5HQ5A

Crystal structure of fragment bound with brd4
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal structure of fragment bound with Brd4
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 46
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hq5A01
4QC1A 5H85A 4OGJA 5EPRA 5EWCA 3P1CA 3S91A 2MJVB 5AMEA 3UVDA 4F3IA 5FE0A 5D3SA 4UIVA 4XYAA 1N72A 2RI7A 4WHUA 4HXLA 4LC2A 5F62A 5LVRA 4QR5A 5EWVA 5I7YA 5CZGA 5D3PA 4OUFA 5I29A 2NXBA 5H1VA 5FE4A 5DX4A 4YY6A 5A5OA 4NR8A 5I40A 5CQ5A 5DY7A 5D3TA 5LVQA 4HXSA 4KCXA 4CUUA 2R0VA 5A85A 4MR4A 5ENCA 5ENJA 4O70A 5FE5A 4YH4A 5ENGA 2RNXA 3DWYA 4MEOA 3U5KA 5DFCA 4PKLA 5CP5A 4QEUA 4QBMA 4YH3A 5CQ3A 3UV5A 5DKHA 2KTBB 4UYDA 2L85A 5ENBA 5FE8A 3O34A 4A9JA 3O33A 4CURA 4HXPA 2DVSA 4QYLA 4XY9A 5EQ1A 3U5MA 4WIVA 4TU4A 4YATA 3SVGA 4BW2A 4TYLA 5LKZA 2WP2A 1WUGA 4Z1SA 2RNWA 2YEKA 2F6NA 2E7OA 4LZ2A 5D24A 4O7AA 5E9LA 3Q2FA 4A9KA 4KV4A 5EGUA 5I80A 5ENIA 3GG3A 4QR4A 4NYXA 4O7EA 5ENEA 5II1A 5EWWA 4QSRA 4IR3A 2OO1A 2RS9B 5EPSA 3LXJA 4A9LA 4PY6A 4TT6A 4J3IA 4MR6A 5C87A 5C89A 4NQMA 4QYDA 4PCEA 5DW2A 5FFWA 4CLBA 4YYGA 2D82A 5DYCA 5HJCA 5IBNA 3O36A 5IG6A 1WUMA 4YYJA 4CFLA 2YQDA 5CUCA 4YYDA 5HFQA 3UVYA 2DKWA 4QNSA 3IU6A 5D25A 5IGLA 4QUUA 5FE6A 5G4RA 3TLPA 5F63A 4BHWA 5CU8A 5DKCA 4NS5A 4O78A 5KTWA 4MR3A 5F1HA 4Z6HA 2DVRA 5D3RA 5I1QA 5EVAA 4A9FA 5D3HA 4IR5A 5AD2A 4TQNA 2H60A 2LSPB 4O7FA 4Q0NA 2YW5A 5E9IA 2I8NA 5D26A 5DYAA 4YBSA 3IU5A 5F61A 5A5PA 4NR7A 5A5RA 5H1TA 4LDFA 4LYWA 3P1FA 4ALGA 3U5PA 3NXBA 3UW9A 5CFWA 4AKNA 4CUTA 3D7CA 5JWMA 4A9MA 3SVFA 4NR5A 4LZSA 4UYEA 5HENA 5L96A 4QC3A 2E3KA 5F60A 4MEQA 4UYFA 2DVQA 2OUOA 5LKXA 1F68A 5HRWA 5E74A 4QSXA 2I7KA 4NR4A 5CRMA 5A81A 4LYIA 5CQ6A 5F36A 3HMFA 4NXJA 5ETDA 3UVWA 4LRGA 3RCWA 2D9EA 5FE7A 