5LUUA

Structure of the first bromodomain of brd4 with a pyrazolo[4,3-c]pyridin fragment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Discovery of New Bromodomain Scaffolds by Biosensor Fragment Screening.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 47
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5luuA01
2R0SA 5KU3A 4Q0OA 3UVWA 4NS5A 5HJCA 2RNYA 2DKWA 4O7EA 5CRZA 5C85A 5IGLA 4O77A 1E6IA 4PY6A 5E9VA 5BT3A 3U5MA 5D3TA 5CFWA 5TCMA 4QR3A 5A85A 4A9IA 4ALHA 4J1PA 5CUEA 4HXOA 4LYWA 4NYXA 2LSPB 3DWYA 3SVHA 5DYUA 4MR6A 5IGKA 4QSXA 5A5NA 5IG6A 4PS5A 5FE9A 4HXPA 4CUPA 5CQ5A 2RI7A 5EGUA 4YAXA 3JVMA 5ENFA 5D3LA 5ENCA 4CURA 4QSTA 4BHWA 3Q2EA 4NR7A 4QY4A 1X0JA 4MR5A 3UV2A 4CFLA 4UIVA 4QB3A 2DWWA 4A9JA 4E96A 4HXRA 5L97A 5LVQA 1WUMA 4Y03A 5FH6A 4IOOA 5E73A 5CQ4A 5AD2A 1EQFA 2D9EA 5I89A 3SVFA 3GG3A 4A9HA 5F1LA 4TTEA 3ONIA 5LKZA 4UYHA 5ENIA 5FB1A 4IR6A 2DVQA 4XUBA 4BW4A 2YEKA 5F25A 5CS8A 4PCIA 4KV4A 2L85A 5KTWA 4LZ2A 2DVRA 2RNXA 4YC9A 5E3GA 4YYMA 2RS9B 5E0RA 3LXJA 4IORA 5IGNA 5DLXA 5LKTA 3DAIA 4NR5A 4AKNA 1ZS5A 4J0SA 2RNWA 4QUUA 4UIYA 5E9LA 5DYCA 2YW5A 5F63A 5E9KA 5LJ1A 3QZTA 4HBXA 3HMEA 3U5OA 5JI8A 5CQ3A 4A9LA 4QEWA 5FE5A 4NR4A 4J3IA 4HXKA 3P1EA 4KV1A 1N72A 4HXSA 5EK9A 5EICA 5L98A 2E7OA 4YYNA 5D24A 4CUQA 3K2JA 4YYHA 5A82A 5DYAA 4TU4A 5FE4A 4CFKA 5EQ1A 5BT4A 5A5PA 5DYXA 5CU8A 5HELA 5II2A 5H85A 5FE7A 5CQ7A 5ENGA 4YYIA 4O71A 4OGJA 4MEOA 3LQIA 1F68A 4HXMA 4WHUA 4QBMA 2OSSA 4IR4A 5H1TA 5L99A 3S92A 4NUCA 5C8GA 5C7NA 4QEUA 4QUTA 5D3RA 5K29A 4HBVA 4DONA 5CUCA 5EISA 5BT5A 5H1VA 5F62A 5HRXA 4BJXA 5DW1A 4HXNA 4YH4A 5DKHA 2YEMA 4YYDA 4X2IA 3O37A 4QR5A 5I7YA 4QR4A 5I86A 4YYGA 3Q2FA 1WUGA 2YELA 2N9GA 5KTUA 1JSPB 3P1CA 3O34A 4UITA 4UYDA 4QSPA 5FB0A 4YK0A 5E9MA 5DFDA 5HQ7A 4IR5A 5CRMA 3FKMX 5ENJA 3UW9A 5HENA 4A9NA 2OUOA 4O7FA 5A7CA 2F6JA 5ETDA 5A5QA 5HLSA 5ETBA 5I40A 3ZYUA 4QSQA 4OGIA 4CLBA 4YBSA 3G0JA 4ALGA 2GRCA 5F36A 5DBMA 5E3DA 4MR3A 4TT6A 