The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
110
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sequence length |
322
|
structure length |
312
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Chain Sequence |
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
|
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Escherichia coli
|
total genus |
110
|
structure length |
312
|
sequence length |
322
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ec nomenclature |
ec
4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase. |
pdb deposition date | 1999-09-12 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF13406 | SLT_2 | Transglycosylase SLT domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Bacterial muramidase | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lysozyme | Lysozyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IIZ A; 1CJ7 A; 1YRO A; 2MEC A; 1LJG A; 2YBM A; 4G49 A; 2DQJ Y; 4NFV A; 4OWA A; 4AXT A; 2ZNW Y; 2ZYC A; 1JHL A; 9LYZ A; 1OUH A; 1ZV5 L; 1OUF A; 4HV1 A; 1GBW A; 3A93 A; 1BB7 A; 3LZT A; 1GAZ A; 1HNL A; 4CGE A; 3AGH A; 5LVK A; 3A94 A; 5LVG A; 1HEM A; 3TXB A; 1G7H C; 1D0K A; 1YAM A; 1UIC A; 1EQ5 A; 2FBB A; 5C6L A; 4WO6 A; 1IOQ A; 2LYO A; 1BVK C; 2MEI A; 194L A; 1IP6 A; 1LZT A; 1B5X A; 2BQD A; 1IO5 A; 3KAM A; 3AZ6 A; 5I4W A; 5KXK A; 5ILF A; 1LSB A; 1NWG A; 1XGR C; 1GE1 A; 2BQM A; 2B5Z A; 2YDG A; 3A34 A; 3AZ5 A; 1LMA A; 1NBY C; 3G3B B; 3HBE X; 4WM3 A; 4N8Z A; 2NWD X; 3A3R X; 2HED A; 1LMP A; 3TXG A; 3CQL A; 3TXH A; 5KXP A; 1LZ5 A; 4NG8 A; 1LHH A; 2D6B A; 5EBH A; 5JEN B; 4XJF A; 1IP5 A; 1DQJ C; 3CB7 A; 3W6A A; 1QSW A; 5LVJ A; 1YAN A; 1UID A; 5FDJ A; 4BAP A; 1QUT A; 1YAQ A; 1IVM A; 3WPL A; 1QSA A; 1BWJ A; 4H8Y A; 3P4Z A; 1O23 A; 4DD7 A; 1IR8 A; 1LHK A; 4WLY A; 3G3A B; 4L41 A; 4DD0 A; 1NDG C; 3N9E A; 4PPO A; 5IEL A; 4HTK A; 5E4P A; 2EKS C; 1J1X Y; 3HBD A; 1D6Q A; 1LKR A; 3B0I A; 1IWV A; 3B0O A; 1JJ0 A; 1YKY X; 2YSS C; 3AZ4 A; 4NHP A; 3P64 A; 1GB3 A; 4OWE A; 4XJG A; 1A2Y C; 4XN6 