5K29A

Trypanosoma brucei bromodomain bdf5 (tb427tmp.01.5000)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
119
structure length
97
Chain Sequence
RQLLYPREEMVSLVRSLDRPKVCPNRCDLATAADRAAKGAYGYDVQLTTLKEDIRLMVNNCILFNGAEGAYADAARTFEKFAMGKIDAYISQKVGGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords uncharacterized protein BDF5
publication title Trypanosoma brucei bromodomain BDF5 (Tb427tmp.01.5000)
rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 gutat10.1)
total genus 36
structure length 97
sequence length 119
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5k29A00
4NR9A 4TYLA 4LDFA 4Q0NA 5AMEA 5LJ2A 5F5ZA 5D3RA 5DKDA 5FH7A 4C66A 5DW1A 4YATA 4A9LA 5FB1A 5FE5A 5I29A 5E74A 3LQIA 4IORA 4LYIA 5D7XA 2RFJA 3JVLA 5CQ5A 4IOOA 4ZC9A 4BW1A 5FG5A 2D82A 5CS8A 5JI8A 3MULA 4UITA 5E9VA 5EU1A 5EWWA 5KTUA 4NXJA 5D3TA 4C67A 5A5OA 5DKCA 4Z1QA 4HXLA 2L84A 3O37A 5CQ7A 4CUSA 3UV2A 5A85A 4YYDA 4UIZA 5CZGA 3HMFA 4HXKA 4YAXA 5I83A 5ENBA 2RI7A 5HLSA 4YYMA 4O71A 2R10A 4LC2A 3HMHA 4NR7A 5EI4A 5D3HA 4YABA 5C87A 4J1PA 2OUOA 5EISA 4WIVA 4QZSA 4LZ2A 5EWVA 5IGMA 4O75A 2WP2A 5LUUA 4A9MA 4O76A 5DKHA 4QBMA 4QSWA 4MENA 4MEPA 5ACYA 2L85A 4YBSA 4QSVA 4UYFB 2DKWA 4YBMA 5C7NA 2YEMA 2N9GA 3UV4A 2YEKA 4O70A 3S91A 5FDZA 3IU5A 5LVQA 4NR4A 5FG6A 4NR5A 3SVHA 2FSAA 4NRBA 2DWWA 5D3NA 5FE4A 4WHUA 4HBYA 3LQJA 4J0RA 5DYXA 5II2A 5LJ0A 5H1TA 3MB4A 5ENEA 5FH8A 5IGLA 5FE2A 4MR5A 2NXBA 5A5NA 4QSUA 4NUDA 4QEWA 5COIA 5FE7A 4Z6HA 5ENGA 5LKUA 5HRWA 5LVRA 5J0DA 4UYHA 4PY6A 2F6JA 4ALHA 5CUEA 5D3JA 4IR4A 5L8TA 2D9EA 4PKLA 4PCEA 4Y03A 1N72A 5FH6A 5TB6A 4YYKA 4LYSA 4MR3A 4Q0OA 4UIYA 4QUTA 4IR3A 5G4RA 4NYXA 4MR4A 5D3LA 5L99A 4FLPA 4TQNA 5CUDA 5DFCA 5FFVA 5I40A 4IR6A 4QY4A 5FBXA 5EM3A 1F68A 5HFQA 4TT2A 4XY9A 5DYCA 5D24A 3UV5A 4NRCA 5A7CA 5G4SA 5EPSA 4QR3A 5EWCA 4O72A 4QB3A 4QSPA 4QR4A 5CU8A 3DWYA 4WHWA 2YYNA 5AD2A 5C85A 4UIWA 5I7YA 5HRXA 5LJ1A 4A9FA 5EV9A 5CQ6A 5KHMA 4YADA 3U5JA 4XY8A 2YELA 5EVAA 5F60A 2RS9B 4N4GA 5A5QA 4NUCA 2G4AA 5A5SA 3DAIA 4HBWA 4QEUA 5EPBA 5E9LA 5FE6A 5ETDA 3MQMA 4A9KA 2E7OA 4NYWA 5EICA 5CGPA 4N3WA 5ENIA 3Q2FA 5BT5A 4BW4A 5IGNA 5HEMA 4A9OA 3O34A 5KU3A 2RO1A 4QSTA 