5L8TA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 2
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
publication title Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5l8tA00
4QSXA 5E3GA 3P1FA 2L5EA 3LQHA 5F3AA 5EA1A 4QB3A 4BJXA 5CS8A 4MENA 4YBTA 3LJWA 4A9FA 4E96A 4YBSA 5D3JA 5LKZA 4XY8A 5I40A 5E7DA 4Z93A 4CLBA 5CUEA 4OGJA 5HRWA 4HXLA 3S91A 5LKXA 3MXFA 3IU5A 5LJ1A 5H1TA 4YATA 5F5ZA 5DLZA 5EI4A 4O7AA 5IBNA 4PY6A 4YYJA 4HXMA 4Z1QA 4QYDA 2YELA 3O34A 4YYNA 3P1CA 2RI7A 5DFCA 5FB1A 5D24A 3QZTA 4LC2A 5EPRA 4PTBA 3MB4A 4YYKA 3U5JA 1F68A 5FE3A 2R10A 5E9LA 5FFWA 4YYHA 4CL9A 4MEPA 5BT4A 5LVQA 4HXNA 5ENJA 4KV1A 5HQ6A 5D3HA 5D3TA 5E3DA 5DFBA 5D3SA 4TT2A 4PCIA 4QSVA 4ZQLA 4QSUA 2L84A 4Q0OA 5F25A 4NR4A 5JWMA 2L85A 3QZSA 5CTLA 4A9LA 5E74A 4NYWA 3D7CA 4NUDA 5C8GA 4A9HA 5LJ2A 4QC1A 4PKLA 5DLXA 4NR8A 5EQ1A 5C87A 5CU8A 4QBMA 5C89A 5LJ0A 2YEMA 4O72A 5A7CA 5EICA 3S92A 5AD2A 5CQ6A 1E6IA 4QZSA 4IOOA 3UVYA 5ENGA 4TYLA 5D0CA 5E0RA 5IGLA 4QSRA 4PCEA 5D25A 5F36A 3QZVA 4Z6IA 2GRCA 1WUGA 5D3PA 4QEWA 3GG3A 4XYAA 5FE5A 5KTXA 4Z6HA 3G0JA 4BW4A 1N72A 5F1HA 4LR6A 4NR6A 5FH8A 5DYCA 5IGNA 5KTWA 5C4QA 4O7FA 5DYUA 4TU6A 4OUFA 5LKUA 2DKWA 5F60A 4QYLA 5ENBA 4XUBA 4QUUA 4Z1SA 3P1DA 5A85A 4O74A 2R0YA 5CQ7A 5A5QA 5FE0A 3SVHA 5D7XA 2RNWA 2DVSA 5F62A 5ACYA 5ETBA 5HFRA 4YY4A 5FE9A 4BW2A 3SVFA 3MULA 5FDZA 3LQJA 3O33A 5CQTA 4UYDA 3DWYA 1JSPB 2OO1A 2I7KA 4YADA 4ALGA 2R0SA 2DVRA 5ENEA 5ENCA 4UYFA 4A9NA 4QSTA 4QR5A 4TQNA 5ENIA 4QNSA 5A83A 5JI8A 5IIDA 5FH6A 3DAIA 5EWDA 4QR3A 5KTUA 5BT3A 5HRXA 5H1VA 4FLPA 5EU1A 4N4GA 2DWWA 5CGPA 5I83A 5DYXA 4HBYA 5EK9A 5A5OA 5CUAA 4TZ2A 4MEQA 5HQ5A 2RNYA 4UYEA 5CQ8A 3JVJA 5F63A 3U5LA 4OGIA 3O37A 4O77A 4QSSA 5DFDA 4O75A 3P5OA 4WIVA 5EPBA 4LZSA 4NQMA 3MB3A 3O36A 4C66A 4CUUA 4TS8A 4HBVA 4YH4A 5EVAA 4CUSA 3P1EA 5H1UA 2F6JA 4YH3A 2F6NA 4NXJA 2YW5A 4A9OA 4IR3A 4YC9A 5LKTA 4UIWA 5E9IA 4CFLA 4GPJA 5FE8A 5BT5A 