A; 3CSQ A; 4DD3 A; 3T36 A; 1TDY A; 4HSF A; 1FLU A; 3WU8 A; 2Y8P A; 2H9K A; 4H93 A; 2MEH A; 208L A; 3P68 A; 1IWT A; 2Z19 A; 2CGI A; 1JIS A; 1FN5 A; 1IOC A; 4B4I A; 1JIT A; 1GB0 A; 5IDD A; 2CDS A; 1OUI A; 1WTN A; 1GF0 A; 2HTX A; 3LYZ A; 4LFP A; 5FCP A; 3W6E A; 2BQO A; 5ILC A; 1GXX A; 2BQA A; 2MEE A; 1JKB A; 1QQY A; 1B7O A; 1LHM A; 2AUB A; 5M1Y A; 2YBJ A; 4IJ4 A; 1CKF A; 1DPX A; 3B6L A; 2H9J A; 3WPK A; 4NEB A; 4FDY A; 3QE8 A; 1BQL Y; 4G4C A; 3W3E A; 1LMC A; 2EPE A; 1IX0 A; 1F10 A; 2BQG A; 2D4I A; 4YEO A; 3N9C A; 1GBX A; 1LSP A; 1RE2 A; 5APC A; 4E3U A; 1BWH A; 5LYM A; 1GE4 A; 5F9U A; 1LSM A; 1LSC A; 2Z12 A; 3A95 A; 2BLX A; 5KXW A; 2A7D A; 4WO9 A; 1IWW A; 5HMV A; 2XTH A; 2DQE Y; 3LYT A; 5DM9 A; 1LJI A; 4Z46 A; 132L A; 2HU3 A; 1ZVH L; 3W6F A; 1AM7 A; 4LYO A; 1EL1 A; 5L9J A; 1CKD A; 1HFX A; 1HSW A; 1YL0 X; 1IEE A; 3CT0 A; 4ET9 A; 1HML A; 1WQO A; 4NGV A; 1RFP A; 1BGI A; 4H94 A; 4TTD A; 1VAT A; 3TXI A; 2ZNX Y; 3WUA A; 1GE2 A; 4ETB A; 2N5Z A; 5KXT A; 6LYZ A; 4G4H A; 1IOS A; 1V7T A; 1GF5 A; 2HUB A; 1LMT A; 1VDQ A; 4KPM A; 4N0J A; 1DPW A; 3WMK A; 5LA8 A; 5DL9 A; 3OJP A; 4N1C C; 5LIN A; 1B7N A; 1LHI A; 1XGQ C; 1B0D A; 1NBZ C; 1XEJ A; 1GBS A; 4GN4 A; 1NQI A; 1C46 A; 4GLA A; 1OUC A; 3WYH A; 2ZQ3 A; 4OWC A; 4HPI A; 5KXL A; 1LSE A; 5A3E A; 1INU A; 3CSZ A; 1QTK A; 1B7P A; 4NGK A; 1J1P Y; 5KKI A; 4G9S A; 1B5W A; 1YQV Y; 3E3D A; 2DQG Y; 2YBI A; 4FJR A; 1ZMY L; 1BVX A; 1B7M A; 1LCN A; 2ZWB A; 4NWE A; 1TBY A; 1B5Y A; 3WUM A; 1YIL A; 3EO5 A; 4LYT A; 3EXD A; 1GFE A; 1IP4 A; 1B7L A; 2CWI A; 4ETC A; 1KIQ C; 1LJE A; 4NIJ A; 3ZVQ B; 1OQM A; 1VED A; 4PGJ B; 1D0L A; 4J1B A; 3RNX A; 1LSF A; 1XSF A; 2EQL A; 1MLC E; 4MCK A; 3OK0 A; 5L3H A; 1NF5 A; 3FI7 A; 1IY4 A; 1HMK A; 4TWS A; 3RW8 A; 4BAD A; 1C08 C; 2BQB A; 1UIH A; 1F0W A; 1GBO A; 4UWU A; 1VDT A; 1LMQ A; 135L A; 1VFB C; 4X3B A; 4GN5 C; 4NGL A; 4OOO A; 5FEK A; 1GAY A; 1CJ9 A; 1UBZ A; 2RSC A; 3A96 A; 4G4B A; 5I54 A; 3AW7 A; 4YOP A; 1YKZ X; 4XJH A; 5LYT A; 1XGP C; 1JSE A; 2F30 A; 3TMW A; 4M4O A; 3WW6 A; 1UA6 Y; 1V7S A; 