1LTMA

Accelerated x-ray structure elucidation of a 36 kda muramidase/transglycosylase using warp
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
320
structure length
309
Chain Sequence
EPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Accelerated X-ray structure elucidation of a 36 kDa muramidase/transglycosylase using wARP.
pubmed rcsb
molecule keywords 36 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Glycosyltransferase
source organism Escherichia coli
total genus 111
structure length 309
sequence length 320
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1997-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1ltmA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ltmA02
4G4HA 3N9AA 3B0KA 3AB6A 2DQEY 5B1GA 1IWYA 1JUGA 1B7MA 1C45A 3WXTA 2BQNA 1JJ1A 4Z3MA 1DXJA 3P4ZA 1IOQA 2ZIJA 1LCNA 1ZVYB 1BB3A 4J0LA 1H87A 4NSJA 1UIBA 1D6QA 2B5ZA 1UC0A 2YBNA 4N1CC 4HPIA 5FEKA 2DQAA 2LYOA 4XADA 4UWVA 5FDJA 5LXWA 3LYTA 4YENA 3ZVQB 207LA 1BB4A 4H90A 3W6BA 4TTDA 4CGEA 4LYBA 3EMSA 1KIQC 1LAAA 1UICA 4RW2A 4ET8A 5LVJA 1AM7A 5LVGA 4TSBA 3ATNA 4B0DA 2MEHA 1NBYC 1LMTA 2D4KA 4BS7A 1I56A 3WUNA 1HSWA 5C6IA 3M18B 2DQGY 3TXHA 5I53A 2Z2EA 1YILA 4AGAA 1UCOA 4PJ2C 4H91A 2FYDA 2CDSA 5E9RA 3OK0A 2WARA 4NGJA 1TAYA 2DKVA 4L41A 1LHMA 1ZV5L 1GF5A 1I1ZA 4H9IA 4NWEA 3WH1A 1IR7A 5L3IA 4GN5C 1LJFA 4G9SA 5LVHA 4QY9A 4EOFA 1QUTA 2BLXA 1GFGA 1UA6Y 1LSCA 1WQPA 1TDYA 1IO5A 2YSSC 3W3EA 1LZ4A 4H92A 5I4WA 1CKFA 1KXWA 3HBDA 5KXNA 3A8ZA 5M1YA 2DQJY 4WG7A 1W08A 4NHQA 1VFBC 4X3BA 3TXBA 1LYZA 1MLCE 1REYA 4N0JA 2ZYCA 1QUSA 1KIRC 3F6ZA 1F6SA 1FBIX 2YBIA 4KXIA 1D0MA 2ZILA 2A7FA 1IC4Y 5LYTA 3P66A 4EMNA 4GCDA 5L3HA 1BGIA 1GEVA 1LYYA 1G7HC 1GB5A 1HMKA 2D91A 5II3A 1BB5A 1G7JC 2YBMA 2BQGA 3B0IA 5C6LA 1REXA 1JTOL 2BQJA 2Z39A 1HHLA 4OWAA 4AXTA 2EKSC 3A91A 1JJ0A 1LZCA 4CHXA 1GF7A 1TEWA 1JISA 3LYZA 5LYZA 4M6DA 1LSEA 2CWIA 4LYMA 2I25L 