5HQ5A

Crystal structure of fragment bound with brd4
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal structure of fragment bound with Brd4
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 46
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hq5A01
4QB3A 3Q2FA 2RFJA 4YH3A 4N3WA 1X0JA 5FE8A 5KO4A 4LC2A 3JVMA 4YYGA 5I29A 4AKNA 4LRGA 3IU6A 4YATA 3LQIA 5HLSA 5HRWA 5AD2A 4KV4A 5D0CA 5D24A 2R0YA 5HENA 2RS9B 4YC9A 5ENEA 3S92A 5I7XA 5LJ1A 3O36A 5HQ7A 5FH6A 5CUBA 4Z1SA 4O76A 5CU8A 5FE4A 5DW1A 5EGUA 5FFWA 2RNYA 5H85A 4TTEA 4TYLA 5A5QA 5E9LA 5CS8A 2RNXA 5CQ5A 5BT5A 4A9HA 5C85A 5FE1A 4LZ2A 5I7YA 5IGMA 4QUTA 5CQ7A 4X2IA 4YAXA 2WP1A 4O74A 1ZS5A 3AADA 5D3TA 4NR4A 5II2A 2E7OA 2YQDA 4ALGA 2E3KA 4A9NA 3G0JA 2FSAA 4GPJA 5HELA 4HXSA 4HXOA 2R0VA 2RO1A 4TT6A 5I80A 3U5MA 5EWVA 5ETBA 5F5ZA 2MJVB 5IGNA 4MR4A 5HFRA 4QR3A 4QY4A 4NRCA 5CUAA 2I8NA 5I86A 4J0RA 5G4RA 5EICA 5L98A 4QSXA 5FE3A 3UVWA 5D3HA 5HCLA 4QR5A 5DFBA 4OGJA 3JVJA 5EA1A 4CUQA 4IR3A 5F1HA 2NXBA 5A5OA 4YBTA 4YY6A 5HEMA 2D9EA 4N4HA 1N72A 4QSUA 4YABA 3ONIA 4F3IA 3O33A 4LYWA 4DONA 4BHWA 5FE2A 4YYDA 3LJWA 5K29A 2G4AA 5F63A 5F3AA 5DKCA 5I1QA 3JVLA 4NYWA 2R10A 4C66A 3D7CA 4NUCA 4WIVA 5LKXA 3IU5A 4PS5A 4NYXA 4O7BA 4YBSA 4QYLA 5ETDA 4YYJA 5D3SA 4NR6A 4HXNA 4QNSA 4QC3A 4O7FA 4MR5A 5HQ6A 4UIVA 3DAIA 5F60A 1JM4B 4NQMA 3MQMA 5KTXA 4UIXA 5DFCA 5IGLA 2L85A 4O72A 4NQNA 5ENFA 5ENBA 4CUSA 5D3LA 3LXJA 4HBVA 5E0RA 4BW1A 5C7NA 2DVVA 5EPSA 4PY6A 3I3JA 5E3GA 2LSPB 2R0SA 5EPRA 4Q0OA 4BW2A 4NR8A 5AMFA 5FE6A 4UYDA 5TCMA 4CUPA 3P1FA 3FKMX 5CTLA 2DVSA 2DWWA 3AQAA 3HMEA 5DYXA 2YELA 5H1UA 4NUEA 5A85A 3HMHA 4QSSA 4LZSA 5C89A 3U5JA 4N4FA 3TLPA 4WHWA 5FB1A 4YBMA 2YW5A 4NR7A 4PKLA 4E96A 3G0LA 4A9FA 5FE9A 5J0DA 5DY7A 5FDZA 5DW2A 5JI8A 4UITA 4NUDA 4BW4A 1WUMA 3RCWA 4A9JA 2DKWA 5HJCA 4IOQA 5JWMA 5ENGA 5EQ1A 5A5NA 5EWCA 5CQTA 5DFDA 5FFYA 4ALHA 3QZTA 4TU6A 4CFLA 5E74A 4UYEA 5FG4A 5DYAA 2RI7A 4HXKA 4QEUA 