5LJ0A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 8-(((3r,4r,5s)-3-((4,4-difluorocyclohexyl)methoxy)-5-methoxypiperidin-4-yl)amino)-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-1,7-naphthyridin-2(1h)-one
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2
publication title A Chemical Probe for the ATAD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2016-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lj0A00
5HJCA 4CUTA 5D0CA 5H1UA 5FFVA 5A5NA 5K29A 3G0JA 5LKXA 2I8NA 4NRCA 4QC3A 5EWCA 4LYSA 4MR5A 4HBWA 5DYAA 5D26A 5D7XA 5LJ1A 4CL9A 5F1HA 5FBXA 5ACYA 4QUTA 4O71A 4UYFB 2YYNA 5FE0A 4N4GA 4CLBA 5FG5A 4Z1QA 5C85A 5BT5A 5CPEA 2G4AA 4CFLA 5HQ6A 5CQ4A 4Q0NA 5E3DA 5HCLA 2RO1A 2R0VA 4PY6A 4KV4A 5A5PA 2DKWA 5TB6A 5EWDA 3ZYUA 4XY9A 2DVRA 5EV9A 4NRBA 5F3AA 2DVQA 4LZSA 5CGPA 4O7AA 2F6NA 4C67A 5DLXA 4QYLA 4MR3A 4HBVA 5D3SA 4QUUA 4MEPA 2D9EA 3QZSA 5D3HA 4GPJA 4UYHA 4MEQA 4NXJA 3S92A 3HMFA 3UVDA 4Z6IA 4AKNA 2YDWA 4UIVA 4YBTA 5DW2A 4A9MA 4HXNA 4O74A 2YQDA 4HXMA 5E9IA 4TT4A 4QBMA 3QZTA 4YH4A 3UVYA 5LKTA 5F1LA 5A5RA 4O78A 4HXRA 5L8UA 4CUSA 4QYDA 5E9VA 4CURA 3LQJA 5C8GA 5EK9A 4J1PA 4PCIA 4NRAA 5FH6A 1JM4B 5HRWA 4N4IA 5JWMA 3P5OA 4PKLA 3O35A 3MXFA 2E7NA 4N4FA 2N9GA 1F68A 2WP1A 4YABA 5CUEA 5CQ3A 5FB0A 4YY6A 4BW3A 5IGNA 5CQ7A 5F25A 3U5NA 5CQTA 5I7XA 5DYCA 4A9KA 4QSXA 4YYMA 4WHWA 2I7KA 5KTXA 5COIA 5I29A 5IGMA 5DKCA 4QSWA 1JSPB 3UW9A 2OUOA 5EP7A 2H60A 4CUPA 3P1EA 4QR3A 3LJWA 4O77A 4MR4A 3SVHA 4CUUA 4NYVA 4UITA 3Q2FA 4YAXA 5FH7A 4BW2A 4QSUA 5FE7A 4UIXA 1X0JA 5ENFA 5C89A 5I7YA 4BJXA 3O36A 4TZ2A 5E9KA 3SVFA 1ZS5A 2KTBB 2NXBA 4MEOA 5CU8A 5D3NA 2DATA 4QEWA 4A9FA 3DWYA 5DFCA 5EPRA 3JVLA 3U5PA 5HENA 5DW1A 3JVJA 4HXPA 2D82A 4A9LA 4QSQA 5FE6A 4UYFA 5FFWA 4HXOA 5L97A 4IR6A 5EWVA 5D3TA 5DYUA 5A5OA 5CUAA 5KO4A 3HMHA 5ENEA 5A7CA 2FSAA 4QNSA 4YY4A 5J0DA 2L84A 4UIYA 5ETBA 2WP2A 4IR3A 5DKDA 4OGJA 4NYWA 3JVKA 4TQNA 5A82A 5A5SA 5E74A 5ENHA 4O7EA 5I88A 4WHUA 4ALHA 5EVAA 5CUCA 