1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
3A94A 3FE0A 4NG8A 4B49A 2BLYA 1NKHA 1GB6A 1IR9A 2Z2FA 1F6SA 4GCDA 1JEFA 3E3DA 4MR1A 3A91A 4DYGA 2LZTA 4ZIXA 4LT1A 2I6ZA 1FDLY 1GFGA 2DQCY 1IR8A 5KKJA 3TXFA 1A2YC 1JPOA 194LA 1NDGC 4NIJA 4NEBA 3LN2A 1LZCA 2XBRA 1RJCB 3ULRA 1B7MA 1IWVA 3B72A 4B1AA 1TAYA 1B9OA 2BQIA 3TMVA 1LZBA 3QY4A 2DQAA 1IVMA 1GBWA 1LZ8A 1YKYX 2FBBA 5LYTA 1MLCE 1VDSA 4LYCA 2WARA 3HFMY 4NWEA 5D5CA 3WUAA 4FJRA 1J1OY 1ZV5L 2N5ZA 4RW2A 5LVJA 4GN3A 4HJZA 2EKSC 3HBHA 3RU5A 4DD7A 1LZ9A 1DXJA 1LSMA 5FSTA 1CKCA 1DI4A 2ZNWY 1GB7A 2D4KA 1IOSA 1LJ4A 5A3EA 3M18B 1IWXA 4H8YA 4MSTA 1HERA 2YBLA 1QDTA 4TUNA 1WVVA 1CJ6A 4NGWA 1GBOA 1D9UA 3WXUA 1WTMA 1GBYA 1IC5Y 1MELL 5LVIA 1LJFA 2BQKA 4YF2A 1HEOA 2Z38A 1DQJC 1GAZA 1HEPA 2YBNA 3AGGG 1QSAA 5KXZA 4B0DA 1DPWA 5B05A 1HFYA 4HPIA 4WLXA 3WXTA 4QDNA 4RW1A 5E4PA 1B0DA 5KXWA 1B2KA 3M3UA 4WO6A 5KJ9A 3WUNA 4DD2A 1FLUA 1LHMA 4WM6A 4E3UA 1LZDA 1JISA 4RLNA 1IWYA 1CJ8A 1GE2A 4KXIA 1NF5A 2F2NA 4H9AA 4LT0A 4CFPA 1YL0X 1VATA 2Z37A 5HMJA 1WTNA 5T3FA 1EQEA 1SLYA 5HNCA 5KXLA 1XFPL 1W08A 1GBXA 1LMPA 4H92A 3T6UA 2NWDX 4WMGA 5LVGA 1JTOL 4XENA 1LMQA 3P66A 4NSJA 4GLVA 5HMVA 1HF4A 1GXXA 1LJNA 2FYCA 1FLWA 1GHLA 1OP9B 2Y8PA 1LHHA 4HPEA 1KXXA 3A3RX 1LYYA 1HMLA 5KXYA 1XGUC 4H90A 1AT5A 4P2EA 4D9ZA 4WG1A 3ATOA 5M1YA 1LJ3A 1B5WA 1GF8A 1GE4A 1LZ1A 1UIBA 4NSHA 3CSZA 5LAGA 1LCNA 4BS7A 4PPOA 2MEAA 3B6LA 1B5YA 1GFVA 4NFVA 4NGZA 1IX0A 2DQEY 4G4HA 4HTKA 5DN4A 2A7DA 2A7FA 1OQMA 2ZWBA 1LMTA 2BQCA 4HTNA 4N9RA 1GF3A 1GF4A 1HHLA 3HBDA 4LYTA 1G7HC 4GCBA 1IY3A 1JJ0A 1B5UA 5DL9A 1WVUA 9LYZA 1NBYC 1OUCA 2HEFA 3A67Y 4WM4A 3TXKA 4X3BA 5KXTA 1FN5A 4HJVA 3J6KA 4HV2A 5DN5A 1T3PA 1T6VL 5E9RA 4W96A 5C6IA 1LJEA 1WQNA 2ZNXY 4J1BA 4L41A 1Z55A 2DQFC 4ET9A 2DBTA 1F6RA 1OUAA 4OWBA 153LA 5LVKA 1BB3A 2DKVA 1KIRC 1BGIA 1XEIA 2BQJA 2F30A 2ZYPA 2ZIJA 3K3TA 4XN6A 1B7SA 1OUJA 1W6ZA 2MEEA 4H9FA 1XEKA 3RW8A 4W94A 1EQ5A 1GFJA 1GE0A 1VFBC 2Z39A 2XTHA 1BB4A 