The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
PPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of a domain of 26S proteasome regulatory subunit 8 from homo sapiens. Northeast Structural Genomics Consortium target id HR3102A
rcsb |
| molecule keywords |
26S protease regulatory subunit 8
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
24
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| structure length |
75
|
| sequence length |
75
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-11-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17862 | AAA_lid_3 | AAA+ lid domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GIT A; 1G4A E; 2DVW B; 3U5Z B; 3D8B A; 4QOS A; 1HQC A; 5JI3 E; 2XSZ D; 3U60 B; 4I4L A; 3R8F A; 2QZ4 A; 4LRS A; 4WW0 A; 1OJL A; 1W5S A; 2CHG A; 2CHQ A; 3GLF A; 3GLF B; 2ZAO A; 4L15 A; 3PFI A; 3WHL A; 3HWS A; 1X37 A; 2XSZ A; 1E94 E; 2C99 A; 2QBY B; 2QBY A; 2DZN B; 1OFI A; 2V1U A; 3PVS A; 2X8A A; 3BOS A; 1NY5 A; 5EP4 A; 3SC3 A; 1E32 A; 1L8Q A; 3M0E A; 1S3S A; 4LJ8 A; 1NVM A; 4FCV A; 1J7K A; 4JN6 A; 3EIH A; 3VFD A; 2DWZ B; 5C18 A; 4FWH A; 1IXS B; 1HT1 E; 2ZAN A; 3U61 B; 2R62 A; 5FTL A; 2ZAM A; 1HQY E; 5FTM A; 3GLI B; 1UM8 A; 4LGM A; 3GLI A; 3MHV C; 2CE7 A; 4FCW A; 3HU1 A; 1SXJ C; 5EP1 A; 4KLN A; 3UK6 A; 3GLH A; 3B9P A; 4LCB A; 4LJ7 A; 5FTN A; 4LJ6 A; 1R6B X; 2HCB A; 2QEN A; 2KRK A; 4LJ5 A; 2DZO B; 5EP3 A; 3CF0 A; 5FTJ A; 1QVR A; 2RKO A; 4FCT A; 3ZH9 B; 1JR3 D; 2C9C A; 3M6A A; 3KW6 A; 5FTK A; 4FWG A; 2Z4S A; 3KDS E; 4LJ4 A; 4QNM A; 3GLG A; 3HU2 A; 4KO8 A; 5EP2 A; 3PXG A; 4LJ9 A; 5EXS A; 2QPA A; 1SXJ E; 4D81 A; 1KYI A; 1IQP A; 4D82 A; 4QHS A; 1XWI A; 5DYI A; 2CHV A; 1JR3 A; 1NY6 A; 3SYK A; 4LZZ A; 4QHT A; 1JQJ C; 3CF2 A; 1NJG A; 4LJA A; 1NJF A; 1G41 A; 1XXH A; 1XXH B; 5EQT A; 4I81 A; 1KSF X; 2C9O A; 2C98 A; 3GLH B; 3EIE A; 3K1J A; 5EXX A; 4Z8X A; 1DO0 A; 2BJV A; 2Z4R A; 1OFH A; 1IN7 A; 2C96 A; 2DHR A; 5DYG A; 3VLF B; 1NSF A; 1HT2 E; 2CEA A; 