5I40A

Brd9 in complex with cpd1 (6-methyl-1,6-dihydro-7h-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one)
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
102
structure length
102
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Diving into the Water: Inducible Binding Conformations for BRD4, TAF1(2), BRD9, and CECR2 Bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 37
structure length 102
sequence length 102
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5i40A00
4UIXA 5DFCA 3MB4A 4YBMA 4C66A 4NYVA 5L99A 2G4AA 4UIUA 5A5SA 2GRCA 5D3HA 4RVRA 5ENFA 4YYKA 1JM4B 4J0SA 3RCWA 4QBMA 2E7OA 4NXJA 5LVRA 4TTEA 2YQDA 5JI8A 5HLSA 3D7CA 5ENGA 4UIVA 4QNSA 5BT5A 2RFJA 4O75A 5CQTA 4YAXA 1WUMA 5DKHA 3MXFA 4O77A 3U5JA 4CLBA 5CTLA 4HXLA 5A81A 5EVAA 4QY4A 5F60A 2E3KA 4N4FA 2L84A 5EI4A 3UVDA 3AADA 4UYEA 5DYXA 3UV4A 5D3PA 5CGPA 2FSAA 3ONIA 2YEMA 4A9EA 4KV4A 2WP2A 4DONA 4O72A 5DYUA 3QZTA 4ZQLA 5DY7A 5HQ7A 5IGMA 5DFBA 4QUTA 4J3IA 4WIVA 3SVHA 2H60A 5F61A 5FG4A 4LZSA 4BW4A 4BHWA 4UYFB 5E9VA 5KTUA 5FFVA 5D3LA 4XYAA 2DVQA 4XY8A 5CP5A 4TT2A 5D3SA 3ZYUA 5CY9A 5DFDA 3NXBA 5HJCA 5J0DA 5I83A 5I40A 5EPBA 5CQ3A 4UIWA 4CUUA 5D24A 5E7DA 5DW2A 4MR5A 2KTBB 5DW1A 4NR6A 5C89A 3AQAA 5D25A 4YH4A 3JVKA 3U5MA 5I1QA 5C7NA 2NXBA 5I89A 4NUCA 5C87A 3O37A 5I7XA 4TU6A 5A85A 5FFWA 4YYIA 5A82A 4X2IA 2E7NA 4LC2A 4IOOA 5D3NA 5EWCA 4TS8A 3U5OA 4QSSA 4BW2A 1EQFA 4CFLA 4NR4A 5IGLA 4CUSA 4YK0A 5CUBA 5FE1A 4YYHA 4NYWA 5EGUA 5E9KA 5AD2A 4PCIA 5TCMA 5C85A 5H1TA 4HBXA 5ENJA 4NR7A 4QZSA 5BT4A 4IORA 3U5NA 5D3JA 4NUEA 5CU8A 1E6IA 3LQIA 4HXOA 4O74A 5EWDA 3I3JA 4CUPA 2D9EA 5CRMA 3P1EA 4NQMA 4TYLA 3MULA 5CQAA 5FFYA 3DWYA 1F68A 4LR6A 4N3WA 4O7AA 4A9OA 4TU4A 4YBTA 5AMFA 5FB1A 5F3AA 5II2A 3O36A 4F3IA 3O33A 4QC1A 5CUCA 2RI7A 2OO1A 3S92A 4NYXA 4YC9A 4ALGA 4TQNA 3P1DA 5FE5A 4FLPA 4IR6A 5EWWA 5H1VA 5F25A 5DBMA 4PCEA 4CURA 4QEUA 2YW5A 5G4RA 5CQ5A 3LQHA 5D3TA 5FE4A 4BW3A 3LQJA 5A5PA 3G0LA 3P1CA 5H85A 4GPJA 5DYCA 5HENA 4CUTA 