5LJ1A

N-terminal bromodomain of human brd4 with 8-(((3r,4r,5s)-3-((4,4-difluorocyclohexyl)methoxy)-5-methoxypiperidin-4-yl)amino)-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-1,7-naphthyridin-2(1h)-one
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title A Chemical Probe for the ATAD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lj1A01
4HXLA 3LQIA 5E0RA 4UIZA 4YYNA 5E9VA 4NYXA 2RO1A 5E3DA 5D3RA 5EPRA 4XUBA 5DX4A 5HCLA 2D9EA 5IIDA 5EQ1A 4PKLA 5HENA 3DWYA 4QSWA 5LVQA 5D26A 5ETDA 4O75A 4J0RA 4N4IA 4A9KA 4CUTA 4NR7A 5CUBA 3P1CA 3DAIA 4QSXA 5DYCA 4IR4A 3MUKA 5D25A 5FE9A 5H1TA 4ZW1A 5HM0A 2E7OA 5HQ6A 4YYGA 2G4AA 4BHWA 4NRAA 4Q0OA 4LRGA 5FB0A 4YBMA 5COIA 5KTXA 4HXMA 4O7BA 5CY9A 5H1UA 4NUCA 5CUDA 5FDZA 5CFWA 4HXKA 3MXFA 5I1QA 1N72A 4CUPA 4CUQA 5EICA 5EVAA 5F1LA 5EI4A 2I8NA 4CFLA 4NYWA 2L84A 5L8UA 4MR5A 4PCIA 5LKTA 5A5RA 4A9FA 4LDFA 4LZSA 5FFYA 3UVXA 4UYHA 5II1A 5I7YA 3UV4A 5HRVA 5CUGA 4YYJA 5CQ3A 2RNXA 5EWVA 4TS8A 5FG6A 5J0DA 5LJ0A 3UV5A 3U5PA 2YEMA 4Y03A 5F1HA 5F36A 4A9MA 4YC9A 3QZSA 4E96A 4RVRA 4QEUA 3K2JA 3HMFA 4PY6A 5ENEA 3QZVA 2YW5A 5E9YA 2E3KA 3O37A 4IOQA 3Q2FA 5FH7A 4QR3A 3AQAA 5K29A 5I86A 4Z6HA 2WP2A 4UYFA 3IU5A 2DVRA 5AMFA 4N4FA 5HELA 5FE7A 4LZ2A 3TLPA 5ETBA 5FG4A 2I7KA 4LYSA 4CFKA 5CQ4A 4UIVA 5FB1A 5C89A 1JSPB 3SVGA 3P1FA 4CLBA 5H1VA 3P1DA 2NXBA 3MULA 5A5QA 4YYIA 5CRZA 4UIYA 5HJCA 4BW3A 2R0SA 5I88A 5ENBA 4NQNA 4XYAA 2DVQA 4LZRA 5A82A 2R0YA 3U5JA 5I29A 2RFJA 5C4QA 5DFDA 4UIXA 5DFCA 5CQ8A 5EISA 5F25A 5IGMA 4O70A 5CQ5A 5D3LA 5EPBA 4HXRA 4HBVA 4BW4A 5G4SA 4Z93A 5E73A 3MB4A 4BJXA 3U5LA 4QSTA 4MR4A 4A9LA 2RI7A 4A9HA 3S91A 4YYDA 5FE5A 5FE8A 5HRXA 5CQTA 4PS5A 5F60A 4QSPA 3UW9A 4QSUA 4UIWA 4Q0NA 3RCWA 4ALHA 4DONA 5BT3A 5L96A 5AD3A 3NXBA 5F61A 5CQ6A 5EU1A 4N4GA 5ENGA 1JM4B 5DKHA 4O7EA 4NR8A 5A83A 5FH6A 4IORA 3GG3A 4O72A 4QB3A 5FE6A 5CZGA 5FE0A 4Z1QA 5LJ2A 5FBXA 5F3AA 4KV1A 4LYIA 5L97A 4YYKA 5D7XA 3U5NA 4IOOA 1ZS5A 3LQHA 3ONIA 