The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
46
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structure length |
46
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Chain Sequence |
GSQWQPQLQQLRDMGIQDDELSLRALQATGGDIQAALELIFAGGAP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the ubiquitin-associated domain of human BMSC-UbP and its complex with ubiquitin
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Streptococcus sp., homo sapiens
|
| molecule keywords |
chimera of Immunoglobulin G binding protein G and Ubiquitin-
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| total genus |
10
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| structure length |
46
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| sequence length |
46
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-02-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DV0 A; 1VEJ A; 1E94 E; 4R71 A; 2G3Q A; 2WZJ A; 4Q7J A; 1IXS A; 3GLH E; 1OTR A; 1ZMU A; 2EKK A; 2DNA A; 3BBZ A; 1WJ7 A; 2JNH A; 1P3Q Q; 2DKL A; 2JY7 A; 2EKF A; 1ZMW A; 1WR1 B; 1VDL A; 2JP7 A; 2OOA A; 2EJS A; 1IM2 A; 2LVA A; 1C7Y A; 4G3O A; 2HAK A; 1OKS A; 1T6O A; 1R4G A; 1F4I A; 1VEG A; 2LVP C; 1JR3 E; 1ZMV A; 2KNZ A; 1G4A E; 3MMP A; 1EFU B; 1Q02 A; 1CUK A; 1NV9 A; 3LCU A; 4UN2 B; 3GLI E; 2JY6 B; 2JUJ A; 1XXH E; 2MR9 A; 2H5X A; 1V92 A; 2CWB A; 1IFY A; 1PGY A; 5JI2 E; 2L2D A; 2OOB A; 1HT1 E; 2OO9 A; 2KNA A; 3E46 A; 2DHY A; 3GLF E; 1WIV A; 4GEW A; 2R0I A; 4WP2 A; 1HJP A; 1YLA A; 2QHO B; 1A5T A; 3IHP A; 1AIP C; 2BWB A; 1NV8 A; 2BWE A; 2K9D A; 3FE3 A; 2L4E A; 1WGN A; 3GLG E; 3K9O A; 1G3I A; 2LBC A; 2ZTC A; 2DAM A; 1TTE A; 1HT2 E; 1KYI A; 1OQY A; 3H4J A; 4DBG B; 3K9P A; 2DI0 A; 1VQ1 A; 2ZTD A; 2JZ1 A; 1OAI A; 2LVN C; 2LVQ D; 2DAG A; 1SG9 A; 2LVO C; 2JY8 A; 3IEC A; 1GO5 A; 2MRO B; 1WHC A; 2JZ0 A; 1Y8G A; 1DO0 A; 2MJ5 