1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
2EKSC 2CGIA 9LYZA 1LZSA 194LA 1YAQA 3RT5X 1GBWA 1NF5A 1JJ0A 1GDXA 1RE2A 1HERA 1WQNA 5D5FA 1GB7A 5FEKA 3WUMA 1B7SA 1DQJC 1TDYA 3MGWA 4LYMA 5DN5A 3WXUA 1VAUA 3CQLA 5LVKA 5A3ZA 1LSEA 1BB4A 4OWEA 1BVKC 1TEWA 4LT3A 1GXXA 1TCYA 1LMQA 207LA 1NDGC 2BQBA 1GEZA 1IWZA 1LZ4A 2BQIA 2ZNXY 3LYOA 1OUJA 5B1GA 3RW8A 1HHLA 1LZ5A 1GFHA 5HMVA 1LYZA 2BQCA 4HSFA 1XEJA 4LYBA 4N1EI 4NWEA 1GDWA 3A90A 4GN5C 5KXNA 4ANRA 1BHZA 1LMPA 1WTMA 4DD9A 4AXTA 1Z55A 2YVBA 4ZFPA 1OUHA 4PHIA 1LHIA 3W6EA 4NHSA 1CKDA 4NGKA 4Z98A 1IR9A 2BLXA 4NGIA 2MEEA 4OWCA 5I4XA 4QGZA 3TXEA 1HEOA 5HNCA 3TMXA 1JJ3A 2BLYA 2NWDX 1HF4A 4J1BA 5M1YA 3WUAA 5FCPA 1JTTL 1DKKA 4DDCA 4M4OA 1OQMA 1G7LC 1LSCA 2Z19A 2W1LA 2W1XA 1IC5Y 1IY3A 1B2KA 1WVUA 1YIKA 1IIZA 1JKDA 1LZTA 1F0WA 2LZTA 2DQGY 4N0JA 2CWIA 5KJ9A 2ZIKA 4LYZA 2A7FA 1GF7A 1VFBC 2BAAA 2IFFY 1HELA 1KXWA 1YAPA 2EIZC 1LHMA 2DQHY 1DI3A 5KXPA 3W6CA 1QQYA 2MEBA 3N9AA 1LHKA 132LA 1JUGA 1IWXA 3ZVQB 5KXLA 2FYDA 1C43A 3CT1A 5B07A 1UACY 4HPEA 1GE4A 3LZ2A 4HJZA 4YENA 5IELA 1HENA 1JIYA 1UIDA 1QSWA 2HU3A 2ZYCA 1LJ3A 3BKVA 4R0FA 1FKQA 1UCOA 4WM1A 4LYTA 4RLNA 1B5ZA 2ZQ3A 1GF8A 1LZ8A 1GFGA 4DD7A 3EMSA 2YBMA 4XJHA 1J1XY 4DC4A 4RLMA 4WM4A 1FLWA 1GAYA 2YDGA 1IC4Y 3WW6A 5F9XA 2D4KA 3LYTA 133LA 4HTKA 2DQFC 1LJGA 4G4BA 1IR7A 1IWUA 1H6MA 4GLVA 4NGJA 1OUEA 3AGHA 4MR1A 1D0MA 4H9EA 2RSCA 2Y8PA 3WH1A 1EQ5A 5APDA 4DYGA 4GCCA 3A95A 1AZFA 3P65A 3W3EA 1LMCA 1UBZA 4NHIA 2ZYPA 1KXXA 5DM9A 4GN3A 2BQGA 4D9ZA 1J1OY 1XSFA 3AW6A 1BB5A 1YROA 1YAOA 1DI4A 1JITA 1JSFA 1YANA 2H9JA 2YBLA 5LA8A 1LAAA 4WLYA 2LYOA 4HJVA 4NWHA 3N9EA 5I5QA 5LVGA 3SP3A 3CB7A 5F81A 3J4GA 1CKFA 1GBZA 4ETAA 1UIHA 1IWVA 1GFKA 2X0AA 2BQEA 154LA 1WQOA 2HTXA 1GBSA 4QEQA 2DQIY 1IP7A 1B5VA 2YBIA 4J7VA 3G3BB 1QIOA 3A96A 2HEFA 1JJ1A 1MELL 1AM7A 2I26L 4WO6A 1VDTA 2IHLA 1CJ6A 4N9RA 4QY9A 1LMAA 5DLAA 1UIFA 4NG1A 2A7DA 2W1YA 1GEVA 4IJ4A 1BWHA 2I6ZA 3VWOA 5C6JA 4TUNA 5I54A 