The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
SSVEELTQLFSQVGFEDKKVKEIVKNKKVSDSLYKLIKETPSDYQWNKSTRALVHNLASFVKGTDLPKSELIVNGIINGDLKTSLQVDAAFKYVKANGEASTKMGMNENSGVGIEITEDQVRNYVMQYIQENKERILTERYKLVPGIFADVKNLKELKWADPRSFKPIIDQEVLKLLGPKDERDLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural conservation of an ancient tRNA sensor in eukaryotic glutaminyl-tRNA synthetase.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Glutaminyl-tRNA synthetase
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molecule tags |
Ligase
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source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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total genus |
68
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structure length |
186
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sequence length |
186
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ec nomenclature |
ec
6.1.1.18: Glutamine--tRNA ligase. |
pdb deposition date | 2011-08-29 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
X | PF04558 | tRNA_synt_1c_R1 | Glutaminyl-tRNA synthetase, non-specific RNA binding region part 1 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TL4 X; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MLG A; 1TH3 A; 1TWC J; 3CJR B; 2O7O A; 4AIJ A; 2OUM A; 2VPR A; 3I3L A; 4U88 A; 3GRR A; 1BOB A; 2W82 A; 4P16 A; 1P4A A; 4LLL A; 3CMY A; 1IXC A; 1ZGA A; 3F8N A; 2JY7 A; 2QEN A; 4I4L A; 1B9N A; 4ZDP A; 4RF0 A; 2LH0 A; 4BHC A; 4NC8 A; 1WJF A; 2ZSH B; 2G3Q A; 3K9P A; 3ABL H; 3J80 Z; 3OYN A; 2QSF X; 1ZMU A; 1R5H A; 1G4D A; 2DOF A; 3SBJ A; 2JRM A; 3AL0 B; 1GAB A; 3F0C A; 4XOT A; 2EK5 A; 2DWN A; 1VQ5 I; 4GYG A; 2L9N A; 3HOY J; 4QNR A; 1HJP A; 1XGN A; 1U3E M; 5CVV A; 2OOA A; 3LSM A; 2R18 A; 2IA0 A; 2LOO A; 2GA2 A; 4CIS A; 1ETY A; 1P6R A; 2E7X A; 5LD2 C; 2BYV E; 4IHT A; 4XLF A; 2R6F A; 4MQV A; 4E7K A; 1LV7 A; 3GEZ A; 2RNJ A; 5FJ8 J; 2XAJ A; 2R92 J; 1YSY A; 1P9Q C; 1HOM A; 4BXU A; 1KGS A; 1ON1 A; 3I01 M; 1XTA A; 3KDS E; 5E20 A; 5CQE A; 4JN6 A; 1XDS A; 1KU7 A; 3K1N A; 