The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
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sequence length |
289
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structure length |
284
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Chain Sequence |
PEGPELHLASQFVNEACRALVFGGCVEKSSVSRNPEVPFESSAYRISASARGKELRLILSPLPGAQPQQEPLALVFRFGMSGSFQLVPREELPRHAHLRFYTAPPGPRLALCFVDIRRFGRWDLGGKWQPGRGPCVLQEYQQFRESVLRNLADKAFDRPICEALLDQRFFNGIGNYLRAEILYRLKIPPFEKARSVLEALQPELTLSQKIRTKLQNPDLLELCHSVPKEVVQLGGRGYGSESGEEDFAAFRAWLRCYGMPGMSSLQDRHGRTIWFQGDPGPLAP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
nei endonuclease VIII-like 1
|
| publication title |
The crystal structure of human endonuclease VIII-like 1 (NEIL1) reveals a zincless finger motif required for glycosylase activity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
78
|
| structure length |
284
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| sequence length |
289
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| ec nomenclature |
ec
4.2.99.18: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase. |
| pdb deposition date | 2004-05-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01149 | Fapy_DNA_glyco | Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain |
| A | PF09292 | Neil1-DNA_bind | Endonuclease VIII-like 1, DNA bind |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins | MutM-like, N-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV4 M; 3SAU A; 2F4V M; 3GPX A; 3SBJ A; 4ITQ A; 2EA0 A; 5ITX A; 2UXB M; 4LF8 M; 2OQ4 A; 3U6O A; 4LFB M; 3GPP A; 2ZM6 M; 4B3M M; 4DUY M; 3VK7 A; 1Z5A A; 4NXM M; 2UU9 M; 1TDZ A; 1HNX M; 3JAM S; 2ZBK B; 3GPY A; 4PDG A; 4JI4 M; 4OX9 M; 3GQ3 A; 4CIS A; 2F5P A; 2UUB M; 4DUZ M; 1L2B A; 4JI3 M; 3GP1 A; 4X64 M; 3J80 S; 2VQE M; 1PM5 A; 4MB7 A; 1IBL M; 5A2Q S; 1Z59 A; 4PCZ A; 1K82 A; 1PJI A; 1XC8 A; 3T1Y M; 2HHH M; 4JI7 M; 5IT9 S; 1XNQ M; 3U6C A; 1Z5C A; 4PD2 A; 2F5N A; 4DR7 M; 2UXD M; 1IBK M; 4JI0 M; 1FJG M; 1XNR M; 4DR6 M; 4LF7 M; 3TWM A; 3GQ4 A; 3U6P A; 3DOA A; 1XMO M; 1HR0 M; 1L1Z A; 1N33 M; 1K3X A; 2UXC M; 1XMQ M; 3A42 A; 3U6M A; 1TDH A; 1J5E M; 5ITY