The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
129
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structure length |
129
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Chain Sequence |
TPEEAQREKDTRISKKMETMGIYFATPEWVALNGHRGPSPGQLKYWQNTREIPDPNEDYLDYVHAEKSRLASEEQILRAATSIYGAPGQAEPPQAFIDEVAKVYEINHGRGPNQEQMKDLLLTAMEMKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural insights into the multifunctional protein VP3 of birnaviruses.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Viral protein
|
source organism |
Infectious bursal disease virus
|
molecule keywords |
Capsid assembly protein VP3
|
total genus |
46
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structure length |
129
|
sequence length |
129
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2007-08-22 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2R18 A; 2Z7J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IBC A; 4O5E A; 1N32 M; 3UMG A; 5L1K A; 3GRU A; 3GLI A; 3E4R A; 1SL1 A; 4MF8 A; 4UAT A; 5DBA A; 4KLQ A; 2V1C A; 3HKZ F; 1EIJ A; 3TQS A; 2KIC A; 1T3Q A; 3B7Q A; 4IBI A; 2KMD A; 4OD0 A; 4C8N A; 4FD2 A; 3JPO A; 1Z19 A; 4CDG A; 1K3W A; 1WHC A; 1NK8 A; 5JI2 E; 3EIE A; 1D0M A; 4QZH A; 1IN8 A; 5J0Y A; 1D8Y A; 2WF9 A; 5ALP A; 2FMS A; 3U61 A; 3FM9 A; 4RKU F; 2KNA A; 3H0R B; 2WAQ F; 1NOM A; 3IHP A; 5HNK A; 3QNM A; 5DQG A; 3MR2 A; 2ASJ A; 1S77 D; 1TDZ A; 2G08 A; 2B0C A; 4YVZ A; 3SAV A; 1OW5 A; 2JGA A; 4F93 B; 1XS9 D; 4C4R A; 5CB1 A; 1NO1 A; 2Q0Z X; 2OEH A; 1VJ5 A; 3VDP A; 3W67 A; 2YQZ A; 4UAU A; 4Z6C A; 3K8Z A; 5J2I A; 4UAZ A; 4BLC A; 2XO7 A; 4NLC A; 1N56 A; 1B43 A; 5G5H A; 4DL5 A; 1L7N A; 2ZJA A; 2J6T A; 3J81 S; 1ZJN A; 1UCV A; 2ZUD A; 4Z6F A; 5HHH A; 3U26 A; 3TKA A; 4R66 A; 5J2A A; 1T3T A; 4FS1 A; 3CNH A; 5EOZ A; 4MFA A; 3LCU A; 1Q3C A; 3JPN A; 3R8F A; 5HR7 A; 1HT1 E; 3I4Y A; 4ECX A; 8ICA A; 2H3Q A; 4KIT B; 4DFP A; 5ALO A; 2AHM A; 1WGN A; 4S12 A; 3H4D A; 2XFS A; 5KAF U; 1N48 A; 3RJE A; 4IQT A; 3TWL A; 4C8O A; 2WSE F; 4LGY A; 4DCC A; 5CWR A; 2C22 A; 2WF8 A; 2YB4 A; 3M1Y A; 1SXJ D; 5FTJ A; 2AGO A; 5LMN M; 4Q8F A; 4ECQ A; 2HHQ A; 1XNR M; 3FKE A; 4LCB A; 4JI5 M; 4NV0 A; 2C99 A; 2QZ4 A; 2ESE A; 3FC4 A; 2C2E A; 1RPL A; 8ICV A; 1K82 A; 2KKV A; 1ZQO A; 4RQ5 A; 3Q8X A; 2ZXH A; 1TV9 A; 2CFO A; 3HU3 A; 