1QDTA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycoyslase slt35 in complex with calcium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdtA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdtA02
1HFYA 1J1OY 1Z55A 9LYZA 1WTNA 4YENA 1G7LC 5KXYA 4M4OA 3WYHA 1VDTA 4XN6A 1JKCA 1LSDA 1V7SA 1G7HC 4HV2A 1NQIA 1HEOA 4DT3A 1VATA 1F6SA 1ZV5L 1NHEA 2HU3A 4CHXA 4GCBA 4KT3A 4RDSA 1CKFA 2BLYA 5KXPA 1O23A 1NDGC 4NG1A 3WU9A 1B7OA 4B4JA 4ETAA 2LZTA 3W6EA 4H9BA 1CJ6A 1GFHA 3MGWA 1IY3A 2HEAA 1IOTA 5T3FA 1IVMA 1IWWA 1AKIA 1QUSA 3WH1A 1DKKA 1OUAA 1RI8B 2MEBA 3CT5A 5C6IA 1OUFA 1LMQA 2MEIA 4YEMA 5KXRA 1C10A 1TBYA 1LJNA 4DD0A 2DQCY 1NWGA 3A3QA 1LZRA 1DPXA 4NGKA 4OOOA 1C45A 1TEWA 5DN4A 4B0DA 1B2KA 4Z3MA 4CJ2A 1IC7Y 1NKHA 4PRQA 2Z12A 4NSHA 3TMWA 1JISA 4WM1A 3EO5A 5DL9A 4ANRA 4PPOA 1BWJA 1JJ1A 1REYA 4W96A 4CFOA 1OUEA 1B5UA 1VDQA 1LZTA 1GF6A 1GFTA 4WLYA 1JITA 5KXKA 3G3AB 5KXTA 4NIJA 4ETBA 2BAAA 1LSCA 3AZ4A 1GAYA 4GN5C 1NBZC 4ML7A 4I0CA 4GCDA 4O34A 1JTTL 1WQRA 5LA8A 5APCA 5LAFA 2RSCA 3E3DA 3EBAB 4MCKA 1AM7A 5HNLA 5LA5A 1GF9A 1XFPL 5LYTA 1CJ8A 1PZYA 1WVVA 2EKSC 1KIRC 1LJFA 1HSWA 3CSRA 1CKHA 1NMMA 8LYZA 1UUZC 1GF8A 207LA 3EMSA 4WLTA 1GXXA 1BB4A 5I4YA 1KIPC 1GHLA 1LZ6A 5LYMA 1JJ3A 2VB1A 1LHLA 1CKDA 4GLAA 1LPIA 4QGZA 4XJGA 4DDBA 2EPEA 4B4EA 1DQJC 1CKGA 2ZYCA 3T36A 1UIHA 2BQIA 3CQLA 4EOFA 3TXGA 1RE2A 4RLMA 1CNSA 1B5ZA 1GE2A 4NY5A 4OWEA 1LZEA 2MECA 4H9FA 4XJBA 1LTMA 5L3HA 5KKJA 4W94A 1IORA 3P64A 5LAGA 3CT0A 5F9XA 3TXBA 2LZ2A 4H9CA 1LJHA 3HBHA 4B1AA 1HSXA 4CFPA 4N8ZA 3A8ZA 1GE4A 1JKBA 1B7PA 4QY9A 1UBZA 3P66A 1EQ4A 3FI7A 3IJVA 2AUBA 4NWHA 1BWIA 1GB2A 1LCNA 2ZQ4A 4X3BA 1GFUA 4DYGA 3HFMY 3M18B 1G7IC 4XJFA 2CJLA 4I8SA 1FKQA 194LA 5KXNA 5KY1A 4H1PA 1JWRA 4NGYA 4E3UA 2W1LA 1IY4A 1CJ9A 2MEFA 1D0MA 1GEZA 1DI5A 4M6DA 1HC0A 3J4GA 4LYMA 5KXOA 1INUA 1F0WA 3A90A 1IP3A 1EL1A 1LSAA 1I56A 3AJNA 1BHZA 3WU8A 4GCFA 1LSPA 4B4IA 4NGIA 4LT3A 1IR7A 3OK0A 4DD7A 1E8LA 1FKVA 3W6FA 4N1EI 5LVKA 3FE0A 4PHIA 5I5QA 2I6ZA 