The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
75
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sequence length |
279
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structure length |
266
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Chain Sequence |
MAYDGLFTKKMVESLQFLTTGRVHKINQPDNDTILMVVRQNRQNHQLLLSIHPNFSRLQLTTKPPMFARVFRKHLEGGIIESIKQIGNDRRIEIDIKSKDEIGDTIYRTVILEIMGKHSNLILVDENRKIIEGFKHLTPRTVMPGFNYEAPPTQHKINPYDITGAEVLKYIDFNAGNIAKQLLNQFEGFSPLITNEIVSRRQFMTSSTLPEAFDEVMAETKLPPTPIFHNHETGKEDFYFIKLNQFNDDTVTYDSLNDLLDRFYDA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the fibrinogen binding protein from Staphylococcus aureus
rcsb |
| molecule keywords |
Fibrinogen binding protein
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| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
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| total genus |
75
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| structure length |
266
|
| sequence length |
279
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-07-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Mainly Beta | Roll | ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus fold | ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ribonuclease HI; Chain A | fibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5A2Q S; 3J7A S; 4LF5 M; 2XZF A; 5LMN M; 3J80 S; 4LF7 M; 5ITQ A; 2VQE M; 1XMO M; 4DV6 M; 2UXD M; 4ITQ A; 2UUC M; 4G4R A; 2F4V M; 5LMU M; 4DV7 M; 2E5L M; 4B3T M; 3VK8 A; 4LF4 M; 4LF8 M; 2ZBK B; 1MX0 A; 3SAR A; 1TDZ A; 5ITU A; 4MB7 A; 4X64 M; 1XNQ M; 4YY3 M; 3GPU A; 1L2B A; 2UU9 M; 3GO8 A; 3SAU A; 4LF6 M; 5H3X A; 4X66 M; 5ITR A; 3J81 S; 1K82 A; 1L1T A; 3T1Y M; 2OQ4 A; 1PJI A; 4DR7 M; 2UXC M; 4KHP M; 4JI0 M; 3U6C A; 3GQ3 A; 1N32 M; 2Q2E B; 1Z5A A; 1J5E M; 4B3S M; 3U6O A; 2F5N A; 3VK7 A; 4DUZ M; 4JYA M; 2UUB M; 4DV0 M; 1XC8 A; 3GQ4 A; 3A46 A; 1IBK M; 4JI6 M; 2UUA M; 4DR6 M; 4G4Q A; 4G4N A; 4NXM M; 2F5S A; 2F5P A; 3U6S A; 1R2Y A; 2OPF A; 1IBL M; 1Q3B A; 5ITX A; 4PDG A; 1HNX M; 5ITT A; 2EA0 A; 3U6M A; 1XMQ M; 4GKJ M; 4NRW A; 5IT9 S; 1K3W A; 4AQY M; 