5LUUA

Structure of the first bromodomain of brd4 with a pyrazolo[4,3-c]pyridin fragment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of New Bromodomain Scaffolds by Biosensor Fragment Screening.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5luuA01
3U5JA 4J0SA 4O72A 5CQ3A 5KU3A 3IU6A 4O74A 4QYLA 2DKWA 5CGPA 3SVHA 4MEPA 4HXSA 4NS5A 5LKUA 5C87A 3FKMX 3LXJA 5E7DA 5EGUA 5DYCA 4TYLA 3O34A 2YELA 5F61A 5HQ7A 3MQMA 4MENA 5FBXA 4E96A 5HRWA 3MXFA 5A5NA 4A9EA 4AKNA 3I3JA 3D7CA 4CFLA 3MULA 3U5OA 2RNYA 4MR6A 4YYMA 4WHUA 3RCWA 5IBNA 3LQIA 2RNWA 4BW4A 3O35A 2DVRA 5I7XA 5DW1A 4UYDA 5FE4A 4XUAA 4GPJA 5DBMA 3GG3A 4HXKA 4YYJA 5JI8A 5CQ4A 2E3KA 3LQHA 5D3LA 3S92A 4KV1A 4KV4A 4LDFA 5FE9A 5TB6A 2WP1A 4UIYA 4NQMA 4YK0A 4UITA 5A5SA 4UIWA 4N4HA 5C85A 3MB3A 4O7CA 4F3IA 1E6IA 4WIVA 4NR9A 5ENJA 4A9IA 4NYWA 5E9VA 5DY7A 3O36A 5I80A 4CUQA 4CUTA 4YYGA 5EU1A 4QEUA 5DLXA 5FFYA 3LJWA 5D3SA 5AD2A 4X2IA 4KCXA 5L8TA 2OUOA 5CP5A 4Z6IA 5BT4A 5DYUA 4QBMA 4NUCA 5HENA 4LYIA 4HXOA 4Q0OA 4Y03A 2YQDA 3K2JA 5KHMA 5C7NA 4YABA 5D26A 5D7XA 5E9LA 2G4AA 2FSAA 4WHWA 5E73A 5E3DA 5DX4A 1ZS5A 5LKXA 4LR6A 3U5NA 5F25A 4UYFB 2OSSA 5CRMA 5C89A 4XYAA 5J0DA 4HXLA 4O7BA 4PS5A 4NQNA 5II1A 4HXMA 5FB0A 5F62A 1JSPB 5E9KA 4C67A 4QSVA 5L98A 2F6JA 5FE7A 2YW5A 2DVVA 1F68A 5K29A 4QSUA 5DKDA 5AMFA 5IG6A 5CRZA 4UIZA 4QSSA 4YBTA 5F5ZA 5F1HA 4NRBA 5FE0A 4O78A 4NR5A 3P1FA 4QEVA 5I83A 4TT2A 2R0VA 2DVSA 2D82A 4HBWA 5H1TA 5FH6A 4BW2A 5DFBA 5I40A 4UYGA 5D3RA 4QYDA 5FG6A 4HXNA 4TT4A 1EQFA 3JVKA 3G0JA 5FE3A 4NUEA 5FE8A 3UV4A 5FE1A 2RO1A 5CU8A 4CL9A 4UYFA 4N4FA 4PY6A 5D25A 5E9MA 4O7FA 5ENHA 2F6NA 4A9JA 5A81A 4HBVA 5HM0A 3G0LA 5IGNA 5F63A 5CUDA 5CQ5A 5I1QA 3O33A 5HFQA 4CUUA 4TTEA 3SVFA 5LVRA 3HMHA 5HFRA 4Q0NA 3U5MA 1X0JA 2N9GA 2R10A 4NYVA 5CUBA 5HQ6A 5F3AA 2RS9B 5A83A 4TZ8A 5COIA 3P1DA 4O7EA 4O77A 5HELA 4YYKA 2WP2A 3JVJA 3NXBA 5A5OA 4TT6A 5LJ2A 3U5KA 4QB3A 3TLPA 5LVQA 5HJCA 4BW1A 2NXBA 