The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
82
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Knots found |
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sequence length |
267
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structure length |
267
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Chain Sequence |
RNARFQQWQALLGNRNKRTRAGEFLVMGVRPISLAVEHGWPVRTLLYDGQRELSKWARELLRTVRTEQIAMAPDLLMELGEKNEAPPEVVAVVEMPADDLDRIPVREDFLGVLFDRPTSPGNIGSIIRSADALGAHGLIVAGHAADVYDPKSVRSSTGSLFSLPAVRVPSPGEVMDWVEARRAAGTPIVLVGTDEHGDCDVFDFDFTQPTLLLIGNETAGLSNAWRTLCDYTVSIPMAGSASSLNAANAATAILYEAVRQRISGRTA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and function of the antibiotic resistance-mediating methyltransferase AviRb from Streptomyces viridochromogenes
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
rRNA methyltransferase
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Streptomyces viridochromogenes
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| total genus |
82
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| structure length |
267
|
| sequence length |
267
|
| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K +31
|
| ec nomenclature |
ec
2.1.1.208: 23S rRNA (uridine(2479)-2'-O)-methyltransferase. |
| pdb deposition date | 2004-08-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00588 | SpoU_methylase | SpoU rRNA Methylase family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Alpha/beta knot | Alpha/beta knot |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GIP C; 4BW0 B; 5GAP K; 1VQ6 F; 3KW2 A; 4YQ6 A; 2JNB A; 3SIU A; 4YQ1 A; 1CN7 A; 1NS5 A; 4E8B A; 1VHY A; 1KQS F; 3SIV A; 1GO0 A; 1VQL F; 4YQJ A; 2BO1 A; 3AI9 X; 1IPA A; 3PLA C; 1ZWZ A; 3LWQ C; 4H3Y A; 5IT9 M; 1JJ2 F; 3IEF A; 4KGN A; 2LBX A; 5DCV A; 3BBE A; 5EWR A; 3G6E F; 5FJ4 C; 4YQ8 A; 1X52 A; 1M90 H; 5GMB A; 4CNE A; 3GYQ A; 1VQ8 F; 3CCU F; 3E5Y A; 5CO4 A; 1W42 A; 3CG6 A; 2WAL A; 5FAI A; 4YQR A; 3LFO A; 2YY8 A; 5G4V C; 1YIT F; 4YQT A; 3VI6 A; 4JAL A; 1XBI A; 1OY5 A; 2V3J A; 4YQO A; 3O85 A; 3JCM M; 1VQ5 F; 4YQ2 A; 3LWO C; 3CCQ F; 1RLG A; 3KY7 A; 1W41 A; 1KC8 H; 4YQ7 A; 1UAL A; 4YPX A; 