4KPMA 3WU9A 1CKGA 2YBNA 1F6RA 4UWNA 2YBJA 1UA6Y 1GFTA 3WVXA 3GXKA 1J1PY 3ZVQA 1YKYX 4Z41A 3LZTA 2BQKA 1ZVHL 5F9UA 1NBZC 1LZRA 3A34A 2EPEA 3A6BY 1G7IC 4GCBA 4H92A 3WXTA 3TXKA 4UWVA 1HNLA 4ETCA 5B59A 3WPKA 1GBYA 4U3XB 4WM6A 4WM5A 5L3IA 1DZBX 1LMNA 4NSHA 5IDDA 1QTKA 2D6BA 1LZEA 1I56A 135LA 4H93A 2G4QA 4XJBA 1PS5A 2H5ZA 1UIAA 2LHMA 4YEOA 3W6DA 153LA 1REXA 1IP5A 5LAGA 1BVXA 5L9JA 3KAMA 4J0LA 5APEA 3ZEKA 2Z2EA 4WO9A 5KXTA 1GE2A 1JPOA 1B7QA 3LHMA 1XEIA 4HJYA 4L41A 5HQ1A 1FBIX 1GFEA 2BQHA 3OJPA 2C8PA 1NMMA 5B06A 1XGPC 1LZYA 2Z38A 1B7NA 4PRQA 4ML7A 3AZ5A 3QNGA 4CGEA 1IP1A 1HEQA 5A3EA 4H91A 4WLTA 1REYA 1EL1A 1LYOA 2Q0MX 4G9SA 1NQIA 1B5XA 2Z18A 4DD3A 4ZEEA 1BB3A 3A94A 3E3DA 4CFOA 3QE8A 2BQJA 1B5WA 1QDRA 2FBDA 2HEBA 1C46A 1GFRA 208LA 1JEFA 2HECA 2YSSC 5FELA 1A2YC 3TMVA 4C3WA 3ATOA 5LA5A 3OK0A 3WU8A 4Z46A 3RZ4A 5D5CA 1UC0A 5K7OA 4LT0A 1LTMA 1NBYC 4WL6A 1GF4A 5T3FA 2HEEA 1B7LA 1ZMYL 4WG1A 3RNXA 4DD1A 1PZYA 5LVJA 3GXRA 2YBHA 1LZ6A 3WU7A 2HEDA 1JTOL 2Z12A 4NGOA 1FLUA 4G4HA 4BAPA 4XENA 3WL2A 1YQVY 3WPLA 1HC0A 5LYZA 2ZIJA 4LFPA 2MEDA 4H9HA 4HPIA 4R6CA 1LSGA 1GE1A 1NDMC 1JISA 1WQPA 3AB6A 1LZ1A 3CSRA 2MEGA 4XN6A 2D91A 5LAFA 4DDBA 5C6LA 7LYZA 1LZCA 2DQAA 4NSIA 1LKRA 1OUGA 4J1AA 1IR8A 4B4JA 3ULRA 4OOOA 1GF3A 5ILCA 1D0LA 4NG8A 4TTDA 1IVMA 4DD0A 1LPIA 1UIEA 1LOZA 1IOTA 1OUBA 3W6AA 4NGZA 4YOPA 2WARA 1BB6A 1IOQA 5FSTA 4H9BA 4FJRA 4KXIA 4H1PA 4LT1A 2EQLA 1LSMA 4W94A 2ZWBA 1GF9A 5I4YA 1RI8B 4ETBA 1IP6A 1UUZC 2Z39A 4PGJB 3HFMY 1F10A 1I1ZA 3A6CY 3WPJA 3AW7A 4H94A 5FHWA 1IEEA 2CJLA 1BWJA 4OWBA 1RJCB 1G7JC 1IP2A 3A67Y 1HMKA 4O34A 2B5ZA 3CSZA 1CKCA 2MEHA 4I0CA 1GB5A 4CHXA 1QDTA 3B72A 4WG7A 4B49A 1IP3A 1RFPA 1B5YA 1WVVA 1AT6A 1FKVA 4RW1A 6LYZA 3CSQA 3CT5A 1A4VA 1GFVA 2F4GA 3IJUA 3EXDA 3LYZA 4GCDA 1GBOA 5LINA 1REMA 5EBHA 1GHLA 1H87A 4Z3MA 1YKXX 1GE3A 4HTNA 1CJ9A 2BQOA 1LZ9A 3T36A 1GB6A 1LYYA 5APFA 1HMLA 4YEMA 4DDAA 3HBDA 1CJ8A 1KIQC 1LSZA 1HFXA 1GF5A 1LSPA 1LYSA 1GBXA 