4LRTA

Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (aldolase/aldehyde dehydrogenase) from thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during nad+ and coa accommodation whithin the shared cofactor-binding site
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
APRVRITDSTLRDGSHAMAHQFTEEQVRATVHALDAAGVEVIEVSHGDGLGGSSFNYGFSAVDEIDLVAAAVDEAVNAKIAVLLLPGVGTVRDLKRAHDAGASVARIATHCTEADVSCQHFAAARELGMETVGFLMLAHRIGPEELARQARIMVDAGAQCVYVVDSAGALVLSDVQARVQALVREIGHEAQVGFHGHQNLSLGVANSVLAYQNGARQIDGALCALGAGAGNSPTEILAATFERLNIETGVNVQAALAAAEEVVRPYLPRLPWADRAAIVQGYAGVYSSFLLHAERAAERYGVPAHEILQRVGEAGYVGGQEDMIIDIAVQLAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldolase/Aldehyde dehydrogenase) from Thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during NAD+ and CoA accommodation whithin the shared cofactor-binding site
rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
molecule tags Lyase/oxidoreductase
source organism Thermomonospora curvata
total genus 136
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 4.1.3.39: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase.
pdb deposition date 2013-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF07836 DmpG_comm DmpG-like communication domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Helicase, Ruva Protein; domain 3 4lrtA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4lrtA01
4I7UA 1OX5A 4NVTA 1ONRA 2ZA1A 4NXKA 2J9YA 5FF7A 3W7LA 4QHSA 4XTIA 2HS6A 4N6FA 3T44A 1K03A 2I1OA 3CF0A 4WUIA 3N73A 4L16A 1WV2A 4AH7A 4Q4KA 1KW1A 4UMCA 3O6DA 2A6LA 2C96A 2V5BA 2VEPA 3HU1A 3A23A 4LVAA 1W5QA 3THQA 3A5FA 1OFAA 3NPUA 5I3GA 2Z4SA 2UV8G 2BSLA 4QAIA 3BGJA 2NX3A 4KFOA 1XDLA 5EXSA 2PRHA 1DORA 3FA5A 3A5VA 5K4ZA 5BRBA 4MY9A 4OV4A 2QENA 5EL1A 1EPXA 1X7FA 4O53A 4LS0A 3TW7A 3SSJA 5FTJA 2Z4RA 5DYIA 5DXYA 1KM1A 3TH6A 4M7TA 3EXSA 4Z08A 1XDMA 3W1QA 2Q8ZA 4O54A 3W7JA 3P74A 3UPWA 4MPQA 2DZSA 1Y0EA 2E5DA 3PG8A 4FNQA 3LERA 4BI7A 4RKAA 2DWZB 3B9PA 1XUZA 2RDWA 2FLIA 3KVKA 4FIQA 1R30A 1LBFA 1QWGA 2ABBA 1IN6A 2CHVA 1W37A 4LS1A 2FPYA 3CF2A 3A22A 3ATYA 1X1ZA 1ZAJA 4QOSA 4DO4A 5D05A 1A50A 1WYIA 2CEAA 3KXQA 4RV8A 1O5XA 4LVBA 2A6NA 4NJIA 5AC6A 