The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
80
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sequence length |
273
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structure length |
259
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Chain Sequence |
PELPEVETIRRTLLPLIVGKTIEDVRIFWPNIIRHPRDSEAFAARMIGQTVRGLERRGKFLKFLLDRDALISHLRMEGRYAVASALEPLEPHTHVVFCFTDGSELRYRDVRKFGTMHVYAKEEADRRPPLAELGPEPLSPAFSPAVLAERAVKTKRSVKALLLDQTVVAGFGNIYVDESLFRAGILPGRPAASLSSKEIERLHEEMVATIGEAVMKGGSFQHHLYVYGRQGNPCKRCGTPIEKTVVAGRGTHYCPRCQR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/dna
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| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| publication title |
Structural insights into lesion recognition and repair by the bacterial 8-oxoguanine DNA glycosylase MutM.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
5'-D(*AP*G*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
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| total genus |
80
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| structure length |
259
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| sequence length |
273
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-02-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins | MutM-like, N-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GKK M; 4B3M M; 3U6S A; 1I94 M; 1N36 M; 5IT9 S; 4DUZ M; 3TWL A; 5A2Q S; 5IWA M; 2XZU A; 4DR4 M; 2HKJ A; 3A46 A; 5ITQ A; 2ZBK B; 4JI5 M; 3JAM S; 2ZM6 M; 4PD2 A; 2F5Q A; 1TDH A; 2UXC M; 4NXN M; 2OQ4 A; 4NRV A; 4DV0 M; 4DV3 M; 2F5O A; 3GP1 A; 4LFA M; 3JR5 A; 1Z59 A; 4YY3 M; 3SAW A; 2F5P A; 4LF8 M; 2UXD M; 3W0F A; 3SAS A; 3SAR A; 3GPU A; 2Q2E B; 4G4Q A; 3U6M A; 3GQ4 A; 4LF5 M; 4GKJ M; 3C58 A; 3DOA A; 1L1Z A; 4DV7 M; 4PDG A; 4DV4 M; 4G4R A; 1PM5 A; 4DR2 M; 3TWK A; 4DV1 M; 1MU5 A; 1XNQ M; 5ITT A; 1N33 M; 4MB7 A; 3GPY A; 1L1T A; 3SAU A; 4X62 M; 5LMU M; 3VK8 A; 1K82 A; 1R2Y A; 4ITQ A; 5BR8 M; 4G4O A; 1J5E M; 4JI2 M; 3U6P A; 1NNJ A; 1HR0 M; 2UXB M; 1L2B A; 4B3T M; 4DR1 M; 4K0K M; 3J80 S; 4JI0 M; 3JR4 A; 1XC8 A; 4B3R M; 1R2Z A; 