A; 1KFV A; 4LF6 M; 2E5L M; 4LFC M; 2F5Q A; 1EE8 A; 4JI8 M; 4KHP M; 4GKJ M; 2OPF A; 3TWK A; 4JI2 M; 4DV7 M; 3J81 S; 1R2Z A; 2F5O A; 2UUC M; 4K0K M; 4NRV A; 4DR2 M; 1R2Y A; 1I94 M; 4G4R A; 1N34 M; 4B3R M; 2XZF A; 3W0F A; 4DR4 M; 1MU5 A; 4X66 M; 4LF5 M; 4X65 M; 4LFA M; 4G4O A; 4AQY M; 2VQF M; 3TWL A; 4G4N A; 1L2D A; 4JYA M; 3J7A S; 4JI6 M; 4JI5 M; 4DR3 M; 3JR5 A; 4YY3 M; 4DV1 M; 4DV3 M; 3U6L A; 5FLX S; 4B3T M; 4DR1 M; 1Q3C A; 3SAT A; 1NNJ A; 4YHH M; 3SAV A; 1L2C A; 3U6E A; 4LF4 M; 4DV5 M; 1IBM M; 1MX0 A; 5LMU M; 4DV0 M; 5ITT A; 5ITU A; 4X62 M; 3U6S A; 1L1T A; 4G4Q A; 4DR5 M; 2XZU A; 3GPU A; 4NRW A; 5BR8 M; 3SAS A; 1HNW M; 1Q39 A; 1Q3B A; 1N32 M; 5ITX E; 5IWA M; 4PDI A; 3OTO M; 3C58 A; 5ITQ A; 3GQ5 A; 1Z5B A; 4DV2 M; 1PJJ A; 2Q2E B; 4JV5 M; 3GO8 A; 5LMN M; 3SAR A; 1HNZ M; 3VK8 A; 2UUA M; 3U6Q A; 2F5S A; 4JI1 M; 3T1H M; 4LF9 M; 4GKK M; 3JR4 A; 4NXN M; 3A46 A; 3SAW A; 3U6D A; 1K3W A; 3A45 A; 4DV6 M; 5ITR A; 2HKJ A; 1N36 M; 4B3S M; #chains in the Genus database with same CATH topology 5C1B A; 2BJW A; 2X49 A; 2YFQ A; 3SAU A; 1PRB A; 5JI2 E; 1IXZ A; 3AOE C; 3GPX A; 4DR7 M; 3K8Z A; 1G59 A; 3MHV C; 1QZM A; 2QPA A; 4LF8 M; 2XGN A; 1QDT A; 3GPP A; 5C18 A; 4LG2 A; 1NV9 A; 2JY5 A; 2RKO A; 1BVS A; 1Z5A A; 3FRI A; 3FUW A; 4FW9 A; 4B7F A; 4DUY M; 3Q8X A; 4R3D A; 5FTL A; 4NXM M; 5KPR A; 4RF0 A; 3GPY A; 2CHG A; 1N75 A; 3FE3 A; 1NV8 A; 3KW6 A; 4LJ8 A; 4PDG A; 4JI4 M; 2DZN B; 3KOY E; 4IBB A; 4LJ7 A; 4RKU F; 3GQ3 A; 4ANR A; 3B89 A; 4FCT A; 2JY6 B; 1AUA A; 3FYD A; 1L2B A; 2CFO A; 1OAO C; 4S12 A; 3J80 S; 2YNM D; 1PM5 A; 4MB7 A; 3KS8 A; 1IBL M; 4XBO A; 5A2Q S; 1Z59 A; 4IBI A; 3R9X B; 1R5L A; 1J7K A; 1IY2 A; 5DYG A; 5EXP A; 4JI7 M; 4AZF A; 2JA2 A; 3KP1 E; 2HHH M; 5IT9 S; 4CIZ A; 3KFU G; 3PFI A; 3C3E A; 1QUS A; 2UXD M; 3QYE A; 4LY6 A; 1SG9 A; 4BB9 A; 4I4L A; 1IN5 A; 1IY0 A; 3HU3 A; 4QOS A; 3TQS A; 3U6P A; 2I7P A; 2FFJ A; 1IN8 A; 3U5Z B; 3J27 B; 1XMQ M; 3A42 A; 4NL4 H; 2QBY A; 3GLI A; 2JZ0 A; 4LF6 M; 2M5Z A; 2E5L M; 4BBA A; 1TF0 B; 2WZJ A; 2F5Q A; 2G3Q A; 3QAU A; 2OPF A; 3PXG A; 2F5O A; 2C99 A; 2L6O A; 3SMP A; 3VDP A; 1I94 M; 5EXS A; 4G4R A; 1N34 M; 2XZF A; 1OIP A; 2L4F A; 4KOD A; 4G4O A; 4RNA A; 5EP2 A; 4AQY