The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
259
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sequence length |
737
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structure length |
731
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Chain Sequence |
SKKTVEFVDYVNPLMGTESTNTYPAVAVPWGMNFWSPQTGENGSGWMYTYTDSLMRGFRQTHQPSPWINDYGTFSIMPLAGELKMSHKERLVPFSHQQEKATPYNYSVTFNNGLQTSLSATSRGAVFEVSFPEKEDQYVVVDAYNGGSSITIEPEKRLVKGATRYNNGGVPDNFANYFMMEFSHPVIEYGTYNGDTLLHHQTDVAADYTCAYLKFDVPAGEKLTIRTASSFISPEQAAINFNREVADADVQLISGKAREQWNNYLGRVEAEGGTDEQLRTFYSCLYRTLLFPREFYEFDSQGNPVYYSPYDGNVHDGYMYTDNGFWDTFRAVHPLFTLLYPEVSERVTQSIINAYNESGFMPEWASPGHRGCMIGNNSVSLLVDAWMKGIQTVDAEKALEAMIHQTQARHAEIASVGRDGFEYYDKLGYVPYPEVPEATAKTLEYAYADWCIARFAESLGKQDIADQYYQKAPNYRNLYYPEHGFMWTKDAKGNWRDRFDATEWGGPFTEGSSWHWTWSVFHDPEGLSELMGGHEPMIARLDSMFVAPNTYNYGTYGFVIHEIAEMVALNMGQYAHGNQPVQHAIYLYDYIGQPWKTQYHLRNVMDKLYNSGSKGYCGDEDNGQTSAWYVFSAMGFYPVCPGMPEYAIGSPLFKKVTLHLPEGKNFVVSAADNAADRPYIRKALLNGQEFTRNYLTHDELKQGGELNLSMDSVPNQQRGTQPADFPYSYSK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanistic Insights Into a Ca2+-Dependent Family of A-Mannosidases in a Human Gut Symbiont.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Bacteroides thetaiotaomicron
|
| molecule keywords |
ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
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| total genus |
259
|
| structure length |
731
|
| sequence length |
737
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07971 | Glyco_hydro_92 | Glycosyl hydrolase family 92 |
| A | PF17678 | Glyco_hydro_92N | Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | alpha-1,2-mannosidase | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glycosyl hydrolase family fold | alpha-1,2-mannosidases domains | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | GH92 mannosidase fold | GH92 mannosidase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BGA A; 1JZ3 A; 1RWH A; 3OS7 A; 4RNL A; 1I8Q A; 1RWC A; 1LUR A; 1JYX