4NEBA 4Z41A 1J1PY 3TXKA 4N0JA 2LHMA 5LXWA 3ULRA 2YBMA 2N5ZA 3ATNA 1GXV2 2PC2A 2ZNXY 3A94A 4G4CA 4WMGA 4WG7A 4D9ZA 4YM8A 4U3XB 4RW1A 3WUNA 1G7MC 4PGJB 1LYSA 2B5ZA 3N9CA 4A7DA 3AZ7A 1LSYA 1CKCA 4AGAA 1BB3A 1LMCA 3WULA 2BPUA 3GXKA 4LYCA 5FEKA 4H8XA 5A3EA 4WM6A 1UIFA 1W08A 4LT0A 4DWXA 3WU7A 135LA 4WM3A 2F4GA 1LYYA 1WQQA 3TMVA 3LZTA 3WPKA 4ETCA 5ILFA 4DC4A 4OWBA 3VWOA 1YAQA 1B5XA 1YKZX 1YL0X 2DQEY 2ZIJA 1C46A 1LKRA 2YSSC 2YBIA 2YBNA 4ZEEA 4ET9A 1NBYC 4J0LA 5A3ZA 1IWXA 2FYCA 1MLCE 2DBTA 5I4XA 154LA 2LYMA 2ZYPA 1LMTA 2MEHA 4N5RA 4HTKA 4XADA 5APDA 5LVJA 5F9UA 4LYTA 4L41A 4BAFA 1F6RA 1BGIA 2ZNWY 2XJWA 1IWTA 4H92A 5DN5A 5DLAA 1OUJA 2DQIY 4NFVA 4WL7A 4AXTA 1LZDA 3TXJA 5F16A 1FLQA 1QDRA 4ET8A 4YOPA 1GEVA 1AT6A 1WVUA 3G3BB 4J1BA 4NHQA 1IWYA 1B7MA 4KPMA 4DD3A 1BWHA 4H90A 4NGLA 5LVHA 1KXYA 1YAMA 2D91A 5LIOA 1HEPA 3CSZA 1VDPA 2I25L 4ZIXA 4XJIA 1GE1A 3B6LA 1GB0A 2XTHA 3B0OA 2MEDA 3AB6A 5KJ9A 1BVKC 1GBSA 1ZMYL 4YEOA 5M1YA 3WXTA 5C6LA 4Z46A 2DQHY 5JENB 1KXXA 4TSBA 208LA 1LZCA 3LYMA 5B07A 1HFXA 4HJZA 4C5FA 2DQDY 4HTQA 4NSJA 1GB6A 2Y8PA 3A6CY 1TAYA 4PJ2C 4NGOA 1GFGA 4B49A 2Z18A 1LHMA 1LZ8A 5B1FA 3TXDA 1XEIA 4CGEA 1GBOA 1LSGA 2D4JA 4XJDA 2BQCA 1IR9A 1YQVY 1LHJA 1JPOA 3WL2A 5LINA 2HEFA 5DM9A 2YBLA 3W3EA 1ZVHL 1DPWA 1WQPA 1GD6A 4Z98A 2DQJY 4G4HA 4LYBA 5B06A 1GFRA 1LZBA 1YAPA 1VEDA 1B0DA 1D6QA 1JEFA 1TDYA 2MEGA 4MR1A 2MEAA 3RT5X 2LYZA 7LYZA 4DD2A 1D9UA 1GPQC 1HNLA 4RLNA 2BQHA 2HEEA 5APFA 1C43A 1GB5A 1GF4A 1UIDA 3AGGG 2G4PA 4GCCA 1WTMA 3OJPA 4WM5A 3RU5A 1IOQA 5B05A 4LYZA 1TCYA 1T6VL 4FDYA 1GFJA 1LJGA 4H9IA 1IP7A 2IHLA 4QEQA 3QNGA 1JTOL 4H93A 1ZVYB 5L3IA 1FLYA 1IOCA 3WW5A 1BQLY 1QQYA 2IFFY 1GFKA 1QDTA 1N4FA 4WM2A 4ZFPA 3LZ2A 1DXJA 3HBDA 2BLXA 1SQ2L 2LYOA 4HJYA 5EBHA 5HQ1A 4H9EA 1YIKA 1D0LA 1LHKA 4NGVA 2BQFA 4RW2A 3TXIA 4II8A 1OUDA 1LYZA 3W6AA 2F30A 3AZ6A 4NHSA 3AZ5A 4H94A 1DI4A 1B5VA 1LAAA 3J6KA 2Z2EA 1PS5A 1GF5A 4WL6A 2BQMA 3M3UA 5AMYA 4HJVA 4TSCA 4R0FA 4NWEA 4WOAA 5KXSA 5FHWA 5LVGA 3A96A 4UWUA 3TXEA 