4TYLA 4QSVA 3SVHA 5BT5A 2DVVA 4XUAA 4YABA 4YYMA 5ENHA 5IG6A 4QEWA 5DLXA 5CUEA 4Z6IA 4YYHA 4A9NA 4QC1A 5EK9A 5C85A 4A9OA 5LKXA 5TCMA 4YY6A 2YELA 5FE1A 4IR6A 5CP5A 5ENCA 4WIVA 4XY9A 4X2IA 5D3HA 5A5OA 5HFQA 3JVLA 5JWMA 5HEMA 4UIUA 3LQJA 5KO4A 5F2PA 4QC3A 4O77A 4TT6A 4YATA 5D3TA 3U5KA 4UYEA 4NUEA 4HBXA 5D3SA 5F62A 2OUOA 4J3IA 2RNYA 4N3WA 4TU4A 4YK0A 2R10A 4C67A 4OGIA 4TZ2A 2DWWA 5KTUA 5A81A 4O7FA 4IR5A 5CQ7A 5D3JA 5CGPA 2D82A 1WUGA 3P5OA 2GRCA 5EWHA 2RNWA 4WHUA 2L85A 4QSRA 3MB3A 4HXOA 4O71A 2FSAA 5HLSA 4N4HA 5L99A 2E7NA 5E3GA 4QUUA 1F68A 2H60A 3O36A 4FLPA 3IU6A 4HXPA 4CURA 4KV4A 2F6JA 4J1PA 3U5OA 5KHMA 2YDWA 5CUCA 2OSSA 4TQNA 2YEKA 3UVWA 5CPEA 5EPSA 4NQMA 4YH4A 4Z1SA 4YBTA 4NR6A 5I80A 4A9JA 4GPJA 5L8TA 5DW1A 3HMHA 5CQAA 5D24A 4O76A 5FE4A 4TU6A 5EWDA 5HFRA 2LSPB 4HXSA 5AD2A 2R0VA 1EQFA 4ALGA 4TT2A 3P1EA 5DKDA 5D0CA 4YH3A 2MJVB 4UYGA 3QZTA 5DFBA 4QR4A 4QYLA 4CL9A 4F3IA 5IGNA 4MR6A 4BW2A 2N9GA 4HXNA 5LUUA 4NRCA 5I89A 3U5MA 5L98A 4NR9A 4YAXA 4QBMA 4MEQA 2KTBB 4BW1A 4O74A 2DATA 5EWCA 4TTEA 5CS8A 4MEOA 5E7DA 5AMEA 4MENA 5LJ1A 5DBMA 5C87A 4HBWA 5I40A 4QUTA 4A9IA 5G4RA 3FKMX 5HQ7A 5E9LA 2RS9B 4NR5A 5E9MA 4O78A 5A7CA 3O33A 4NS5A 5EM3A 5EV9A 5A5PA 4NR4A 3LJWA 3ZYUA 2WP1A 5FG5A 4O7AA 3SVFA 5I7XA 4QSQA 5DW2A 4C66A 4QEVA 5CUAA 3S92A 4YY4A 5I83A 5IGLA 5LKUA 5JI8A 3I3JA 5DYXA 4TT4A 5EA1A 5A5SA 5A85A 4OGJA 3O35A 4IR3A 5TB6A 5E74A 5H85A 5II2A 3UVDA 4OUFA 5ENJA 4CUUA 5CTLA 2YQDA 4NYVA 5DYUA 4YBSA 4NXJA 4A9EA 4QY4A 5CU8A 5DY7A 3HMEA 4QZSA 4UYDA 5FH8A 5A5NA 2OO1A 4KCXA 4AKNA 4XY8A 5FE3A 4MEPA 1X0JA 5CRMA 5C8GA 5KU3A 5KTWA 3Q2EA 3JVJA 4ZQLA 1E6IA 5DKCA 2F6NA 4QSSA 4NRBA 4QR5A 5ENFA 4PTBA 2L5EA 4UYFB 4QYDA 4WHWA 4MR3A 4J0SA 4YADA 4QNSA 5F5ZA 2DVSA 4HBYA 5FFVA 5D3NA 3JVKA 5EP7A 5EWWA 3LXJA 5IBNA 5ACYA 5ENIA 5E9IA 5HQ5A 3JVMA 3UV2A 5BT4A 3G0JA 4O7CA 3MQMA 5HRWA 3AADA 5C7NA 4LC2A 3D7CA 5D3PA 5FE2A 5LVRA 5E9KA 4UITA 1WUMA 4CUSA 4NUDA 4PCEA 3UVYA 5EGUA 5DYAA 5DLZA 4LR6A 