3SYZ A; 4O3R A; 2QEN A; 1L5U A; 2FMQ A; 3C1Z A; 3GIK A; 3PW4 A; 1JXE A; 3RJJ A; 2YX8 A; 2HMX A; 3HX0 A; 5KFY A; 2BQU A; 3NVY A; 2DL0 A; 2E5L M; 1F4I A; 4MGY E; 3G6X A; 1QSS A; 4B7F A; 4O9M A; 7ICM A; 4ED1 A; 3F92 A; 3WKD A; 2XF3 A; 5J0X A; 4I2I A; 3K9P A; 2Y21 A; 2UXD M; 2EKF A; 3H7I A; 3GDX A; 3RFW A; 2FLL A; 2HOF A; 1OAI A; 3N7R C; 3ISC A; 4R65 A; 3QUQ A; 3GV8 B; 4D80 A; 3C2M A; 3RBD A; 4KMO B; 5KFL A; 4LZZ A; 4Y2X A; 4DV6 M; 3K1R B; 1XSN A; 1OUQ A; 1UQV A; 4F4W A; 3ILK A; 4UB1 A; 1L2B A; 3EPG A; 4KLH A; 4YR3 A; 4C0Z A; 7ICP A; 4L15 A; 1WJ7 A; 2QAR B; 4I2H A; 4XGI A; 2UUB M; 2FLP A; 4YQW A; 3KS8 A; 5BOM A; 2FPK A; 1V34 A; 2Y0S C; 1ZYQ A; 4ICA A; 3QU4 A; 1QTM A; 1N63 A; 1NJX A; 3N97 B; 1JR3 D; 1WXQ A; 3IEC A; 3B0X A; 4FZL A; 3RGP A; 4J9P A; 5TZV A; 5C0Y A; 2FJ6 A; 3E46 A; 3SEN A; 4OJO A; 3UPQ A; 1IQP A; 4AKG A; 4G4R A; 3BS5 A; 4AQY M; 3AL0 B; 3ED5 A; 4CCH A; 4UB5 A; 4I2E A; 1IM2 A; 4GC9 A; 3QZ7 A; 4ED2 A; 2HHX A; 4R64 A; 1SG9 A; 5IIM A; 3AU6 A; 1QAO A; 5BOL A; 3MJ5 A; 7ICF A; 1QSY A; 5GTH U; 2ZIW A; 5KFV A; 4RF1 A; 2LVO C; 1ZQM A; 1QAQ A; 3PX4 A; 1IXS A; 1UT5 A; 4CHT B; 4DUZ M; 2Z3X A; 2C96 A; 5DB8 A; 4F71 A; 4K0K M; 2G5H B; 4DV3 M; 2A3V A; 5KFT A; 3QWL A; 2YNM D; 4OW0 A; 1LKY A; 3QYP A; 5FP0 A; 2VJ5 A; 4U6P A; 2L6O A; 5A0L A; 5DLG A; 5KFJ A; 3U6O A; 2C2D A; 2VF7 A; 4JI8 M; 1HT2 E; 2W55 A; 4ZOH C; 1XSP A; 4Q7J A; 1K3X A; 1NI3 A; 3T6P A; 2YB1 A; 4Q45 A; 5DGA A; 4IBJ A; 3N28 A; 2G3Q A; 1SWV A; 2K89 A; 4O5C A; 2QHO B; 1COO A; 2I9G A; 2IOH A; 4LF4 M; 5J2K A; 2LM1 A; 1SXJ C; 4MGH A; 1RQL A; 4NSO B; 3PR5 B; 2KNZ A; 2D3D A; 4UB6 U; 4XQ8 A; 1JXL A; 2GLE A; 4CGZ A; 4LZD A; 1VG5 A; 2H5X A; 3RH4 A; 2KZZ A; 3QX7 A; 5CRX A; 1E32 A; 1AUA A; 4DQQ A; 3AKZ A; 3RTV A; 5KAI U; 3AMZ A; 2R65 A; 2DZN B; 2KD1 A; 5AKK A; 2YTU A; 3C29 A; 5GTI U; 1XXH B; 8ICF A; 2R8H A; 3L29 A; 2CRX A; 3PO4 A; 4Y2U A; 2XIC A; 3MR6 A; 1DK3 A; 4O3M A; 4WP2 A; 3ZH9 B; 1ZD4 A; 1TK5 A; 4DUY M; 4L16 A; 4JI3 M; 3TAC B; 3K1J A; 1VEK A; 3VK7 A; 1XXH E; 4QZ8 A; 1ZXI A; 1RXW A; 4EX7 A; 2K4E A; 4DEZ A; 1DGH A; 4NRW A; 2F2A B; 3C21 A; 3IDW A; 4X66 M; 5AI4 A; 5CJ7 A; 4NL4 H; 1YSY A; 3RRH A; 4RQ0 A; 2W9B B; 5J2D A; 1ZQP A; 1F0M A; 3L2A A; 2L5Y A; 5ALK A; 5FTK A; 3RAX A; 4NLN A; 2BDP A; 2MUT B; 3KDS E; 4IS7 A; 4O3N A; 3THV A; 4RPX A; 4QWE A; 1CRX