5L96A

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 1
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5l96A00
5CFWA 4ZC9A 2OUOA 2RNYA 4IR4A 4MEPA 4HXPA 2DVVA 5CQ5A 5JWMA 5DKCA 5IIDA 5D3PA 4YH3A 4TU4A 5FE2A 3O36A 4CFKA 4HXNA 4XUAA 5EPBA 5A82A 5FH6A 4QSWA 4O77A 4A9IA 5A7CA 2RI7A 5ENFA 4BJXA 5E73A 4UIYA 5FH8A 5FG6A 4N4IA 5DYXA 3O37A 5D3HA 2RNWA 4UYEA 5F62A 4YY4A 5A5SA 4PY6A 2G4AA 5IG6A 3U5KA 3U5NA 5HENA 5C85A 5LKXA 4QEUA 4YK0A 4XY8A 5CQ7A 4ZW1A 5KTWA 4ZQLA 4UYGA 4YYHA 4QSUA 2OSSA 4N3WA 5F60A 4KV1A 2R0YA 4O72A 2RNXA 5IBNA 2I7KA 4XY9A 5AMFA 4NS5A 3LJWA 5LJ2A 5DW1A 4UIWA 4YBMA 5I88A 2YELA 5D3JA 5I1QA 3U5PA 5A5NA 1E6IA 4LYSA 5E9MA 4NYWA 3P1EA 3U5JA 5LJ1A 3G0JA 5CP5A 4QSTA 5LVQA 5HRXA 4UIUA 5EQ1A 5H1VA 4QSSA 4QSRA 3UVYA 5A5QA 4NUEA 5HRWA 5D3NA 4ALHA 4QEWA 5FE4A 5BT3A 5DFCA 5F1LA 3IU5A 5IGKA 4A9MA 4LYWA 4YBSA 5DYAA 5DYUA 4Z6IA 5II1A 5HLSA 5AMEA 5KTUA 3O35A 5IGLA 3U5MA 4CL9A 5G4SA 2LSPB 4NR5A 4YY6A 2R10A 4Y03A 4Q0OA 4QC1A 4NR4A 4Z6HA 5HM0A 3U5LA 5CQ3A 5CUCA 4TTEA 5FE5A 3O34A 1JSPB 4CFLA 2YW5A 3Q2EA 5EISA 3DAIA 3SVHA 5C89A 4QSPA 4TT6A 4O7EA 4OUFA 2N9GA 5HRVA 4QR5A 5D7XA 5C87A 1ZS5A 4CUSA 4TU6A 4IR5A 3P1CA 4GPJA 3S92A 4BW4A 5HQ6A 3SVFA 5D3SA 3JVKA 4A9LA 5IGNA 5CQ4A 5FFYA 5LJ0A 4TQNA 5FBXA 5F61A 2DKWA 4QR3A 4YC9A 5CQAA 3UV4A 5CTLA 2YQDA 2GRCA 2F6NA 3MUKA 1X0JA 4TYLA 4O75A 5E9VA 4LZSA 3Q2FA 4LDFA 2YDWA 3P5OA 3RCWA 5H1TA 5K29A 4YATA 5KHMA 2D9EA 4BW2A 3UVWA 4NRAA 4HXSA 2D82A 3JVMA 4YBTA 5KU3A 4A9KA 3UVDA 5I83A 5CQTA 4IR3A 4QR4A 4KV4A 5A5OA 5HELA 2E3KA 4A9JA 3I3JA 5CZGA 5D24A 5FG4A 2KTBB 5CUAA 5ENGA 5EU1A 2WP2A 2DWWA 4UYHA 5CS8A 2WP1A 5E9YA 5FE0A 5E9IA 4FLPA 4YH4A 5I7YA 5A5PA 4NRCA 5I7XA 4TT4A 3JVJA 5D3TA 5C7NA 3HMEA 5J0DA 3IU6A 4YYMA 4ALGA 5ENJA 5CQ8A 4NRBA 4A9HA 4YYKA 3SVGA 5C8GA 5DKHA 4AKNA 5FFWA 5BT5A 4O7BA 4F3IA 4NQMA 5I89A 4YABA 2H60A 2DVQA 4QSQA 5I40A 5F5ZA 5A85A 5L98A 3MB4A 