1QDTA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycoyslase slt35 in complex with calcium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdtA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdtA02
1HENA 1LYZA 3W6BA 1LMPA 4H9AA 5HMJA 1LAAA 4H90A 4N1EI 4QDNA 4OWBA 3OK0A 1B5WA 4XADA 3W3EA 2MEBA 4B1AA 1IWZA 5HMVA 4NSJA 1J1PY 2FYDA 4RLMA 4HPEA 2A7DA 4TSBA 4NHTA 1LSDA 5LVJA 1LSAA 4LT0A 5LYZA 1IORA 1UIHA 1GXV2 1JTOL 3A34A 5B1FA 3W6FA 1JPOA 1ZVYB 1YL1X 2Z38A 2ZILA 1YAOA 4GN3A 4NGZA 4ETCA 4WLXA 1OUIA 5HNLA 3D9AC 1GFHA 1QQYA 1IP3A 1GBOA 3WULA 3WYHA 1ZV5L 3W6CA 1IWWA 2Z19A 1C43A 1GFUA 4MR1A 4CFPA 1GB5A 1GF7A 1JTPL 3HBDA 1NHEA 2HECA 3ULRA 1GB9A 1HEOA 4TUNA 1UIAA 2MEIA 1OUJA 3P66A 3CB7A 3LZTA 4WO6A 1REXA 1VATA 3TXJA 2BQHA 2BQEA 4XENA 4OW1A 4DT3A 1VDSA 3TXGA 1YILA 2DQFC 4DC4A 4WL7A 5E9RA 3CT0A 5KXRA 2W1MA 1HFYA 1G7IC 1LHIA 1LHLA 132LA 1XGQC 3A92A 4LYMA 3A91A 3WVXA 1DQJC 1LSNA 1YKZX 5I54A 5KXSA 3HBEX 5KXOA 4BAFA 4HTNA 2EKSC 1YKXX 4NFVA 2EPEA 4ML7A 4OWAA 2FYCA 3OJPA 5APCA 1C10A 3TXFA 1C7PA 1GBWA 1OQMA 2D4KA 1B7LA 4DD3A 4TTDA 3AGGG 4GCCA 4WM3A 5C6LA 1OUFA 3WVYA 1B7NA 4KPMA 2ZQ4A 2BQOA 3TMUA 1HNLA 5LIOA 5B05A 2Z2FA 1GF5A 1LZ9A 4N1CC 1IP7A 1OP9B 1AT5A 3D3DA 3TXHA 1I56A 4J0LA 3LYOA 1A4VA 1GE2A 2GV0A 1GWDA 1LJ3A 4N8ZA 4RLNA 3M3UA 4B4EA 5ILFA 4KL7A 2ZWBA 1E8LA 5F14A 1YL0X 1JJ3A 3EMSA 1GFGA 5KXYA 1D6QA 1LZDA 1CJ7A 2BQGA 1GBYA 4ZFPA 5KXKA 193LA 3CT5A 3ZVQB 5C6JA 2EIZC 4EOFA 2C8OA 1JKDA 1REZA 1GE1A 4EMNA 4LYTA 4BAPA 3AB6A 2HEAA 1NBZC 4WG7A 3LYTA 1LHHA 3FI7A 5D5CA 1T6VL 4QGZA 2YBMA 3WPKA 1OUAA 2Z37A 1OUEA 2ZIJA 3AW7A 3WPJA 4U3XB 1NKHA 1NMMA 5KKJA 1CKDA 2BQJA 3ATNA 1LZ5A 1IR9A 4B0DA 1W08A 3B0OA 1HELA 3MGWA 3T36A 4ANRA 4HPIA 4H9EA 1BVXA 4ZIXA 3RZ4A 4DDBA 1VAUA 5J7CA 1REYA 4UWUA 3LN2A 1IR8A 4NIJA 1LMAA 5KXMA 