4GLAA 1LHKA 4XN6A 1IP4A 1XGRC 1HC0A 1QDTA 4TUNA 1GDWA 1HNLA 1GEZA 1OUHA 1LJGA 1LZ6A 1V7SA 2BQKA 3FE0A 193LA 1BVXA 1VDPA 1CKDA 5F16A 132LA 1FLQA 1XEIA 4H9CA 1GF8A 1KXXA 1LTMA 1IWTA 1DPWA 1GF4A 1YAMA 4WL7A 4DD1A 5KXMA 1C46A 1GFTA 1NDGC 1UUZC 3J6KA 4WM2A 4HJYA 2W1YA 3WVYA 1IY3A 2N5ZA 3J4GA 1J1PY 1NHEA 3WPLA 3AW6A 1DZBX 2ZQ3A 1XFPL 3MGWA 4WOAA 1WVVA 2Z19A 1HSXA 3RW8A 1VEDA 3W6CA 2DQIY 5ILFA 5APEA 3TXEA 2HECA 4NGVA 1DPXA 1WQMA 2HUBA 3M3UA 1OUBA 1WQRA 5FSTA 1GAYA 2F30A 3WL2A 1LZ9A 4YF2A 1CKHA 1EQ5A 1YKZX 3RT5X 1LSZA 4PPOA 1JSFA 3A93A 4WLTA 1GB6A 4B4JA 4N5RA 1HFYA 2FYCA 1HFXA 1GFJA 4WO9A 4WM6A 1I20A 4ZIXA 1UIDA 1B7RA 1BVKC 4ZEEA 2LZTA 5FELA 5F9UA 4OWBA 1A2YC 1PZYA 1V7TA 4N1EI 4OW1A 4DDBA 4ETBA 1LZRA 1RFPA 2DQFC 4GN4A 4R6CA 1IORA 2BAAA 2H5ZA 3CT1A 4OWCA 4H1PA 4XYYA 3TMVA 1WTNA 2BQLA 4NSHA 1C10A 1LJJA 1LZNA 1UIHA 4LYCA 4KT3A 1GBSA 4LYTA 2W1LA 1BHZA 5KXTA 1LYSA 1HELA 1HENA 5A3ZA 1JKCA 2G4NA 1CJ7A 4LYOA 4NGWA 1LMCA 2X0AA 4W96A 1GPQC 4ANRA 4LYZA 5LA8A 2HTXA 3TMUA 3FI7A 1LMPA 1WVUA 2MEIA 4OOTA 4ETEA 3WXUA 1UIEA 4B4EA 4NGZA 1YL0X 4DYGA 3AW7A 1QTEA 5HLLA 3A94A 1LKSA 2G4QA 4NY5A 3LZTA 2YBJA 4H9HA 1GE1A 2PC2A 1NDMC 8LYZA 1GDXA 3CB7A 1DI5A 3ULRA 4RLNA 4IASA 4YOPA 3TMWA 1JITA 4DD9A 1JPOA 4HV2A 4YEOA 2EQLA 2G4PA 3K3TA 5I4XA 1LMAA 1OUGA 2VB1A 6LYTA 1H6MA 1NWGA 2HEEA 1LJ4A 4BAPA 1BWIA 154LA 2XBSA 3A96A 3LN2A 5LVKA 5LA5A 3BKHA 3CT5A 5LAFA 1XEKA 1YAQA 3A3RX 4GLVA 4LFXA 4NG8A 1HEPA 1BB6A 3AZ5A 4QGZA 1RJCB 1WTMA 1SLYA 2A7DA 4HPEA 4LGKA 1IR9A 4OWEA 1GB9A 2Z12A 1DKKA 3B72A 1HERA 1GBXA 5F81A 1GBYA 1YANA 2RSCA 5B07A 2ZNXY 2ZQ4A 3WPKA 5JENB 1OUAA 1REZA 1C08C 5T3FA 1YQVY 1YAOA 1C43A 2BQHA 2BQMA 1YAPA 2BQCA 2Q0MX 3IJVA 4PGJB 1GF3A 1LMQA 4R0FA 1LZBA 208LA 3HFMY 4TSCA 5DN4A 3W6EA 4Z41A 9LYZA 5KXPA 3IWRA 4J1AA 3WW6A 1GF9A 5EBHA 1VDQA 4MSTA 3EXDA 1DI4A 3G3AB 4G4BA 1EQEA 1INUA 4XJDA 3TXKA 2BQFA 1DKJA 4UWUA 1YL1X 3WVXA 1BB7A 1HMLA 