B; 2DAE A; 1TR8 A; 1T43 A; 4F2L A; 1MN3 A; 1VEK A; 3FRI A; 3LCV B; 2L4F A; 1ZV1 A; 2DZL A; 2RRU A; 1QZE A; 3FRH A; 2DEN A; 2QNJ A; 1BVS A; 2O25 A; 1VG5 A; 4F1I A; 1G41 A; 5DFL A; 1WGL A; 1XB2 B; 2DAI A; 2HWJ A; 4HEO A; 3T6P A; 3F92 A; 3B89 A; 2LTU A; 1UFZ A; 2JY5 A; 2MGW A; 3E21 A; 2QSF X; 2DAK A; 2B3T A; 2CP8 A; 2KNV A; 1HQY E; 1DO2 A; 2K0B X; 2KHH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GLI B; 1NHG C; 2HL7 A; 1R5L A; 2ZAO A; 3L29 A; 1E94 E; 4LGY A; 2G3Q A; 3M0E A; 4Q7J A; 2OPF A; 4FD2 A; 1EE8 A; 1J7K A; 3HWS A; 1OTR A; 1ZMU A; 4ANR A; 4K0K M; 4AKG A; 2K6B A; 1XXH B; 1DGH B; 3FTE A; 2DHR A; 1HNZ M; 4I8O A; 1OIZ A; 3W0L B; 2RKO A; 3SMP A; 5BR8 M; 2XSZ D; 1P3Q Q; 2DKL A; 3SAU A; 5C1B A; 2XF3 A; 2G5G X; 3U6S A; 5KPZ A; 4JI3 M; 2ERC A; 3SAR A; 3C3E A; 1VDL A; 2C9C A; 1IM2 A; 4AW4 A; 3U6C A; 1XNQ M; 4IBD A; 1IN5 A; 1TF0 B; 2DVW B; 2HAK A; 1Q3B A; 1J5E M; 4MGK E; 3PXG A; 2F5S A; 3HHY A; 3HHX A; 1HNW M; 1D2N A; 2LVP C; 3BXW A; 3GQ5 A; 1D0M A; 3L2A A; 3OTO M; 1NY5 A; 1Z59 A; 3L28 A; 4A3V B; 4DR7 M; 2C99 A; 1EFU B; 1DGG A; 2H1R A; 4LFB M; 4PD2 A; 4B7H A; 3KP0 E; 2R46 A; 2JY6 B; 4EIW A; 5FTL A; 2BJW A; 3B7N A; 4NSR A; 1GVN A; 2JUJ A; 1ZQ9 A; 1X37 A; 4YHH M; 3FYD A; 2GNO A; 1IBL M; 5LMN M; 4DR6 M; 4RNA A; 2CRU A; 2LWX A; 4DR2 M; 3FUU A; 4AKI A; 2L2D A; 3KOZ E; 4OX9 M; 3CF2 A; 1I4W A; 3UGJ A; 3GQ4 A; 4M0W A; 4HLQ A; 4B3S M; 4JI5 M; 3C9P A; 2JWS A; 4IJF A; 3GLF E; 5EP1 A; 1WIV A; 4GEW A; 1W5S A; 3KOX E; 2FNA A; 4II7 A; 3RGP A; 3UJN A; 4L4U A; 2NQ8 C; 4WP2 A; 2F5N A; 1A5T A; 3FYC A; 4GHL A; 4FVM A; 2JA2 A; 4LJA A; 4IJE A; 4KHP M; 4JYA M; 1IQP A; 2AHM A; 2BWB A; 4B7G A; 2K9D A; 1AUA A; 3HZJ A; 2FS1 A; 5ITT A; 4DUY M; 3U61 A; 3GLG E; 3I04 M; 3TQS A; 4GKJ M; 4GKK M; 1ORY B; 2ZTC A; 4L16 A; 4IIW A; 1KYI A; 2Z4R A; 3H4J A; 3A46 A; 5KPR A; 2OQ4 A; 3EIH A; 1GAB A; 3FKE A; 3U61 B; 2RGO A; 3PNV