5CRZA 5TB6A 5HCLA 4PTBA 4LZRA 4UYGA 5HFRA 4E96A 2L85A 4N4IA 4PKLA 5KO4A 3UV2A 3MUKA 2I8NA 4MR4A 4YABA 1ZS5A 2R10A 4YADA 5CUEA 4O7CA 3FKMX 2F6NA 3UVWA 3QZSA 4A9LA 5CUGA 5EQ1A 5LJ1A 5E73A 3LJWA 3Q2EA 5LUUA 5E0RA 5EV9A 5FH7A 5L96A 3UV5A 5BT3A 4NR8A 4XUBA 4TZ2A 3SVGA 5D26A 4YY6A 4UYHA 2RNXA 4LRGA 3QZVA 4O7BA 5LKZA 5A5OA 2DATA 4MENA 3U5KA 5KHMA 3SVFA 3JVJA 4UIYA 4MEOA 4QSXA 4QSRA 5EPSA 5F2PA 2R0VA 4YYGA 4IR4A 4OUFA 5ETDA 3MQMA 5I7YA 5CQ7A 5FB0A 5CQ4A 2MJVB 5EWHA 4HXRA 4O71A 3UVXA 5L98A 2R0SA 5DLZA 5DX4A 4QYLA 5EM3A 5K29A 5H1UA 3G0JA 4NRBA 4HXKA 5I88A 2DKWA 2DVSA 5LKXA 5LKTA 5DLXA 4C67A 4Z1QA 5II1A 5A5QA 4HXMA 4HXNA 4UITA 5CS8A 5E3DA 2RNWA 2YYNA 5CUAA 4LYWA 5C8GA 4NUDA 3JVLA 3TLPA 2OUOA 4Q0NA 4WHWA 3LXJA 5ACYA 2R0YA 5KU3A 4OGIA 4YATA 5HQ5A 4QR3A 5F63A 2RNYA 4MEQA 4QC3A 5CUDA 4CUQA 4HBVA 5F36A 5IGKA 5LVQA 4LYIA 4A9MA 4QB3A 5ENHA 4O7EA 5COIA 4Z6HA 4HXPA 5IGNA 4KCXA 4UYDA 5E3GA 3HMFA 5DKCA 5EK9A 1WUGA 5FH6A 5FG6A 5A7CA 4CFKA 5LJ2A 4UYFA 5LKUA 3U5LA 5ETBA 5DYAA 5L8TA 5I80A 3HMHA 5EA1A 5I29A 4QUUA 5C4QA 5A5RA 1JSPB 4QSQA 5HM0A 5EICA 4A9KA 2RO1A 4YY4A 3IU6A 2I7KA 5HEMA 4LZ2A 3JVMA 4A9HA 5F62A 3GG3A 4QSPA 5FE6A 4NQNA 4TZ8A 5ENCA 4O78A 5E9IA 5FE3A 5AD3A 4ZC9A 3S91A 4A9JA 5EPRA 2WP1A 4OGJA 4A9IA 4YYDA 5F1LA 4ZW1A 5CPEA 5JWMA 5I86A 4IR5A 4Q0OA 2DVRA 2F6JA 4YYJA 5L8UA 3DAIA 1X0JA 5HRVA 4PS5A 5FE0A 5HELA 4CL9A 2N9GA 3IU5A 4J0RA 4A9FA 4LDFA 5CQ8A 3P5OA 3O34A 4O76A 4QSWA 5CQ6A 5E9LA 5FE2A 5AMEA 5ENBA 4N4HA 3UVYA 4QEWA 4XY9A 5HFQA 3K2JA 5EU1A 4QR4A 2D82A 5FBXA 1N72A 4Z93A 2DVVA 5F5ZA 4O7FA 5HQ6A 5D7XA 2LSPB 3HMEA 5FE9A 5ENIA 4ALHA 4N4GA 4PY6A 4TT4A 3U5PA 5FE8A 4MR6A 4O70A 4KV1A 4HXSA 4QYDA 5DKDA 5KTXA 5E9MA 5CFWA 2DWWA 5EWVA 5E9YA 4NR9A 4LYSA 5CZGA 5L97A 5FDZA 4IOQA 5F1HA 4AKNA 2YDWA 4J1PA 4QEVA 5FE7A 4UIZA 4NRCA 4Z6IA 4WHUA 2OSSA 4MEPA 5EP7A 4YYNA 4Z1SA 4BJXA 4QSUA 4IR3A 2YELA 3O35A 2YEKA 5KTWA 4HBWA 4XUAA 2RS9B 4YBSA 5IBNA 5HRWA 5IIDA 5EISA 4QSTA 5A5NA 5G4SA 2L5EA 5IG6A 5E74A 4A9NA 4NRAA 