4YATA 5HQ5A 5CQTA 2WP1A 2KTBB 5FE1A 4Z6IA 5EVAA 3O36A 4PCEA 5KO4A 5CQ8A 4NQNA 2DVVA 5F60A 4NRCA 5I1QA 4NR8A 2DVSA 5A5OA 5F1HA 5E7DA 4LZRA 3IU5A 5L96A 4MENA 5EWDA 5ACYA 5E74A 4BW1A 5D3JA 4C67A 5HFRA 4OUFA 5FE8A 5CQAA 5ENBA 5C89A 4YBMA 3MB3A 3U5LA 2D82A 5HRVA 5I88A 5ENHA 4QEVA 4CUSA 4XY9A 5CPEA 3U5KA 4UYFB 3UV5A 4PKLA 4YH3A 4HXLA 5HRWA 2E7NA 4IOQA 3P5OA 5EI4A 1JM4B 5AD3A 2RFJA 5CQ6A 4IR3A 5C87A 2G4AA 4LR6A 4TZ8A 5D3NA 4N4HA 3MUKA 4QYDA 4UIWA 5C4QA 4WHWA 2FSAA 4LRGA 4XYAA 5G4SA 5KHMA 5A83A 4O74A 5DY7A 4QSVA 4N3WA 3P1DA 4N4IA 4YBTA 5EWHA 3I3JA 5F5ZA 5DKCA 4Z1SA 5II1A 4ZW1A 5H1UA 5I83A 4QSSA 5FE6A 4QSWA 4CUUA 5AMFA 4NRAA 3RCWA 5FH8A 5DFBA 2WP2A 4NYVA 3AADA 5IGMA 5DX4A 4LYSA 3U5NA 4UIZA 5D0CA 5HM0A 2MJVB 4O76A 2R0YA 5IIDA 5EWVA 4MR4A 3UVDA 5E9YA 4TT4A 3G0LA 3NXBA 4N4FA 5DFCA 4O75A 4TQNA 5F3AA 4NXJA 5LKUA 5D7XA 3S91A 5CTLA 5FFVA 2I8NA 5LKXA 5CP5A 5EM3A 4HBWA 5CUAA 5D25A 4RVRA 4NYWA 2YDWA 4XUAA 5F2PA 4O70A 4QSUA 5HFQA 2R10A 5CUBA 2L84A 5IBNA 5I80A 5FG4A 4UYEA 4YY6A 5FDZA 5L8TA 4TZ2A 5A81A 4MEQA 5D3HA 4BW2A 3MULA 4CL9A 3TLPA 5DLZA 5EA1A 5DW2A 4O72A 4TU6A 5D3SA 4ZC9A 5A5RA 4A9OA 4Z6HA 5CUDA 3MB4A 4A9KA 2RO1A 5HQ6A 4XY8A 3D7CA 5LVRA 2I7KA 4C66A 4YY4A 5FE3A 4QSRA 3MXFA 5LJ0A 4A9EA 3MQMA 5D26A 5FFYA 5ENEA 3O33A 4FLPA 4ZQLA 3UVYA 3U5JA 4Q0NA 4NRBA 4NR9A 4QYLA 5EPBA 3JVLA 5HEMA 3UVXA 3LQHA 5EV9A 5EWCA 5LUUA 5DKDA 5TB6A 4O7BA 2H60A 4TS8A 4TT2A 2E3KA 4J0RA 2DATA 5A5SA 4CUTA 5JWMA 3QZVA 5CY9A 4NR6A 5HCLA 5I7XA 4O78A 5F61A 5CGPA 5EPSA 4YYKA 2YQDA 3LQJA 4GPJA 4LDFA 4UYGA 5CUGA 5EPRA 4KCXA 2L5EA 4F3IA 3SVGA 5J0DA 4QC1A 4PTBA 5FH7A 4MEPA 4BW3A 3HMHA 4QNSA 4LYIA 5L8UA 4LZSA 4NQMA 4YYJA 2F6NA 4Z93A 5FG5A 4TYLA 3U5PA 4O7CA 5KTXA 4UIUA 3P1FA 4Z1QA 3O35A 4NUDA 4QZSA 4N4GA 5EWWA 5AMEA 5EU1A 4HBYA 5E9IA 4A9FA 4O7AA 2YYNA 5G4RA 3QZSA 3JVJA 5LJ2A 3IU6A 5D3PA 2OO1A 3JVKA 3LJWA 5I29A 5FBXA 5FFWA 5EP7A 4UIXA 4YADA 4UYFA 2R0VA 5COIA 5FG6A 2NXBA 3HMFA 5CZGA 5FE2A 