A; 3PVS A; 4W5W A; 3U6O A; 4JI7 M; 1OAI A; 4B3R M; 1IY2 A; 4B3M M; 4NOO B; 3SAW A; 1DGB A; 1N75 A; 3FTD A; 4FCV A; 5KQD A; 2CHV A; 3UZU A; 3L26 A; 1SXJ E; 4IBF A; 3JAM S; 3W68 A; 3NBX X; 4LJ4 A; 1WHC A; 2JZ0 A; 3L27 A; 4LFA M; 4OU7 A; 1K82 A; 2MJ5 B; 3R9X B; 4WUR A; 4F2L A; 3CTW B; 4P16 A; 1VEK A; 3FRI A; 3C58 A; 3LCV B; 4M9X A; 2M5Z A; 2UXB M; 3KS4 A; 3KSX A; 2DEN A; 3QYE A; 3FUW A; 2Z4S A; 4LGM A; 4HL4 A; 1VG5 A; 2HKJ A; 5DFL A; 4AQY M; 1XMQ M; 1XB2 B; 5IZ7 D; 2E5L M; 2W82 A; 2QP9 X; 3ZQJ A; 4BB9 A; 4LF4 M; 2HWJ A; 4GH9 A; 5FTN A; 4HEO A; 4GC5 A; 3FTF A; 3RFW A; 3F92 A; 5FTK A; 1IBM M; 3VKG A; 2LTU A; 2JY5 A; 3DZD A; 5EJC A; 7CAT A; 4DV1 M; 2UUC M; 1QAQ A; 2MH8 A; 5EXS A; 1QDT A; 3WHL A; 3VLF B; 4AG6 A; 1GL7 A; 4I81 A; 3MHV C; 2XFS A; 1IN7 A; 3D8B A; 3K92 A; 3ZH9 B; 2KNV A; 4FWD A; 3TL4 X; 1XNR M; 1NJG A; 5KO3 A; 1GLN A; 4G4N A; 4QHT A; 2R44 A; 3J7A S; 1VEJ A; 2L7I A; 4G4O A; 2CUZ A; 4XBO A; 3TWM A; 1R2Z A; 2O01 F; 2RGH A; 3B7Q A; 3BBZ A; 3ZC7 B; 5F3W A; 1JQJ C; 3T1H M; 4FCT A; 5E26 A; 2XFT A; 1ZMW A; 2OOA A; 2EJS A; 2DWL A; 3HU3 A; 3KOW E; 4B7F A; 2QZ4 A; 5ITQ A; 4G3O A; 1QQW A; 2LHC A; 3GO8 A; 3GLI A; 4X64 M; 2J7N A; 3VK8 A; 4LJ5 A; 1R4G A; 2I7P A; 3FUX A; 3DA1 A; 4Z6Y A; 3VDU A; 3J81 S; 5FSW A; 3JR5 A; 2VII A; 2XZF A; 4OW0 A; 2FFJ A; 3HKP A; 3U6P A; 3U6L A; 1G4A E; 1V34 A; 1NO1 A; 1CUK A; 3KVW A; 4L78 A; 2XSZ A; 1Z6T A; 4L15 A; 4LCB A; 2CEA A; 4UN2 B; 5IWA M; 5FTM A; 4G4R A; 3QWL A; 1T3T A; 2J5Y A; 3GPX A; 4NRW A; 1IN6 A; 1NNU C; 2Y0T A; 2DZO B; 4DR1 M; 3T1Y M; 2ZAN A; 1QVR A; 4CIS A; 3B7Z A; 1SXJ D; 3HJQ A; 4DR3 M; 5H37 D; 1PM5 A; 1YSY A; 3A98 B; 2C9O A; 3Q8G A; 2CWB A; 2I7N A; 1IFY A; 1E9R A; 3KOY E; 3L25 A; 5JI2 E; 2OOB A; 2V1U A; 1N34 M; 1HT1 E; 1G8P A; 2KNA A; 1QAN A; 3GPP A; 2YQZ A; 1N78 A; 2R0I A; 1HQC A; 1Z5B A; 1YE9 A; 1YLA A; 3KP1 E; 4RF1 A; 5DYG A; 3IHP A; 3TWK A; 4NXM