The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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Knots found |
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sequence length |
242
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structure length |
242
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Chain Sequence |
SEMIYGIHAVQALLERAPERFQEVFILKGREDKRLLPLIHALESQGVVIQLANRQYLDEKSDGAVHQGIIARVKPGRQYQENDLPDLIASLDQPFLLILDGVTDPHNLGACLRSADAAGVHAVIVPKDRSAQLNATAKKVACGAAESVPLIRVTNLARTMRMLQEENIWIVGTAGEADHTLYQSKMTGRLALVMGAEGEGMRRLTREHCDELISIPMAGSVSSLNVSVATGICLFEAVRQRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of the Rlmb 23S Rrna Methyltransferase Reveals a New Methyltransferase Fold with a Unique Knot
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
67
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| structure length |
242
|
| sequence length |
242
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
|
| other databases |
 KnotProt 2.0: K +31
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| ec nomenclature |
ec
2.1.1.185: 23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase. |
| pdb deposition date | 2002-05-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00588 | SpoU_methylase | SpoU rRNA Methylase family |
| A | PF08032 | SpoU_sub_bind | RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Alpha/beta knot | Alpha/beta knot |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1T0K B; 1YIT F; 2OTL F; 3G6E F; 5IT9 M; 1W40 A; 1NMU B; 4KGN A; 5GAP K; 3JAM M; 3O7B A; 3I55 F; 4YQP A; 3CCE F; 1K3R A; 1SDS A; 5D9F A; 1XBI A; 4YQG A; 3LWR C; 3CCR F; 1GZ0 A; 1YJ9 F; 1YIJ F; 3CC4 F; 1RLG A; 1VQ6 F; 1M90 H; 3CD6 F; 2EGV A; 3L8U A; 4YQO A; 5A2Q M; 2V3J A; 3J80 M; 2VGM A; 1TO0 A; 4PZK A; 3JCM M; 2OZB A; 5GM8 A; 4CNF A; 4YQ1 A; 3CCV F; 1JJ2 F; 1VQP F; 3SIV A; 3HJW C; 5FJ4 C; 1VHK A; 4KDZ A; 4YQ8 A; 1VQN F; 3E1Y A; 3CCL F; 1VQM F; 3E5Y A; 5GMB A; 3CME F; 1NJI H; 4LCK A; 3G4S F; 3CPQ A; 1RA4 A; 3OW2 F; 4YVG A; 4YVI A; 3N4Y A; 3LFO A; 1S72 F; 4YQB A; 1VQK F; 5EO3 A; 2HA8 A; 1VQ9 F; 3CC7 F; 4YQD A; 4YVJ A; 2O3A A; 3WXM B; 4CNG A; 3J7A R; 1W2B