4YC9A 4OGJA 4Q0NA 3U5OA 2DWWA 4QZSA 4O78A 4NR5A 2DVSA 3IU6A 2WP2A 5A5NA 4N3WA 4QEUA 5E7DA 2KTBB 5CQTA 5F5ZA 3DAIA 5I7XA 5D3LA 4CUQA 5CUDA 5H1VA 5A83A 4NR8A 4Z1SA 5EWHA 5KTUA 2L85A 4BW3A 5DFCA 4QC3A 4QSRA 5DYXA 3SVFA 1WUGA 4MR3A 5E73A 5ETBA 4IR5A 5KHMA 4MR4A 4O7AA 4XY8A 5HQ6A 5FE9A 2R0YA 4BW1A 5JI8A 2L5EA 5F60A 5DFDA 5FH6A 5ENCA 5EWVA 5J0DA 4X2IA 4A9OA 2OSSA 3QZVA 3UV2A 3I3JA 4QUUA 3SVHA 2F6NA 3O35A 5BT3A 4O76A 5E9KA 4QUTA 5D3JA 5F63A 3UVDA 1ZS5A 4O74A 5HEMA 4XY9A 4ALGA 3MB3A 5EWDA 4NRAA 4ZQLA 4A9FA 4YYNA 5HENA 5EI4A 5FE7A 4NR7A 2R10A 4ALHA 5G4RA 5IGLA 5D3TA 4NRCA 4MEQA 4O72A 5HQ7A 5G4SA 3HMFA 3GG3A 5FG6A 4O71A 3P1CA 5I29A 5LJ0A 5E74A 4BHWA 5A5RA 4N4HA 4QEVA 3MQMA 4BW2A 5FE8A 5LJ1A 5E9MA 4LZSA 5KO4A 4IOQA 4LZRA 3G0LA 3AQAA 5II2A 5A85A 3UV4A 4YBMA 5HFRA 5C87A 5COIA 5KTXA 4N4IA 4QSXA 5HRXA 5ENIA 4Z6HA 3O33A 4N4FA 4LYWA 5EWCA 3U5MA 2OUOA 5E0RA 5A5OA 5F3AA 5D26A 4YYDA 4IOOA 5IG6A 3JVMA 4UIVA 5AD2A 3D7CA 3QZSA 4LZ2A 5KTWA 5E3GA 5JWMA 3U5PA 4CURA 2DVVA 3LXJA 4YBSA 5DKHA 4QY4A 4BW4A 4NR4A 5D7XA 5EP7A 5I83A 4QSSA 3LQHA 5FFWA 5IIDA 4TU6A 5D25A 5EPBA 2G4AA 4TZ8A 4NUDA 4TT4A 5A81A 3UW9A 4YH3A 5LVRA 2RS9B 4A9LA 4NR9A 4UITA 3DWYA 5IGMA 2YEMA 5D3HA 5CQ4A 5IGKA 4UYGA 2D82A 2YQDA 3HMHA 5C4QA 5A7CA 2N9GA 5H85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

5A5QA 4QSWA 1JSPB 1ZKRA 5E9IA 5HM0A 4PCIA 5LVQA 5FE2A 5CPEA 4WHWA 4CUSA 4C67A 3Q2EA 5CFWA 4A9JA 1E6IA 5ENJA 4UIZA 2F6JA 5DYAA 4HXOA 4YBTA 5L8UA 5EICA 5CQ7A 5I40A 4O7BA 4QEWA 4ZC9A 5LKXA 4MR5A 4MENA 5FDZA 4F3IA 2YELA 4QSPA 5D3SA 4Z1QA 3P1DA 3K2JA 4LDFA 5I89A 5DFBA 4O77A 3RCWA 3SVGA 3LQJA 4HBYA 4FLPA 4HBVA 4WHUA 4LYSA 5DKCA 5LKZA 3LQIA 2I8NA 2YDWA 3P5OA 2FSAA 2DVQA 4YYHA 5EA1A 4KCXA 4LYIA 5LUUA 5F1LA 4YY4A 4TS8A 3TLPA 5F36A 1WUMA 4YYKA 5EU1A 2E3KA 5FE6A 4UYEA 4UYHA 4NYWA 5DYUA 4YY6A 5F1HA 5DLXA 5H1UA 5L97A 4O70A 5CZGA 5HRVA 3MXFA 4YADA 5E3DA 2DKWA 2RNWA 4AKIA 4NXJA 2LSPB 4QR3A 3NXBA 4XYAA 4CUUA 5CQ8A 4NQNA 5F61A 5K29A 5L96A 4KV1A 3JVKA 4J3IA 5EPRA 4TU4A 2RNXA 4NS5A 4A9EA 4TZ2A 5FE4A 2L84A 2I7KA 4AKNA 2OO1A 5E9YA 