2RQQ A; 1A6I A; 3BC8 A; 5J8F A; 2MLK A; 1L2D A; 4MFD A; 2E5L M; 1DV0 A; 1D1B A; 4H0E A; 1T38 A; 1G6N A; 1TDH A; 5KQ8 A; 1P2F A; 1PJJ A; 1Q1H A; 2XUB A; 4GIP A; 2NAZ A; 2F5N A; 1SFK A; 3I04 M; 4NC6 A; 3ECO A; 4LJ6 A; 1IN4 A; 3MHV C; 1BIB A; 1FBU A; 3HOX J; 4V19 K; 3GRY A; 3R9X B; 2MRO B; 5EP2 A; 3KOW E; 5C18 A; 1TH4 A; 4OX9 M; 1WCM J; 1WJA A; 1YG2 A; 4CIC A; 4B08 A; 4MHG A; 1T0F C; 3VYR B; 3L09 A; 4GO1 A; 3SFI A; 2A5W A; 2VJ4 A; 3SDG A; 3HU2 A; 4CXF A; 1Z59 A; 1N77 A; 2Z8Y M; 3DPT A; 5GPA A; 2OA4 A; 3FTF A; 2Q8K A; 4KIT B; 1IM2 A; 4P17 A; 1UMQ A; 1FP2 A; 2LNH C; 1MX0 A; 3ISP A; 3OR2 C; 2VKE A; 4YFN F; 3JTG A; 2PJR A; 2K85 A; 1F1Z A; 3IUO A; 1GUU A; 3HPG A; 2HPI A; 1QVR A; 1SD7 A; 2BXZ A; 3E3V A; 3BTC A; 3JRB A; 1X4O A; 1GJS A; 2XAH A; 3HUG A; 2EA2 A; 2CQX A; 1XMA A; 4LG0 A; 1AWC A; 2QUF A; 4EAT A; 1F43 A; 2Z1D A; 1O7F A; 4Q5S F; 3GTG J; 2XFS A; 5EXX A; 3EET A; 2EIJ H; 1A5T A; 3THG A; 2RKO A; 1S29 A; 3LSI A; 2FUG 2; 5J40 A; 4AVZ A; 3ABT A; 2R7U A; 3K0L A; 2KFD A; 2FNP A; 1ETO A; 2ECC A; 2OOB A; 3JRH A; 1Z1D A; 5LGN A; 2HU9 A; 1XSX A; 3IHU A; 4HF0 A; 1FC3 A; 2OCC H; 3ZR8 X; 2RVC A; 2R5Y A; 1R9T J; 2NOJ B; 3U61 A; 2JZY A; 3Q8X A; 1H89 C; 1Z6T A; 1LNW A; 4BU2 A; 5DM6 F; 4FX4 A; 5CKT A; 4A5N A; 1GKI A; 3T1Y M; 1QGP A; 4YII A; 4XLP F; 2MBF A; 2F5P A; 1FIP A; 4M0D A; 1POG A; 4E7I A; 1CF7 B; 3KFW X; 7CAT A; 5HOO A; 4WF2 A; 4A3K J; 4UUS B; 1SEU A; 3W2V A; 4J19 A; 3IG8 A; 2C5R A; 2AQF A; 1VQK I; 2LY1 A; 2DMU A; 2HHH M; 3M1C A; 1OIP A; 3LQR A; 4DYC A; 5LEJ A; 1Y0N A; 3DFZ A; 2E1M B; 2B0L A; 2FFJ A; 1MH3 A; 2F4O B; 1QAN A; 1R4N B; 3SZG A; 1YLF A; 1FMV A; 2KZG A; 3N97 A; 1L0O C; 2ADU A; 3D5R C; 1R2Z A; 5JLX A; 2E2H J; 4AZF A; 4C3H J; 1DO2 A; 2ZME C; 2VOO A; 3FIS A; 1N36 M; 3QPL A; 3TGN A; 4CZZ A; 4F7Z A; 4CZC A; 3I4V A; 3FXU A; 1Z91 A; 3Q0W A; 3IRQ A; 1D5V A; 2GZW A; 5AON A; 3DPU A; 2WAD A; 2Y21 A; 4D82 A; 1PM5 A; 3V76 A; 4DGW B; 2W84 A; 1IXR C; 3JR9 A; 5F0F A; 2VF7 A; 1SXJ B; 3KP1 E; 1ENH A; 2VBW A; 1QZZ A; 2D2W A; 1OLT A; 4RAZ A; 3CCM I; 2EKK A; 1Z3Y A; 4EJO A; 3PQJ A; 2A68 F; 2F5D A; 3L9F A; 3TED A; 1G3T A; 2LYC A; 1SAX