3IGUA 3TR2A 3R8FA 1DQXA 3P7YA 1QPRA 2YXGA 3CHVA 4K8HA 5I3KA 3PSWA 2WOQA 1TV8A 2DZVA 3DFNA 5AHFA 1FWWA 2ZYFA 4RZ5A 3TXZA 2DJLA 4Y8FA 3TE9A 4EF8A 5BOOA 3S0CA 4AWTA 1C1KA 1O60A 3EWUA 3NQ8A 4I7VA 5D37A 1LP6A 1SFJA 2CU0A 3MHUA 1FWRA 3PXGA 1H62A 2ZRVA 4J9JA 4UTLA 1ME7A 3NQAA 3U2OA 4RZ6A 4AHQA 1MEWA 1R2RA 5F4SA 4A29A 3M5ZA 4Y6GA 1TYGA 1SXJA 3P62A 3W1XA 5CPLA 3Q58A 3QW3A 3W86A 1OFPA 1ME9A 3VKJA 4JIQA 5HUOA 1OFIA 3GXTA 3SIZA 4WY0A 1PCKA 3TXVA 1TPUA 2R62A 3LCXA 1QR7A 4E2DA 4DPQA 1KYIA 2NUWA 4IX2A 1UB3A 4N9BA 3O07A 3SJ3A 3TU9A 3W07A 1W5MA 4RCXA 3SGUA 1RR2A 3NQ2A 2VC6A 3HPZA 1QO5A 3E02A 3LXCA 3PF3A 1A5BA 3AO0A 1XBYA 1NY5A 1N7KA 2CZEA 3P5ZA 4I9AA 3CWOX 4KLNA 4IOTA 2RFGA 1TV7A 2B0MA 1XBZA 3LBCA 3W84A 1SXJD 3G1VA 5F4WA 1ZHAA 2Z0IA 3I68A 1G4SA 2WO5A 1B3OA 5L6UA 2NV2A 3NYZA 3NM1A 1OFHA 3FYOA 2H3BA 2OT0A 1IY2A 4FXRA 3G3MA 1W54A 4PCFA 5HUPA 5D09A 5FTKA 3UZJA 3E49A 3EKLA 1KV8A 3HGOA 1QOQA 1ZFJA 3HG2A 2NUXA 4WY0F 2QCDA 4UXDA 1OF6A 3MWAA 3GLHA 3OVPA 1F6PA 2Y88A 2QCNA 3SFKA 2FQIA 4LVDA 3B06A 2F84A 2O7SA 3ABQA 3W2LA 5KITA 2QCHA 3GDTA 4LVGA 1TTIA 1JCXA 5CZTA 5LKYA 2CLHA 4NQ1A 2WNZA 3UQNA 1IQPA 3L5MA 2WJZA 1KFLA 3U8GA 1FNNA 4OBTA 1QPQA 3B0VC 3EX1A 3W2UA 3OG3A 4S2CA 3USBA 3HG4A 2XN1A 4EIWA 5G1TA 2QF7A 3C6CA 3M0ZA 3NM3A 1CW2A 1H7XA 1H7OA 3O6YX 4XKYA 5KMYA 3R89A 1H50A 5G4EA 3IIOA 3Q94A 2WSQA 5FEZA 2ZCGA 2QBYB 3DU0A 1N8FA 2BXVA 4O4WA 3VNDA 1QO2A 1VQTA 1IXZA 3CB8A 3C61A 1LORA 5EBUA 1RD5A 3JS3A 4MKNA 3T40A 4A3VB 2QJHA 4NZJA 3FS2A 1DBTA 1SO5A 1OJLA 3PAJA 3GYEA 3WHLA 1CX9A 2XN0A 1T8XA 1XFBA 1L6YA 3DFQA 1TMHA 3L5LA 3I65A 4ORIA 3GK0A 2X2GA 1LLWA 2C15A 1TTQA 4LY8A 1Q6QA 4QQ3A 1OFEA 1SZGA 1EB3A 2E09A 3L0GA 1FDJA 3PB0A 4YMZA 3C3NA 2FB3A 5AB3A 5FEPA 2CW6A 2ZBTA 1AW5A 1QVRA 1J7KA 4XZ9A 3M6YA 3UPBA 4FXSA 1KM3A 1GQNA 4JIPA 4N9EA 3O6CA 2OX1A 1EUNA 3EWWA 3FJLA 1MEHA 2VFGA 4M6QA 3L0KA 3TMQA 3EX2A 2C16A 3KVJA 1KTNA 5D2YA 2PRLA 3GXPA 1VYPX 1E51A 3NG3A 1VJIA 1LZOA 2RDUA 4DELA 1VH7A 3M5VA 1H60A 4CLMA 1T99A 5F2MA 1JJKA 1ICPA 3NQMA 1MZHA 1TPVA 3TAKA 4LJ5A 2J24A 2YGYA 2EHHA 3W3OA 2QCMA 3IGSA 3L5AA 4LRSA 5HR6A 2HMCA 4UTTA 2V81A 2TRSA 3IVSA 4GUHA 5AC7A 5DELA 3TSBA 2OT1A 4X3ZA 1WXJA 1M6JA 2BTMA 4PA8A 1V5XA 1B9BA 1DQWA 5D2VA 4UUIA 