The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
53
|
structure length |
53
|
Chain Sequence |
b'KPTMHSLRLVIESSPLSRAEKAAYVKSLSKCKTDQEVKAVMELVEEDIESLTN'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
RNA polymerase alpha subunit
|
| publication title |
Structure and dynamics of the nucleocapsid-binding domain of the Sendai virus phosphoprotein in solution
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Sendai virus (strain harris)
|
| molecule tags |
Viral protein, transferase
|
| total genus |
15
|
| structure length |
53
|
| sequence length |
53
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2003-10-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DAM A; 2LVO C; 2ZTC A; 2JP7 A; 2DEN A; 1VEK A; 2O25 A; 4G3O A; 1E94 E; 2JY5 A; 2KNA A; 3GLF E; 1ZV1 A; 1G3I A; 2H5X A; 1P3Q Q; 1WHC A; 4Q7J A; 1GO5 A; 2DZL A; 2DKL A; 2K0B X; 1IFY A; 4DBG B; 3FRH A; 1BVS A; 1UFZ A; 1V92 A; 2DAE A; 2DI0 A; 3IHP A; 1YLA A; 3H4J A; 2HAK A; 2JUJ A; 2LVN C; 5JI2 E; 2DNA A; 2QHO B; 2KNZ A; 2JY7 A; 3B89 A; 1DO2 A; 1WGN A; 1EFU B; 1PGY A; 1TTE A; 1ZMV A; 1G41 A; 3GLH E; 1ZMU A; 1IXS A; 2DAI A; 1OTR A; 2L4F A; 1WJ7 A; 3GLG E; 1VQ1 A; 2DAG A; 2JZ1 A; 3K9P A; 1VDL A; 3BBZ A; 1XXH E; 1T43 A; 1A5T A; 2B3T A; 5DFL A; 1MN3 A; 2CP8 A; 2HWJ A; 2OO9 A; 1SG9 A; 2MJ5 B; 2JY8 A; 1HQY E; 2ZTD A; 3K9O A; 4GEW A; 2LTU A; 1DO0 A; 3LCV B; 1XB2 B; 2QNJ A; 1OAI A; 1VG5 A; 1QZE A; 2LBC A; 1OKS A; 1R4G A; 1AIP C; 1T6O A; 1KYI A; 2LVQ D; 1Q02 A; 1TR8 A; 2DAK A; 2G3Q A; 2BWE A; 1NV9 A; 3E21 A; 4R71 A; 1HJP A; 2RRU A; 3GLI E; 2R0I A; 1IM2 A; 1CUK A; 3LCU A; 2JY6 B; 1OQY A; 2MRO B; 1VEG A; 2L4E A; 4F1I A; 1WR1 B; 1NV8 A; 3FE3 A; 1C7Y A; 3MMP A; 2DHY A; 2L2D A; 2QSF X; 1G4A E; 2MGW A; 2BWB A; 1WIV A; 4WP2 A; 2WZJ A; 1HT2 E; 1ZMW A; 2OOB A; 2EKF A; 3T6P A; 3F92 A; 4F2L A; 4HEO A; 2LVA A; 3FRI A; 1F4I A; 1WGL A; 2JNH A; 1JR3 E; 2K9D A; 3E46 A; 1HT1 E; 2KNV A; 2CWB A; 1Y8G A; 2JZ0 A; 2EKK A; 1DV0 A; 1VEJ A; 2MR9 A; 2LVP C; 2KHH A; 2EJS A; 3IEC A; 