4CUSA 4RVRA 5FE6A 4YYIA 5L96A 5D3NA 4NRAA 4QZSA 5CUCA 5DKCA 5EI4A 4ZW1A 5L99A 5ENIA 3UV2A 4YYDA 5D24A 4HBYA 5L8UA 2GRCA 3P5OA 4PKLA 4ALHA 5KTWA 4PTBA 4QSQA 4N4IA 4ZC9A 4QNSA 5HLSA 4NYXA 5KTXA 4MEOA 4IR3A 5DW2A 5CQAA 4N3WA 3Q2EA 4OUFA 5LJ0A 5DFCA 4UIXA 3UW9A 4J0RA 4BJXA 5F2PA 4IR6A 5BT5A 2DATA 4YBSA 4IORA 4Z1SA 3MB4A 4N4GA 1WUGA 5E3GA 5D3TA 5H85A 3UVXA 5EVAA 3IU5A 4CFKA 5EM3A 5ENBA 2LSPB 5CQ6A 5EV9A 5EP7A 4LZSA 2E7NA 2R0YA 4A9OA 4Z1QA 2RFJA 5HRVA 5EPRA 4C66A 5FH8A 5I29A 5FE5A 4NRCA 4QUUA 5CUGA 5C4QA 4Z93A 4J1PA 3MUKA 5AD3A 4HXRA 3SVGA 4TQNA 4XY8A 4UIVA 5CQ8A 4O71A 3QZSA 4LZ2A 5A85A 4QSXA 1N72A 5KTUA 3P1CA 4HXPA 4IR5A 4MEQA 5I7YA 5ENEA 2D9EA 4O7AA 4PCIA 3JVLA 5EWVA 5CUAA 2YYNA 3ZYUA 5EWHA 2I8NA 5A82A 5ETDA 3ONIA 4ZQLA 4QR5A 4IOOA 2RNXA 3UVDA 2R0SA 4YADA 5LJ1A 4NR7A 3Q2FA 5A5PA 4QC3A 5DLZA 5LKZA 4IOQA 5DYXA 4UYEA 5F1LA 5EK9A 4QUTA 5IGKA 5EQ1A 4TS8A 3UVWA 5E9IA 5CFWA 2YEKA 3P1EA 3AQAA 4YY4A 4QC1A 5L97A 4QSRA 4FLPA 4YH3A 3HMFA 5LKTA 5IGMA 5I86A 2L84A 5HQ5A 5II2A 5I88A 5HCLA 2H60A 5HRXA 4YBMA 4UIUA 2YDWA 4O70A 4NR8A 5FG4A 4A9KA 4OGJA 5E74A 5F60A 5EWCA 4MR4A 4HBXA 4YYHA 2I7KA 5I89A 5E9YA 4A9LA 5CY9A 4YATA 3HMEA 5IIDA 5CPEA 5TCMA 1WUMA 4QR3A 5CZGA 5CQTA 5CS8A 2RI7A 4IR4A 1JM4B 4BW3A 2OO1A 3AADA 4TU6A 4QSWA 4YH4A 5EPBA 5EA1A 4QSPA 5FFVA 4QSTA 4A9HA 3QZTA 3JVMA 5FDZA 4J3IA 4A9MA 4DONA 4O76A 4NXJA 4O75A 5D3JA 3U5PA 5ENGA 5G4SA 4XY9A 5DYAA 5ENFA 3O37A 4YC9A 4A9FA 5G4RA 4LRGA 2YEMA 4MR5A 5H1VA 4LZRA 5ACYA 3DWYA 3LQJA 5D3PA 3DAIA 2KTBB 5EWDA 2MJVB 4LC2A 4QY4A 5ETBA 4Z6HA 2L85A 4OGIA 4YYNA 4TU4A 5DFDA 5H1UA 5FB1A 5A5RA 5CTLA 4YAXA 5FE2A 2L5EA 4LYWA 5EWWA 5FG5A 2DVQA 4MR3A 4XUBA 4NUDA 5A7CA 5FFWA 4CLBA 5CUEA 5KO4A 4QR4A 5FH7A 4ALGA 4BHWA 4PCEA 5E0RA 5IGLA 4UYHA 5HEMA 5CQ7A 4NR6A 5DKHA 4LYSA 4TZ2A 3U5LA 5LUUA 4YY6A 2E7OA 3QZVA 5F36A 5EPSA 4CURA 5EISA 5ENCA 4NR4A 5D0CA 4QEWA 5EICA 3UVYA 5JWMA 3UV5A 4CUPA 3S91A 5AMEA 5A5QA 5C8GA 5D3HA 