1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
1GB0A 1JWRA 1UIDA 3J4GA 1DZBX 2Z2EA 1Z55A 1IP5A 1LOZA 5KXLA 2CWIA 3WXTA 2G4PA 1C08C 3WPLA 5DN4A 3HBHA 1E8LA 1IORA 1JITA 4RLNA 5HLLA 1IOSA 1AT5A 1B7QA 1LZ6A 3CSRA 3A96A 1REXA 2YDGA 1YAOA 2A7DA 5A3EA 1XSFA 1GFAA 1LAAA 4GCCA 1LYYA 1BGIA 2N5ZA 1KIPC 4RDSA 1DKKA 1IC7Y 2Z39A 1H87A 1QUSA 1BWHA 1T3PA 4ET8A 2MECA 4H1PA 1DI4A 3A95A 3LYOA 4YENA 5B05A 4H92A 4ETBA 4WLYA 3TMVA 1G7HC 1B7OA 4H93A 1BHZA 2W1LA 3TXKA 4G4HA 1BVKC 4P2EA 3A91A 1LMTA 5FDJA 3CB7A 1IOQA 1LZ4A 1EQ5A 1GEVA 1LCNA 3GXRA 2YBNA 2DBTA 1GBOA 1GBZA 5L3HA 3WUMA 4LT1A 4KT3A 1LJ4A 1CJ8A 1B7PA 3IJUA 4H91A 4WL6A 1HFYA 5B1FA 1DPWA 1GF8A 1LSNA 4CFOA 2Y8PA 1NKHA 4ZFPA 4J7VA 5LYTA 1B5YA 2XBRA 3OJPA 4NHIA 1YKZX 1WQMA 3AW7A 5LVKA 4MCKA 4YOPA 2D4JA 4RLMA 4LYTA 1NDMC 3LYMA 1GE0A 5APDA 1F10A 1JJ1A 5KXRA 1XGRC 4LFPA 1GFVA 2X0AA 4NSIA 1QDTA 3LN2A 2BQGA 1IEEA 1UICA 3T36A 1NHEA 1YL1X 1VATA 3WYHA 2BQHA 3WULA 2A7FA 2Z2FA 2LYOA 3WUNA 1DI3A 1UBZA 3TXHA 1C46A 1GFGA 4WM2A 4R6CA 4TWSA 3HBDA 1I20A 1GBXA 2Z37A 3HFMY 5LA8A 2I6ZA 5M1YA 5DLAA 4QY9A 1T6VL 4QDNA 2HEAA 1FLUA 1HSXA 3WVXA 1LJ3A 1VDSA 2G4QA 1TAYA 2B5ZA 1B5VA 3FE0A 3W3EA 1N4FA 2BQFA 1HNLA 1ALCA 5B1GA 3B0IA 3TXJA 5KXSA 4ML7A 5C6JA 1BVXA 4HPEA 5LA5A 1CKDA 5I54A 1LSGA 1BB6A 1DPXA 2IHLA 4NSJA 3AZ7A 1IP2A 2YVBA 3AZ4A 3B0KA 1ZVHL 4YM8A 1LZ5A 1ZV5L 4OWHA 4GCBA 4WM1A 2GV0A 4DYGA 3A90A 4M6DA 4BADA 2ZQ3A 5A3ZA 4LYZA 4E3UA 2D4IA 4J0LA 154LA 4M4OA 1GF4A 1JTTL 2ZYPA 2DQEY 4J1BA 1LZNA 3P68A 5FHWA 5D5FA 4DDCA 1IWZA 1LZCA 1YIKA 2BPUA 2FBBA 1BWJA 1F6RA 3B0OA 1QIOA 5LVGA 2HEBA 4YF2A 4WM5A 4BS7A 4B4IA 5LVJA 1JISA 1LJHA 5APEA 1OUFA 5F14A 1JKAA 1LTMA 1OUJA 2BQEA 1CJ9A 1OUIA 4XYYA 4XJGA 1LZ1A 1YKXX 4XJBA 4WG7A 3N9CA 4N1CC 1SLYA 2FYDA 1VEDA 3F6ZA 132LA 