4WIVA 3UV4A 5FE0A 4LC2A 4NUEA 4YABA 4A9MA 4QC3A 3AQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R0SA 5KU3A 4Q0OA 3UVWA 4NS5A 5HJCA 2RNYA 2DKWA 4O7EA 5CRZA 5C85A 5IGLA 4O77A 1E6IA 4PY6A 5E9VA 5BT3A 3U5MA 5D3TA 5CFWA 5TCMA 4QR3A 5A85A 4A9IA 4ALHA 4J1PA 5CUEA 4HXOA 4LYWA 4NYXA 2LSPB 3DWYA 3SVHA 5DYUA 4MR6A 5IGKA 4QSXA 5A5NA 5IG6A 4PS5A 5FE9A 4HXPA 4CUPA 5CQ5A 2RI7A 5EGUA 4YAXA 3JVMA 5ENFA 5D3LA 5ENCA 4CURA 4QSTA 4BHWA 3Q2EA 4NR7A 4QY4A 1X0JA 4MR5A 3UV2A 4CFLA 4UIVA 4QB3A 2DWWA 4A9JA 4E96A 4HXRA 5L97A 5LVQA 1WUMA 4Y03A 5FH6A 4IOOA 5E73A 5CQ4A 5AD2A 1EQFA 2D9EA 5I89A 3SVFA 3GG3A 4A9HA 5F1LA 4TTEA 3ONIA 5LKZA 4UYHA 5ENIA 5FB1A 4IR6A 2DVQA 4XUBA 4BW4A 2YEKA 5F25A 5CS8A 4PCIA 4KV4A 3ERRA 2L85A 5KTWA 4LZ2A 2DVRA 2RNXA 4YC9A 5E3GA 4YYMA 2RS9B 5E0RA 3LXJA 4IORA 5IGNA 5DLXA 4AKGA 5LKTA 3DAIA 4NR5A 4AKNA 1ZS5A 4J0SA 2RNWA 4QUUA 4UIYA 5E9LA 5DYCA 2YW5A 5F63A 5E9KA 5LJ1A 3QZTA 4HBXA 3HMEA 3U5OA 5JI8A 5CQ3A 4A9LA 4QEWA 5FE5A 4NR4A 4J3IA 4HXKA 3P1EA 4KV1A 1N72A 4HXSA 5EK9A 5EICA 5L98A 2E7OA 4YYNA 5D24A 4CUQA 3K2JA 4YYHA 5A82A 5DYAA 3VKHA 4TU4A 5FE4A 4CFKA 5EQ1A 5BT4A 5A5PA 5DYXA 5CU8A 5HELA 5II2A 5H85A 5FE7A 1PUOA 5CQ7A 5ENGA 4YYIA 4O71A 4OGJA 4MEOA 3LQIA 1F68A 4HXMA 4WHUA 4QBMA 2OSSA 4IR4A 5H1TA 5L99A 3S92A 4NUCA 5C8GA 5C7NA 4QEUA 4QUTA 5D3RA 5K29A 4HBVA 4DONA 5CUCA 5EISA 5BT5A 5H1VA 5F62A 5HRXA 4BJXA 5DW1A 4HXNA 4YH4A 5DKHA 2YEMA 4YYDA 4X2IA 3O37A 4QR5A 5I7YA 4QR4A 5I86A 4YYGA 3Q2FA 1WUGA 2YELA 2N9GA 5KTUA 1JSPB 3P1CA 3O34A 4AI6A 4UITA 4UYDA 4QSPA 5FB0A 4YK0A 5E9MA 5DFDA 5HQ7A 4IR5A 5CRMA 3FKMX 5ENJA 3UW9A 5HENA 4A9NA 2OUOA 4O7FA 5A7CA 2F6JA 5ETDA 5A5QA 5HLSA 5ETBA 5I40A 3ZYUA 4QSQA 4OGIA 4CLBA 4AKIA 4YBSA 3G0JA 3D1DA 4ALGA 2GRCA 5F36A 5DBMA 5E3DA 4MR3A 4TT6A 4YATA 5HQ5A 5CQTA 2WP1A 2KTBB 5FE1A 4Z6IA 5EVAA 3O36A 4PCEA 5KO4A 5CQ8A 4NQNA 2DVVA 5F60A 4NRCA 5I1QA 4NR8A 2DVSA 5A5OA 5F1HA 5E7DA 4LZRA 3IU5A 5L96A 4MENA 5EWDA 5ACYA 5E74A 4BW1A 5D3JA 