A; 1J0N A; 3OBA A; 1L7K A; 1JZ4 A; 3VDC A; 3IMH A; 3MUY 1; 1SNZ A; 1HN0 A; 3IAQ A; 1F4A A; 1NSU A; 2CIQ A; 1HM2 A; 2CIS A; 4BZF A; 1NSR A; 1NSM A; 3A24 A; 1NSV A; 3VDB A; 3IAP A; 2XHN A; 3VD7 A; 4BZE A; 1N7P A; 1JYV A; 1ULV A; 3VDA A; 1F4H A; 4DUV A; 4AQ0 A; 1JZ5 A; 2JKE A; 1K1X A; 1OJO A; 2WDA A; 3MUZ 1; 1TXK A; 3I3D A; 1OJP A; 1NS7 A; 3DCD A; 1MMY A; 2E24 A; 1NS2 A; 1RW9 A; 2WCO A; 1F9G A; 1RWG A; 2WVX A; 2WW3 A; 1LF6 A; 1J0M A; 1N7Q A; 1C82 A; 1K1Y A; 1F1S A; 3DYP A; 3T2Q A; 1W3Y A; 3NRE A; 3T2O A; 1LXK A; 1L7J A; 1RWA A; 3VD5 A; 3I3E A; 1N7N A; 1NS4 A; 2CIR A; 1YGA A; 2E22 A; 2HTB A; 4TTG A; 3J7H A; 3VD4 A; 1YQ2 A; 1SO0 A; 2WW2 A; 5E1Q A; 3T09 A; 2WZS A; 3T0D A; 1NSS A; 4DUX A; 1NSX A; 1HM3 A; 1NS8 A; 2BRW A; 3T08 A; 3OB8 A; 3DEC A; 1JZ7 A; 1OJM A; 3DYM A; 1MN0 A; 2WVX B; 2WVZ A; 3MWX A; 2XSG A; 1N7R A; 3I3B A; 1PX3 A; 3NJV A; 3SEP A; 1LOH A; 3E1F 1; 3VD3 A; 3T0A A; 3MV1 1; 3T2P A; 1EGU A; 1NS0 A; 1OJN A; 2X03 A; 1HN1 A; 2HTA A; 1RWF A; 4BZG A; 2ZQ0 A; 1X1J A; 1JZ2 A; 3K25 A; 3NJX A; 2D73 A; 2Q1F A; 1DP0 A; 3WFA A; 3VD9 A; 3MV0 1; 1LF9 A; 2JKP A; 1HMW A; 4BZH A; 2BRP A; 1JZ6 A; 1PX4 A; 3CZJ A; 1X1H A; 1MMU A; 1JOV A; 3ECQ A; 1MMX A; 1X1I A; 1NKG A; 2ZXQ A; 3T0B A; 1CB8 A; 1LXM A; 1N7O A; 2WW1 A; 1Z45 A; 4DUW A; 5A1A A; 2JKA A; 2BRV X; 3Q1N A; 1NSZ A; 3DYO A; 1HMU A; 1K1W A; 1MMZ A; 1JYN A; 1JYW A; 1JZ8 A; 2WVY A; 2WW0 A; 1UG9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CBU A; 2CQT A; 1AXD A; 2F3M A; 4BL7 A; 3OS7 A; 13GS A; 2HRK A; 4ECI A; 4CHS A; 1M99 A; 2GSQ A; 1J0N A; 1JYX A; 5GSS A; 1MD3 A; 3Q19 A; 1BG5 A; 1HNA A; 5F8B A; 1AQV A; 1D6Z A; 2F1B A; 3QFY A; 1GUL A; 3IMH A; 4KFE A; 2UV8 G; 4BVX B; 1HN0 A; 3EJP A; 1F4A A; 4YAV A; 3SWL A; 1LBK A; 1IVU A; 4FNS A; 2LJR A; 1R34 A; 3HII A; 1GLQ A; 1NSR A; 6GSY A; 4GSN A; 1NSM A; 2CWV A; 1DYU A; 3ERG A; 4E8E A; 1QAK A; 2XHN A; 1F2E A; 3MAK A; 3VK9 A; 3VD7 A; 2PER A; 4IJI A; 2WGQ A; 3X40 A; 4ZB6 A; 1GTI A; 4PGT A; 3EJT A; 2HNL A; 5FT3 A; 1AV4 A; 3LG6 A; 5LD0 A; 1JZ5 A; 3QFZ A; 2WDA A; 2C3N A; 3FYG A; 4EXJ A; 