1HEPA 3CT5A 1GFHA 2MEHA 3W6AA 4HJYA 1B7NA 1B2KA 1HEMA 2DQDY 2LZTA 1NWGA 4ANRA 4RW1A 3QY4A 1J1OY 1GBYA 4IATA 4NWHA 4NGLA 1QSWA 1TBYA 2BLXA 1CJ6A 1LZEA 5LVHA 4WG1A 2DQGY 1LPIA 1HFZA 2Z18A 1VDPA 4GCFA 1HFXA 4BAPA 5KXWA 133LA 1JKBA 2EQLA 4NHQA 1LZGA 4ZEEA 1GF9A 4IASA 1LYOA 4WOAA 4PRUA 1LSCA 5B06A 1JUGA 4GCDA 2HUBA 1HELA 1OUDA 4CGEA 1IC4Y 4NGIA 4NGZA 4H9HA 4WM6A 1HEWA 3M18B 4PGJB 4X3BA 3AGIA 5APCA 1LSPA 2HECA 4NHTA 2BQNA 4J1AA 2DQFC 2Z19A 5KXOA 1C43A 1GBWA 1IVMA 2H5ZA 1YILA 1G7IC 1JSFA 3TXGA 1GFJA 4XJFA 4DWXA 5F9XA 1HF4A 4G4BA 1LSEA 3LZTA 3AZ5A 4WM3A 3TMWA 1GEZA 2D91A 1HC0A 1LKSA 1LMPA 3MGWA 4U3XB 3VWOA 4A7DA 1MELL 1FKVA 4ETCA 3P64A 2YBIA 4OOTA 1LHIA 1IWYA 3RT5X 4XJHA 1IP1A 1F0WA 1GBSA 2YBMA 3LZ2A 4G49A 4NSHA 5HNLA 4DD9A 4QEQA 3B6LA 3LYZA 4ZIXA 2BQMA 1GF5A 1OP9B 1IOCA 4DC4A 3J6KA 4LYCA 1OUAA 1BB4A 1VFBC 3RU5A 4LT2A 4W96A 3D3DA 1IIZA 2IFFY 1UIHA 4GLAA 3WVYA 2NWDX 3EBAB 3K3TA 5KXYA 1GB2A 2LZ2A 1EL1A 1H6MA 3P66A 5I4WA 6LYTA 1CKFA 1XGTC 3RZ4A 5L3IA 5KXXA 1B7RA 1EQ4A 1O23A 1XGUC 1KIQC 1LZDA 1BWIA 5C6IA 5HQ1A 1B5WA 1LZ9A 2HEDA 4NHPA 1OUBA 1LHMA 1WTMA 1RI8B 1LSFA 1C7PA 4HV2A 1IC5Y 4NGVA 4NIJA 4ET9A 4GN5C 2W1MA 3IJVA 2XBSA 1LZSA 4HTNA 2F4AA 4CHXA 1GB9A 1CKHA 4N0JA 1LZ8A 3ULRA 3TMXA 4C3WA 2DQJY 4NFVA 1B0DA 4HTQA 2BQDA 2MEAA 2BQIA 3WUAA 5I5QA 1B5UA 1LJIA 1JEFA 1JSEA 1NQIA 1UC0A 2EKSC 1J1PY 2DQIY 1WQPA 2Q0MX 4LYMA 1IR9A 5KXZA 1GB5A 5LIOA 1LMCA 1LSAA 2D4KA 4NY5A 4DD2A 4NG1A 1GAYA 1JTOL 3TMUA 8LYZA 4DD0A 4D9ZA 3AB6A 5FELA 1NF5A 1IR7A 1HERA 2D6BA 4TSBA 4LT3A 4OWBA 1LHHA 5ILFA 1OUHA 1GXXA 1LJKA 4Z41A 3TXIA 2YBJA 1LMAA 4B4EA 4TX7A 1BQLY 3ZEKA 3P65A 1C45A 1LSBA 2W1XA 2HEFA 1WTNA 2BQCA 3CSQA 1LMQA 3WXUA 2HU1A 3TXFA 1EQEA 1NMMA 3SP3A 1FLYA 4DD7A 4I0CA 4NEBA 3W6CA 2F30A 5KY1A 3HBEX 4H9FA 3ATNA 