2OOA A; 4UN2 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SFZ A; 2DAM A; 2ZTC A; 4L6V 6; 4D82 A; 4B3R M; 2JP7 A; 2DEN A; 4P16 A; 1MU5 A; 3U6O A; 1I4W A; 2JA2 A; 3D8L A; 2L7H A; 4L78 A; 3CTW B; 4DV7 M; 3HWS A; 3A45 A; 5EP4 A; 2XZU A; 1QAQ A; 1YSY A; 5EXX A; 3BOS A; 3DFZ A; 3RE8 A; 1G3I A; 3U6P A; 3D8B A; 3SAR A; 1IBM M; 1IN4 A; 2J7O A; 1NO1 A; 2DZL A; 4LJ8 A; 3AL0 C; 1BVS A; 2WSC F; 4L15 A; 4DR6 M; 4EIW A; 2DI0 A; 3GP1 A; 1NNJ A; 3SHF A; 2Y0Q A; 4KOD A; 2X49 A; 2LHG A; 1NSF A; 4DV1 M; 2LVN C; 3MJ5 A; 3QAU A; 3U61 A; 2QBY B; 5JI2 E; 2QEN A; 4GHA A; 2FS1 A; 4DV5 M; 3B89 A; 1OFH A; 2MH8 A; 2NQ8 C; 2ERC A; 1ZMV A; 3AOG A; 3KDS E; 2ZM6 M; 4LF4 M; 4I8O A; 1IXR C; 2ZAM A; 2RKO A; 5ITQ A; 2VQE M; 2BJW A; 3ZC7 B; 3QYB A; 3W0L B; 3LVV A; 3SMS A; 3NBX X; 4LJ7 A; 2DWL A; 4OVZ A; 2DAG A; 3FUV A; 2LNH C; 3LQR A; 3M7G A; 3CGW A; 4M0W A; 5JI3 E; 1OIZ A; 3LQQ A; 3BBZ A; 4QOZ C; 1LV7 A; 1HNX M; 1T43 A; 4REZ A; 3TPZ A; 2A5Y B; 2CV1 A; 3FTF A; 4NRW A; 3KFU G; 5FTJ A; 3M0E A; 1NJG A; 4PD2 A; 2OO9 A; 4MGH A; 2MJ5 B; 3NBI A; 2APL A; 4LF6 M; 2ZTD A; 4RF0 A; 2HL7 A; 4GEW A; 4KT0 F; 3V76 A; 4LFA M; 3T38 A; 4JV5 M; 4FWH A; 3UK6 A; 3ZH9 B; 1G71 A; 2QNJ A; 4R3D A; 2X4A A; 2DHR A; 4X66 M; 4LF8 M; 1OKS A; 3I04 M; 4XK8 F; 2GNO A; 1GLN A; 5DYI A; 4I5S A; 1AIP C; 3KOX E; 1T6O A; 4LJA A; 2QQ8 A; 4XBO A; 1HNZ M; 1HNW M; 4DR5 M; 1TR8 A; 3HJS A; 2YNM D; 2G3Q A; 1NHG C; 3HU1 A; 5BPV A; 5EXP A; 1D0K A; 1D2N A; 4IBC A; 3SMP A; 4B3M M; 3J81 S; 1J7K A; 2R62 A; 1IBL M; 3C3D A; 4PT5 A; 2R0I A; 2C98 A; 3U6D A; 1T3T A; 2JY6 B; 2R44 A; 2I7N A; 3KOZ E; 5EP1 A; 1N32 M; 4JI2 M; 4NL4 H; 1IN6 A; 2W82 A; 4IBE A; 1VEG A; 2KXE A; 2F5S A; 2D7E A; 4DUZ M; 4AKH A; 3C58 A; 1TF0 B; 2L4E A; 2X8A A; 3FE3 A; 3IG5 A; 3HJQ A; 4CHT B; 2L2D A; 4RNA A; 4DV6 M; 2MGW A; 1R7R A; 1XMO M; 2KW0 A; 3GLI B; 3SAW A; 4KHP M; 4MGY E; 4S12 A; 4LZZ A; 3VKG A; 5ITX E; 2Z3X A; 3Q8X A; 2OOB A; 5H37 D; 1L2D A; 2EKF A; 3T6P A; 4MB7 A; 3F92 A; 3KOY E; 4JXJ A; 5L8R F; 4DV2 M; 4B7G A; 4HEO A; 