5F25A

Crystal structure of the brd9 bromodomain in complex with compound 4.
Total Genus 41

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKERLLALKRSMS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (24-39)TI2 (43-46)AH2 (67-76)TI1 (40-43)TIV1 (50-53)TI3 (51-54)TVIII1 (52-55)3H1 (57-59)TII1 (54-57)TIV2 (61-64)AH3 (82-99)TI4 (101-104)EMPTYAH4 (105-121)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Structure-Based Design of an in Vivo Active Selective BRD9 Inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BRD9
total genus 41
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5f25A00
5EGUA 2LSPB 5E9KA 5G4RA 5C8GA 5CQ7A 3QZTA 2NXBA 4UYFA 5CUGA 5BT3A 4NYWA 5HEMA 5A5PA 2E7NA 5D3HA 5IGNA 3LQJA 5A5NA 2DKWA 4CUTA 3JVKA 5C85A 4YBSA 4YK0A 5L8TA 5FG6A 3I3JA 3P1DA 5F62A 4BW1A 5CUDA 5HRVA 4TQNA 5A5OA 5FE5A 5EI4A 5CUEA 4PCEA 4WHWA 5EWVA 5CRZA 4QNSA 5H1TA 5F36A 3U5LA 5D0CA 4QR3A 5FB0A 4YATA 5FE3A 4UIYA 4QBMA 5CP5A 2YYNA 4N4IA 5I7XA 5F5ZA 5E9IA 5F2PA 2YQDA 4QSUA 4Z6IA 4LC2A 5AD3A 5E9YA 4AKNA 3MB3A 5G4SA 3U5MA 2D9EA 5F60A 4HBWA 4A9LA 4YYNA 3NXBA 4WIVA 5I83A 5A81A 4QYLA 5CZGA 5LJ0A 4YBTA 5EK9A 3LXJA 5LVRA 5FDZA 5LKTA 5ENGA 5DFBA 4TYLA 4O72A 5HLSA 2N9GA 3JVJA 4J3IA 4Z6HA 4A9EA 3LQHA 4O71A 4QEWA 4A9IA 4HXMA 4UYEA 5DFDA 4YC9A 3IU6A 4DONA 4Z1QA 5D3SA 2L5EA 2E7OA 4A9HA 4A9JA 2R0VA 5TCMA 5D3TA 5I29A 5KTWA 5DBMA 4YADA 5H85A 4MR6A 5L97A 2F6NA 5CQAA 1ZS5A 4PS5A 4MR4A 4BW3A 5IGKA 5EM3A 4ALHA 4O74A 2L84A 5DKDA 3UVWA 5CPEA 5ACYA 3LQIA 2DWWA 5FFYA 2G4AA 5C7NA 2RO1A 5I1QA 2R0SA 3G0JA 4TT6A 5ENHA 4YY4A 2DVQA 5LVQA 5DYAA 5DY7A 5DX4A 5HFQA 5HQ5A 4LR6A 5L98A 4F3IA 4OUFA 2MJVB 4LZRA 4TU4A 5AMFA 5LKXA 4IR4A 2YELA 4LZSA 4NYVA 5FE9A 2OO1A 5A5SA 5CUCA 4NUDA 4O7CA 5BT5A 2KTBB 2WP2A 2RS9B 3UV4A 4N3WA 3P1EA 4XY8A 1EQFA 2RNWA 5F1HA 5ETBA 