A; 3KS8 A; 3CDI A; 1G59 A; 5K1Y A; 2FBH A; 2P4W A; 5TJJ A; 1K6O A; 3REO A; 3JCU C; 3H0G J; 9ANT A; 3W0L B; 2LLK A; 2XAU A; 1YS6 A; 4IBF A; 2R45 A; 5IYD J; 1W5C C; 3ZH9 B; 2XAS A; 2Z3Y A; 3GCM A; 2ERC A; 2DYR H; 5D8L B; 4M9S A; 3OY9 A; 1ZAE A; 1RR8 C; 2LVA A; 5ILS A; 3A01 A; 2X1D A; 2DAM A; 5KHD A; 3GLI B; 1TW2 A; 3GRV A; 1U5T A; 1X4P A; 4G4R A; 4DR1 M; 3S3N A; 2CW7 A; 2ESN A; 2IRF G; 2MH9 A; 3M8E A; 4A0X A; 1XCV A; 3Q5F A; 1HR0 M; 1SC7 A; 2M45 A; 3KZZ A; 4BBA A; 4Y52 J; 3WU2 C; 2DVW B; 3VSK A; 3HHG A; 3M8F A; 2WV0 A; 4FX0 A; 2IGM A; 1BR4 A; 2A3S A; 5IRE B; 3CTA A; 2E34 A; 3WTU C; 3SC3 A; 3DCF A; 3U5Z B; 1R6R A; 4S05 A; 4L0Z B; 1FEX A; 2XZU A; 1HW1 A; 2X6W A; 1IJW C; 1VND A; 3M07 A; 5HLG A; 5EDN A; 2RN7 A; 5K7H A; 1R23 A; 2XGC A; 3VK7 A; 2M30 A; 3VDU A; 4E7H A; 1TTE A; 1Z6R A; 1SMY F; 1QZY A; 3VOD A; 3CUO A; 1FX7 A; 2J5P A; 4HSR A; 4PGG A; 1PGY A; 2HEO A; 4XK8 F; 5B5E C; 3T6P A; 5FLX S; 3SAT A; 1I6H J; 3GTQ J; 1OMI A; 3GLF B; 1NHW C; 2ZKZ A; 3F6O A; 4XGI A; 3C2B A; 3K10 A; 4LK0 F; 1MU5 A; 5F64 A; 3TQN A; 3FKJ A; 4R7G A; 3VYT B; 3GO8 A; 5HDN A; 3U21 A; 5EYR A; 3B89 A; 2COM A; 4KT5 C; 2K9L A; 3DV8 A; 2A07 F; 3WHK A; 2DMN A; 2NS7 A; 2R46 A; 3GYH X; 3BG7 A; 2QF7 A; 2RRU A; 4B3A A; 2EIL H; 1VQ1 A; 1G8P A; 1MMG A; 1V54 H; 2R44 A; 2JSC A; 3GLG E; 4RB0 A; 4DR3 M; 3V4G A; 3HOU J; 1CUK A; 3MEX A; 3QRF F; 5DCF A; 4XQF A; 5J47 A; 1E3P A; 4HF1 A; 2EPF A; 5ILV A; 4OMZ A; 3I56 I; 3A0B C; 2Y2Z A; 4IRH A; 3FD9 A; 1IY0 A; 2H8R A; 1MMA A; 4EV0 A; 2XSJ C; 3WHL A; 3F8B A; 4DV7 M; 2M4K A; 3WE3 A; 2ZNY A; 3CF6 E; 2OAZ A; 3IRR A; 3SJM A; 2F4M B; 3KLN A; 3PM1 A; 3FXO A; 1Z05 A; 4NSO B; 1I6X A; 3DEE A; 1ETW A; 2XV4 S; 3ESW B; 2ZJ2 A; 3VYU B; 2XRL A; 2E19 A; 2H27 A; 1TQM A; 2WZJ A; 2L7K A; 5EQT A; 1FMW A; 2BY2 A; 1BR1 A; 1U9O A; 1DPR A; 4YFX F; 4UUS A; 4R79 A; 2VON A; 2VC1 A; 3MD2 A; 1DGF A; 1V3F A; 5LBQ A; 1UHW A; 2OJE D; 4CCK A; 4OU7 A; 1UEL B; 4IBG A; 5KO3 A; 4N9I A; 4BUP A; 2BNK A; 3OYC A; 5A2Q Z; 1Z77 A; 5C4J J; 1KQ0 A; 2LDU A; 2R65 A; 4MTE A; 5K7F A; 3F21 A; 2MAB A; 3TWL A; 3DEW A; 1QU3 A; 2DWM A; 2G9W A; 4XRS G; 1VQ4 I; 2ZJQ F; 3MKL A; 1IV6 A; 4AC0 A; 2RV8 A; 2F5O A; 3P7N A; 4I0A A; 2VT3 A; 4CHU A; 4XON A; 2RGV A; 3OS2 A; 4QPQ A; 3D8B A; 4RB2 C; 2CMP A; 3QAU A; 4NNJ A; 4GGG A; 4CA0 A; 2BWE A; 2DNA A; 2FOI C; 2TDX A; 5H6Q A; 1SXJ A; 4CJ6 A; 4R1H A; 5ICC A; 5FO5 A; 2F48 A; 2CRG A; 2MC4 A; 2ISY A; 3CC4 I; 1Y39 A; 2BXY A; 3FM3 A; 4XMY A; 1MBE A; 1MND A; 3DPL C; 1V55 H; 4BJ6 C; 1HST A; 3O3K A; 1ZN2 A; 2CP8 A; 1HSJ A; 3ABM H; 3RKY A; 1L2C A; 5H6R A; 1L3L A; 3RKW A; 4IBC A; 3TW6 A; 2XKP A; 3I9V 2; 3FX3 A; 2NQ8 C; 1OYY A; 2FJ1 A; 1FIA A; 4IBB A; 4L5E A; 2ESH A; 2JWS A; 3HSF A; 3IH4 A; 3RZO J; 1OR7 A; 1WGL A; 3HHY A; 3WTS C; 1L1T A; 2IAI A; 2OZU A; 3DKX A; 4GKJ M; 2VF8 A; 3LSK A; 4HOB A; 5IY5 H; 3L2R A; 1YS7 A; 1N78 A; 5L3C A; 2J5O A; 3PNT A; 3GLI A; 3M9A A; 4CYC A; 4DUZ M; 1RPW A; 2CEA A; 2P81 A; 3OL3 A; 3B9P A; 5J1U A; 1SG9 A; 2EBI A; 2VBX A; 4BKX A; 1K7A A; 5H20 A; 3CUQ B; 1W0U A; 2Z7J A; 1TWG J; 4AD9 A; 1VEJ A; 2DMQ A; 4E7L A; 4XKV A; 2D45 A; 2CGP A; 3P9I A; 3BZK A; 4G94 A; 1XDU A; 1LEA A; 5CVJ A; 3BR6 A; 2FH0 A; 5CVU A; 5DTD A; 3PJR A; 3OMY A; 3GQ4 A; 4KMU X; 4HRI A; 5GP9 A; 3DEU A; 3BBZ A; 3GZ6 A; 3L26 A; 5K7Z A; 3MZ8 A; 1RUN A; 1IDZ A; 2KZS A; 1WQ2 A; 4HZF A; 3W67 A; 4Q4Z F; 1DU6 A; 2DI3 A; 1JTX A; 4LJ8 A; 2WY8 Q; 4GXO A; 1FZP B; 3A2K A; 3FTD A; 5GAG J; 4JQF A; 2HYF A; 4L8R C; 2HKJ A; 2VKD A; 1Y8R B; 1SAN A; 3ZQL A; 5ITX E; 2HVQ A; 1W5T A; 3GP1 A; 2XRN A; 1IDY A; 1EKE A; 3U9G A; 4NXM M; 2KMU A; 2G0E A; 4A3V B; 3IWZ A; 2HYJ A; 3S15 J; 1NVM A; 2QNJ A; 5LRR A; 2IVM A; 2MGW A; 3ZOB A; 3ERE D; 2OD5 A; 2PLY A; 1R4G A; 1P4X A; 1FYL A; 3U60 B; 2O3F A; 2VJ5 A; 2JMW A; 1XB4 A; 1B1B A; 1VI0 A; 3ASO H; 2VB6 A; 2HZD A; 2EJS A; 3OWT A; 2Y0S N; 4PK4 A; 4EEF G; 2F4I A; 1KQ9 A; 4FCY A; 1IN8 A; 2LKP A; 3SFZ A; 2XAG A; 2ZAN A; 2L5Q A; 3HRS A; 4ANR A; 4B1R A; 5TGT A; 3ZMV A; 3K69 A; 2CE7 A; 3A42 A; 2DDA A; 1X19 A; 2ZXW H; 1EH8 A; 5EZH A; 1S72 I; 2AS5 F; 5DCM A; 4U7B A; 5JI2 E; 1LDK B; 1MDM A; 4NC7 A; 1KA8 A; 2E7W A; 4S04 A; 3GTK J; 4G4Q A; 1U0J A; 5EG0 B; 4NSR A; 2HOE A; 1ZRF A; 4B3S M; 4XM3 A; 1P4W A; 4LMY A; 3LSJ A; 2ZNZ A; 1SAU A; 2DOD A; 4CHT B; 