1SXJ C; 1R5L A; 1WGL A; 3K1J A; 2JNH A; 4Y28 F; 2K9D A; 4IBI A; 4LJ9 A; 4QNM A; 2OQ4 A; 1HT1 E; 3JR4 A; 3CF2 A; 4GIP A; 4X62 M; 3LW5 F; 2C9C A; 3U60 B; 1OAO C; 3ILK A; 2EKK A; 5C18 A; 2EA0 A; 3KW6 A; 1UM8 A; 1IXS B; 5KQD A; 3L26 A; 1PRB A; 3RGP A; 2QPA A; 4TUW A; 3HX3 A; 3UJN A; 3K2L A; 4W5W A; 3K8Z A; 4G4O A; 2LHC A; 4FWD A; 1L2C A; 5ITX A; 2FH0 A; 2CHG A; 2O25 A; 3B9P A; 2CEA A; 1QAO A; 4HLQ A; 4MM3 B; 4ZPX A; 3SBJ A; 4ANR A; 3H4M A; 2JY5 A; 2KNA A; 4GIT A; 4FCV A; 3FUX A; 1ZV1 A; 4DV3 M; 2H5X A; 4Q7J A; 1IY1 A; 1GO5 A; 1GJS A; 2V1C A; 3GPY A; 3SAT A; 2V6Z M; 4JI6 M; 1IFY A; 3AJI B; 2EUC A; 2XSZ A; 4MH0 E; 4MGK E; 3FUU A; 1UFZ A; 4FD2 A; 1V92 A; 2DAE A; 1EIJ A; 1KSF X; 1YLA A; 5EQT A; 1L2B A; 4I4L A; 3W0F A; 1L8Q A; 2HAK A; 1TDH A; 1WXQ A; 3GLF B; 2DNA A; 2KNZ A; 4LCB A; 1DO2 A; 2Y21 A; 3VDU A; 1XNQ M; 1WGN A; 4AG5 A; 1EFU B; 1AUA A; 1PGY A; 5C1B A; 2GQF A; 1TTE A; 1NY6 A; 1LTM A; 1N33 M; 3VDP A; 1G41 A; 3SYK A; 2DAI A; 2L09 A; 1OTR A; 4QHS A; 4GC5 A; 2UUC M; 4LJ4 A; 3GLG E; 1S3S A; 4M9S A; 5ITY A; 1J09 A; 2YFQ A; 2XEP A; 2XZF A; 4MGZ E; 4IBK A; 1L1T A; 5KPR A; 1XXH E; 4II7 A; 1ZAE A; 4DV4 M; 3GLH B; 2HCB A; 4CIZ A; 1N34 M; 2CP8 A; 2HWJ A; 4R7G A; 4G4N A; 2QCU A; 4NC6 A; 4G6Z A; 1HQY E; 3B7N A; 4IIW A; 4BLC A; 1R2Y A; 4GRI A; 3EIH A; 1XB2 B; 1W5T A; 3PVS A; 3DOA A; 2DWN A; 1SXJ D; 1QZE A; 1DGB A; 4NXN M; 3GLG A; 1X37 A; 2DWZ B; 2DZN B; 1H6U A; 2FFJ A; 3L27 A; 4LRT A; 3A46 A; 4GKJ M; 2UXB M; 4LFC M; 4YY3 M; 2I7P A; 2M60 A; 4DR2 M; 3LMM A; 4Z8X A; 1Q3B A; 3UMM A; 3GQ4 A; 4ITQ A; 1XXH A; 4OW0 A; 4G4Q A; 3MK6 A; 2DVW B; 4G4R A; 3EIE A; 2BWE A; 3WHL A; 1G8P A; 2WSE F; 4R71 A; 5ITR A; 2G8L A; 4PDG A; 1DGH A; 3GLI E; 1IM2 A; 2K6B A; 1OFI A; 1OQY A; 3JAM S; 3GPP A; 2KZU A; 3AV0 A; 5FTL A; 1JQJ C; 3T1H M; 4WUR A; 1WR1 B; 3MHV C; 5GKN A; 1N78 A; 2UXD M; 1Z5A A; 1YUB A; 4IBF A; 3PNV A; 1HR0 M; 1Q39 A; 1R6B X; 2DZO B; 4JI7 M; 3FUT A; 1Z6T A; 2ZAO A; 1WIV A; 1XWI A; 3AOE C; 3FTC A; 2C5R A; 2OPF A; 2BNK A; 2J5Y A; 1MJG M; 4JN6 