5HFQA 5DW1A 5A5RA 5TCMA 5CZGA 5IG6A 4TU4A 4O7EA 5EPSA 5A5SA 5CQ3A 4UIUA 5CFWA 4N4IA 2E7OA 5FFYA 5F61A 5FG6A 5CPEA 4LYWA 5FG5A 5D3RA 5C85A 5CUCA 3ZYUA 5FH7A 2G4AA 4NR9A 4XY9A 4C67A 1WUMA 4TZ8A 4NRAA 3MUKA 5DYAA 4A9IA 4YABA 5CP5A 5EWHA 4QEUA 3UV4A 5KHMA 2DVQA 4QSPA 5A5PA 5A5NA 4O76A 4UIZA 5D3LA 3U5KA 3NXBA 5DW2A 3U5OA 5FG4A 4HXRA 5E9MA 2YYNA 5CQAA 1X0JA 4YYGA 5I7XA 3HMEA 2RFJA 5COIA 5DKCA 4CFKA 4Y03A 4TT6A 4LYSA 4IR4A 5HQ7A 4NUEA 5EWVA 3SVGA 4MR4A 4J1PA 2R0VA 5TB6A 3LQIA 4A9KA 4HXOA 4UIVA 4O7BA 5KO4A 2RO1A 4BW1A 5FE7A 3ONIA 5AMEA 3LXJA 4NR7A 5II2A 5FE6A 4UIXA 4CUPA 4UYGA 5I7YA 3JVLA 5EWWA 5A82A 5FBXA 4IR5A 4QR4A 3FKMX 2WP2A 4MR6A 4KCXA 4QSWA 5I89A 5IGMA 5FFVA 5FE1A 5DX4A 4QEVA 5H85A 5AMFA 3JVMA 5CQ4A 5EWCA 5ETDA 4J0RA 3I3JA 4YYMA 4KV4A 5HLSA 4IR6A 4QUTA 4NQNA 5FB0A 5I29A 4BW3A 4LDFA 5CUBA 5FE4A 4NRCA 4J0SA 3MQMA 5ENHA 5L8UA 5FE2A 4HXSA 4WHUA 3UVDA 5HM0A 4CUTA 2OSSA 4O7CA 5CY9A 4XUAA 5DKHA 4TTEA 3HMFA 2NXBA 4YYDA 4YYIA 5I88A 5E73A 4YY6A 5E9KA 3U5NA 4NRBA 5J0DA 4O71A 2N9GA 3IU6A 4MR5A 5II1A 3UW9A 5L99A 3G0LA 3UVXA 3TLPA 4HBXA 5HENA 2I8NA 5A81A 4UYFB 3UV2A 5AD3A 2D9EA 4QC3A 4LZRA 4LZ2A 4CURA 4CUQA 4NUCA 5CQ5A 5DBMA 4YK0A 2DVVA 4NS5A 4NYXA 3K2JA 4NYVA 5HEMA 4F3IA 4ALHA 5L98A 2DATA 5HELA 2LSPB 5C7NA 2YQDA 4N4FA 4NR5A 2D82A 4YAXA 5I86A 5HJCA 5EISA 5D3NA 3HMHA 5F1LA 5EGUA 4QY4A 4TT4A 4A9MA 5IGKA 4N3WA 2KTBB 5L97A 3UV5A 4UYHA 3AADA 5EV9A 2E7NA 5E9YA 4ZW1A 5I80A 4AKNA 4IOQA 2YEKA 4UIYA 4MR3A 5L8TA 3U5PA 4J3IA 1EQFA 5EM3A 5LVRA 4HXPA 5CUGA 2RNXA 4HXKA 5L96A 1ZS5A 2YDWA 3JVKA 4A9JA 2MJVB 3O35A 3AQAA 4QSQA 5HRVA 4ZC9A 4A9EA 5KU3A 3UVWA 3Q2EA 5HCLA 4YBMA 5G4RA 4BHWA 3Q2FA 2H60A 4N4HA 4X2IA 2OUOA 4IORA 4WHWA 3U5MA 4RVRA 4O78A 5G4SA 3RCWA 5LUUA 5D26A 4HBWA 4UITA 5EP7A 5E9VA 2E3KA 1JM4B 4Q0NA 4O70A 5CUDA 4MEOA 4LYIA 4DONA 2WP1A 2FSAA 5K29A 5CRMA 5ENFA 5I1QA 5F2PA 4PS5A 5DY7A 2RS9B 5CRZA 4LRGA 5DKDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QSXA 5E3GA 3P1FA 2L5EA 3LQHA 5F3AA 4AKIA 5EA1A 4QB3A 4BJXA 5CS8A 4MENA 4YBTA 3LJWA 4A9FA 4E96A 4YBSA 5D3JA 5LKZA 4XY8A 5I40A 5E7DA 4Z93A 4CLBA 5CUEA 4OGJA 5HRWA 4HXLA 3S91A 5LKXA 3MXFA 3IU5A 5LJ1A 5H1TA 4YATA 5F5ZA 5DLZA 5EI4A 4O7AA 5IBNA 4PY6A 4YYJA 4HXMA 4Z1QA 4QYDA 2YELA 3O34A 4YYNA 3P1CA 2RI7A 5DFCA 5FB1A 5D24A 3QZTA 4LC2A 5EPRA 4PTBA 3MB4A 4YYKA 3U5JA 1F68A 5FE3A 2R10A 5E9LA 5FFWA 4YYHA 4CL9A 4MEPA 5BT4A 5LVQA 2EJNA 4HXNA 5ENJA 4KV1A 5HQ6A 5D3HA 5D3TA 5E3DA 5DFBA 5D3SA 4TT2A 4PCIA 4QSVA 4ZQLA 4QSUA 2L84A 4Q0OA 5F25A 4NR4A 5JWMA 1PUOA 2L85A 3QZSA 5CTLA 4A9LA 5E74A 4NYWA 3D7CA 4NUDA 5C8GA 4A9HA 5LJ2A 4QC1A 4PKLA 5DLXA 4NR8A 5EQ1A 5C87A 5CU8A 4QBMA 5C89A 5LJ0A 2YEMA 4O72A 5A7CA 5EICA 3S92A 5AD2A 5CQ6A 1E6IA 4QZSA 4IOOA 3UVYA 5ENGA 4TYLA 5D0CA 5E0RA 5IGLA 4QSRA 4PCEA 5D25A 5F36A 3QZVA 4Z6IA 2GRCA 1WUGA 5D3PA 4QEWA 3GG3A 4XYAA 5FE5A 5KTXA 4Z6HA 3G0JA 4BW4A 1N72A 5F1HA 4LR6A 4NR6A 5FH8A 5DYCA 5IGNA 5KTWA 5C4QA 4O7FA 5DYUA 4TU6A 4OUFA 5LKUA 2DKWA 5F60A 4QYLA 5ENBA 4XUBA 4QUUA 4Z1SA 3P1DA 5A85A 4O74A 2R0YA 5CQ7A 5A5QA 5FE0A 3SVHA 5D7XA 2RNWA 2DVSA 5F62A 5ACYA 5ETBA 3VKHA 5HFRA 4YY4A 5FE9A 4BW2A 3SVFA 3MULA 5FDZA 3LQJA 3O33A 5CQTA 4UYDA 3DWYA 1JSPB 2OO1A 2I7KA 4YADA 4ALGA 2R0SA 2DVRA 5ENEA 5ENCA 4UYFA 4A9NA 4QSTA 4QR5A 4TQNA 5ENIA 4QNSA 5A83A 5JI8A 5IIDA 5FH6A 3DAIA 5EWDA 4QR3A 5KTUA 5BT3A 5HRXA 5H1VA 4FLPA 5EU1A 4N4GA 2DWWA 5CGPA 5I83A 5DYXA 4HBYA 5EK9A 5A5OA 5CUAA 4TZ2A 4MEQA 5HQ5A 2RNYA 4UYEA 5CQ8A 3JVJA 5F63A 3U5LA 4OGIA 3O37A 4O77A 4QSSA 5DFDA 4O75A 3P5OA 4WIVA 5EPBA 4LZSA 4NQMA 3MB3A 3O36A 4C66A 4CUUA 4TS8A 4HBVA 4YH4A 5EVAA 4CUSA 3P1EA 5H1UA 2F6JA 4YH3A 2F6NA 4NXJA 2YW5A 4A9OA 4IR3A 4YC9A 5LKTA 4UIWA 5E9IA 4CFLA 4GPJA 5FE8A 5BT5A 5HFQA 5DW1A 5A5RA 5TCMA 5CZGA 5IG6A 4TU4A 4O7EA 5EPSA 5A5SA 5CQ3A 4UIUA 5CFWA 4N4IA 2E7OA 5FFYA 5F61A 5FG6A 5CPEA 4LYWA 5FG5A 5D3RA 5C85A 