The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
86
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sequence length |
358
|
structure length |
312
|
Chain Sequence |
SPWFGMDIGGTLVKLSYFEPIEQEEVESLKSIRKYLTSNVAYRDVHLELKDLTLFNLHFIRFPTQDLPTFIQMGGGAYKFEKLHKLDELDCLVKGLLYIDSVSFNGQAECYYFANCQKMPFNLDDPYPLLVVNIGSGVSILAVHSKDNYKRVTGTSLGGGTFLGLCSLLTGCESFEEALEMASKGDSTQADKLVRDIYGGDYERFGLPGWAVASSFGNMIYKEKRESVSKEDLARATLVTITNNIGSVARMCAVNEKINRVVFVGNFLRVNTLSMKLLAYALDYWSKGQLKALFLEHEGYFGAVGALLGLPN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Allosteric Regulation of Mammalian Pantothenate Kinase.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Pantothenate kinase 3
|
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Homo sapiens
|
total genus |
86
|
structure length |
312
|
sequence length |
358
|
ec nomenclature |
ec
2.7.1.33: Pantothenate kinase. |
pdb deposition date | 2016-07-06 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF03630 | Fumble | Fumble |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AFU A; 2A3Z A; 4H0P A; 3D2F B; 4MLE A; 2ASO A; 1HKG A; 3R6M A; 3H45 C; 5AQX A; 2E2N A; 1QHA A; 3O1B A; 3MMV A; 2ZF5 O; 4BRM A; 5FPD A; 1Y64 A; 1YXQ A; 4KBO A; 1E4G T; 4BC2 A; 4PKH A; 4H5W A; 4DQ8 A; 4IO8 A; 3A8Y A; 4HTL A; 3CQX A; 2QXL A; 4CZI A; 4WQ4 A; 4E1J A; 1BG3 A; 1GLA G; 2NRH A; 5AQP A; 3FE1 A; 3CER A; 4CZG A; 4IWV A; 4CI6 A; 3MK6 A; 4EHT A; 2P9S A; 1GLF O; 4H5R A; 3LDP A; 3VEO A; 1ATN A; 2FSJ A; 2PAV A; 1TUY A; 1BWF O; 2NZT A; 2CGK A; 3VGL A; 4B1X B; 3U9D A; 2OAN A; 4I6M A; 3WEE A; 4MO4 A; 2CGL A; 4K43 A; 4WQ5 A; 5AQU A; 3KZB A; 2FF3 B; 4B1Z A; 2Q2R A; 3WQT A; 2YHY A; 1GLC G; 5CE3 A; 4YDU A; 5JLH A; 3DXM A; 5AQM A; 3WQU A; 4BR2 A; 1XUP O; 1S3X A; 1J6Z A; 1T6D A; 3ZEU A; 1GLE G; 3VPZ A; 4BR5 A; 4FOI A; 4ISG A; 3GOI A; 2P9L B; 3HTV A; 4BR9 A; 1LCU A; 5EXW A; 5AQG A; 