A; 2CFO A; 4P17 A; 3E4R A; 3JR5 A; 3L2A A; 1IN7 A; 2XF3 A; 2CUZ A; 3TWL A; 2KEB A; 2Q2E B; 3U61 B; 4RF1 A; 2LVA A; 4M9Z A; 3FD9 A; 5A2Q S; 4PDI A; 1Q3C A; 3FYC A; 2XFT A; 3HZJ A; 2R4E A; 1Y8G A; 1XC8 A; 4NSO B; 2KRK A; 2DXI A; 1SXJ E; 1R2Z A; 1QQW A; 1VEJ A; 2MR9 A; 4FCW A; 3HU3 A; 4FCT A; 1FJG M; 1QUT A; 2F5P A; 4JI1 M; 2CV0 A; 3GQ5 A; 4DR1 M; 2P5T A; 4FVM A; 4RKU F; 5IWA M; 3U5Z A; 3U6E A; 1IN5 A; 4OVZ B; 1GL6 A; 3A42 A; 1D0L A; 4G3O A; 1J5E M; 5FTN A; 3B74 A; 3GLF E; 3GPU A; 1IBK M; 1P3Q Q; 2KRU A; 3GRU A; 4B7F A; 4B3T M; 1QUS A; 2DKL A; 2K0B X; 2JXN A; 4K0K M; 5EXT A; 3FRH A; 4LF7 M; 1SXJ A; 2L7I A; 3HJ8 A; 1NY5 A; 4WW0 A; 4X65 M; 1N77 A; 3H4J A; 2JUJ A; 1TH2 A; 3QWL A; 3VKH A; 3HHY A; 4BB9 A; 1GL7 A; 2F5N A; 2QHO B; 1QVR A; 2JY7 A; 3FKE A; 3FYD A; 5E26 A; 3HGI A; 2CV2 A; 4GKK M; 3HKP A; 1QAN A; 1PJS A; 3GLF A; 4FW9 A; 2LXE A; 3GLH E; 1ZMU A; 3FUW A; 4OX9 M; 3Q8G A; 2FNA A; 3VK8 A; 1YE9 A; 3TWM A; 3PFI A; 8CAT A; 4IBD A; 1VQ1 A; 1E9R A; 4MGI E; 1L1Z A; 4GHL A; 3L28 A; 2JZ1 A; 4DV0 M; 2YQZ A; 1OJL A; 2F5Q A; 3RGS A; 3KXE C; 4KLN A; 1A5T A; 5EJC A; 3HU2 A; 4AZF A; 3L25 A; 4LJ6 A; 3GRV A; 3AKZ A; 1SG9 A; 2JY8 A; 2N35 A; 3GQ3 A; 5DNY A; 4JI4 M; 2VDB B; 3I4Y A; 2FOI C; 1JR3 D; 1TDZ A; 1DO0 A; 4GMQ A; 2QBY A; 3I01 M; 1OAI A; 3U6C A; 2LBC A; 3SAV A; 2Z7J A; 4AG6 A; 1R4G A; 4BBA A; 2F4V M; 2WSF F; 1XHB A; 1IQP A; 1KFV A; 2UUB M; 1N36 M; 1KYI A; 2LVQ D; 3VFD A; 4JYA M; 3J80 S; 5IRE B; 4IBG A; 4LZJ A; 3OTO M; 2DAK A; 2D7G A; 1TGU A; 3W67 A; 4I81 A; 5FTM A; 2D7H A; 5KQ8 A; 3E21 A; 1HJP A; 2RRU A; 4OU7 A; 2RGO A; 3TWK A; 3LCU A; 3U6Q A; 3KP0 E; 3HHW A; 1E32 A; 4KO8 A; 3KP1 E; 7CAT A; 1GKI A; 4QHT A; 4JI3 M; 4F1I A; 3UZU A; 4CGY B; 2E5L M; 3BXW A; 3ZQJ A; 1QYR A; 2Y0T A; 1XMQ M; 2CRU A; 2VQF M; 3HHX A; 1D0M A; 4AKG A; 2BWB A; 3KSX A; 1HT2 E; 4LF5 M; 1QDT A; 3ZCB B; 1HQC A; 1ZMW A; 3K92 A; 2Y20 A; 4YHH M; 4IJE A; 2FE8 A; 1NNU C; 3FTE A; 1GAB A; 1QAM A; 3FRI A; 1F4I A; 4L4U A; 4M0D A; 4L16 A; 1JR3 E; 3E46 A; 2CWB A; 4AKI A; 