1SXJ D; 3SYL A; 2FNA A; 4ZPX A; 4L16 A; 3GLG B; 2V6Z M; 4FD2 A; 1IN5 A; 5EXT A; 4A3V B; 1IY1 A; 1IN4 A; 1G3I A; 1IXZ A; 4L4U A; 4D80 A; 3HU3 A; 1DO2 A; 4FWD A; 1SXJ A; 1SXJ B; 4EIW A; 3AJI B; 2BJW A; 4LY6 A; 1QZM A; 1D2N A; 1C1K A; 3H4M A; 4FW9 A; 5C1B A; 1LV7 A; 1IY0 A; 1IY2 A; 1FNN A; 1IN6 A; 1IN8 A; 2R65 A; 3DZD A; 5EXP A; 5JI2 E; 4KOD A; 2QP9 X; 1R7R A; 1IM2 A; 1IXR C; 4QNR A; 3WHK A; 4LRT A; 1W5T A; 2VII A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GQ4 A; 3AOE C; 1N33 M; 2EKF A; 4I5S A; 1YSY A; 2DVW B; 2LXE A; 4M0D A; 4X64 M; 3LCU A; 5JI3 E; 3RE8 A; 3U60 B; 3GLI E; 4DV7 M; 2MGW A; 2JZ0 A; 3T38 A; 3R8F A; 4LRS A; 2CHG A; 4R7G A; 3GLF B; 2XFS A; 2LVQ D; 4L15 A; 3UZU A; 5KQ8 A; 4MGI E; 2DWL A; 2F5O A; 2KEB A; 1ZMV A; 3FE3 A; 1Q3C A; 4LFC M; 2JP7 A; 3KS4 A; 2C99 A; 2R45 A; 1GLN A; 2QBY A; 1OFI A; 4MGZ E; 3DFZ A; 1HNZ M; 3B89 A; 3TWM A; 4B7G A; 4RKU F; 3SC3 A; 1E32 A; 1L8Q A; 2A5Y B; 3T6P A; 1J5E M; 2V1C A; 5E6J A; 1OIZ A; 1KFV A; 1FJG M; 2FS1 A; 4LF7 M; 4LJ8 A; 1QAQ A; 2QNJ A; 5KO3 A; 4FCV A; 3I4V A; 4JN6 A; 1PGY A; 1ZMW A; 3VFD A; 4AZF A; 3CTW B; 2DWZ B; 5C18 A; 4G4Q A; 1ZMU A; 4XK8 F; 1QZE A; 3MJ5 A; 1Q02 A; 4LFA M; 5L8R F; 1GL6 A; 2JA2 A; 4LGM A; 4MH0 E; 3GLI B; 2HWJ A; 5IZ7 D; 1SXJ C; 2M60 A; 2KNA A; 2VQF M; 4KLN A; 3IG5 A; 5IT9 S; 1Z5B A; 2CP8 A; 1MN3 A; 2XH9 A; 4NSO B; 4BBA A; 4CIS A; 1QAM A; 1CUK A; 2AHM A; 2JXN A; 3CF0 A; 2RKO A; 1DGH A; 3E4R A; 1T3T A; 3KFU G; 1DGG A; 5IWA M; 5FLX S; 3NWL A; 4FWG A; 1TR8 A; 2QSF X; 3KP0 E; 4QNM A; 4KO8 A; 2JNH A; 5EP2 A; 3VDP A; 4LJ9 A; 1N77 A; 1D0K A; 4GKJ M; 1SXJ E; 5ITU A; 3E21 A; 4DR3 M; 1OIP A; 3J80 S; 4D82 A; 2L6O A; 4QHS A; 3OTO M; 4GRI A; 3GPX A; 2KNZ A; 1D0M A; 1NY6 A; 2XLJ A; 2DNA A; 4QHT A; 3BXW A; 4L8R C; 1N78 A; 3T1H M; 2APL A; 1KSF X; 2BNK A; 4OVZ A; 2C98 A; 3JR5 A; 3IEC A; 3K1J A; 5EXX A; 4DR2 M; 4LZJ A; 1DO0 A; 2EA0 A; 4IBE A; 1D0L A; 4G4N A; 3CF6 E; 3GPY A; 1P3Q Q; 1MX0 A; 3VLF B; 3U6S A; 1NSF A; 3RGS A; 1AIP C; 