3AIA A; 3CCM F; 2OZB A; 1VQ9 F; 1P9P A; 1UAK A; 4L69 A; 4YQI A; 1PXW A; 1Q86 H; 3N4Z A; 5GIN C; 4MCD A; 1YIJ F; 1VQM F; 3L8U A; 4CND A; 4YQC A; 5D9F A; 3IR9 A; 3CPW F; 1Z85 A; 5GM8 A; 3ONP A; 3OIN A; 2KG4 A; 4YQB A; 3BBH A; 3CCL F; 3J7A R; 2EGV A; 2OHW A; 3CPQ A; 1YJN F; 1K8A H; 3O7B A; 4YQD A; 4C4W C; 1YHQ F; 1TO0 A; 5GMC A; 4YQ4 A; 3E1Y A; 1K73 H; 2EGW A; 1VQP F; 3KNU A; 1RA4 A; 3CXC F; 3I55 F; 1W40 A; 1S72 F; 1QVF F; 4NUT A; 1NJI H; 3N4J A; 1M1K H; 3HJW C; 3FFM A; 4X3L A; 2VGM A; 2CZW A; 3OBY A; 3CCR F; 3OBW A; 3J81 M; 1VQ4 F; 1T0K B; 4XBO A; 2AIF A; 4YVJ A; 1UAJ A; 3NK6 A; 3OIJ A; 2VGN A; 4MCB A; 1DT9 A; 4FAK A; 3CD6 F; 3LWR C; 3NVI B; 3VMF B; 3E20 B; 3QUV A; 4YQS A; 3RA6 A; 3WXM B; 1VQK F; 3CC4 F; 1VQN F; 4YQA A; 4YQN A; 3OW2 F; 1NMU B; 3LWV C; 1E7K A; 1Q82 H; 3CMA F; 1MXI A; 3NK7 A; 1Q81 H; 2FC3 A; 1YJ9 F; 3HAX D; 1UAM A; 4JAK A; 4YVH A; 4YPW A; 4YQK A; 4YQ3 A; 2ALE A; 2QWV A; 4CNF A; 3ILK A; 4YQP A; 3CC2 F; 1J85 A; 4YVG A; 1ZJR A; 3LWP C; 1K9M H; 3OII A; 2KTV A; 1Q7Y H; 3CCE F; 4YVK A; 4BY9 D; 2HA8 A; 1GO1 A; 1SDS A; 4X3M A; 4RG1 A; 2O3A A; 3CC7 F; 2CX8 A; 1X7P A; 5GIO C; 3N4K A; 4YQ9 A; 2QMM A; 3AGK A; 1VQO F; 1KD1 H; 3G71 F; 3KTY A; 4YQQ A; 3CCJ F; 4YQL A; 4CNG A; 3ON1 A; 1H7M A; 5A2Q M; 3JAM M; 4YPY A; 2I6D A; 1W2B F; 4LCK A; 4J3C A; 2QA4 F; 1O6D A; 1X7O A; 1N8R H; 3BBD A; 1V2X A; 4YQG A; 1YI2 F; 4YVI A; 1K3R A; 2V3K A; 4YPZ A; 3V7E A; 2KTU A; 1CK2 A; 3I56 F; 3G4S F; 1VQ7 F; 2QI2 A; 3PAF A; 3MCA B; 5EO3 A; 3RA5 A; 2HVY D; 2OTJ F; 5G4U C; 1VH0 A; 2Z0Y A; 3J80 M; 4MCC A; 1NXZ A; 4KDZ A; 2OTL F; 1YJW F; 2QEX F; 4YQ5 A; 3DCM X; 3NVK E; 3NMU C; 3IC6 A; 1W3E X; 5FLX M; 4TZZ A; 3AXZ A; 1V6Z A; 3CCS F; 3CME F; 4H3Z A; 4YQ0 A; 4PZK A; 1QVG F; 1GZ0 A; 1VHK A; 2LBW A; 3V7Q A; 3CCV F; 5GAN K; 3N4Y A; 4IG6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3IKF A; 4BW0 B; 1VQ6 F; 3K0T A; 2AIZ P; 2BTU A; 1VHY A; 5JCO A; 5LP6 A; 5LP6 B; 5IT9 M; 1JJ2 F; 5HY4 A; 5DCV A; 4ZHQ B; 5EWR A; 5GON A; 5FJ4 C; 4YQ8 A; 1X52 A; 1M90 H; 5GMB A; 1VQ8 F; 5HY0 A; 3CCU F; 5FAI A; 3F0E A; 5JQG A; 3S03 A; 5G4V C; 4PWT A; 3U0O A; 4TV9 A; 3P10 A; 3L7Q A; 4O4I A; 1W41 A; 4YQ7 A; 4ZHY B; 4I50 B; 1FNK A; 5IJ0 A; 4BVT A; 1PXW A; 