3SAS A; 1DV0 A; 2LVP C; 4IBB A; 5FTK A; 4QOS A; 5KO3 A; 4AW4 A; 1PJJ A; 4UN2 B; 1MX0 A; 3SYL A; 3C3E A; 2LVO C; 4NXM M; 2HKJ A; 3NWL A; 1VEK A; 5FSW A; 3T15 A; 5DYG A; 2R4J A; 1E94 E; 3PXG A; 3AOE A; 4JI8 M; 3J7B A; 3I51 A; 1WHC A; 1Z59 A; 3CF6 E; 2AHM A; 3KOW E; 5E6J A; 3GRR A; 1JR3 A; 3GLI A; 2C96 A; 2C9O A; 4QNR A; 3WHK A; 3J2P B; 4DBG B; 1NVM A; 2ZAN A; 3J27 B; 3C9P A; 2CHQ A; 1C1K A; 1GJT A; 2QP9 X; 4B7H A; 1V34 A; 3IHP A; 1TH3 A; 3E9S A; 3GRY A; 1K82 A; 4LF9 M; 4L8R C; 1FNN A; 3AFH A; 3GLG B; 2LH0 A; 3VK7 A; 4XGI A; 2RGH A; 2XSZ D; 4CJ6 A; 1RU3 A; 1I94 M; 3U60 A; 2KA6 B; 3DA1 A; 1XXH B; 1DGG A; 2JWS A; 1IXS A; 3VLF B; 1NJF A; 3RFW A; 2R46 A; 5EXS A; 2V1U A; 1PJQ A; 2L4F A; 2UU9 M; 2YR0 A; 1WJ7 A; 3TL4 X; 3J7A S; 2BJV A; 3B7Q A; 1PM5 A; 4D81 A; 1DGH B; 4DUY M; 1K3X A; 2CHV A; 4B3S M; 3B7Z A; 1W5S A; 3K9P A; 2XH9 A; 1VDL A; 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5BR8 M; 3L29 A; 2UUA M; 2L6O A; 4F2L A; 3HHZ A; 4D80 A; 2VII A; 4GC9 A; 4LY6 A; 4NRV A; 3CF0 A; 1PJI A; 4DR3 M; 5ITU A; 5LMU M; 5KPZ A; 2KNV A; 1TH4 A; 3A98 B; 3FTD A; 4DR4 M; 2O5R A; 1NHW C; 5FLX S; 2JZ0 A; 3KS4 A; 3TE6 A; 3U6L A; 1JB0 F; 2KHH A; 2EJS A; 2XLJ A; 1Z5C A; 3IEC A; 3KSJ A; 4LJ5 A; 2OOA A; 3SC3 A; 1GVN A; 4Z6Y A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2DAM A; 2LVO C; 2ZTC A; 2JP7 A; 2DEN A; 1VEK A; 2O25 A; 4G3O A; 1E94 E; 2JY5 A; 2KNA A; 3GLF E; 1ZV1 A; 1G3I A; 2H5X A; 1P3Q Q; 1WHC A; 4Q7J A; 1GO5 A; 2DZL A; 2DKL A; 2K0B X; 1IFY A; 4DBG B; 3FRH A; 1BVS A; 1UFZ A; 1V92 A; 2DAE A; 2DI0 A; 3IHP A; 1YLA A; 3H4J A; 2HAK A; 2JUJ A; 2LVN C; 5JI2 E; 2DNA A; 2QHO B; 2KNZ A; 2JY7 A; 3B89 A; 1DO2 A; 1WGN A; 1EFU B; 1PGY A; 1TTE A; 1ZMV A; 1G41 A; 3GLH E; 1ZMU A; 1IXS A; 2DAI A; 1OTR A; 2L4F A; 1WJ7 A; 3GLG E; 1VQ1 A; 2DAG A; 2JZ1 A; 3K9P A; 1VDL A; 3BBZ A; 1XXH E; 1T43 A; 1A5T A; 2B3T A; 5DFL A; 1MN3 A; 2CP8 A; 2HWJ A; 2OO9 A; 1SG9 A; 2MJ5 B; 2JY8 A; 1HQY E; 2ZTD A; 3K9O A; 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