4GNI A; 4H5N A; 4EFH A; 2E88 A; 3DAW A; 1NGG A; 3WXK A; 5LY3 A; 3H1V X; 1C0F A; 2CH5 A; 2Q0R A; 5BN9 A; 3SK3 A; 5AQQ A; 4M7Y A; 3C7N A; 1JCG A; 1MDU B; 3ZX3 A; 1QZ5 A; 2E8A A; 2GEM A; 3CJ7 A; 3FR0 A; 4DB3 A; 2V52 B; 1HKB A; 4FWK A; 3SMP A; 1SZ2 A; 5AQW A; 5I9E B; 3VGK A; 4CD3 A; 5BRE A; 2P9I B; 3O08 A; 1BOT O; 4JN4 A; 3H46 O; 4NB4 A; 2DPN A; 1TYQ B; 3KHY A; 3KVG A; 5AZI A; 3CJC A; 3MN5 A; 3J8A A; 1NGE A; 1RGI A; 1ATS A; 2KHO A; 3RSE A; 1X3M A; 3A5O C; 3LDL A; 4B1Y B; 4A62 A; 2Q31 A; 3QDK A; 3BEX A; 4H03 B; 3FFK B; 3GDQ A; 4O5F A; 4AM7 A; 5AQY A; 4ISF A; 4BGB A; 5BRH A; 1SQK A; 2P9N A; 3S41 A; 3IDH A; 4IJA A; 4CZM A; 4PKI A; 3FGU A; 3HSC A; 4BR7 A; 1YVN A; 2AA4 A; 3FZK A; 5EOY A; 1ZC6 A; 4BRE A; 3VEN A; 5TKY A; 5BPL A; 3CHW A; 2FLO A; 1OKJ A; 1NM1 A; 2E2O A; 3O4W A; 5BRF A; 1Z05 A; 4BRG A; 4IJN A; 3HZ6 A; 4BC5 A; 5BR9 A; 1S22 A; 4ISE A; 4FSV A; 2P9S B; 2D4W A; 4K25 A; 2ITM A; 5AQZ A; 4BQL A; 2YHW A; 4FWP A; 3DWL A; 3LL3 A; 4JAX A; 4EIA A; 2E1Z A; 3QML A; 4I6M B; 3VF2 A; 3SJH A; 2D0O A; 3WEE B; 3QFP A; 4RCH A; 1QZ6 A; 3QB0 A; 5BRD A; 4BRO A; 3ULE A; 4IZ9 A; 3O80 A; 3LDQ A; 3WT0 A; 3VES A; 2UYT A; 4QS8 A; 1P8Z A; 3QIC A; 3DXM B; 1BU6 O; 4BRQ A; 4M7X A; 1GLB G; 2E1Y A; 5EVZ A; 3MN6 A; 1K8K A; 1XC3 A; 4EAH D; 3ZEU B; 4BVP A; 2QWP A; 1ZXO A; 2QWO A; 4J8F A; 2J4R A; 3IUC A; 3VER A; 1V4T A; 4K42 A; 3TU5 A; 5KPZ A; 4BR0 A; 5EX5 A; 2ASM A; 1JCE A; 3GL1 A; 2Q0U A; 3F9M A; 3QFU A; 5KQD A; 5LJV A; 3FZL A; 4PKG A; 2P9U A; 3C7N B; 3EL2 A; 3UKU A; 4H5V A; 4B1V A; 4PL7 A; 3H3N O; 5AQF A; 4BRF A; 4BGA A; 4NO7 A; 4XH4 A; 1KAY A; 3UKR A; 2A40 A; 2P9K A; 3A5L C; 1HLU A; 2VWB A; 3BF1 A; 2I7N A; 2FF6 A; 4FWN A; 3CQY A; 4H5T A; 4BRP A; 3ENO A; 2QM1 A; 5JIC A; 2NLX A; 2W41 A; 3OHR A; 5AZI B; 1DGK N; 2E2Q A; 4FWS A; 5AQO A; 3L4I A; 1DEJ A; 4CBU A; 1MWM A; 4FWL A; 3RSE B; 5E26 A; 4FWR A; 4WYB A; 2FXU A; 3VEZ A; 