2R10A 4YYIA 4O7CA 5ETBA 4TS8A 4O76A 4C66A 5E3GA 5FE2A 4ZC9A 5A82A 4O72A 5CUDA 4CFKA 4A9HA 5DW1A 5DLZA 5I83A 5A83A 4NYWA 5EISA 5CQ7A 4YK0A 4LR6A 3MULA 4YC9A 4QB3A 5L98A 4CUSA 1X0JA 5LUUA 5IIDA 4Z6IA 5CTLA 4O75A 4HXMA 3MB4A 4IR6A 4X2IA 5KHMA 5EK9A 4QR3A 4IR4A 2F6JA 4NRBA 2R0YA 5LKTA 3QZVA 5KU3A 4UIWA 3U5LA 5C8GA 4QSSA 5HELA 5EICA 2WP1A 4N4GA 3P5OA 4LYSA 4NR6A 5FH6A 4UYHA 4CUQA 5A5SA 5A7CA 5F25A 1JSPB 3FKMX 3JVKA 4UYFB 5IGMA 3MUKA 4MR5A 4J1PA 5CRZA 4DONA 5EWHA 5I86A 4UIXA 2N9GA 5FE3A 4HBVA 5CQTA 5A5QA 3LQHA 3UVXA 4KV1A 5H1UA 5EM3A 4C67A 4HXRA 4O71A 4YABA 5BT3A 5LJ2A 4HBYA 4QY4A 5ENHA 4NUEA 5HFRA 5EP7A 5CQ8A 4HXOA 5HQ7A 5I88A 5FFVA 4PTBA 5CS8A 4Z93A 5J0DA 5EI4A 3MQMA 4O77A 2DATA 4O7BA 5DKDA 5E9MA 5HRXA 3U5NA 5FG6A 5AMFA 3AADA 4BW4A 4HBWA 2RFJA 3O37A 5L99A 3LQJA 4QSWA 4QSUA 5DBMA 4FLPA 5DYUA 5CQAA 4BJXA 4HXKA 5F1LA 4UITA 4TT2A 4A9EA 5FH7A 2YDWA 5DFDA 5F2PA 4PS5A 4Z1QA 5E7DA 5CUBA 5FFYA 3UV2A 4HBXA 5EV9A 5D3LA 5ENFA 4N4IA 5HQ5A 4GPJA 2E7NA 5A5NA 5F5ZA 5BT4A 5JI8A 5C85A 4IORA 5D0CA 3S92A 4OGIA 5E9KA 2DWWA 3QZTA 5L97A 4J0SA 4CUPA 3MXFA 5HRVA 4A9NA 5C7NA 4NRAA 3P1DA 4QEVA 4QSTA 5L8TA 4YADA 2YYNA 3Q2EA 5CUEA 5TB6A 4YYKA 5CPEA 5F3AA 4NUCA 5FBXA 3UV4A 5E3DA 3JVMA 3I3JA 3K2JA 2L84A 4RVRA 5FE9A 5FH8A 4Q0OA 3ZYUA 4BW1A 5IGNA 4J0RA 3ONIA 3AQAA 5CUGA 4XY8A 5CUAA 4XUAA 5CGPA 4QSPA 5II2A 5AD3A 4WHWA 1E6IA 5BT5A 4Y03A 4UIYA 5K29A 4YYMA 2DVVA 2RNYA 2RO1A 3HMHA 5DLXA 4E96A 4N3WA 4LZRA 5HM0A 5D3NA 5E9VA 4YAXA 2YEMA 3DAIA 4PCIA 4UIUA 5COIA 5KTUA 4ZW1A 4N4FA 4NR9A 5FB0A 3QZSA 4TTEA 5E0RA 4YBMA 4YYHA 3U5JA 4N4HA 4TZ8A 3O35A 4TZ2A 4YY4A 5EA1A 5HEMA 1JM4B 5FG4A 5ACYA 3G0JA 5LJ0A 2GRCA 4NQNA 3JVJA 4UYGA 3U5OA 4CL9A 3LJWA 4QUTA 3LQIA 5LJ1A 4QSQA 5FE1A 4QEWA 2G4AA 3HMEA 4A9IA 5KTXA 