1SXJ D; 4OW0 A; 4NRW A; 4GKK M; 2EO2 A; 2VDB B; 2V6Z M; 2UUA M; 2VF8 A; 2K9D A; 3IHP A; 4A3V B; 4YY3 M; 1IY1 A; 3QYB A; 1HNX M; 4JI4 M; 3K92 A; 3K9O A; 2XGN A; 2VQE M; 2Q2E B; 3SMS A; 3GP1 A; 3LVW A; 1Q3B A; 1SXJ B; 1NNJ A; 3U6Q A; 4ITQ A; 4JI7 M; 4WUR A; 2JY5 A; 3GO8 A; 1G59 A; 3SAT A; 4LF6 M; 3TE6 A; 3W68 A; 2MH8 A; 5ITT A; 2UUC M; 1TTE A; 1ZQ9 A; 3HGI A; 3L27 A; 1IM2 A; 2ZBK B; 4MGY E; 3T1Y M; 1W5T A; 1QAO A; 1E9R A; 3FTD A; 2VII A; 3ILK A; 1IBK M; 5DFL A; 1UFZ A; 1G4A E; 4GIT A; 3VKG A; 3U5Z B; 2O01 F; 3D8B A; 3M7G A; 1A5T A; 1HQC A; 2XSZ D; 3HHX A; 2KXE A; 3FTC A; 1WIV A; 3K8Z A; 4X62 M; 4WW0 A; 3TL4 X; 1OJL A; 1W5S A; 2QCU A; 1PJI A; 2ZAO A; 3TPZ A; 7CAT A; 2OOA A; 4WP2 A; 4LF9 M; 3FUU A; 3WHL A; 1PM5 A; 3SBJ A; 4CGY B; 1Y8G A; 2L4F A; 3PNV A; 3BBZ A; 4DR6 M; 1PJJ A; 5BR8 M; 5FSW A; 2CV2 A; 2LVN C; 1E94 E; 4IJF A; 2NQ8 C; 3AOG A; 5H37 D; 1VEK A; 2Y21 A; 1TH4 A; 2X8A A; 3BOS A; 4GC9 A; 2WZJ A; 3VK7 A; 2DWN A; 4G4O A; 3M0E A; 1PJQ A; 1XNR M; 2UXC M; 1N75 A; 3SHF A; 1QUS A; 2D7H A; 2WSC F; 3DOA A; 1NNU C; 1JR3 E; 3EIH A; 1TDZ A; 4FWH A; 1IXS A; 3SAW A; 3LQR A; 3U61 B; 1XXH E; 2F5N A; 1WJ7 A; 2UU9 M; 2ZAM A; 5ITQ A; 3U6E A; 1HQY E; 5FTM A; 2MRO B; 1UM8 A; 3LMM A; 1R4G A; 1E9S A; 2CE7 A; 4IBI A; 4PT5 A; 3TWK A; 4LF5 M; 3L25 A; 2L2D A; 5EP1 A; 2CWB A; 2MJ5 B; 1LTM A; 3B9P A; 3KP1 E; 2LVA A; 4LCB A; 4LJ7 A; 4LJ6 A; 3Q8G A; 2RRU A; 5FTN A; 4B7H A; 4PDI A; 1V33 A; 4IBG A; 1TH3 A; 4LJ5 A; 5A2Q S; 3AL0 C; 2DZO B; 5EP3 A; 2RGO A; 5FTJ A; 1PJS A; 1QVR A; 5LMN M; 2YR0 A; 4JYA M; 1JR3 D; 4P17 A; 1GJS A; 3KSJ A; 4GHA A; 4UN2 B; 3KW6 A; 2LNH C; 4LJ4 A; 3KDS E; 3RGP A; 3HU2 A; 3PXG A; 5F3W A; 2W82 A; 2G8L A; 2QPA A; 1VEJ A; 1L2C A; 3ZQJ A; 3W0L B; 2Z3X A; 5ITX E; 1YLA A; 1IQP A; 3I4Y A; 4DBG B; 4JI6 M; 5DYI A; 3B7Q A; 2LWX A; 3SYK A; 3U6M A; 2HL7 A; 4LZZ A; 2HKJ A; 2DAM A; 3CF2 A; 1NJF A; 2FFJ A; 1VEG A; 4HEO A; 1XXH B; 3ZC7 B; 3GQ3 A; 5IRE B; 3A42 A; 4I81 A; 1IBM M; 4RF1 A; 2CUZ A; 2ZTC A; 5KPT