M; 1PJT A; 4IBE A; 2QEN A; 4MGK E; 4QHT A; 4EIW A; 1A5T A; 3KVW A; 3FTC A; 5DFL A; 2JY7 A; 4DR3 M; 4LJ4 A; 5EP4 A; 3JR5 A; 1WGL A; 2NQ8 C; 3HHW A; 3I04 M; 1V92 A; 4B3T M; 3J7B A; 2Z3X A; 2H1R A; 4DR1 M; 2ZAN A; 1Q3C A; 2CWB A; 4KT0 F; 5EP3 A; 4YHH M; 3SAT A; 4AKG A; 4FWG A; 3T15 A; 1L2C A; 2LVP C; 3DZD A; 2QQ8 A; 1RU3 A; 1D0L A; 1VG5 A; 1D0M A; 2DI0 A; 2QHO B; 3KSJ A; 2R45 A; 5F3W A; 1MX0 A; 2CRU A; 1NVM A; 2HCB A; 5ITT A; 3AJI B; 3HGI A; 3I4V A; 1YLA A; 3AL0 C; 1QAQ A; 4CJ6 A; 4LJ5 A; 4MM3 B; 4DR5 M; 3GPU A; 5EXT A; 1YSY A; 2DEN A; 1UM8 A; 2EKK A; 3HWS A; 1HNW M; 3SHF A; 2C9O A; 4L6V 6; 1N32 M; 1D0K A; 5IWA M; 3HHZ A; 4PDI A; 2LWX A; 3OTO M; 3CF6 E; 1WIV A; 4OW0 A; 4WP2 A; 4CGY B; 3C58 A; 3U60 A; 2C9C A; 4DV2 M; 3HU2 A; 1PJJ A; 2Q2E B; 4M9X A; 3KP0 E; 3MMP A; 3BBZ A; 4JI1 M; 3HKP A; 4M0W A; 3T1H M; 4LF9 M; 3RGS A; 3E9S A; 4LRS A; 2K6B A; 4NXN M; 1XB2 B; 2FH0 A; 2V1C A; 2DHR A; 2JY8 A; 3A45 A; 4AG5 A; 2R18 A; 2DWM A; 4LJA A; 1QAO A; 1SXJ C; 3Q8G A; 3WHK A; 4DV4 M; 4LZJ A; 2L09 A; 2LXE A; 1C7Y A; 2LVO C; 2R46 A; 2W82 A; 4P17 A; 2EA0 A; 2EKF A; 5ITX A; 7CAT A; 2Z7J A; 5DNY A; 3SBJ A; 3LQQ A; 2LTU A; 5IZ7 D; 3U6O A; 4LFB M; 5FTK A; 3LMM A; 2VII A; 2ZM6 M; 2BJV A; 2KA6 B; 3LCV B; 3I51 A; 3GLH A; 2XLJ A; 1HQC A; 2FS1 A; 2ZTC A; 4G3O A; 1NSF A; 2QCU A; 3FTD A; 2ZAM A; 1E9R A; 3HHX A; 1ORY B; 4L15 A; 1T43 A; 2J7O A; 2R4E A; 4G6Z A; 2F5P A; 4Q7J A; 4BLC A; 2I7N A; 1T6O A; 3H4M A; 4DUZ M; 3UK6 A; 1FNN A; 3GP1 A; 3THG A; 4X64 M; 2VQE M; 2XSZ D; 2LNH C; 2OO9 A; 2D7G A; 4LGM A; 2KZS A; 2CUZ A; 3RFW A; 4PCZ A; 1PJI A; 5KQ8 A; 2DHY A; 3EIH A; 1MN3 A; 1IQP A; 3CF0 A; 5KQD A; 3CTW B; 4IBD A; 4GH9 A; 1JB0 F; 4JI0 M; 2CHQ A; 1XNR M; 3FUV A; 4D81 A; 4REZ A; 1ZMU A; 3TWM A; 3GQ4 A; 1GO5 A; 1XMO M; 3DOA A; 4JXJ A; 4NC6 A; 3V76 A; 2DWZ B; 3LVW A; 2KW0 A; 1L1Z A; 1N33 M; 1JR3 D; 1TDH A; 1ZAE A; 2D7H A; 3ZH9 B; 4LFC M; 1EE8 A; 4HEO A; 4JI8 M; 1IXS A; 1G4A E; 3K1J A; 4B7G A; 3DA1 A; 4ZPX A; 2G5G X; 3W67 A; 2V1U A; 2UUC M; 4K0K M; 4NRV A; 4DR2 M; 4R71 A; 1R2Y A; 4DR4 M; 4B3R M; 3FUU A; 4LZZ A; 2XH9 A; 4X66 M; 1WR1 B; 2KEB A; 3CF2 A; 1TTE A; 4HLQ A; 3KOZ E; 4IBC A; 4LJ9 A; 2VQF M; 2EUC A; 3MK6 A; 1KYI A; 