3M43A 1X1OA 3F4WA 3C52A 3EIEA 4MFEA 4EF9A 3UWYA 3W75A 2NXGA 2QUVA 4UR7A 2JGYA 3PUDA 3BLIA 1EP3A 1NEYA 2QCLA 3P8IA 1SQ7A 1KM0A 3MI3A 1EEPA 1QZMA 4MIMA 1PIIA 3A21A 3HF3A 3E12A 4WZHA 4M7SA 3LXBA 1E94E 1FX6A 1NY6A 1QPOA 1AW1A 4HSOA 1H7RA 4CQ8A 3W1PA 1DJQA 5EA9A 4BI5A 3HJZA 4A2RA 1GVQA 2NX9A 1UASA 1J4EA 1W5TA 1E32A 1Q3NA 4JTUA 4CNPA 4O18A 3GLIB 1EIXA 1XM3A 3GR7A 2Q3RA 3PG9A 3MBDA 4LJAA 4JY8A 4WQ6A 4YWIA 1FQ0A 3SR7A 2GQAA 3W1UA 2BJVA 4YLWA 5E0KA 4AWSA 5HQEA 3C8FA 4A3UA 2BLEA 1SXJE 1TPB1 3UXAA 4PTNA 1BWLA 1K7FA 3HGRA 4JEQA 2NXHA 3WJXA 1HL2A 1TPEA 3W87A 3QSTA 4AXKA 2FFCA 3BLEA 3MMTA 1ME8A 3C2OA 3MYPA 3PUOA 1R47A 3LHTA 1ZNNA 3DGRA 4NJJA 5AOUA 1C29A 1TJPA 1B4EA 4HNNA 2A85A 1BTMA 3LHUA 1GVSA 1OFRA 3L9CA 3N9RA 3LCLA 5H2ZA 4YCOA 4HNVA 4Y96A 1HQCA 1IXNA 3TQKA 1GOXA 1K8ZA 4CCEA 3QMTA 3WK2A 1ZALA 4QNWA 4A22A 3C4UA 3G0SA 3MP5A 1LROA 4O16A 1WOBA 3TC7A 2E68A 2DP3A 3O63A 2A0NA 2OCZA 3S1VA 4OGZA 3PR2A 3LGEA 4JICA 2QCGA 3OHIA 5FF3A 2ZZ7A 3LCIA 3W23A 4GE8A 4XWUA 3MUXA 3BPWA 1UUOA 3PC0A 1PHQA 1SR9A 3YPIA 5FEXA 4A21A 2X8AA 5KTLA 7TIMA 4NU7A 3ZS4A 2O7QA 5FF4A 3GNNA 4JX6A 1GG0A 4S1FA 4WX2A 4YL2A 3ANYA 3ZWSA 4FD2A 2GJLA 1YLVA 3KW6A 3FYPA 3KRUA 3TQVA 1VYRA 1K3UA 1Q6LA 3G0XA 3W1LA 3G0UA 1D2NA 1S3SA 3TUUA 4O15A 4IMDA 5D2XA 1IN4A 4K37A 2FTPA 1ICQA 2Y7EA 1EP1A 1NAL1 2G97A 1PCWA 3MHGA 3SW6A 1TTJA 2YZRA 4FWGA 1IIGA 4AMAA 5BMXA 3DFOA 4Z0SA 4JTTA 4Y9AA 3W7CA 1A5SA 1OX6A 3UWZA 2HTMA 1FCBA 3R8RA 4JX5A 3R2GA 3M16A 1OX4A 5FTLA 1KM5A 3OEXA 1THFD 2Y89A 1Z48A 2DZNB 1SO3A 3SY5A 2C98A 2G5WA 3B0PA 2RKOA 3O1NA 4NX0A 1NF7A 1K8XA 4UTWA 4IMFA 3I6RA 1L9WA 4HPXA 3LX9A 3UNDA 5EP3A 5D02A 1H61A 4GRSA 3NQ7A 4ZQCA 4LGMA 3TKFA 3CWNA 3M1ZA 2ZRWA 3W7GA 4UFJA 2VIIA 4RXFA 3EXRA 1I2OA 1KM4A 2QCFA 3NQEA 3DFPA 1GTEA 2NV1A 2XSZA 4RK8A 5LNRA 2HSAA 3GDRA 4POCA 1D3HA 3W1MA 1M7OA 1OYAA 3L67A 2QJIA 1Z42A 3W85A 3NZRA 3MW7A 4ADUA 3DHFA 4FEZA 2VELA 3IIZA 1W3IA 1IXQA 1HUVA 1P0NA 4H4IA 2CHQA 3G8EA 1OFBA 1XI3A 5U4NA 4UTTC 1XXHA 3FEMA 1UBSA 5AYXA 3QF0A 3F03K 1EWEA 3W22A 4MLRA 4LS2A 1G67A 3HBLA 3NDOA 3NQVA 2RHGA 1IN8A 3HGSA 3NOEA 2V1UA 2DJXA 5K7JA 1VS1A 1FDZA 3GLFA 4O0KA 1WBJA 1SSGA 1H7PA 2XSZD 3RK8A 3H55A 1GZGA 4ICNA 2Y62A 2C3ZA 4LRTA 3TSMA 2YFOA 5LNWA 5KZEA 