4LYWA 4TZ8A 3G0LA 4ZC9A 5LKZA 2DKWA 2YYNA 5IGKA 5FFWA 5F63A 3O34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HXLA 3LQIA 5E0RA 4UIZA 4YYNA 5E9VA 4NYXA 2RO1A 5E3DA 5D3RA 5EPRA 4XUBA 5DX4A 5HCLA 2D9EA 5IIDA 5EQ1A 4PKLA 5HENA 3DWYA 4QSWA 5LVQA 5D26A 5ETDA 4O75A 4J0RA 4N4IA 4A9KA 4CUTA 4NR7A 5CUBA 3P1CA 3DAIA 4QSXA 5DYCA 4IR4A 3MUKA 5D25A 5FE9A 5H1TA 4ZW1A 5HM0A 2E7OA 5HQ6A 4YYGA 2G4AA 4BHWA 4NRAA 4Q0OA 4LRGA 5FB0A 4YBMA 5COIA 5KTXA 4HXMA 4O7BA 5CY9A 5H1UA 4NUCA 5CUDA 5FDZA 5CFWA 4HXKA 3MXFA 5I1QA 1N72A 4CUPA 4CUQA 5EICA 5EVAA 5F1LA 5EI4A 2I8NA 4CFLA 4NYWA 2L84A 5L8UA 4MR5A 4PCIA 5LKTA 5A5RA 4A9FA 4LDFA 4LZSA 5FFYA 3UVXA 4UYHA 5II1A 5I7YA 3UV4A 5HRVA 5CUGA 4YYJA 5CQ3A 2RNXA 5EWVA 4TS8A 5FG6A 5J0DA 5LJ0A 3UV5A 3U5PA 2YEMA 4Y03A 5F1HA 5F36A 4A9MA 4YC9A 3QZSA 4E96A 4RVRA 4QEUA 3K2JA 3HMFA 4PY6A 5ENEA 3QZVA 2YW5A 5E9YA 2E3KA 3O37A 4IOQA 3Q2FA 5FH7A 4QR3A 3AQAA 5K29A 5I86A 4Z6HA 2WP2A 4UYFA 3IU5A 2DVRA 5AMFA 4N4FA 5HELA 5FE7A 4LZ2A 3TLPA 5ETBA 5FG4A 2I7KA 4LYSA 4CFKA 5CQ4A 4UIVA 5FB1A 5C89A 1JSPB 3SVGA 3P1FA 4CLBA 5H1VA 3P1DA 2NXBA 3MULA 5A5QA 4YYIA 5CRZA 4UIYA 5HJCA 4BW3A 2R0SA 5I88A 5ENBA 4NQNA 4XYAA 2DVQA 4LZRA 5A82A 2R0YA 3U5JA 5I29A 2RFJA 4AKHA 5C4QA 5DFDA 4UIXA 5DFCA 5CQ8A 5EISA 5F25A 5IGMA 4O70A 5CQ5A 5D3LA 5EPBA 4HXRA 4HBVA 4BW4A 5G4SA 4Z93A 5E73A 3MB4A 4BJXA 3U5LA 4QSTA 4MR4A 4A9LA 2RI7A 4AI6A 4A9HA 3S91A 4YYDA 5FE5A 5FE8A 4AKIA 5HRXA 5CQTA 4PS5A 5F60A 4QSPA 3UW9A 4QSUA 4UIWA 4Q0NA 3RCWA 4ALHA 4DONA 5BT3A 5L96A 5AD3A 3NXBA 5F61A 5CQ6A 5EU1A 4N4GA 5ENGA 1JM4B 5DKHA 4O7EA 4NR8A 5A83A 5FH6A 4IORA 3GG3A 4O72A 4QB3A 5FE6A 5CZGA 5FE0A 4Z1QA 5LJ2A 5FBXA 5F3AA 4KV1A 4LYIA 5L97A 4YYKA 5D7XA 3U5NA 3VKHA 4IOOA 1ZS5A 3LQHA 3ONIA 4TYLA 4QSVA 3SVHA 5BT5A 2DVVA 4XUAA 4YABA 4YYMA 5ENHA 5IG6A 4QEWA 5DLXA 5CUEA 4Z6IA 4YYHA 4A9NA 4QC1A 5EK9A 5C85A 3ERRA 4A9OA 5LKXA 5TCMA 4YY6A 2YELA 5FE1A 4IR6A 5CP5A 5ENCA 4WIVA 4XY9A 4X2IA 5D3HA 5A5OA 5HFQA 3JVLA 5JWMA 