A; 4OU7 A; 2J7N A; 3JR4 A; 4NSR A; 3V76 A; 3SAS A; 3KOY E; 2BJV A; 4G6Z A; 1VG5 A; 2R4J A; 2DAG A; 4LF8 M; 4CIZ A; 2KW0 A; 4F1I A; 2CEA A; 3SAU A; 3U5Z A; 4NXM M; 4B3R M; 4FD2 A; 1MJG M; 3FUW A; 5EXT A; 1IN4 A; 3E9S A; 1IXZ A; 4M9S A; 4D80 A; 1XB2 B; 3B74 A; 1XHB A; 3THG A; 1OAO C; 1DO2 A; 1QAN A; 1WXQ A; 2N35 A; 2BWB A; 3LW5 F; 4FWD A; 3TWL A; 3J81 S; 1HR0 M; 1IFY A; 1QQW A; 3AJI B; 2BJW A; 3KS8 A; 4LY6 A; 1G71 A; 1Z5C A; 4NRV A; 4Y28 F; 4GHL A; 2XZU A; 3FRI A; 3FTF A; 4FW9 A; 1LV7 A; 3NBX X; 5KPZ A; 1IY2 A; 1FNN A; 3HHZ A; 4DR5 M; 4AQY M; 2C5R A; 1QYR A; 2P5T A; 2R65 A; 1L2B A; 5JI2 E; 3HJQ A; 4KOD A; 2QP9 X; 3J27 B; 4PDG A; 1TGU A; 4DV0 M; 1N34 M; 3FYD A; 2YNM D; 1WGN A; 2O25 A; 1K3X A; 4IBB A; 1V92 A; 4JI3 M; 4JI5 M; 1GAB A; 2DKL A; 2FE8 A; 1T6O A; 2R0I A; 4RF0 A; 2OQ4 A; 3U60 A; 4I4L A; 3C3E A; 3SAR A; 2FOI C; 2F4V M; 2LVP C; 2WSF F; 3FYC A; 3NBI A; 2QZ4 A; 4IBK A; 2JUJ A; 2RGH A; 4NC6 A; 4IJE A; 1YUB A; 2CHQ A; 1YE9 A; 3GLF A; 2EUC A; 4K0K M; 2CV1 A; 2LHC A; 1QDT A; 3AV0 A; 1GJT A; 3GRU A; 1X37 A; 4KT0 F; 4DV2 M; 1AUA A; 1DGF A; 2DEN A; 4GEW A; 2QBY B; 1SG9 A; 4G4R A; 2LBC A; 3E46 A; 2D7E A; 2V1U A; 1QUT A; 3F92 A; 2DAI A; 5EP4 A; 2XEP A; 2G5G X; 1BVS A; 3GPU A; 1S3S A; 2CRU A; 2J7O A; 3U6D A; 2YQZ A; 1OAI A; 2X4A A; 2UXD M; 2WSE F; 2K6B A; 3I51 A; 4AKI A; 4RNA A; 2R4E A; 2R44 A; 4DV4 M; 1HT1 E; 2ZAN A; 3KOX E; 4HLQ A; 2R62 A; 2XZF A; 5KPR A; 5LMU M; 1R2Z A; 3GLI A; 3GLH E; 1PJT A; 2QQ8 A; 3HU1 A; 2K47 A; 8CAT A; 3KSX A; 3UK6 A; 1J09 A; 1ZV1 A; 2OPF A; 3W0F A; 1R6B X; 2HCB A; 2D7G A; 2Z8Y M; 2KRK A; 3A98 B; 3KOW E; 2BWE A; 4I8O A; 3AKZ A; 4G3O A; 3ZH9 B; 3GLG E; 2DWM A; 1DGH B; 4AG5 A; 2C9C A; 3QAU A; 5EJC A; 4R71 A; 3C9P A; 5FTK A; 5BPV A; 1GL7 A; 2Z4S A; 3QYE A; 2I7N A; 2LH0 A; 3LVV A; 5EXS A; 2HHH M; 2H1R A; 1XC8 A; 2F5Q A; 3L2A A; 2DAK A; 1T43 A; 2EJS A; 4MGK E; 1L2D A; 2CHV A; 2ZM6 M; 4JI0 M; 1K3W A; 2MR9 A; 1NJG A; 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