4PY6A 2DVSA 4UYGA 4HXRA 4MR3A 2OUOA 5A7CA 4HXKA 5COIA 4MEOA 4PTBA 5LKZA 4QSVA 4YYIA 4J0RA 5H1VA 4N4HA 4N4FA 3U5JA 1F68A 4YYGA 4KV4A 4LRGA 5FH6A 4YY6A 3MB4A 2RI7A 4UITA 4IR5A 4O7BA 5D26A 5EPBA 4CUQA 4X2IA 3ONIA 4HXOA 5A5RA 3D7CA 3O36A 3UV2A 5JWMA 4LYWA 5D3LA 5AMEA 4A9KA 5EISA 5FBXA 2YDWA 3UVDA 3HMHA 5IGMA 4QEUA 5CQ5A 5E73A 4CFLA 5DW2A 3AADA 4GPJA 4LDFA 4O70A 4UYHA 5A5QA 5ENBA 4BW2A 4BW4A 1N72A 5ENIA 3O35A 4TT2A 3IU5A 5HELA 4QY4A 4TZ2A 5EICA 5ENFA 4HXSA 4N4GA 4UIUA 2D82A 2H60A 4FLPA 5D24A 5DLXA 2DVRA 5FE4A 3UVXA 4BJXA 4MEQA 5E3GA 3P1FA 2F6JA 3DAIA 3Q2EA 5IBNA 5TB6A 5JI8A 4QUTA 4YYKA 5FE0A 5CUBA 5C87A 1WUMA 3O33A 5CY9A 5FG4A 3GG3A 4OGIA 5CRMA 5CFWA 5L99A 3U5KA 3FKMX 4NXJA 4CUUA 4BHWA 4IR3A 4TS8A 4YAXA 5L8UA 4UYDA 4XY9A 5FE1A 2RNYA 4UYFB 4LYIA 4QSWA 4QUUA 4HBYA 4Y03A 5HENA 4NRBA 5IGLA 3HMFA 4NR9A 5CUAA 3MXFA 5DW1A 3JVLA 5E9MA 5D3JA 4Z1SA 5ENCA 4QR4A 3AQAA 5E9LA 3SVHA 4QEVA 4O78A 4Q0OA 2I8NA 4YABA 4HXLA 3K2JA 4HXPA 5D7XA 4UIXA 4ZW1A 4CUPA 4QSXA 4RVRA 2GRCA 5CGPA 4PCIA 4CUSA 5HRXA 4O76A 4YH3A 3QZSA 4MR5A 5HRWA 5EWHA 4WHUA 5CS8A 2DATA 5LJ1A 4NR8A 4XYAA 2I7KA 4QSRA 5HFRA 4TU6A 3Q2FA 5HQ6A 1E6IA 3JVMA 4NR5A 4XUBA 5F25A 4C66A 5CTLA 3S92A 4NUCA 5CQ6A 5EPSA 4YH4A 4CURA 4O7FA 5ENJA 4LYSA 4QB3A 4ZC9A 3S91A 5BT4A 5KO4A 5ENEA 4Q0NA 5EV9A 5II2A 5I40A 3HMEA 4CFKA 5DYCA 4IORA 5EWDA 4A9OA 5DFCA 2WP1A 4ZQLA 5FE2A 5F3AA 3UW9A 4O77A 5C4QA 4UIWA 2R0YA 2L85A 4QZSA 4O7AA 2E3KA 4XUAA 5E3DA 5FB1A 1JSPB 3ZYUA 5EU1A 4HBXA 5D25A 3U5NA 4QC3A 5FE6A 5A82A 4UIVA 4TT4A 5D3NA 5FFWA 5CQTA 5HJCA 4UIZA 4LZ2A 4CL9A 5D3PA 5F63A 3P1CA 3O34A 4Z93A 4A9MA 1WUGA 4TTEA 4YYHA 1JM4B 5KTXA 5I86A 5D3RA 4YYJA 5DKCA 4IOQA 4TZ8A 5E9VA 3MUKA 4J0SA 4NR7A 3UVYA 5EWCA 4NUEA 5E0RA 4A9FA 4HXNA 5LUUA 4KV1A 5IG6A 5KTUA 3MULA 5FE7A 4KCXA 4NQMA 5EA1A 5KU3A 4QC1A 5EP7A 5ETDA 5F61A 5EQ1A 