4OWAA 4BADA 4HP0A 5LXWA 1B7RA 1G7MC 1O23A 1VDSA 3D3DA 4NGWA 1B7MA 3N9CA 2MEAA 1LJJA 5KXMA 2Z2FA 2FYCA 3K3TA 4TX7A 2Z37A 1OUAA 2ZILA 1TBYA 3B6LA 1C45A 1CKHA 3A3QA 3M3UA 3A91A 3P68A 5KXKA 2DQCY 1LZAA 2PC2A 1LZBA 4XJGA 1GE0A 1FDLY 1KXYA 5B05A 1XGRC 4OW1A 3TMUA 1OP9B 3TXHA 4WM2A 5KXWA 1JKCA 1KIPC 1LJ4A 1VDQA 2F30A 5LIOA 3P64A 3AGIA 1YL0X 4M6DA 3B0KA 5J7CA 4BS7A 2BQMA 3ATNA 1JWRA 3IJVA 2FBBA 1MLCE 4P2EA 4NSJA 4B0DA 3D9AC 4E3UA 5DL9A 4PJ2C 1REZA 1T3PA 4HV1A 5ILFA 1GB2A 134LA 1LSNA 1OUCA 1B9OA 1IWTA 2G4NA 1HEPA 1WQMA 1IWYA 3AZ6A 1LKSA 1HSWA 1WQQA 3B0IA 1AT5A 1GAZA 3HBEX 2BPUA 4LT2A 5C6IA 2BQNA 2BQLA 3P66A 1GB3A 1QUTA 1I20A 3WYHA 1LHHA 2DQEY 3W6FA 4KL7A 1LJHA 2DQDY 5L3HA 5LYMA 2DQJY 1VEDA 1ZVYB 2ZNWY 4HTQA 4LYCA 1OUIA 2GV0A 4NGLA 4NSGA 3RU5A 3AZ4A 5LYTA 1N4FA 4H9IA 4WLXA 2ZQ4A 4NY5A 4A7DA 2DBTA 1B5UA 2H9KA 1YL1X 1QUSA 1IORA 4NFVA 8LYZA 4NGVA 1LJEA 4TWSA 2D4JA 3WUNA 4EOFA 1JKBA 1YAMA 1BB7A 1DKJA 1F6SA 3EO5A 4XADA 4WM3A 4WMGA 4MSTA 1LJFA 1SQ2L 193LA 1V7SA 3LYMA 1LSFA 4PPOA 4ET8A 5LVIA 1UICA 1FN5A 4RW2A 1NKHA 5HLLA 5JENB 1G7HC 1GF0A 1HEWA 1GFUA 2MECA 1D6QA 1W08A 1GPQC 1EQ4A 6LYTA 5KXYA 1LMTA 4XYYA 1QTEA 4ETDA 1LJIA 2N5ZA 4H90A 1IOCA 3WW5A 1IC7Y 4H8XA 1GF6A 1AKIA 1GXV2 1DPWA 1XFPL 3A93A 1W6ZA 4G4CA 4DT3A 1LZGA 4HV2A 5KXXA 3AYQA 4B4EA 1LJNA 1BGIA 1LCNA 4X3BA 1D0KA 4WLDA 1YKZX 1D9UA 2HU1A 1T6VL 4CJ2A 1HSXA 1LSDA 1V7TA 4IASA 2XBSA 1ZV5L 2BQAA 1HFZA 3WMKA 2VB1A 1EQEA 5HMJA 1HEMA 1BQLY 1WQRA 4GN4A 4TSCA 1LZNA 1XEKA 4XJIA 1C08C 3TXBA 2HEAA 4XJDA 1DXJA 5APCA 4AGAA 1IWWA 1XGUC 1B7OA 1FLQA 2W1MA 4IATA 4LGKA 3WVYA 4ET9A 3A3RX 2DKVA 3P4ZA 1ALCA 3TXDA 1XGTC 3FE0A 5I53A 4NHQA 4H8ZA 4RDSA 4TSBA 3A8ZA 5KXRA 1GWDA 4PRUA 1OUFA 1GB8A 1LHJA 4NIJA 4XJFA 3AZ7A 1IX0A 3EBAB 4ZIXA 4H8YA 4KT3A 1BWIA 2XJWA 5F16A 4OOTA 1LSAA 4OWHA 4H9CA 1NHEA 4II8A 4N5RA 3BKHA 1JSEA 4I8SA 4WL7A 5AMYA 2CDSA 5KY1A 1E8LA 1VDPA 4B1AA 1D6PA 2MEIA 1IOSA 1QSAA 4B4IA 3A92A 1LZDA 1XGQC 4NEBA 2D4IA 