2R0SA 4TT4A 3JVLA 4NUDA 5HCLA 2L5EA 5FDZA 4HXNA 3P1EA 1ZS5A 4XUBA 4IOQA 5IGKA 5LKUA 5I7XA 5I89A 4QZSA 5KO4A 5DFBA 4ALHA 5CQ4A 5DYXA 5FB1A 5C4QA 5D3JA 5TCMA 5EWDA 4NRCA 5HQ6A 4MENA 4NYVA 4TU6A 4QSVA 5CY9A 5EPBA 4BW3A 2OSSA 4O74A 4YBTA 5E73A 1EQFA 4UIZA 5EU1A 4YYNA 3G0LA 4IOOA 2YELA 3SVHA 3MB3A 5FG5A 4ZQLA 5D7XA 2FSAA 4MEPA 5E9YA 5HLSA 4A9OA 5L8UA 5G4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QC1A 5H85A 4OGJA 5EPRA 4AKGA 5EWCA 3P1CA 3S91A 2MJVB 3ERRA 5AMEA 3UVDA 4F3IA 5FE0A 5D3SA 4UIVA 4XYAA 1N72A 2RI7A 4WHUA 4HXLA 4LC2A 5F62A 5LVRA 4QR5A 5EWVA 5I7YA 5CZGA 5D3PA 4OUFA 5I29A 2NXBA 5H1VA 5FE4A 5DX4A 4YY6A 5A5OA 2EJNA 4NR8A 5I40A 5CQ5A 5DY7A 5D3TA 5LVQA 4HXSA 4KCXA 4CUUA 2R0VA 5A85A 4MR4A 5ENCA 5ENJA 4O70A 5FE5A 4YH4A 5ENGA 2RNXA 3DWYA 4MEOA 3U5KA 5DFCA 4PKLA 5CP5A 4QEUA 4QBMA 4YH3A 5CQ3A 3UV5A 5DKHA 2KTBB 4UYDA 2L85A 5ENBA 5FE8A 3O34A 4A9JA 3O33A 4CURA 4HXPA 2DVSA 4QYLA 4XY9A 5EQ1A 3U5MA 4WIVA 4TU4A 4YATA 3SVGA 4BW2A 4TYLA 5LKZA 2WP2A 1WUGA 4Z1SA 2RNWA 2YEKA 2F6NA 2E7OA 4LZ2A 5D24A 4O7AA 5E9LA 3Q2FA 4A9KA 4KV4A 5EGUA 5I80A 5ENIA 3GG3A 4QR4A 4NYXA 4O7EA 5ENEA 5II1A 5EWWA 4QSRA 4IR3A 2OO1A 2RS9B 5EPSA 3LXJA 4A9LA 4PY6A 4TT6A 4J3IA 4MR6A 5C87A 5C89A 4NQMA 4QYDA 4PCEA 5DW2A 5FFWA 4CLBA 4YYGA 2D82A 5DYCA 5HJCA 5IBNA 3O36A 5IG6A 1WUMA 4YYJA 4CFLA 2YQDA 5CUCA 4YYDA 5HFQA 3UVYA 2DKWA 4QNSA 3IU6A 5D25A 5IGLA 4QUUA 4AKIA 5FE6A 5G4RA 3TLPA 5F63A 4BHWA 5CU8A 5DKCA 4NS5A 4O78A 5KTWA 4MR3A 5F1HA 4Z6HA 2DVRA 5D3RA 5I1QA 5EVAA 4A9FA 5D3HA 4IR5A 5AD2A 4TQNA 2H60A 2LSPB 4O7FA 4Q0NA 2YW5A 5E9IA 2I8NA 5D26A 5DYAA 4YBSA 3IU5A 1ZKRA 5F61A 5A5PA 4NR7A 5A5RA 5H1TA 4LDFA 4LYWA 3P1FA 4ALGA 3VKGA 3U5PA 3NXBA 3UW9A 5CFWA 4AKNA 4CUTA 3D7CA 5JWMA 4A9MA 3SVFA 4NR5A 4LZSA 4UYEA 