4LT2A 3VWOA 1GE2A 5DM9A 4NIJA 4YEMA 5K7OA 3CT0A 1LJKA 3LYOA 1J1OY 4DWXA 3QE8A 3D3DA 3HBHA 4C3WA 1GB3A 4BAFA 4WL6A 4W94A 1HEOA 3AZ7A 3TXIA 1GB8A 1CNSA 1CJ9A 2YVBA 1LZEA 1GWDA 4RDSA 1EL1A 3ATOA 5LIOA 1UACY 1B5VA 4B1AA 1B7QA 1FLYA 1ZVHL 2F4AA 3ZVQA 1GB7A 2YDGA 5I54A 1LJEA 4WM5A 3T36A 1E8LA 1LZGA 4XJFA 4PHIA 5KKJA 3EBAB 1LZAA 2FBBA 5C6JA 1QDRA 1F10A 2Z38A 1LHHA 1LMNA 1LSYA 3CSQA 1OUIA 1QSWA 1GFAA 4D9ZA 1LJNA 1FKVA 1IP5A 1OP9B 5LINA 1FLUA 4NSIA 4B49A 2AUBA 2F2NA 4H9AA 2D4JA 3AGIA 1IOSA 1LSDA 2HEAA 2MECA 3A6BY 3ZEKA 4Z46A 4NG1A 4XJGA 4DD2A 3RZ4A 2ZIKA 4HJZA 3A92A 2HEBA 2MEFA 1QSAA 1YROA 4RLMA 4XJHA 4G4CA 4H8ZA 4MR1A 1HF4A 1HEWA 1VDTA 2I6ZA 1MELL 4NHSA 3A3QA 1LHJA 3HBEX 1AZFA 1WQNA 3WMKA 1UIGA 1EQ4A 1HEQA 1VDSA 1RI8B 5F9XA 5I4YA 4LT1A 4I0CA 4TX7A 4B4IA 3B0OA 1NKHA 3WW5A 4LT0A 5DLAA 1B7PA 5HQ1A 3AJNA 1GFVA 3CSRA 1JJ3A 1D6PA 1Z55A 3WULA 5DN5A 2XBRA 2XTHA 1FDLY 4QEQA 4ZFPA 1AKIA 5KXOA 1JKBA 1IP1A 4C5FA 1VAUA 1CKGA 4KPMA 5F14A 1G7IC 5HNCA 4WM1A 1ALCA 1B7SA 3CQLA 4HTQA 1OUEA 1JTPL 2Z18A 1B2KA 134LA 1B7LA 2H9KA 4HTKA 1FLWA 2HU1A 1DI3A 5B1FA 1TBYA 1GB0A 1UBZA 1IOCA 1OUJA 2IHLA 4GCFA 1LSBA 1IX0A 3TMXA 3TXDA 2LHMA 2BQDA 3LHMA 1GAZA 4GCCA 3WU7A 1GFUA 6LYZA 1DQJC 5KXKA 2DQCY 4Z98A 2MEGA 1NMMA 1GF0A 3LZ2A 1HEMA 5KXZA 1GE3A 1LHIA 1PS5A 4A7DA 133LA 2DQHY 2LZ2A 1B5XA 2EPEA 2XJWA 2YBLA 1YIKA 2F4GA 4HSFA 5HMVA 1LZSA 2LYZA 1XEJA 5APFA 5IDDA 4HJVA 1HFZA 3P65A 5B05A 1IC5Y 1RCMA 4PRUA 5LVIA 4BADA 1CKCA 4NGKA 1NF5A 3P68A 4NGIA 5APCA 4XENA 2Z37A 3TXFA 3W6FA 5LAGA 5HNLA 2MEDA 4N8ZA 3E3DA 1LZ8A 1YKXX 4XJIA 1GFEA 3AGHA 1D9UA 4WLXA 3OJPA 1GE0A 1REMA 2ZNWY 2BQOA 1B0DA 3A95A 1IWWA 2Z2FA 1GBZA 5AMYA 4ETAA 3BKVA 5ILCA 1C7PA 4CJ2A 1T6VL 1LOZA 1GFRA 1CJ8A 2ZWBA 1IWXA 1LZ1A 1B9OA 2NWDX 1LMOA 3T6UA 4FJRA 1GD6A 1LSAA 5B06A 4TWSA 3P64A 1LSGA 4IJ4A 1IP7A 3WPJA 4ET9A 4WG1A 4NHTA 5FCPA 5KY1A 3A6CY 4WLYA 1BQLY 2MEBA 1A4VA 1GXXA 1P2CC 2W1MA 3AYQA 