5FG5A 4J3IA 5L99A 5BT4A 5DW2A 5CUBA 4HXOA 5L8TA 4IOQA 5CQ6A 4O78A 5FH7A 5HJCA 4CLBA 5EWWA 4LZ2A 4LR6A 4HXRA 3MB3A 4CUTA 3S91A 4MENA 5DYCA 1WUMA 4XYAA 4UYFA 4YYDA 5F2PA 4WHWA 4QUTA 5KTXA 4O74A 4YADA 5FE7A 5EPSA 5IGMA 5E3DA 4NUDA 2NXBA 5CRZA 3TLPA 4YYNA 5I80A 3QZTA 4HXMA 4MR6A 4WIVA 5DY7A 3GG3A 5DLZA 5DKDA 3UW9A 4YYGA 2MJVB 5EWCA 4QZSA 4C67A 5ENCA 5ENEA 4PCEA 4NUCA 4E96A 3FKMX 5AD2A 3QZVA 4MR3A 5FE8A 5H85A 4A9EA 5HQ7A 5A83A 4OGJA 5L8UA 5EM3A 3AQAA 5F1HA 5FFVA 4CURA 4Q0NA 4IR6A 4MEOA 5HFQA 4TZ8A 4BW1A 4HBYA 4PS5A 4XUBA 3LQJA 5EPRA 2I8NA 4BW3A 1N72A 1JM4B 5D26A 4MR5A 4QSXA 5FDZA 5E74A 4N4HA 4J0SA 3UV2A 3NXBA 1EQFA 1WUGA 5D3LA 2FSAA 5FE3A 4NXJA 3LQHA 4O70A 4MEQA 5DFBA 4NYXA 5EA1A 5E0RA 4DONA 4TT2A 4QYDA 5D3RA 5EWVA 3UVXA 3P1FA 4QNSA 4O7FA 5D25A 4LYIA 4X2IA 3ZYUA 5EVAA 4Z93A 5L97A 4NR8A 2RO1A 2DVRA 4HXLA 4UYDA 4HBWA 5A5RA 4LC2A 3P1DA 5EV9A 4NR9A 2E7OA 4UITA 4UIZA 5FB1A 5C4QA 5LKZA 5EP7A 5II2A 2L84A 4QUUA 2DATA 5D0CA 3U5OA 4TS8A 4Z1SA 5H1UA 3MXFA 4BHWA 5DFDA 5LUUA 5CU8A 4O7AA 5F3AA 3ONIA 3HMFA 4QB3A 5G4RA 5ENHA 5CY9A 5AD3A 4NYVA 5TCMA 5EWDA 5CUEA 4PKLA 4QBMA 5F36A 3AADA 2RS9B 5LKTA 3JVLA 4KCXA 2OO1A 2L85A 3MULA 5FB0A 5I29A 3K2JA 5DX4A 2L5EA 4YAXA 5KO4A 4IORA 5CPEA 4QYLA 4N4GA 3MQMA 4A9NA 4O71A 4A9OA 4LZRA 5DBMA 4OGIA 4PTBA 4UYFB 5EGUA 5ETDA 4NQNA 5E9LA 2R0VA 5HEMA 5LVRA 4CUPA 4WHUA 5I86A 5E9KA 4HBXA 5ENIA 5CUGA 2RFJA 4CUUA 4O7CA 2R0SA 5F63A 3D7CA 2YEKA 2DVSA 4YYIA 5HCLA 3G0LA 4LRGA 4QSVA 5HFRA 4Z1QA 4C66A 1F68A 5HQ5A 3HMHA 5JI8A 5FE1A 2YEMA 5L96A 5ENBA 4O76A 4QY4A 2F6JA 3DWYA 5CRMA 3O33A 5ETBA 4MR4A 5LKUA 4J0RA 4QEVA 5F25A 5FE6A 5DLXA 4TZ2A 5FE9A 3LQIA 4YYJA 4HXKA 4A9FA 4PCIA 4QC3A 5EWHA 5ACYA 4RVRA 4N4FA 5TB6A 2E7NA 5E3GA 3LXJA 4CUQA 5EI4A 2YYNA 5EK9A 5E7DA 5EICA 3QZSA 5CUDA 4J1PA 5COIA 4IOOA 5A81A 3UV5A 4HBVA 4UIVA 4NR6A 4UIXA 5CGPA 4NR7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CFWA 