3F6ZA 3TXGA 1INUA 2G4PA 1UIBA 4NGYA 4QDNA 1JTPL 4W96A 4N1CC 1B0DA 2MEFA 5KXZA 4DD2A 5KKIA 5B1FA 1B7PA 3FI7A 3TXJA 4N8ZA 1KIRC 3HBHA 3TMWA 4ETEA 1JHLA 1LHLA 1P2CC 3M18B 2F2NA 1DI5A 3B0OA 3CT0A 2C8OA 4C5FA 3IWRA 5HNLA 2XTHA 5E9RA 3QY4A 1LSYA 1TAYA 1HFYA 2LYZA 2LYMA 3AGGG 1IP4A 3G3AB 1IO5A 1YILA 5KXSA 1GFAA 4LYOA 2LZ2A 4FDYA 4LZTA 4BAFA 3AJNA 1NWGA 5LVHA 1LJKA 3J6KA 1C10A 5FDJA 3LN2A 2BQDA 3TXIA 1OUDA 4NHPA 4LFXA 4G49A 1CJ7A 2HUBA 5DN4A 1GB0A 1UIGA 1WTNA 2AUBA 1C7PA 1GFJA 4CFPA 4H9FA 3T6UA 1LSBA 4H9AA 1IY4A 1DPXA 4GCEA 4UWUA 2XBRA 4WOAA 3TXFA 4YF2A 3WULA 1LMOA 5II3A 1GD6A 4GCFA 4GLAA 4EMNA 4YM8A 2F4AA 5I4WA 1VATA 2BQFA 4DWXA 5KKJA 5E4PA 1FLYA 1CNSA 2I25L 5F14A 1JKAA 1RCMA 1SLYA 4NHTA 5KXOA 4MCKA 5IHGA 1GB9A 3W6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KNAA 2O7AA 2DVWB 1HQCA 5EJCA 3C7ZA 2Z8YM 1HR0M 1B7SA 260LA 3GUKA 1TDYA 3SAWA 4LYMA 1GABA 3CQLA 5A3ZA 1LSEA 1LMQA 1GEZA 3VDUA 1OUJA 2LVPC 3HT9A 2BQCA 4HSFA 1XEJA 4N1EI 4NWEA 2I7NA 4GN5C 2QZ4A 5KXNA 4LDOA 1BHZA 1Z55A 3PVSA 1OUHA 4PHIA 3LZMA 1CKDA 3RGPA 1IR9A 2D7EA 5I4XA 4QGZA 2CWBA 3TXEA 1L70A 5HNCA 2JZ1A 2BLYA 2LCBA 2JUJA 2XLJA 4LJ6A 4J1BA 2BJVA 3R8FA 2RBQA 5FCPA 1JTTL 5JI2E 1LSCA 246LA 2Z19A 1IC5Y 1WVUA 1IIZA 1LZTA 1BVSA 4GH9A 3U60B 4N0JA 2KNVA 2O25A 1L03A 1QZMA 1GF7A 1G4AE 1HELA 2B6YA 2M60A 4F1IA 1MJGM 1OVJA 3K1JA 2RAYX 3ZC7B 1YUBA 132LA 1L13A 3ZVQB 4MH0E 172LA 2FYDA 1C43A 1L94A 2ERCA 1GE4A 4YENA 1AIPC 1JIYA 1QSWA 2ZYCA 1WXQA 2MGWA 1QUOA 4LGMA 2K9DA 2JP7A 4LYTA 1C62A 1L79A 2ZQ3A 1GF8A 2RBNA 1GFGA 3EMSA 4PD2A 2V1UA 1ZWNA 212LA 3SB9A 4DC4A 4L16A 1FLWA 3SFZA 5A2QS 1G59A 1Q3BA 1WHCA 1IC4Y 5F9XA 2XZUA 4YXCA 3GP1A 2DQFC 1ORYB 4GLVA 4NGJA 2CHGA 1L18A 2L78A 2Y8PA 3L64A 1EQ5A 161LA 2B3TA 2L4EA 4I4LA 3U6CA 5DM9A 4GN3A 1IN8A 1J1OY 3HH5A 1XSFA 233LA 3ODUA 1L08A 1YAOA 1JITA 4DR2M 1LLHA 188LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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