4E96A 4A9IA 3U5JA 2R0VA 5E9VA 2NXBA 4QYLA 4HXMA 5DBMA 4CFKA 3JVLA 4IORA 4QR5A 4QYDA 3AADA 5HELA 5DLZA 3D1BA 3D1DA 5L8TA 5CUCA 4J1PA 4CUTA 5A5SA 4YATA 4QSQA 5ENBA 2RI7A 4CLBA 4UYFB 5C85A 2R0SA 4PCEA 3S91A 5FE5A 4QB3A 5DYCA 5EQ1A 3JVJA 5DW2A 4GPJA 5CQ5A 2E7OA 5FFYA 5IBNA 4UIUA 5FE3A 4TT2A 5CQ3A 5CQ6A 4QSTA 4J0SA 5AD3A 4C66A 5EV9A 4QNSA 5L98A 4TQNA 5ETDA 5I80A 4QC1A 2YW5A 5ENEA 5EWWA 2E7NA 3UVWA 4YH4A 4A9NA 2YYNA 4CFLA 4Q0OA 3MUKA 5I1QA 4RVRA 5C89A 4YAXA 5L99A 5HJCA 4YYIA 4OGIA 4UIWA 5F25A 5FB0A 5HCLA 5FG4A 2RO1A 4TT6A 5EPSA 5CUEA 3ONIA 5CUAA 4NUEA 5CS8A 3G0JA 4HXNA 5FH8A 3S92A 4HXRA 4HXSA 5EGUA 4IR3A 2WP1A 5I86A 4J0RA 4QSVA 5CGPA 3Q2FA 4CUPA 5CY9A 5EM3A 4TTEA 4HBXA 3U5KA 4BJXA 4O7EA 5LKUA 4PTBA 5DKDA 5AMFA 5D0CA 5F2PA 5FFVA 5EVAA 5A5PA 1JM4B 5CRZA 4OUFA 4MR6A 3LJWA 4TYLA 5TCMA 5FBXA 3U5NA 5TB6A 5FE1A 4CL9A 5LJ2A 4N4GA 4HXKA 3MULA 5LKTA 3VKHA 5DX4A 5ENHA 5F62A 4NQMA 5DW1A 5II1A 1X0JA 5H1TA 5I7YA 4Y03A 3O36A 5ACYA 5FH7A 4NR6A 5CP5A 4Z6IA 1N72A 4IR4A 4UIYA 3ZYUA 4HBWA 5HFQA 4LR6A 5CUGA 3UVXA 4O75A 5A82A 4WIVA 2D9EA 3MB4A 4IR6A 4DONA 5CRMA 5EISA 4QSUA 3UV5A 5BT5A 4NYXA 4YK0A 5FB1A 5CU8A 4NRBA 4Z93A 3P1FA 5D3NA 4PKLA 5D3RA 4NUCA 5HQ5A 3UVYA 4QR4A 2H60A 3FKMX 3IU5A 5HRWA 4UYFA 4UIXA 4HXLA 2DATA 3O34A 3P1EA 5HLSA 4MEOA 5DY7A 4XUAA 5FE0A 2MJVB 2GRCA 1F68A 5KU3A 4A9KA 2DVRA 4QBMA 5CUBA 3HMEA 4PS5A 4KV4A 4UYDA 4MEPA 5IGNA 5I88A 5ENGA 5AMEA 5ENFA 4YABA 3O37A 5D24A 4LC2A 5CQAA 4YYMA 5D3PA 5EK9A 4O7CA 4PY6A 4A9HA 4HXPA 1EQFA 3U5LA 4XUBA 5BT4A 2RFJA 5C8GA 4LRGA 2YEKA 4NYVA 2RNYA 5FG5A 4A9MA 5C7NA 4ZW1A 4O7FA 3QZTA 4YYGA 5CTLA 4YYJA 5E9LA 4YC9A 4OGJA 4Q0NA 3U5OA 2DWWA 4QZSA 4O78A 4NR5A 2DVSA 3IU6A 2WP2A 5A5NA 4N3WA 4QEUA 5E7DA 2KTBB 5CQTA 5F5ZA 3DAIA 5I7XA 5D3LA 4CUQA 5CUDA 5H1VA 5A83A 4NR8A 4Z1SA 5EWHA 5KTUA 2L85A 4BW3A 5DFCA 4QC3A 4QSRA 5DYXA 3SVFA 1WUGA 4MR3A 5E73A 5ETBA 4IR5A 5KHMA 4MR4A 4O7AA 4XY8A 5HQ6A 5FE9A 2R0YA 4BW1A 5JI8A 2L5EA 5F60A 5DFDA 5FH6A 5ENCA 5EWVA 5J0DA 4X2IA 4A9OA 2OSSA 3QZVA 3UV2A 3I3JA 4QUUA 3SVHA 2F6NA 3O35A 5BT3A 4O76A 5E9KA 4QUTA 5D3JA 5F63A 