4ZC9A 2OUOA 2RNYA 4IR4A 4MEPA 4HXPA 2DVVA 5CQ5A 5JWMA 5DKCA 5IIDA 5D3PA 4YH3A 4TU4A 5FE2A 3O36A 4CFKA 4HXNA 4XUAA 5EPBA 5A82A 5FH6A 4QSWA 4O77A 4A9IA 5A7CA 2RI7A 5ENFA 4BJXA 5E73A 4UIYA 5FH8A 5FG6A 4N4IA 5DYXA 3O37A 5D3HA 2RNWA 4UYEA 5F62A 4YY4A 5A5SA 4PY6A 2G4AA 5IG6A 3U5KA 3U5NA 5HENA 5C85A 5LKXA 4QEUA 4YK0A 4XY8A 5CQ7A 4ZW1A 5KTWA 4ZQLA 4UYGA 4YYHA 4QSUA 2OSSA 4N3WA 5F60A 4KV1A 2R0YA 4O72A 2RNXA 5IBNA 4AKGA 2I7KA 4XY9A 5AMFA 4NS5A 3LJWA 5LJ2A 5DW1A 4UIWA 4YBMA 5I88A 2YELA 5D3JA 5I1QA 3U5PA 5A5NA 1E6IA 4LYSA 5E9MA 4NYWA 3P1EA 3U5JA 5LJ1A 3G0JA 5CP5A 4QSTA 5LVQA 5HRXA 4UIUA 5EQ1A 5H1VA 4QSSA 4QSRA 3UVYA 5A5QA 4NUEA 5HRWA 5D3NA 4ALHA 4QEWA 5FE4A 5BT3A 5DFCA 5F1LA 3IU5A 5IGKA 4A9MA 2EJNA 3D1DA 4LYWA 4YBSA 5DYAA 5DYUA 4Z6IA 5II1A 5HLSA 5AMEA 5KTUA 3O35A 5IGLA 3U5MA 4CL9A 5G4SA 2LSPB 4NR5A 4YY6A 2R10A 4Y03A 4Q0OA 4QC1A 4NR4A 4Z6HA 5HM0A 3U5LA 5CQ3A 5CUCA 4TTEA 5FE5A 3O34A 1JSPB 4CFLA 2YW5A 3Q2EA 5EISA 1ZKRA 3DAIA 3SVHA 5C89A 4QSPA 4TT6A 4O7EA 4OUFA 2N9GA 5HRVA 4QR5A 5D7XA 5C87A 1ZS5A 4CUSA 4TU6A 4IR5A 3P1CA 4GPJA 3S92A 4BW4A 5HQ6A 3SVFA 5D3SA 3JVKA 4A9LA 5IGNA 5CQ4A 5FFYA 5LJ0A 4TQNA 5FBXA 5F61A 2DKWA 4QR3A 4YC9A 5CQAA 3ERRA 3UV4A 5CTLA 2YQDA 2GRCA 2F6NA 3MUKA 1X0JA 4TYLA 4O75A 5E9VA 4LZSA 3Q2FA 4LDFA 2YDWA 3P5OA 3RCWA 5H1TA 5K29A 4YATA 5KHMA 2D9EA 4BW2A 3UVWA 4NRAA 4HXSA 2D82A 3JVMA 4YBTA 5KU3A 4A9KA 3UVDA 5I83A 4AI6A 5CQTA 4IR3A 4QR4A 4KV4A 5A5OA 5HELA 2E3KA 4A9JA 3I3JA 5CZGA 5D24A 5FG4A 2KTBB 5CUAA 5ENGA 5EU1A 2WP2A 2DWWA 4UYHA 5CS8A 2WP1A 5E9YA 5FE0A 5E9IA 4FLPA 4YH4A 5I7YA 5A5PA 4NRCA 5I7XA 4TT4A 3JVJA 5D3TA 5C7NA 3HMEA 5J0DA 3IU6A 4YYMA 4ALGA 5ENJA 5CQ8A 4NRBA 4A9HA 4YYKA 3SVGA 5C8GA 5DKHA 4AKNA 5FFWA 5BT5A 4O7BA 4F3IA 4NQMA 5I89A 4YABA 2H60A 2DVQA 4QSQA 5I40A 5F5ZA 5A85A 5L98A 3MB4A 5FG5A 4J3IA 5L99A 5BT4A 5DW2A 5CUBA 4HXOA 5L8TA 4IOQA 5CQ6A 4O78A 5FH7A 5HJCA 4CLBA 5EWWA 