3WW6A 5FEKA 1JPOA 1INUA 4HJVA 2WARA 1IY4A 1V7TA 1WVVA 4KXIA 4HP0A 1G7LC 1LZTA 1GF3A 3CQLA 1A2YC 1GHLA 1GDWA 1QSAA 1FKQA 4TTDA 4RW2A 2EIZC 3BKHA 4WLXA 3TXBA 1FLWA 2ZQ4A 5KKJA 2BAAA 2HEEA 3IWRA 5F9UA 4WLTA 5KJ9A 3CT1A 3CT0A 4N1EI 3W6BA 3CSZA 3FI7A 4H9BA 1CKCA 1AZFA 4H94A 4XJIA 2PC2A 3B72A 2LHMA 4NGWA 2LYZA 5APFA 1FBIX 1HMKA 1REZA 1LJEA 1TCYA 2BLYA 2MEGA 4FJRA 3A92A 4NSGA 1LKRA 1FN5A 1YAQA 4DDBA 4L41A 1W6ZA 1BB3A 1IWVA 5DL9A 5F81A 4EMNA 3GXKA 4TSCA 5KXNA 1UCOA 4NWEA 3W6DA 1JHLA 1JKDA 4Z3MA 1MLCE 4HSFA 4H90A 1D9UA 1UIGA 1GF6A 3E3DA 1QTKA 5F16A 1F6SA 1LSDA 5DN5A 2I26L 4C5FA 1HEQA 1LZYA 1XFPL 4XADA 1HHLA 3WU7A 1NDGC 1RJCB 1AM7A 4QGZA 1P2CC 1UIBA 4XJDA 3WPKA 3ZVQA 1GXV2 4H8YA 1OUCA 2EPEA 1HEOA 2FYCA 3LHMA 1LJFA 4AGAA 1ZMYL 1LYZA 1G7JC 1LJNA 5LAFA 5II3A 3WU9A 1LYSA 1XEKA 1VDTA 4NG8A 4TUNA 1XEJA 3W6EA 1B5XA 4WL7A 5DM9A 3KAMA 4LYOA 2ZNWY 1LJJA 4Z98A 4N9RA 1TDYA 2BQJA 2ZNXY 2BQBA 1TEWA 3WU8A 4WMGA 1D0KA 1UIAA 1C10A 1GDXA 4NHSA 2F4GA 3G3BB 1GFUA 1LHJA 1UACY 3AYQA 1WQNA 4OWCA 5EBHA 4B4JA 1LMOA 2I25L 1CJ7A 4DT3A 5K7OA 4WO9A 4YEOA 1HENA 3BKVA 4NGYA 1NBZC 3EO5A 4WLDA 2LYMA 1D6QA 3W6FA 3N9AA 9LYZA 4DDAA 134LA 4H8XA 4IJ4A 1IP3A 3WL2A 1DI5A 4XN6A 5HNCA 4ETAA 4LYBA 4MSTA 4CJ2A 1D0LA 4PJ2C 2Z12A 1JKCA 4UWVA 4BAFA 4NGOA 1NBYC 1KXYA 1UIEA 1VDQA 1YANA 1IR8A 1LSMA 5T3FA 1J1XY 4HTKA 4GN3A 1IWXA 1WVUA 1PZYA 3AW6A 4HV1A 2YBLA 3QE8A 1JIYA 2DQCY 1YAMA 1CKGA 3RW8A 5FCPA 1YROA 1IX0A 4OOOA 2MEBA 5KKIA 4B0DA 3A94A 4EOFA 4UWNA 1GWDA 1I1ZA 4MR1A 194LA 4G9SA 1GE4A 4XENA 4H9IA 1GF7A 3AGGG 7LYZA 193LA 1QQYA 1REMA 5LINA 1GB8A 1GE3A 2C8OA 4HPIA 1KIRC 3D9AC 1QTEA 1IWTA 2CDSA 4H8ZA 1RFPA 1LSYA 1KXWA 2BQAA 3A3QA 1GB7A 208LA 1B7LA 2MEEA 4Z46A 1G7MC 1BB7A 1AKIA 1XGPC 2ZYCA 4H9AA 3A34A 4W94A 5L9JA 1WQQA 1DXJA 