3GQ5 A; 1HR0 M; 4DV2 M; 3A42 A; 5BR8 M; 4X62 M; 3SAW A; 2HHH M; 4JI4 M; 4LF9 M; 2F5O A; 1KFV A; 1L1Z A; 2ZM6 M; 3SAS A; 1MU5 A; 2HKJ A; 1FJG M; 4JI5 M; 3A45 A; 3W0F A; 4YHH M; 1EE8 A; 4PDI A; 1N34 M; 4LFA M; 3OTO M; 4JI7 M; 1Z59 A; 3C58 A; 3DOA A; 1L2C A; 1IBM M; 3SBJ A; 4DR3 M; 4PCZ A; 3SAV A; 4PD2 A; 3TWM A; 4DUY M; 3GP1 A; 1HNZ M; 4GKK M; 1L2D A; 4DV4 M; 4JI3 M; 1Q3C A; 4CIS A; 1N36 M; 4JV5 M; 1K3X A; 3JR5 A; 5IWA M; 3JR4 A; 4G4O A; 3SAT A; 5FLX S; 4JI1 M; 3U6E A; 3GPX A; 4NXN M; 3T1H M; 4B3M M; 5ITY A; 4DR2 M; 1HNW M; 1XNR M; 4NRV A; 1PJJ A; 3TWL A; 3JAM S; 1NNJ A; 1N33 M; 1TDH A; 4B3R M; 4X65 M; 3GPP A; 1Q39 A; 3GPY A; 2UXB M; 4DV5 M; 4DR5 M; 1R2Z A; 4DR4 M; 4JI8 M; 4K0K M; 4LFB M; 4DR1 M; 4DV1 M; 4LFC M; 3U6P A; 3TWK A; 3U6L A; 3U6Q A; 4OX9 M; 1I94 M; 4JI2 M; 1Z5B A; 1Z5C A; 1PM5 A; 5ITX E; 2F5Q A; 2XZU A; 3U6D A; 2VQF M; 4DV3 M; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WIV A; 2QZ4 A; 4LF5 M; 3J7B A; 1WGL A; 1NSF A; 1TH2 A; 2YFQ A; 1AUA A; 3AOE C; 4L16 A; 4AG5 A; 4GIT A; 3FUU A; 4DV6 M; 4A3V B; 4OVZ A; 2UUC M; 4G4R A; 2F4V M; 2Z3X A; 5IRE B; 2E5L M; 3VK8 A; 2BJV A; 4S12 A; 3I04 M; 3CF6 E; 1MX0 A; 4MM3 B; 1R5L A; 2D7H A; 2DAG A; 2RKO A; 3T6P A; 3R8F A; 1JQJ C; 2I7N A; 4FW9 A; 1IN4 A; 2UU9 M; 3BSU A; 2R65 A; 4LJ7 A; 3RFW A; 1F4I A; 2QCU A; 1G3I A; 4MGY E; 4NC6 A; 3K92 A; 2R4J A; 2K9D A; 4RF1 A; 1WXQ A; 3LQR A; 2DHY A; 4KHP M; 4JI0 M; 5KPR A; 1IN7 A; 3GQ3 A; 1N32 M; 4AI6 A; 3D8L A; 2Q2E B; 1Z5A A; 1GLN A; 5BPV A; 5KO3 A; 1QUT A; 3CTW B; 2K47 A; 1KYI A; 2X4A A; 2WSF F; 3E21 A; 3K9P A; 3A46 A; 4M9Z A; 3H4M A; 2VDB B; 1GL7 A; 2XFT A; 3U6S A; 2KZS A; 4MGI E; 2V1U A; 3I51 A; 5JI3 E; 1G41 A; 3LVW A; 4PDG A; 2EKK A; 1HNX M; 4RNA A; 4GKJ M; 1FNN A; 4AKI A; 1NY6 A; 3KVW A; 5IT9 S; 1PGY A; 4MGK E; 3CGW A; 3GQ5 A; 4D81 A; 2H5X A; 3A42 A; 3HU2 A; 3U61 B; 2DNA A; 3SAW A; 4IBD A; 1ZQ9 A; 2I7P A; 4WP2 A; 1IN8 A; 2JUJ A; 3I4V A; 3BOS A; 1Q02 A; 2LHC A; 3UZU A; 2DVW B; 4MGZ E; 3AV0 A; 2LNH C; 3J27 B; 3AOG A; 4L15 A; 2XLJ A; 4PDI A; 2RGO A; 4L4U A; 4CJ6 A; 1T3T A; 1PJS A; 2HL7 A; 5DYI A; 4AG6 A; 1NY5 A; 3GLH B; 1LV7 A; 3GLF E; 4IBB A; 1Z59 A; 2DKL A; 2QNJ A; 2R6F A; 1OTR A; 1G59 A; 3UMM A; 1IBM M; 4AKH A; 1IN6 A; 2MGW A; 2KA6 B; 3SC3 A; 3SMP A; 4DR3 M; 2Y0T A; 2C98 A; 4PCZ A; 4G3O A; 3GRU A; 2G5G X; 4DUY M; 4TUW A; 4GKK M; 3KDS E; 2ZAO A; 1IXS A; 4DV4 M; 5DFL A; 1GO5 A; 2WSC F; 4UN2 B; 2FE8 A; 5DNY A; 4LJ4 A; 3ZH9 B; 1DGF A; 2FOI C; 5IWA M; 2CHG A; 5FLX S; 4LG2 A; 3U6E A; 3LVV A; 3GPX A; 2VF7 A; 5C1B A; 1GKI A; 1NVM A; 2W82 A; 3DFZ A; 4OVZ B; 3HJS A; 5KPT A; 1HT2 E; 1OQY A; 3IEC A; 4MH0 E; 1JR3 D; 1SG9 A; 2XSZ A; 4NRV A; 3VFD A; 4KT0 F; 1IY2 A; 2G3Q A; 4GC5 A; 3FYD A; 1N33 M; 1KSF X; 4X65 M; 4R3D A; 1TH4 A; 5E26 A; 3IG5 A; 3PMQ A; 1E94 E; 1G8P A; 3VLF B; 2KHH A; 4ANR A; 4LFC M; 1DGH A; 2KNA A; 4GRI A; 3TQS A; 3VDP A; 1I94 M; 4IBJ A; 4GC9 A; 1IXZ A; 3BBZ A; 4L78 A; 3W68 A; 3GRR A; 3FTD A; 2P5T A; 3H4J A; 1PM5 A; 3K8Z A; 3QYB A; 4P16 A; 4OW0 A; 3GLF A; 1WJ7 A; 1OAI A; 2EO2 A; 1X37 A; 2QPA A; 3J7A S; 3RE8 A; 2XZF A; 5LMN M; 2QHO B; 4IBI A; 2JY6 B; 3LW5 F; 4LRT A; 4LJ8 A; 4JN6 A; 1ZMU A; 4IBE A; 3L28 A; 1IM2 A; 4HLQ A; 4L6V 6; 2DAI A; 4LJ5 A; 4LF4 M; 4B3T M; 2DI0 A; 1VG5 A; 4G6Z A; 4KOD A; 4F1I A; 1HJP A; 2ZBK B; 4LF8 M; 1IXR C; 2JNH A; 1TDZ A; 4IBK A; 1IN5 A; 3KS4 A; 4MB7 A; 1L2B A; 3GO8 A; 1PJQ A; 1VEG A; 4LF6 M; 3LCV B; 3SFZ A; 4RKU F; 1NO1 A; 2R4E A; 4QHS A; 3HHY A; 5H3X A; 3TL4 X; 1ZAE A; 2DAK A; 1L1T A; 3HKP A; 2ERC A; 3GLG A; 2K0B X; 4NOO B; 4DR7 M; 3AFH A; 2DWZ B; 4GHL A; 3U6C A; 1QYR A; 4R71 A; 1CUK A; 2CE7 A; 5EQT A; 1GVN A; 3KP1 E; 2WSE F; 2L4E A; 2BJW A; 2CV1 A; 1J5E M; 3LQQ A; 2N35 A; 3GRY A; 3U6O A; 2F5N A; 3W0L B; 4DUZ M; 2UUB M; 2APL A; 2R44 A; 1N78 A; 3QYE A; 1T43 A; 4LCB A; 4M0W A; 4DR6 M; 4JI6 M; 2UUA M; 3SYK A; 4G4N A; 3E46 A; 2F5S A; 2CEA A; 1GJS A; 2DAE A; 1UM8 A; 3KOX E; 3V76 A; 1Q3B A; 4IBC A; 1HQC A; 1NNU C; 1R6B X; 2LVQ D; 2EA0 A; 4XK8 F; 3B74 A; 2R0I A; 2JXN A; 3F92 A; 2KNV A; 3HWS A; 4DV2 M; 3Q8G A; 4X62 M; 3NBX X; 4JI4 M; 7CAT A; 1IXS B; 2MH8 A; 2OOA A; 2BWE A; 4AZF A; 1VEJ A; 2NQ8 C; 1WHC A; 2L6O A; 4I4L A; 2XF3 A; 1GL6 A; 2Z7J A; 4JI5 M; 1L8Q A; 1D0K A; 2KDL A; 2DAM A; 1Y8G A; 3HHW A; 3W0F A; 3E4R A; 1EE8 A; 2JY5 A; 4LFA M; 2LVO C; 1J09 A; 4QNM A; 1SXJ A; 2D7E A; 4FD2 