4CUQA 3S91A 3Q2EA 4LRGA 4O7FA 4X2IA 4NQMA 5I86A 3O33A 5ENCA 3I3JA 5CQ8A 4HXSA 4TT2A 5D25A 2E7OA 3U5LA 5A83A 5TCMA 3O37A 3IU6A 4YYNA 4NUCA 4Z93A 4MENA 5FFYA 4NQNA 4QY4A 2YEKA 4IR5A 5L99A 4DONA 5LKUA 3LQIA 2OO1A 4NR5A 3MB4A 4O7BA 2L5EA 4QEVA 5CUDA 5I80A 3UVWA 5EA1A 5E9YA 5C87A 5FG6A 5E9LA 5HEMA 5FE1A 5DYXA 3AADA 4YBMA 3QZVA 5DX4A 5CFWA 4XUAA 5IBNA 3D7CA 5IIDA 5LJ2A 5CTLA 4NR9A 4TT6A 2DWWA 4IOOA 5ETDA 3UV4A 5C4QA 4A9EA 4NR6A 4TU6A 5CQ6A 3AQAA 4IORA 4ZC9A 5DLZA 4C66A 5FE8A 1EQFA 4N4HA 4YC9A 4YYKA 3FKMX 5DFDA 4OUFA 4YH3A 4OGIA 5ENJA 5HQ5A 5CQ5A 3HMEA 5EI4A 5CRZA 4BW1A 4TS8A 3G0LA 1WUGA 4QSSA 4Y03A 5F63A 2RNYA 5D3PA 4YYDA 5E3GA 5I83A 4O76A 5I1QA 5EISA 5FH8A 3U5MA 5AD2A 5EQ1A 4NS5A 4NYXA 4KV1A 4TTEA 4YATA 5L96A 4MR6A 5IGLA 4UIWA 2R10A 2RNXA 5EWWA 4J0RA 4UYDA 5AMEA 5HQ7A 4LYWA 4QSVA 4NUEA 5HRXA 3P1CA 4F3IA 5D3LA 5A85A 5L8TA 3UVXA 4HBYA 4YYHA 3UV2A 5I40A 5KHMA 1E6IA 3GG3A 5ENIA 5EWHA 5DKHA 3UV5A 4CFKA 5JI8A 4TU4A 5LKZA 3RCWA 5FE4A 5D24A 2RS9B 4PTBA 4QSRA 4YADA 5F60A 4NR4A 4LZRA 4LYIA 4A9NA 4UIUA 3NXBA 5F2PA 5AD3A 2YW5A 3MQMA 4HBXA 5HFRA 5CUBA 5KTWA 3MB3A 5LJ0A 5ENGA 5CQAA 4Z1SA 2F6JA 5CUGA 5CZGA 5C7NA 4N3WA 3ONIA 5EGUA 3MULA 4KCXA 4A9IA 4Q0OA 4ZQLA 4HXLA 5D3JA 4WIVA 5H1VA 4QSPA 5FE3A 5KTUA 4YYJA 5F61A 5FE9A 4HXKA 4YBSA 1WUMA 5FE2A 5A81A 2RI7A 3TLPA 4O75A 1N72A 4LZ2A 2E3KA 5H85A 4A9HA 3MUKA 5CRMA 4BW4A 2LSPB 4NR8A 5EPBA 4LC2A 3K2JA 4ALGA 2R0YA 2R0SA 4YK0A 4O70A 4A9OA 3DAIA 5EICA 4FLPA 5F36A 3IU5A 4O7CA 5F5ZA 5LUUA 4O72A 4E96A 5FB1A 5FDZA 3LXJA 4BHWA 5BT3A 5ENBA 3U5OA 4YYIA 4QB3A 3O34A 4QC1A 4QEUA 5E9MA 4ZW1A 5HELA 5FG4A 5EPSA 4XUBA 5KU3A 4TZ8A 5HRVA 5E73A 4J0SA 5DFBA 4LDFA 3LQHA 4UYEA 3P1DA 5EU1A 5CY9A 4QR4A 4XYAA 2L85A 4QZSA 3JVMA 4Z6HA 5BT4A 5CS8A 2DVVA 2RFJA 5H1TA 5G4SA 5II1A 4A9JA 4UIZA 5AMFA 3SVGA 2RNWA 5HM0A 5DBMA 5I89A 4XY8A 2GRCA 3P1FA 4UYGA 5LVRA 5CP5A 4PCEA 2DVSA 4J3IA 5IG6A 3U5JA 2YELA 5HLSA 5II2A 4QSTA 4RVRA 5F62A 4PS5A 4LR6A 5E7DA 4NUDA 2YEMA 4IOQA 5L98A 