4DD9A 1DKKA 1HF4A 3AZ7A 2IHLA 4WM2A 1LYOA 3EXDA 2Z12A 1AZFA 4LYCA 5HLLA 3AGIA 2XTHA 2DQHY 4NG8A 3VWOA 1JISA 4NGIA 3WMKA 3LYMA 4W94A 3EO5A 2YBJA 3LZ2A 4G4BA 2X0AA 5K7OA 5M1YA 5ILCA 2DQEY 3LHMA 2FBDA 1IIZA 5LVHA 1B7OA 1GEVA 1GB2A 1IEEA 1PS5A 2BQMA 2LZ2A 4HP0A 1LJNA 2W1XA 1CJ8A 5F9UA 5IDDA 1XEIA 4NSHA 1JKAA 4I0CA 2PC2A 3B6LA 5KXXA 2W1YA 1JSFA 2BQFA 2N5ZA 1KIPC 4GCEA 4WO9A 1XFPL 1LJJA 1LJHA 1DI5A 1RI8B 1WQMA 5DN5A 1IP5A 1B9OA 2LYMA 2HEFA 1IWUA 1GDWA 4NSGA 4W96A 2CWIA 4DD2A 2H5ZA 4ETBA 5I53A 1I1ZA 1LHKA 5LA8A 1J1XY 1C46A 207LA 3ZEKA 2LHMA 1IOCA 4C5FA 4MCKA 5APDA 5F9XA 1LSGA 4HSFA 4LFPA 1HSXA 4NY5A 4R0FA 1GE0A 3WU7A 2LYZA 1UIGA 1B7SA 2BQKA 2MECA 1IC5Y 4Z3MA 1VEDA 1LTMA 1AT6A 4N9RA 1B5XA 2HU1A 3WH1A 5L9JA 2IFFY 2HUBA 1LMTA 1VFBC 1LZTA 5B59A 1GFKA 1GFAA 4H1PA 4RDSA 4N0JA 1BB3A 1VDTA 2YVBA 2ZNWY 1REMA 1LJGA 1DKJA 4XJFA 5APFA 4RW2A 2BAAA 154LA 1VDQA 1MELL 1HC0A 1INUA 2DQJY 1EQ5A 1GF9A 4WM1A 5F81A 1G7MC 1BWIA 3TXBA 1P2CC 1LZRA 1IWXA 1H6MA 3EBAB 4PRUA 3CSZA 194LA 3RU5A 3B0IA 3P64A 4QEQA 1FLQA 1LHMA 2I6ZA 5L3IA 1GEZA 1IP2A 2Y8PA 2BQDA 1AKIA 4B4IA 4ETEA 1TEWA 4PJ2C 3B72A 2XBSA 4LYZA 4UWVA 2LZTA 4H91A 1GFRA 1BGIA 1WQRA 1KXXA 1JUGA 4WL6A 2I26L 1UA6Y 4R6CA 4YEOA 2YDGA 4NEBA 1V7SA 1GXXA 5F16A 1QTKA 2WARA 1UIDA 4A7DA 5B06A 1XSFA 1TAYA 3IWRA 4XJHA 5LVIA 1D6PA 4HV1A 5KXTA 3TMWA 1OUHA 2MEGA 2HEEA 3TMVA 4LT3A 1IR7A 4G49A 5LA5A 1GFTA 1LSZA 4HV2A 3WXUA 1IP4A 5I4WA 1MLCE 1D0MA 3A95A 3W6EA 3A93A 1LZSA 4ZEEA 4LZTA 3A90A 3WUNA 3F6ZA 1T3PA 4O34A 5EBHA 1IO5A 2A7FA 4NGLA 3W6DA 1B5YA 1NDMC 4OWEA 4ET9A 1FDLY 1XEKA 2G4QA 1HERA 3G3AB 4NGJA 4DD7A 1HEPA 2BQNA 3BKHA 4NG1A 1LYYA 1IVMA 5FSTA 1QUSA 1LZAA 3N9AA 1LZBA 1CNSA 4UWNA 3IJVA 1BHZA 2MEFA 3T6UA 4ETDA 2DBTA 1BB6A 4TX7A 2D4IA 1D0LA 1GBSA 1LMQA 2F2NA 4YOPA 1LZEA 4OOTA 4X3BA 1FLUA 1BVKC 