5HENA 5L96A 4QC3A 2E3KA 5F60A 4MEQA 4UYFA 2DVQA 2OUOA 5LKXA 1F68A 5HRWA 5E74A 4QSXA 2I7KA 4NR4A 5CRMA 5A81A 3VKHA 4LYIA 5CQ6A 5F36A 3HMFA 4NXJA 5ETDA 3UVWA 4LRGA 3RCWA 2D9EA 5FE7A 4AI6A 2R10A 4YYIA 4O7CA 5ETBA 4TS8A 4O76A 4C66A 5E3GA 5FE2A 4ZC9A 5A82A 4O72A 5CUDA 4CFKA 4A9HA 5DW1A 5DLZA 5I83A 5A83A 4NYWA 5EISA 5CQ7A 4YK0A 4LR6A 3MULA 4YC9A 4QB3A 5L98A 4CUSA 1X0JA 5LUUA 5IIDA 4Z6IA 5CTLA 4O75A 4HXMA 3MB4A 4IR6A 4X2IA 5KHMA 5EK9A 4QR3A 4IR4A 2F6JA 4NRBA 2R0YA 5LKTA 3QZVA 5KU3A 4UIWA 3U5LA 5C8GA 4QSSA 5HELA 5EICA 2WP1A 4N4GA 3P5OA 4LYSA 4NR6A 5FH6A 4UYHA 4CUQA 5A5SA 5A7CA 5F25A 1JSPB 3FKMX 3JVKA 4UYFB 5IGMA 3D1BA 3MUKA 4MR5A 4J1PA 5CRZA 4DONA 5EWHA 5I86A 4UIXA 2N9GA 5FE3A 4HBVA 5CQTA 5A5QA 3LQHA 3UVXA 4KV1A 5H1UA 5EM3A 4C67A 4HXRA 4O71A 4YABA 5BT3A 5LJ2A 4HBYA 4QY4A 5ENHA 4NUEA 5HFRA 5EP7A 5CQ8A 4HXOA 5HQ7A 5I88A 5FFVA 4PTBA 5CS8A 4Z93A 5J0DA 5EI4A 3MQMA 4O77A 2DATA 4O7BA 5DKDA 5E9MA 5HRXA 3U5NA 5FG6A 5AMFA 3AADA 4BW4A 4HBWA 2RFJA 3O37A 5L99A 3LQJA 4QSWA 4QSUA 5DBMA 4FLPA 5DYUA 5CQAA 4BJXA 4HXKA 5F1LA 4UITA 4TT2A 4A9EA 5FH7A 2YDWA 5DFDA 5F2PA 4PS5A 4Z1QA 5E7DA 5CUBA 5FFYA 3UV2A 4HBXA 5EV9A 5D3LA 5ENFA 4N4IA 5HQ5A 4GPJA 2E7NA 5A5NA 5F5ZA 5BT4A 5JI8A 5C85A 4IORA 5D0CA 3S92A 4OGIA 5E9KA 2DWWA 3QZTA 5L97A 4J0SA 4CUPA 3MXFA 5HRVA 4A9NA 5C7NA 4NRAA 3P1DA 4QEVA 4QSTA 5L8TA 4YADA 2YYNA 3Q2EA 5CUEA 5TB6A 4YYKA 5CPEA 5F3AA 4NUCA 5FBXA 3UV4A 5E3DA 3JVMA 3I3JA 3K2JA 2L84A 4RVRA 5FE9A 5FH8A 4Q0OA 3ZYUA 4BW1A 5IGNA 4J0RA 3ONIA 3AQAA 5CUGA 4XY8A 5CUAA 4XUAA 5CGPA 4QSPA 5II2A 5AD3A 4WHWA 1E6IA 5BT5A 4Y03A 4UIYA 5K29A 4YYMA 2DVVA 2RNYA 2RO1A 3HMHA 5DLXA 4E96A 4N3WA 4LZRA 5HM0A 5D3NA 5E9VA 4YAXA 2YEMA 3DAIA 4PCIA 4UIUA 5COIA 5KTUA 4ZW1A 4N4FA 4NR9A 1PUOA 5FB0A 3QZSA 