3LSZ A; 1OJP A; 1W6G A; 3DX0 A; 3I3D A; 3DCD A; 1MMY A; 2WCO A; 5D9V A; 2PNC A; 4BL7 B; 1Y6E A; 2HRK B; 3GTU A; 1US1 A; 2WRT A; 2VCT A; 2JL4 A; 1W3Y A; 4IQ1 A; 3NBB A; 3T2O A; 2FYV A; 3M8N A; 2OW6 A; 2E2V A; 2Y73 A; 3I3E A; 3W7W A; 1QX1 A; 3CSJ A; 3P8W A; 4E68 A; 4MPG A; 2CIR A; 1QAL A; 3WIQ A; 4BTW A; 4KAE A; 1JZR A; 5EY6 A; 1V7W A; 1S4B P; 3LFL A; 2HTB A; 17GS A; 1YQ2 A; 1SO0 A; 3BUB A; 3T09 A; 2OAD A; 3ZMK A; 3M0F A; 1ZL9 A; 3O76 A; 3VUR A; 2VCQ A; 3T0D A; 1IVX A; 4DUX A; 1IYI A; 3BVT A; 5F06 A; 4EDY A; 3W7S A; 3PR8 A; 3OB8 A; 2C8U A; 4G01 A; 4AKG A; 1Z9H A; 2CA8 A; 1MN0 A; 1N9E A; 5CA3 A; 2PBJ A; 3ERF A; 4G19 A; 5JMF A; 2OA7 A; 1TU8 A; 1B4P A; 3I6A A; 1KSI A; 2CFL A; 4BVY B; 2HRA A; 4KDY A; 2YFO A; 3E1F 1; 2CFK A; 3SEP A; 3VD3 A; 1TQT A; 2X03 A; 4FQU A; 2A2R A; 1WMP A; 1K3O A; 2X64 A; 3DGQ A; 2VO4 A; 2D1W A; 4ACS A; 2OQE C; 4JZQ A; 5F05 A; 3EIN A; 2OW7 A; 2ON7 A; 1MTC A; 4PI0 C; 4EE0 A; 3D4Y A; 4ZB8 A; 1LF9 A; 2R6K A; 3CSH A; 3RBT A; 4KF9 A; 3IBH A; 4ZBD A; 1R33 A; 2BRP A; 4GCI A; 2C10 A; 1V2A A; 1HTY A; 4MDC A; 2GDR A; 3EJQ A; 3BUI A; 2VKZ G; 5AIX A; 3CZJ A; 3F6D A; 4IVF A; 3ECQ A; 2EFC A; 2CAQ A; 3N9J A; 2NTO A; 4G9H A; 5G5F A; 10GS A; 1NKG A; 2ZXQ A; 2GSS A; 5ECP B; 3R2Q A; 1UI8 A; 5A1A A; 3ACT A; 4JBB A; 4MK3 A; 1SVM A; 3UAR A; 1PD2 1; 4PQI A; 1NSZ A; 3Q74 A; 1HNC A; 3CWG A; 5A4V A; 1A0F A; 3BBY A; 1K1W A; 1JYW A; 4HI7 A; 5J41 A; 1JZ8 A; 4ZB7 A; 4YQM A; 1F1S A; 3X3Z A; 4MF5 A; 4IGJ A; 1F3B A; 3LYP A; 3GST A; 4EDZ A; 1MD4 A; 3VI7 A; 1M0U A; 3K5T A; 3VPT A; 1LUR A; 5GST A; 2F7O A; 1GSQ A; 3MDK A; 4Q5N A; 3QR6 A; 2F18 A; 1W4N A; 5ECO B; 3D3I A; 1GTB A; 4L8E A; 1IQY A; 3MUY 1; 3CSI A; 4J5T A; 2HQT A; 3IK7 A; 1PL2 A; 4TOP A; 12GS A; 4MF7 A; 1NSU A; 2EAE A; 3KJY A; 3QDE A; 1M9B A; 3CRT A; 1SII A; 2WDU A; 5EL8 A; 3F6F A; 1HM2 A; 3HJM A; 4FNU A; 3RFR C; 4YAP A; 3D50 A; 4WR5 A; 4QMK A; 3ZFL A; 3VPQ A; 5ECM B; 4NEI A; 5B7C A; 2R5G A; 3CZN A; 5J40 A; 1N7P A; 1N2A A; 1RK4 A; 1ULV A; 3LVT A; 3LJR A; 5J4Y A; 1F4H A; 3CZS A; 2JKE A; 1OJO A; 3R3E A; 1EV9 A; 3LYK A; 1W5Z