5GIN C; 4MCD A; 3JAS A; 2PMP A; 1VQM F; 4CND A; 1PF5 A; 2KG4 A; 3WPW A; 3OON A; 2CWJ A; 3JAL A; 3D01 A; 3TD5 A; 3CPQ A; 5LOV A; 1YJN F; 5GMC A; 1TO0 A; 1Q8R A; 1YHQ F; 4HNA B; 3HKE A; 3HKE B; 4BT6 A; 1VH8 A; 4BT7 A; 4ZHW A; 3CXC F; 1S72 F; 4C8E A; 3N4J A; 2Z1F A; 4X3L A; 3RYI A; 3WGL A; 2UYK A; 1TVK B; 2Z1T A; 1CLI A; 2HS0 A; 3DC2 A; 1IV2 A; 3NVI B; 3N2G A; 2W8B C; 4O4L A; 1KNK A; 4XCQ A; 4X1I B; 4YQN A; 3OW2 F; 1NMU B; 5IJ9 B; 1W5B A; 1E7K A; 3CMA F; 1MXI A; 3NK7 A; 2QTP A; 3UT5 A; 4YPW A; 5BMV B; 4CNF A; 2QWV A; 1GX1 A; 3I7T A; 4BT3 A; 4EI7 A; 2HP3 A; 2LCA A; 1K9M H; 1Q7Y H; 4YVK A; 3CYP B; 5LYJ A; 1Z5V A; 5CB4 B; 3P0Z A; 3JVH A; 1SDS A; 2ZOD A; 3P4E A; 4X3M A; 1X7P A; 3N4K A; 3C9U A; 4BT4 A; 3G71 F; 4YQQ A; 4CNG A; 4YQL A; 4FFB A; 3ON1 A; 3C9R A; 1W2B F; 4J3C A; 3IMP A; 1O6D A; 4IIJ B; 1ODE A; 3DDN A; 2ZVZ A; 1FFX A; 3ZP7 A; 3MQW A; 1V2X A; 4YQG A; 1YI2 F; 4YVI A; 3T80 A; 3V7E A; 2HVY D; 2QI2 A; 3PAF A; 3MCA B; 2BTO A; 3CYQ A; 5G4U C; 2K1S A; 3N2K A; 3N2K B; 4IHJ A; 3E22 A; 4DRX A; 3E22 B; 4DRX B; 3IEW A; 4X1K A; 4X1Y B; 2V9Y A; 2IQQ A; 2H6L A; 4JWJ A; 3KJJ A; 3V7Q A; 3CCV F; 2ALE A; 2EGV A; 2QMM A; 4YPY A; 5GAP K; 3KW2 A; 3WJQ A; 1NS5 A; 2CSL A; 3SIV A; 4JWG A; 4I55 B; 2EWC A; 1GO0 A; 2BO1 A; 3TD4 A; 5JH7 B; 3VO8 A; 3C8L A; 4LNU A; 3B6N A; 4CNE A; 4EB6 A; 3E5Y A; 5CO4 A; 3CG6 A; 2G9I A; 3LFO A; 3IEQ A; 3JAW B; 4O2B B; 3S0W A; 4C81 A; 3GTZ A; 3M1X A; 3VI6 A; 1XBI A; 3HKB B; 5AVM A; 3KE1 A; 2V3J A; 4JAL A; 2VXY A; 3ELC A; 2RHH A; 2HRU A; 3KY7 A; 3CCQ F; 2ZAU A; 3CCM F; 2GVI A; 2Z1E A; 1OAP A; 3Q8H A; 5KX5 A; 3HKC A; 3HKC B; 4G4Y A; 3WPX A; 4YQC A; 5FNV A; 5FNV B; 3CPW F; 3ONP A; 4YQB A; 1JFF B; 3CCL F; 4ZHQ A; 1JD1 A; 3FPI A; 1KNJ A; 1K8A H; 4YQD A; 1NQ3 A; 2VAW A; 3WJP A; 1K73 H; 2EGW A; 4G4Z A; 1VQP F; 1RA4 A; 2HS3 A; 5MN6 A; 5IYZ A; 3VOA A; 5IYZ B; 1W40 A; 1QVF F; 2GLZ A; 1W57 A; 4G4W A; 2I6R A; 2ZF8 A; 4U3J A; 2CZW A; 1JY8 A; 4U3J B; 5J2T B; 1W5E A; 4XBO A; 1UI9 A; 4I50 A; 3NK6 A; 3OIJ A; 2VGN A; 4FAK A; 3GHZ A; 3V3T A; 4EI9 A; 2HRY A; 1YGY A; 5HY2 A; 1VQK F; 4B5C A; 1VQN F; 2Z1U A; 5C8Y B; 1IV4 A; 3QUV A; 4JAK A; 1Q81 H; 2FC3 A; 4YVH A; 1UAM A; 4YQ3 A; 4E8B A; 4YQP A; 4TUY B; 1J85 A; 4HNA