3O35A 4J0SA 2I7KA 5ENCA 5EI4A 4FLPA 4UYGA 5FB0A 5C4QA 1JSPB 3LQJA 5ENHA 4A9EA 4TZ8A 4PTBA 4BW3A 5EV9A 5EP7A 2L84A 5CQ8A 4QZSA 4UIUA 5C8GA 4HBXA 4UIZA 1EQFA 4LYIA 5CUGA 5E9VA 3QZVA 4QEVA 5CGPA 5II1A 5KU3A 5L8TA 3GG3A 3NXBA 4IR4A 4MR6A 4UIYA 5CY9A 5TB6A 5D3PA 5EISA 5F2PA 5I83A 3SVHA 5A5PA 2YDWA 3LQHA 4TU4A 4Z1QA 3MULA 2DVQA 4YK0A 5HRXA 4KV1A 4O78A 4IR6A 4MENA 3MB3A 4NRAA 3P1EA 4UYFB 5EVAA 4MR3A 5L97A 3SVGA 4CL9A 5F61A 5KTWA 3UVDA 5LJ2A 1E6IA 1F68A 5H1VA 3MB4A 4OGIA 5A82A 5F36A 1WUGA 5EM3A 5IIDA 2YEMA 4A9OA 4CURA 5F1LA 5H1TA 4TZ2A 5A7CA 3U5OA 5CUEA 4J3IA 4O7AA 3UW9A 4NRBA 2WP2A 4J1PA 3UVYA 4ZW1A 5E9IA 5F25A 4CUUA 5FH8A 5HQ5A 4YYIA 5D7XA 3UV2A 5FE7A 5DKDA 4YY4A 5HRVA 5ENJA 5KTUA 5DBMA 4YH4A 5D26A 4QR4A 3MXFA 5I88A 4IR5A 5AD3A 3K2JA 5DKHA 5G4SA 2D82A 5CPEA 4PCEA 4YADA 5LVQA 4N4IA 3UV4A 3MUKA 4BJXA 4OUFA 3Q2EA 2E7NA 4TS8A 5BT4A 5ACYA 5LJ0A 4CLBA 3P1DA 4UIWA 5EK9A 4YYKA 5AMEA 2N9GA 5EWWA 2F6NA 4LYSA 5CQ4A 4YYHA 4XUBA 4HBWA 4HXRA 3U5LA 2OO1A 5LUUA 3UVXA 4NYVA 5I40A 4RVRA 4TQNA 2OSSA 4MEQA 4O70A 4O7EA 4QSTA 4O77A 3UV5A 4CUTA 5EU1A 4UYHA 4XY9A 5D3RA 5CQ3A 4Z93A 5E73A 5FH7A 4Q0NA 4A9KA 5LKUA 3O37A 5CQAA 5L8UA 5E3DA 5E9MA 4NXJA 5DLXA 4Z6IA 4CFKA 5I89A 4YYNA 3U5PA 5DYUA 3S91A 5HM0A 3U5KA 5HFQA 5FE0A 5A83A 5F62A 5CZGA 4QSRA 5CFWA 5BT3A 3O34A 4O7CA 4UYFA 4A9LA 2DVRA 2YEKA 4HBYA 4TT4A 5DYCA 4QC1A 4O75A 4QBMA 4HXPA 2RNWA 4TT2A 3P1CA 5L99A 3P5OA 4MEOA 5D25A 4Y03A 2H60A 5FE5A 5D3NA 5EWDA 5FBXA 3HMFA 4NS5A 5FFVA 5CQ6A 4QSWA 2GRCA 3QZSA 5CRZA 5CRMA 2YYNA 4LZRA 4XUAA 5LVRA 3DWYA 4YYMA 3ZYUA 2L5EA 4MEPA 5CUCA 5IG6A 4KCXA 5EPBA 5L96A 5COIA 5DLZA 5IGKA 5LKZA 4QSQA 4QUUA 4XYAA 4NR5A 2DATA 4LR6A 4O71A 2F6JA 4QEWA 5LKTA 5FG5A 4QSPA 4C67A 4XY8A 4ZQLA 2KTBB 5ENIA 4Z6HA 5EWHA 5E7DA 5KHMA 4QSVA 4PCIA 3JVKA 5A81A 3SVFA 3U5NA 4HXLA 4HXMA 5DX4A 4IORA 5CUDA 5IBNA 4LDFA 5FG6A 4N4GA 5C87A 4A9IA 4ZC9A 5A5RA 4QYDA 5D3JA 5E9YA 4NR9A 4WHUA 5A5SA 4A9MA 5CP5A 