2DWWA 5BT3A 4A9NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U5JA 4J0SA 4O72A 5CQ3A 5KU3A 3IU6A 4O74A 4QYLA 2DKWA 5CGPA 3SVHA 4MEPA 4HXSA 4NS5A 5LKUA 5C87A 1ZKRA 3FKMX 3LXJA 5E7DA 5EGUA 5DYCA 4TYLA 3O34A 2YELA 5F61A 5HQ7A 3MQMA 4MENA 5FBXA 4E96A 5HRWA 3MXFA 5A5NA 4A9EA 4AKNA 3I3JA 3D7CA 4CFLA 3MULA 3U5OA 2RNYA 4MR6A 4YYMA 4WHUA 3RCWA 5IBNA 3LQIA 2RNWA 4BW4A 3O35A 2DVRA 5I7XA 5DW1A 4UYDA 5FE4A 4XUAA 4GPJA 5DBMA 4AI6A 3GG3A 4HXKA 4YYJA 5JI8A 5CQ4A 2E3KA 3LQHA 5D3LA 3S92A 4KV1A 4KV4A 4LDFA 5FE9A 5TB6A 2WP1A 4UIYA 4NQMA 4YK0A 4UITA 5A5SA 4UIWA 4N4HA 5C85A 3MB3A 4O7CA 4F3IA 1E6IA 4WIVA 4NR9A 5ENJA 4A9IA 4NYWA 5E9VA 5DY7A 3O36A 5I80A 4CUQA 4CUTA 4AKIA 4YYGA 5EU1A 4QEUA 5DLXA 5FFYA 3LJWA 5D3SA 5AD2A 4X2IA 4KCXA 5L8TA 2OUOA 5CP5A 4Z6IA 4AKGA 5BT4A 5DYUA 4QBMA 4NUCA 5HENA 4LYIA 4HXOA 3D1DA 4Q0OA 4Y03A 2YQDA 3K2JA 5KHMA 5C7NA 4YABA 5D26A 5D7XA 5E9LA 2G4AA 2FSAA 4WHWA 5E73A 5E3DA 5DX4A 1ZS5A 5LKXA 4LR6A 3U5NA 5F25A 4UYFB 3ERRA 2OSSA 5CRMA 5C89A 4XYAA 5J0DA 4HXLA 4O7BA 4PS5A 4NQNA 5II1A 4HXMA 5FB0A 5F62A 1JSPB 5E9KA 4C67A 4QSVA 5L98A 2F6JA 5FE7A 2YW5A 2DVVA 1F68A 5K29A 4QSUA 5DKDA 5AMFA 5IG6A 5CRZA 4UIZA 4QSSA 4YBTA 5F5ZA 5F1HA 4NRBA 5FE0A 4O78A 4NR5A 3P1FA 4QEVA 5I83A 4TT2A 2R0VA 2DVSA 2D82A 4HBWA 5H1TA 5FH6A 4BW2A 5DFBA 5I40A 4UYGA 5D3RA 4QYDA 5FG6A 4HXNA 4TT4A 1EQFA 3JVKA 3G0JA 5FE3A 4NUEA 5FE8A 3UV4A 5FE1A 2RO1A 5CU8A 4CL9A 4UYFA 4N4FA 4PY6A 5D25A 5E9MA 4O7FA 5ENHA 2F6NA 4A9JA 5A81A 4HBVA 5HM0A 3G0LA 5IGNA 5F63A 5CUDA 5CQ5A 5I1QA 3O33A 5HFQA 4CUUA 4TTEA 3SVFA 5LVRA 3HMHA 5HFRA 4Q0NA 3U5MA 1X0JA 2N9GA 2R10A 4NYVA 5CUBA 5HQ6A 5F3AA 2RS9B 5A83A 4TZ8A 5COIA 3P1DA 4O7EA 4O77A 5HELA 4YYKA 2WP2A 3JVJA 3NXBA 5A5OA 4TT6A 5LJ2A 3U5KA 4QB3A 3TLPA 5LVQA 5HJCA 4BW1A 2NXBA 4CUSA 4RVRA 5FE6A 4YYIA 5L96A 5D3NA 4NRAA 4QZSA 5CUCA 5DKCA 5EI4A 4ZW1A 3VKHA 5L99A 5ENIA 3UV2A 4YYDA 5D24A 4HBYA 5L8UA 2GRCA 3P5OA 4PKLA 4ALHA 5KTWA 4PTBA 4QSQA 