2EO2 A; 1L2D A; 4JI6 M; 3T6P A; 4MGZ E; 3VLF B; 2CHV A; 3FYC A; 3LVV A; 4YY3 M; 1OTR A; 2YQZ A; 3U6L A; 2B3T A; 1GKI A; 1V33 A; 1V34 A; 3GLH E; 2RGO A; 3NBX X; 2Z4R A; 3FTF A; 4Y28 F; 1NNJ A; 4GRI A; 3HX3 A; 3U6E A; 3U61 B; 3KXE C; 4IIW A; 4DV5 M; 4F2L A; 1IBM M; 5LMU M; 3GLI B; 4M0D A; 1IN6 A; 5ITU A; 3HU1 A; 3D8L A; 4IBG A; 4QNR A; 1JR3 E; 4L16 A; 2MRO B; 3U6S A; 1L1T A; 2KNA A; 4NRW A; 2DAE A; 2DWL A; 1NJG A; 1HT1 E; 5KO3 A; 4AG6 A; 2EJS A; 1Q39 A; 2DAK A; 2R44 A; 4IBJ A; 1TGU A; 1D2N A; 3UGJ A; 1GJS A; 1ZMW A; 2KDL A; 5JI3 E; 4KO8 A; 5FTJ A; 2ERC A; 3PNV A; 3QWL A; 1TR8 A; 1QVR A; 1ZMV A; 4GMQ A; 3CGW A; 1E9S A; 1GL6 A; 1VEG A; 2G8L A; 3ZC7 B; 2UUA M; 3GLF A; 1N77 A; 3T38 A; 1VDD A; 2QP9 X; 3KOX E; 4GKK M; 4LGY A; 1OKS A; 2DAI A; 3VDU A; 1X37 A; 4D82 A; 1IY1 A; 3A46 A; 2LH0 A; 3SAW A; 3UZU A; 4Z6Y A; 3L25 A; 1GAB A; 1DGB A; 1XXH A; 1EFU B; 2Y0Q A; 3M7G A; 3NBI A; 5E6J A; 1QZE A; 5ITR A; 2ZAO A; 1W5S A; 1HQY E; 1YUB A; 2LHC A; 3SFZ A; 3AV0 A; 3C9P A; 3K92 A; 1L8Q A; 5EQT A; 3GLG A; 4ITQ A; 3QYB A; 1DGH B; 4MGH A; 2UXB M; 4QNM A; 2OQ4 A; 1QYR A; 1IM2 A; 2GQF A; 1AIP C; 2K47 A; 4XGI A; 3TPZ A; 1R7R A; 3U60 B; 2UU9 M; 1TDZ A; 1HNX M; 2BNK A; 4R7G A; 2M60 A; 3JAM S; 2JP7 A; 3GLI E; 1VEJ A; 3B7Z A; 2RRU A; 4OX9 M; 4XK8 F; 4L78 A; 3K2L A; 2Y20 A; 4CIS A; 2QZ4 A; 4FWD A; 3IG5 A; 2Z8Y M; 1VDL A; 2UUB M; 4GHA A; 3I4Y A; 4IBK A; 3IHP A; 2DWN A; 1I4W A; 1OFH A; 2KRU A; 1DGF A; 1GJT A; 3VFD A; 3HJS A; 1K82 A; 2DZO B; 3AKZ A; 3T1Y M; 2R4J A; 4HL4 A; 1XNQ M; 4FCW A; 1Z5C A; 1OQY A; 3ILK A; 3A98 B; 3L2A A; 4LJ6 A; 4PD2 A; 1OFI A; 2R65 A; 2P5T A; 3L26 A; 1WHC A; 2Y0T A; 1R4G A; 1FJG M; 3GRR A; 4OVZ A; 4LF7 M; 2MH8 A; 1QAN A; 1TH3 A; 1XHB A; 3B7Q A; 1C1K A; 2JUJ A; 2KZU A; 2OOB A; 5E26 A; 3GLF E; 2GNO A; 5H37 D; 4F1I A; 2C96 A; 2KXE A; 2X8A A; 2O01 F; 2V6Z M; 5BPV A; 2L7H A; 1NJF A; 3GLH B; 1QDR A; 4FWH A; 5ITY A; 2JNH A; 1J5E M; 1DV0 A; 4KHP M; 4GKJ M; 4W5W A; 2KNV A; 1XXH E; 3TWK A; 2FE8 A; 4DV7 M; 3J81 S; 1IN4 A; 1E94 E; 2VF8 A; 1DGG A; 2FNA A; 3L28 A; 1MU5 A; 4LF5 M; 3KS4 A; 4LFA M; 4X65 M; 3GLG E; 2CV1 A; 1E32 A; 3LCU A; 4AW4 A; 1KSF X; 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