4Z0JA 5I3FA 3GNDA 4AVFA 1IF2A 2WQPA 3T7VA 3TROA 1FWTA 1SO6A 3HGJA 5HMSA 5D2WA 5DCEA 3P81A 3DKJA 3HO8A 5LSMA 2OZ0A 3EWBX 4KODA 4JTGA 5DN1A 4ZQMA 1TCDA 3UD6A 3QM3A 5J5RA 3N2XA 4M19A 1G41A 2J9XA 3G1XA 1WA3A 4E0CA 1EA0A 2JGQA 4AAJA 4FX6M 1BEUA 2CLMA 2Y61A 2CLIA 4N02A 3BO9A 4OHQA 4TO8A 3MHVC 1O4UA 4TX9A 2DVWB 5EY5A 3P84A 4I7WA 2V0TA 1RPXA 1B4KA 2CZFA 4ZPXA 3MO7A 8TIMA 2E6FA 2A7NA 1JRCA 4MY8A 3UY7A 3N2MA 3MP4A 2ZZ4A 2P1FA 4I4LA 4L4MA 1G4AE 2QDHA 3W2MA 2J6XA 1QFEA 4FHAA 1GWJA 1H7NA 5CPOA 3PUEA 1YDVA 1R6BX 5IBXC 2GJNA 1H1ZA 3CTLA 5LZLA 3G18A 1SW0A 3GAKA 4Z1BA 2X1UA 2A5HA 1SXJB 2DZTA 4K8EA 4K6AA 4CQ9A 2C9CA 5F1UA 1R46A 1LOLA 4N4QA 5GVJA 2V6ZM 1JCLA 4XBSA 2ZZ6A 3HPXA 4X2RA 2JK2A 3U60B 2GQ9A 4JTSA 1XXXA 3UWQA 3VE9A 1F74A 3PVSA 3W9ZA 4GBUA 4FCVA 1KM2A 2PC4A 4BR1A 3LHWA 3B8DA 3JR2A 4JTEA 1HT2E 3AJXA 2C18A 4N9CA 2ABAA 5AHNA 4OT7A 4FF7A 4GITA 2AGKA 1DHPA 1VR6A 1XC4A 2C6QA 1UM8A 2RDTA 2D73A 1D9EA 2ZQ0A 1CI1A 3DFTA 1W8SA 1FWSA 5LNUA 1O94A 2ISWA 5LGZA 1LM1A 1TB3A 4NJGA 1DKWA 3LXAA 1H51A 1Z41A 1H7WA 5F2LA 3L65A 4UFKA 4ZVJA 4IMEA 5FEWA 2ZRZA 1KFCA 3HG5A 4LJ4A 3ATZA 3EWZA 4LV9A 1DOSA 3NQDA 4ALDA 1G4TA 3DI0A 2C19A 4ZZ9A 1F5ZA 3O16A 4OV9A 1SW3A 2ZTKA 3PS7A 1GYLA 3R13A 3GLHB 4NJHA 4O13A 4ZQRA 1LTDA 3C2FA 2WNQA 3VFLA 5SWUA 2B7OA 4MZ1A 3NO5A 1F05A 1YXYA 3O05A 1U83A 4TU1A 3S8HA 3EX6A 4LJ9A 5C2XA 3EKZA 1D3GA 1TPH1 4UTWC 6TIMA 3PBYA 2V82A 2VFIA 1KLZA 4JDBA 1IY0A 2QPAA 1AL7A 3PBUA 1R7RA 3SECA 2R91A 2QP9X 3DZ1A 4O1AA 3QPYA 1OYCA 5AFDA 2C9OA 2BX7A 1G7UA 3G8RA 2Q3OA 3EWXA 3OIXA 2V2DA 2CFFA 3P82A 2CHGA 4JTKA 4XKYB 1SW7A 2ISSA 2ALDA 3G24A 5HNRA 5AHEA 3S5ZA 3TDFA 3UWVA 3G1AA 3ABSA 3WJWA 1W56A 4GUGA 1G6CA 4AF0B 4K7YA 4XQ6A 1GTHA 2BWGA 4LJ8A 3S5NA 3W71A 1W0MA 3MI6A 5ABTA 3PBWA 4FNSA 5CPNA 2BJWA 4O28A 2YW3A 3UWWA 1AL8A 4KWWA 4LU0A 3LLDA 1JUKA 3LOTA 5U7SA 2Y7DA 3U6WA 2A2IA 2R94A 2EPHA 3B0UX 4R33A 4WJEA 3HMJG 2ZRUA 3CU2A 3W1NA 4ZMGA 1LRNA 3EWYA 3LBMA 1JCNA 4P2VA 2Y7FA 3UZ5A 2VFHA 5DXXA 3W7MA 1IN5A 4JGDA 3SI9A 1JCJA 5C55A 2HCBA 2GUUA 4QNEA 3M44A 4RZ4A 2YDAA 2ISVA 4JTLA 3TIMA 3NGJA 5EP4A 3UY8A 1JCYA 2ZZ2A 5T26A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3WK3 A;  3CZG A;  2V9D A;  1KNW A;  5T91 A;  4DBS A;  