4TT6A 4CFLA 5CRZA 4UYEA 5ENHA 5DYUA 5KO4A 5CQ3A 3U5LA 4AKNA 3LXJA 1JSPB 5EQ1A 5C8GA 5EA1A 4UYFA 3O35A 5E9IA 3MXFA 4HXNA 4HBXA 2DATA 5A5PA 4YK0A 2R0YA 4IOQA 4X2IA 5A83A 1E6IA 4XUBA 5DYAA 3U5PA 4O7AA 5HM0A 5A81A 1WUGA 3I3JA 2E3KA 5CP5A 4UIVA 5E9KA 4OGJA 5D3PA 3AADA 3D7CA 5ENJA 5I89A 5F1LA 5F25A 4UIUA 4HXRA 2YDWA 4YYJA 2DVQA 3RCWA 5AMFA 4MEQA 4QYDA 5DFBA 3ZYUA 4YYIA 5ENFA 4O7BA 4N4FA 4TU4A 4HXPA 2E7NA 5EGUA 4O7FA 5BT4A 4TS8A 5LKXA 3P1EA 3UVXA 4J3IA 2F6NA 5EWDA 3HMEA 5HENA 2YQDA 4LR6A 2GRCA 5F62A 2I8NA 4HXMA 5F3AA 4YYNA 4PS5A 5II1A 4MR6A 2OO1A 4YYGA 4MEOA 5F61A 4LZRA 4KV1A 4LYWA 4Z1SA 4NUEA 3FKMX 3UVYA 5ENCA 4QYLA 4NS5A 2YW5A 4YH3A 4YYHA 3U5MA 5HCLA 5FE0A 5CQ8A 3QZVA 5AD3A 5A5RA 4BW2A 5HQ6A 5HQ5A 4NQMA 5E3DA 5DLZA 5E7DA 5CUGA 3NXBA 5CFWA 1WUMA 5FB0A 4TU6A 2I7KA 5HELA 5ETBA 4A9NA 4BHWA 3LQHA 4KV4A 5KTWA 4CFKA 3O33A 5I80A 4PTBA 5F36A 5FFWA 4F3IA 4KCXA 4QR5A 3JVJA 2OSSA 3GG3A 5FE3A 4RVRA 4TT4A 5FE9A 5TCMA 5H1UA 4BW3A 3TLPA 2DVRA 3UVDA 4UYGA 5I86A 5E73A 4NQNA 4YBTA 2H60A 5HFRA 4QNSA 5DX4A 2RNWA 5I1QA 5CTLA 1X0JA 5I88A 5D26A 5DW2A 2DVVA 3QZTA 2LSPB 4A9EA 3UVWA 4GPJA 4PCIA 4O78A 5L98A 3K2JA 5F63A 4OUFA 5I7XA 5L8UA 5DY7A 5EP7A 4O7CA 4E96A 3JVKA 3G0LA 5BT3A 5IGKA 4NR8A 5HQ7A 2L5EA 2R0VA 5L97A 4N4HA 3Q2EA 2RNYA 3SVGA 4HBVA 4YC9A 4A9JA 5H1VA 4QUUA 3U5NA 4QSSA 4O7EA 5LKTA 2DVSA 5DFDA 5D25A 3LJWA 5CUCA 3MB3A 4YY4A 5CY9A 5FG4A 5H85A 4A9IA 4IR5A 4TZ8A 2RNXA 5A82A 5D3SA 4HXSA 4QC3A 5HRVA 5L96A 5CQ4A 4XUAA 1JM4B 3IU6A 4BJXA 5JWMA 3U5OA 5DBMA 3AQAA 4J0SA 5CQAA 5F1HA 4CUTA 5IG6A 4QEVA 3QZSA 4QSXA 4Z93A 5E3GA 3P5OA 4O77A 3MUKA 1EQFA 3SVFA 4CLBA 5CQTA 5EWHA 4ZQLA 5C89A 4OGIA 5CRMA 4CURA 5E9MA 4ALGA 4YY6A 2WP1A 3P1CA 5CUBA 4CUQA 2R0SA 5IIDA 4UIXA 4LRGA 5LKZA 2MJVB 5FE8A 4CL9A 4LZSA 4XYAA 3ONIA 4O74A 4UYDA 5EPRA 4QSRA 5EK9A 3P1DA 4DONA 5E0RA 5FE1A 5CPEA 5CUAA 3U5KA 5IBNA 5C4QA 4NYVA 5DLXA 3G0JA 4Z6IA 1ZS5A 5K29A 4N4IA 3P1FA 2KTBB 5KTXA 4QSQA 5FFYA 3UW9A 4NR6A 5E9YA 3JVMA 3S92A 4CUUA 5D0CA 3O36A 4TZ2A 4YH4A 4ZW1A 4QC1A 4CUPA 4TTEA 5HJCA 4A9HA 4HXOA 5F2PA 4NRAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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