5FE5A 5A5QA 4IR4A 4YYGA 2OSSA 5EM3A 5LVQA 4QR5A 4NR7A 2MJVB 5G4RA 3U5KA 5IGKA 5E0RA 4TYLA 5HFQA 5D3RA 5DY7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HJCA 4CUTA 5D0CA 5H1UA 5FFVA 5A5NA 5K29A 3G0JA 5LKXA 2I8NA 4NRCA 4QC3A 5EWCA 4LYSA 4MR5A 4HBWA 5DYAA 5D26A 5D7XA 5LJ1A 4CL9A 5F1HA 5FBXA 5ACYA 4QUTA 4O71A 4UYFB 2YYNA 5FE0A 4AKIA 4N4GA 4CLBA 5FG5A 4Z1QA 5C85A 5BT5A 5CPEA 2G4AA 4AI6A 4CFLA 5HQ6A 5CQ4A 4Q0NA 5E3DA 5HCLA 2RO1A 2R0VA 4PY6A 4KV4A 5A5PA 2DKWA 5TB6A 5EWDA 3ZYUA 4XY9A 2DVRA 5EV9A 4NRBA 5F3AA 2DVQA 4LZSA 5CGPA 4O7AA 2F6NA 4C67A 5DLXA 4QYLA 4MR3A 4HBVA 5D3SA 4QUUA 4MEPA 2D9EA 3QZSA 5D3HA 4GPJA 4UYHA 3D1BA 4MEQA 4NXJA 3S92A 3HMFA 3UVDA 4Z6IA 4AKNA 4AKGA 2YDWA 4UIVA 4YBTA 5DW2A 4A9MA 4HXNA 4O74A 2YQDA 4HXMA 5E9IA 4TT4A 4QBMA 3QZTA 4YH4A 3UVYA 5LKTA 5F1LA 5A5RA 4O78A 4HXRA 5L8UA 4CUSA 4QYDA 5E9VA 4CURA 3LQJA 5C8GA 5EK9A 4J1PA 4PCIA 4NRAA 5FH6A 1JM4B 5HRWA 4N4IA 5JWMA 3P5OA 4PKLA 3O35A 3MXFA 2E7NA 4N4FA 2N9GA 1F68A 2WP1A 4YABA 5CUEA 5CQ3A 5FB0A 4YY6A 4BW3A 5IGNA 5CQ7A 5F25A 3U5NA 5CQTA 5I7XA 5DYCA 4A9KA 4QSXA 4YYMA 4WHWA 2I7KA 5KTXA 5COIA 5I29A 5IGMA 5DKCA 4QSWA 3VKGA 1JSPB 3UW9A 2OUOA 5EP7A 2H60A 4CUPA 1ZKRA 3P1EA 4QR3A 3LJWA 4O77A 4MR4A 3SVHA 4CUUA 4NYVA 4UITA 3Q2FA 4YAXA 5FH7A 4BW2A 4QSUA 5FE7A 4UIXA 1X0JA 5ENFA 5C89A 5I7YA 4BJXA 3O36A 4TZ2A 5E9KA 3SVFA 1ZS5A 2KTBB 2NXBA 4MEOA 5CU8A 5D3NA 2DATA 4QEWA 4A9FA 3DWYA 5DFCA 5EPRA 3JVLA 3U5PA 5HENA 5DW1A 3JVJA 4HXPA 2D82A 4A9LA 4QSQA 5FE6A 4UYFA 5FFWA 4HXOA 5L97A 4IR6A 5EWVA 5D3TA 5DYUA 5A5OA 5CUAA 5KO4A 3HMHA 5ENEA 5A7CA 2FSAA 4QNSA 4YY4A 5J0DA 2L84A 4UIYA 5ETBA 2WP2A 4IR3A 5DKDA 4OGJA 4NYWA 3JVKA 4TQNA 5A82A 5A5SA 5E74A 5ENHA 4O7EA 5I88A 4WHUA 4ALHA 5EVAA 5CUCA 4CUQA 3S91A 3Q2EA 4LRGA 4O7FA 4X2IA 4NQMA 5I86A 3O33A 5ENCA 3I3JA 5CQ8A 4HXSA 4TT2A 5D25A 2E7OA 3U5LA 5A83A 5TCMA 3O37A 3IU6A 4YYNA 4NUCA 4Z93A 4MENA 5FFYA 4NQNA 4QY4A 2YEKA 4IR5A 5L99A 4DONA 5LKUA 3LQIA 2OO1A 4NR5A 3MB4A 4O7BA 2L5EA 4QEVA 5CUDA 