5DYXA 5HCLA 5LKUA 4HBVA 2YEMA 5F1LA 4IOOA 5FFVA 4MEPA 5HQ7A 4A9NA 4NQNA 5A83A 2FSAA 5I80A 4NRAA 4QSQA 5CU8A 2R10A 4OGJA 3LJWA 4YYMA 5A85A 5EWWA 4ALGA 5DYUA 4QSPA 5CQ8A 5FG5A 5L96A 3O37A 3SVGA 4NYXA 3G0LA 4NR4A 4NRCA 5EVAA 4QSTA 4O75A 3QZVA 3MQMA 5II1A 2YEKA 5FE8A 2DVVA 5I7YA 4CLBA 5IIDA 5DLZA 5EPRA 3P5OA 4NR6A 4YBMA 5E7DA 5H1UA 5K29A 5I89A 3TLPA 5J0DA 3U5PA 5E74A 3U5OA 5FH7A 3RCWA 2OSSA 3SVFA 4PKLA 3DWYA 5DKHA 4IR6A 5CQ4A 5FH8A 4QR5A 4YYDA 5I88A 5C89A 4C67A 4J1PA 4QYDA 4NS5A 4QSSA 4E96A 5CQ3A 1X0JA 3UV5A 4O7EA 5LJ2A 2RFJA 2RNXA 4MENA 5HM0A 5KHMA 2YW5A 5AD2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EGUA 2LSPB 5E9KA 5G4RA 5C8GA 5CQ7A 3QZTA 2NXBA 4UYFA 5CUGA 5BT3A 4NYWA 5HEMA 5A5PA 2E7NA 5D3HA 5IGNA 3LQJA 5A5NA 2DKWA 2EJNA 4CUTA 3JVKA 5C85A 4YBSA 4YK0A 5L8TA 5FG6A 3I3JA 3P1DA 5F62A 4BW1A 5CUDA 5HRVA 4TQNA 5A5OA 5FE5A 5EI4A 5CUEA 4PCEA 4WHWA 5EWVA 5CRZA 4QNSA 5H1TA 5F36A 3U5LA 5D0CA 4QR3A 5FB0A 4YATA 5FE3A 4UIYA 4QBMA 5CP5A 2YYNA 4N4IA 5I7XA 5F5ZA 5E9IA 5F2PA 2YQDA 4QSUA 4Z6IA 4LC2A 5AD3A 5E9YA 4AKNA 3MB3A 5G4SA 3U5MA 2D9EA 5F60A 4HBWA 4A9LA 4YYNA 3NXBA 4WIVA 5I83A 5A81A 4QYLA 5CZGA 5LJ0A 4YBTA 5EK9A 3LXJA 5LVRA 5FDZA 5LKTA 5ENGA 5DFBA 4TYLA 4O72A 5HLSA 2N9GA 3JVJA 4J3IA 4Z6HA 4A9EA 3LQHA 4O71A 4QEWA 4A9IA 4HXMA 4UYEA 5DFDA 4YC9A 3IU6A 4DONA 4Z1QA 5D3SA 2L5EA 4AKGA 2E7OA 4A9HA 4A9JA 2R0VA 5TCMA 5D3TA 5I29A 5KTWA 5DBMA 4YADA 5H85A 4MR6A 5L97A 2F6NA 5CQAA 1ZS5A 4PS5A 4MR4A 4BW3A 5IGKA 5EM3A 4ALHA 4O74A 2L84A 5DKDA 3UVWA 5CPEA 5ACYA 3LQIA 2DWWA 5FFYA 2G4AA 5C7NA 2RO1A 5I1QA 2R0SA 3G0JA 4TT6A 5ENHA 4YY4A 2DVQA 3VKHA 5LVQA 5DYAA 5DY7A 5DX4A 5HFQA 5HQ5A 4LR6A 5L98A 4F3IA 4OUFA 2MJVB 4LZRA 4AKHA 4TU4A 5AMFA 5LKXA 4IR4A 2YELA 4LZSA 4NYVA 5FE9A 2OO1A 5A5SA 5CUCA 4NUDA 4O7CA 5BT5A 2KTBB 2WP2A 2RS9B 3UV4A 4N3WA 3P1EA 4XY8A 