4LZ2A 4LR6A 4HXRA 3MB3A 4CUTA 3S91A 4MENA 5DYCA 1WUMA 4XYAA 4UYFA 4YYDA 5F2PA 4WHWA 4QUTA 5KTXA 4O74A 4YADA 5FE7A 5EPSA 5IGMA 5E3DA 4NUDA 2NXBA 5CRZA 3TLPA 4YYNA 5I80A 3QZTA 4HXMA 4MR6A 4WIVA 5DY7A 3GG3A 4AKHA 5DLZA 5DKDA 3UW9A 4YYGA 2MJVB 5EWCA 4QZSA 4C67A 5ENCA 5ENEA 4PCEA 4NUCA 4E96A 3FKMX 5AD2A 3QZVA 4MR3A 5FE8A 5H85A 4A9EA 5HQ7A 5A83A 4OGJA 5L8UA 5EM3A 3AQAA 5F1HA 5FFVA 4CURA 4Q0NA 4IR6A 4MEOA 5HFQA 4TZ8A 4BW1A 4HBYA 4PS5A 4XUBA 3LQJA 5EPRA 2I8NA 4BW3A 1N72A 1JM4B 5D26A 4MR5A 1PUOA 4QSXA 5FDZA 5E74A 4N4HA 4J0SA 3UV2A 3NXBA 1EQFA 1WUGA 5D3LA 2FSAA 5FE3A 4NXJA 3LQHA 4O70A 4MEQA 5DFBA 4NYXA 5EA1A 5E0RA 4DONA 4TT2A 4QYDA 5D3RA 5EWVA 3UVXA 3P1FA 4QNSA 4O7FA 5D25A 4LYIA 4X2IA 3ZYUA 5EVAA 4Z93A 5L97A 4AKIA 4NR8A 2RO1A 2DVRA 4HXLA 4UYDA 4HBWA 5A5RA 4LC2A 3P1DA 5EV9A 4NR9A 2E7OA 4UITA 4UIZA 5FB1A 5C4QA 5LKZA 5EP7A 5II2A 2L84A 4QUUA 2DATA 5D0CA 3U5OA 4TS8A 4Z1SA 5H1UA 3MXFA 4BHWA 5DFDA 5LUUA 5CU8A 4O7AA 5F3AA 3ONIA 3HMFA 4QB3A 5G4RA 5ENHA 5CY9A 5AD3A 4NYVA 5TCMA 5EWDA 5CUEA 3D1BA 4PKLA 4QBMA 5F36A 3AADA 2RS9B 5LKTA 3JVLA 4KCXA 2OO1A 2L85A 3MULA 5FB0A 5I29A 3K2JA 5DX4A 2L5EA 4YAXA 5KO4A 4IORA 5CPEA 4QYLA 4N4GA 3MQMA 4A9NA 4O71A 4A9OA 4LZRA 4OGIA 4PTBA 4UYFB 5DBMA 5EGUA 5ETDA 4NQNA 5E9LA 2R0VA 5HEMA 5LVRA 4CUPA 4WHUA 5I86A 5E9KA 4HBXA 5ENIA 5CUGA 2RFJA 4CUUA 4O7CA 2R0SA 5F63A 3D7CA 2YEKA 2DVSA 4YYIA 5HCLA 3G0LA 4LRGA 4QSVA 5HFRA 4Z1QA 4C66A 1F68A 5HQ5A 3HMHA 5JI8A 5FE1A 2YEMA 5L96A 5ENBA 4O76A 4QY4A 2F6JA 3DWYA 5CRMA 3VKHA 3O33A 5ETBA 4MR4A 5LKUA 4J0RA 4QEVA 5F25A 5FE6A 5DLXA 4TZ2A 5FE9A 3LQIA 4YYJA 4HXKA 4A9FA 4PCIA 4QC3A 5EWHA 5ACYA 4RVRA 4N4FA 5TB6A 2E7NA 5E3GA 3LXJA 4CUQA 5EI4A 2YYNA 5EK9A 5E7DA 5EICA 3VKGA 3QZSA 5CUDA 4J1PA 5COIA 4IOOA 5A81A 3UV5A 4HBVA 4UIVA 4NR6A 4UIXA 5CGPA 4NR7A
chains in the Genus database with same CATH topology
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