A; 3FTC A; 1KDH A; 3E58 A; 3T38 A; 3FRI A; 4HYK A; 4DSE A; 4LRT A; 3SAS A; 1ZQQ A; 2DWM A; 4DV0 M; 1BGX T; 3PW2 A; 1R5L A; 4PHE A; 2R4J A; 3UJN A; 5J0W A; 3HX3 A; 4CIZ A; 3CP8 A; 3RE8 A; 5IZ7 D; 2UXC M; 1SL0 A; 1UPH A; 2P35 A; 1KSF X; 3D8B A; 4C4S A; 2ATL A; 2KHH A; 2KK0 A; 3GFK B; 1RG6 A; 3H4B A; 3KOX E; 4KX5 A; 5LMU M; 2E1F A; 4CF4 A; 1N2X A; 4OJP A; 3KTQ A; 2JV3 A; 4KLL A; 4YR0 A; 1YLA A; 1X9W A; 2HHV A; 4LFB M; 5KG2 A; 5AM5 A; 2W54 A; 2N35 A; 3HWS A; 1ZQ1 C; 2W9A A; 4XBO A; 5AK3 A; 2WTF A; 3UQ2 A; 3PW5 A; 1PK3 A; 3IRU A; 5ALM A; 5BPC A; 2IMW P; 9ICE A; 1R6B X; 2JP7 A; 2KDL A; 4LF7 M; 3RR7 A; 5J0S A; 3QZ8 A; 3TAQ A; 1HQC A; 2NO4 A; 2R8K A; 2Z8Y M; 4PHP A; 2BHN A; 2IOF K; 5KQD A; 1U45 A; 2GOL A; 4LGM A; 1D0K A; 3VFD A; 2CHQ A; 5IT9 S; 4C80 A; 1V92 A; 2ZIV A; 4IQU A; 4I28 A; 3EW9 A; 4JYA M; 2A1A A; 3RFA A; 5ALT A; 4OVZ B; 3J81 j; 1TTE A; 2VDB B; 4FFD A; 4Q43 A; 4CNQ A; 4AZF A; 4WJ3 B; 2G5I B; 1KFD A; 2V6Z M; 4OO1 J; 2Z4S A; 2C9O A; 3I1Y A; 4F2R A; 3I28 A; 4M9G A; 5F9L A; 8ICM A; 4YY3 M; 3C2K A; 2R8G A; 3F2B A; 1OAO C; 2ES6 A; 4USA A; 4F5R A; 3CF6 E; 5KFW A; 3C1Y A; 2F8K A; 3SAF A; 1XC9 A; 3OHB A; 2AQ4 A; 4DS4 A; 2HVH A; 5AM2 A; 1P3Q Q; 2JEG A; 5EWE A; 3M8R A; 3M6A A; 5H37 D; 1G3I A; 2CV2 A; 3AV0 A; 2CWB A; 3KFU G; 1QAM A; 1T3N A; 3GIM A; 3BOS A; 3AEV A; 4DSF A; 2L2D A; 4IBE A; 1IY0 A; 4TUP A; 1MU5 A; 3NBI A; 3T1H M; 1SIJ A; 2KTQ A; 2CP8 A; 2YFQ A; 3NGD A; 4KLD A; 2JY6 B; 1ZQB A; 3D8L A; 5ALZ A; 1OIZ A; 3F5A A; 3VCB A; 4A3V B; 1KKX A; 1JAL A; 1MN8 A; 3KHR A; 1SL2 A; 3GQ4 A; 7ICR A; 2GWS A; 2HVI A; 4Y2S A; 1L8L A; 5EP2 A; 5AKZ A; 4PL1 A; 4PH5 A; 1ZQU A; 4QIW C; 4NM2 A; 1V33 A; 4DR5 M; 3UK6 A; 5L1I A; 4IR9 A; 4RPZ A; 1DO2 A; 2RDJ A; 2P5T A; 3R9K A; 2PI5 A; 4QZA A; 2Y0T A; 3T15 A; 1N78 A; 2R6F A; 3EZ5 A; 4RF0 A; 4KLE A; 3OSN A; 2OWO A; 4M9L A; 5J0U A; 1T94 A; 3GLH B; 3U6P A; 2WF5 A; 4IL6 U; 4MFC A; 1KLN A; 1J97 A; 3S6J A; 3CRX A; 3D2S A; 1SXJ E; 1X9S A; 5J0O A; 3QEA Z; 3CGW A; 9ICT A; 4IJF A; 5EXX A; 3FRH A; 3GLG B; 2KEB A; 1B0X A; 2JHD A; 1SXE A; 4BDP A; 3IHQ B; 3TFS A; 1SXJ A; 4JI2 M; 3V76 A; 2G09 A; 5J2C A; 3KHH A; 3SMP A; 4Y2R A; 1JMS A; 1NZB A; 4G3O A; 4LF5 M; 2PKE A; 1S0M A; 3KOY E; 3KVW A; 4E0D A; 1SZP A; 4GH9 A; 1FIQ A; 1DGJ A; 3U6Q A; 4Y2P A; 1L2D A; 3NTU A; 2W3S A; 1KEJ A; 1LV5 