1EQFA 2RNWA 5F1HA 5ETBA 4PY6A 2DVSA 4UYGA 4HXRA 4MR3A 2OUOA 5A7CA 4HXKA 5COIA 4MEOA 4PTBA 5LKZA 4QSVA 4YYIA 4J0RA 5H1VA 4N4HA 4N4FA 3U5JA 1F68A 4YYGA 4KV4A 4LRGA 5FH6A 4YY6A 3MB4A 2RI7A 4UITA 4IR5A 4O7BA 5D26A 5EPBA 4CUQA 4X2IA 3ONIA 4HXOA 5A5RA 3D7CA 3O36A 3UV2A 5JWMA 4LYWA 5D3LA 5AMEA 4A9KA 5EISA 5FBXA 2YDWA 3UVDA 3HMHA 5IGMA 4QEUA 5CQ5A 5E73A 4CFLA 5DW2A 3AADA 4GPJA 1ZKRA 4LDFA 4O70A 4UYHA 5A5QA 5ENBA 4BW2A 4BW4A 1N72A 5ENIA 3O35A 4AKIA 4TT2A 3IU5A 5HELA 4QY4A 4TZ2A 5EICA 5ENFA 4HXSA 4N4GA 4UIUA 2D82A 2H60A 4FLPA 5D24A 5DLXA 2DVRA 5FE4A 3UVXA 4BJXA 4MEQA 5E3GA 3P1FA 2F6JA 3DAIA 3Q2EA 5IBNA 5TB6A 5JI8A 4QUTA 4YYKA 5FE0A 5CUBA 5C87A 1WUMA 3O33A 5CY9A 5FG4A 3GG3A 4OGIA 5CRMA 5CFWA 5L99A 3U5KA 3FKMX 4NXJA 4CUUA 4BHWA 4IR3A 4TS8A 4YAXA 5L8UA 4UYDA 4XY9A 5FE1A 2RNYA 4UYFB 4LYIA 4QSWA 4QUUA 4HBYA 3D1BA 4Y03A 5HENA 4NRBA 5IGLA 3HMFA 4NR9A 5CUAA 3D1DA 3MXFA 5DW1A 3JVLA 5E9MA 5D3JA 4Z1SA 5ENCA 4QR4A 3AQAA 5E9LA 3SVHA 4QEVA 4O78A 4Q0OA 2I8NA 4YABA 4HXLA 3K2JA 4HXPA 5D7XA 4UIXA 4ZW1A 4CUPA 4QSXA 4RVRA 2GRCA 5CGPA 4PCIA 4CUSA 5HRXA 4O76A 4YH3A 3QZSA 4MR5A 5HRWA 5EWHA 4WHUA 5CS8A 2DATA 5LJ1A 4NR8A 4XYAA 2I7KA 4QSRA 5HFRA 4TU6A 3Q2FA 5HQ6A 1E6IA 3JVMA 4NR5A 4XUBA 5F25A 4C66A 5CTLA 3S92A 4NUCA 5CQ6A 5EPSA 4YH4A 4CURA 4O7FA 5ENJA 4LYSA 4QB3A 4ZC9A 3S91A 5BT4A 5KO4A 5ENEA 4Q0NA 5EV9A 5II2A 5I40A 3HMEA 4CFKA 5DYCA 4IORA 5EWDA 4A9OA 5DFCA 2WP1A 4ZQLA 5FE2A 5F3AA 3UW9A 4O77A 5C4QA 4UIWA 2R0YA 2L85A 4QZSA 4O7AA 2E3KA 4XUAA 5E3DA 5FB1A 1JSPB 3ZYUA 5EU1A 4HBXA 5D25A 3U5NA 4QC3A 5FE6A 5A82A 4UIVA 4TT4A 5D3NA 5FFWA 5CQTA 5HJCA 4UIZA 4LZ2A 4CL9A 5D3PA 5F63A 3P1CA 3O34A 4Z93A 4A9MA 1WUGA 4TTEA 4YYHA 1JM4B 5KTXA 5I86A 5D3RA 4YYJA 3VKGA 5DKCA 4IOQA 4TZ8A 5E9VA 3MUKA 4J0SA 4NR7A 3UVYA 5EWCA 4NUEA 5E0RA 4A9FA 4HXNA 5LUUA 4KV1A 1PUOA 5IG6A 5KTUA 3MULA 