A; 1N77 A; 2LWX A; 3OTO M; 4JI7 M; 2JWS A; 2UXD M; 3I4Y A; 3C58 A; 2H1R A; 1L2C A; 1P3Q Q; 3KSJ A; 1TGU A; 3CF2 A; 3SAV A; 4RF0 A; 1IY1 A; 3HU1 A; 1QAN A; 4PD2 A; 1JB0 F; 1JR3 E; 1XXH E; 5KQ8 A; 1NV8 A; 5EP3 A; 3TWM A; 1L2D A; 3FUW A; 1C1K A; 2QP9 X; 1DGH B; 3LCU A; 3MJ5 A; 3K9O A; 2QQ8 A; 4FCT A; 4F2L A; 1OKS A; 1R4G A; 1S3S A; 1YE9 A; 1EFU B; 3B7Q A; 3GLF B; 4Z8X A; 5EP1 A; 3WHK A; 1C7Y A; 4NXN M; 3T1H M; 2LXE A; 2XGN A; 3C3E A; 3UGJ A; 4DR2 M; 2CV2 A; 1HNW M; 3FRH A; 1YUB A; 4GIP A; 1ZV1 A; 3NBI A; 1H6U A; 2MJ5 B; 2CFO A; 4BLC A; 3B7N A; 4IIW A; 2LH0 A; 2FNA A; 3I01 M; 3U60 A; 5EXS A; 4KO8 A; 3MK6 A; 3L26 A; 4DR5 M; 4K0K M; 2FFJ A; 3B89 A; 4JI8 M; 3U5Z A; 4DR1 M; 2X8A A; 5EXP A; 4JI2 M; 3GLG B; 2CP8 A; 1PJT A; 5FTJ A; 2XZU A; 1DO2 A; 1QDT A; 4FCV A; 3U6D A; 3FUT A; 4WW0 A; 2LHG A; 2V6Z M; 4NSR A; 1E9S A; 1VDD A; 1XMO M; 3HGI A; 3J2P B; 1QQW A; 4XBO A; 4ITQ A; 2FH0 A; 3PNY A; 1OJL A; 1NJG A; 5LMU M; 2R45 A; 1R7R A; 1XXH A; 3HY5 A; 1RU3 A; 2KW0 A; 4YY3 M; 3GLH E; 1SXJ C; 4FWD A; 1EIJ A; 3PVS A; 1W5S A; 4NL4 H; 2GQF A; 4X66 M; 2JZ0 A; 2XFS A; 2O01 F; 2JP7 A; 1K82 A; 3FD9 A; 4FCW A; 3GIT A; 3AOE A; 1PJI A; 4I5S A; 3C3D A; 2C9C A; 1IFY A; 4B7F A; 1MN3 A; 4M9S A; 1WR1 B; 1E9R A; 4JYA M; 3VK7 A; 1XB2 B; 4W5W A; 4B7H A; 4L8R C; 4D82 A; 2XSZ D; 2C96 A; 4AW4 A; 5F3W A; 1SXJ B; 2D7G A; 4NXM M; 1R2Y A; 4Z6Y A; 1V34 A; 3FE3 A; 1IBL M; 2KRK A; 3ZCB B; 3FTE A; 2B3T A; 3THG A; 3U6M A; 1XMQ M; 1K3W A; 1DO0 A; 4AQY M; 2C99 A; 3C9P A; 1ZMV A; 1HR0 M; 4CGY B; 5BR8 M; 2KZU A; 3SYL A; 2L4F A; 4GH9 A; 2HHH M; 2F5O A; 4ZPX A; 1OIP A; 2M60 A; 1KFV A; 3SAS A; 2G8L A; 1MU5 A; 2HKJ A; 4GHA A; 1IY0 A; 3KOY E; 1HT1 E; 2L2D A; 2MRO B; 4IBF A; 2HAK A; 2Y20 A; 3A45 A; 1DGB A; 2ZTC A; 1NJF A; 2RGH A; 4GMQ A; 4LRS A; 1N34 M; 4QHT A; 3VDU A; 1YSY A; 3MMP A; 2EKF A; 3BXW A; 4GEW A; 1IQP A; 4M9X A; 3L27 A; 3DOA A; 1YLA A; 3SBJ A; 4BBA A; 3U60 B; 4LZZ A; 4NSO B; 1ZMW A; 3EIE A; 3FUX A; 1VQ1 A; 5EP4 A; 3GP1 A; 3ZQJ A; 4EIW A; 3U5Z B; 1T6O A; 1HNZ M; 1QAO A; 2EJS A; 4JI3 M; 3FTF A; 1V92 A; 4CIS A; 4B08 A; 3QAU A; 2KNZ A; 3MHV C; 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