5ITY A; 1K3W A; 3J81 S; 4JV5 M; 3T1H M; 2UUA M; 1Z5B A; 5ITX E; 3T1Y M; 4B3S M; 3GQ3 A; 1IBL M; 1N32 M; 4NRW A; 3U6C A; 2UU9 M; 1Q3B A; 1Z5C A; 4X64 M; 2OPF A; 4KHP M; 1Q3C A; 4DR5 M; 2VQE M; 4DR7 M; 2F5N A; 1XNR M; 1MX0 A; 1FJG M; 4LFB M; 2EA0 A; 3TWM A; 1PJJ A; 3GQ5 A; 4DR3 M; 2XZF A; 4NXM M; 4JI8 M; 4PDI A; 2UUB M; 4JI3 M; 4DR6 M; 1N34 M; 3GPX A; 1Z5A A; 3OTO M; 3A45 A; 1XMQ M; 1K3X A; 4OX9 M; 3U6Q A; 3U6O A; 4X65 M; 4CIS A; 1XMO M; 5ITU A; 1HNW M; 4DV2 M; 5ITR A; 4AQY M; 2UUC M; 1HNX M; 3U6L A; 3J7A S; 2E5L M; 1L2D A; 1HNZ M; 5LMN M; 2F5S A; 4DUY M; 4G4N A; 1EE8 A; 1L2C A; 4JI4 M; 1IBK M; 5ITX A; 4X66 M; 4DV6 M; 4JI7 M; 4LF6 M; 3A42 A; 3SBJ A; 4LFC M; 4JYA M; 1IBM M; 4PCZ A; 3GO8 A; 3VK7 A; 2HHH M; 1PJI A; 5FLX S; 1TDZ A; 1KFV A; 4JI6 M; 4LF7 M; 3U6D A; 3U6E A; 4YHH M; 4JI1 M; 3GPP A; 3SAV A; 1Q39 A; 4DV5 M; 2F4V M; 3SAT A; 2VQF M; 4LF4 M; 4LF9 M; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JY8 A; 1ZQ9 A; 2DNA A; 4M9S A; 3U6S A; 1TF0 B; 3ZCB B; 1N36 M; 4L6V 6; 4PT5 A; 1QAM A; 2DVW B; 1VEG A; 3KOY E; 4GRI A; 4I5S A; 4LZZ A; 4S12 A; 4XK8 F; 2N35 A; 2HKJ A; 3PNY A; 2LWX A; 2XF3 A; 3MHV C; 2JY6 B; 8CAT A; 4AW4 A; 4AI6 A; 1TDH A; 1W5S A; 2WSF F; 3GRU A; 4FCW A; 4ANR A; 3AOE A; 3FD9 A; 2MR9 A; 1OAI A; 2R62 A; 1GL7 A; 1G41 A; 3VLF B; 1FNN A; 1VEK A; 1ZMU A; 2LNH C; 2DWM A; 2FE8 A; 2LVP C; 2R4E A; 4FCT A; 3JR5 A; 1Z59 A; 3HHY A; 4AKI A; 2HAK A; 4R3D A; 4G4Q A; 2JZ0 A; 4IJE A; 1HT2 E; 1NSF A; 4DV4 M; 1PM5 A; 1VQ1 A; 1LTM A; 1MU5 A; 1YUB A; 1TH2 A; 4IBE A; 2DAK A; 4G4O A; 1OAO C; 2Y0Q A; 1G71 A; 3CTW B; 3EIH A; 3AL0 C; 3SMS A; 1L8Q A; 2UXB M; 3C3D A; 5E6J A; 5EXX A; 3H4J A; 1L2B A; 1GJS A; 4K0K M; 3C9P A; 5FSW A; 4CJ6 A; 5L8R F; 2H1R A; 2KA6 B; 3E21 A; 3I04 M; 1TH4 A; 1D0K A; 3T1H M; 4GMQ A; 3U60 A; 1QYR A; 3PNV A; 1N32 M; 2BJV A; 4NRW A; 2KXE A; 3U6C A; 1SXJ A; 2MRO B; 4GC5 A; 4X64 M; 4LJ8 A; 1MJG M; 1WGN A; 4HEO A; 1G59 A; 3HJQ A; 2QBY A; 1ZV1 A; 4RF0 A; 1NJG A; 1SXJ B; 4DR5 M; 2G5G X; 3AJI B; 4DR7 M; 3D8B A; 4I81 A; 3SHG B; 1HJP A; 2VDB B; 1FJG M; 1IY2 A; 3E9S A; 4D82 A; 1OQY A; 4LFB M; 4DR3 M; 2L7I A; 3LW5 F; 1C1K A; 1QAN A; 1XHB A; 2R44 A; 4I4L A; 