2Z19A 1GB8A 1FLUA 1FLWA 3B0KA 5E4PA 1IP1A 3P4ZA 3SP3A 1QTEA 2W1MA 3ZVQA 4DDCA 2BQOA 5F14A 1UCOA 2A7FA 1GFVA 4WO9A 1NF5A 4DDAA 4R6CA 2DQGY 3BKVA 4KXIA 1JTPL 1LZNA 1LKSA 4BAPA 1UICA 3AW6A 4NGZA 1LJKA 3W6DA 1H87A 1B7NA 4H9HA 1GAZA 1QIOA 2GV0A 4C3WA 5FCPA 4HPEA 4ETDA 1BVXA 1LJEA 1MELL 1GBWA 4UWVA 153LA 3RZ4A 1J1XY 1XGRC 1IIZA 5APEA 1LSNA 4NHIA 2CWIA 2YVBA 1AT5A 1JUGA 2XBSA 3WW6A 4NHPA 3LYOA 2BQLA 2CGIA 3A93A 3WVYA 2H9KA 4HPIA 1B5YA 4NGWA 5FDJA 193LA 4N1CC 3A92A 1QSAA 3EXDA 1HMKA 3P68A 4OW1A 5C6JA 1JKAA 5LYZA 3A3RX 1HMLA 4G49A 1I20A 1A2YC 1GE3A 2DKVA 4OWAA 4TUNA 2BQBA 4NSIA 3QE8A 1JJ0A 4HSFA 1LSFA 3WUAA 2BQEA 3LN2A 4J1AA 1VDSA 1IEEA 2W1YA 5D5CA 2XBRA 3P65A 2Z2FA 4TWSA 1LHHA 4LFPA 6LYZA 1WQOA 1JIYA 2I26L 1XGUC 1FBIX 4LFXA 3LHMA 4WLDA 3RW8A 3WMKA 4BADA 2ZIKA 3LYTA 3IWRA 4PRUA 5FSTA 2BQNA 4TX7A 1RCMA 1IP4A 1JSFA 2ZILA 1OUHA 1YL1X 1OUIA 4FJRA 1W6ZA 4OOTA 5HNCA 1D6PA 5II3A 3N9AA 3D9AC 1REXA 4XJHA 4N9RA 1GDXA 2BQAA 2DQAA 2CDSA 4HP0A 2YBJA 3D3DA 1AZFA 3A91A 1RFPA 1YILA 4BS7A 2EIZC 3CB7A 1GBXA 1REMA 3ATOA 4QDNA 5KXMA 2H9JA 1GBYA 4LZTA 1XEJA 2X0AA 4GCEA 1B7QA 1LMOA 134LA 1C08C 2Z38A 1BB7A 5B59A 5ILCA 2NWDX 1GWDA 5L9JA 1B9OA 1IWUA 3W6BA 3WVXA 1IC5Y 1IP2A 1FN5A 1LZYA 2BQGA 4LT1A 1D0KA 2FYDA 1HEMA 4GLVA 3F6ZA 1LJJA 1JKDA 1VFBC 2EQLA 1B7SA 1BB5A 2D4IA 3AGHA 3T6UA 3ZVQB 5KXXA 1IR8A 1GF0A 3TMUA 1YROA 3A34A 5HMJA 1IX0A 1LSBA 4NSGA 1LOZA 2HEDA 2HTXA 1CJ7A 1QSWA 1YKYX 1IOSA 1YAOA 4DD1A 4NGJA 5IELA 3ZEKA 4P2EA 1EQEA 1UIEA 1QUTA 3N9EA 1GB7A 2A7DA 2Q0MX 3BKHA 1IO5A 1GF7A 3B0IA 3QY4A 3TMXA 3TXHA 3WPLA 5KXWA 4GN4A 1UIAA 1LJ4A 5IDDA 1HFZA 1LSZA 1LSEA 2HECA 5KXLA 1DZBX 2Z37A 5D5FA 2MEEA 5B1GA 1HF4A 1LMNA 4HTNA 4J7VA 4UWNA 1RJCB 1HEWA 4IJ4A 1OP9B 1LZ4A 1V7TA 4G4BA 2H5ZA 1LZSA 1WQNA 1XGQC 4XYYA 4NHTA 1WQMA 2ZQ3A 5I53A 1XGTC 133LA 1IWVA 1G7JC 1GE0A 1UA6Y 1KIQC 4H9AA 1YKXX 1LMAA 5HMVA 3AYQA 5KXZA 1QTKA 4H8ZA 1JHLA 2BQJA 4OWHA 1SLYA 1A4VA 2HEBA 5F81A 1HELA 3A95A 1LSMA 1LZ5A 4KL7A 3KAMA 1C7PA 2BQKA 1VAUA 4G9SA 