4J7VA 4BADA 2LYOA 4H9IA 1GB7A 3ZVQA 5A3ZA 1XEJA 5T3FA 208LA 1QUTA 4H9HA 4WMGA 3TMXA 2BQBA 3A8ZA 1LJEA 3AJNA 1LZGA 1W6ZA 3CSQA 1UACY 4WG1A 1IWYA 5KXPA 4PHIA 1JTTL 2ZQ3A 1B5ZA 1EQ4A 4WOAA 1QTEA 3WXTA 2ZYPA 3IJUA 3M18B 5B07A 5KXNA 5KKIA 1LZ4A 3A3QA 1YAPA 2XJWA 1WVVA 5FEKA 5KXLA 1HFZA 3A6CY 4AXTA 1FBIX 1LMOA 2F30A 1JITA 1LSFA 1TCYA 4Z41A 2HTXA 4M4OA 2W1LA 1GBZA 1B7QA 1DPXA 4GN5C 4D9ZA 1IOTA 4G4HA 1GE3A 4G4CA 1D9UA 3N9EA 1XGUC 1HEWA 5DLAA 4M6DA 3WU8A 1LJIA 4ET8A 5HNCA 4XJGA 3TXDA 1IWVA 3HBHA 1JHLA 1NQIA 5KY1A 1GB3A 2HEDA 1SLYA 1HMKA 2G4NA 4N5RA 3A67Y 2RSCA 1LOZA 1J1OY 1NF5A 135LA 4YEMA 1JKCA 1JJ1A 1FN5A 4B49A 4WLDA 4NGWA 1LZ1A 1XGTC 5LINA 4LFXA 3WUAA 3SP3A 4NHIA 2CGIA 1LHJA 1NDGC 4XYYA 2B5ZA 1KXYA 1RCMA 5I5QA 2D6BA 1UIEA 2G4PA 2MEAA 1GB8A 3A3RX 4CFOA 3P65A 4E3UA 2NWDX 4GCBA 4YF2A 4NHSA 2ZIKA 1LZYA 4DDAA 1CKFA 4HJYA 1NBYC 5LXWA 3A6BY 1UC0A 3RW8A 2BQAA 2I25L 3ATOA 1QDTA 1F10A 1CJ6A 4CGEA 1Z55A 3GXKA 3B0KA 3FE0A 3HFMY 4WLTA 4NGKA 2C8PA 4NWHA 5LAGA 5C6IA 1B7RA 4DD1A 3J4GA 4HJZA 4NGVA 1JIYA 1WTMA 1LKSA 2BPUA 3KAMA 3WU9A 3QY4A 1EQEA 4WM6A 4Z46A 5IHGA 1KIQC 5IELA 1B5VA 2D4JA 4H9FA 1TDYA 1B5UA 4G9SA 2CDSA 5LYMA 1GF4A 1LZ8A 4H9CA 4J1AA 1IY3A 4BS7A 1WTNA 4II8A 3N9CA 4GN4A 1DI3A 5KJ9A 4NHPA 4HTKA 5L3HA 1GHLA 1IP6A 4OWCA 1V7TA 1GFEA 5LAFA 2HU3A 4XJBA 3AZ5A 1IX0A 1OUGA 3AZ6A 1HEQA 1BB4A 2MEHA 1GF8A 2YBLA 4GLAA 4H93A 1LYSA 134LA 4I8SA 3W6AA 4DDCA 4TSCA 1FKQA 1UBZA 2MEEA 1YIKA 1LMNA 3WL2A 1GAZA 4NGYA 1JEFA 1O23A 4Z98A 4CJ2A 1XGRC 1PZYA 4DYGA 4H8XA 3WW6A 1KIRC 4LT1A 1FLYA 2DQAA 1C45A 3CT1A 1LSBA 1H87A 3K3TA 4H8ZA 1QIOA 5HQ1A 6LYZA 5II3A 1YQVY 2Z39A 1WQPA 3AW6A 1LSPA 3WUMA 1C08C 1G7JC 1HMLA 5AMYA 9LYZA 1GB6A 4LYOA 4YM8A 1IC7Y 1GFVA 1B2KA 1RE2A 2DQIY 4QY9A 3CQLA 1LZ6A 2BLXA 2YSSC 1YANA 3E3DA 1QSAA 1GD6A 1GDXA 4IASA 4PPOA 