M; 1N77 A; 4QNR A; 3AFH A; 4BBA A; 1AIP C; 4QNM A; 2QEN A; 3TWL A; 3FE3 A; 4S12 A; 4LZZ A; 1WGN A; 3JR4 A; 5EP3 A; 1ZAE A; 4M9Z A; 1HNX M; 3K9O A; 3T15 A; 1G3I A; 3D8L A; 2DAM A; 1TTE A; 3FD9 A; 1OQY A; 4I4L A; 1TH2 A; 1GL6 A; 1PJT A; 1TDH A; 4FWH A; 4B08 A; 2R45 A; 1TGU A; 3H4M A; 2M60 A; 3K9P A; 1OFI A; 1VQ1 A; 4IBJ A; 4DV2 M; 2LVN C; 2LVQ D; 2F5O A; 1JR3 D; 1SG9 A; 2LVO C; 2X4A A; 3LMM A; 4JI4 M; 1I94 M; 2JY8 A; 2KRK A; 4JV5 M; 2QCU A; 3IEC A; 2C96 A; 4QOZ C; 1GO5 A; 5ITU A; 3HHZ A; 2F5P A; 3DFZ A; 1L8Q A; 1NVM A; 1QAO A; 4QOS A; 2XZU A; 1TR8 A; 2VQF M; 5EXP A; 1MN3 A; 4DV3 M; 2R62 A; 3SAT A; 2L4F A; 4LF5 M; 2R4E A; 3K1J A; 4FCW A; 2RRU A; 3J7B A; 2QBY A; 3LVW A; 2QNJ A; 4DUZ M; 3A42 A; 3AV0 A; 3HGI A; 3KDS E; 4LJ7 A; 1BVS A; 3VK7 A; 5ITY A; 1QAM A; 4FWG A; 4GC9 A; 3KS8 A; 2DAI A; 4R3D A; 4Z8X A; 1MX0 A; 2V6Z M; 3SMS A; 2G8L A; 3CGW A; 4CGY B; 2Q2E B; 2QBY B; 4CIZ A; 2YFQ A; 2L7H A; 4MB7 A; 4RF0 A; 3T6P A; 3THG A; 3R8F A; 3B89 A; 1KFV A; 3E21 A; 4YY3 M; 1Q39 A; 4GRI A; 1OAO C; 2XEP A; 4LRT A; 1QUT A; 4GIT A; 3HU1 A; 2B3T A; 3SBJ A; 3VKH A; 2F4V M; 1WXQ A; 4NC6 A; 1PJQ A; 3PFI A; 3U60 A; 3TPZ A; 3W0F A; 3MJ5 A; 4LF8 M; 1PJJ A; 5E6J A; 1NJF A; 1R6B X; 3BOS A; 5C18 A; 5ITX E; 3GLH E; 1VDD A; 3KSJ A; 2C98 A; 2EKK A; 1TDZ A; 1S3S A; 1LTM A; 1OIP A; 4MGZ E; 3SC3 A; 4RKU F; 3U60 B; 4KO8 A; 2CV1 A; 3GP1 A; 2JY7 A; 2EKF A; 4JXJ A; 4L6V 6; 1OFH A; 1MJG M; 2UXC M; 1WR1 B; 2JP7 A; 2R18 A; 1L1Z A; 2CE7 A; 2KZS A; 3AL0 C; 2ZAM A; 3AOE A; 3NBI A; 3U6Q A; 2DWZ B; 4NSO B; 1OJL A; 1K3X A; 1F4I A; 2ZBK B; 4MH0 E; 1VEG A; 1JR3 E; 3U6M A; 1ZMV A; 1N33 M; 1IY1 A; 3GPU A; 5A2Q S; 1Q02 A; 2FOI C; 3LCU A; 5LMU M; 4IBE A; 2CHQ A; 3GLF A; 5IT9 S; 2KA6 B; 3SYL A; 4X62 M; 1Z5C A; 4PT5 A; 3UK6 A; 4JI2 M; 1IXZ A; 1XWI A; 4B3T M; 4TUW A; 4AKH A; 4FW9 A; 5JI3 E; 2H5X A; 1H6U A; 1IY0 A; 4NL4 H; 4LF7 M; 3LVV A; 