5HEMA 4UIUA 3LQJA 5KO4A 5F2PA 4QC3A 4O77A 4TT6A 4YATA 5D3TA 3U5KA 4UYEA 4NUEA 4HBXA 5D3SA 5F62A 2OUOA 4J3IA 2RNYA 4N3WA 4AKGA 4TU4A 4YK0A 2R10A 4C67A 4OGIA 4TZ2A 2DWWA 5KTUA 5A81A 4O7FA 4IR5A 5CQ7A 5D3JA 5CGPA 2D82A 1WUGA 3P5OA 2GRCA 5EWHA 2RNWA 4WHUA 2L85A 4QSRA 3MB3A 4HXOA 4O71A 2FSAA 5HLSA 4N4HA 5L99A 2E7NA 5E3GA 4QUUA 1F68A 2H60A 3O36A 4FLPA 3IU6A 4HXPA 4CURA 4KV4A 2F6JA 4J1PA 3U5OA 5KHMA 2YDWA 5CUCA 2OSSA 4TQNA 2YEKA 3UVWA 5CPEA 5EPSA 4NQMA 4YH4A 4Z1SA 4YBTA 4NR6A 5I80A 4A9JA 4GPJA 5L8TA 5DW1A 3HMHA 5CQAA 5D24A 4O76A 5FE4A 4TU6A 5EWDA 5HFRA 2LSPB 4HXSA 5AD2A 2R0VA 1EQFA 4ALGA 1ZKRA 4TT2A 3P1EA 5DKDA 5D0CA 4YH3A 2MJVB 4UYGA 3QZTA 5DFBA 4QR4A 4QYLA 4CL9A 4F3IA 5IGNA 4MR6A 4BW2A 2N9GA 4HXNA 5LUUA 4NRCA 5I89A 3U5MA 5L98A 4NR9A 4YAXA 4QBMA 4MEQA 2KTBB 4BW1A 4O74A 2DATA 5EWCA 4TTEA 5CS8A 4MEOA 5E7DA 5AMEA 1PUOA 4MENA 5LJ1A 5DBMA 5C87A 4HBWA 5I40A 4QUTA 4A9IA 5G4RA 3FKMX 5HQ7A 5E9LA 2RS9B 4NR5A 5E9MA 4O78A 5A7CA 3O33A 4NS5A 5EM3A 5EV9A 5A5PA 4NR4A 3LJWA 3ZYUA 2WP1A 5FG5A 4O7AA 3SVFA 5I7XA 4QSQA 5DW2A 4C66A 4QEVA 5CUAA 3S92A 4YY4A 5I83A 5IGLA 5LKUA 5JI8A 3I3JA 5DYXA 4TT4A 5EA1A 5A5SA 5A85A 4OGJA 3O35A 4IR3A 5TB6A 5E74A 5H85A 5II2A 3UVDA 4OUFA 5ENJA 4CUUA 5CTLA 2YQDA 4NYVA 5DYUA 4YBSA 4NXJA 4A9EA 4QY4A 5CU8A 5DY7A 3HMEA 4QZSA 4UYDA 5FH8A 5A5NA 2OO1A 4KCXA 4AKNA 4XY8A 5FE3A 4MEPA 1X0JA 3D1BA 5CRMA 5C8GA 5KU3A 5KTWA 3Q2EA 3JVJA 4ZQLA 1E6IA 5DKCA 2F6NA 4QSSA 4NRBA 4QR5A 5ENFA 4PTBA 2L5EA 4UYFB 4QYDA 4WHWA 3D1DA 4MR3A 4J0SA 4YADA 4QNSA 5F5ZA 2DVSA 2EJNA 4HBYA 5FFVA 5D3NA 3JVKA 5EP7A 5EWWA 3LXJA 5IBNA 5ACYA 5ENIA 5E9IA 5HQ5A 3JVMA 3UV2A 5BT4A 3G0JA 4O7CA 3MQMA 5HRWA 3AADA 5C7NA 4LC2A 3D7CA 5D3PA 5FE2A 5LVRA 5E9KA 4UITA 1WUMA 4CUSA 4NUDA 4PCEA 3UVYA 3VKGA 5EGUA 5DYAA 5DLZA 4LR6A 4LYWA 4TZ8A 3G0LA 4ZC9A 5LKZA 2DKWA 2YYNA 5IGKA 5FFWA 5F63A 3O34A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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