4N4IA 4ZC9A 4QNSA 5HLSA 4NYXA 5KTXA 4MEOA 4IR3A 5DW2A 5CQAA 4N3WA 3Q2EA 4OUFA 5LJ0A 5DFCA 4UIXA 3UW9A 4J0RA 4BJXA 5F2PA 4IR6A 5BT5A 2DATA 4YBSA 4IORA 4Z1SA 3MB4A 4N4GA 1WUGA 5E3GA 5D3TA 5H85A 3UVXA 5EVAA 3IU5A 4CFKA 5EM3A 5ENBA 2LSPB 5CQ6A 5EV9A 5EP7A 4LZSA 2E7NA 2R0YA 4A9OA 4Z1QA 2RFJA 5HRVA 5EPRA 4C66A 5FH8A 5I29A 5FE5A 4NRCA 4QUUA 5CUGA 5C4QA 4Z93A 4J1PA 3MUKA 5AD3A 4HXRA 3SVGA 4TQNA 4XY8A 4UIVA 5CQ8A 4O71A 3QZSA 4LZ2A 5A85A 4QSXA 1N72A 5KTUA 3D1BA 3P1CA 4HXPA 4IR5A 4MEQA 5I7YA 5ENEA 2D9EA 4O7AA 4PCIA 3JVLA 5EWVA 5CUAA 2YYNA 3ZYUA 5EWHA 2I8NA 5A82A 5ETDA 3ONIA 4ZQLA 4QR5A 4IOOA 2RNXA 3UVDA 2R0SA 4YADA 5LJ1A 4NR7A 3Q2FA 5A5PA 4QC3A 5DLZA 5LKZA 4IOQA 5DYXA 4UYEA 5F1LA 5EK9A 4QUTA 5IGKA 5EQ1A 4TS8A 3UVWA 2EJNA 5E9IA 5CFWA 2YEKA 3P1EA 3AQAA 4YY4A 4QC1A 5L97A 4QSRA 4FLPA 4YH3A 3HMFA 5LKTA 5IGMA 5I86A 2L84A 5HQ5A 5II2A 5I88A 5HCLA 2H60A 5HRXA 4YBMA 4UIUA 2YDWA 4O70A 4NR8A 5FG4A 4A9KA 4OGJA 5E74A 5F60A 5EWCA 4MR4A 4HBXA 4YYHA 2I7KA 5I89A 5E9YA 4A9LA 5CY9A 4YATA 3HMEA 5IIDA 5CPEA 5TCMA 1WUMA 4QR3A 5CZGA 5CQTA 5CS8A 2RI7A 4IR4A 1JM4B 4BW3A 2OO1A 3AADA 4TU6A 4QSWA 4YH4A 5EPBA 5EA1A 4QSPA 5FFVA 4QSTA 4A9HA 3QZTA 3JVMA 3VKGA 5FDZA 4J3IA 4A9MA 4DONA 4O76A 4NXJA 4O75A 5D3JA 3U5PA 5ENGA 5G4SA 4XY9A 5DYAA 5ENFA 3O37A 4YC9A 4A9FA 5G4RA 4LRGA 2YEMA 4MR5A 5H1VA 4LZRA 5ACYA 1PUOA 3DWYA 3LQJA 5D3PA 3DAIA 2KTBB 5EWDA 2MJVB 4LC2A 4QY4A 5ETBA 4Z6HA 2L85A 4AKHA 4OGIA 4YYNA 4TU4A 5DFDA 5H1UA 5FB1A 5A5RA 5CTLA 4YAXA 5FE2A 2L5EA 4LYWA 5EWWA 5FG5A 2DVQA 4MR3A 4XUBA 4NUDA 5A7CA 5FFWA 4CLBA 5CUEA 5KO4A 4QR4A 5FH7A 4ALGA 4BHWA 4PCEA 5E0RA 5IGLA 4UYHA 5HEMA 5CQ7A 4NR6A 5DKHA 4LYSA 4TZ2A 3U5LA 5LUUA 4YY6A 2E7OA 3QZVA 5F36A 5EPSA 4CURA 5EISA 5ENCA 4NR4A 5D0CA 4QEWA 5EICA 3UVYA 5JWMA 3UV5A 4CUPA 3S91A 5AMEA 5A5QA 5C8GA 5D3HA 2DWWA 5BT3A 4A9NA
chains in the Genus database with same CATH topology
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