4QSVA 4MR3A 5FG5A 5FH8A 4TT6A 3MB3A 4QR5A 5D3RA 3UW9A 5A83A 4BW1A 4NS5A 4YYMA 5HRXA 5LJ0A 3Q2FA 4HBYA 5D0CA 4Y03A 4YH3A 4NR5A 5ENEA 3P1FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UIXA 5DFCA 3MB4A 4YBMA 4C66A 4NYVA 5L99A 2G4AA 4UIUA 5A5SA 2GRCA 5D3HA 4RVRA 5ENFA 4YYKA 1JM4B 4J0SA 3RCWA 4QBMA 2E7OA 4NXJA 5LVRA 4TTEA 3VKHA 2YQDA 5JI8A 5HLSA 3D7CA 5ENGA 4UIVA 4QNSA 5BT5A 2RFJA 4O75A 5CQTA 4YAXA 1WUMA 5DKHA 3MXFA 4O77A 1ZKRA 3U5JA 4AKIA 4CLBA 5CTLA 4HXLA 5A81A 5EVAA 4QY4A 5F60A 2E3KA 4N4FA 2L84A 5EI4A 3UVDA 3AADA 4UYEA 4AKGA 5DYXA 3UV4A 5D3PA 5CGPA 2FSAA 3ONIA 2YEMA 4A9EA 4KV4A 2WP2A 4DONA 4O72A 5DYUA 3QZTA 4ZQLA 5DY7A 5HQ7A 5IGMA 5DFBA 4QUTA 4J3IA 4WIVA 3SVHA 2H60A 5F61A 5FG4A 4LZSA 4BW4A 4BHWA 4UYFB 5E9VA 5KTUA 5FFVA 5D3LA 4XYAA 2DVQA 4XY8A 5CP5A 4TT2A 5D3SA 3ZYUA 5CY9A 5DFDA 3NXBA 5HJCA 5J0DA 5I83A 5I40A 5EPBA 5CQ3A 4UIWA 4CUUA 5D24A 5E7DA 5DW2A 4MR5A 2KTBB 5DW1A 4NR6A 5C89A 3AQAA 5D25A 4YH4A 3JVKA 3U5MA 5I1QA 5C7NA 2NXBA 5I89A 4NUCA 5C87A 3O37A 5I7XA 4TU6A 5A85A 5FFWA 4YYIA 5A82A 4X2IA 2E7NA 4LC2A 4IOOA 5D3NA 5EWCA 4TS8A 3U5OA 4QSSA 4BW2A 1EQFA 4CFLA 4NR4A 5IGLA 4CUSA 4YK0A 5CUBA 5FE1A 4YYHA 4NYWA 5EGUA 5E9KA 5AD2A 4PCIA 5TCMA 5C85A 5H1TA 4HBXA 5ENJA 4NR7A 4QZSA 5BT4A 4IORA 3U5NA 5D3JA 4NUEA 5CU8A 1E6IA 3LQIA 4HXOA 4O74A 5EWDA 3I3JA 4CUPA 2D9EA 5CRMA 3P1EA 4NQMA 4TYLA 3MULA 5CQAA 5FFYA 3DWYA 1F68A 4LR6A 4N3WA 4O7AA 4A9OA 4TU4A 3VKGA 4YBTA 5AMFA 5FB1A 5F3AA 5II2A 3O36A 4F3IA 3O33A 4QC1A 5CUCA 2RI7A 2OO1A 3S92A 4NYXA 4YC9A 4ALGA 4TQNA 3P1DA 5FE5A 4FLPA 4IR6A 5EWWA 5H1VA 5F25A 5DBMA 4PCEA 4CURA 4QEUA 2YW5A 5G4RA 5CQ5A 3LQHA 5D3TA 5FE4A 4BW3A 3LQJA 5A5PA 3G0LA 3P1CA 5H85A 4GPJA 5DYCA 5HENA 4CUTA 5CRZA 5TB6A 5HCLA 4PTBA 4LZRA 4UYGA 5HFRA 4E96A 2L85A 4N4IA 4PKLA 5KO4A 3UV2A 3MUKA 2I8NA 4MR4A 4YABA 1ZS5A 2R10A 4YADA 5CUEA 4O7CA 3FKMX 2F6NA 3UVWA 3QZSA 4A9LA 5CUGA 5EQ1A 5LJ1A 5E73A 3LJWA 3Q2EA 5LUUA 5E0RA 5EV9A 5FH7A 5L96A 3UV5A 5BT3A 4NR8A 4XUBA 4TZ2A 3SVGA 5D26A 4YY6A 4UYHA 