3UVDA 1ZS5A 4O74A 5HEMA 4XY9A 4ALGA 3MB3A 5EWDA 4NRAA 4ZQLA 3VKGA 4A9FA 4AKGA 4YYNA 5HENA 5EI4A 5FE7A 4NR7A 2R10A 4ALHA 5G4RA 5IGLA 5D3TA 4NRCA 4MEQA 4O72A 5HQ7A 5G4SA 3HMFA 3GG3A 5FG6A 4O71A 3P1CA 5I29A 1PUOA 5LJ0A 5E74A 4BHWA 5A5RA 4N4HA 4QEVA 3MQMA 4BW2A 5FE8A 5LJ1A 5E9MA 4LZSA 5KO4A 4IOQA 4LZRA 3G0LA 3AQAA 5II2A 5A85A 3UV4A 4YBMA 5HFRA 5C87A 5COIA 5KTXA 4N4IA 4QSXA 5HRXA 5ENIA 4Z6HA 3O33A 4N4FA 3ERRA 4LYWA 5EWCA 3U5MA 2OUOA 2EJNA 5E0RA 5A5OA 5F3AA 5D26A 4YYDA 4IOOA 5IG6A 3JVMA 4UIVA 5AD2A 3D7CA 3QZSA 4LZ2A 5KTWA 5E3GA 5JWMA 3U5PA 4CURA 2DVVA 3LXJA 4YBSA 5DKHA 4QY4A 4BW4A 4NR4A 5D7XA 5EP7A 5I83A 4QSSA 3LQHA 5FFWA 5IIDA 4TU6A 5D25A 4AKHA 5EPBA 2G4AA 4AI6A 4TZ8A 4NUDA 4TT4A 5A81A 3UW9A 4YH3A 5LVRA 2RS9B 4A9LA 4NR9A 4UITA 3DWYA 5IGMA 2YEMA 5D3HA 5CQ4A 5IGKA 4UYGA 2D82A 2YQDA 3HMHA 5C4QA 5A7CA 2N9GA 5H85A
chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A5Q A;  4QSW A;  1JSP B;  5E9I A;  5HM0 A;  4PCI A;  5LVQ A;  5FE2 A;  5CPE A;  4WHW A;  4CUS A;  4C67 A;  3Q2E A;  5CFW A;  4A9J A;  1E6I A;  5ENJ A;  4UIZ A;  2F6J A;  5DYA A;  4HXO A;  4YBT A;  5L8U A;  5EIC A;  5CQ7 A;  5I40 A;  4O7B A;  4QEW A;  4ZC9 A;  5LKX A;  4MR5 A;  4MEN A;  5FDZ A;  4F3I A;  2YEL A;  4QSP A;  5D3S A;  4Z1Q A;  3P1D A;  3K2J A;  4LDF A;  5I89 A;  5DFB A;  4O77 A;  3RCW A;  3SVG A;  3LQJ A;  4HBY A;  4FLP A;  4HBV A;  4WHU A;  4LYS A;  5DKC A;  5LKZ A;  3LQI A;  2I8N A;  2YDW A;  3P5O A;  2FSA A;  2DVQ A;  4YYH A;  5EA1 A;  4KCX A;  4LYI A;  5LUU A;  5F1L A;  4YY4 A;  4TS8 A;  3TLP A;  5F36 A;  1WUM A;  4YYK A;  5EU1 A;  2E3K A;  5FE6 A;  4UYE A;  4UYH A;  4NYW A;  5DYU A;  4YY6 A;  5F1H A;  5DLX A;  5H1U A;  5L97 A;  4O70 A;  5CZG A;  5HRV A;  3MXF A;  4YAD A;  5E3D A;  2DKW A;  2RNW A;  4NXJ A;  2LSP B;  4QR3 A;  3NXB A;  4XYA A;  4CUU A;  5CQ8 A;  4NQN A;  5F61 A;  5K29 A;  5L96 A;  4KV1 A;  3JVK A;  4J3I A;  5EPR A;  4TU4 A;  2RNX A;  4NS5 A;  4A9E A;  4TZ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5EWWA

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