F; 4MCD A; 3N4Z A; 2I6D A; 2QMM A; 1UAL A; 1QVG F; 2QI2 A; 3CCM F; 4CND A; 3LWP C; 1NXZ A; 5GIP C; 3CCQ F; 4RG1 A; 1VQ4 F; 4YPW A; 4YQA A; 1YHQ F; 1GO0 A; 3IC6 A; 3LWQ C; 3FFM A; 4YVH A; 1CK2 A; 3ON1 A; 4BW0 B; 1KD1 H; 1V2X A; 3OIJ A; 3IEF A; 4YQ3 A; 1Q82 H; 3VI6 A; 2Z0Y A; 3OBW A; 3RA6 A; 4YQS A; 1KQS F; 3ILK A; 3CG6 A; 4MCB A; 4X3M A; 1J85 A; 1UAK A; 4FAK A; 4JAK A; 1QVF F; 2KG4 A; 2BO1 A; 1CN7 A; 1K8A H; 3CCJ F; 2QWV A; 1W42 A; 3AI9 X; 4YPX A; 1MXI A; 3MCA B; 2JNB A; 3AGK A; 3CCU F; 4YQ7 A; 4C4W C; 1ZWZ A; 3IR9 A; 3LWO C; 3BBE A; 2KTU A; 1W3E X; 2V3K A; 3CC2 F; 2LBW A; 3HAX D; 2OHW A; 1P9P A; 3CMA F; 3ONP A; 2QEX F; 1YI2 F; 1N8R H; 1Q7Y H; 3BBD A; 1VQ8 F; 3QUV A; 4YQQ A; 2CZW A; 3OII A; 1X52 A; 1X7P A; 2YY8 A; 4YQR A; 5FAI A; 3NVK E; 1OY5 A; 4YQK A; 4YPZ A; 4CNE A; 5EWR A; 1W41 A; 1VH0 A; 1UAJ A; 4H3Z A; 3LWV C; 2EGW A; 4YQ6 A; 1VQL F; 1X7O A; 5DCV A; 4H3Y A; 4YQI A; 3NMU C; 4YVK A; 1IPA A; 2LBX A; 3VMF B; 4JAL A; 1GO1 A; 3PAF A; 3I56 F; 4X3L A; 3J81 M; 3NK6 A; 3V7E A; 4NUT A; 4YQ9 A; 3PLA C; 1Q86 H; 5CO4 A; 1YJW F; 3KTY A; 1O6D A; 2CX8 A; 3CCS F; 1VQ7 F; 1VHY A; 4YQN A; 3V7Q A; 3SIU A; 3OBY A; 2OTJ F; 1H7M A; 5FLX M; 1K9M H; 3CPW F; 2ALE A; 5G4V C; 4BY9 D; 3AIA A; 3DCM X; 1VQO F; 2AIF A; 3KW2 A; 4YQT A; 1M1K H; 4YPY A; 4YQJ A; 3N4J A; 4XBO A; 4YQ2 A; 1PXW A; 1V6Z A; 4IG6 A; 4YQL A; 1DT9 A; 5GMC A; 2WAL A; 1UAM A; 3CXC F; 3NVI B; 4YQ5 A; 1YJN F; 4E8B A; 3G71 F; 5G4U C; 5GIO C; 2FC3 A; 1Z85 A; 2VGN A; 3E20 B; 5GAN K; 4TZZ A; 1ZJR A; 4L69 A; 4YQ4 A; 3RA5 A; 3O85 A; 3GYQ A; 2KTV A; 4J3C A; 2HVY D; 1K73 H; 3AXZ A; 1Q81 H; 3OIN A; 1E7K A; 4YQC A; 1NS5 A; 1KC8 H; 1VQ5 F; 3N4K A; 4MCC A; 3NK7 A; 3BBH A; 3KY7 A; 5GIN C; 3KNU A; 2QA4 F; 4YQ0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JWF A; 1FNJ A; 2Z1E A; 3G6E F; 3UT5 B; 3VIU A; 4ZHQ A; 3JAM M; 3O7B A; 3WJR A; 4O2B B; 3HKE B; 4YJ2 B; 2F9Z C; 5HP7 A; 4YQP A; 1ODE A; 5D9F A; 5C8Y A; 1COM A; 3LWR C; 1VQ6 F; 1YIJ F; 4ZI7 A; 3CD6 F; 1M90 H; 2GVI A; 4EB6 A; 4YJ3 B; 5A2Q M; 2VGM A; 5EAZ A; 5LYJ B; 3P10 A; 3HKC A; 5BMV A; 5B8F A; 1VHK A; 4BVS A; 2V9Y A; 2VXY A; 3JAT B; 3RYF B; 3CME F; 3G4S F; 3LFO A; 2PHN A; 4FMW A; 5EO3 A; 2ZOD