A; 4FBT A; 2OH2 A; 4IRC A; 4LZG A; 1S0N A; 3E2E A; 3FUV A; 1XNQ M; 3Q8M A; 3PZP A; 2V9W A; 3GQC A; 1RM6 C; 3FE3 A; 1SWW A; 5F3X B; 2MAX A; 5D4B A; 3A0H U; 3TAD C; 4G9B A; 4QZ9 A; 2K6B A; 1I94 M; 4NLG A; 4AW4 A; 1ZQS A; 3T79 A; 1X9M A; 1N33 M; 3SHG B; 5CEH A; 4I2G A; 4LFC M; 8ICX A; 3K1Z A; 3OGU A; 1VDL A; 4J9R A; 1NKE A; 3F53 A; 4DV5 M; 1N61 A; 3CYM A; 4JV0 A; 1J09 A; 1GL6 A; 1L7O A; 4QWA A; 7ICO A; 3MMP A; 3ISD A; 1Y88 A; 2K4I A; 2EZY A; 3W0L B; 2KG5 A; 4FCV A; 4LG2 A; 2LBO A; 3C58 A; 1TH4 A; 2C98 A; 1HUO A; 1QCK A; 3OTO M; 1J7K A; 4QNL A; 1JR3 E; 4R3D A; 5KL1 B; 2OM6 A; 3PV8 A; 3E9S A; 3IG8 A; 1G71 A; 4RNM A; 5E26 A; 2EZX A; 1JR3 A; 4J9S A; 4ED8 A; 2HBJ A; 4LF8 M; 2M5Z A; 2HHU A; 1FEZ A; 3ZDB A; 4UAW A; 1N77 A; 3W68 A; 2KOB A; 4X5V A; 5KFQ A; 2G8L A; 3C3D A; 4X62 M; 2HHT A; 2JR5 A; 3N4M B; 1TF0 B; 2Z4R A; 5EWG A; 3WHK A; 2YMQ A; 3U5Z A; 1D9D A; 4MFF A; 2BGW A; 1IFY A; 4ED0 A; 3JR4 A; 1YZ7 A; 1HNX M; 5KT7 A; 1XWI A; 4KLT A; 5J2G A; 1V38 A; 2QLT A; 3RAQ A; 1NKB A; 3WHL A; 4RQM A; 3HJ8 A; 1UM8 A; 5AKG A; 4JB3 A; 4GXI A; 2VA3 A; 1GJT A; 2ZTC A; 1UFZ A; 3ZC7 B; 3KFU F; 8ICZ A; 5DYG A; 2R0I A; 4BXO A; 2BPC A; 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1T43 A; 2VQF M; 1YZ6 A; 4M9J A; 4OCZ A; 4J9M A; 8ICI A; 3Q8K A; 2DWZ B; 4DV4 M; 4BB9 A; 2UVR A; 1FFV A; 2QB0 A; 2WB1 F; 4X64 M; 2OQ4 A; 9ICK A; 2M0N A; 1IBM M; 4LJ5 A; 4DFK A; 3KD3 A; 4US9 A; 5J2E A; 3FYC A; 1L1Z A; 1ZQF A; 3ZD8 A; 4GC7 A; 4MGK E; 4C8M A; 1A5T A; 3MFH A; 1X42 A; 1Z4N A; 4R8U A; 3MGH A; 4F4Z A; 2WZJ A; 5BR8 M; 4DOA A; 3TAD A; 1T7P A; 1SV0 C; 2H3F A; 1NNU C; 3HZJ A; 3HU1 A; 1Z00 A; 4CF3 A; 4KLM A; 3GO8 A; 3FD9 A; 4C8L A; 4KLG A; 1IG6 A; 2RRU A; 5CR0 A; 4YN4 A; 2XH9 A; 5AKJ A; 5IIL A; 3L26 A; 4DQP A; 4LJ8 A; 3LWM A; 4O3P A; 5III A; 1RU3 A; 4QZC A; 1IN7 A; 4ECW A; 2EKK A; 2BPF A; 4JMU A; 4K4G A; 4DL6 A; 2E8O A; 3H4J A; 2QBY A; 3KKA A; 5JI3 E; 2X4A A; 4LF9 M; 3AJI B; 5EP4 A; 5KG1 A; 2FMP A; 4BGD A; 2WHE A; 4L6V 6; 3KOO A; 1KN5 A; 1YUB A; 7ICQ A; 1NJZ A; 3PSI A; 3H40 A; 2C2R A; 2VA2 A; 2KEY A; 2N1R A; 2J5Y A; 1ZQW A; 1XC8 A; 2R8I A; 1UA1 A; 1HUZ A; 4B3R M; 5DGB A; 3Q8Q B; 4ECV A; 3KZI U; 4F4X A; 1VDV A; 5EJC A; 4LF6 M; 1U49 A; 3RB3 A; 1AQ6 A; 3WK6 A; 3HJE A; 2KNJ A; 2KZS A; 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