3KAMA 4LT3A 1IR8A 1QIOA 3WUAA 1LJHA 4DD7A 3A90A 4NFVA 1RE2A 1UIFA 4YM8A 1F6RA 1GFHA 4ETDA 2YBHA 4NEBA 2CJLA 4PRQA 2DQDY 1D0LA 4MCKA 7LYZA 2MEAA 2D6BA 135LA 1B5UA 1JSEA 4IATA 4N9RA 4G49A 2BQIA 4LZTA 1LSNA 4CFPA 4DD0A 4RW1A 1GBOA 2D4IA 4H93A 4E3UA 4NWHA 1YKYX 4O34A 3W6AA 1XSFA 5FHWA 4KL7A 5KKIA 4GN3A 1LYOA 2CGIA 4WM4A 1LJ3A 1LSFA 1LPIA 2DBTA 3B6LA 4J7VA 5LYMA 5KXXA 1KXYA 4LFPA 3A67Y 4H94A 1N4FA 4NHIA 1AT5A 1LZTA 3EO5A 4GCEA 4DDAA 5J7CA 1D0KA 4HTNA 5KXWA 2IFFY 1GB2A 1LSMA 3GXRA 1IVMA 1WQOA 4I8SA 3TXJA 4H9FA 1GHLA 1BWJA 4GCBA 1ZMYL 153LA 1QTKA 4WMGA 4ETCA 3AGGG 3W6DA 1LSPA 2BQAA 1BWHA 1F0WA 1G7MC 3QNGA 1GF6A 1LHLA 1IWZA 1NQIA 4M4OA 4DT3A 2C8OA 5D5CA 2MEEA 4DD3A 1JHLA 1LZYA 1O23A 3RNXA 1G7LC 1GE4A 1SQ2L 1GBWA 1JTTL 3AZ4A 1XGUC 1T3PA 3G3BB 1IOTA 3LYMA 4NGLA 2C8PA 3N9EA 4FDYA 1IY4A 3WU9A 1IWUA 1IIZA 4NGYA 5KXYA 5B59A 2Y8PA 4QDNA 2GV0A 4NSGA 4CFOA 5KXLA 5APDA 4DDCA 1JWRA 2I26L 3TXGA 5L9JA 3D9AC 5IELA 1JKAA 5KJ9A 4HP0A 4WM3A 1GXV2 1FN5A 1B7NA 1OQMA 4ML7A 2HEDA 2HU3A 3GXKA 4NGOA 5A3EA 3WUMA 3RU5A 1IP3A 1LZ5A 1FKQA 1OUDA 2LYMA 4H9EA 2W1XA 4P2EA 5E4PA 1LJIA 2H9JA 194LA 1B5ZA 1IP6A 5HMJA 1OUFA 2BPUA 1UIAA 1AT6A 1B5WA 1XGTC 4OWHA 5DL9A 2FBDA 1J1XY 1IEEA 4XJBA 1NBZC 1XGPC 4II8A 1WQQA 2ZYPA 3A34A 4U3XB 1QQYA 4HV1A 5KXRA 4H9BA 4J1BA 1LZDA 1W6ZA 2EIZC 2BQEA 3SP3A 3AZ6A 1IC7Y 4NHPA 4OOOA 1XGQC 3WU8A 1IWVA 5KXSA 1IP2A 1B5YA 1OUCA 1KIPC 3N9CA 4WO6A 5D5FA 5IHGA 4H8XA 1JEFA 3CSZA 4H8YA 1LKRA 1VATA 1JIYA 3WYHA 3QY4A 2BLYA 2HEFA 4DC4A 1CJ6A 1GFKA 5I5QA 3IJUA 1B7OA 4WLDA 2BQBA 1JKDA 4UWNA 1TCYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LF9M 3HT8A 235LA 3SARA 4I7RA 119LA 5B1GA 4B7FA 1R2YA 1HT1E 1JUGA 3U6QA 148LE 2BQNA 168LA 2F32A 1DXJA 2RGHA 209LA 4LFCM 4GC5A 1D6QA 2B5ZA 3HU2A 5L8RF 3TWLA 4HPIA 3DOAA 4XADA 1IN6A 2QARC 4B08A 2ANXA 4QNMA 3VKGA 3IG8A 3W6BA 4TTDA 3EMSA 5LVJA 4LJ4A 3GLHA 1NBYC 1N75A 4FCVA 2D4KA 3SB9A 