1D0MA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a and (glcnac)2
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
total genus 110
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0mA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0mA02
1RI8B 1XGRC 2YBLA 4IJ4A 4H8YA 2LZ2A 1LZ9A 5B05A 5DN4A 1XSFA 1REMA 1I1ZA 2H9JA 4H94A 4CFOA 5KKIA 2N5ZA 5C6JA 2D91A 3GXKA 1CJ9A 2F4GA 1OUAA 1OUEA 153LA 2W1YA 4N8ZA 1UIGA 1GE4A 135LA 2B5ZA 3M3UA 3TXHA 4C3WA 4OWHA 5KXYA 1XEIA 4LYTA 1B2KA 1NWGA 1B7QA 4OWAA 1LPIA 1LCNA 4NGKA 1XGPC 5B1GA 1IC7Y 2BQGA 1LSBA 194LA 2YBNA 4QGZA 1C10A 4PJ2C 4NHQA 1KXWA 1KXXA 3TMVA 2CDSA 3W6DA 1LJFA 1GF5A 1GFAA 1HERA 3A94A 1GB2A 4N9RA 5LVGA 4OWEA 1DI5A 1NF5A 2YDGA 1QQYA 1NHEA 1JTTL 1LSNA 1LMNA 4UWVA 1GFJA 2X0AA 2DQCY 3EXDA 3AGHA 4YM8A 3EBAB 5FEKA 1O23A 4ETAA 3A8ZA 4ETDA 3A91A 1NMMA 5LAGA 3N9AA 1IOQA 3AZ5A 1EQEA 4YENA 5K7OA 1GB5A 4IASA 1IC5Y 2YBIA 1LZEA 1BVKC 1YL1X 4YEOA 1IORA 3A6CY 3VWOA 4CGEA 4LT0A 4H9HA 5HMVA 5KXWA 1G7LC 2BQFA 3N9CA 2DQDY 4LGKA 4WLDA 4YF2A 4NSHA 1HFXA 1IWXA 1BQLY 1HNLA 1YROA 2LYZA 2XTHA 3FI7A 3WPKA 2DQJY 2DQHY 1GWDA 1WQRA 1LZNA 3K3TA 4H9CA 1JITA 5FHWA 4HJVA 4J1AA 3LZTA 4NGWA 4GLVA 5KXNA 2ZWBA 5DLAA 3WUAA 1AZFA 4DYGA 1HEPA 1LMPA 1UIBA 1GFEA 4OOTA 3W6BA 4Z41A 4NGJA 2Z37A 1G7HC 5KJ9A 1LJIA 1DPXA 4I8SA 4H9IA 1JSEA 5I5QA 3QNGA 1GB0A 1IWZA 1HF4A 2FYCA 2VB1A 3P64A 2IFFY 3ATNA 1LZSA 3J6KA 5E9RA 6LYZA 1IC4Y 2LHMA 4XN6A 3EMSA 1VAUA 1GF4A 4R6CA 1LZ8A 1UICA 2BQEA 2Z2EA 4B4EA 4N1EI 2ZIJA 1WQPA 1OUHA 2ZILA 2XJWA 3AW7A 1QDTA 1BB3A 4WO9A 1REXA 3B6LA 4LYMA 2G4PA 1UCOA 1H87A 4XJDA 3J4GA 5B06A 3KAMA 5LVHA 1GBSA 1BB4A 1HFZA 1SLYA 2BLYA 1D0LA 1W6ZA 2A7FA 2BQLA 4N0JA 3TXJA 2GV0A 3CSRA 5KXSA 5KXTA 1BVXA 1JHLA 2DKVA 2DQFC 2XBRA 4H92A 1IR8A 3W6CA 1F6RA 1B9OA 4PRQA 4J0LA 2HEDA 4XADA 1LSEA 