4CJ7 A; 3GBT A; 3O8M A; 3W0L A; 3EKS A; 3H6E A; 1QQM A; 4EHU A; 5AZJ A; 1U6Z A; 3CJ1 A; 4BG9 A; 1IJJ A; 1CZA N; 3HM8 A; 4XEI A; 3U8X A; 3CI5 A; 3ID8 A; 3U4L A; 5AQH A; 2P9N B; 2V7Z A; 3L0Q A; 3H1Q A; 2IVP A; 3EN9 A; 3P4I A; 3SMS A; 4JNE A; 2FSK A; 3VOV A; 2GUP A; 2VCP A; 2GWJ A; 2P9P A; 4RWT A; 3O1W A; 4B9Q A; 5JMV A; 5AQS A; 4FPA A; 1QQO A; 3VF4 A; 4CZF A; 4WQ4 C; 2CH6 A; 2HMP A; 3O6W A; 4JD2 A; 5AQV A; 5AQL A; 4CZJ A; 1WOQ A; 4C23 A; 4DCH A; 3LM2 A; 2ASP A; 3AY9 A; 4HWI A; 2YI1 A; 1C0G A; 1LOT B; 4FPB A; 1EQY A; 1RDW X; 4A61 A; 4BC4 A; 1HJO A; 3MN7 A; 2Q36 A; 1H1V A; 2W40 A; 1HUX A; 5AQI A; 2E20 A; 2A42 A; 3ULE B; 4AM6 A; 1HKC A; 1IG8 A; 3M3Z A; 5LJW A; 1BA0 A; 4L3Q A; 4WQ5 C; 5FPN A; 3FLC O; 3MDQ A; 1K8K B; 2V7Y A; 2WUS A; 3WXL A; 3ZET A; 4GY2 B; 2YJE A; 1NGI A; 2V51 B; 4YDU C; 3H3O B; 4XH5 A; 1TUU A; 4BRK A; 2IIR A; 4XH1 A; 4MLH A; 3A5M C; 4BQZ A; 1GLL O; 4FO0 A; 2IVO A; 3UE5 A; 3QBX A; 3AAR A; 1MWK A; 1NGA A; 2QWM A; 2E2P A; 3HBT A; 3WXI A; 2QWR A; 3AAP A; 3BUZ B; 3B8A X; 3G25 A; 4BRA A; 2A5X A; 1G99 A; 3LM9 A; 3ZX2 A; 2A6A A; 4FWM A; 1T44 A; 5B8H A; 2ZGZ A; 4LC9 B; 3BP8 A; 2ZGY A; 3JXU A; 4JHD A; 3ZX0 A; 3A5N C; 2A41 A; 2P9U B; 4H0Y B; 3M6G A; 3D2E A; 3UKU B; 4F9O A; 4H0T B; 1U2V A; 4BRI A; 2CGJ A; 4CBX A; 3DXK A; 3L6Q A; 4QS9 A; 3UKR B; 5FPE A; 2P9K B; 2QWN A; 3GG4 A; 5KPR A; 1HX1 A; 1ATR A; 5AQT A; 3R9P A; 1RFQ A; 4BG8 A; 3EKU A; 1YUW A; 3VET A; 2D0P A; 3EZW A; 3CET A; 3I33 A; 1HPM A; 3VF6 A; 5AQJ A; 4Y0W A; 4BRH A; 1NGF A; 2GWK A; 2IVN A; 4A2B A; 3ATU A; 1BO5 O; 4CZH A; 3SLC A; 1E4F T; 4FWO A; 4FL9 A; 4CZK A; 5AZJ B; 4CBW A; 4BRD A; 3QBW A; 4CZE A; 3D2F A; 1V4S A; 2EWS A; 3W3D A; 2F9T A; 1GLD G; 4BR4 A; 3CJA A; 1X9J A; 1WUA A; 3WUH A; 3C0B A; 3A0I X; 4MO5 A; 2YHX A; 2P9P B; 5AQR A; 4B1U B; 2VYP A; 5KPT A; 5E84 A; 5F2R A; 5AQK A; 2GTD A; 4B1W B; 5ADX H; 3LDN A; 4A2A A; 4JD2 B; 