2ZUT A;  4BI6 A;  1QAP A;  4QDP A;  3WX7 A;  3GX9 A;  1QZE A;  3JRK A;  4GG9 A;  4DAF A;  1R2S A;  4RDY A;  3GVG A;  4W8A A;  3U7V A;  4F3H A;  2O92 A;  2X1T A;  4ONV A;  4D6F A;  1DJN A;  3H54 A;  3IVU A;  2ZA2 A;  4CEU C;  3KXE C;  2CET A;  3C2R A;  3GNO A;  4PCT A;  1PSC A;  3ZO9 A;  1GW1 A;  2AMX A;  3STF A;  3S47 A;  4KWU A;  1BHG A;  7ODC A;  4JZ5 A;  1U1J A;  3KOW A;  2V6A A;  5FF2 A;  3N19 B;  2XVL A;  3BW2 A;  3BUV A;  2RJH A;  4MZ8 A;  4IP5 A;  3WBW A;  4Q4M A;  3TYU A;  1AQ0 A;  2XH2 A;  2VZT A;  3ARO A;  3QQ1 A;  3AML A;  2GVL A;  2FE8 A;  2DT3 A;  1NSF A;  4L6V 6;  1RQB A;  2J88 A;  3WMC A;  4DJD D;  3WH7 A;  3EMQ A;  2BY0 A;  3OQE A;  4RJE A;  1P4C A;  3UF9 A;  2FGB A;  3SC3 A;  1WOA A;  1IR1 A;  1W3T A;  1GPW A;  1TUF A;  1ZUA X;  4AD1 A;  3GDB A;  3BJS A;  2ZC1 A;  4D9P A;  1JF6 A;  1G5A A;  5HOS A;  1XRV A;  3CYV A;  2ZX7 A;  3HOJ A;  3VD3 A;  4I81 A;  3U6E A;  4OE7 A;  1YMY A;  3KS5 A;  5HA7 A;  4GYJ A;  4M9S A;  5T8G A; 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 3N15 A;  2QHA A;  3T09 A;  1HJU A;  3AU2 A;  1HO4 A;  2WSE F;  4PRT A;  1F6K A;  4Z2J A;  4F0R A;  1UKQ A;  3INP A;  4N4P A;  4PB5 A;  2WMG A;  5LA1 A;  4JNZ A;  1UC4 A;  2OOD A;  3TK7 A;  2AQW A;  3MMD A;  1B57 A;  1PJS A;  3WML A;  4NJK A;  3W81 A;  2A4A A;  3ARZ A;  1C92 A;  1OK4 A;  3LCH A;  3LU2 A;  1E6Z A;  3KFT A;  4IIC A;  4WGH A;  4LFY A;  4DBD A;  3VOF A;  1J5T A;  3UZZ A;  2XWE A;  4P7L A;  5K9C A;  2AKM A;  1S5W A;  3PUG A;  8RUC A;  3WNL A;  4REQ A;  3IIP A;  2RAG A;  3TSD A;  3HQP A;  3LBO A;  4W89 A;  2TYS A;  3IV3 A;  1YIX A;  4V2X A;  2J8F A;  2Q8L A;  2V2H A;  4A35 A;  2VOM A;  2OEM A;  2P10 A;  4DO6 A;  3L4W A;  1TH3 A;  3TV8 A;  3W7K A;  1V0N A;  2DZP A;  3MBF A;  4IMG A;  5G4W A;  2V2C A;  1IWP A;  2D1Z A;  2FMO A;  4PMX A;  4QSF A;  2YW4 A;  1RV8 A;  1VPX A;  3BMW A;  1CB7 B;  1UIO A;  4LB3 A;  1C7Y A;  2R82 A;  3W6Y A;  3W68 A;  2XH7 A;  3V5F A;  4JKK A;  3V5O A;  4P16 A;  1WZL A;  1KBJ A;  4LAK A;  4L56 A;  3MT1 A;  4Y2W A;  3FTC A;  4BF9 A;  1V02 E;  1YSY A;  2GVG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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