2L09 A; 1Q3C A; 3DOA A; 2D7E A; 1J09 A; 2OO9 A; 3I51 A; 4XK8 F; 5GKN A; 3T38 A; 5DYI A; 3GLF B; 3GLG A; 3HU2 A; 4JN6 A; 4PDG A; 3KW6 A; 2DHY A; 2CV2 A; 3B9P A; 1UM8 A; 5ITR A; 4REZ A; 2DXI A; 2YNM D; 1HJP A; 1IBK M; 2QHO B; 2K47 A; 2WSF F; 3VDP A; 3U6D A; 3QYB A; 4KLN A; 2BWE A; 4GIP A; 3GLG B; 1DGF A; 1JB0 F; 4AI6 A; 4DV7 M; 1SXJ A; 3Q8X A; 2BJV A; 1HT2 E; 4XGI A; 3AJI B; 1GJS A; 2VF7 A; 2UXD M; 2VF8 A; 2XGN A; 3A45 A; 2LNH C; 4DBG B; 4DV4 M; 1YUB A; 5KQ8 A; 2ZTD A; 1SXJ B; 3MK6 A; 3LQQ A; 1IXR C; 2DAG A; 3GRV A; 3SAV A; 3VFD A; 1QZM A; 4X65 M; 3LQR A; 2UUA M; 3SFZ A; 1N36 M; 1KSF X; 1Y8G A; 1DO0 A; 2D7H A; 3E4R A; 3GRY A; 2FH0 A; 2WSC F; 3NWL A; 2J7O A; 4JI6 M; 4G6Z A; 1ZV1 A; 5EQT A; 2DZN B; 4CHT B; 2EA0 A; 4P17 A; 5IRE B; 1QZE A; 3FRH A; 4WW0 A; 2APL A; 4DV5 M; 3FUT A; 1D0L A; 3GQ3 A; 3AKZ A; 4JI8 M; 3ZCB B; 1G41 A; 1GJT A; 4R7G A; 1WGL A; 3W67 A; 1JR3 A; 3I4V A; 3RGS A; 2LXE A; 4MGY E; 1FJG M; 2Y21 A; 1UFZ A; 2D7G A; 1QUS A; 1V33 A; 2A5Y B; 2BNK A; 2KZU A; 4LJ9 A; 4OVZ A; 3FUV A; 3SYK A; 2C5R A; 3IG8 A; 3KXE C; 1Z5A A; 2CP8 A; 4LZJ A; 1EIJ A; 1NNJ A; 2R4J A; 2HCB A; 2KW0 A; 4KT0 F; 2O5R A; 3GPY A; 4LRS A; 3GRU A; 2LHG A; 1DO2 A; 4MM3 B; 4LY6 A; 3M6A A; 3AOG A; 3B74 A; 4OVZ B; 1TH3 A; 4R71 A; 2WZJ A; 4I5S A; 4LFC M; 1IXS A; 1D0K A; 2DWN A; 1L2D A; 2UU9 M; 1RU3 A; 1E32 A; 1NY6 A; 4LF9 M; 2DNA A; 1FNN A; 5EP4 A; 1WJ7 A; 4QHS A; 2JNH A; 3UMM A; 2N35 A; 1K3W A; 1PJS A; 1IXS B; 2QQ8 A; 3FTC A; 4IBK A; 5DNY A; 1TH4 A; 3EIE A; 2LVA A; 1G59 A; 1C7Y A; 1G71 A; 2KEB A; 1OKS A; 1T6O A; 4LF6 M; 4DR5 M; 3I4Y A; 3RE8 A; 1MU5 A; 4JI1 M; 2Y20 A; 3HY5 A; 3IG5 A; 2KNZ A; 3U6E A; 5EXT A; 4DR4 M; 4D80 A; 3V76 A; 3MMP A; 4D81 A; 4AG5 A; 3WHK A; 1NV9 A; 4X66 M; 3GLI E; 2F5Q A; 3K8Z A; 3I01 M; 1PJI A; 5L8R F; 1R7R A; 1XXH E; 2MR9 A; 4BLC A; 4AZF A; 2JXN A; 1V92 A; 1PGY A; 4CJ6 A; 2X49 A; 1XC8 A; 3AOE C; 