5LVHA 5EBHA 208LA 3LYMA 1IP5A 1B5ZA 1EL1A 2ZYCA 3A8ZA 4KPMA 1IP1A 5KY1A 1C46A 2HTXA 3G3AB 1GB2A 5I5QA 1BB7A 2DQIY 2F4AA 2IHLA 1BWIA 3RZ4A 5KXMA 1QQYA 1LZEA 4DC4A 1CKGA 4M4OA 4CGEA 3W6AA 2H5ZA 3CT5A 2HEDA 1B5XA 1GF7A 1LYSA 5B59A 2CGIA 1JKBA 1VDQA 2MEHA 3AJNA 1G7IC 1LHIA 1IP2A 4J7VA 1G7JC 4NGOA 1GFRA 1JHLA 1OUFA 5C6LA 5FCPA 3A90A 2ZQ4A 1GB9A 4WM1A 1GDWA 2BQGA 3IWRA 4ML7A 1OUHA 4AXTA 4LZTA 1A4VA 2LYZA 4WL7A 5FHWA 3TXIA 1QTKA 2H9KA 3P68A 4XJBA 1DKJA 5A3ZA 1I20A 3LYOA 4OWAA 1D0LA 4H9IA 4LYMA 3TXGA 1LZTA 1GBZA 1YROA 4H9CA 3TMUA 5HLLA 2BQHA 1O23A 3LYTA 3WYHA 2G4NA 4GCCA 1LHKA 2DQGY 3J4GA 1CNSA 1LMCA 2RSCA 1IOQA 1H6MA 1LSGA 1XGRC 3EO5A 1BHZA 2LYOA 4LT2A 5L3IA 1VEDA 2D91A 3AW6A 1D0MA 1WQRA 1GE1A 1UIEA 3LHMA 3BKHA 2D6BA 1RI8B 2W1XA 1B7PA 2ZIKA 3WVYA 154LA 4NHSA 5B06A 4DDBA 3B0KA 4TTDA 3TMXA 4XJGA 1B7QA 1VDTA 1JIYA 4IASA 1GBSA 2BLXA 1CKDA 3P4ZA 1AKIA 4BAPA 1LZRA 4AGAA 3QE8A 1HSXA 1FKVA 2FYDA 2VB1A 1WQMA 4GCEA 4I0CA 4OOOA 5DM9A 4H1PA 1VAUA 1UUZC 4N1EI 3N9AA 3RT5X 8LYZA 4NGVA 4TSCA 4NGIA 1REMA 2HEAA 4R0FA 4GN5C 2BQLA 1HC0A 1QTEA 1F10A 1N4FA 1WQPA 4WOAA 1LKRA 2DQHY 4UWNA 4XJFA 5C6JA 1PZYA 1B7NA 1BQLY 4PJ2C 3WULA 4LYBA 5HQ1A 4GLAA 1LSAA 1BB6A 5B1GA 5JENB 5L9JA 1LYZA 1ZMYL 3A6CY 4DD3A 5LXWA 2I25L 5IELA 2HU3A 3CB7A 1GF5A 4QEQA 1XGTC 1J1XY 1TEWA 3TXDA 2LYMA 4J0LA 2X0AA 2BQEA 1YKXX 1BB5A 3W6EA 1GB0A 3W6DA 1IWWA 3RNXA 2YSSC 3W3EA 1GEVA 4XYYA 4DD9A 1IP3A 4B4IA 1OUBA 193LA 4MCKA 1HELA 5IHGA 3LZTA 1OUEA 1LSPA 2W1YA 3CSQA 5KXPA 1LSNA 5F9XA 4BADA 4I8SA 4WM3A 1IP6A 1JTTL 1EQ4A 4HSFA 3WPJA 2PC2A 1I1ZA 1LJKA 5KXSA 5KXKA 4LGKA 3W6CA 3WW5A 2I26L 3W6BA 1GFTA 1JJ1A 3WL2A 3AW7A 1LSDA 1FKQA 1GFUA 1LSYA 1QUSA 4WG7A 3IJVA 4DD0A 3WPLA 1UIHA 4NY5A 1HSWA 4NHIA 1LZYA 1LJGA 4R6CA 1IP7A 1IC7Y 1CKFA 3GXKA 3P65A 3N9EA 1LSCA 4OWHA 2G4QA 4WL6A 5F14A 3CT1A 4NHTA 3B0OA 4O34A 1GEZA 3A34A 1GB8A 1UCOA 1LHLA 4WLTA 5FEKA 1H87A 2LHMA 2YBMA 4N0JA 3T36A 4TSBA 133LA 5K7OA 5I54A 2D4JA 1GWDA 