5I80A 3UVWA 5EA1A 5E9YA 5C87A 5FG6A 5E9LA 5HEMA 5FE1A 5DYXA 3AADA 4YBMA 3VKHA 3QZVA 5DX4A 5CFWA 4XUAA 5IBNA 3D7CA 5IIDA 5LJ2A 5CTLA 4NR9A 4TT6A 2DWWA 4IOOA 5ETDA 3UV4A 5C4QA 4A9EA 4NR6A 4TU6A 5CQ6A 3AQAA 4IORA 4ZC9A 5DLZA 4C66A 5FE8A 1EQFA 4N4HA 4YC9A 4YYKA 3FKMX 5DFDA 4OUFA 4YH3A 4OGIA 5ENJA 5HQ5A 5CQ5A 3HMEA 5EI4A 5CRZA 4BW1A 4TS8A 3G0LA 1WUGA 4QSSA 4Y03A 5F63A 2RNYA 5D3PA 4YYDA 5E3GA 5I83A 4O76A 5I1QA 5EISA 5FH8A 3U5MA 5AD2A 5EQ1A 4NS5A 4NYXA 4KV1A 4TTEA 4YATA 5L96A 4MR6A 5IGLA 4UIWA 2R10A 2RNXA 5EWWA 4J0RA 4UYDA 5AMEA 5HQ7A 4LYWA 4QSVA 4NUEA 5HRXA 3P1CA 4F3IA 5D3LA 5A85A 5L8TA 3UVXA 4HBYA 4YYHA 3UV2A 5I40A 5KHMA 1E6IA 3GG3A 5ENIA 5EWHA 5DKHA 3UV5A 4CFKA 5JI8A 4TU4A 5LKZA 3RCWA 5FE4A 5D24A 3ERRA 2RS9B 4PTBA 4QSRA 4YADA 5F60A 4NR4A 4LZRA 4LYIA 4A9NA 4UIUA 3NXBA 5F2PA 5AD3A 2YW5A 3MQMA 4HBXA 5HFRA 5CUBA 5KTWA 3MB3A 5LJ0A 5ENGA 5CQAA 4Z1SA 2F6JA 5CUGA 5CZGA 5C7NA 4N3WA 3ONIA 5EGUA 3MULA 4KCXA 4A9IA 4Q0OA 4ZQLA 4HXLA 5D3JA 4WIVA 5H1VA 4QSPA 5FE3A 5KTUA 4YYJA 5F61A 5FE9A 4HXKA 4YBSA 1WUMA 5FE2A 5A81A 2RI7A 3TLPA 4O75A 1N72A 4LZ2A 2E3KA 5H85A 4A9HA 3MUKA 5CRMA 4BW4A 2LSPB 4NR8A 5EPBA 4LC2A 3K2JA 4ALGA 2R0YA 2R0SA 4YK0A 4O70A 4A9OA 3DAIA 5EICA 4FLPA 5F36A 3IU5A 4O7CA 5F5ZA 5LUUA 4O72A 4E96A 5FB1A 5FDZA 3LXJA 4BHWA 5BT3A 5ENBA 3U5OA 4YYIA 4QB3A 3O34A 4QC1A 4QEUA 5E9MA 4ZW1A 5HELA 5FG4A 5EPSA 4XUBA 5KU3A 4TZ8A 5HRVA 5E73A 4J0SA 5DFBA 4LDFA 3LQHA 4UYEA 3P1DA 5EU1A 5CY9A 4QR4A 4XYAA 2L85A 4QZSA 3JVMA 4Z6HA 5BT4A 5CS8A 2DVVA 1PUOA 2RFJA 5H1TA 5G4SA 5II1A 4AKHA 4A9JA 4UIZA 5AMFA 3SVGA 3D1DA 2RNWA 5HM0A 5DBMA 5I89A 4XY8A 2GRCA 3P1FA 4UYGA 5LVRA 5CP5A 4PCEA 2DVSA 4J3IA 5IG6A 3U5JA 2YELA 5HLSA 5II2A 4QSTA 4RVRA 5F62A 4PS5A 4LR6A 5E7DA 4NUDA 2YEMA 4IOQA 5L98A 5FE5A 5A5QA 4IR4A 4YYGA 2OSSA 5EM3A 5LVQA 4QR5A 4NR7A 2MJVB 5G4RA 3U5KA 5IGKA 5E0RA 4TYLA 5HFQA 5D3RA 2EJNA 5DY7A
chains in the Genus database with same CATH topology
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