A; 2HA8 A; 1FFX B; 1RQ2 A; 2W8B C; 1W2B F; 4MCD A; 3N4Z A; 4B46 A; 2QMM A; 1QU9 A; 3HKB B; 2UYP A; 3JAS A; 4BVR A; 2GZL A; 3CYP B; 4TV9 B; 1H48 A; 5KMG A; 1JFF B; 2HQS C; 4JWH A; 5GON B; 1W59 A; 3ON1 A; 1SA0 B; 3VI6 A; 5EYP B; 1YQN A; 3RYC B; 3CG6 A; 4MCB A; 1UAK A; 1IV4 A; 3F0E A; 3AI9 X; 4G4X A; 1MXI A; 2JNB A; 1QAH A; 2DYY A; 3CCU F; 3I3F A; 4YQ7 A; 4I55 B; 4IHJ B; 1W3E X; 2V3K A; 2LBW A; 1JN1 A; 5JH7 A; 1YI2 F; 1N8R H; 3QUV A; 3FPI A; 4YQQ A; 5EIB C; 2HP3 A; 2UYN B; 2YY8 A; 4HNA A; 5EZY A; 4CNE A; 4M8I A; 4YQK A; 4RHA A; 5EWR A; 1W41 A; 5LA6 A; 4O4H B; 4YQ6 A; 4YQI A; 4ZHV A; 4YVK A; 3VMF B; 2UYK A; 4X1Y B; 2HP0 B; 4ZOL B; 4BT7 A; 4X3L A; 4O4L B; 4TV8 B; 2GLZ A; 1OFU A; 3NK6 A; 4YQ9 A; 3RYI A; 2CHS A; 4I50 B; 5CO4 A; 1O6D A; 2LBT A; 2CX8 A; 4IIJ B; 4BT4 A; 1W5F A; 2IQQ A; 3JAW A; 4H3Z A; 2RB9 A; 3MCQ A; 1VK3 A; 3QUW A; 3AIA A; 5ITZ B; 3CB2 A; 4LNU A; 3KW2 A; 4YQT A; 3C9S A; 1NQ3 A; 4YQ2 A; 3KIZ A; 5KX5 A; 4ZHQ B; 5CA0 A; 3MQW A; 1YJN F; 3S03 A; 4EI9 A; 3G71 F; 5C8Y B; 5G4U C; 3VTI C; 5GIO C; 2HRU A; 4ZI7 B; 3E20 B; 4EB6 B; 3U0O A; 4C8G A; 4EI8 A; 3HKC B; 3JAL A; 5BMV B; 2CWJ A; 1VQ5 F; 4MCC A; 3F0G A; 5IJ0 A; 1R1M A; 5GIN C; 1W5E A; 3WJP A; 1YIT F; 5IT9 M; 1W40 A; 5HY2 A; 1IV2 A; 1XRG A; 3VO8 A; 2UZH A; 3V4D A; 1KNJ A; 3ZOP A; 1K3R A; 3GTZ A; 3CCR F; 4O4H A; 3CC4 F; 3JAS B; 1QD9 A; 3JCM M; 2OZB A; 5GM8 A; 3VCZ A; 3CCV F; 1U43 A; 5KMG B; 3V3T A; 3SIV A; 3HJW C; 4KDZ A; 1VQN F; 2H6L A; 4E6E A; 3N2G A; 4F6R B; 3CCL F; 1PF5 A; 2ZVZ A; 2Z1U A; 2RHH A; 4O2A A; 3VYU C; 3CPQ A; 4G4V A; 3CC7 F; 2ZVY A; 3WXM B; 3ELC A; 3WJQ A; 3J7A R; 5CA1 A; 4RQO A; 4B45 A; 2QI2 A; 5GIP C; 5EB1 B; 1GO0 A; 5JH7 B; 1XHO A; 1CK2 A; 1V2X A; 4YQ3 A; 3P0Z A; 4HNA B; 5EZY B; 3B6N A; 3FBA A; 1GX1 A; 2H8E A; 5LA6 B; 1J85 A; 1QVF F; 2BO1 A; 5JCO C; 2QWV A; 1OAP A; 2CVL A; 4YPX A; 1U3L A; 3MCA B; 2HRY A; 2KTU A; 3RYI B; 4WBN A; 3Q8H A; 4X20 A; 3CMA F; 4FFB A; 1Q7Y H; 3JAW B; 1X7P A; 3IMP A; 3M4S A; 3NVK E; 1OY5 A; 4LNU B; 4F6R A; 1UAJ A; 2EGW A; 4I4T A; 1ONI A; 1X7O A; 1VQL F; 5DCV A; 5KX5 B; 4H3Y A; 2LBX A; 2VAM A; 2FGY A; 3K0T A; 5CA0 B; 3PAF A; 3TD3 A; 3V7E A; 2Q1Y A; 3HWU A; 1XV2 A; 1TVK A; 5EIB D; 1YJW