5KPZ A; 1OTR A; 4QNM A; 4IBD A; 2CP8 A; 3I4Y A; 5KQ8 A; 1C7Y A; 4OX9 M; 1V34 A; 1Z6T A; 5DYI A; 2J7N A; 2R6F A; 5FTJ A; 4CIS A; 1XMO M; 2Z4S A; 3Q8X A; 1DO2 A; 3BXW A; 4B7F A; 3TPZ A; 2BWE A; 1I4W A; 3K92 A; 3DA1 A; 2LHG A; 4GHA A; 3U6L A; 2XFS A; 3L29 A; 1TH3 A; 1L2D A; 2QQ8 A; 2E5L M; 1VG5 A; 2GNO A; 1IXS B; 3AOE C; 4FWD A; 2CV0 A; 4Y28 F; 4LRT A; 1HNZ M; 2LVQ D; 3KOX E; 3R9X B; 2F5S A; 4NSO B; 2JA2 A; 2FNA A; 1PJS A; 1R4G A; 3I51 A; 4MM3 B; 2LVO C; 1L2C A; 4LRS A; 2KDL A; 4X66 M; 4LF6 M; 4JI7 M; 1OFI A; 2V6Z M; 2KZS A; 2APL A; 4II7 A; 4D81 A; 4PCZ A; 3I4V A; 5C18 A; 5FLX S; 1DO0 A; 1TDZ A; 2NQ8 C; 2KNZ A; 4CGY B; 1IFY A; 2Z4R A; 4LJ7 A; 3SAV A; 3B9P A; 4IBB A; 4MGI E; 5KPR A; 4LF9 M; 2Y20 A; 4LGM A; 1GVN A; 1PGY A; 3FTF A; 1LV7 A; 4KLN A; 3BOS A; 3HHZ A; 5IT9 S; 3J7B A; 5EP3 A; 3TWL A; 3GRY A; 2C5R A; 1R5L A; 1RU3 A; 4IBC A; 3VKH A; 1JQJ C; 3LMM A; 4BLC A; 5ITQ A; 3M0E A; 2ZM6 M; 4PD2 A; 2Z7J A; 3WHL A; 3V76 A; 2RGO A; 4REZ A; 5F3W A; 3ZC7 B; 3U61 A; 1HT1 E; 4NRV A; 3KDS E; 2JP7 A; 1SXJ C; 3SHF A; 4DV0 M; 3WHK A; 1VEJ A; 3UJN A; 3U61 B; 2CHQ A; 2X4A A; 4WP2 A; 2EUC A; 4LFA M; 4YY3 M; 2UXD M; 3SMP A; 2KNA A; 4BB9 A; 3SYK A; 3SAS A; 3GLH E; 3U6M A; 4AG5 A; 3GQ4 A; 3KW6 A; 1IY1 A; 2JZ1 A; 4A3V B; 2EO2 A; 4DV7 M; 4PDG A; 2BJW A; 3I01 M; 4P16 A; 1XNQ M; 3Q8G A; 2QHO B; 3T38 A; 5ITT A; 3E46 A; 3SAU A; 1PJQ A; 3DFZ A; 2B3T A; 1E9S A; 3NBI A; 2DAE A; 2KNV A; 2ZAM A; 3VFD A; 1OIP A; 4JI2 M; 4RF1 A; 1MN3 A; 3IG5 A; 4B3T M; 4DR1 M; 2QEN A; 5EQT A; 4JI0 M; 1G8P A; 1DGF A; 5ITY A; 3F92 A; 5FTM A; 1PJT A; 3M6A A; 4XGI A; 2DI0 A; 1Z5B A; 4Z8X A; 1WXQ A; 4IIW A; 3TL4 X; 1GL6 A; 3T1Y M; 1XXH E; 1A5T A; 3FE3 A; 2D7H A; 3BBZ A; 3IG8 A; 1D2N A; 3VDU A; 5DFL A; 1QDT A; 1IM2 A; 1XWI A; 1IN5 A; 2FOI C; 1WJ7 A; 5H37 D; 2FS1 A; 4R7G A; 4JN6 A; 2L2D A; 4FWH A; 2VQE M; 3B74 A; 3THG A; 1ZMV A; 3SC3 A; 2MGW A; 3AOG A; 1F4I A; 2JY5 A; 3GQ5 A; 4CIZ A; 1HQC A; 1KYI A; 3J2P B; 2XZF A; 1QAO A; 4LCB A; 3U5Z A; 2R65 A; 4JI3 M; 3TE6 A; 4EIW A; 2V1U A; 1H6U A; 2RGH A; 2O5R A; 1GLN A; 2P5T A; 3U5Z B; 2OO9 A; 4OU7 A; 1XMQ M; 3W68 A; 3U6O A; 4X65 M; 3SFZ A; 4FD2 A; 3HU2 A; 5ITU A; 3L26 A; 2DHR