1EL1A 1AM7A 1G7LC 4KT3A 5B1GA 4RW1A 2H9JA 4FJRA 5I4YA 1FKVA 5FDJA 1HSWA 4AGAA 5D5FA 2H9KA 1BWJA 1CKGA 1LZCA 1RFPA 2BLYA 2DQGY 4XJIA 4H9BA 2CJLA 4FDYA 3WPLA 4C3WA 1RJCB 1A2YC 1LSMA 3TXKA 1BB5A 3AZ4A 5LYTA 1QSWA 1LSCA 1OUBA 1JWRA 3P68A 8LYZA 3TXEA 4NHQA 1QDRA 1BQLY 1OUCA 4WM4A 1JJ0A 2DQDY 1SQ2L 4H94A 4GCFA 1WQQA 3P4ZA 4GLVA 5DN4A 5E4PA 2ZNXY 1XGPC 2FBBA 1NWGA 4DD0A 4NGOA 4L41A 1CKCA 4IATA 5FHWA 1N4FA 1HFXA 6LYTA 1UCOA 1LZNA 4OOOA 4HTQA 4B4JA 1IP1A 4CHXA 3BKVA 1GB0A 1GE4A 1GPQC 1KXWA 1BWHA 2BQLA 2BQIA 1HHLA 2YBHA 4P2EA 1ZMYL 4YENA 1LKRA 4LT2A 3QNGA 3TXIA 4KXIA 1IWTA 1B0DA 1F0WA 4NSIA 5DL9A 1OUDA 4H92A 5LVKA 2YBNA 1BB7A 1GF3A 2DKVA 2Z18A 3RNXA 1GF0A 4XN6A 4IJ4A 1YAQA 5KXWA 1LPIA 1UICA 3J6KA 4XJDA 3QE8A 1IOQA 1LMCA 3GXRA 1VDPA 1WQOA 1UUZC 2YBIA 3LYZA 1LJKA 4TWSA 5I4XA 3A94A 1IOSA 1JKBA 153LA 1LJFA 4LYBA 1I20A 1JSEA 4GCDA 1WVUA 4NWEA 1CKHA 5KXZA 5A3EA 3WW5A 2BQCA 2DQCY 1D0KA 2MEDA 4LGKA 1G7HC 1IC4Y 1WQNA 2EQLA 2VB1A 1UIFA 1HEMA 1YROA 1ALCA 1DPWA 2F4GA 7LYZA 4OWHA 2F4AA 1UIBA 4WM5A 2D91A 1ZVHL 4ETAA 2HEBA 2XBRA 4DWXA 4H8YA 1F6SA 1GF6A 4WLYA 2ZYCA 5FELA 5LVGA 1GAYA 1LSYA 4PRQA 2AUBA 1IY4A 4MSTA 1FLWA 2Q0MX 1TBYA 1B7PA 1DI4A 1LCNA 3G3BB 4PGJB 1CJ9A 1LJ4A 1YAMA 3A96A 1YKYX 1LSEA 3AGHA 1F6RA 3AYQA 2Z2EA 3CSRA 133LA 4HJVA 4J1BA 3RT5X 1B7MA 1DXJA 1GFJA 5JENB 5APEA 5DM9A 5FCPA 1GBXA 1DZBX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CP8A 1HENA 2CV2A 1LMPA 2MGWA 4N1EI 1B5WA 4XADA 2QQ8A 4B1AA 2LH0A 4K5YA 2RAZX 1IWZA 2B7XA 1QUDA 2FYDA 1G0GA 4NHTA 3H4JA 4LF9M 258LA 4LF4M 4AI6A 4EKPA 2QBYA 1ZVYB 3G3VA 3K1JA 1LYFA 1Z59A 5L8RF 4I7NA 3UJNA 1YAOA 2Y21A 4GN3A 4ETCA 3FUUA 1A5TA 1QQYA 4I7TA 3WULA 160LA 1CUPA 1QUGA 2DWZB 2FOIC 4CFPA 1UIAA 252LA 3P66A 3DMXA 4MM3B 3LZTA 131LA 1REXA 1L25A 2XSZD 4OW1A 2LVNC 4DT3A 1VDSA 