F; 5HY1 A; 2AMT A; 3CCS F; 5HY4 A; 3ESJ A; 3JAL B; 2ZAU A; 5FLX M; 1Z5V A; 5IJ0 B; 4X1I A; 1M1K H; 4YQJ A; 3ERN A; 3TD4 A; 3N4J A; 4YQL A; 3N2K A; 3DC2 A; 5GMC A; 3S0Y A; 3TD5 A; 2HS3 A; 2NMU A; 3QHD A; 2KGW A; 4XCQ A; 3ZP4 A; 5GAN K; 4BVT A; 3RA5 A; 5IJ9 A; 1Q8R A; 3KHN A; 3KJK A; 5HXZ A; 3KJJ A; 3FD5 A; 4YQC A; 1NS5 A; 1KC8 H; 3N4K A; 3NK7 A; 2N48 A; 3LME A; 2IAF A; 1RQ7 A; 3N2G B; 3LWQ C; 5J2T A; 2QA4 F; 1T0K B; 3KNU A; 1RLU A; 2OTL F; 4O2A B; 3VYT C; 2ZOV A; 4G88 A; 2P6Y A; 1VQV A; 4X1K A; 2R75 1; 1IV3 A; 3T80 A; 1XBI A; 1GZ0 A; 5CA1 B; 2EGV A; 5LOV A; 3K12 A; 2V3J A; 2Z1F A; 2HX0 A; 2BTQ B; 1TUB A; 1VQP F; 3MBM A; 2L26 A; 4O4J A; 3WGL A; 3E1Y A; 3E5Y A; 3KY7 A; 1H47 A; 5GMB A; 5JCO A; 1NJI H; 4LCK A; 4YVI A; 2Q1X A; 3OW2 F; 3N4Y A; 4YQB A; 2CSL A; 3K14 A; 1X25 A; 3C9U A; 3RYH A; 3P4E A; 3VOA A; 4BVQ A; 4U3J B; 4G4Y A; 2VAP A; 2UYJ A; 3HKD A; 2I6R A; 1QVG F; 3CCM F; 3LWP C; 1NXZ A; 3CCQ F; 3F0D A; 4WBN B; 3I7T A; 4TUY A; 1YHQ F; 4X20 B; 3ZO8 A; 4FFB B; 3FFM A; 1SZQ A; 4EI7 A; 1KD1 H; 2Z01 A; 1Q82 H; 3C8L A; 2Z0Y A; 1T0A A; 3OBW A; 3IKF A; 3RA6 A; 4YQS A; 1KQS F; 3ILK A; 4X3M A; 4FAK A; 4I4T B; 1K8A H; 1W42 A; 5IYZ A; 4ZHW A; 3DDN A; 3AGK A; 4BT6 A; 4C4W C; 3IR9 A; 4C8E A; 3BBE A; 5AVM A; 3CC2 F; 1TVK B; 1W55 A; 3D01 A; 3VOB A; 1VQ8 F; 3VYS C; 3JAR A; 3BYQ A; 5MN4 A; 4YQR A; 5FAI A; 3S0H A; 4YPZ A; 4X1I B; 2YYE A; 1VH0 A; 1W5A A; 1IPA A; 2IG8 A; 3LYB A; 3N2K B; 4JAL A; 3I56 F; 5FNV A; 2DT4 A; 1JY8 A; 4NUT A; 1JD1 A; 4U39 A; 2YXZ A; 1Q86 H; 4O4I A; 4U3J A; 1W58 1; 3KTY A; 1VQ7 F; 5IJ9 B; 2RHJ A; 4YQN A; 3V7Q A; 1W5B A; 2VAW A; 3C9T A; 2OTJ F; 3AXZ A; 1K9M H; 3CPW F; 2ALE A; 3R0P A; 5G4V C; 4BY9 D; 5JVD A; 3DCM X; 1VQO F; 2AIF A; 1W57 A; 5J2T B; 4XBO A; 1PXW A; 1V6Z A; 4IG6 A; 2G9I A; 2WAL A; 1VH8 A; 2LCA A; 4NQ3 A; 4X1K B; 1UAM A; 2FC3 A; 1Z85 A; 2VGN A; 5LOV B; 4JWJ A; 1U3P A; 1ZJR A; 3JAK A; 4DXD A; 5J2U A; 3GYQ A; 2BTO A; 1TUB B; 3OIN A; 1E7K A; 2K1S A; 1DBF A; 1J7H A; 4YQ0 A; 3OON A; 4O4J B; 2I6D A; 5CB4 A; 2QEX F; 5LP6 A; 3E22 A; 5HXU A; 5JQG A; 1FNK A; 1NMU B; 4KGN A; 5GAP K; 3WGK A; 2H8C A; 4DRX A; 3I55 F; 2RHO A; 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