1NBW A; 3VEY A; 1KAX A; 2BTF A; 3BF3 A; 1ESV A; 2PBD A; 3R8E A; 1NWK A; 3CIP A; 3IFR A; 3IMX A; 4H0V B; 5BPM A; 4IXC A; 4BRN A; 3WXJ A; 4FWQ A; 4PL8 A; 3ENH A; 4Z94 A; 3FZM A; 1SAZ A; 5AQN A; 3EO3 A; 4DHY A; 2I7P A; 1Q18 A; 2FSN A; 1QQN A; 3D7E O; 2BUP A; 4BC3 A; 3HI0 A; 1Z6R A; 3CJ9 A; 5AFU H; 2Q97 A; 3ZET B; 4H0O A; 2F9W A; 2YJF A; 5FPM A; 4BVO A; 1NGB A; 3I8B A; 1NMD A; 3VEW A; 3U9Z A; 4RTF D; 1NGH A; 4M63 C; 3VEX A; 3MN9 A; 4BRL A; 1T6C A; 2Q1N A; 2P9L A; 2QWQ A; 4QS7 A; 3GE1 A; 4CD1 A; 2HOE A; 1GLJ O; 5EY4 A; 3VEV A; 4O8K A; 2GEL A; 5BN8 A; 4JHD B; 3JS6 A; 4K41 A; 2ZWH A; 2D1K A; 1KAZ A; 3D2E B; 2H3G X; 1U2V B; 4FOE A; 5F0X A; 1BA1 A; 1DKG D; 1JCF A; 3DXK B; 1KXP A; 3CJB A; 1X3N A; 3FZH A; 1NLV A; 3M1F A; 4CZL A; 5ADX A; 1D4X A; 1BUP A; 2QW9 A; 5JLF A; 1NGJ A; 4H0X B; 5KQ8 A; 2YCH A; 5ELZ A; 5F1X A; 2HF4 A; 2P9I A; 1YAG A; 5BPN A; 1R59 O; 1XQS C; 3AAQ A; 3VGM A; 3UB5 A; 1TYQ A; 3TPQ A; 3DJC A; 3FZF A; 2QWL A; 1BDG A; 3ATV A; 3O5B A; 3LDO A; 1NGC A; 3MCP A; 5AR0 A; 1NGD A; 1MA9 B; 4BRC A; 2AP1 A; 1ZBS A; 2HF3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BVS A; 3D0P A; 3MAQ A; 3HU3 A; 3PV8 A; 4TSX A; 5KO3 A; 4G4N A; 1Q3C A; 1QHA A; 4B7F A; 2E2N A; 3O1B A; 3OYN A; 5F3W A; 3L25 A; 2KRU A; 2Y1J A; 4IJE A; 4BB9 A; 4J2D A; 4DFP A; 3LAL A; 4F2L A; 5FPD A; 4B3R K; 2O8C A; 4BY9 C; 2FH0 A; 3U6Q A; 4H5W A; 1TTE A; 4JKC A; 4DQ8 A; 2WTU A; 4HTL A; 4WF9 L; 3U6P A; 2VGM A; 5CZ1 A; 4FJ5 A; 1VRU A; 1FK9 A; 3O3F A; 3U6O A; 3MK6 A; 5C10 A; 3THG A; 4FJ9 A; 2HHH M; 2DWZ B; 2P9S A; 4KTZ A; 3THY A; 1VQ1 A; 1NOY A; 4P16 A; 3BZK A; 4DF4 A; 2IAJ A; 3VEO A; 3UGJ A; 1NK9 A; 1TUY A; 1EIJ A; 1BWF O; 4EP5 A; 4LJ7 A; 4YOV A; 4PY5 A; 3QWL A; 3U9D A; 1QSL A; 4MO4 A; 2CGL A; 4K43 A; 2Q2R A; 5FTL A; 1BGX T; 1YSY A; 1C0M A; 1D5A A; 3WQU A; 3KK1 A; 1NK7 A; 3KWI A; 1XUP O; 2UXB K; 1T6D A; 3ZEU A; 1XB2 B; 4NCG A; 