1GB6A 1YKYX 4HTNA 3CQLA 4OWBA 1KIPC 1JJ3A 3LYMA 1LHKA 1PS5A 1TAYA 1IY4A 1LSAA 4NSGA 1LZ1A 2HEEA 3LN2A 1QSAA 3IJUA 5APEA 3WUMA 2A7DA 1LSFA 4MCKA 1B7SA 4WG1A 5APDA 1DPWA 1JKDA 207LA 4KT3A 1UIDA 1FKVA 3AGIA 1B7RA 4B4JA 4KXIA 2CWIA 1IR9A 3WW5A 1QTEA 3WULA 4II8A 4NFVA 4G49A 3BKVA 4WLYA 5APFA 1LSYA 3TXBA 4DWXA 1LJGA 1GBZA 1LZCA 3A93A 3A92A 4HPIA 3B0KA 2I6ZA 2H9KA 3E3DA 4LFPA 4ETCA 5KXRA 4G4HA 2BAAA 1VDQA 4QDNA 1MLCE 1GFUA 1BWJA 4HP0A 1OUBA 1JTOL 5C6LA 1B5WA 1GE2A 1YKZX 1IX0A 1QUTA 1HSXA 5DN5A 1GE3A 5J7CA 4NHTA 1LJKA 1KIQC 2BQJA 2ZIKA 1HMKA 1EQ4A 1HHLA 4NHSA 2BQOA 1DZBX 4NGZA 1GE0A 4GCDA 5LAFA 4EMNA 5ILCA 1KIRC 3ZVQA 1LYYA 3ATOA 4DDBA 1LYOA 1GEVA 3BKHA 5LVKA 4W96A 3WL2A 4TUNA 1EQ5A 3P68A 1XGQC 1B5ZA 5LIOA 5I4YA 4NEBA 1SQ2L 3WYHA 1GFGA 4M4OA 1W08A 1LZRA 4LFXA 4WLXA 3RNXA 132LA 1H6MA 1LZTA 1V7TA 2BQBA 1UIAA 1LMCA 1IP4A 1REZA 1UC0A 2D4IA 6LYTA 1GBOA 3ULRA 1QDRA 5DM9A 4AXTA 1OUGA 4ETBA 1BB5A 2H5ZA 5KXPA 1DKJA 1I56A 1IOSA 4X3BA 1IWWA 1OUFA 1HSWA 1UBZA 4WM3A 5AMYA 5LA5A 2ZNXY 2YBMA 5LA8A 1IOTA 4DD3A 1HC0A 1AKIA 4H93A 1I20A 1LHHA 2MECA 3A90A 5B07A 3AZ4A 1CNSA 2Z39A 1GEZA 1J1OY 4QY9A 5II3A 4DD0A 3LYOA 2YVBA 4XJIA 5T3FA 1GD6A 2W1LA 1LSPA 2HEFA 1RJCB 1IVMA 4H1PA 3CT0A 4WM1A 2HEAA 3W6AA 1C46A 4TX7A 1OP9B 4WL6A 2BLXA 4XENA 1GFRA 5B1FA 1B5VA 4FJRA 2Z18A 8LYZA 1LYSA 1OUDA 1C7PA 1WQNA 1VATA 3W6FA 1UA6Y 2DQEY 4DD2A 1GHLA 4XYYA 1WVUA 4D9ZA 1JTPL 1HEWA 1UIHA 3SP3A 4B0DA 1QUSA 1AT5A 4LT1A 2I26L 1LJ3A 2LYMA 4LT2A 1NKHA 4XJHA 1YILA 4NGLA 1FLWA 2IHLA 5FSTA 1WVVA 1G7IC 4C5FA 5HLLA 4H9AA 1B5XA 3M18B 1B5UA 4H9BA 1JEFA 208LA 3WXTA 4H90A 4PRUA 1NBZC 1IP2A 1YAQA 134LA 1D9UA 4RW1A 1JSFA 4BADA 3AB6A 1JKBA 1LHMA 1TEWA 4WG7A 3TXKA 3T36A 3B0OA 1D6PA 4H91A 1IEEA 4Z3MA 2C8OA 2EPEA 1JJ1A 2G4NA 1REYA 4TSCA 1IP1A 1LZDA 3N9EA 3WUNA 4B4IA 2FYDA 1GAZA 