5FE7A 4KCXA 4NQMA 5EA1A 5KU3A 3ERRA 4QC1A 5EP7A 5ETDA 5F61A 5EQ1A 5DYXA 5HCLA 5LKUA 4HBVA 2YEMA 5F1LA 4IOOA 5FFVA 4MEPA 5HQ7A 4A9NA 4NQNA 5A83A 2FSAA 5I80A 4NRAA 4QSQA 5CU8A 2R10A 4OGJA 3LJWA 4YYMA 5A85A 5EWWA 4ALGA 5DYUA 4QSPA 5CQ8A 5FG5A 5L96A 3O37A 3SVGA 4NYXA 3G0LA 4NR4A 4NRCA 5EVAA 4QSTA 4O75A 3QZVA 3MQMA 5II1A 2YEKA 5FE8A 2DVVA 5I7YA 4CLBA 5IIDA 5DLZA 5EPRA 3P5OA 4NR6A 4YBMA 5E7DA 5H1UA 5K29A 5I89A 3TLPA 5J0DA 3U5PA 5E74A 3U5OA 5FH7A 3RCWA 2OSSA 3SVFA 4AI6A 4PKLA 3DWYA 5DKHA 4IR6A 5CQ4A 5FH8A 4QR5A 4YYDA 5I88A 5C89A 4C67A 4J1PA 4QYDA 4NS5A 4QSSA 4E96A 5CQ3A 1X0JA 3UV5A 4O7EA 5LJ2A 2RFJA 2RNXA 4MENA 5HM0A 5KHMA 2YW5A 5AD2A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EGU A;  2LSP B;  5E9K A;  5G4R A;  5C8G A;  5CQ7 A;  3QZT A;  2NXB A;  4UYF A;  5CUG A;  5BT3 A;  4NYW A;  5HEM A;  5A5P A;  2E7N A;  5D3H A;  5IGN A;  3LQJ A;  5A5N A;  2DKW A;  4CUT A;  3JVK A;  5C85 A;  4YBS A;  4YK0 A;  5L8T A;  5FG6 A;  3I3J A;  3P1D A;  5F62 A;  4BW1 A;  5CUD A;  5HRV A;  4TQN A;  5A5O A;  5FE5 A;  5EI4 A;  5CUE A;  4PCE A;  4WHW A;  5EWV A;  5CRZ A;  4QNS A;  5H1T A;  5F36 A;  3U5L A;  5D0C A;  4QR3 A;  5FB0 A;  4YAT A;  5FE3 A;  4UIY A;  4QBM A;  5CP5 A;  2YYN A;  4N4I A;  5I7X A;  5F5Z A;  5E9I A;  5F2P A;  2YQD A;  4QSU A;  4Z6I A;  4LC2 A;  5AD3 A;  5E9Y A;  4AKN A;  3MB3 A;  5G4S A;  3U5M A;  2D9E A;  5F60 A;  4HBW A;  4A9L A;  4YYN A;  3NXB A;  4WIV A;  5I83 A;  5A81 A;  4QYL A;  5CZG A;  5LJ0 A;  4YBT A;  5EK9 A;  3LXJ A;  5LVR A;  5FDZ A;  5LKT A;  5ENG A;  5DFB A;  4TYL A;  4O72 A;  5HLS A;  2N9G A;  3JVJ A;  4J3I A;  4Z6H A;  4A9E A;  3LQH A;  4O71 A;  4QEW A;  4A9I A;  4HXM A;  4UYE A;  5DFD A;  4YC9 A;  3IU6 A;  4DON A;  4Z1Q A;  5D3S A;  2L5E A;  2E7O A; 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