2B3TA 4B7FA 2DQFC 4IJEA 2UUCM 3CT0A 4NOOB 1HFYA 1IBLM 1DQJC 1LSNA 2VF8A 2OOAA 1YKZX 3HBEX 2LCBA 5KXSA 5KXOA 4HTNA 1LPYA 3THGA 3OE0A 4OVZB 4P17A 4ML7A 1C10A 1JTMA 1GBWA 4JXJA 3AGGG 1L2DA 4WM3A 1L16A 5H37D 3WVYA 4FD2A 3HKPA 1TR8A 4GHLA 2Z2FA 3I04M 1N36M 4AW4A 1G1WA 1OP9B 1N77A 3D3DA 127LA 3TXHA 4J0LA 2RBOA 3LYOA 1A4VA 3C80A 213LA 1GWDA 4N8ZA 1Q39A 234LA 1YL0X 3A45A 1JJ3A 1LYGA 1SX2A 5KXKA 2XF3A 2CHQA 2EIZC 4EOFA 2DWMA 4EMNA 2GNOA 1NJGA 4JI7M 4ARMB 4BAPA 3AB6A 1L21A 102LA 2ANVA 1L49A 1NBZC 2DXIA 1LHHA 2YBMA 4PT5A 2ZANA 4DR3M 1OUEA 3WPJA 1NMMA 3BBZA 1OJLA 142LA 4IBFA 4JI3M 1HR0M 4ANRA 4GRVA 1C6KA 1L92A 4UWUA 3LN2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1HEN A;  1LMP A;  4N1E I;  1B5W A;  4XAD A;  4B1A A;  4K5Y A;  2RAZ X;  1IWZ A;  2B7X A;  1QUD A;  2FYD A;  1G0G A;  4NHT A;  258L A;  4EKP A;  1ZVY B;  3G3V A;  1LYF A;  4I7N A;  1YAO A;  4GN3 A;  4ETC A;  1QQY A;  4I7T A;  3WUL A;  160L A;  1CUP A;  1QUG A;  4CFP A;  1UIA A;  252L A;  3P66 A;  3DMX A;  3LZT A;  131L A;  1REX A;  1L25 A;  4OW1 A;  4DT3 A;  1VDS A;  2DQF C;  3CT0 A;  1HFY A;  1DQJ C;  1LSN A;  1YKZ X;  5KXS A;  3HBE X;  2LCB A;  5KXO A;  4HTN A;  1LPY A;  3OE0 A;  4ML7 A;  1C10 A;  1JTM A;  1GBW A;  3AGG G;  4WM3 A;  1L16 A;  3WVY A;  2Z2F A;  1G1W A;  1OP9 B;  3D3D A;  127L A;  3TXH A;  4J0L A;  2RBO A;  3LYO A;  1A4V A;  3C80 A;  213L A;  1GWD A;  4N8Z A;  234L A;  1YL0 X;  1JJ3 A;  1LYG A;  1SX2 A;  5KXK A;  2EIZ C;  4EOF A;  4EMN A;  4ARM B;  4BAP A;  3AB6 A;  1L21 A;  102L A;  2ANV A;  1L49 A;  1NBZ C;  1LHH A;  2YBM A;  1OUE A;  3WPJ A;  1NMM A;  142L A;  4ANR A;  4GRV A;  1C6K A;  1L92 A;  4UWU A;  3LN2 A;  2B74 A;  2B72 A;  3AZ7 A;  3EXD A;  1AZF A;  1C6N A;  3C7Y A; 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