4FM2 A; 3SBT A; 1GLE G; 3HHY A; 1KVC A; 1WN7 A; 3J7A P; 1QVF M; 4AH9 A; 4AQY K; 4BR9 A; 4JEP A; 1ZQ9 A; 5FDL A; 4MGY E; 1QDR A; 3W0F A; 3GLG E; 2JGU A; 1HMV A; 3TAR A; 1VSL A; 4JI7 M; 3J7B A; 1HPZ A; 4N76 A; 4L15 A; 2O8D A; 3DLH A; 4RG8 A; 5LY3 A; 4YHH M; 1S9E A; 1C0F A; 4JRP A; 3AV9 A; 1JCG A; 1MDU B; 3MHV C; 3EEQ A; 4J2E A; 2UUA M; 4DR6 K; 4NYN A; 2X78 A; 4CJS A; 4OKE A; 3FR0 A; 3NGZ A; 2ZBK B; 1HKB A; 4M3X A; 3LZI A; 3TWM A; 4FJK A; 2CWB A; 4FWH A; 4II7 A; 3SMP A; 3VGK A; 3IHP A; 4CD3 A; 3ISN C; 4OVZ B; 4N41 A; 1IBL M; 3H46 O; 4DUY M; 2P5O A; 5AZI A; 3M8R A; 4Z0U A; 2Z1G A; 4DR1 K; 1QSS A; 3DLL L; 2ZTD A; 2WSF F; 1ATS A; 1N33 K; 1GOB A; 4W5T A; 2DKL A; 2EJS A; 3U6E A; 3QDK A; 3BEX A; 1VQL N; 4B3O A; 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1V4T A; 5EX5 A; 3TPZ A; 1R6B X; 1CXQ A; 3KLG A; 2ASM A; 4CGH A; 4KT0 F; 2DHY A; 2PFU A; 2O8D B; 4B9S A; 3AKZ A; 4RF1 A; 3SC3 A; 4OW0 A; 3QFU A; 5KQD A; 4Z4H A; 5LJV A; 2UXC K; 3VA0 A; 1A5X A; 4PKG A; 2G8F A; 5D3G A; 1R2Z A; 2HB5 A; 4GHA A; 5C1B A; 4L8R B; 4O5B A; 3MWT A; 2BWB A; 4NCA A; 4N56 A; 1EFU B; 4H5V A; 2DXI A; 2HHX A; 3H3N O; 4KHY A; 4BGA A; 3PO4 A; 2P9K A; 3A5L C; 4DR4 K; 2I7N A; 2FF6 A; 3CTW B; 3K2P A; 2CHV A; 2VWK A; 5JIC A; 3T1H M; 3OHR A; 4IBI A; 5AZI B; 1SXJ A; 2DTU A; 3L4I A; 3LWM A; 3GRV A; 2LXE A; 3HHZ A; 4LH5 A; 1T6O A; 5E26 A; 1RIL A; 4WYB A; 1VQ5 N; 3HJS A; 4DV2 M; 3RFW A; 1KFD A; 4FW2 A; 3MX5 A; 1XNQ M; 4JI1 M; 3C6U A; 2HCB A; 3GBT A; 2OYQ A; 4C1N K; 2K0B X; 2B6A A; 4X66 K; 5AZJ A; 4BG9 A; 4RKU F; 1HT1 E; 4M0D A; 1IJJ A; 1HYZ A; 1QQW A; 4XEI A; 4CFC A; 3CI5 A; 4DQR A; 3U4L A; 1N32 K; 3EN9 A; 4RW9 A; 2HAK A; 3ZQJ A; 1YF5 L; 2GUP A; 3RMA A; 3S3N A; 4CFB A; 4FW1 A; 4JKF A; 1HNI A; 2P9P A; 3PVS A; 3TAB A; 4JI0 M; 3E9L A; 1MU2 A; 1UM8 A; 3WHK A; 5AQS A; 4J2A A; 4YOW A; 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