A; 2KTV A; 3F6M A; 1T0A A; 2BTQ B; 5LXT B; 1W55 A; 3R0P A; 3CC7 F; 4EI8 A; 3CB2 A; 3ZOP A; 5EB1 B; 4WBN A; 1YQN A; 4WBN B; 1VQO F; 1TVK A; 5EAZ A; 3KJK A; 1H7M A; 5MN5 A; 1T0K B; 3JAM M; 2RB9 A; 4ZI7 B; 1X7O A; 2GZL A; 2Z01 A; 1XHO A; 3QTY A; 3D00 A; 3LME A; 4YJ3 B; 4X1I A; 2V3K A; 4YPZ A; 1CK2 A; 2B33 A; 5IJ9 A; 3LDT A; 1QD9 A; 4X20 B; 5EO3 A; 1VH0 A; 4YQR A; 4G88 A; 3J80 M; 5BMV A; 5HY1 A; 1TUB B; 3WJR A; 4KDZ A; 3C9S A; 2OTL F; 2QEX F; 2RHO A; 2OTM A; 2RHJ A; 3NMU C; 4M8I A; 1IV1 A; 5CB4 A; 3V4D A; 4PZK A; 1RQ7 A; 1GZ0 A; 1U3P A; 2LBW A; 1XRG A; 3VCZ A; 4IG6 A; 3ZP4 A; 5GIP C; 4YQ6 A; 3LYB A; 3SIU A; 4YQ1 A; 1CN7 A; 1KQS F; 5JVD A; 5JVD B; 4IIJ A; 1IPA A; 3I3F A; 1U3L A; 3K2X A; 4YJ2 A; 4YJ2 B; 3IEF A; 2LBX A; 4E6E A; 3TD3 A; 4YVJ A; 3GYQ A; 2IAF A; 2WAL A; 4C8I A; 2YY8 A; 3MDO A; 3RYH B; 2N48 A; 3K14 A; 4TV8 B; 3JAK B; 4X1Y A; 3JCM M; 3WGK A; 1VQ5 F; 2UYJ A; 3LWO C; 1RLG A; 5HP7 A; 2YXZ A; 1KC8 H; 4YPX A; 3AIA A; 5J2U A; 5J2U B; 3JAR B; 2OZB A; 1P9P A; 4L69 A; 1QAH A; 2HP0 B; 2Q1Y A; 4YQI A; 1SZQ A; 1UFY A; 1OFU A; 1IV3 A; 4R40 B; 1YIJ F; 1RLU A; 5ITZ A; 4I55 A; 5ITZ B; 5EIB D; 1U43 A; 4RQO A; 3VTI C; 1Z85 A; 5JH7 A; 3OIN A; 3BBH A; 1SA0 B; 2OHW A; 3O7B A; 5KMG B; 4YQ4 A; 3E1Y A; 3KNU A; 2AMT A; 3I55 F; 3MBM A; 3JAW A; 4NUT A; 4O2B A; 3HKB A; 3HJW C; 3FFM A; 3QHD A; 4BVS A; 5MN4 A; 1VQV A; 1VHA A; 4JWF A; 2NMU A; 2CVL A; 2ZVY A; 4BT5 A; 3WGM A; 5CA1 B; 3WGN A; 3CD6 F; 4I4T B; 4JWH A; 5LA6 A; 5LA6 B; 4YQS A; 3WXM B; 1RQ2 A; 4FMW A; 4ZK7 A; 4YQA A; 3EOR A; 3F0G A; 1U40 A; 1Q82 H; 1YJ9 F; 5HXZ A; 1JFF A; 3RYC B; 4YQK A; 3ESJ A; 3ILK A; 3KHN A; 4ZOL A; 4ZOL B; 4B45 A; 1ZJR A; 3LWP C; 1VK3 A; 2HA8 A; 2H8E A; 3S0H A; 2KGW A; 2O3A A; 4RG1 A; 2CX8 A; 4C82 A; 5J2T A; 2RHL A; 5GIO C; 3BYQ A; 4O4J B; 2ZOV A; 1W59 A; 3QUW A; 4DXD A; 3FD5 A; 4LCK A; 2QA4 F; 3ERN A; 3BBD A; 4G4X A; 2IG8 A; 1K3R A; 5C8Y A; 1XV2 A; 4BVQ A; 2KTU A; 4KWE A; 3G4S F; 1Z5W A; 2OTJ F; 1W5F A; 2P6Y A; 5GON B; 3RA5 A; 1W58 1; 3KIZ A; 2Z0Y A; 4MCC A; 3F0F A; 3RE3 A; 3M84 A; 1YJW F; 5JQG B; 4TUY A; 4YQ5 A; 3NVK E; 4TV9 B; 3IC6 A; 4BVR A; 5HXU A; 4TZZ A; 3AXZ A; 4H3Z A; 4YQ0 A; 1QVG F; 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