5CUCA 3ZYUA 5FH7A 2G4AA 4NR9A 4XY9A 4C67A 1WUMA 4TZ8A 4NRAA 3MUKA 5DYAA 4A9IA 4YABA 5CP5A 5EWHA 4QEUA 3UV4A 5KHMA 2DVQA 4QSPA 5A5PA 5A5NA 4O76A 4UIZA 5D3LA 3U5KA 3NXBA 5DW2A 3U5OA 5FG4A 4HXRA 5E9MA 2YYNA 5CQAA 1X0JA 4YYGA 5I7XA 3HMEA 2RFJA 5COIA 5DKCA 4CFKA 4Y03A 4TT6A 4LYSA 4IR4A 5HQ7A 4NUEA 5EWVA 3SVGA 4MR4A 4J1PA 2R0VA 5TB6A 3LQIA 4A9KA 4HXOA 4UIVA 4O7BA 5KO4A 2RO1A 4BW1A 5FE7A 3ONIA 5AMEA 3LXJA 4NR7A 5II2A 5FE6A 4UIXA 4CUPA 4UYGA 5I7YA 3JVLA 5EWWA 5A82A 5FBXA 4IR5A 4QR4A 3FKMX 2WP2A 4MR6A 4KCXA 4QSWA 5I89A 5IGMA 5FFVA 5FE1A 5DX4A 4AI6A 4QEVA 5H85A 5AMFA 3JVMA 5CQ4A 5EWCA 5ETDA 4J0RA 3I3JA 4YYMA 4KV4A 5HLSA 4IR6A 4QUTA 4NQNA 5FB0A 5I29A 4BW3A 4LDFA 5CUBA 5FE4A 4NRCA 4J0SA 3MQMA 5ENHA 5L8UA 5FE2A 4HXSA 4WHUA 3UVDA 5HM0A 4CUTA 2OSSA 4O7CA 5CY9A 4XUAA 5DKHA 4TTEA 3HMFA 2NXBA 4YYDA 4YYIA 5I88A 5E73A 4YY6A 5E9KA 3U5NA 4NRBA 5J0DA 4O71A 2N9GA 3IU6A 4MR5A 5II1A 3UW9A 5L99A 3G0LA 3UVXA 3TLPA 4HBXA 3VKGA 5HENA 2I8NA 5A81A 4UYFB 3UV2A 5AD3A 2D9EA 4QC3A 4LZRA 4LZ2A 4CURA 4CUQA 4NUCA 5CQ5A 5DBMA 4YK0A 2DVVA 4NS5A 4NYXA 3K2JA 4NYVA 5HEMA 4F3IA 4ALHA 5L98A 2DATA 5HELA 2LSPB 5C7NA 2YQDA 3D1DA 4N4FA 4NR5A 2D82A 4YAXA 5I86A 5HJCA 5EISA 5D3NA 3HMHA 5F1LA 5EGUA 4QY4A 4TT4A 4A9MA 5IGKA 4N3WA 2KTBB 5L97A 3UV5A 4UYHA 3AADA 5EV9A 2E7NA 5E9YA 4ZW1A 5I80A 4AKNA 4IOQA 4AKGA 2YEKA 4UIYA 4MR3A 5L8TA 3U5PA 4J3IA 1EQFA 5EM3A 5LVRA 3D1BA 4HXPA 5CUGA 2RNXA 4HXKA 5L96A 1ZS5A 2YDWA 3JVKA 4A9JA 2MJVB 3O35A 3AQAA 4QSQA 5HRVA 4ZC9A 4A9EA 5KU3A 3UVWA 3Q2EA 5HCLA 4YBMA 5G4RA 4BHWA 3Q2FA 2H60A 4N4HA 4X2IA 2OUOA 4IORA 4WHWA 3U5MA 4RVRA 4O78A 5G4SA 3RCWA 5LUUA 5D26A 4HBWA 4UITA 5EP7A 5E9VA 2E3KA 1JM4B 4Q0NA 4O70A 5CUDA 4MEOA 4LYIA 4DONA 2WP1A 2FSAA 5K29A 5CRMA 4AKHA 5ENFA 5I1QA 5F2PA 3ERRA 4PS5A 5DY7A 2RS9B 5CRZA 4LRGA 5DKDA 1ZKRA
chains in the Genus database with same CATH topology
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