5LIOA 4H93A 2CDSA 3AYQA 4EMNA 1B7LA 1VDPA 4HP0A 2BQNA 3P64A 2BQDA 4LT3A 3A3QA 5KXXA 1GF9A 4OWEA 4EOFA 4Z41A 5KKIA 1UIDA 4H9HA 4ETCA 4WM5A 1IY4A 1DZBX 4H91A 1UC0A 4ETEA 4TX7A 1JKCA 5ILFA 5LYMA 1BWHA 5HNLA 1IC4Y 1HNLA 2YBIA 1JSEA 4DWXA 1J1PY 4OWCA 1LZAA 2Z2EA 3ZVQB 4C5FA 1JTPL 4RLMA 1GFHA 1HEMA 2DQDY 2AUBA 1QIOA 4Z3MA 1GFKA 1GFAA 4PRUA 2HEBA 2W1LA 4XJIA 207LA 1IOTA 3D3DA 3IJUA 4DDAA 1DI3A 4LFPA 1LZNA 1LJHA 1NMMA 4J1AA 1I56A 1CKHA 1NBZC 5LA8A 4LYOA 4N1CC 1LSFA 1C45A 1LOZA 3ZEKA 3ZVQA 2BQMA 3KAMA 3W6FA 4NGLA 4ET8A 2BAAA 1YILA 2MECA 3AZ4A 4HTQA 4ETAA 4Z46A 4II8A 4NSGA 1HFZA 1IIZA 2MEBA 1UACY 1LSZA 1OUGA 2BQBA 3CT0A 1GF0A 4G9SA 4G4BA 4OW1A 5I4WA 4ZEEA 1NDMC 3TXEA 4H8ZA 1LZSA 1C43A 2IFFY 1LKSA 4KL7A 5APFA 3WMKA 2C8PA 1XEJA 3SP3A 1YAOA 4ETDA 1HENA 4WLDA 3FI7A 1HMKA 1LZ4A 4NHQA 4CHXA 1GDXA 4FDYA 1YKZX 1AZFA 3GXRA 1NHEA 1YIKA 2MEGA 4NGYA 1UIFA 4DD1A 1C7PA 5I53A 1REXA 1RE2A 3G3BB 4N8ZA 3QNGA 5B1FA 1QDRA 2H9JA 1GXV2 4YENA 1FLYA 2CWIA 5F9UA 7LYZA 1OUIA 5APCA 1B7OA 1JJ3A 1UBZA 3WU9A 1LMNA 3OK0A 2F4GA 5I4XA 5AMYA 1QSWA 3OJPA 4NHPA 1IWUA 2XJWA 5KXRA 1ALCA 2MEDA 5ILCA 3TXBA 1JUGA 5LINA 4PRQA 5IDDA 2BQFA 2BQOA 4IJ4A 3A93A 1REZA 1DPXA 3CSRA 3WH1A 3EXDA 1LSEA 4BAFA 1G7LC 1UIGA 2HEEA 3AGHA 3EMSA 1TDYA 4DT3A 1G7MC 1GFEA 1KIPC 2YBJA 2LZ2A 1GD6A 2D4IA 3TXJA 5F81A 1F0WA 1YAQA 1KIQC 3WW6A 2YVBA 1WQOA 3A6BY 3VWOA 1JITA 3MGWA 4CFOA 4YM8A 1BWJA 1V7SA 1OUDA 5F16A 2Z19A 5L3HA 4M6DA 4C3WA 1GF6A 1LYOA 4YOPA 5APDA 1HEWA 4PHIA 1B7RA 1XGQC 5KXOA 4IATA 4OOTA 1TCYA 4KT3A 4XADA 4GCFA 1LZGA 1LZ5A 1P2CC 2DQJY 1E8LA 4WM2A 4B4EA 2Z12A 3D9AC 2G4PA 2YBHA 1ZVHL 5II3A 2EQLA 5I4YA 5FELA 1JKAA 4G49A 4WO9A 5FDJA 3WU8A 1LZ6A 1GPQC 3EBAB 3TMWA 2MEIA 5J7CA 1QUTA 5LA5A 3AZ5A 6LYZA 6LYTA 1YAMA 4QGZA 4RDSA 2XBSA 3AZ7A 1D0KA 3BKVA 1LJJA 3LYZA 4WLYA 1PS5A 3CQLA 1LMOA 4PGJB 3WU7A 1XGPC 2EPEA 135LA 2BQAA 1IP4A 2CJLA 3HBEX 4CJ2A 1D6QA 1GE3A 3AGIA 5B07A 2HECA 1JWRA 5DLAA 4Z98A 4B4JA 1FBIX 3WVXA 1YANA 