4C67A 5HFRA 4OUFA 5FE8A 5CQAA 5ENBA 5C89A 4YBMA 3MB3A 3U5LA 2D82A 5HRVA 5I88A 5ENHA 4QEVA 4CUSA 4XY9A 5CPEA 3U5KA 4UYFB 3UV5A 4PKLA 4YH3A 4HXLA 5HRWA 2E7NA 4IOQA 3P5OA 5EI4A 1JM4B 5AD3A 2RFJA 5CQ6A 4IR3A 5C87A 2G4AA 4LR6A 4TZ8A 5D3NA 4N4HA 3MUKA 4QYDA 4UIWA 5C4QA 4WHWA 2FSAA 4LRGA 4XYAA 5G4SA 5KHMA 5A83A 4O74A 5DY7A 4QSVA 4N3WA 3P1DA 4N4IA 4YBTA 5EWHA 3I3JA 5F5ZA 5DKCA 4Z1SA 5II1A 4ZW1A 5H1UA 5I83A 4QSSA 5FE6A 4QSWA 4CUUA 5AMFA 4NRAA 3RCWA 5FH8A 5DFBA 2WP2A 4NYVA 3AADA 5IGMA 5DX4A 4LYSA 3U5NA 4UIZA 5D0CA 5HM0A 2MJVB 4O76A 2R0YA 5IIDA 5EWVA 4MR4A 3UVDA 5E9YA 4TT4A 3G0LA 3NXBA 4N4FA 5DFCA 4O75A 4TQNA 5F3AA 4NXJA 5LKUA 5D7XA 3S91A 5CTLA 5FFVA 2I8NA 5LKXA 5CP5A 5EM3A 4HBWA 5CUAA 5D25A 4RVRA 4NYWA 2YDWA 4XUAA 5F2PA 4O70A 4QSUA 5HFQA 2R10A 5CUBA 2L84A 5IBNA 5I80A 5FG4A 4UYEA 4YY6A 5FDZA 5L8TA 4AKHA 3D1BA 4TZ2A 5A81A 4MEQA 5D3HA 4BW2A 3MULA 4CL9A 3TLPA 5DLZA 5EA1A 5DW2A 4O72A 4TU6A 5D3SA 4ZC9A 3VKGA 5A5RA 4A9OA 4Z6HA 5CUDA 3MB4A 4A9KA 2RO1A 5HQ6A 4XY8A 3D7CA 5LVRA 2I7KA 4C66A 4YY4A 5FE3A 4QSRA 3MXFA 5LJ0A 4A9EA 3MQMA 5D26A 5FFYA 5ENEA 3O33A 4FLPA 4ZQLA 3UVYA 3U5JA 4Q0NA 4NRBA 4NR9A 4QYLA 5EPBA 3JVLA 5HEMA 3UVXA 3LQHA 5EV9A 5EWCA 5LUUA 5DKDA 5TB6A 4O7BA 2H60A 4TS8A 4TT2A 2E3KA 4J0RA 2DATA 5A5SA 4CUTA 5JWMA 3QZVA 5CY9A 4NR6A 5HCLA 5I7XA 4O78A 5F61A 5CGPA 5EPSA 4YYKA 2YQDA 3LQJA 4GPJA 4LDFA 4UYGA 5CUGA 5EPRA 4KCXA 2L5EA 4F3IA 3SVGA 5J0DA 4QC1A 4PTBA 5FH7A 4MEPA 4BW3A 3HMHA 4QNSA 4LYIA 5L8UA 4LZSA 4NQMA 4YYJA 2F6NA 4Z93A 5FG5A 4TYLA 3U5PA 4O7CA 5KTXA 4UIUA 3P1FA 4Z1QA 3O35A 4NUDA 4QZSA 4N4GA 5EWWA 5AMEA 5EU1A 4HBYA 5E9IA 4A9FA 4O7AA 2YYNA 5G4RA 3QZSA 3JVJA 5LJ2A 3IU6A 5D3PA 2OO1A 3JVKA 3LJWA 5I29A 5FBXA 5FFWA 5EP7A 4UIXA 4YADA 4UYFA 2R0VA 5COIA 5FG6A 2NXBA 2EJNA 3HMFA 5CZGA 5FE2A 4WIVA 3UV4A 1ZKRA 5FE0A 4LC2A 4NUEA 4YABA 4A9MA 4QC3A 3AQAA
chains in the Genus database with same CATH topology
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