4W94 A; 4PRU A; 3J6K A; 4NGO A; 4OWB A; 1LJ3 A; 3IJV A; 3SP3 A; 2LYZ A; 1FLY A; 1LZB A; 2YBN A; 1GFG A; 4H9F A; 5KXN A; 4YEM A; 5K7O A; 1JWR A; 1YL1 X; 1GF7 A; 3P66 A; 1YKX X; 4DC4 A; 2DBT A; 4MST A; 1LZ9 A; 1QTE A; 4NGZ A; 2W1Y A; 1LHL A; 1KIR C; 4HV2 A; 1CNS A; 4WOA A; 1JPO A; 4RLN A; 3CT5 A; 1HEN A; 1UCO A; 4NGJ A; 1TEW A; 2ZIK A; 1LSA A; 2I26 L; 5LAF A; 1IC5 Y; 4UWN A; 4WLX A; 4WM1 A; 4OW1 A; 1BB5 A; 3BKH A; 3WL2 A; 5B59 A; 1DI5 A; 3ULR A; 4H9E A; 3M18 B; 5LYZ A; 1LMO A; 1GF4 A; 8LYZ A; 1REX A; 2CJL A; 1C43 A; 4WM6 A; 1DXJ A; 3ATN A; 3QY4 A; 5KXS A; 4TUN A; 4CFO A; 1B5V A; 1LAA A; 2XBR A; 1WQR A; 4DD2 A; 1JTT L; 1KXX A; 1GB6 A; 133L A; 1IWZ A; 1GE0 A; 1GFT A; 2BQE A; 2ZIL A; 1MEL L; 1B5U A; 4ZIX A; 2DQH Y; 1JKD A; 1LMN A; 3WUL A; 3BKV A; 5KXR A; 1REY A; 3AGI A; 5HLL A; 1EQ4 A; 4HJV A; 1JSF A; 1DKJ A; 1OUD A; 4KT3 A; 1IR7 A; 3A90 A; 5B1G A; 1A4V A; 5LVH A; 3P65 A; 5DLA A; 4LYB A; 2XJW A; 1XFP L; 1UIE A; 2HEA A; 4RLM A; 2MED A; 3WXU A; 1GE3 A; 1N4F A; 4BS7 A; 1IOR A; 4H1P A; 4DT3 A; 4GCE A; 1QIO A; 1NDM C; 1VAU A; 1UC0 A; 1AT6 A; 3FE0 A; 1LZC A; 3J4G A; 3LHM A; 4GCC A; 5C6I A; 4N5R A; 4ZEE A; 1IWU A; 1HEW A; 1LHJ A; 4YF2 A; 1H87 A; 1AKI A; 3TMU A; 5FEL A; 2D91 A; 1WVU A; 1GFV A; 1ZVY B; 3TMX A; 5KXM A; 1P2C C; 1GFH A; 1BB4 A; 1GBZ A; 1OUG A; 1HHL A; 3D3D A; 4H9I A; 4WM5 A; 1BB6 A; 2Z38 A; 3AJN A; 2Z2E A; 4YM8 A; 1PS5 A; 4NG1 A; 5F9X A; 1REM A; 4UWV A; 2LYM A; 2PC2 A; 5I4Y A; 1LZD A; 4Z3M A; 3A92 A; 1HEL A; 1GDW A; 4GCD A; 2YBH A; 4LT0 A; 2Z37 A; 4N1E I; 4P2E A; 5D5F A; 1XEK A; 4EMN A; 3AW6 A; 4NGY A; 4MR1 A; 4YEN A; 4WL7 A; 4GCF A; 3D9A C; 1REZ A; 3WU7 A; 1IY3 A; 3F6Z A; 3B72 A; 1UIF A; 3WUN A; 3LN2 A; 5DN5 A; 5B1F A; 1GFA A; 4QY9 A; 5II3 A; 4LT1 A; 4H8Z A; 1IR9 A; 1B7S A; 5KKJ A; 2BQJ A; 5F81 A; 2HEB A; 3WH1 A; 1WQP A; 3RZ4 A; 1IC4 Y; 2HEC A; 5I4X A; 1G7J C; 1T6V L; 4H8X A; 4LGK A; 3RT5 X; 3TXJ A; 4NSG A; 4WM2 A; 1D0M A; 3M3U A; 3TMV A; 4OOT A; 3EMS A; 1CKG A; 2FYC A; 1UIG A; 1WTM A; 4N9R A; 3K3T A; 2W1X A; 1CKC A; 1JTP L; 1GFJ A; 