1IEEA 3AZ6A 4DDCA 1LPIA 1B5VA 2ZILA 5LAFA 3WUMA 1ZVYB 1FLQA 1HFXA 4NG1A 3A92A 1GAYA 1KXYA 2W1MA 1UA6Y 3A95A 5APEA 1LTMA 1LHJA 4LFXA 4LYZA 4A7DA 1GB3A 4N5RA 2B5ZA 1UIAA 1RFPA 4NWHA 1NWGA 1IWTA 3N9CA 3B0IA 1CJ9A 1C10A 2Z18A 4XJHA 4QY9A 4G4CA 4NGKA 5KXNA 4ETBA 4ZFPA 5D5FA 4H94A 2GV0A 3LZ2A 1LMAA 1NQIA 3WPKA 1C08C 1LAAA 1JSFA 1AT6A 1WQQA 4H8XA 1HEQA 1IOCA 4XJDA 4TWSA 3A96A 1INUA 5LYZA 2YDGA 1IR7A 1CJ7A 2EIZC 3TXHA 1LJIA 3ATNA 4H9EA 1GB5A 1XSFA 4HJYA 1D6PA 4H9BA 132LA 4ANRA 1BVXA 2C8OA 4YEMA 1JKDA 1YQVY 1V7TA 2FBDA 1KXWA 4NGJA 4UWUA 3AB6A 1UICA 1IO5A 1DI5A 4UWVA 2BPUA 1BVKC 2HU1A 4YEOA 1IWZA 1RCMA 2HUBA 1IORA 1TBYA 1YL1X 1REYA 1DKKA 4NSIA 1SQ2L 2MEFA 134LA 2ZQ3A 1YAPA 1AM7A 4GN4A 2Q0MX 1LSBA 4U3XB 4HV1A 3F6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
104LA 236LA 2BLYA 3UJNA 3WHLA 1L31A 1IR9A 3DZDA 3E3DA 4DYGA 5ITRA 2LZTA 1GFGA 2DQCY 5KKJA 4JI7M 4NIJA 4MGKE 3B72A 4B1AA 170LA 2DENA 1C7YA 2R4JA 4G4RA 2LVAA 3WUAA 1DGHB 223LA 4EIWA 3FI5A 1J1OY 1ZV5L 2XZUA 4LFCM 2K9DA 1DXJA 3FD9A 3U6OA 2ZNWY 3C58A 1IXSA 4DV4M 4LF5M 1L25A 2DAGA 5EP4A 4G4NA 1LI2A 1D2NA 4LJ6A 4TUNA 1N77A 2C9OA 4NGWA 1GBOA 1D9UA 3WXUA 1IQPA 212LA 1L43A 4YF2A 1G4AE 2Z38A 258LA 1DQJC 1OVHA 3KXEC 2YBNA 3AGGG 4NXMM 1QSAA 2OO9A 1L35A 3QWLA 3HTGA 3SBAA 4I4LA 3KS4A 3F9LA 1P56A 3T1YM 1B2KA 3HH6A 3M3UA 5KJ9A 4GEWA 3BOSA 4E3UA 184LA 1LZDA 2Y0QA 1IWYA 1CJ8A 1YL0X 5T3FA 2XEPA 4EKSA 4H92A 3OE6A 1L04A 3GLHE 217LA 1P7SA 2RBQA 4GLVA 1L59A 2Y8PA 119LA 1L24A 1KXXA 4AW4A 3B7ZA 5KXYA 1AT5A 4D9ZA 2LBCA 3AOEC 1CU0A 1IFYA 102LA 1B5WA 1QUHA 1DYEA 2BWEA 3CSZA 5LZMA 2VIIA 4PPOA 156LA 1DV0A 1L93A 1IX0A 4G4HA 4NGZA 1WR1B 5DN4A 3TMXA 4CJ2A 165LA 4DV1M 2BQCA 1GF4A 1HHLA 2O01F 1G7HC 1ZURA 1IY3A 1JJ0A 4LYTA 9LYZA 1G0JA 1NBYC 2HCBA 3A67Y 3VLFB 4MGHA 1IM2A 3J6KA 1HNZM 2XGNA 1T6VL 5C6IA 2VQFM 3DN2A 2DQFC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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