5A3ZA 5IHGA 3D3DA 5M1YA 1JJ0A 1IO5A 4WM5A 4MSTA 1ZVHL 2CGIA 2ZYPA 2EKSC 3HBDA 1YL0X 4GCBA 4NG8A 5KXKA 5F9XA 1WTNA 1HEMA 1A2YC 4GCCA 1JIYA 1JWRA 3F6ZA 4XJFA 4B1AA 4DD9A 1LMAA 3AYQA 1P2CC 4G4BA 4NSIA 4UWUA 3ZEKA 1F0WA 2BQNA 3AW6A 3OK0A 2F4AA 3LYZA 3LYTA 4YOPA 5F81A 4O34A 1CKCA 1YAOA 4FDYA 3WU9A 4GCEA 4NY5A 3AZ7A 5KXZA 1G7MC 1GF9A 2YSSC 1XGUC 2CJLA 4GLAA 2DBTA 2DQIY 1TCYA 1B0DA 2BQHA 2PC2A 2YBHA 4DC4A 5LINA 1IY3A 4WL7A 2ZNWY 1GFKA 3ZVQB 4ET8A 1BB7A 2ZYCA 4HJZA 1GAYA 1LZAA 1TBYA 2BQKA 3A67Y 1CKGA 5B59A 3G3BB 4TSBA 1UACY 1HFYA 3WH1A 3T6UA 4NGYA 3AJNA 4BAPA 5L9JA 1LAAA 1LHLA 4W94A 1E8LA 4HTQA 1LOZA 4GN5C 5C6IA 1IP6A 2DQGY 1GF3A 4NGVA 1DKKA 1T6VL 2F2NA 1LMOA 2MEEA 5I53A 3W6EA 5E4PA 1LSGA 4P2EA 4OWCA 4HSFA 5ILFA 1HEQA 2HEBA 5APCA 1YIKA 4DD7A 4XJBA 1FLQA 1VEDA 3A95A 3CSQA 5FELA 1GF8A 1XFPL 2ZQ4A 1LMQA 4QEQA 1EL1A 4HJYA 4RLNA 1YANA 4B49A 1LTMA 1CKHA 3IJVA 1UIFA 4J1BA 1GF7A 3A6BY 2Z12A 3LZ2A 1LZ5A 2BQAA 3WXUA 3OJPA 4NSJA 3RU5A 1GBWA 4H9FA 1LJNA 193LA 1IP7A 2MEIA 5I54A 1LZGA 1QSWA 3HBHA 3HFMY 1GB8A 4HV1A 5FCPA 4CHXA 2D4KA 2MEFA 4ML7A 3TXGA 1OUIA 4GN3A 3B72A 3WVYA 4DD1A 2HU3A 4HV2A 1ALCA 1GF0A 1MELL 1VDSA 4IATA 4AGAA 5IELA 1LJJA 1OUJA 4ET9A 5LVIA 5KKJA 5F16A 1B7PA 3WMKA 1LZ4A 2MEAA 3LHMA 3QY4A 3WVXA 1LJ4A 1RCMA 4ZIXA 4H8XA 2Z19A 1AM7A 1VDPA 2W1MA 1BGIA 1LKSA 1PZYA 154LA 1GDWA 4NHIA 4WM6A 4Z46A 5IDDA 1NDGC 1ZVYB 1LSZA 1FBIX 3RZ4A 1GFVA 2MEBA 2W1XA 4PHIA 1GXXA 3QE8A 1LJEA 1GB9A 4G9SA 4LYCA 3TXIA 1XEKA 1V7SA 4HPEA 4A7DA 4WM4A 2RSCA 1LZBA 1B7LA 1DQJC 4LYOA 3RW8A 3A96A 1AT6A 2F30A 1FLUA 2HECA 4OOOA 5HNLA 1JKCA 2ZQ3A 5HQ1A 1HENA 5LVJA 2MEGA 4DDCA 1N4FA 3GXRA 5I4XA 2DQAA 1INUA 5LYMA 2AUBA 4DT3A 1UUZC 4WMGA 5KXOA 1LSCA 1GDXA 4NWEA 2NWDX 4NWHA 2HTXA 5KY1A 1IP3A 4ANRA 3EO5A 2C8PA 1JKAA 1YAMA 3A3QA 4HTKA 1J1PY 1GB3A 1HMLA 3AZ6A 4UWNA 