4IBG A; 1GKI A; 1NSF A; 3SAS A; 3E46 A; 2DWM A; 2XLJ A; 4ITQ A; 5EXX A; 2VDB B; 1HR0 M; 1IN4 A; 5FLX S; 3HHW A; 1L2B A; 4GHA A; 4IBI A; 4PCZ A; 2HHH M; 3J27 B; 3QAU A; 2YR0 A; 3SHF A; 1NV8 A; 2P5T A; 4M9S A; 2L4E A; 3J80 S; 4JI0 M; 1QDR A; 2VQE M; 2XH9 A; 1XMO M; 2LBC A; 2EUC A; 1C1K A; 2FE8 A; 3LW5 F; 2KRU A; 4LJ8 A; 2Z7J A; 4MGH A; 4DV0 M; 5EP2 A; 4DV6 M; 1NHW C; 2DI0 A; 1QYR A; 2JZ1 A; 2R6F A; 4NXN M; 3KFU G; 1E9S A; 3C3D A; 4PDI A; 1N32 M; 4GMQ A; 4G4Q A; 2Z3X A; 2MRO B; 3CF6 E; 3HJ8 A; 2LH0 A; 2X8A A; 2CV0 A; 1LV7 A; 2DAE A; 1T43 A; 1SXJ C; 4KOD A; 2L6O A; 3E9S A; 5FTJ A; 2R65 A; 8CAT A; 1DV0 A; 4IBB A; 2UUB M; 2DZL A; 3HX3 A; 3ILK A; 2KDL A; 4L8R C; 3J2P B; 1W5T A; 2O25 A; 1L1T A; 4F1I A; 4M0D A; 2CFO A; 4LJ6 A; 3SHG B; 2V1C A; 5BPV A; 3U5Z A; 1L2C A; 4D82 A; 3GRR A; 4IBC A; 2Y0Q A; 2WSE F; 3PNY A; 3TE6 A; 4Y28 F; 2MGW A; 3CF0 A; 2KXE A; 2QPA A; 3GLH A; 5ITX A; 4NRV A; 2GQF A; 2ZM6 M; 2QSF X; 2DAK A; 1IN8 A; 2EO2 A; 4LG2 A; 2CHG A; 1R2Y A; 2Z8Y M; 4ZPX A; 3K2L A; 1PRB A; 3HJS A; 3U5Z B; 1XXH A; 1DGH A; 1XHB A; 1HQY E; 3M7G A; 4MGI E; 5KPT A; 2K0B X; 3GLH B; 2KHH A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1DV0 A; 1VEJ A; 1E94 E; 4R71 A; 2G3Q A; 2WZJ A; 4Q7J A; 1IXS A; 3GLH E; 1OTR A; 1ZMU A; 2EKK A; 2DNA A; 3BBZ A; 1WJ7 A; 2JNH A; 1P3Q Q; 2DKL A; 2JY7 A; 2EKF A; 1ZMW A; 1WR1 B; 1VDL A; 2JP7 A; 2OOA A; 2EJS A; 1IM2 A; 2LVA A; 1C7Y A; 4G3O A; 2HAK A; 1OKS A; 1T6O A; 1R4G A; 1F4I A; 1VEG A; 2LVP C; 1JR3 E; 1ZMV A; 2KNZ A; 1G4A E; 3MMP A; 1EFU B; 1Q02 A; 1CUK A; 1NV9 A; 3LCU A; 4UN2 B; 3GLI E; 2JY6 B; 2JUJ A; 1XXH E; 2MR9 A; 2H5X A; 1V92 A; 2CWB A; 1IFY A; 1PGY A; 5JI2 E; 2L2D A; 2OOB A; 1HT1 E; 2OO9 A; 2KNA A; 3E46 A; 2DHY A; 3GLF E; 1WIV A; 4GEW A; 2R0I A; 4WP2 A; 1HJP A; 1YLA A; 2QHO B; 1A5T A; 3IHP A; 1AIP C; 2BWB A; 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