2OUOA 5E9KA 4IOOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QB3A 3Q2FA 2RFJA 4YH3A 4N3WA 1X0JA 5FE8A 5KO4A 4LC2A 3JVMA 4YYGA 5I29A 4AKNA 4LRGA 3IU6A 4YATA 3LQIA 5HLSA 5HRWA 5AD2A 4KV4A 5D0CA 5D24A 2R0YA 5HENA 2RS9B 4YC9A 5ENEA 3S92A 5I7XA 5LJ1A 3O36A 5HQ7A 5FH6A 5CUBA 4Z1SA 4O76A 5CU8A 5FE4A 5DW1A 5EGUA 5FFWA 2RNYA 5H85A 4TTEA 4TYLA 5A5QA 5E9LA 5CS8A 2RNXA 5CQ5A 5BT5A 4A9HA 5C85A 5FE1A 4LZ2A 5I7YA 5IGMA 4QUTA 5CQ7A 1ZKRA 4X2IA 4YAXA 2WP1A 4O74A 1ZS5A 3AADA 5D3TA 4NR4A 5II2A 2E7OA 2YQDA 4ALGA 2E3KA 4A9NA 3G0JA 2FSAA 4GPJA 5HELA 4HXSA 4HXOA 2R0VA 2RO1A 4TT6A 5I80A 3U5MA 5EWVA 5ETBA 5F5ZA 2MJVB 5IGNA 4MR4A 5HFRA 4QR3A 4QY4A 4NRCA 5CUAA 2I8NA 5I86A 4J0RA 5G4RA 5EICA 5L98A 4QSXA 5FE3A 3UVWA 5D3HA 5HCLA 4QR5A 5DFBA 4OGJA 3VKHA 3JVJA 5EA1A 4CUQA 4IR3A 5F1HA 2NXBA 5A5OA 4YBTA 4YY6A 5HEMA 2D9EA 4N4HA 1N72A 4QSUA 4YABA 3ONIA 4F3IA 3O33A 4LYWA 4DONA 4BHWA 5FE2A 4YYDA 3LJWA 5K29A 2G4AA 5F63A 5F3AA 5DKCA 5I1QA 3JVLA 4NYWA 2R10A 4C66A 3D7CA 4NUCA 4WIVA 5LKXA 3IU5A 4PS5A 4NYXA 4O7BA 4YBSA 4QYLA 5ETDA 4YYJA 5D3SA 4NR6A 4HXNA 4QNSA 4QC3A 4O7FA 4MR5A 5HQ6A 4UIVA 3DAIA 5F60A 1JM4B 4NQMA 3MQMA 5KTXA 4UIXA 5DFCA 5IGLA 2L85A 4O72A 4NQNA 5ENFA 5ENBA 4CUSA 5D3LA 3LXJA 2EJNA 4HBVA 5E0RA 4BW1A 5C7NA 2DVVA 5EPSA 4PY6A 3I3JA 5E3GA 2LSPB 2R0SA 5EPRA 4Q0OA 4BW2A 4NR8A 5AMFA 5FE6A 4UYDA 5TCMA 4CUPA 3P1FA 3FKMX 5CTLA 2DVSA 2DWWA 4AI6A 3AQAA 3HMEA 5DYXA 2YELA 5H1UA 4NUEA 5A85A 3HMHA 4QSSA 4LZSA 5C89A 3U5JA 4N4FA 3TLPA 4WHWA 5FB1A 4YBMA 2YW5A 4NR7A 4PKLA 4E96A 3G0LA 4A9FA 5FE9A 5J0DA 5DY7A 5FDZA 5DW2A 5JI8A 4UITA 4NUDA 4BW4A 1WUMA 3RCWA 4A9JA 2DKWA 5HJCA 4IOQA 5JWMA 5ENGA 5EQ1A 5A5NA 5EWCA 5CQTA 5DFDA 5FFYA 4ALHA 3QZTA 4TU6A 4CFLA 5E74A 4UYEA 5FG4A 5DYAA 2RI7A 4HXKA 4QEUA 3O35A 4J0SA 2I7KA 5ENCA 5EI4A 4FLPA 4UYGA 5FB0A 5C4QA 1JSPB 3LQJA 5ENHA 4A9EA 4TZ8A 4PTBA 4BW3A 5EV9A 5EP7A 2L84A 5CQ8A 4QZSA 4UIUA 5C8GA 4HBXA 4AKIA 4UIZA 1EQFA 4LYIA 5CUGA 