7LYZA 5KXLA 2EIZC 5D5FA 1HEOA 5I4WA 3WW6A 4BS7A 2G4QA 1GB7A 3TXEA 3FE0A 1HELA 2MEDA 2FBDA 4XJGA 3B0IA 2YBJA 3CSZA 3TMUA 5LYTA 1C08C 1WQOA 5L3IA 1GXV2 2XBSA 1BWHA 1IWUA 1OUCA 3TXDA 4WOAA 4R0FA 4H9EA 3P65A 133LA 1CKFA 3TMXA 4N5RA 4PGJB 1GBXA 5F9UA 4E3UA 5KXMA 1IOCA 4WLTA 4L41A 4EOFA 2Y8PA 1LSMA 1F6SA 1FDLY 1G7JC 1TDYA 2Q0MX 1J1XY 1IIZA 1NDMC 1IWVA 1YQVY 1WTMA 1F10A 4YEMA 3G3AB 1D0MA 1LZ6A 1XGTC 5D5CA 1RE2A 4NHPA 4TTDA 4KL7A 5L3HA 1DI4A 4MR1A 5DL9A 1T3PA 1GF6A 1D6QA 1IR7A 4WM2A 3TXFA 4NIJA 4DDAA 1XEJA 1LMTA 2D4JA 3A34A 1C43A 1CJ6A 2HU1A 4LT3A 2HUBA 3IWRA 1B7NA 1LJHA 3CT1A 4KPMA 5EBHA 4ZEEA 2EQLA 4WO6A 1C45A 1LHIA 1NBYC 1IWYA 2FBBA 1LHJA 1JISA 1B7MA 3TMWA 1IP5A 3WPLA 1NQIA 1B7OA 2I25L 1B5YA 4ZFPA 2BQMA 1JUGA 4I0CA 4NG1A 3CT5A 4U3XB 9LYZA 1FKQA 1YAPA 3MGWA 5HNCA 3W3EA 1LKRA 5LXWA 3A3RX 4TWSA 2LYOA 1LZYA 5LYZA 3D9AC 1CJ7A 5A3EA 4RDSA 5KXXA 1WQQA 1QIOA 3AGGG 1UIEA 1WQMA 1YKXX 2Z2FA 1ZMYL 4GN4A 1BB6A 4OW1A 3WU7A 1A4VA 1JPOA 1GE1A 4ETEA 4J7VA 4LZTA 4PPOA 3RT5X 2BQDA 3P66A 1IWTA 1VDTA 4NGOA 5F14A 2BQIA 3WPJA 4LYZA 1FLYA 1BWIA 1DI3A 1DXJA 2LZTA 3WU8A 1QTKA 4G4CA 2MEHA 1VFBC 3CB7A 2BQCA 4LYBA 4RLMA 4CJ2A 1OQMA 2BPUA 3P4ZA 2Z38A 5HMJA 1D0KA 1GBYA 4BAFA 1RFPA 4M6DA 1CKDA 1BHZA 4CFPA 4N1CC 1GFTA 1GPQC 4GCFA 4RW2A 1KXYA 1LSDA 4H8ZA 3HBEX 1ZV5L 1Z55A 4NGIA 4Z98A 1GFHA 5JENB 2D6BA 1LYZA 2WARA 1FN5A 5FDJA 1CJ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AG5A 3AOEA 4B3SM 1LYHA 1QTZA 5DN4A 176LA 1NNJA 1PQDA 1IY0A 4CFOA 5KKIA 5C6JA 4RF0A 1IQPA 3HH4A 5KQDA 4DQ5A 1QUHA 2B5ZA 169LA 228LA 2L4EA 227LA 4LJ9A 1B2KA 4DR3M 1CX7A 4OWAA 4LF4M 1LCNA 4DBGB 4NGKA 1XGPC 4NXNM 3KS4A 189LA 1C10A 4PJ2C 3W6DA 1GB2A 5LVGA 1IBLM 4OU7A 1JTTL 5ITYA 3J80S 1L1TA 4YM8A 4Z8XA 3EBAB 5FEKA 1O23A 1NMMA 216LA 3VLFB 1IOQA 1EQEA 1GB5A 4YEOA 4I7SA 3N9CA 