1UA6Y 1JJ0A 1LJGA 2ZIJA 2ZIKA 1GFTA 5HMVA 4OW1A 1AT6A 1RE2A 1QDRA 4H9EA 4FDYA 3LYTA 4II8A 1IWUA 4GCEA 5LXWA 2BQLA 1BB5A 1W08A 3QNGA 4LGKA 5KXPA 1OQMA 3A6CY 1V7SA 4DD1A 207LA 5E9RA 4ETDA 1GFKA 2BQOA 2MEDA 1YAPA 2ZILA 1HSWA 4LZTA 4R0FA 2MEFA 153LA 1LZRA 3G3AB 1LZAA 1I56A 1WQRA 2AUBA 1LHKA 5B07A 4ETEA 4KPMA 1IO5A 1B7SA 1VAUA 5KXMA 5KXTA 5I4YA 3AZ6A 5IDDA 2XJWA 1B7MA 2VB1A 2H9JA 3WH1A 1D6PA 5FSTA 2C8PA 2DQAA 4PHIA 3WMKA 1WQOA 1LZBA 3N9EA 1RCMA 5LVIA 4HJZA 5I53A 1DQJC 4OWEA 5J7CA 5IHGA 5LYZA 4OWAA 5HMJA 4AXTA 1XEIA 3T6UA 3M3UA 2W1YA 4B1AA 3WPJA 1LMNA 2RSCA 5B59A 1IP7A 1GD6A 1PS5A 3A8ZA 5ILCA 1GAZA 3ZVQB 5LYMA 1IP4A 1IP6A 3A67Y 1GE1A 2CJLA 4H9CA 2YSSC 1GFEA 1ZVYB 4I8SA 1QUTA 3AJNA 1YL0X 4LT0A 1GB3A 1FDLY 2DQHY 3ATOA 1FLQA 1LHLA 1YKYX 2DKVA 2HU3A 2XTHA 1GE2A 3A6BY 4PRQA 4B49A 5C6LA 5D5CA 1XGQC 4GLVA 5IELA 4NGJA 4YEMA 5I4XA 2F2NA 1CNSA 1GFRA 2YBHA 2BQKA 6LYZA 3TXEA 2ZWBA 1JTPL 1IWWA 3P4ZA 2HTXA 5LAGA 3A3RX 1KXXA 5E4PA 3EXDA 1D0MA 1HMLA 2H9KA 1REYA 3EMSA 4N5RA 4PPOA 3AGHA 1B5ZA 1IY3A 1LSZA 2Z38A 4N8ZA 3TXDA 3A93A 4GN4A 5KXKA 1UUZC 1IOTA 1B9OA 4G4CA 2MEIA 2CGIA 1GB6A 4DD3A 1A4VA 1GPQC 3RNXA 4CFPA 4LFXA 135LA 5JENB 4NGKA 3OK0A 1GF0A 1JJ3A 1OUEA 1SQ2L 5AMYA 4O34A 1OUGA 4KL7A 1DKJA 1YQVY 2G4NA 3WW5A 2FBDA 4WM4A 1UIFA 4WO6A 4UWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L55A 3J4GA 1DZBX 1C08C 3ZQJA 4JI1M 110LA 1KYIA 3EMLA 3HBHA 1JITA 246LA 4JN6A 5HLLA 1AT5A 1B7QA 1LZ6A 1YAOA 3C83A 1IQPA 3HWSA 1GFAA 171LA 2QP9X 2RH1A 3GPYA 3VW7A 1IC7Y 1XMQM 1H87A 1L0KA 109LA 1T3PA 1DYEA 4ET8A 2D7GA 4H1PA 1D2NA 2CHQA 1DI4A 1P3QQ 3TWMA 3HH3A 2Y21A 3TPZA 4YY3M 4WLYA 1C6GA 1C6JA 184LA 2KNZA 234LA 1L06A 4QOSA 1EQ5A 1CV5A 1GEVA 3GXRA 3CDTA 1OVKA 4H91A 4GH9A 2DWNA 1SG9A 2EKKA 4CFOA 1NKHA 123LA 4ZFPA 