A; 3MUZ 1; 3VLN A; 2RDY A; 1GUK A; 1K0B A; 3D52 A; 3BUQ A; 5ECQ B; 2C3Q A; 1K0M A; 4HJ2 A; 4AKX B; 1QWU A; 3EJR A; 1N7Q A; 1K1Y A; 2VCZ A; 3EE2 A; 3NRE A; 1YY7 A; 2O3E A; 3BUD A; 3UAP A; 3H1N A; 2E2T A; 2CZ3 A; 1TXU A; 4PNF A; 1D6Y A; 1L7J A; 1GSE A; 3VD5 A; 1TQU A; 2OOV A; 1PL1 A; 3WVF A; 1XWK A; 1TQV A; 4OFT A; 1JLV A; 4TTG A; 4PUA A; 2VCW A; 3DX3 A; 2DSA A; 5ECL B; 2CG0 A; 3VSN A; 4EV2 A; 2EAB A; 4K35 A; 1NSS A; 1R5A A; 1BF5 A; 1K3Y A; 2HSM A; 8GSS A; 1NS8 A; 3S4B A; 2FNO A; 1AQW A; 4MPF A; 4G0L A; 2O36 A; 5LCZ A; 4Q5R A; 2CFD A; 2N5F A; 1K0A A; 3A0O A; 2CG1 A; 5A5K A; 3DYM A; 4IEL A; 2WVZ A; 4BVY A; 4OFM A; 5F0G A; 2XSG A; 2CWT A; 2EAC A; 3IE3 A; 5HFK A; 2WYI A; 3I3B A; 3RRS A; 3NJV A; 2YFN A; 4K0N A; 3D4Z A; 4ID0 A; 1EGU A; 1OJN A; 7GSS A; 1HN1 A; 1K0D A; 3DDF A; 5D9W A; 2ZQ0 A; 4FNV A; 1WMN A; 1EOH A; 3TY1 A; 1XW6 A; 1RJO A; 4LMW A; 3I69 A; 4FXY P; 1W2Z A; 4EV5 A; 4O7H A; 3PGT A; 5DCG A; 4FNQ A; 3D51 A; 2EFE A; 3WFA A; 3VD9 A; 3MV0 1; 2PGT A; 4IBP A; 2JKP A; 5BMU A; 3U6V A; 5KBP A; 3G7J A; 5IQY A; 1HMW A; 3X42 A; 4BZH A; 1GSY A; 4RI6 A; 2HSM B; 4PUR A; 4MMH A; 3QG0 A; 3GSS A; 1KBN A; 3KMN A; 5D9T A; 1PX4 A; 4KE3 A; 3GUS A; 1JOV A; 1GSF A; 1MMX A; 1XWG A; 3KXO A; 1D6U A; 1X1I A; 3T0B A; 1PN9 A; 1TU7 A; 1CB8 A; 3BLC A; 5AIS A; 4PX1 A; 1Z45 A; 4DUW A; 5AN1 A; 5J4U A; 3WD6 A; 3E7J A; 3WIR A; 3TOU A; 1W6C A; 3PGB A; 5G5E A; 4KFD A; 3KTL A; 3DYO A; 3W7U A; 1MMZ A; 16GS A; 3GH6 A; 4HOJ A; 1UG9 A; 3BVV A; 4K0G A; 1PGT A; 4MZW A; 4NHZ A; 1UI7 A; 3BGA A; 4NAX A; 3X3Y A; 1JZ3 A; 1Y1U A; 4HZ2 A; 4KSM A; 1GWC A; 3WYW A; 1I8Q A; 4RNL A; 3X3X A; 1PU4 A; 5ECR B; 4MMI A; 1AQX A; 4F03 A; 1JZ4 A; 1ML6 A; 2WOH A; 5BMU B; 1JRQ A; 1C72 A; 1SNZ A; 3S4C A; 4F0B A; 1PX6 A; 4WR4 A; 3IAQ A; 19GS A; 3LXT A; 4KGI A; 5DDL A; 1BYE A; 1G7O A; 3UBL A; 3A24 A; 1NSV A; 1AVL A; 2CFG A; 3IC8 A; 3FR9 A; 3IAP A; 1B48 A; 3HI7 A; 1A2V A; 4YH2 A; 2C4J A; 3N9H A; 2IMK A; 1USB A; 1LJR A; 2O5V A; 1BAY A; 4OK4 A; 4MP4 A; 2C3T A; 1PA3 A; 1JLW A; 5A5H B; 4AQ0 A; 4BTX A; 2GST A; 4KTP A; 4IS0 A; 3CV5 A; 