1QUHA 1I56A 5KQ8A 2JXNA 4MGHA 3FUVA 4AGAA 1VEGA 4NSOB 1PJSA 4H91A 2CDSA 3OK0A 2WARA 4W55A 3W0FA 1GF5A 4NWEA 1HQCA 2BNKA 1CU0A 4GN5C 4I7JA 5L3IA 4MM3B 1TDZA 4G9SA 1UFZA 1IN5A 3GPPA 3T1YM 1N78A 1TDYA 3W3EA 4EKQA 1L99A 4PJZA 2JY5A 3HBDA 1NO1A 4X3BA 2F5OA 1VFBC 1LYZA 3BOSA 2KW0A 3LCUA 2ZYCA 4N0JA 3I04M 1QUSA 3F6ZA 5DYIA 1P36A 2YBIA 2ZILA 1QZEA 4DV0M 2A7FA 2JZ0A 4E97A 2QHOB 156LA 3HUQA 4ZPUA 3GLFE 4GCDA 4JI3M 1GEVA 1LYYA 2XSZD 1QTBA 1DGFA 1SWYA 2OE7X 2BQGA 1REXA 4OWAA 3I51A 2A4TA 169LA 3U6OA 4EPIA 5JI2E 1K3XA 1JR3A 3OTOM 3EIHA 1LSEA 4A3VB 1L26A 1XGRC 2RAYX 1L47A 4R7GA 1HNLA 1LZ6A 193LA 3IECA 172LA 5E26A 3M0EA 1XEIA 2WSFF 1WGNA 4OVZA 1DPWA 5KXMA 2L2DA 1VG5A 1GFTA 3HH3A 4Z6YA 3J4GA 1J1PY 4R71A 3RZEA 1HSXA 2B6ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3HT8 A;  235L A;  4I7R A;  119L A;  5B1G A;  1JUG A;  148L E;  2BQN A;  168L A;  2F32 A;  1DXJ A;  209L A;  1D6Q A;  2B5Z A;  4HPI A;  4XAD A;  2QAR C;  2ANX A;  3W6B A;  4TTD A;  3EMS A;  5LVJ A;  1NBY C;  2D4K A;  3SB9 A;  1QUH A;  1I56 A;  4AGA A;  4H91 A;  2CDS A;  3OK0 A;  2WAR A;  4W55 A;  1GF5 A;  4NWE A;  1CU0 A;  5L3I A;  4GN5 C;  4I7J A;  4G9S A;  1TDY A;  3W3E A;  4EKQ A;  1L99 A;  4PJZ A;  3HBD A;  4X3B A;  1VFB C;  1LYZ A;  4N0J A;  2ZYC A;  1QUS A;  3F6Z A;  1P36 A;  2YBI A;  2ZIL A;  2A7F A;  4E97 A;  156L A;  3HUQ A;  4ZPU A;  4GCD A;  1GEV A;  1LYY A;  1QTB A;  1SWY A;  2OE7 X;  2BQG A;  1REX A;  4OWA A;  2A4T A;  169L A;  4EPI A;  1LSE A;  1L26 A;  1XGR C;  2RAY X;  1L47 A;  1HNL A;  1LZ6 A;  193L A;  172L A;  1XEI A;  1DPW A;  5KXM A;  1GFT A;  3HH3 A;  3J4G A;  1J1P Y;  3RZE A;  1HSX A;  2B6Z A;  1VED A;  2DQI Y;  1WQR A;  3LZM A;  1L83 A;  1EQ5 A;  1L03 A;  141L A;  1OV5 A;  4WLT A;  1HFY A;  4WO9 A;  4WM6 A;  140L A;  4ZIX A;  1UID A;  1LWG A;  5FEL A;  4OWB A;  3G3V A; 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