1H6UA 1B5YA 1OTRA 2K6BA 1LLHA 210LA 3AW7A 4MCKA 2D4JA 3B74A 4RLMA 1NDMC 5APDA 2L78A 5KXRA 4JV5M 2X0AA 4F1IA 4LF9M 3C8RA 1CU2A 1IEEA 2FE8A 1UICA 2A4TA 1NHEA 5L8RF 1YL1X 3MMPA 3WULA 2A7FA 1LYFA 1DYAA 1UBZA 1GFGA 4CGYB 1XJTA 1G59A 3HBDA 5LA8A 4QDNA 1HJPA 2FOIC 1SXJE 150LA 245LA 1L89A 1TAYA 2B5ZA 4EKSA 2B75A 3DN3A 2UUAM 2RKOA 1AIPC 1NJFA 1Q02A 3SATA 1OWYA 5LA5A 1SXJC 5I54A 1LSGA 2KHHA 4DJHA 2C99A 1ZVHL 4I7MA 4OWHA 1L46A 2GV0A 4FCVA 4FWGA 3J7BA 2HAKA 4BADA 212LA 5A3ZA 2HUKA 2D7EA 4M4OA 2DQEY 1L41A 3HHWA 2DAIA 4AW4A 185LA 1L73A 1QIOA 2B73A 2HKJA 1C6QA 4WM5A 2HL7A 5ITXA 4EJ4A 1SWYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1L55 A;  3J4G A;  1DZB X;  1C08 C;  110L A;  3EML A;  3HBH A;  1JIT A;  246L A;  5HLL A;  1AT5 A;  1B7Q A;  1LZ6 A;  1YAO A;  3C83 A;  1GFA A;  171L A;  2RH1 A;  3VW7 A;  1IC7 Y;  1L0K A;  1H87 A;  109L A;  1T3P A;  1DYE A;  4ET8 A;  4H1P A;  1DI4 A;  3HH3 A;  4WLY A;  1C6G A;  1C6J A;  184L A;  234L A;  1L06 A;  1EQ5 A;  1CV5 A;  1GEV A;  3GXR A;  3CDT A;  1OVK A;  4H91 A;  4CFO A;  1NKH A;  123L A;  4ZFP A;  1B5Y A;  1LLH A;  210L A;  3AW7 A;  4MCK A;  2D4J A;  4RLM A;  1NDM C;  5APD A;  2L78 A;  5KXR A;  2X0A A;  3C8R A;  1CU2 A;  1IEE A;  1UIC A;  2A4T A;  1NHE A;  1YL1 X;  3WUL A;  2A7F A;  1LYF A;  1DYA A;  1UBZ A;  1GFG A;  1XJT A;  3HBD A;  5LA8 A;  4QDN A;  150L A;  245L A;  1L89 A;  1TAY A;  2B5Z A;  4EKS A;  2B75 A;  3DN3 A;  1OWY A;  5LA5 A;  5I54 A;  1LSG A;  4DJH A;  1ZVH L;  4I7M A;  4OWH A;  1L46 A;  2GV0 A;  4BAD A;  212L A;  5A3Z A;  2HUK A;  4M4O A;  2DQE Y;  1L41 A;  185L A;  1L73 A;  1QIO A;  2B73 A;  4WM5 A;  1C6Q A;  4EJ4 A;  1SWY A;  1OUJ A;  2BQE A;  4XYY A;  3HDF A; 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