2ELH A; 3MJ5 A; 3E7L A; 4N4O B; 5FKN A; 3LA3 A; 3S1R J; 2CWB A; 1J7K A; 2VII A; 1IZ1 A; 2NXN B; 5ITT A; 4QSH A; 3LSG A; 5D5X B; 2L09 A; 2Z3X A; 5ITY A; 2DK5 A; 1I5Z A; 4CCN A; 4ZJZ A; 1ORY B; 4R3D A; 1DP7 P; 2JRT A; 4LGW A; 1VDL A; 4FAS D; 2VKH A; 4P9U A; 4M0W A; 2XF5 A; 5LHG A; 2P5V A; 4A3I J; 2XPV A; 1ZRE A; 2JWT A; 3IC7 A; 1ZAO A; 5FD5 A; 2V9P A; 1MMS A; 2NVQ J; 3HKZ A; 5J1Y A; 3AL0 C; 2K9S A; 4IQJ A; 3BG6 A; 1FTT A; 3I4N J; 4ZC3 A; 1L8Q A; 2EQR A; 1U5T C; 3VDX A; 3FMR A; 4Y28 F; 4UNO A; 4BJT A; 1QHH D; 3RTR A; 1Z7L A; 2V4J C; 3RZD J; 3VEP A; 2L7F P; 2IPQ X; 1FPQ A; 1S7O A; 3LVV A; 2CFO A; 2LH9 A; 5EEG A; 3G4S I; 1LEB A; 4OIN F; 1MBG A; 3FXR A; 5BQT A; 2LHC A; 3JTH A; 4A12 A; 1YJW I; 5M3F J; 3MKY B; 3AAF A; 3ZQI A; 1ITY A; 3VLF B; 2LVP C; 1ZYR F; 1F4K A; 2XGX A; 3C9P A; 2QA4 I; 2JPB A; 1JKP C; 5EP4 A; 4JI1 M; 3KET A; 2R7D A; 1TR8 A; 3MN2 A; 1UFZ A; 2M7B A; 4A2U A; 5L3E A; 3FUW A; 2NRA C; 4U0W A; 5EF6 A; 5LRS A; 4IL6 C; 1QHG A; 4U0Y A; 1GL6 A; 1RKT A; 4CIZ A; 4M3D A; 5FTK A; 4QTR A; 3CCU I; 1F9N A; 1TLH B; 4M9Z A; 3UJN A; 3FDY A; 1N33 M; 1MIJ A; 1WI9 A; 1QUS A; 1QA6 A; 3Q9V A; 2R5Z A; 2UXD M; 1NO1 A; 3PFI A; 4LGM A; 4GHA A; 1F36 A; 1A31 A; 2DI0 A; 1KYW A; 3GW2 A; 4HX7 A; 1XCB A; 1FT9 A; 4JV5 M; 3R6S A; 4M9X A; 1W7P B; 2DT5 A; 2CYY A; 3NWT A; 3QP6 A; 1HQC A; 1YJN I; 4MQ9 F; 1Q02 A; 2BBY A; 5HS7 A; 1VQ8 I; 2P5T A; 3SXY A; 1JKQ C; 1WKM A; 2CQ7 A; 1HXD A; 5AIQ A; 3S16 J; 1IRZ A; 1GO5 A; 5L8R F; 1FBQ A; 2R7T A; 3G6E I; 4OAY A; 3FUV A; 2HDC A; 3W6V A; 4G9Y A; 3S2W A; 2L2D A; 2ZAO A; 2DOA A; 2KRC A; 4BE1 A; 2R7V A; 4ENJ A; 3RPU D; 4MFE A; 2EFQ A; 4QOZ C; 3I59 B; 4DYQ A; 3L27 A; 3K9O A; 1N75 A; 4A3E J; 3VKG A; 3CP8 A; 1SD4 A; 3H92 A; 4DV1 M; 1QUT A; 1MGT A; 3KP6 A; 2DZO B; 3TWK A; 2Q0O A; 4UUT A; 1OIS A; 3CCV I; 4UV9 A; 1QAM A; 3TL4 X; 4G6Z A; 3FBN B; 3ZCO A; 3PIP F; 1OCP A; 3JAM S; 3CF5 F; 2X1C A; 2QEX I; 4MGZ E; 4LIV A; 3HU1 A; 1MMD A; 2DA7 A; 1O3T A; 3U60 A; 5L3G A; 3LA7 A; 3KP0 E; 2DAI A; 4XIC A; 1OCR H; 3TO6 A; 4XK4 A; 1M1E B; 1FOK A; 1K82 A; 3LSH A; 4L9N A; 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