1AZF A; 1LYS A; 4KXI A; 4GN3 A; 1LSD A; 4NY5 A; 1HFZ A; 1VDP A; 4H92 A; 3WVX A; 1KXW A; 4NGW A; 1OUE A; 1GEV A; 4XJD A; 1HSX A; 1SLY A; 1C45 A; 3WXT A; 1T3P A; 3AB6 A; 1WQM A; 1LSN A; 4II8 A; 2C8O A; 2LHM A; 3B0K A; 1LJK A; 2DQF C; 2MEG A; 1AT5 A; 1CJ6 A; 4WG7 A; 4NWH A; 1PZY A; 5E9R A; 4R6C A; 2MEB A; 4DWX A; 1JUG A; 5DN4 A; 4NHS A; 3QNG A; 4LT3 A; 2BQI A; 4LYM A; 4ANR A; 4LYZ A; 5J7C A; 1DKK A; 1RCM A; 4XAD A; 4M6D A; 1BWI A; 5APE A; 1EQE A; 1UIA A; 3LYM A; 1GDX A; 4H91 A; 1FBI X; 4QEQ A; 1C7P A; 2BQN A; 2BQK A; 5F14 A; 1OP9 B; 1OUB A; 4TX7 A; 4ETA A; 2BQC A; 2I6Z A; 1NKH A; 5I53 A; 4C5F A; 4J7V A; 5LXW A; 1WVV A; 4CJ2 A; 1SQ2 L; 2FYD A; 1FDL Y; 1GF3 A; 1G7I C; 1KXY A; 2YBL A; 4H9H A; 153L A; 1DI3 A; 1E8L A; 1HEO A; 1F6R A; 4D9Z A; 4HTN A; 1YAO A; 1GHL A; 1QUS A; 1GEZ A; 5APD A; 5C6J A; 4DDB A; 4B49 A; 4ZFP A; 2I25 L; 4XYY A; 3CT1 A; 4C3W A; 2FBD A; 1LYO A; 1LZG A; 1C10 A; 207L A; 3IWR A; 5AMY A; 5B06 A; 1GB9 A; 3RU5 A; 1GD6 A; 1WQN A; 1LZE A; 3GXR A; 3HFM Y; 4XEN A; 1LOZ A; 3TXE A; 3LYO A; 2X0A A; 5B07 A; 1HEP A; 1VDS A; 2DQA A; 4RW1 A; 5D5C A; 3TXD A; 4WLT A; 1GF8 A; 4GCB A; 4NSI A; 1LJF A; 1CJ8 A; 1FLQ A; 1I20 A; 3IJU A; 1LJH A; 3ATO A; 4PHI A; 1GF9 A; 3TXK A; 2YVB A; 1GFR A; 4HPE A; 5LAG A; 2Z18 A; 1B9O A; 2WAR A; 2W1L A; 1HER A; 1GB5 A; 2D4J A; 4H9B A; 1B7R A; 3ZEK A; 3GXK A; 4NSH A; 4LFX A; 4ETD A; 5KXZ A; 1HF4 A; 4NSJ A; 4TSC A; 1GB8 A; 1DZB X; 5B05 A; 3WU9 A; 1LZ1 A; 2HEF A; 5T3F A; 1LPI A; 2C8P A; 1NMM A; 4DDA A; 4IAS A; 1BB3 A; 1GB7 A; 1JJ1 A; 1LZ4 A; 1OUA A; 4IAT A; 4AGA A; 2VB1 A; 4LYC A; 5F16 A; 154L A; 1IWY A; 2BQH A; 2LZT A; 4HTQ A; 4NHQ A; 4O34 A; 2HU1 A; 4CFP A; 1JKA A; 3WW5 A; 3W6C A; 2IHL A; 1UUZ C; 1LTM A; 2MEA A; 1B2K A; 4H90 A; 4WLD A; 1BHZ A; 2G4N A; 2F4G A; 1LYY A; 2F2N A; 1TAY A; 4H9C A; 1QDT A; 4U3X B; 4XJB A; 2BQL A; 2BQF A; 1LZR A; 1IOT A; 1QDR A; 1FKQ A; 4NHT A; 1W6Z A; 4Z98 A; 5LVI A; 4WG1 A; 1WQQ A; 2Z39 A; 2ZYP A; 2F4A A; 1I56 A; 1LSY A; 4DDC A; 5FST A; 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