1C6JA 4PD2A 2XTHA 1HNLA 1L0KA 245LA 2LYZA 3FI7A 2DQHY 1WQRA 3K2RA 4NL4H 2J5YA 164LA 2UUBM 1L68A 4NGWA 3WUAA 5B59A 3J2PB 114LA 4OOTA 1L00A 2Z37A 3UMMA 2JY8A 1QQWA 125LA 1C6FA 1LV7A 2Z8YM 5KJ9A 1XC8A 1L14A 4I8SA 3QNGA 2E5LM 1HF4A 1NJGA 2IFFY 4DV3M 3HY5A 1LZSA 3J6KA 4RF1A 2CHVA 3EMSA 4XN6A 186LA 4R6CA 1L50A 262LA 1OAOC 2ZIJA 1WQPA 2DAKA 2ZILA 4PJZA 3B6LA 2G4PA 1UCOA 4AKIA 145LA 3J4GA 3KAMA 1SLYA 2A7FA 3F92A 5KXSA 5KXTA 1L2CA 1BVXA 2L7HA 1N77A 4LRTA 3SN6R 1T8AA 4J0LA 5ITQA 3KP0E 3CQLA 1L66A 1A5TA 2O79A 4EKSA 1LHKA 3U5ZA 1LYIA 222LA 219LA 4GKJM 2XFTA 4NSGA 3CF0A 2HEEA 143LA 1PQOA 1YLAA 2XZUA 2K9DA 1PJTA 1LSFA 4MCKA 1B7SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1LYH A;  1QTZ A;  5DN4 A;  176L A;  1PQD A;  4CFO A;  5KKI A;  5C6J A;  3HH4 A;  4DQ5 A;  1QUH A;  2B5Z A;  169L A;  228L A;  227L A;  1B2K A;  1CX7 A;  4OWA A;  1LCN A;  4NGK A;  1XGP C;  189L A;  1C10 A;  4PJ2 C;  3W6D A;  1GB2 A;  5LVG A;  1JTT L;  4YM8 A;  3EBA B;  5FEK A;  1O23 A;  1NMM A;  216L A;  1IOQ A;  1EQE A;  1GB5 A;  4YEO A;  4I7S A;  3N9C A;  1C6J A;  2XTH A;  1HNL A;  1L0K A;  245L A;  2LYZ A;  3FI7 A;  2DQH Y;  1WQR A;  3K2R A;  164L A;  1L68 A;  4NGW A;  5B59 A;  3WUA A;  114L A;  4OOT A;  1L00 A;  2Z37 A;  125L A;  1C6F A;  5KJ9 A;  1L14 A;  4I8S A;  3QNG A;  1HF4 A;  2IFF Y;  1LZS A;  3J6K A;  4XN6 A;  3EMS A;  186L A;  4R6C A;  1L50 A;  262L A;  2ZIJ A;  1WQP A;  2ZIL A;  4PJZ A;  3B6L A;  2G4P A;  1UCO A;  145L A;  3J4G A;  3KAM A;  1SLY A;  2A7F A;  5KXS A;  5KXT A;  1BVX A;  3SN6 R;  1T8A A;  4J0L A;  3CQL A;  1L66 A;  4EKS A;  2O79 A;  1LHK A;  1LYI A;  222L A;  219L A;  4NSG A;  2HEE A;  143L A;  1PQO A;  1LSF A;  4MCK A;  1B7S A;  1L82 A;  5APD A;  1JKD A;  207L A; 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