5E9VA 3QZVA 4QEVA 5CGPA 5II1A 5KU3A 1PUOA 3GG3A 3NXBA 4IR4A 4MR6A 5L8TA 4UIYA 5CY9A 5TB6A 5D3PA 5EISA 5F2PA 5I83A 3SVHA 5A5PA 2YDWA 3LQHA 4TU4A 4Z1QA 3MULA 2DVQA 4YK0A 5HRXA 4KV1A 4O78A 3ERRA 4IR6A 4MENA 3MB3A 4NRAA 3P1EA 4UYFB 5EVAA 4MR3A 5L97A 3SVGA 4CL9A 5F61A 5KTWA 3UVDA 5LJ2A 1E6IA 1F68A 5H1VA 3MB4A 4OGIA 5A82A 3D1DA 5F36A 1WUGA 5EM3A 5IIDA 2YEMA 4A9OA 4CURA 5F1LA 5H1TA 4TZ2A 5A7CA 3U5OA 5CUEA 4J3IA 4O7AA 3UW9A 4NRBA 2WP2A 4J1PA 3UVYA 4ZW1A 5E9IA 5F25A 4CUUA 5FH8A 5HQ5A 4YYIA 5D7XA 3UV2A 5FE7A 5DKDA 4YY4A 5HRVA 5ENJA 5KTUA 5DBMA 4YH4A 5D26A 4QR4A 3MXFA 5I88A 4IR5A 5AD3A 3K2JA 5DKHA 5G4SA 2D82A 5CPEA 4PCEA 4YADA 5LVQA 4N4IA 3UV4A 3MUKA 4AKGA 4BJXA 4OUFA 3Q2EA 2E7NA 4TS8A 5BT4A 5ACYA 5LJ0A 4CLBA 3P1DA 4UIWA 5EK9A 4YYKA 5AMEA 2N9GA 5EWWA 2F6NA 4LYSA 5CQ4A 4YYHA 4XUBA 4HBWA 4HXRA 3U5LA 2OO1A 5LUUA 3UVXA 4NYVA 5I40A 4RVRA 4TQNA 2OSSA 4MEQA 4O70A 4O7EA 4QSTA 4O77A 3UV5A 4CUTA 5EU1A 4UYHA 4XY9A 5D3RA 5CQ3A 4Z93A 5E73A 5FH7A 4Q0NA 4A9KA 3VKGA 5LKUA 3O37A 5CQAA 5L8UA 5E3DA 5E9MA 4NXJA 5DLXA 4Z6IA 4CFKA 5I89A 4YYNA 3U5PA 5DYUA 3S91A 5HM0A 3U5KA 5HFQA 5FE0A 5A83A 5F62A 5CZGA 4QSRA 5CFWA 5BT3A 3O34A 4O7CA 4UYFA 4A9LA 2DVRA 2YEKA 4HBYA 4TT4A 5DYCA 4QC1A 4O75A 4QBMA 4HXPA 2RNWA 4TT2A 3P1CA 5L99A 3P5OA 4MEOA 5D25A 4Y03A 2H60A 5FE5A 5D3NA 5EWDA 5FBXA 3HMFA 4NS5A 5FFVA 5CQ6A 4QSWA 2GRCA 3QZSA 3D1BA 4AKHA 5CRZA 5CRMA 2YYNA 4LZRA 4XUAA 5LVRA 3DWYA 4YYMA 3ZYUA 2L5EA 4MEPA 5CUCA 5IG6A 4KCXA 5EPBA 5L96A 5COIA 5DLZA 5IGKA 5LKZA 4QSQA 4QUUA 4XYAA 4NR5A 2DATA 4LR6A 4O71A 2F6JA 4QEWA 5LKTA 5FG5A 4QSPA 4C67A 4XY8A 4ZQLA 2KTBB 5ENIA 4Z6HA 5EWHA 5E7DA 5KHMA 4QSVA 4PCIA 3JVKA 5A81A 3SVFA 3U5NA 4HXLA 4HXMA 5DX4A 4IORA 5CUDA 5IBNA 4LDFA 5FG6A 4N4GA 5C87A 4A9IA 4ZC9A 5A5RA 4QYDA 5D3JA 5E9YA 4NR9A 4WHUA 5A5SA 4A9MA 5CP5A 2OUOA 5E9KA 4IOOA
chains in the Genus database with same CATH topology
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