A; 1VDL A; 5ITR A; 3CF6 E; 3MK6 A; 3GLI A; 4AQY M; 1HNX M; 2UUC M; 4FVM A; 3D8L A; 4RKU F; 3U60 B; 4Z6Y A; 2YR0 A; 4ZPX A; 1YLA A; 3HU1 A; 4IBJ A; 1T6O A; 4WUR A; 3GLI B; 4IBG A; 3FTC A; 2M5Z A; 3HHW A; 3K9P A; 3M7G A; 5FTL A; 4IJF A; 5ITX A; 2CV2 A; 2QBY B; 3K2L A; 1EIJ A; 4LJA A; 1E32 A; 3SBJ A; 4LFC M; 1QUT A; 3HWS A; 2JWS A; 1IBM M; 2CHG A; 3GLH A; 2MJ5 B; 4F1I A; 3C3E A; 3KOZ E; 4JI6 M; 1KFV A; 1NY5 A; 3B7Q A; 3U6E A; 2Y0T A; 3GLH B; 4YHH M; 4NC6 A; 3GPP A; 3UGJ A; 2K9D A; 3A98 B; 4DV5 M; 1E94 E; 2LVA A; 1YSY A; 3FTD A; 4LF4 M; 1DGG A; 2DEN A; 2XGN A; 3T15 A; 2HCB A; 1I94 M; 3HX3 A; 3L2A A; 1N75 A; 1GKI A; 2KEB A; 3QYE A; 2Z3X A; 4DUZ M; 5A2Q S; 2XFT A; 4M0D A; 3TQS A; 2DWN A; 3KS4 A; 1NJF A; 2LH0 A; 1WHC A; 1CUK A; 2XZU A; 4DR4 M; 4Q7J A; 1E9R A; 2A5Y B; 2DHY A; 4D80 A; 3JAM S; 1GO5 A; 2LXE A; 3H4M A; 2OOA A; 3ZH9 B; 1NHG C; 2F5Q A; 1IXR C; 4HLQ A; 2UXC M; 1XXH A; 3HZJ A; 2JNH A; 2OQ4 A; 4KOD A; 1BVS A; 2ERC A; 1XXH B; 4L4U A; 4QHT A; 2F5O A; 3L27 A; 3E4R A; 3GRV A; 4LY6 A; 2F5P A; 1QAQ A; 4M9X A; 1DGB A; 3GPU A; 2LBC A; 2Q2E B; 1WR1 B; 2YNM D; 4LF5 M; 3CF0 A; 2VF8 A; 2XSZ A; 3DOA A; 4MGH A; 3GLG E; 4IBF A; 2JUJ A; 1KSF X; 4LZJ A; 4DR2 M; 3HJ8 A; 4DV1 M; 1N33 M; 2HWJ A; 4MB7 A; 5FTN A; 3GPY A; 1L1T A; 4QNR A; 3VK8 A; 1K82 A; 3GRR A; 1QUS A; 2DZO B; 1J7K A; 3LQQ A; 3KVW A; 3MJ5 A; 4KT0 F; 2CFO A; 5DYG A; 1J5E M; 2L4F A; 2DAG A; 3QWL A; 4R71 A; 1WIV A; 3GLI E; 4AG6 A; 3UMM A; 4MGK E; 2X49 A; 3J80 S; 3HKP A; 3JR4 A; 1XC8 A; 4LG2 A; 1R2Z A; 4B3R M; 1G4A E; 2KRK A; 2VF7 A; 1K3W A; 3J81 S; 4L15 A; 4BBA A; 2CWB A; 2K0B X; 5ITX E; 2OOB A; 4G3O A; 3GQ3 A; 1IBL M; 2RKO A; 4B08 A; 2K6B A; 3FTE A; 2KW0 A; 3B7Z A; 5EXP A; 3QYB A; 1IN8 A; 4NSR A; 4TUW A; 4P17 A; 1NV9 A; 1Z5C A; 2CRU A; 2EKK A; 2JXN A; 1JR3 D; 3IEC A; 1IXZ A; 4GH9 A; 5GKN A; 3R8F A; 1Q3C A; 4KO8 A; 2F5N A; 1PRB A; 4M0W A; 1MX0 A; 4NL4 H; 1XNR M; 4W5W A; 2CUZ A; 3EIE A; 2I7P A; 2R46 A; 1W5T A; 3HY5 A; 3AFH A; 4PDI A; 2XH9 A; 2UUB M; 1OFH A; 4AKG A; 4DR6 M; 1QVR A; 2HL7 A; 3GPX A; 1P3Q Q; 3OTO M; 3A45 A; 2D7E A; 1SG9 A; 2KHH A; 3FKE A; 1ZMW A; 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