3AY8 A; 2FUT A; 3FRC A; 1TXK A; 2GLR A; 9GSS A; 1NS7 A; 2OAC A; 18GS A; 1SVL A; 1OE8 A; 1AVK A; 3RSY A; 1F9G A; 2CWU A; 2WVX A; 5JMD A; 1LF6 A; 3WA3 A; 4ECB A; 5ELG A; 1QWN A; 5F07 A; 4KH7 A; 1IQX A; 4G0K A; 6GSW A; 1C82 A; 3LOY A; 14GS A; 3T2Q A; 3M3M A; 5DQS A; 6GSU A; 1LXK A; 1Q4J A; 20GS A; 2XN2 A; 4OFN A; 3AFL A; 2R3X A; 4YQV A; 3BVX A; 5D73 A; 1HNB A; 1O7D D; 2J9H A; 3GUR A; 4GF0 A; 1DUG A; 2WOF A; 1K0O A; 3DX1 A; 3J7H A; 4L5O A; 3T0U A; 2WW2 A; 3HJO A; 1TU5 A; 2WZS A; 1G6W A; 1K3L A; 1VF4 A; 4EC0 A; 4N0V A; 1RKY A; 1VF3 A; 1K0N A; 1OAC A; 1E6B A; 4OK2 A; 2ON5 A; 2XN1 A; 3F63 A; 2WS2 A; 1GUH A; 1TQS A; 1V7X A; 5J5N A; 3T08 A; 4ECJ A; 2BT3 A; 1NHY A; 1AW9 A; 1K0C A; 5J47 A; 1OJM A; 3TGZ A; 6GSX A; 2GSR A; 2WVX B; 2GTU A; 3W7T A; 4G0I A; 3MWX A; 3BVU A; 5DAK A; 11GS A; 2E2U A; 6GSV A; 1PX3 A; 5A1N B; 1NS0 A; 4Q5Q A; 1UA5 A; 1RWF A; 5JCU A; 2CFW A; 3M1G A; 1YKC A; 4YQU A; 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4BZF A; 4OMV A; 4KDX A; 2VCX A; 3W7X A; 3VDB A; 1BX9 A; 2AAW A; 3KM6 A; 6GST A; 2YV7 A; 3O3T A; 1HWW A; 3ALA A; 3VSM A; 3BUP A; 4BZE A; 3QAV A; 5A5H A; 1IVW A; 1EKM A; 1QAF A; 1JYV A; 3FY7 A; 4USS A; 3FR6 A; 3RGB C; 3VWX A; 3VDA A; 5DJL A; 4DUV A; 2AHE A; 3SX1 A; 1K1X A; 3ZFB A; 4ZBB A; 3DDG A; 1OE7 A; 3DX4 A; 3WA2 X; 3ACS A; 3P90 A; 2F8F A; 4IQA A; 3KN4 A; 5A4U A; 4UFC A; 4PNG A; 1NS2 A; 2E24 A; 1VF2 A; 1G6Y A; 3FR3 A; 1F3A A; 2XN0 A; 1RWG A; 2WW3 A; 3QAG A; 5ECK B; 4RI7 A; 4AKI A; 2W0Q A; 1J0M A; 1TW9 A; 5A4W A; 3SXX A; 4PXO A; 3UVH A; 3GTU B; 3NIV A; 2F7R A; 3DYP A; 3L0H A; 1EEM A; 1PKZ A; 2IL3 A; 2WYH A; 5GZZ B; 1IYH A; 4QQ7 A; 3EJU A; 4G10 A; 1RWA A; 1IU7 A; 1XW5 A; 4HZ4 A; 1SIH A; 5GW7 A; 1N7N A; 1NS4 A; 2C80 A; 1VF1 A; 1YGA A; 2E22 A; 4IW9 A; 3BLB A; 3VD4 A; 4FNT A; 3X41 A; 5E1Q A; 4K3A A; 2OQE A; 5FWG A; 3AMO A; 3BS6 A; 1NSX A; 4PQH A; 4ZXG A; 1HM3 A; 3MPH A; 1U88 A; 2BRW A; 4F0C A; 4AI6 A; 2VD1 A; 2F7P A; 3DEC A; 1PKW A; 4W66 A; 1JZ7 A; 5FHI A; 2VD0 A; 1SPU A; 4JED A; 5A1N A; 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