3HBEX 5HLLA 4HV1A 3AGIA 3WPJA 1FDLY 132LA 1XGPC 4H91A 3CSQA 2D4KA 1DKJA 3GXRA 1OUCA 1REZA 1B7LA 1DI3A 2BQDA 2C8OA 3A6BY 1LZ1A 4WLXA 2G4NA 2G4QA 4XENA 4OWCA 1XEKA 5FELA 1UACY 6LYTA 1GFEA 2W1XA 4MSTA 1GBZA 4IASA 1IC4Y 4GN3A 1GB3A 2HU1A 5LVIA 1EQ5A 1HEQA 2F2NA 1HHLA 3LYZA 3W6CA 2WARA 2ZWBA 1I1ZA 1LHIA 3IJUA 1P2CC 2YBHA 4YF2A 4IATA 1KXWA 2Z39A 3A67Y 1IP6A 3WXUA 1JSEA 3B72A 1B7RA 1UIBA 2DQFC 4H8YA 4ETEA 1GFAA 1IWZA 1LZGA 1GDWA 4NG8A 4DD9A 5I54A 1LYOA 2YDGA 1LZ9A 5J7CA 1HENA 2HUBA 1B5WA 1UIGA 2F4AA 5KKIA 3CT1A 1HERA 2FBDA 3K3TA 3TXFA 1XSFA 2C8PA 3AW7A 4EMNA 1YANA 5K7OA 1OQMA 1T3PA 4WM4A 1LJ3A 5I4WA 1NDMC 1LJIA 2D6BA 1ALCA 3RNXA 5E9RA 1GB9A 4TTDA 1F10A 1BB6A 1LMPA 4LT2A 1GF3A 1OUBA 4WG1A 1LZAA 3WUMA 4WO6A 2FBBA 5IHGA 1H6MA 4LGKA 1UC0A 1IP5A 1OUGA 4LYOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J1OY 3E46A 1WTNA 4YENA 5FTNA 5KXYA 4AQYM 1PQJA 1RU3A 4XN6A 1QUHA 2BNKA 4GKKM 1HT2E 1G7HC 4HV2A 4DT3A 4GBRB 1F6SA 1ZV5L 3C82A 2HU3A 3W68A 1L59A 5LMUM 1L10A 4M0DA 192LA 1QT3A 5GKNA 4ETAA 1QVRA 4I7QA 1IM2A 1CJ6A 4NSRA 110LA 2F4VM 3LCUA 1L67A 1P3QQ 3C7YA 4GIPA 3HU2A 4IJFA 221LA 2K9DA 3DOAA 1MJGM 4JYAM 4QNRA 1RI8B 3KDSE 2MEIA 1OUFA 1LMQA 3I4YA 4DUYM 4PT5A 4BLCA 4L6V6 4DD0A 2R45A 3FTEA 1LZRA 1DPXA 4B0DA 1IC7Y 1OIPA 2L4EA 1JISA 122LA 3HUAA 4WM1A 5DL9A 3K2RA 4IBKA 4EKQA 1REYA 4W96A 1OUEA 4B7FA 1L35A 1B5UA 1L58A 4LRSA 1GF6A 4L78A 2R46A 4ETBA 1L66A 1L13A 2ZAMA 252LA 4GCDA 4O34A 5LAFA 3EBAB 1AM7A 5HNLA 113LA 1XFPL 1CU5A 5LYTA 1CJ8A 4DR4M 3WHKA 3J80S 1KIRC 3U6EA 4W55A 1NMMA 1GF8A 1LI6A 1GXXA 2E5LM 4WLTA 5I4YA 1KIPC 3HHWA 3QYBA 3JR6A 223LA 4DJHA 257LA 1DQJC 3R8FA 3SHFA 1CTWA 1QT8A 3T36A 4EOFA 102LA 4RLMA 5HLLA 4OWEA 3CDRA 1K82A 4CIZA 1LZEA 4JV5M 1IORA 3TXBA 2XH9A 1L42A 3HBHA 3LZMA 4G4QA 3A8ZA 2C96A 1GE4A 1JR3D 1UBZA 1KNIA 2AUBA 2ZQ4A 1LCNA 2CP8A 2RGOA 1GFUA 1G7IC 205LA 2B6TA 1CV1A 156LA 1FKQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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