2RNXA 4LRGA 3QZVA 4O7BA 5LKZA 5A5OA 2DATA 4MENA 3U5KA 5KHMA 3SVFA 3JVJA 4UIYA 4MEOA 4QSXA 4QSRA 5EPSA 5F2PA 2R0VA 4YYGA 4IR4A 4OUFA 5ETDA 3MQMA 5I7YA 5CQ7A 5FB0A 5CQ4A 2MJVB 5EWHA 4HXRA 4O71A 3UVXA 5L98A 2R0SA 5DLZA 5DX4A 4QYLA 5EM3A 5K29A 5H1UA 3G0JA 4NRBA 4HXKA 5I88A 2DKWA 2DVSA 5LKXA 5LKTA 5DLXA 4C67A 4Z1QA 5II1A 5A5QA 4HXMA 4HXNA 4UITA 5CS8A 4AI6A 5E3DA 2RNWA 2YYNA 5CUAA 4LYWA 5C8GA 4NUDA 3JVLA 3TLPA 2OUOA 4Q0NA 4WHWA 3LXJA 5ACYA 2R0YA 5KU3A 4OGIA 4YATA 5HQ5A 4QR3A 5F63A 2RNYA 4MEQA 4QC3A 5CUDA 3ERRA 4HBVA 2EJNA 5F36A 4CUQA 5IGKA 5LVQA 4LYIA 4A9MA 4QB3A 5ENHA 4O7EA 5COIA 4Z6HA 4HXPA 5IGNA 4KCXA 4UYDA 5E3GA 3HMFA 5DKCA 5EK9A 1WUGA 5FH6A 5FG6A 5A7CA 4CFKA 5LJ2A 4UYFA 5LKUA 3U5LA 5ETBA 5DYAA 5L8TA 5I80A 3HMHA 5EA1A 5I29A 4QUUA 5C4QA 5A5RA 1JSPB 4QSQA 5HM0A 5EICA 4A9KA 2RO1A 4YY4A 3IU6A 2I7KA 5HEMA 4LZ2A 3JVMA 4A9HA 5F62A 3GG3A 4QSPA 5FE6A 4NQNA 4TZ8A 5ENCA 4AKHA 4O78A 5E9IA 5FE3A 5AD3A 4ZC9A 3S91A 4A9JA 5EPRA 2WP1A 4OGJA 4A9IA 4YYDA 5F1LA 4ZW1A 5CPEA 5JWMA 5I86A 4IR5A 4Q0OA 2DVRA 2F6JA 4YYJA 5L8UA 3DAIA 1X0JA 5HRVA 4PS5A 5FE0A 5HELA 4CL9A 2N9GA 3IU5A 4J0RA 4A9FA 4LDFA 5CQ8A 3P5OA 3O34A 4O76A 4QSWA 5CQ6A 5E9LA 5FE2A 5AMEA 5ENBA 4N4HA 3UVYA 4QEWA 4XY9A 5HFQA 3K2JA 5EU1A 4QR4A 2D82A 5FBXA 1N72A 4Z93A 2DVVA 5F5ZA 4O7FA 5HQ6A 5D7XA 2LSPB 3HMEA 5FE9A 5ENIA 4ALHA 4N4GA 4PY6A 4TT4A 3U5PA 5FE8A 4MR6A 4O70A 4KV1A 4HXSA 4QYDA 5DKDA 5KTXA 5E9MA 5CFWA 2DWWA 1PUOA 5EWVA 5E9YA 4NR9A 4LYSA 5CZGA 5L97A 5FDZA 4IOQA 5F1HA 4AKNA 2YDWA 4J1PA 4QEVA 5FE7A 4UIZA 4NRCA 3D1BA 4Z6IA 4WHUA 2OSSA 4MEPA 5EP7A 4YYNA 4Z1SA 3D1DA 4BJXA 4QSUA 4IR3A 2YELA 3O35A 2YEKA 5KTWA 4HBWA 4XUAA 2RS9B 4YBSA 5IBNA 5HRWA 5IIDA 5EISA 4QSTA 5A5NA 5G4SA 2L5EA 5IG6A 5E74A 4A9NA 4NRAA 4QSVA 4MR3A 5FG5A 5FH8A 4TT6A 3MB3A 4QR5A 5D3RA 3UW9A 5A83A 4BW1A 4NS5A 4YYMA 5HRXA 5LJ0A 3Q2FA 4HBYA 5D0CA 4Y03A 4YH3A 4NR5A 5ENEA 3P1FA
chains in the Genus database with same CATH topology
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