4TTEA 5E0RA 4YBMA 4YYHA 3U5JA 4N4HA 4TZ8A 3O35A 4TZ2A 4YY4A 5EA1A 5HEMA 1JM4B 5FG4A 5ACYA 3G0JA 5LJ0A 2GRCA 4NQNA 3JVJA 4UYGA 3U5OA 4CL9A 3LJWA 3D1DA 3LQIA 4QUTA 5LJ1A 4QSQA 5FE1A 4QEWA 2G4AA 3HMEA 4A9IA 5KTXA 2R0SA 4TT4A 3JVLA 4NUDA 5HCLA 2L5EA 5FDZA 4HXNA 3P1EA 1ZS5A 4XUBA 4IOQA 5IGKA 5LKUA 5I7XA 5I89A 4AKHA 4QZSA 5KO4A 5DFBA 4ALHA 5CQ4A 5DYXA 5FB1A 5C4QA 5D3JA 5TCMA 5EWDA 4NRCA 5HQ6A 4MENA 4NYVA 4TU6A 4QSVA 5CY9A 5EPBA 4BW3A 2OSSA 4O74A 4YBTA 5E73A 1EQFA 4UIZA 5EU1A 4YYNA 3G0LA 4IOOA 2YELA 3SVHA 3MB3A 5FG5A 4ZQLA 5D7XA 2FSAA 4MEPA 5E9YA 5HLSA 4A9OA 5L8UA 5G4SA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4QC1 A;  5H85 A;  4OGJ A;  5EPR A;  5EWC A;  3P1C A;  3S91 A;  2MJV B;  5AME A;  3UVD A;  4F3I A;  5FE0 A;  5D3S A;  4UIV A;  4XYA A;  1N72 A;  2RI7 A;  4WHU A;  4HXL A;  4LC2 A;  5F62 A;  5LVR A;  4QR5 A;  5EWV A;  5I7Y A;  5CZG A;  5D3P A;  4OUF A;  5I29 A;  2NXB A;  5H1V A;  5FE4 A;  5DX4 A;  4YY6 A;  5A5O A;  4NR8 A;  5I40 A;  5CQ5 A;  5DY7 A;  5D3T A;  5LVQ A;  4HXS A;  4KCX A;  4CUU A;  2R0V A;  5A85 A;  4MR4 A;  5ENC A;  5ENJ A;  4O70 A;  5FE5 A;  4YH4 A;  5ENG A;  2RNX A;  3DWY A;  4MEO A;  3U5K A;  5DFC A;  4PKL A;  5CP5 A;  4QEU A;  4QBM A;  4YH3 A;  5CQ3 A;  3UV5 A;  5DKH A;  2KTB B;  4UYD A;  2L85 A;  5ENB A;  5FE8 A;  3O34 A;  4A9J A;  3O33 A;  4CUR A;  4HXP A;  2DVS A;  4QYL A;  4XY9 A;  5EQ1 A;  3U5M A;  4WIV A;  4TU4 A;  4YAT A;  3SVG A;  4BW2 A;  4TYL A;  5LKZ A;  2WP2 A;  1WUG A;  4Z1S A;  2RNW A;  2YEK A;  2F6N A;  2E7O A;  4LZ2 A;  5D24 A;  4O7A A;  5E9L A;  3Q2F A;  4A9K A;  4KV4 A;  5EGU A;  5I80 A;  5ENI A;  3GG3 A;  4QR4 A;  4NYX A;  4O7E A;  5ENE A;  5II1 A;  5EWW A; 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